Characterization of a Pathogenic <em>Escherichia coli</em> Strain Derived from <em>Oreochromis</em> spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Jos&#233; Antonio Maga&#241;a-Liz&#225;rraga; Bruno G&#243;mez-Gil; Julissa Enciso-Ibarra; Mar&#237;a Elena B&#225;ez-Flores

doi:10.3791/64404

Journal

/

Genetics

/

Caracterización de una cepa patógena de Escherichia coli derivada de granjas de Oreochromis spp.

JoVE Journal
Genetics
Author Produced

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Genetics

Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Caracterización de una cepa patógena de Escherichia coli derivada de granjas de Oreochromis spp.

DOI:

10.3791/64404-v

•

09:44 min

•

December 23, 2022

•

José Antonio Magaña-Lizárraga, Bruno Gómez-Gil, Julissa Enciso-Ibarra, María Elena Báez-Flores

¹Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, ²Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Chapters

00:04Introduction
01:32DNA Library Preparation
04:15Library Pooling, Denaturalizing, Sequencer Initiating
07:05Sequence Data Analysis
08:07Results: Circular Map and Subsystem Distribution of Draft Genome of E. coli ACM5
09:15Conclusion

Summary

Automatic Translation

La viabilidad de las estrategias de secuenciación del genoma completo (WGS) utilizando instrumentos de sobremesa ha simplificado la interrogación del genoma de cada microbio de relevancia para la salud pública en un entorno de laboratorio. Se describe una adaptación metodológica del flujo de trabajo para WGS bacteriano y también se presenta una tubería bioinformática para el análisis.

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Detección del número de copias alteraciones Uso de Secuenciación de los organismos unicelulares

Determinación de la óptima Localización cromosómica de un elemento de DNA en Escherichia coli utilizando un nuevo enfoque mediada por transposones

Generación de un gen interrumpido Streptococcus mutans cepa sin gen clonación

Detección de eventos raros usando ADN Error corregido y secuenciación de ARN

Ultra bajo entrada genoma secuencia biblioteca elaboración de un solo espécimen Tardigrade

Amplificación de cerca integrales provirus VIH-1 para secuenciación de próxima generación

Captura de alto rendimiento identificación de secuencias reguladoras de genes utilizando secuenciación de próxima generación de conformación Circular cromosoma (4C-seq)