Name: MALDI Yaklaşımı ile Bakteriyel Proteomik Profilleme Kullanılarak Süt Ürünlerinin Mikrobiyal Güvenliğinin Değerlendirilmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-07T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 31 s
Description: Öğrenin, süt ürünlerindeki mikrobiyal toplulukları MALDI-TOF MS ile hızlı ve doğru şekilde tanımlamak için bu protokolü. Gıda güvenliği değerlendirmelerini hızlandırarak rutin izleme imkanı sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Savage, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+three+bacterial+identification+systems+for+species+identification+of+bacteria+isolated+from+bovine+mastitis+and+bulk+tank+milk+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Foodborne+PathogDis%22%5BJournal%5D)">Evaluation of three bacterial identification systems for species identification of bacteria isolated from bovine mastitis and bulk tank milk samples.</a> Foodborne PathogDis. 14 (3), 177-187 (2017).</li>
<li>Holt, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHolt%2C+JG+%22Bergey%27s+manual+of+determinative+bacteriology%22">Bergey's manual of determinative bacteriology</a>. , 9th ed, Lippincott Williams & Wilkins. Philadelphia, PA. (2000).</li>
<li>Franco-Duarte, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+chemical+and+biological+methods+to+identify+microorganisms-from+past+to+present%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Advances in chemical and biological methods to identify microorganisms-from past to present.</a> Microorganisms. 7 (5), 130(2019).</li>
<li>Czeszewska-Rosiak, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+usefulness+of+the+MALDI-TOF+MS+technique+in+the+determination+of+dairy+samples%27+microbial+composition%3A+Comparison+of+the+new+EXS+2600+system+with+MALDI+Biotyper+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Arch.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The usefulness of the MALDI-TOF MS technique in the determination of dairy samples' microbial composition: Comparison of the new EXS 2600 system with MALDI Biotyper platform.</a> Arch. Microbiol. 206, 172(2024).</li>
<li>Wilson, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Test+agreement+among+biochemical+methods%2C+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry%2C+and+16S+rRNA+sequencing+for+identification+of+microorganisms+isolated+from+bovine+milk%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Test agreement among biochemical methods, matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry, and 16S rRNA sequencing for identification of microorganisms isolated from bovine milk.</a> J Clin Microbiol. 57 (3), e01381-e01418 (2019).</li>
<li>Barreiro, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short+communication%3A+Identification+of+subclinical+cow+mastitis+pathogens+in+milk+by+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Dairy+Sci%22%5BJournal%5D)">Short communication: Identification of subclinical cow mastitis pathogens in milk by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> J Dairy Sci. 93 (12), 5661-5667 (2010).</li>
<li>Vithanage, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Species-level+discrimination+of+psychrotrophic+pathogenic+and+spoilage+gram-negative+raw+milk+isolates+using+a+combined+MALDI-TOF+MS+proteomics-bioinformatics-based+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Species-level discrimination of psychrotrophic pathogenic and spoilage gram-negative raw milk isolates using a combined MALDI-TOF MS proteomics-bioinformatics-based approach.</a> J Proteome Res. 16 (6), 2188-2203 (2017).</li>
<li>Ashfaq, M. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+MALDI-TOF+MS+for+identification+of+environmental+bacteria%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+Environ+Manage%22%5BJournal%5D)">Application of MALDI-TOF MS for identification of environmental bacteria: A review.</a> J Environ Manage. 305, 114359(2022).</li>
<li>Sugajski, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+sources+of+lactic+acid+bacteria+with+potential+antibacterial+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">New sources of lactic acid bacteria with potential antibacterial properties.</a> Arch Microbiol. 204 (349), 1-13 (2022).</li>
<li>Lagier, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+rebirth+of+culture+in+microbiology+through+the+example+of+culturomics+to+study+human+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">The rebirth of culture in microbiology through the example of culturomics to study human gut microbiota.</a> Clin Microbiol Rev. 28 (1), 237-264 (2015).</li>
<li>Złoch, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Culturomics+approach+to+identify+diabetic+foot+infection+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Culturomics approach to identify diabetic foot infection bacteria.</a> Int J Mol Sci. 22 (17), 9574(2021).</li>
<li>Bilen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+contribution+of+culturomics+to+the+repertoire+of+isolated+human+bacterial+and+archaeal+species%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The contribution of culturomics to the repertoire of isolated human bacterial and archaeal species.</a> Microbiome. 6 (94), 1-11 (2018).</li>
<li>Bourassa, L., Butler-Wu, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry+for+microorganism+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Method+Microbiol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry for microorganism identification.</a> Method Microbiol. 42, 37-85 (2015).</li>
<li>Janiszewska, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Implications+of+sample+preparation+methods+on+the+MALDI-TOF+MS+identification+of+spore-forming+bacillus+species+from+food+samples%3A+A+closer+look+at+Bacillus+licheniformis%2C+Peribacillus+simplex%2C+Lysinibacillus+fusiformis%2C+Bacillus+flexus%2C+and+Bacillus+marisflavi%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Omega%22%5BJournal%5D)">Implications of sample preparation methods on the MALDI-TOF MS identification of spore-forming bacillus species from food samples: A closer look at Bacillus licheniformis, Peribacillus simplex, Lysinibacillus fusiformis, Bacillus flexus, and Bacillus marisflavi.</a> ACS Omega. 8 (38), 34982-34994 (2023).</li>
<li>Valentine, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+culture+conditions+on+microorganism+identification+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Effect of culture conditions on microorganism identification by matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry.</a> Appl Environ Microbiol. 71 (1), 58-64 (2005).</li>
<li>Wragg, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+Biolog+GEN+III+MicroStation+semi-automated+bacterial+identification+system+with+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry+and+16S+ribosomal+RNA+gene+sequencing+for+the+identification+of+bacteria+of+veterinary+interest%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Comparison of Biolog GEN III MicroStation semi-automated bacterial identification system with matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and 16S ribosomal RNA gene sequencing for the identification of bacteria of veterinary interest.</a> J Microbiol Methods. 105, 16-21 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>%70 formik asit</td><td>Chempur</td><td>115676307</td><td></td></tr><tr><td>Asetonitril</td><td>Merck KGaA</td><td>1.00014.1011</td><td></td></tr><tr><td>APT agar</td><td>Merck KGaA</td><td>1.10453.0500</td><td></td></tr><tr><td>Bakteriyel Test Standardı</td><td>Bruker Daltonik GmbH</td><td>8255343</td><td></td></tr><tr><td>CBL Agar (Çin Mavi Laktoz Agar)</td><td>Merck KGaA</td><td>1.02348.0500</td><td></td></tr><tr><td>Columbia Blood agar&nbsp;</td><td>Oksoid</td><td>CM0331B</td><td></td></tr><tr><td>M17 agar</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Süt Tabağı Sayı Agar (MPCA)</td><td>Oksoid</td><td>cm0681</td><td></td></tr><tr><td>MRS agar (de Man, Rogosa ve Sharpe Agar)</td><td>Merck KGaA</td><td>1.10660.0500</td><td></td></tr><tr><td>MSP 96 hedefi cilalı çelik BC</td><td>Bruker Daltonik GmbH</td><td>8280800</td><td></td></tr><tr><td>Peptone suyu</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>70179</td><td></td></tr><tr><td>Scheadler agar</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>91019</td><td></td></tr><tr><td>Koyun kanı</td><td>Biomaxima</td><td>SL0160-100</td><td></td></tr><tr><td>Trifluroasetik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508</td><td></td></tr><tr><td>Triptik Soya Agar (TSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>22091</td><td></td></tr><tr><td>Su</td><td>Merck KGaA</td><td>1.15333.2500</td><td></td></tr><tr><td>&alpha;-Siyano-4-hidroksisinamik asit</td><td>Bruker Daltonik GmbH</td><td>8201344</td><td></td></tr></tbody></table>

maldi yaklaşımı ile bakteriyel proteomik profilleme kullanılarak süt Ürünlerinin mikrobiyal güvenliğinin değerlendirilmesi

Evaluation of Microbial Safety of Dairies using Bacterial Proteomic Profiling via MALDI Approach

MALDI Yaklaşımı ile Bakteriyel Proteomik Profilleme Kullanılarak Süt Ürünlerinin Mikrobiyal Güvenliğinin Değerlendirilmesi

We present a protocol using the matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS, hereinafter referred to as ...

evaluation-microbial-safety-dairies-using-bacterial-proteomic

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Makrofajlar, konak patojenitesinde rol oynayan anahtar hücrelerdir. Makrofajlar, proteomik analiz ile analiz edilebilen ve tespit edilebilen fenotipik ve fonksiyonel çeşitlilik gösterir. Bu makale, M1 veya M2 fenotipine farklılaşmış insan makrofajlarının birincil kültürlerinin 2D elektroforezinin nasıl gerçekleştirileceğini açıklamaktadır.

2D Elektroforez ile Makrofagların proteomik Profil

Bu protokol, deniz suyundan toplanan mikrobiyal biyokütleden protein ve DNA'nın ekstraksiyonu ve konsantrasyonu ve ardından tandem kütle spektrometresi tabanlı proteomik analiz için uygun triptik peptitlerin üretilmesi içindir.

Bir Aquatic Mikrobiyal Metaproteomics İş Akışı: Tandem Kütle Spektrometre tabanlı analiz için uygun Triptik Peptitler için Hücreleri itibaren

Matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş süresi kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ve moleküler teknikler (16S rRNA gen dizilimi), rutin teşhiste nadir görülen bakteriyel patojenlerin tanımlanmasına izin verir. Bu protokolün amacı, daha doğru ve güvenilir verilere yol açan her iki tekniğin kombinasyonunda yatmaktadır.

16S rRNA gen Sıralama ve MALDI-TOF MS tarafından Nadir Bakteriyel patojenlerin tanımlanması

Kütle spektrometresi tabanlı phyloproteomics (MSPP) Campylobacter jejuni ssp bir koleksiyon yazın kullanıldı. Doylei multilokus dizisi yazarak (MLST) kıyasla gerilme seviyesinde izole eder.

alt türlerinin<em&gt; Campylobacter jejuni</em&gt; Ssp.<em&gt; doylei</em&gt; Kütle Spektrometre tabanlı PhyloProteomics kullanma izolatlar (MSPP)

Bakteriyosinlerin farklı ekolojik alanlarda mikrobik çeşitliliği tanımlamada önemli bir rol oynadığı düşünülmektedir. Burada, bir hayvan modelinde bakteriyosinin bağırsak mikrobiyotik kompozisyonunu nasıl etkilediğini değerlendiren etkili bir prosedürü anlatacağız.

Bakteriyosin Etkilerini Farenin Bağırsak Mikrobiyolojisi Üzerine Etkileyen Bir Yöntem

Yarı otomatik bir iş akışı 16S rRNA insan sütü ve diğer düşük-biyokütle örnek türleri arasından hedeflenen sıralama için sunulmaktadır.

Hedeflenen 16S sıralama insan sütü örnekleri için bir yöntem

IDBac, bakteriyel kolonilerden kazınmış hücre malzemesinde toplanan, hem bozulmamış protein hem de özel metabolit spektrumlu verileri birleştiren açık kaynaklı Kütle Spektrometrisi bazlı Biyoinformatik boru hattıdır. Boru hattı araştırmacılar hızlı bir şekilde on binlerce bakteriyel koloniler Putatif taksonom gruplara düzenlemek için izin verir ve daha fazla özel metaboliti üretimi dayalı ayırt.

Mikrobiyal protein ve özel metabolit verilerinin analizi için açık kaynak MALDı TOF-MS ıdbac Pipeline kullanma

Bu protokol, gelişmiş özellik ekstraksiyonu ve biyoinformatik analiz yazılımı ile birlikte sıvı kromatografi kütle spektrometresi kullanılarak peptidoglikan bileşiminin ayrıntılı bir analizini kapsar.

Peptidoglikanın Sıvı Kromatografisi, Kütle Spektrometrisi ve Biyoinformatik ile Yarı Kantitatif Analizi

Burada, aşağıdakiler hakkında ayrıntılı bilgi içeren optimize edilmiş bir filtre sindirim protokolü sunuyoruz: protein sindirimi, peptit saflaştırma ve veri bağımsız edinme analizi. Bu strateji, eksprese edilen prostat salgıları-idrar örneklerinin analizine uygulanır ve üriner proteomların yüksek proteom kapsama alanına ve düşük eksik değer etiketsiz profillemesine izin verir.

FASP Sindirimi ve Veriden Bağımsız Analiz yoluyla EPS-İdrarın Proteomik Profili

Burada, maldi-TOF-TOF tandem kütle spektrometresi ve yukarıdan aşağıya proteomik analiz kullanılarak genomik olarak sıralanmış patojenik bakteriler tarafından üretilen proteinlerin şirket içinde geliştirilen yazılımla hızlı tanımlanması için bir protokol sunuyoruz. Metastable protein iyonları, aspartik asit etkisi nedeniyle parçalanır ve bu özgüllük protein tanımlaması için yararlanılmıştır.

MALDI-TOF-TOF-MS/MS ve Yukarıdan Aşağıya Proteomik Analiz kullanılarak Escherichia coli'de Antibakteriyel Bağışıklık Proteinlerinin Tanımlanması

Klinik metaproteomik, insan mikrobiyomu ve hastalığa katkıları hakkında bilgi sunar. Karmaşık kütle spektrometresi tabanlı metaproteomik analizi ve hastalık çalışmalarıyla ilgili çeşitli klinik numune türlerinin karakterizasyonunu kolaylaştıran modüler bir biyoinformatik iş akışı geliştirmek için Galaxy platformunun hesaplama gücünden yararlandık.

İnsan Hastalığının Altında Yatan Konak-Mikrobiyom Etkileşimlerini Analiz Etmek için Galaxy Biyoinformatik Platformunda Uygulanan Bir Klinik Metaproteomik İş Akışı

Öğrenin, süt ürünlerindeki mikrobiyal toplulukları MALDI-TOF MS ile hızlı ve doğru şekilde tanımlamak için bu protokolü. Gıda güvenliği değerlendirmelerini hızlandırarak rutin izleme imkanı sunar.

MALDI Yaklaşımı ile Bakteriyel Proteomik Profilleme Kullanılarak Süt Ürünlerinin Mikrobiyal Güvenliğinin Değerlendirilmesi

Daha fazla video keşfet