Journal
/
Genetics
/
Karakterisering av en patogen Escherichia coli-stamme avledet fra Oreochromis spp. Gårder ved bruk av helgenomsekvensering
JoVE Journal
Genetics
Author Produced
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Karakterisering av en patogen Escherichia coli-stamme avledet fra Oreochromis spp. Gårder ved bruk av helgenomsekvensering

DOI:
10.3791/64404-v

•

09:44 min

•

December 23, 2022

•

, , ,
1Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, 2Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:32DNA Library Preparation
  • 04:15Library Pooling, Denaturalizing, Sequencer Initiating
  • 07:05Sequence Data Analysis
  • 08:07Results: Circular Map and Subsystem Distribution of Draft Genome of E. coli ACM5
  • 09:15Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Gjennomførbarheten av helgenomsekvenseringsstrategier (WGS) ved hjelp av stasjonære instrumenter har forenklet genomundersøkelsen av hver mikrobe av folkehelserelevans i en laboratorieinnstilling. En metodologisk tilpasning av arbeidsflyten for bakteriell WGS er beskrevet og en bioinformatikk rørledning for analyse er også presentert.

Tags

Whole-genome SequencingWGSAntimicrobial ResistancePathogenic Escherichia ColiOreochromis Spp. FarmsNext-generation SequencingDNA ExtractionTagmentationIndexingPCRMagnetic Bead Purification

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Påvisning av Kopier nummer Endringer Bruke enkelt celle Sequencing

Bestemmelse av den optimale Chromosomal plassering(er) gir et DNA i Escherichia coli bruker en ny Transposon-mediert tilnærming

Generering av en gen-forstyrret Streptococcus mutans belastning uten Gene kloning

Sjelden hendelse gjenkjenning feil-korrigert DNA og RNA sekvensering

Ultralow inngang genomet sekvensering biblioteket forberedelse fra en enkelt Tardigrade prøven

Forsterkning av nær full lengde HIV-1-Proviruses for neste generasjons sekvensering

Høy gjennomstrømming identifikasjon av regulatoriske gensekvenser med neste generasjons sekvensering av runde kromosom konformasjon fange (4C-seq)

Produsere Gene slettingene i Escherichia coli av P1 signaltransduksjon med Excisable antibiotikaresistens kassetter

Isolere, sekvensering og analysere ekstracellulære MicroRNAs fra menneskelige stamceller

Sekvensering av mRNA fra hele Blood bruke Nanopore sekvensering

Read Article