Name: Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Uçuş Süresi Kütle Spektrometresi Kullanılarak Permetillenmiş Müsin O-glikanlarının Profillenmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 51 s
Description: Keşfedin MALDI-TOF kütle spektrometrisi kullanarak permetillenmiş müsin O-glikanlarının yüksek verimli profillenmesi. Bu yöntem, gastrointestinal sistemdeki konak-mikrop etkileşimlerini incelemek için güvenilir bir protokol sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bergstrom, K. S. B., Xia, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin-type+O-glycans+and+their+roles+in+intestinal+homeostasis%5BTitle%5D)+AND+%22Glycobiology%22%5BJournal%5D)">Mucin-type O-glycans and their roles in intestinal homeostasis.</a> Glycobiology. 23 (9), 1026-1037 (2013).</li>
<li>Leal, J., Smyth, H. D. C., Ghosh, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physicochemical+properties+of+mucus+and+their+impact+on+transmucosal+drug+delivery%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pharm%22%5BJournal%5D)">Physicochemical properties of mucus and their impact on transmucosal drug delivery.</a> Int J Pharm. 532 (1), 555-572 (2017).</li>
<li>Ambort, D., Johansson, M. E. V., Gustafsson, J. K., Ermund, A., Hansson, G. C. Perspectives on mucus properties and formation--lessons from the biochemical world. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAmbort%2C+D+%22Cold+Spring+Harb+Perspect+Med%22">Cold Spring Harb Perspect Med</a>. 2 (11), a014159(2012).</li>
<li>Cone, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barrier+properties+of+mucus%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Drug+Deliv+Rev%22%5BJournal%5D)">Barrier properties of mucus.</a> Adv Drug Deliv Rev. 61 (2), 75-85 (2009).</li>
<li>Kim, Y. S., Ho, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intestinal+goblet+cells+and+mucins+in+health+and+disease%3A+recent+insights+and+progress%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Gastroenterol+Rep%22%5BJournal%5D)">Intestinal goblet cells and mucins in health and disease: recent insights and progress.</a> Curr Gastroenterol Rep. 12 (5), 319-330 (2010).</li>
<li>Bell, A., Severi, E., Owen, C. D., Latousakis, D., Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemical+and+structural+basis+of+sialic+acid+utilization+by+gut+microbes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Biochemical and structural basis of sialic acid utilization by gut microbes.</a> J Biol Chem. 299 (3), 102989(2023).</li>
<li>Shuoker, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sialidases+and+fucosidases+of+Akkermansia+muciniphila+are+crucial+for+growth+on+mucin+and+nutrient+sharing+with+mucus-associated+gut+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria.</a> Nat Commun. 14 (1), 1833(2023).</li>
<li>Tailford, L. E., Crost, E. H., Kavanaugh, D., Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin+glycan+foraging+in+the+human+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Mucin glycan foraging in the human gut microbiome.</a> Front Genet. 6, 81(2015).</li>
<li>Fukuda, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Roles+of+mucin-type+O-glycans+in+cell+adhesion%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Roles of mucin-type O-glycans in cell adhesion.</a> Biochim Biophys Acta. 1573 (3), 394-405 (2002).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin-type+O-glycans%3A+Barrier%2C+microbiota%2C+and+immune+anchors+in+inflammatory+bowel+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Mucin-type O-glycans: Barrier, microbiota, and immune anchors in inflammatory bowel disease.</a> J Inflamm Res. 14, 5939-5953 (2021).</li>
<li>Sheng, Y. H., Hasnain, S. Z., Florin, T. H. J., McGuckin, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucins+in+inflammatory+bowel+diseases+and+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Gastroenterol+Hepatol%22%5BJournal%5D)">Mucins in inflammatory bowel diseases and colorectal cancer.</a> J Gastroenterol Hepatol. 27 (1), 28-38 (2012).</li>
<li>Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Relationship+between+mucosa-associated+gut+microbiota+and+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Soc+Trans%22%5BJournal%5D)">Relationship between mucosa-associated gut microbiota and human diseases.</a> Biochem Soc Trans. 50 (5), 1225-1236 (2022).</li>
<li>Wilkinson, H., Saldova, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+methods+for+the+characterization+of+O-glycans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Current methods for the characterization of O-glycans.</a> J Proteome Res. 19 (10), 3890-3905 (2020).</li>
<li>Goso, Y., Kurihara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+MS%2FMS+analysis+of+permethylated+O-glycan+alditols+released+from+mucins%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF MS/MS analysis of permethylated O-glycan alditols released from mucins.</a> Methods Mol Biol. 2763, 201-208 (2024).</li>
<li>Kameyama, A., Thet Tin, W. W., Toyoda, M., Sakaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+method+of+liberating+O-linked+glycans+from+glycoproteins+using+hydroxylamine+and+an+organic+superbase%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+and+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">A practical method of liberating O-linked glycans from glycoproteins using hydroxylamine and an organic superbase.</a> Biochem and Biophys Res Commun. 513 (1), 186-192 (2019).</li>
<li>Vos, G. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+release+of+O-glycans+under+neutral+conditions+for+analysis+of+glycoconjugates+having+base-sensitive+substituents%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Oxidative release of O-glycans under neutral conditions for analysis of glycoconjugates having base-sensitive substituents.</a> Anal Chem. 95 (23), 8825-8833 (2023).</li>
<li>Furuki, K., Toyo'oka, T., Ban, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+sensitive+glycosylamine+labelling+of+O-glycans+using+non-reductive+%CE%B2-elimination%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Highly sensitive glycosylamine labelling of O-glycans using non-reductive β-elimination.</a> Anal Bioanal Chem. 409 (9), 2269-2283 (2017).</li>
<li>Miura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycoblotting-assisted+O-glycomics%3A+ammonium+carbamate+allows+for+highly+efficient+o-glycan+release+from+glycoproteins%5BTitle%5D)+AND+%22Analy+Chemi%22%5BJournal%5D)">Glycoblotting-assisted O-glycomics: ammonium carbamate allows for highly efficient o-glycan release from glycoproteins.</a> Analy Chemi. 82 (24), 10021-10029 (2010).</li>
<li>Annesley, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chemi%22%5BJournal%5D)">Ion suppression in mass spectrometry.</a> Clin Chemi. 49 (7), 1041-1044 (2003).</li>
<li>Harvey, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Derivatization+of+carbohydrates+for+analysis+by+chromatography%3B+electrophoresis+and+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr.+B%2C+Analyt+Technol+Biomed+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Derivatization of carbohydrates for analysis by chromatography; electrophoresis and mass spectrometry.</a> J Chromatogr. B, Analyt Technol Biomed Life Sci. 879 (17-18), 1196-1225 (2011).</li>
<li>Jang-Lee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycomic+profiling+of+cells+and+tissues+by+mass+spectrometry%3A+fingerprinting+and+sequencing+methodologies%5BTitle%5D)+AND+%22Glycobiology%22%5BJournal%5D)">Glycomic profiling of cells and tissues by mass spectrometry: fingerprinting and sequencing methodologies.</a> Glycobiology. 415, 59-86 (2006).</li>
<li>Zhou, S., Hu, Y., DeSantos-Garcia, J. L., Mechref, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitation+of+permethylated+N-glycans+through+multiple-reaction+monitoring+%28MRM%29+LC-MS%2FMS%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Soc+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Quantitation of permethylated N-glycans through multiple-reaction monitoring (MRM) LC-MS/MS.</a> J Am Soc Mass Spectrom. 26 (4), 596-603 (2015).</li>
<li>Hu, Y., Borges, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+spin+column-free+approach+to+sodium+hydroxide-based+glycan+permethylation%5BTitle%5D)+AND+%22Analyst%22%5BJournal%5D)">A spin column-free approach to sodium hydroxide-based glycan permethylation.</a> Analyst. 142 (15), 2748-2759 (2017).</li>
<li>Ceroni, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GlycoWorkbench%3A+a+tool+for+the+computer-assisted+annotation+of+mass+spectra+of+glycans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">GlycoWorkbench: a tool for the computer-assisted annotation of mass spectra of glycans.</a> J Proteome Res. 7 (4), 1650-1659 (2008).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>150 mm cam pasteur pipetleri</td><td>Fisher Scientific</td><td>15202699</td><td>Tüketim malzemeleri Metinde referans (varsa): cam pipet</td></tr><tr><td>5 mL tüpler</td><td>Eppendorf</td><td>30122305</td><td>Sarf</td></tr><tr><td>96 kuyulu HLB ekstraksiyon plakası</td><td>Fisher Scientific</td><td>16553290</td><td>Sarf</td></tr><tr><td>asetik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A6283</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>asetonitril</td><td>Fisher Scientific</td><td>15624520</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>susuz DMSO</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>5.89569</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>susuz metanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>5.89596</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>Otoflex kütle spektrometresi</td><td>Bruker</td><td></td><td>Ekipman</td></tr><tr><td>DOWEX 50w x8 reçine, H+ formu, 200-400 ağ</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>44519</td><td>Reagent Metindeki referans (varsa): katyon değişim reçinesi</td></tr><tr><td>Kuru blok ısıtıcı</td><td>Bahşetmek</td><td>QBD2</td><td>Ekipman</td></tr><tr><td>Blok Isıtıcılar için Evaporatör/Konsantratör</td><td>Cole-Palmer</td><td>WZ-36610-99</td><td>Ekipman</td></tr><tr><td>flexAnalysis</td><td>Bruker</td><td></td><td>Yazılım, tescilli&nbsp;</td></tr><tr><td>flexControl</td><td>Bruker</td><td></td><td>Yazılım, tescilli&nbsp;</td></tr><tr><td>Cenevrak EZ-2</td><td>Biopharma</td><td>EZ-2</td><td>Ekipman Metinde referans (varsa): santrifüj evaporatörü</td></tr><tr><td>Eşleşen PTFE kapaklı cam şişeler (4 mL)</td><td>Wheaton</td><td>DWKW224582-144EA</td><td>Sarf</td></tr><tr><td>Eşleşen PTFE kapaklı cam şişeler (8 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>11587413</td><td>Sarf</td></tr><tr><td>cam yünü</td><td>Supelco</td><td>1.04086</td><td>Sarf</td></tr><tr><td>Glycoworkbench</td><td>NA</td><td></td><td>Yazılım; https://glycoworkbench.software.informer.com/'dan indirilebilir</td></tr><tr><td>HLB SPE kartuşları</td><td>Supelco</td><td>57493-U</td><td>96 kuyuyla HLB ekstraksiyon plakasına alternatif olarak tüketilebilir bir ürün</td></tr><tr><td>iyodometan</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>289566</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>MALDI hedef plakası</td><td>Bruker</td><td></td><td>Ekipman</td></tr><tr><td>ModulyoD dondurucu kurutucu</td><td>Thermo Fisher</td><td>ModulyoD-230</td><td>Ekipman Referans metinde (varsa): dondurucu kurutucu</td></tr><tr><td>NaBH4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>452882</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>NaOH pelletleri</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>567530</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>NaOH çözümü %50</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>415413</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>Pozitif Basınç-96 İşlemci</td><td>Sular</td><td>186006961</td><td>Ekipman</td></tr><tr><td>süper DHB</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>50862</td><td>Reaktif</td></tr><tr><td>Trifluroasetik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508</td><td>Reaktif</td></tr></tbody></table>

matris destekli lazer desorpsiyon/İyonizasyon uçuş süresi kütle spektrometresi kullanılarak permetillenmiş müsin o-glikanlarının profillenmesi

Profiling of Permethylated Mucin O-glycans Using Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry

Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Uçuş Süresi Kütle Spektrometresi Kullanılarak Permetillenmiş Müsin O-glikanlarının Profillenmesi

Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is a powerful tool for the profiling of mucin glycans that ...

Gastrointestinal sistemdeki konak mikrop etkileşimlerinin glikobiyolojisini, özellikle de sağlık ve hastalıkta müsinler ve glikanlarının rolüne odaklanarak giye-bağırsak sistemindeki konak mikrop etkileşimlerinin glikobiyolojisini inceliyoruz. Müsin glikanları, bakteriler için besin ve bağlanma noktaları sağladıkları için konak-mikrop etkileşimlerinde giderek önemli faktörler olarak kabul edilmektedir. Glikozilasyon profilindeki bir değişiklik, mikrobiyotik bileşimde bozulmaya yol açabilir ve hastalık durumlarında yaygın olarak gözlemlenen fenotipler de buna yol açabilir.Ancak, müsinler yoğun şekilde glikozillenmiş oldukları için çalışması zor olduğu için ünlü bir şekilde zordur. Örnekleme tekniklerindeki yenilikler ve takip biyoinformatik analizler, alanı ileriye taşıyabilir; ayrıca yeni örnek işleme yaklaşımları da veri verimini artırabilir ve örnek toplamadan sonuçlara kadar süreyi kısaltabilir. Diğer analitik teknikler glikanların daha ayrıntılı yapısal karakterizasyonuna olanak tanır, ancak uzun çalışma ve analiz süresi gerektirir.Burada MALDI-TOF kütle spektrometrisi kullanılarak tanımlanan teknik, hız avantajına sahiptir; bu da onu yüksek verimliliğe sahip ve tarama ile profilleme için uygun kılar. Başlamak için, saflaştırılmış müsinleri 250 mikrolitre beta-eliminasyon tamponu ile dört mililitrelik cam şişede karıştırın. Şişeyi politetrafloroetilen kaplı kapağa sıkıca kapatın ve reaksiyonu 45 derece Celsius'ta 16 saat boyunca inkübe edin.Buz üzerinde, reaksiyon karışımına damla-damla bir mililitre %5 asetik asit çözeltisi ekleyin. Numuneyi tuzdan arındırmak için, cam pipette az miktarda cam yünü ekleyin. Cam pipetin üstüne 1,5 mililitre reçine süspansiyon ekleyin, sonra çökmesini ve süzmesini bırakın.Şimdi, reçineyi iki mililitre %5 asetik asitle yıkayın ve akış akışını atın. Sonra, müsin örneğini tuz giderme kolonuna ekleyin ve akışı beş mililitrelik bir tüpte toplayın. Akıntıyı toplamak için kolonu bir mililitre %5 asetik asit ile iki kez yıkayın.Sonra santrifüj evaporatörü kullanarak asetik asidi çıkarır ve örneği beş milibar ve 30 derece Celsius sıcaklığında iki saat boyunca konsantre eder. Örneği 0,5 mililitre metanol asetik asitte çözüp azot akışı altında kurutun. Cam bir şırınga kullanarak, sodyum hidroksit ve metanol karışımı içeren şişeye dört mililitre DMSO ekleyin.Vortekslemeden sonra, çözeltiyi 2.000 G ile iki dakika boyunca santrifüjlendirin. Süpernatantı dikkatlice boşaltın ve jeli rahatsız etmeden tuzları çıkarın. Daha fazla tuz oluşmadığından emin olunduktan sonra, jeli dört mililitre susuz DMSO'ya tekrar süspansiyona bırakarak permetilasyon baz süspansiyonu hazırlanır.Sonra, kurutulmuş müsin örneğine susuz DMSO ve permetil bazı, hemen ardından iyodometan ekleyin. Permetilasyon reaksiyonunu oda sıcaklığında 30 dakika boyunca yoğun bir şekilde sallayarak inkübe edin. Sonra, reaksiyonu sonlandırmak için 0,5 mililitre su ekleyin.Numune bulanıklaştıktan sonra, azotla durulayın ve berrak hale gelsin. Örneği hidrofilik lipofilik denge 96 kuyuyla ekstraksiyon plakasına yükleyin. Örnekleri katı faza yaklaşık dakikada bir mililitre akış hızıyla itmek için pozitif basınç uygulayın.Akış atıktan sonra, kuyuları bir mililitre suyla iki kez yıkayın. Glikanları plakadan iki kez bir mililitre metanol ile elüasyon yapın. Sadece metanol plakadan çıkmaya başlayana kadar basınç uygulayın, ardından yerçekimi akışının gerekli hızı korumasına izin verin.Numuneyi santrifüj evaporatörü ile kurutup 10 mikrolitre TA50 içinde çözürün. Bir mikrolitre numune ile matrisi karıştırdıktan sonra, onu çelik bir MALDI hedef plakasına yükleyin ve kurumasına izin verin. Veri analizi için, kütle spektrumunun dışa aktarılan ASCII dosyasını GlycoWorkbench'e yükleyin.Temel düzeltme yaptıktan sonra tepe merkez noktalarını hesaplayın ve açılır pencerede uygun kütle aralığını, minimum sinyal-gürültü oranını ve minimum kütle spektrometrisi tepe yoğunluğunu seçin. Sonra, zirve listesine uyan yapı bileşimlerini belirlemek için Glyco-Peakfinder aracını kullanın. Teşif olarak perMe, redEnd'i indirgeme uç olarak seçin ve minimum ve maksimum beklenen kalıntı sayısını belirleyin.Müsinler için Hexose, N-Asetil-Hexosamin, Deoxy-Hexose ve N-Asetilnöraminik Asit seçin. Sülfatlı glikanlar için, 87.9 kütleli Diğer Kalıcı seçeneğini kullanın. MALDI-TOF verileri için, maksimum sodyum iyon ve yük sayısını birer olarak ayarlayın ve doğruluğu 0,5 Dalton olarak ayarlayın.Control tuşu ile tüm doğru açıklamaları seçin ve her birine tıklayın. Seçilen notasyonlara sağ tıklayın ve Açıklamalı zirve listesine ekle seçeneğini seçin. Birden fazla notlanmış spektrumu karşılaştıran bir rapor oluşturmak için, Araçlar ve ardından Raporlama bölümine gidin ve farklı profilleri karşılaştıran bir rapor oluşturun.Raporu PDF olarak yazdırarak kaydedin. Parçalanma spektrumları analizi için, spektrumları GlycoWorkbench'e yükleyin ve daha önce gösterildiği gibi tepe listesini oluşturun. Açıklamalı glikan bileşimlerine karşılık gelen varsayılan glikan yapıları çizin.Her yapı için parça oluşturmak için, sağ tıklayarak Fragments Copy in Canvas'ı seçin ve Fragments aracı altında Compute fragments seçin. Daha fazla parçalanma analizi için, spektrum görüntüleyicideki ilgi zirvesine tıklayın. Sağ tıklayın ve Seçilen zirvenin ana şarj oranını çevrimiçi veritabanlarına göre sorgulamak için Tüm zirveleri eşleştiren tüm yapıları bul'u seçin.İlgi çekici yapıları seçin ve uygun seçenekle onları tuval penceresine kopyalamak için sağ tıklayın. Her glikan yapısından olası parçaları hesaplamak için, tuvaldeki yapıyı seçin. Daha sonra, araçlar ve parçalar altında, mevcut yapı için hesaplama parçalarını seçin.Birden fazla glikan yapısı için parçalar hesaplandıysa, Özet sekmesinin altındaki Fragments tablo görünümüne gidip karşılaştırma tablosunu görebilirsiniz. Her potansiyel glikan yapısı için zirve listesine uygun parçaları seçin. Sağ tıklayın ve açılır menüden Kopya parçalarını tuvalize etmek için seçin.Son olarak, Araçlar sekmesinde Profiler'a gidin ve ardından tüm yapıları içeren zirveleri Annotate ekleyin. Sonra Araçlar, Raporlama ve Açıklamalar için bir rapor oluştur seçeneğini seçin. İyon değişimiyle tuzdan arındırma, daha büyük glikanların daha iyi geri kazanılmasına yol açtı; bu daha büyük yapılar toplam glikanların %31'ini oluştururken, PGC ekstraksiyonu %21'i oluşturuyordu.Tanımlanan glikan yapıları arasında, bir glikan yalnızca iyon değişimiyle tuzdan arındırılmış numune aracılığıyla tespit edilmiştir. Ayrıca, iyon değişimi ve borat uzaklaştırmasıyla tuzdan arındırma, PGC ile katı faz ekstraksiyonu sonrası üretilen spektrumlara kıyasla daha yüksek sinyal-gürültü oranlarına yol açtı. 30 ve 90 dakikalık permetilasyon reaksiyon süreleriyle 33 glikan zirvesi tespit edilirken, beş dakikalık reaksiyonda sadece 31 zirve tespit edildi.

profiling-permethylated-mucin-o-glycans-using-matrix-assisted-laser

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Bir ekstrasellüler matriks polisakkaritlerin yapısına anlayışlar kazanmak için hızlı bir şekilde açıklanmıştır. Yöntemi dakika miktarda malzeme analiz edilmesi için izin kütle spektrometresi glycosylhydrolases özgüllüğü ve duyarlılığı yararlanır. Bu teknikte doku kendisini doğrudan kullanılmak üzere uyarlanabilir.

Ekstrasellüler polisakkaritler Oligo Kitle Profil (Olimp)

Bağışıklık, organlar ve hücreler içinde glycosphingolipid antijenlerin ekspresyonu profili içgörü kazanmak için bir spesifik ve duyarlı bir yöntem açıklanmıştır. Yöntem, kimyasal olarak sentezlenmiş bir standartlarına göre yapısal analizi için glycosphingolipid moleküllerinin adım adım parçalanma sağlayan iyon tuzak kütle spektrometri avantajına sahiptir.

Glycosphingolipid Antijenler Kütle Spektrometrik Analizi

O-bağlı glikanların çeşitliliğini kapsamlı bir şekilde araştırmak için, permetilasyon ve hızlı bir faz bölme yöntemi ile birlikte jel içi indirgeyici β-eliminasyon için yeni bir prosedür, SDS-PAGE tarafından çözülen glikoproteinlerden doğrudan salınan O-bağlı glikanların analizine uygulanır ve kütle spektrometresi ile müteakip glikomik analize uygundur.

Kütle spektrometresi ile In-jel Geliştirilmiş İndirgemeli β-Eleme Kapsamlı O-bağlı ve için Sulfo-Glikomik

Bu protokol, enzimatik (endoksilanaz) hidrolizden önce RE'yi 2 aminobenzamid ile etiketleyerek ve ardından elde edilen oligosakkaritlerin kütle spektrometresi (MS) ve nükleer manyetik rezonans (NMR) kullanılarak analiz edilmesiyle, heteroksilanların indirgeyici uç (RE) ve iç bölge glikosil dizi(ler)inin yapısal karakterizasyonu için kullanılan spesifik teknikleri açıklar.

Enzimatik, kimyasal (Metilasyon) ve Fiziksel (Kütle Spektrometre, Nükleer Manyetik Rezonans) Teknikleri Kullanarak Bitki Duvar heteroksilanlar sıralanması

Bu makale, GC-MS tarafından tespit edilmek üzere glikanların bileşen bağlarına özgü monosakkaritlere kimyasal olarak parçalanması yoluyla fraksiyonlanmamış biyoakışkanlardaki glikanların havuzlanmış bileşim profilini analiz etmek için tasarlanmış yeni bir aşağıdan yukarıya glikomik tekniğinin geliştirilmiş bir biçimini sunmaktadır. Potansiyel uygulamalar arasında kanser ve diğer glikan-afektif bozuklukların erken tespiti yer alır.

Glycan Düğüm Analizi: Glikomik A Aşağıdan yukarı Yaklaşım

Sentetik polimerler karakterizasyonu kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) numune hazırlama, spektral toplama ve veri analizi getirilmesi de dahil olmak üzere anlatılan uçuş matris yardımlı Lazer Desorpsiyon iyonlaşma süresi için bir protokol.

Matris ile sentetik polimerler karakterizasyonu Lazer Desorpsiyon iyonlaşma zaman uçuş (MALDI-TOF) kütle spektrometresi destekli

Protein Arginin ( R ) -metilasyonu, çoklu biyolojik yolları düzenleyen geniş çaplı bir translasyonel sonrası modifikasyondur. Kütle spektrometresi, modifiye peptid zenginleştirme için biyokimyasal yaklaşımlarla birleştirildiğinde, R-metil-proteomun küresel profilini çıkarmak için en iyi teknolojidir. İnsan hücrelerinde küresel R-metilasyonun yüksek güvenilirlikle tanımlanması için tasarlanan iş akışı burada açıklanmaktadır.

Global ve Yüksek Güvenilirlikli Protein R-Metilasyon Analizi için Kütle Spektrometrisine Dayalı Proteomik Yaklaşım

Mikroarray polimer profilleme (MAPP), biyolojik numunelerdeki glikanların bileşimsel analizi için yüksek verimli bir tekniktir.

Yüksek Verimli Glikan Analizi için Mikroarray Polimer Profilleme (MAPP)

Bu protokol, kanserlerin glikobiyolojisini daha iyi anlamak için gerekli olan karmaşık tümör mikro ortamlarındaki heterojen glikoproteom hakkında kapsamlı bilgiler sunan entegre bir omik teknolojisi olan glikomik kılavuzlu glikoproteomik yöntemini detaylandırır.

Glikomik kılavuzluğunda glikoproteomikler, karmaşık tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini kolaylaştırır 

Bir sheathless gözenekli ucu arayüz tasarımı kullanılarak kapiler elektroforez-kütle spektrometrisi ile biyolojik numunelerin metabolik profil için bir protokol verilmektedir.

Biyolojik Numune metabolik profil için Sheathless Kapiler Elektroforez-Kütle Spektrometre

Keşfedin MALDI-TOF kütle spektrometrisi kullanarak permetillenmiş müsin O-glikanlarının yüksek verimli profillenmesi. Bu yöntem, gastrointestinal sistemdeki konak-mikrop etkileşimlerini incelemek için güvenilir bir protokol sunar.

Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Uçuş Süresi Kütle Spektrometresi Kullanılarak Permetillenmiş Müsin O-glikanlarının Profillenmesi (Video) | JoVE Journal

Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Uçuş Süresi Kütle Spektrometresi Kullanılarak Permetillenmiş Müsin O-glikanlarının Profillenmesi

Daha fazla video keşfet