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Environmental Microbiology

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Visualisation des microorganismes du sol via le Contact glissent Assay et microscopie
 

Visualisation des microorganismes du sol via le Contact glissent Assay et microscopie

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Les relations entre les différents organismes et composants inorganiques dans le sol sont essentielles à la compréhension des changements de sol et les contraintes environnementales, mais ne peut pas être élucidées sans visualisation directe.

Sol, un système extrêmement complexe, est un habitat pour des millions d’organismes divers. La région du sol directement autour des racines des plantes en particulier, appelé la rhizosphère, contient un tableau unique d’organismes qui sont directement influencés par les racines des plantes.

La composante non biologique ou non biologique, de la rhizosphère comprend des particules inorganiques variant en taille et en forme qui contribuent à la texture du sol. La partie biologique, ou biologique, inclut les résidus végétaux, racines, matières organiques et micro-organismes.

Cette vidéo fera la démonstration de la visualisation directe des composants biotiques et abiotiques de la rhizosphère, afin de comprendre les facteurs qui influent sur les changements de sol et de prédire les stress environnementaux.

Organismes microscopiques ont tendance à résider dans l’eau situé à l’intérieur des pores du sol. Les bactéries sont parmi les plus simples et plus abondants organismes présent dans le sol et sont retrouvent dans plusieurs morphologies, y compris les sphères appelées coques, tiges appelées bacilles et formes filamenteuses.

Espèces de champignons, tels que les levures et les moisissures, sont les organismes deuxième plus abondants dans le sol. Ils travaillent pour décomposer et recycler la matière organique morte. Des champignons microscopiques filamenteux visuellement diffèrent des autres micro-organismes, qu’ils possèdent des hyphes longues et ramifiées qui libèrent des spores.

L’observation directe des relations entre ces organismes est difficile, mais peut être réalisée à l’aide d’un essai de contact de glissement. Cette méthode est exécutée en plongeant une lame de verre dans le sol pendant plusieurs jours et en autorisant les organismes et les saletés s’adsorber sur la surface de glissement.

La lame est ensuite retirée en biais pour éviter les bavures de la surface. Les microbes sont fixées avec de l’acide acétique et colorés avec tache Rose Bengale pour permettre la visualisation par l’intermédiaire de la microscopie photonique.

Maintenant que vous comprenez les principes qui sous-tendent la technique de dosage de diapositive contact, permet de prendre un regard sur le processus en laboratoire.

Tout d’abord, recueillir des sols de jardin surface et transférer le sol dans le laboratoire. Peser 150 g de sol dans les 2 récipients distincts. Un récipient doit être étiqueté comme l’échantillon de traitement, ce qui modifiera les nutriments afin d’encourager la prolifération rapide des organismes. Étiqueter l’autre comme le contrôle qui sera inchangé.

Calculer la teneur en eau dans le sol, en utilisant la technique décrite dans détermination de la teneur de cette collection en humidité sol vidéo. Selon ce calcul, déterminez la quantité d’eau dans le sol sur la base du poids sec. Maintenant calculer la quantité d’eau qui devra être ajouté pour donner une teneur en humidité du sol de 15 %. Cela amène l’humidité à la capacité au champ, optimale pour la croissance de micro-organisme.

Mesurer la quantité calculée de l’eau distillée à l’aide d’une éprouvette graduée. Versez le volume calculé d’eau dans chaque récipient. Basée sur le poids sec préalablement déterminé du sol, calculer la quantité de glucose nécessaire pour atteindre une concentration de glucose sol finale de 1 % en masse, à l’aide de la base du poids sec. Peser cette quantité de glucose et ajoutez-le au conteneur de traitement seulement.

Peser 200 mg de nitrate d’ammonium, puis ajoutez-le au conteneur de traitement seulement. Le nitrate d’ammonium sert comme source de nutriments azotée pour les microbes du sol. Mélanger le mélange du sol, de glucose et de nitrate d’ammonium dans le conteneur.

Ensuite, l’étiquette 4 lames de microscope propre : 2 comme traitement et deux en tant que contrôle. Insérer les diapositives de deux traitements dans le récipient de sol de traitement. Laisser une partie de chaque diapositive exposé au-dessus de la surface du sol et s’assurer qu’il y a un écart entre les deux glissières.

Insérer les diapositives de deux contrôle dans le conteneur de contrôle sol de la même manière. Couvrir les coupes d’une pellicule plastique et fixer avec un élastique. Perforer l’enveloppe en plastique plusieurs fois pour permettre le transfert de l’air, mais toujours éviter une évaporation excessive.

Enfin, les deux tasses de peser, noter leur poids et les incuber dans une zone désignée à température ambiante pendant sept jours.

Après l’incubation de sept jours, calculer la teneur en humidité du sol en pesant les coupes du sol. Déterminer si le poids a été perdue en raison de l’évaporation de l’eau et remplacez l’eau si nécessaire.

Retirer la pellicule de plastique du contenant et enlever les deux glissières du sol en appuyant sur chaque diapositive pour une position inclinée et en retirant afin que la face supérieure de la lame est intacte.

Tapotez doucement les diapositives pour éliminer les saletés importantes. À l’aide d’un essuie-tout humide, nettoyer la face inférieure des diapositives. Laissez-les sécher à température ambiante sous une hotte. Une fois sec, ramasser une diapositive avec une pince et le plonger dans l’acide acétique pendant 1 à 3 min.

Rincez la partie supérieure de la lame avec un léger courant d’eau distillée pour enlever l’excès d’acide. Répétez ces étapes pour toutes les diapositives. Laisser les lames à l’air sec.

Soutenir la diapositive sur une coloration grille au-dessus d’un récipient pour attraper le colorant excédentaire. À l’aide d’un compte-gouttes, couvrir délicatement la surface de la lame avec de la teinture de Rose Bengale phénolique. Laisser les lames de colorer pendant 5 à 10 min, en prenant soin d’ajouter plus de colorant au besoin pour tenir les diapositives mouillés. Délicatement rincer les lames avec de l’eau pour enlever la tache excédentaire et laisser les lames sécher à température ambiante.

Examiner les diapositives sous un microscope optique, à l’aide d’un objectif à immersion d’huile. Le sol traité auront plus de microbes du sol.

Les interactions spatiales entre les organismes fongiques et bactériennes dans les échantillons de sol type peuvent facilement être visualisées. Les particules du sol affichent des formes irrégulières sombres.

Organismes fongiques montrent des hyphes filamenteux épais, tandis qu’actinomycètes affichent minces hyphes filamenteux.

Les bactéries se trouvent comme petite cocci ou formes tige, généralement en touffes, sur les particules du sol ou la doublure d’hyphes fongiques.

L’isolement direct des organismes du sol est important pour la compréhension des caractéristiques du sol et de l’environnement.

Les nématodes entomopathogènes sont microscopiques rond vers qui parasitent les insectes. Alors qu’ils ne sont pas visualisées dans l’essai de contact de glissement, ils peuvent être isolés dans des échantillons de sol collectés, comme illustré dans cet exemple.

Tout d’abord, les nématodes ont été appâtés dans le sol à l’aide d’insectes identifiés à partir d’un examen visuel. Les nématodes ont été isolées de l’appât d’insectes morts, en plaçant les insectes morts dans un environnement humide et sombre et permettant les nématodes migrent hors de l’eau environnante. Les nématodes ont été prélevés dans l’eau puis analysés.

Champignons filamenteux sont essentiels à la santé en raison de leur rôle dans le recyclage des éléments nutritifs du sol. L’isolement et l’observation de champignons filamenteux du sol a été réalisée dans cet exemple.

Des échantillons de sol ont été dilués avec de l’eau et ajoutés pour séparer les boîtes de gélose stériles Rose Bengale streptomycine. La streptomycine a empêché la croissance bactérienne et a permis la croissance fongique. Colonies fongiques ont été comptées et montées sur une lame de verre à l’aide de ruban adhésif. Les champignons ont été projetés puis à l’aide d’un microscope optique.

Les microorganismes du sol décomposent naturellement de composants dans le sol, comme les plantes mortes et organismes. Biodégradation et colonisation des films plastiques biodégradables ont été examinées, comme illustré dans cet exemple.

Les champignons ont été isolés de films plastiques enfouis dans le sol pendant plusieurs mois. Les champignons ont ensuite été testées individuellement pour la croissance sur des films plastiques. Films plastiques sont ensuite incubées avec la souche fongique sélectionnée avec aucun support de croissance, afin d’observer la dégradation directe du plastique par les champignons.

Vous avez juste regardé introduction de Jupiter à l’analyse de contact de glissement pour l’imagerie qualitative des microbes du sol. Vous devez maintenant comprendre comment préparer la lame de contact et visualiser les microbes du sol. Merci de regarder !

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