Mikrobiyal protein ve özel metabolit verilerinin analizi için açık kaynak MALDı TOF-MS ıdbac Pipeline kullanma

IDBac çiftler protein ve bilinmeyen bakteriyel özel metabolit bölgelerinden kitle spec veri hızla hem kimlikleri ve potansiyel çevresel işlevine göre izole arasında ayrım yapmak için izole. Ofis kaynak yazılımımız mevcut MALDI TOF tabanlı mikrobiyal tanımlama stratejilerinin yararını genişletir. Bu uzantı, benzer fenotiplere sahip kolonileri ayırt etmenin ek bir yolu olarak özelleştirilmiş metabolizmanın analizini içerir.

Bilinmeyen mikroorganizmaların karakterizasyonunda önemli bir sorun yakından ilişkili izole ayırt etmektir. IDBac araştırmacılar protein ve küçük molekül profilleme yoluyla izole karakterize etmek için kolay ve hızlı bir yol sağlar. IDBac, bakterisel bir örneklem içinde özel metabolit üretiminin görsel bir karşılaştırmasını sağlar ve ekolojik çalışmalardan uyuşturucu kurşununun keşfine kadar çok çeşitli araştırma konularına ışık verebilir.

MALDI verilerinin araçlar arasında ve araçlar arasında kaydedilmesinin birçok yolu vardır. Dosyaları IDBac ile çalışmakta sorun yaşıyorsanız, IDBac'ın GitHub'ına bir sorun gönderin. Steril bir kürdan kullanarak, temiz bir MALDI plaka üzerinde uygun noktaya bir bakteri kolonisinin küçük bir kısmını aktarın.

Bakteri kolonisini noktanın üzerine eşit olarak yayın, böylece nokta mümkün olduğunca düz görünür. Numune ve matris kontrol noktaları üzerine% 70 kütle spektrometre sınıf formik asit bir mikrolitre yer ve asit kimyasal bir duman kaputunda kuru hava sağlar. Daha sonra, numune ve matris medya kontrol noktalarına önceden hazırlanmış MALDI matris çözeltisinin bir mikrolitresini ekleyin ve tamamen kurumasını bekleyin.

MALDI TOF kütle spektrometresini kurduktan sonra spektrayı edinin. Protein spektrumlarını tek bir klasöre, özel metabolit spektrumlarını ise ikinci bir ayrı klasöre kaydedin. Bu yordamı başlatmak için IDBac yazılımını indirin.

Yükleyicisi başlatmak için indirilen install_idbac çift tıklatın. Sonraki çift tıklayın IDBac masaüstü kısayolu varsayılan olarak giriş sekmesinde açılacak IDBac başlatmak için. Ham Verilerle Başlangıç sekmesine tıklayın ve IDBac ile kullanılacak veri türünü bir IDBac deneme menüsü oluşturma seçeneğini belirleyin.

Veri dosyalarının dönüştürülmesini ve işlenmesini ayarlarken, istendiği deneme için açıklayıcı bir ad giriş inve ham veri klasörünü tıklatın ve uygun klasörü seçin. Ardından İşlem Verileri'ni tıklatın. Dosyaları dönüştürdükten ve IDBac ile işledikten sonra, önceki denemeler sayfasıyla işe gidin ve çalışmak için bir deneme seçin.

Seçili denemeyi değiştirmek için menüyü kullanarak örnekler hakkında bilgi ekleyin buraya tıklayın. Otomatik doldurulmuş elektronik tabloya bilgi girve Kaydet'e basın. Çözümleme başladığınızda, çalışmak için deneme nin seçildiğinden emin olun.

Sonra protein veri analizini seçin. Protein veri analizi sayfasında, tepe ayarları seçin ve görüntülenen ayna çizimleri aracılığıyla örneklerin protein spektrumlarını değerlendirin. Analize dahil edilebilmesi için bir tepenin bulunması gereken çoğaltmayüzdesini ayarlayın.

Ayna çizimlerini görsel kılavuz olarak kullanarak, sinyali en orijinal zirveleri koruyan gürültü kesmeye ayarlayın ve daha yüksek bir yüzde tepe durum değerinde daha fazla çoğaltmanın gürültü kesmeye daha düşük bir sinyal in seçimine olanak sağlayacağını belirterek en az gürültüyü ayarlayın. Bunu takiben, IDBac tarafından daha fazla analizde kullanılacak her spektrumdaki kütle değerlerinin aralığını dikte eden kesmeleri şarj etmek için alt ve üst kütleyi belirtin. Protein veri analizi sayfasında, örnekleri kullanıcı nın seçtiği mesafe ölçüleri ve kümeleme algoritmalarına göre dendrogramda gruplandırmak için Dendrogram sekmesini seçin.

Menüdeki örnekleri seçin ve analize dahil etmek üzere örnekleri seçmek için yönergeleri izleyin. Kullanılabilir numune kutusunda yalnızca protein spektrumları içeren numuneler görüntülenir. Uzaklık ve kümeleme algoritmaları için varsayılan değerleri kullanın ve giriş olarak yoğunlukları seçin.

Dendrogramda bootstrap değerlerini görüntülemek için, bootstraps altında iki ile 1,000 arasında bir sayı girin. Dendrogramı özelleştirmeye başlamak için dendrogram menüsünü ayarlayın. Dendrogramın satırlarını renklendirmek için satırları değiştirmek ve istediğiniz seçenekleri seçmek için tıklatın'ı seçin.

Dendrogramın yanındaki elektronik tablodaki bilgileri çizmek için, örnekler le ilgili bilgileri içeren düğmeyi seçin. Bu, bir kategorinin girilen değerlere göre kendi kendine doldurulacağı bir panel açar. Başka bir denemeden örnek eklemek için menü düğmesini seçin başka bir denemeden örnekler ekleyin ve yeni açılan paneldeki yönergeleri izleyin.

Küçük molekül kütlesinin örneklerle yüklenmesi için küçük molekül kütlesinin korelasyonunu görüntülemek için iki partili ağları kullanan ilke bileşenleri analizi ve metabolik çağrışım ağları ile veri görselleştirmesini sağlamak için küçük molekül veri analizi sayfasına geçin. Analiz edilecek belirli ilgi çekici örnekleri vurgulamak için dendrogramı tıklatın ve sürükleyin. Hiçbir örnek vurgulanmadıysa veya protein dendrogramı oluşturulmazsa, sırasıyla rasgele bir alt kümeden veya tüm örneklerden oluşan bir metabolit ilişkilendirme ağı görünür.

Metabolit ilişkilendirme ağındaki bir matris ortamını boş çıkarmak için menüyü açın ve boş olarak kullanmak üzere uygun örneği seçin. En yüksek durum ve çoğaltma yüzdesi için istenen değerleri seçmek, gürültüsinyali ve üst ve alt kütle kesintileri için istenen değerleri seçmek için MENÜ gösterisi/gizleme MAN ayarlarını açın. Bu ayarların seçimine rehberlik etmek için küçük molekül ayna çizimlerini kullanın.

Sonuçları raporlamak için, oluşturulan metabolik ilişkilendirme ağı oluşturmak için kullanılan kullanıcı tanımlı ayarları sağlamak için MAN çözümleme paragrafını raporlama önerileri içindeki metni kopyalayın. Mikromonospora chokoriensis altı suşları ve Bacillus subtilis iki lekeler IDBac yazılımında veri kullanılarak analiz edildi. Ham veri sekmesi ile başlayan yönergeleri izleyerek, Bruker dosyalarını dönüştürmek için buraya tıklayın ve IDBac her veri kümesi için verilen yönergeleri sağladı.

Otomatik dönüştürme ve ön işleme tepe basamakları için, bacillus ve Micromonospora örneklerinin iki deneyden tek bir deneye aktarılmasıyla birleşik bir IDBac deneyi oluşturuldu. Elde edilen analiz, spektrum kalitesini değerlendirmek ve tepe ayarlarını ayarlamak için yararlı olan ayna çizimleri kullanarak protein spektrumlarının karşılaştırılmasını içeriyordu. Varsayılan ayarları seçilen protein kümeleme sonuçlarının ekran görüntüsü burada gösterilmiştir.

Dendrogram, çizimdeki eşik ayarlayarak renklendi. Not hem M.chokoriensis ve B.subtilis ile cins arasındaki açık ayrım ayrı ayrı kümelenme izole edilir. Protein dendrogramı tıklayarak ve sürükleyerek, hızla sadece B.subtilis suşları karşılaştırmak için metabolik çağrışım ağları oluşturmak mümkün oldu, sadece M.chokoriensis suşları, ve aynı anda tüm suşları.

Bu ağların birincil işlevi, araştırmacılara bakteriler arasındaki özel metabolit örtüşme derecesine geniş bir genel bakış sağlamaktır. Yeni verilerle çalışırken, verilerinizin anlamlı ve spektrumların yüksek kalitede olduğundan emin olmak için IDBac'ın ayna çizimlerini kullanın. Deneysel tasarımınızı ve sonuçlarınızı her adımda eleştirel bir şekilde değerlendirin.

IDBac araştırmacılar Daha fazla araştırma için mikroorganizmaların küçük ve çeşitli kütüphaneler inşa sağlar. Bu, geleneksel olarak büyük ve gereksiz mikrobik kitaplıklarla ilişkili maliyetleri büyük ölçüde azaltır. IDBac, son derece benzer filogenetik gruplar içinde özelleştirilmiş metabolit örtüşmelerini görselleştirmenize olanak sağladığından, genellikle bağlantısı kesilen iki alanı birbirine bağlayan araştırma soruları ve hipotezler oluşturmak için kullanılabilir.

Formik asit kostik ve kimyasal bir duman başlık ele alınmalıdır. Bazı çevresel izolasyonlar potansiyel sağlık tehlikeleri oluşturabilir ve tüm suşlar biyogüvenlik seviyesi iki olarak ele alınmalıdır.