Genetics
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ベアマン・ファネルによる野生の線虫の迅速な分離
Chapters
Summary January 31st, 2022
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このプロトコルは、現場の天然基質から生きた線虫を効率的に抽出する方法を概説する。
Transcript
カエノーハブディティス線虫は、自然の中に住んでいる本物の動物です。野生の線虫を収集し、実験室の人工的な条件によって隠される可能性のある自然な文脈で遺伝子やゲノムを研究することができます。この技術は、現場の細菌が豊富な有機基質からワームを抽出し、ペトリ皿にきれいな培養物を作り出し、収集された時点で各集団のスナップショットを撮影する。
これらの集団は、生態学、集団遺伝学、またはメタ遺伝学の質問に適しています。野生株培養は、定量的遺伝学的研究のためにも貴重である。このテクニックは、現場研究初心者にとってもシンプルで実行が簡単です。
しかし、成功した収集旅行は、旅行の前に、材料の思慮深い準備を必要とします。腐った果物、花、真菌、草本植物の茎、土壌、または葉のごみなど、フィールド内の細菌が豊富な基質を特定します。小さなボリュームの基板をラベル付きのビニール袋に入れます。
腐敗材料が興味のあるフィールド側でまれである場合は、餌としていくつかの果物を置きます。それを岩に任せて、それを取り出し、それを植民地化したワーム。基板のサンプルID、緯度、経度、日付、説明を記録します。
周囲および基板温度、基板条件、収集時間、および基質関連マクロ無脊椎動物の存在など、実験に関連する他の局所的な環境測定値を記録する。はさみを使用して、各漏斗からゴムチューブの3センチメートルのセグメントをカットします。プラスチック漏斗の端にチューブを取り付けろ。
チューブクランプをゴムチューブの上にスライドさせ、締め付けます。漏斗のホールを作るために、展開された段ボールフライの卑劣な皿の中央に円形の穴を切った。段ボールを反転し、側面を一度折り、それらを一緒にテープで貼ります。
これは、ベンチの上の穴を高める脚を作成します。チューブクランプが閉じた位置にあることを確認し、漏斗を穴に入れ、各漏斗に滅菌水を注ぎ、リムの約3センチメートル下に充填します。
漏斗をタップして、チューブ内の閉じ込められた気泡を解放します。糸くずのないワイプを半分に折り、正方形を作り、漏斗の上に置きます。その後、ワイプを押し下げて水に沈めます。
自然な基質の任意の大きな固体部分を手動で分割します。サンプルの一部を漏斗のワイプにそっと置きます。拭き取りを穿刺したり、サンプルがリムの上に突き出したままにしないでください。
漏斗の端に水がくびれ出るのを防ぐために、サンプルの上に、慎重にワイプのコーナーを折ります。フィールド コレクション メモに対応するサンプル ID を使用して、じょうごにラベルを付けます。移動してサンプルを交差汚染する可能性のある活性な昆虫、または他の動物を選び出します。
各じょうごにさらに水を加える, 全体のサンプルを水没します.一晩室温でインキュベートしながら、活性線虫は組織を揺らし、漏斗の底に沈む。6センチメートルNGMワームプレートの底に、OP50大腸菌のスポットで座った漏斗のサンプルIDを書きます。
プレートから蓋を取り出し、漏斗スタンドからサンプルを含む漏斗を取り出し、開いたワームプレートの上に片手で直立したままにします。もう一方の手でチューブクランプの圧力を解放し、1〜2滴の水をチューブから細菌の芝生の隣のワームプレートに落とします。漏斗から水が落ちるとすぐに、すぐに再び閉じて、NGMプレートの洪水を防ぎます。
クリーンアップするには、漏斗の内容物を投げ出し、その後再利用するためにお湯で洗います。孤立した線虫を立体顕微鏡で観察します。線虫に加えて、時折小さなオリゴキットアネリッド、タージグレード、ロティファー、小さな甲殻類があります。
ISO雌雄同体、またはISO雌線を確立するには、各L4雌体素子または交配成人女性を、OP50で座った別の3.5センチメートルNGMプレートに移します。ワームピックを、転送の前後に殺菌します。最後に、パラフィンフィルムで、旅行のためにプレートを徹底的に包みます。
バロコロラド島パナマでは、2018年に131個の基質がこの方法で処理されました。99%が線虫を生み出した。34%がカエノーハブディティス線虫を生み出した。
チェルノブイリ排除区域ウクライナでは、2019年に、170個の基質がこの方法で処理されました。56%が線虫を生み出し、いずれもカエノールハブディティスはなかった。この方法は、線虫がワイプを泳ぐので機能します。
しかし、基板や他の動物は上に滞在します。プロトコルの多くの側面を変更して、フィールドで使用可能なリソースを利用することができます。この方法を用いて収集されたサンプルは、研究者がその後の実験室研究のために確立された文化に集団生物学の質問の広い配列に対処することを可能にする。
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