Name: Glikomik kılavuzluğunda glikoproteomikler, karmaşık tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini kolaylaştırır (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-02-07T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 59 s
Description: Keşfedin glikomik kılavuzluğunda glikoproteomik yöntemiyle tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini çıkarma tekniğini. Bu yöntem kanser glikobiyolojisi araştırmalarında derin ve doğru bilgiler sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Kolorektal Kanser Dokularının Glikomikler Kılavuzluğunda Glikoproteomik Kullanılarak Profillenmesi

Protein glikozilasyonu, filogenetik yaşam ağacı 1,2,3 boyunca türler tarafından üretilen proteinlerin yaygın ve karmaşık bir ko- ve translasyon sonrası modifikasyon türüdür. Proteine bağlı glikanların, hücresel etkileşimlerin ve iletişim olaylarının aracılığı ve düzenlenmesi dahil olmak üzere insan sağlığı için önemli olan çok çeşitli biyolojik süreçleri etkilediği bilinmektedir 4,5. Anormal protein glikozilasyonunun malign transformasyonun, tümör ilerlemesinin ve yayılmasının bir nedeni olduğu düşünülmektedir 6,7,8. Bu, glikanları tümör mikroçevresindeki (TME) önemli tümörjenik süreçlerde ima eder ve glikan bazlı biyobelirteçlerin ve terapötik uygulamaların keşfi için önemli ve büyük ölçüde kullanılmayan bir potansiyel sunar. Bu nedenle glikobiyoloji, kanser araştırmalarında ve yaşam bilimlerinde giderek daha fazla ilgi görmektedir9.
Son on yılda glikoanalitik ve bilişimdeki önemli gelişmelerden güç alan 10,11,12,13,14,15,16,17, sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) güdümlü glikomikler ve glikoproteomikler, karmaşık karışımlarından serbest bırakılan glikanların ve bozulmamış glikopeptitlerin sistem genelinde profillenmesi için güçlü araçlar olarak kurulmuştur. çeşitli kanser hastası örnekleri (örneğin, tümör dokuları, hücre popülasyonları, vücut sıvıları) gibi biyolojik numune kökenlerinden doğrudan ekstrakte edilen glikoproteinler3,13,18,19,20.
Glisimik, hücreler, dokular ve hatta tüm organizmalar tarafından dinamik olarak üretilen glikan repertuarının (glycome) yapısı ve miktarı hakkında bilgi sağlar. Öte yandan, glikoproteomik, protein taşıyıcıları ve bunların glikozilasyon bölge(ler)i, bölge doluluk oranları (makro-heterojenlik), bölgeye özgü glikan bileşimleri ve bunların bölge dağılım modeli (mikro-heterojenlik) hakkında sınırlı glikan yapısal bilgisi ile (genellikle glikan bileşimi ile sınırlıdır) nicel bilgi sağlar15,16,21. Bu nedenle, glikomikler ve glikoproteomikler, glikoproteom22'nin biyokimyasal ayrıntılarını araştırmak için tamamlayıcı yaklaşımlardır.
Glikomikler ve glikoproteomikler için sayısız metodolojik tasarım ve analitik strateji geliştirilmiş ve ilgilenilen glikoanalite (örneğin, N- / O- / C-bağlı, glikan / glikopeptid / glikoprotein, etiketli / etiketsiz), numunenin doğasına (örneğin, hücreler, dokular, vücut sıvıları), miktarına (nanogram / mikrogram / miligram protein seviyeleri) ve mevcut analitik cihaza bağlı olarak laboratuvarlar arasında uygulanmıştır23, 24,25,26,27,28,29,30,31,32. Paralel kullanımlarının bilinen faydalarına rağmen, glikomikler ve glikoproteomikler yaygın olarak birlikte uygulanmaz, daha ziyade analitik uzmanlık ve özel enstrümantasyon için yüksek talepleri nedeniyle glikobiyolojik ve kanser araştırma çalışmalarında bağımsız yaklaşımlar olarak uygulanır.
Bu teknoloji boşluğunu kabul ederek, on yıldan fazla bir süre önce, karmaşık biyolojik örneklerden elde edilen glikomik ve glikoproteomik verileri entegre edebilen glikomik destekli glikoproteomik yöntemi tanıttık33. Kısacası, glikomik destekli (veya bu protokolde olduğu gibi glikomik kılavuzlu) glikoproteomik teknolojisi, N- ve/veya O-glikanları, yerleşik bir gözenekli grafitleştirilmiş karbon (PGC) LC-MS/MS yöntemi34,35 aracılığıyla profillendirir ve daha sonra glikan arama alanının sınırlarını tanımlayarak aynı numune(ler)den elde edilen bozulmamış N- ve/veya O-glikopeptid verilerinin analizi için kullanılır36. PGC-LC-MS/MS, yüksek hassasiyet ve yapısal çözünürlükle glisit hakkında kantitatif bilgi sağladığı, karmaşık karışımlar içinde bile glikanların topolojisi (monosakkarit dizisi ve dallanma modeli) ve glikosidik bağları hakkında bilgi verdiği için özellikle güçlü bir glikomik yöntemdir 35,37,38. Glikoproteomik iş akışı, peptit üretimi, isteğe bağlı peptit etiketleme, çoğullama ve ön fraksiyonlamanın yanı sıra, analitik tanımlaması için kademeli çarpışma enerjisi/daha yüksek enerjili çarpışma ayrışması (sceHCD, N-glikopeptidler için) ve elektron transferi/yüksek enerjili çarpışma ayrışması (EThcD, O-glikopeptidler için) dahil olmak üzere farklı parçalanma yöntemlerini ideal olarak kullanan ters fazlı LC-MS/MS analizinden önce zenginleştirmeyi içerir. N-glikoproteom analizi için, paralel de-N-glikoproteomikler, protein/peptit arama alanını tanımlayarak ve işgal edilen N-glikosilasyon bölgeleri ve bunların site doluluk oranları hakkında daha fazla ayrıntı sağlayarak bozulmamış N-glikopeptid veri analizine rehberlik edebilirken, modifiye edilmemiş peptitlerin paralel analizi, incelenen koşullar arasındaki herhangi bir protein seviyesi değişikliğini ortaya çıkarır.
Bu makale, glikomik kılavuzlu glikoproteomik yöntem için ayrıntılı ve takip etmesi kolay bir adım adım protokol sağlar (iş akışına genel bakış için Şekil 1'e bakın). Protokol, numune hazırlama adımlarının ve LC-MS/MS tabanlı glikomikler ve glikoproteomik deneylerin deneysel ayrıntılarını sağlar ve yöntemin kolorektal kanser (CRC) hastalarından rezeke edilen tümörlerin formalinle sabitlenmiş parafine gömülü (FFPE) doku kesitlerine uygulanmasını gösteren temsili sonuçlar sunarak, dünyanın dört bir yanındaki kanser biyobankalarında arşivlenen değerli bir numune türünde TME'nin glikobiyolojisi hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlar. Glikomik ve glikoproteomik verilerin analizi ve entegrasyonu da kısaca tartışılmaktadır.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67405/67405fig01v2.jpg"> 
Şekil 1: Glikomik kılavuzlu glikoproteomik yöntemine genel bakış. Genel bakış, glikomik (solda) ve glikoproteomik (sağda) iş akışlarındaki ayrıntılı deneysel adımları, elde edilen bilgilere genel bir bakış (kalın) ve iki yaklaşımın gelişmiş veri analizi ve yorumlama yoluyla nasıl entegre edildiğini gösterir. Ekle: (i) glisikmik ve (ii-iii) glikoproteomik iş akışları için kullanılan ev yapımı SPE mikro kolonları. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67405/67405fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

<table><tbody><tr><td><güçlü > Kimyasallar< / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Amonyum asetat & nbsp;</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A1542</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Amonyum bikarbonat, saflık ve ge; %99.0</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>Alternatifler mevcut</td></tr><tr><td>Susuz asetonitril (ACN), LC-MS sınıfı</td><td>Sigma Aldrich</td><td>34851</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Sığır fetuin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>F3004</td><td>Alternatifler mevcut</td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>D0632</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E7023</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Formik asit, LC-MS sınıfı</td><td>Sigma Aldrich</td><td>00940</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Buzlu asetik asit</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6283</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>İyodoasetamid (IAA)</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>I1149</td><td>Alternatifler mevcut</td></tr><tr><td>Metanol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M1775</td><td>Alternatifler mevcut</td></tr><tr><td>Peptit-N-glikosidaz F (PNGase F)</td><td>Promega</td><td>V4831</td><td>Elizabethkingia miricola PNGase F (10 U/&mu; L) Escherichia coli'de rekombinant olarak eksprese edilir&nbsp;</td></tr><tr><td>Polivinilpirolidon 40 (PVP)</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>PVP40</td><td>Alternatifler mevcut</td></tr><tr><td>Potasyum hidroksit (KOH)</td> <td>Sigma Aldrich</td><td>484016</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Sıralama dereceli domuz tripsin ve nbsp;</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>Alternatifler mevcut</td></tr><tr><td>Sodyum borhidrür (NaBH4)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>213462</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Trietilamonyum bikarbonat (TEAB), LC-MS sınıfı</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Trifloroasetik asit (TFA), LC-MS sınıfı</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T6508</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td><güçlü>Araçlar/Malzemeler</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>C18 diskler</td><td>Empore</td><td>66883-U</td><td></td></tr><tr><td>C8 diskler</td><td>Empore</td><td>66882-U</td><td></td></tr><tr><td>Düz tabanlı polipropilen 96 oyuklu plaka&nbsp;</td><td>Corning</td><td>3364</td><td></td></tr><tr><td>Immobilon-PSQ poliviniliden diflorür (PVDF) membran</td><td>Millipore IPVH20200</td><td></td><td>Gözenek boyutu: 0.45 &mu; m&nbsp;</td></tr><tr><td>Mikrosantrifüj</td><td>Eppendorf</td><td>5452000069</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Mikrosantrifüj adaptörleri&nbsp;</td><td>Nest Group, Inc., MA</td><td>SS18V</td><td>MiniSpin Sütun Bileziği, Microspin Sütunları</td></tr><tr><td>Oligo R3 reçine</td><td>Thermo</td><td>1133903</td><td>ile birlikte gelir Parçacık boyutu 30 & mu; m</td></tr><tr><td>Parafilm</td><td>Parafilm M</td><td>PM996</td><td></td></tr><tr><td>Protein LoBind tüpleri 1.5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>0030108450</td><td></td></tr><tr><td>Protein LoBind tüpleri 2.0 mL</td><td>Eppendorf</td><td>0030108442</td><td></td></tr><tr><td>Güvenli kilitli tüpler 1.5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>0030120086</td><td></td></tr><tr><td>Güvenli kilitli tüpler 2.0 mL</td><td>Eppendorf</td><td>0030120094</td><td></td></tr><tr><td>Çalkalayıcı</td><td>Eppendorf</td><td>5382000066</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Tek delikli zımba</td><td>Swingline</td><td>74005</td><td></td></tr><tr><td>SpeedVac yoğunlaştırıcı</td><td>Martin Christ</td><td>RVC 2-25 CDplus</td><td>Alternatifler mevcuttur</td></tr><tr><td>Supelclean ENVI-Carb SPE reçine</td><td>Supelco</td><td>57088</td><td>Parçacık boyutu 120-400 ağ. Reçine kartuşlardan manuel olarak çıkarılabilir ve MilliQ su Şırıngasında %50 (h/h) metanol içinde uzun süreli saklanabilir</td></tr><tr><td>Şırınga 5 mL</td><td>Sigma Aldrich</td><td>Z116866</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Sıcaklık kontrollü inkübatör</td><td>Thermoline</td><td>E7.30</td><td>Alternatifler mevcut</td></tr><tr><td>Ultrasonik banyo</td><td>Unisonics</td><td>FXP</td><td>Alternatifler mevcut</td></tr><tr><td>ZIC-HILIC reçine</td><td>Merck</td><td>150455</td><td>Parçacık/gözenek boyutu, 5 &mu; m/200 &aring;. Reçine, LC kolonundan manuel olarak ekstrakte edilebilir ve MilliQ suyunda %50 (h/h) metanol içinde uzun süreli olarak saklanabilir</td></tr><tr><td>ZipTip C18 katı faz ekstraksiyonu (SPE) mikro kolonları&nbsp;</td><td>Millipore</td><td>ZTC18S096</td><td>Alternatif olarak, ev yapımı C18-SPE mikro kolonları ticari ürünün yerini alabilir</td></tr><tr><td><güçlü>LC-MS/MS Analizi< / güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1260 Infinity Kılcal HPLC sistemi&nbsp;</td><td>Agilent</td><td></td><td>Alternatifleri mevcuttur</td></tr><tr><td>ReproSil-Pur C18 AQ reçinesi ile önceden paketlenmiş Analitik LC kolonu</td><td>Dr Maisch, Ammerbuch-Entringen, Almanya</td><td>r13.aq.s2570</td><td>Parçacık/gözenek boyutu: 3 &mu; m/120 &Aring;, uzunluk/iç çap: 25 cm/75 &mu;m. Ticari C18 nano-LC kolonlar da mevcuttur/&nbsp;</td></tr><tr><td>Dionex UltiMate 3000 RSLCnano LC Sistemi&nbsp;</td><td>Termo</td><td></td><td>Alternatifler mevcuttur</td></tr>: <tr><td>HyperCarb, KAPPA, PGC, kılcal LC kolonu&nbsp;</td><td>Termo Üretimi Durdurulan</td><td></td><td>Parçacık/gözenek boyutu, 3 &mu; m/250 &aring;; sütun uzunluğu, 30 mm; iç çap, 0.180 mm. Benzer kalitede veriler üreten HyperCarb PGC-LC kolonlarının daha büyük geometrileri ticari olarak temin edilebilir (örneğin, Thermo # 35003-031030). Merck'ten parçacık/gözenek boyutuna sahip SupelTMCarb LC kolonu, 2,7 & m/200 ve farklı kolon uzunlukları ve iç çapları da mevcuttur (örneğin, Merck #59994-U).&nbsp;</td></tr><tr><td>LCMS dereceli asetonitril</td><td>LiChrosolv</td><td>100029</td><td>Mevcut alternatifler</td></tr><tr><td>Doğrusal tuzak dört kutuplu (LTQ) Velos Pro iyon tuzağı kütle spektrometresi (glikomik)&nbsp;</td><td>Termo</td><td></td><td>Alternatifler mevcuttur</td></tr><tr><td>Orbitrap Fusion Lumos Tribrid Kütle Spektrometresi (glikoproteomik)</td><td>Thermo</td><td></td><td>ETD'li veya ETD'siz diğer yüksek çözünürlüklü MS sistemleri (yalnızca O-glikoproteomik için gereklidir) de mevcuttur (örneğin, Q-Exactive HF-X Hibrit Dört Kutuplu-Orbitrap, Thermo, TIMS-ToF-MS, Bruker veya diğer satıcılardan benzer yüksek performanslı kütle spektrometreleri)</td></tr><tr><td>Total Recovery Clear Glass vidalı şişeler 0,9 mL</td><td>Termo</td><td>THC11093563</td><td>Alternatifler mevcuttur</td></tr><tr><td>Toplam Geri Kazanım Şeffaf Cam vidalı şişeler eşleşen kapaklar</td><td>Termo</td><td>THC09150869</td><td>Alternatifler mevcuttur</td></tr><tr><td>ReproSil-Pur C18 AQ reçinesi ile şirket içinde paketlenmiş tuzak LC kolu&nbsp;</td><td>Dr Maisch, Ammerbuch-Entringen, Almanya</td><td>r15.aq.s0202</td><td>Parçacık/gözenek boyutu: 5 &mu; m/120 &Aring;, uzunluk/iç çap: 2 cm/100 &mu;m. Ticari C18 tuzak LC sütunları da mevcuttur.&nbsp;</td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Byonic</td><td>Protein Metrics Inc</td><td>v2.6.46 veya üstü</td><td>Çoğu MS satıcısından LC-MS/MS ham verilerini kabul eden ticari glikopeptid ve PTM arama motoru</td></tr><tr><td>Byos</td><td>Protein Metrics Inc</td><td>v3.9-7 veya üstü</td><td>Glikopeptid adaylarının manuel olarak incelenmesi ve glikan MS/MS spektrumlarının otomatik açıklaması için ticari yazılım</td></tr><tr><td>GlycoMod</td><td>Expasy</td><td></td><td>Açık erişim yazılımı, glisikik verilerin açıklanmasına yardımcı olur (https://web.expasy.org/glycomod/)</td></tr><tr><td>GlycoWorkBench</td><td>EUROCarbDB</td><td>v2.1</td><td>Açık erişim yazılımı, glisikik verilerin açıklanmasına ve glikan karikatürlerinin çizilmesine yardımcı olur</td></tr><tr><td>RawMeat</td><td>VAST Scientific</td><td>v2.1</td><td>Açık erişimli yazılım, ham spektral verilerden glikan öncü iyonlarının m/z değerini çıkarır</td></tr><tr><td>Ufuk Çizgisi</td><td>Brendan X. MacLean</td><td>v21.2 veya üstü</td><td>Glikanların nispi kantitasyonu için açık erişimli yazılım</td></tr><tr><td>Xcalibur</td><td>Thermo</td><td>v2.2 veya üstü</td><td>Ham LC-MS/MS verilerine göz atmak için</td></tr></tbody></table>

glikomik kılavuzluğunda glikoproteomikler, karmaşık tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini kolaylaştırır 

Glycomics-Guided Glycoproteomics Facilitates Comprehensive Profiling of the Glycoproteome in Complex Tumor Microenvironments

Evre II'de KRK'den muzdarip bir hastadan alınan bir FFPE doku slaytına uygulanan glikomik kılavuzluğunda glikoproteomik yöntemin temsili sonuçları bu bölümde verilmektedir.
Protokol için yeterli protein başlangıç materyali elde etmek için, yayınlanmış bir protokolü takiben aynı FFPE doku bloğundan iki slayttan (z yığınları) protein ekstraktları birleştirildi ve glikoproteomik deneyin duyarlılığını artırmak için bir TMT etiketleme yaklaşımı uygulandı (aşağıdaki isteğe bağlı adımlara bakın)<sup ...

Glikomik kılavuzluğunda glikoproteomikler, karmaşık tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini kolaylaştırır 

Glycosylation is a common and structurally diverse protein modification that impacts a wide range of tumorigenic processes. Mass spectrometry-driven ...

Bu nedenle, doğuştan gelen bağışıklık sistemi ve bağışıklık ile ilgili bozukluklarda kompleks karbonhidratlar veya glikanlar üzerinde çalışıyoruz ve şu anda sepsis ve kansere odaklanıyoruz. Çalışmamız, insan glikoproteininin ayrıntılı karakterizasyonu için glikomik ve glikoproteomik yöntemler dahil olmak üzere analitik yöntemler ve sistem glikobiyolojisini içerir. Glikoproteomik, son on yılda muazzam ilerlemeler yaşadı ve ilerleme artık mevcut yüksek kaliteli kütle spektrometresi verilerinin eksikliği ile sınırlı değil.Aksine, zorluk, spektral verilerden biyolojik bilgiyi yorumlamak ve üretmektir. Glikomik güdümlü glikoproteomik yöntemi, gliko bilim adamlarının glikoproteom ve insan sağlığı indeksleri ile sert engeller hakkında derin ve doğru bilgiler elde etmelerini sağlar, Glycoproteomics, glikoproteom hakkında bölgeye özgü içgörüler üretme konusunda benzersiz bir yeteneğe sahiptir. Ancak glikopeptid oranları yüksek kalır.Bu tekrarlanabilirlik sorunlarının üstesinden gelmek için, glisikik glikoproteomik yöntemimiz, aynı numunenin glikomik araştırması yoluyla glikan arama alanındaki kısıtlamaları tanımlayarak hassas glikoproteom profili oluşturmayı mümkün kılar. Sonuç olarak, daha

glycomics-guided-glycoproteomics-facilitates-comprehensive-profiling

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kanser Araştırmaları

Bu çalışmada, özel proteinlerin glikozilasyon profil kullanılabilir lektin saptama yöntemi ile çoklanır yüksek verim antikoru mikroarray için geliştirilmiş bir protokol açıklanmaktadır. Bu protokol, yeni, güvenilir reaktif özellikleri ve önemli ölçüde daha önceki prosedüre göre zaman, maliyet ve laboratuar ekipmanları gereksinimlerini azaltır.

Kompleks Örnekleri spesifik protein Glikozilasyon arasında Multiplexed Yüksek verim Profilleme için Kimyasal-bloke Antikor Mikroarray

Mikroarray&#39;ler kullanarak Bitki Hücre Duvarı Polimerlerin glukanıdır Profilleme

Hücre yüzey proteinleri biyolojik olarak önemli ve yaygın olarak glikosile bulunmaktadır. Biz kolay LC-MS tabanlı Proteomik analizler için bu proteinleri, çözünür hale zenginleştirmek ve deglycosylate burada bir glikopeptid-yakalama yaklaşımını tanıtmak.

Hücre Yüzey Proteomics için glikopeptiddir Yakalama

Kanser hücresi proteomlarının derinlemesine analizleri, yeni ilaç hedeflerinin ve tanısal biyobelirteçlerin tanımlanmasını kolaylaştırır. Sıvı ve katı tümörlerden türetilen kanser hücresi alt popülasyonlarındaki (fosfo-) proteomların kantitatif analizi için deneysel bir iş akışı açıklıyoruz. Bu, hücresel zenginleştirme stratejilerinin kantitatif Super-SILAC tabanlı kütle spektrometresi ile birleştirilmesiyle elde edilir.

Sıvı ve Katı Tümörler Kaynaklanan Kanser hücre Proteomlar Kantitatif Kitle Spektrometrik Profil

Bu makale, GC-MS tarafından tespit edilmek üzere glikanların bileşen bağlarına özgü monosakkaritlere kimyasal olarak parçalanması yoluyla fraksiyonlanmamış biyoakışkanlardaki glikanların havuzlanmış bileşim profilini analiz etmek için tasarlanmış yeni bir aşağıdan yukarıya glikomik tekniğinin geliştirilmiş bir biçimini sunmaktadır. Potansiyel uygulamalar arasında kanser ve diğer glikan-afektif bozuklukların erken tespiti yer alır.

Glycan Düğüm Analizi: Glikomik A Aşağıdan yukarı Yaklaşım

Bu kağıt, ECM protein bileşiminin (1) analizi, glikozilasyon yerleri (2) tespit edilmesi ve glıkan formlarının (3) yapısal karakterizasyon için sağlar, MS analizi için kardiyovasküler doku örnekleri hazırlamak için bir yöntem anlatılmaktadır. Bu metodoloji, diğer dokularda ECM'nin çalışma, minör modifikasyonlarla, uygulanabilir.

Hücre dışı Matrix Glycoproteomics: Kütle Spektrometresi kullanarak Sağlam GLİKOPEPTİT Analizi için Bir Yöntem

İnsan serasındaki anti-Neu5Gc antikorlarını değerlendirmek için bir siyaloglikan mikroarray testi kullanılabilir, böylece kanser ve diğer kronik enflamasyon aracılı insan hastalıkları için yüksek verimli bir tanı testi haline getirilir.

Anti-Neu5Gc IgG&#39;yi İnsan Sera&#39;sında Sialoglikan Mikroarray Testi ile Görüntüleme

Bu protokol, insan protein glislerinin çevrimiçi kaynaklarla nasıl keşfedileceğini, karşılaştırılacağını ve yorumlanacağını göstermektedir.

Glikan Aracılı Protein Etkileşimlerinin İncelenmesi için Biyoinformatik Kaynakları

Bu protokol, formalin sabit parafine gömülü doku kesitlerinde protein görüntüleme kütle sitometrisi ile multipleks mRNA tespiti için bir metodolojiyi detaylandırır.

Çift modaliteli Moleküler Kartografi: Multipleks mRNA Tespitinin Protein Görüntüleme Kütle Sitometrisi ile Entegre Edilmesi

Bu protokol, tümör anjiyogenezinin nicel proteomik analizi için lazer-yakama mikrodiseksiyonu kullanarak glioma örneklerinden yeterli yüksek kaliteli neovasküler doku hazırlamış, geleneksel olarak anjiyojenik faktörlere odaklanan çalışmaların sınırlamalarını aşmış ve glioma anjiyogenezinin geniş ölçekli proteomik profilini sağlamıştır.

İnsan Glioma Dokularından Neovasküler Dokuların Tümör Anjiyogenezinin Nicel Proteomik Analizi İçin Hazırlanması

Keşfedin glikomik kılavuzluğunda glikoproteomik yöntemiyle tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini çıkarma tekniğini. Bu yöntem kanser glikobiyolojisi araştırmalarında derin ve doğru bilgiler sağlar.

Glikomik kılavuzluğunda glikoproteomikler, karmaşık tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini kolaylaştırır

Daha fazla video keşfet