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La salute dei pesci selvatici può essere utilizzata come indicatore di salute dell'ecosistema acquatico. Le valutazioni basate su autopsia pesce salute forniscono documentazione di lesioni visibili o anomalie, i dati utilizzati per calcolare indici di condizione, nonché la possibilità di raccogliere i tessuti per la valutazione microscopica, espressione genica e altri più in profondità analisi.