VDJ-Seq: Tiefe Sequenzierung Analyse Rearranged Immunglobulin-Schwerketten-Gen zu Klonale Entwicklung Muster der B Zell-Lymphom Reveal

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Jiang, Y., Nie, K., Redmond, D., Melnick, A. M., Tam, W., Elemento, O. VDJ-Seq: Deep Sequencing Analysis of Rearranged Immunoglobulin Heavy Chain Gene to Reveal Clonal Evolution Patterns of B Cell Lymphoma. J. Vis. Exp. (106), e53215, doi:10.3791/53215 (2015).

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Abstract

Verständnis Tumor Klonalität ist entscheidend für das Verständnis der Mechanismen der Tumorentstehung und Progression der Erkrankung beteiligt sind. Zusätzlich Verständnis der klonalen Zusammensetzungsänderungen, die innerhalb eines Tumors in Reaktion auf bestimmte Mikroumgebung oder Behandlungen auftreten können, um die Gestaltung komplexer und wirksame Ansätze führen zu beseitigen Tumorzellen. Allerdings hat Tracking Tumor klonale Subpopulationen war aufgrund des Fehlens der unterscheidbaren Markierungen schwierig. Zur Lösung dieses Problems wurde ein VDJ-seq-Protokoll erstellt, um die klonalen Evolution Muster der diffusen großzelligen B-Zell-Lymphom (DLBCL) Rückfall durch Ausnutzung VDJ Rekombination und somatische Hypermutation (SHM), zwei einzigartige Features von B-Zell-Lymphomen zu verfolgen.

In diesem Protokoll wurden Next-Generation Sequencing (NGS) Bibliotheken mit Indexierung Potential von verstärkten umge Immunglobulin-Schwerkette (IgH) VDJ-Region von Paaren von Primärdiagnose und Rückfall DLBCL samp aufgebautles. Im Durchschnitt mehr als eine halbe Million VDJ-Sequenzen pro Probe wurden nach Sequenzierung, die sowohl VDJ Umlagerung und SHM Informationen enthalten erhalten. Zusätzlich wurden angefertigt Bioinformatik Leitungen entwickelt und vollständig genutzt Sequenzinformation für die Charakterisierung der IgH-VDJ Repertoire in diesen Proben. Darüber hinaus ermöglicht die Pipeline des Wiederaufbaus und der Vergleich der klonalen Architektur der einzelnen Tumoren, die die Prüfung des klonalen Heterogenität innerhalb der Diagnose von Tumoren und Abzug der klonalen Evolution Muster zwischen Diagnose und Rezidivtumor Paaren ermöglicht. Bei der Anwendung dieser Analyse auf mehrere Diagnose-Rückfall-Paare aufgedeckt haben wir wichtige Beweismittel, dass mehrere Unterscheidungstumor evolutionären Muster könnte zu DLBCL Rückfall führen. Darüber hinaus kann dieser Ansatz auch auf andere klinische Aspekte wie Identifizierung der minimalen Resterkrankung, Überwachung Rückfall Fortschritt und Ansprechen auf die Behandlung und Untersuchung von Immun Repertoire erweitert werdenn in nicht-Lymphom Kontexten.

Introduction

Krebs ist eine klonale Erkrankung. Seit vor dreißig Jahren, als Peter C. Nowell vorgeschlagen, den Krebs zu klonalen Evolution Modell 1 haben viele Studien versucht, klonalen Populationen innerhalb Tumorproben zu sezieren und zu rekonstruieren klonalen Expansion und Evolution Muster, die die Tumorentstehung Prozess 2 zugrunde liegen. Vor kurzem hat Vollgenomsequenzierung Forschern ermöglicht, einen tiefen Blick auf die klonalen Heterogenität und Evolution 3,4 zu nehmen. Aufgrund des Mangels an tractable Marker in vielen Zelltypen ist es jedoch schwierig, die genaue klonalen Architektur und Entwicklungspfad abzuleiten. Glücklicherweise gibt es eine natürliche Klonalität Marker in reifen B-Zellen, aus denen viele malignen Lymphomen, einschließlich DLBCL, stammen. Als Antwort auf Antigen-Stimulation, wobei jede B-Zelle kann eine einzelne produktive IgH VDJ Sequenzsegment zusammen aus einem großen Pool von diesen Segmenten zu bilden, durch Verbinden einer V H (variable), eine D (Diversity) und ein J H (Verbindung). Während dieser process können kleine Teile der ursprünglichen Sequenz deletiert werden und zusätzliche ohne Matrize Nukleotide können verwendet werden, um eine einzigartige VDJ-Rearrangement erstellen. Diese spezifische VDJ Umlagerung kann in allen Nachkommen dieser B-Zelle geerbt werden daher Tagging einzelne reife B-Zelle und ihrer Nachkommenschaft 5. Weiterhin tritt SHM an rekombinierten VDJ-Sequenzen in der anschließenden Keimzentren (GC) Reaktion zur zusätzlichen Mutationen für die Erweiterung des Antikörperpool und die Verstärkung der Antikörperaffinität 6 einzuführen. Daher wird durch Vergleich und die Gegen VDJ und SHM Muster Lymphom Proben, die diese Prozesse durchlaufen haben könnte intratumorale Heterogenität abzugrenzen und klonale Entwicklungsweg der Krankheit kann abgeleitet werden.

Bisher konnten VDJ-Rearrangement und SHM durch PCR Amplifikation der rekombinierten Bereiche, Klonierung der PCR-Produkte, und anschließend die Sanger-Sequenzierung, um Sequenzinformation zu erhalten, identifiziert werden. Dieser Ansatz is niedrigem Durchsatz und niedrige Ausbeute, Abrufen nur einen sehr kleinen Teil des gesamten rekombiniert VDJ Repertoire und innerhalb einer gegebenen Probe behindern die Charakterisierung der Gesamtdarstellung der klonalen Population. Ein modifizierter Ansatz wurde von Erzeugung NGS indexiert Sequenzierungsbibliotheken von VDJ PCR-Produkte und die Durchführung PE 2x150 bp-Sequenzierung, um mehr als eine halbe Million rekombiniert VDJ-Sequenzen pro Probe zu erhalten erstellt. Darüber hinaus wurde eine benutzerdefinierte Pipeline entwickelt, um die Qualitätskontrolle (QC) durchführen, richten, Filter VDJ Sequenzierung liest den Umlagerungen und SHM jedes Lese identifizieren und durchzuführen phylogenetische Analyse auf der klonalen Architektur jeder Probe. Darüber hinaus wurde ein neuer Ansatz wurde gegründet, um weiteren Charakterisierung der klonalen Evolution Muster für Proben bei verschiedenen Krankheitsstadien gesammelt.

Wir haben diese Technik, um DLBCL Patientenproben angewendet. DLBCL ist eine aggressive Form von Non-Hodgkin-Lymphom mit häufigen Rückfällen in bis zu einem third der Patienten 7. DLBCL Rückfälle in der Regel früh auftreten, innerhalb von 2 bis 3 Jahren von der ersten Diagnose, obwohl einige haben nach 5 Jahren 8 auftreten. Prognose für die Rückfall-Patienten ist schlecht, mit nur 10% zu erreichen 3 Jahre das progressionsfreie Überleben aufgrund der begrenzten Behandlungsmöglichkeiten. Dies ist die Grundlage, um den dringenden Bedarf an neuen Ansätzen zur DLBCL Rezidiv 9,10 behandeln. Allerdings sind die molekularen Mechanismen mit DLBCL Rückfall assoziiert noch weitgehend unbekannt. Insbesondere ist die Rolle von klonalen Heterogenität bei der Diagnose und klonale Entwicklung während DLBCL Rezidiv Entwicklung derzeit nicht charakterisierten, was es schwierig macht, eine genaue und nützliche Biomarker Rezidiv vorher definieren. Um diese Fragen zu beantworten, haben wir unsere angelegten VDJ-Sequenzierungsansatz auf mehreren paarweise mit identischer Primärdiagnose-Rückfall DLBCL Probenpaare. Zwei verschiedene klonale evolutionären Szenarien Rezidiv aus dem Vergleich der klonalen Architekturen zwischen der Diagnose und Rezidiv samp tauchtles, die mehrere molekulare Mechanismen schlägt in DLBCL Rückfall einbezogen werden.

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Protocol

1. VDJ Amplification

1.1) DNA-Extraktion aus Tumorproben

  1. Extrahieren von DNA aus dünnen Abschnitten (10-20 um) eingefroren Oktober eingebettet normalen oder malignen Geweben.
    1. Verdauen 10-30 dünne Schnitte von eingebetteten Gewebe von einem Kryostat-Mikrotom in 4 ml Nucleic Lysis Buffer (0,0075 M Tris HCl, pH 8,2, 0,3 M NaCl, 0,002 M Na 2 EDTA) geschnitten mit Proteinase K (0,5 mg / ml, Endkonzentration ) und 0,625% SDS in einem 15 ml Zentrifugenröhrchen in einem 37 ° C-Wasserbad über Nacht.
    2. 1 ml gesättigtem NaCl (5 M), um die Verdauung des Gemischs und kräftig schütteln, 15 Sek.
    3. Zentrifuge bei 1.100 xg für 15 min bei Raumtemperatur.
    4. Den Überstand in ein neues 15 ml Zentrifugenröhrchen und fügen Sie zwei Volumina 100% Ethanol.
    5. Mischen Sie durch Umdrehen des Röhrchens 6-8 mal. Zentrifuge bei 5000 × g für 60 min bei 4 ° C, um die gefällte DNA zu sammeln.
    6. Zweimaliges Waschen des DNA-Pellets mit 70% Ethanol. Centrifuge bei 5.000 xg für 15 Minuten jedes Mal, um das Pellet zu erhalten.
    7. Aufzulösen DNA in 100-400 ul TE-Puffer bei Raumtemperatur auf einem Schüttler über Nacht. Die DNA-Ausbeute beträgt 5 bis 200 & mgr; g (Endkonzentration zwischen 50-500 ng / & mgr; l) in Abhängigkeit von der Größe der Gewebe
  2. Extrahieren von DNA aus dünnen Abschnitten (10-20 & mgr; m) von formalinfixierten, paraffineingebetteten (FFPE) normalen oder malignen Gewebe.
    1. Inkubieren Paraffinschnitte in 1 ml Xylol bei Raumtemperatur zweimal für je 10 min in einem 1,5 ml Mikrozentrifugen-Röhrchen zu de-Paraffin säubern. Sammle die Gewebeschnitte durch Schleudern bei 13.000 xg für 5 min bei Raumtemperatur.
    2. Abschnitte in 1 ml 100% Ethanol zweimal bei Raumtemperatur inkubiert, 10 Minuten jedes Mal zu Xylolen Rückstände zu entfernen. Sammle die Gewebeschnitte durch Schleudern bei 13.000 xg für 5 min bei Raumtemperatur. Das Paraffin wird vollständig an dieser Stelle aufgelöst und nur die Gewebeschnitt verbleibt.
    3. Der Luft trocknen die Teile bei Raum temperatur für 10-15 min.
    4. Machen Sie eine 0,5 mg / ml Proteinase K-Lösung mit 1x PCR-Puffer (ab 10x PCR-Puffer mit Nuklease-freies Wasser verdünnt). Füge das Proteinase-K-Lösung zu den Proben in einem Endvolumen von 50-100 ul beimpft und über Nacht bei 37 ° C.
    5. Erhitzen Sie die Proben bei 95 ° C für 10 min, um Proteinase K zu inaktivieren
      Anmerkung: In diesem Schritt wird die DNA-Probe in der PCR-Puffer gelöst und kann in den Schritten 1.2 und 1.3 direkt verwendet werden. Die DNA-Ausbeute beträgt 0,5 bis 20 & mgr; g (Endkonzentration 10-200 ng / & mgr; l) in Abhängigkeit von der Größe des Gewebes.

1.2) DNA Quality Assessment

  1. Mix 0,25 ul Taq DNA Polymerase mit 45 & mgr; l der Master-Mix aus dem Handelsleiter-Kit in einem PCR-Röhrchen.
  2. In 5 von 1.1.1.7 oder 1.1.2.5 hergestellten ul DNA in die PCR-Röhrchen und mischen Sie gut durch und Abpipettieren für mindestens 5-mal.
  3. Verwenden Sie die folgenden Bedingungen, um die DNA zu amplifizieren: 95 ° C7 min; gefolgt von 35 Zyklen von 45 sec bei 95 ° C, 45 sec bei 60 ° C und 90 sec bei 72 ° C; dann 72 ° C für 10 min und Halten bei 15 ° C.
  4. Vorbereitung einer 2% igen Agarosegel in TBE (Tris / Borat / EDTA).
  5. Mischungs 20 ul PCR-Reaktion mit 4 ul 6x Ladepuffer und geladen auf ein 2% iges Agarosegel.
  6. Flecken auf der Agarosegel mit 0,5 ug / ml Ethidiumbromid-Lösung und detektieren PCR-Produkte mit einem Gel Vorstellen Systems. Hinweis: Die Proben, die 5 PCR-Produkte ergeben in Größen von 100, 200, 300, 400, und 600 bp wird weiterhin VDJ Amplikons zu erzeugen.
    VORSICHT: Ethidiumbromid ist ein potenter mutagen. Bitte mit äußerster Vorsicht durch das Tragen von Schutzzahnräder, dh Handschuhe, und entsorgen Sie in bestimmte Behälter pro Richtlinien Institution.

1.3) VDJ PCR

1.3.1) Amplify rekombiniert IgH VDJ-Segment von Framework-Region 1 (IgVHFR1)

  1. Mix 45 ul Master-Mix aus der Tube Labeled als "Mix 2" eines kommerziellen somatische Hypermutation IGH-Assay für Gel-Nachweis-Kit, 0,25 & mgr; l Taq-DNA-Polymerase, und 5 ul von 1.1.1.7 oder 1.1.2.5 in einem PCR-Röhrchen hergestellte Probe DNA.
  2. Verwenden Sie die folgenden Bedingungen, um die DNA zu amplifizieren: 95 ° C für 7 min; gefolgt von 35 Zyklen von 45 sec bei 95 ° C, 45 sec bei 60 ° C und 90 sec bei 72 ° C; dann 72 ° C für 10 min und Halten bei 15 ° C.
  3. Lösung der gesamten PCR-Produkts in einem 2% igen Agarosegel durch Elektrophorese.
  4. Flecken auf der Agarosegel mit 0,5 ug / ml Ethidiumbromid-Lösung und detektieren PCR-Produkte mit einem Gel-Bildgebungssystem. Monoklonaler Amplifikat wird mit dem Grßenbereich von 310-380 bp zu erwarten.
  5. Auszuschneiden Gelanteils mit dem monoklonalen Amplikon zwischen 310 bis 380 bp.
  6. Reinigen DNA von exzidierten Gel unter Verwendung einer Standard-Gel-Extraktions-Kit nach Herstellerprotokoll. Anmerkung: Für Proben, die FR1-Fragmente erhalten werden konnte, gibt es keine Notwendigkeit, IgV reichlichHFR2 und IgVHFR3.

1.3.2) Amplify rekombiniert IgH VDJ-Segment von Framework-Region 2 (IgVHFR2)

  1. Mix 45 ul Master-Mix aus der Tube als "Tube B" einer kommerziellen IGH Gene Klonalität Assay zur Gel-Nachweis-Kit, 0,25 & mgr; l Taq-DNA-Polymerase, und 5 ul Proben-DNA aus 1.1.1.7 oder 1.1.2.5 in einem PCR-Röhrchen vorbereitet markiert .
  2. Verwenden Sie die folgenden Bedingungen, um die DNA zu amplifizieren: 95 ° C für 7 min; gefolgt von 35 Zyklen von 45 sec bei 95 ° C, 45 sec bei 60 ° C und 90 sec bei 72 ° C; dann 72 ° C für 10 min und lassen bei 15 ° C.
  3. Lösung der gesamten PCR-Produkts in einem 2% igen Agarosegel durch Elektrophorese.
  4. Visualisieren PCR-Produkt (e) von 0,5 ug / ml Ethidiumbromid. Monoklonaler Amplikon kann im Größenbereich von 250-295 bp beobachtet werden.
  5. Auszuschneiden Gelanteils mit dem monoklonalen Amplikon zwischen 250 bis 295 bp.
  6. Reinige DNA aus ausgeschnittenen Gel mit einem Standard-Gel-ExtraktIonen Kit nach Herstellerprotokoll.

1.4) Optimize VDJ PCR

  1. Mithilfe der folgenden modifizierten PCR-Bedingungen zu amplifizieren IgVHFR1 und IgVHFR2 Verwendung suboptimaler DNA: 95 ° C für 7 min, 40 Zyklen von 95 ° C für 60 sec, 60 ° C für 60 sec, und 72 ° C für 90 sec, abschließenden Extension bei 72 ° C für 10 min.

2. VDJ Amplicon Bibliothek Vorbereitung und Sequencing

2.1) Bibliothek Vorbereitung

2.1.1) End-Reparatur

  1. Bringen VDJ PCR-Produkt aus 1.3 in ein PCR-Röhrchen und fügen Resuspensionspuffer von DNA-Probenvorbereitung Kit auf 60 ul zu bringen Sie die Lautstärke.
  2. In 40 ul End Repair Mix aus DNA Probenvorbereitung Kit und gründlich mischen.
  3. Inkubieren der Reaktion bei 30 ° C für 30 Minuten in einem vorgewärmten Thermocycler (30 ° C) mit einem vorgewärmten Deckel bei 100 ° C.
  4. Mischen Sie 136 ul magnetische Perlen und 24 & mgr; l PCR grade Wasser zuerst in einem 1,5-ml-Röhrchen, übertragen Sie dann die gesamte End-Reparaturreaktion von 2.1.1.3 in die 1,5-ml-Röhrchen und mischen Sie gut mit dem Perlen-Lösung.
  5. Die Röhrchen auf einem magnetischen Ständer für 2 min, um die Trennung der Beads von der Lösung zu ermöglichen. Den Überstand aspirieren und waschen Sie die Perlen mit 80% frisch zubereiteten EtOH zweimal, während das Rohr auf dem Magnetständer.
  6. Saugen Sie das Ethanol-Lösung vollständig und ermöglichen die Perlen an der Luft trocknen für 15 Minuten bei Raumtemperatur für 15 min.
  7. Nehmen Rohr von den Magnetstativ und resuspendieren Perlen in 17,5 ul Resuspensionspuffer.
  8. Die Röhrchen wieder auf die magnetische Halterung für 2 min zu trennen Perlen aus der Resuspensionspuffer. Entfernen Sie die Resuspensionspuffer (End-Repair-Produkt ist nun in der Resuspension Puffer) in ein sauberes PCR-Röhrchen.

2.1.2) A-Tailing

  1. In 12,5 ul A-Tailing-Mix in den PCR-Röhrchen, das End-Repair-Produkt und gründlich mischen. Inkubieren des PCR-Röhrchen bei 37 ° C für 30 Minuten in einem vorgewärmten Thermocycler (37 ° C) mit einem vorgewärmt Deckel bei 100 ° C.

2.1.3) Adaptor-Ligation

  1. In 2,5 ul Resuspensionspuffer, 2,5 ul Ligationsmischung und 2,5 ul DNA-Adaptor-Index in die A-Tailing-Reaktion.
  2. Inkubieren der Reaktion bei 30 ° C für 30 MINL in einem vorgewärmten Thermocycler (30 ° C) mit einem vorgewärmten Deckel bei 100 ° C.
  3. In 5 ul Stop-Ligationspuffer in jede Reaktions und gründlich mischen.
  4. Mix 42,5 ul gut gemischten magnetischen Kügelchen, um die Reaktion folgende Schritte 2.1.1.5 bis 2.1.1.8 zu reinigen. In 50 ul Resuspensionspuffer, um den Adapter-ligierte Produkt zu eluieren.
  5. Reinigen Sie den Adapter-ligierte Produkt ein zweites Mal unter Verwendung von 50 & mgr; gut gemischten AMPure XP Perlen und eluieren das Produkt in 25 ul Resuspensionspuffer in ein sauberes PCR-Röhrchen.

2.1.4) Amplify DNA-Fragmenten

  1. In 5 ul PCR Primer Cocktail und 25 & mgr; l PCR-Master-Mix auf die PCR-Röhrchen, das Adapter-ligierte Produkt und gründlich mischen.
  2. Die Amplifikation in einer vorprogrammierten Thermocycler unter den folgenden Bedingungen: 98 ° C für 30 sec; 10 Zyklen von 98 ° C für 10 sec, 60 ° C für 30 sec und 72 ° C für 30 sec; dann 72 ° C für 5 min Halten bei 10 ° C.
  3. Bereinigen Sie die Reaktion unter Verwendung von 50 & mgr; l gut gemischte magnetische Kügelchen, und eluieren das Endprodukt in 30 ul Resuspensionspuffer.

2.1.5) Bibliothek Validation

  1. Quantifizierung des Endproduktes mit einem Fluorometer unter Verwendung der Herstellerprotokoll. Endgültige Bibliothek-Konzentration zwischen 2,5 bis 20 ng / & mgr; l.
  2. Beurteilung der Qualität des Endproduktes mit Hilfe eines Analyseinstrument mit hoher Empfindlichkeit DNS-Chips nach dem Protokoll des Herstellers. Erwarten Sie eine einzelne Bande mit der erwarteten Größe für entweder IGVHFR1, IGVHFR2 oder IGVHFR3. DichRWARTETE Größe der Bibliothek Produkt entspricht der Größe des ursprünglichen VDJ Amplikon sowie die Größe der Adapter (~ 125 bp).

2.2) VDJ-PCR-Bibliothek Pooling und Sequenzierung

  1. Berechnung der Molarität jeder Bankfraktion mit der folgenden Formel: NM = [(ng / 1.000) / bp * 660] x 10 9 ng wo die Konzentration des VDJ-PCR-Bibliothek in Schritt 2.1.5.1 gemessen und bp ist der Spitzen Größe des VDJ-PCR-Bibliothek in Schritt 2.1.5.2 gemessen.
  2. Verdünnen Sie die Bibliothek bis 2 nm (10 ul insgesamt) mit DNase-freiem Wasser.
  3. Kombinieren Sie die 10 ul der verdünnten 2 nM Bibliotheken zusammen in ein 1,5-ml-Tube.
  4. Hinzufügen eines gleichen Volumens PhiX Spike-Kontrolle in die 1,5-ml-Tube.
  5. Laden Sie den Pool am 07.00 Konzentration auf eine Durchflusszelle.
  6. Sequenz, die die Bibliotheken mit einem Paired-End 150 Zyklussequenzer nach Herstellerprotokoll.

3. Datenanalyse

Hinweis: Ein summary der Bioinformatik-Skripte in diesem Abschnitt verwendet, kann als Ergänzungs-Code-Datei.

3.1) Ausrichtung und QC

  1. Karte Paired-End-Sequenzierung liest gegen einen menschlichen IGH V, D und J-Region-Datenbank aus der IMGT Website 11 mit einer angepassten Nukleotid-BLAST-Algorithmus, basierend auf 'blastn' von NCBI mit gap open penalty 2, gap extension penalty von 1 heruntergeladen, Wortlänge von 7 und E-Wert, der sich von 10 -4. Entsorgen Sie die Lese-Paar nicht, um sowohl eine IGH V und J-Region zuzuordnen.
  2. Zählen der verbleibenden Lesepaare, IGH V- und J-Zuordnungen müssen die Frequenzen der pass VJ Kombinationen für alle Lesepaare von der Sequenzierungslauf auf der Probe erhalten wird. Graf eine Lesepaar, wenn es sich sowohl auf eine IGH V und J-Gen kartiert, und fügen Sie ihre Allel an die entsprechende Zählung für die besondere VJ Kombination.
  3. Rang der Zählungen für jede neu kombiniert VDJ-Region von 3.1.2 von der Hoch erhaltenest zur niedrigsten. Die Region verfügt über die höchste VDJ liest Zählung wird als Haupt Umlagerung Kombination definiert.
  4. Entsorgen Sie ausgerichteten Sequenzen, die weniger als 35% des Gebietes Haupt Umlagerung in 3.1.3 fest decken.

3.2) SHM Profil Identification

  1. Zählen Sie alle SHM Muster über das liest aus Schritt 3.1.3. Definieren Sie die SHM Muster als Subklon.
  2. Zählen die Anzahl von den Subklonen, die verschiedene einzigartige SHM Mustern entsprechen, und die Anzahl von Lesevorgängen, die auf einzelne Subklone abgebildet werden.

3.3) Grafische Darstellung der Ergebnisse

  1. Führen die phylogenetische Analyse der Subklone mit ihren entsprechenden SHM-Muster unter Verwendung einer Nachbarschaftsverbindungsverfahren von R-Paket "Affe" entsprechend dem Protokoll des Herstellers. Berechnen einer Distanzmatrix von den einzelnen unterschiedlichen Ausrichtungen, um den Subklon phylogeny zur Keimbahnsequenz der V verwurzelt neuJ Kombination in Frage für jeden gepaarten Probensatz.
  2. Verwenden der Nukleotidsequenz von jedem Subklon als Zeichenvektors und Berechnen der ungefähren Saitenabstand zwischen allen Subklone in der Haupt VJ Umlagerung zur Diagnose und entsprechende Rückfall Proben unter Verwendung eines Levenshtein Abstandsmaß wo mathematisch der Abstand zwischen zwei Ausrichtungen durch d x, y gegeben (i, j), wobei d x, y (i, j) = 1, wenn i ≠ j und 0 sonst, und summieren diese Funktion über die Länge der Zeichenfolge entspricht, Sequenzen, i und j Nukleotids.
  3. Graphisch die resultierende Matrix der Subklon Abstände und ihre entsprechenden Subklon Zählungen in den zwei folgenden Arten:
    1. Verwenden Sie R-Paket "Masse" nach Herstellerprotokoll zur multidimensionalen Skalierung auf den Subklon Distanzmatrix anzuwenden und erzeugen eine zweidimensionale Prinzip koordiniert Karte, die dann aufgetragen wird zusammen mit dem Logarithmusder subclonal zählt wie der Radius des Kreises.
    2. Konstruieren Sie einen ungerichteten Graphen basierend auf der Levenshtein-Distanz, wo die Scheitelpunkte entsprechen den jeweiligen unterschiedlichen Subklon, die aus der großen VJ Umlagerung.
      Hinweis: Wenn der Abstand zwischen zwei anderen Klone gleich eins ist, dann gibt es eine Kante zwischen diesen beiden Eckpunkten. Wenn die Entfernung größer als eins ist, dann gibt es keinen Rand verbindet.
    3. Zur graphischen Bestimmungen 3.3.3.2 mit der tkplot Funktion in der "IGRAPH" R-Paket mit dem Kamada Kawai-Layout nach dem Protokoll des Herstellers. Der Radius der Ecken ist proportional der dritte Wurzel der Gesamtzahl an Klonen, es abgebildet und die Schattierung verwendet einen roten und blauen Bereich, um den Anteil von Klonen, gehören entweder zur Diagnose (blau) oder Rückfall (rot) Proben bezeichnen .

3.4) Heterogenität (Entropie) Messung

  1. Untersuchen Sie die Zahlen und Subklon Grafen von derEinzelmuster somatische Hypermutation in der Haupt VJ Umlagerung für jede vorkommende gepaarten Proben gesetzt.
  2. Berechnen die empirische Entropie und Rest empirische Entropie für die Anzahl der unterschiedlichen Klone in jeder Probe unter Verwendung des Standard-Histogramms auf Basis Entropieschätzung eingestellt.

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Representative Results

Das Gesamtverfahren der VDJ-Sequenzierung (VDJ-seq), einschließlich DNA-Extraktion, rekombiniert VDJ-Region Amplifikation und Reinigung, Sequenzierung Bibliothekskonstruktion liest Verarbeitung und phylogenetische Analyse, ist in Abbildung 1 dargestellt. Routinemßig 5-200 ug DNA kann aus abgerufen werden gefroren oder Gewebeschnitten von 0,5 bis 20 & mgr; g DNA aus Formalin fixierten und in Paraffin eingebetteten Gewebeschnitten. Abhängig von der Qualität, Umlagerung Muster und SHM Grad einzelner Proben, eine Vielzahl von VDJ PCR-Produkten aus verschiedenen Proben erhalten werden konnte (Figur 2) einschließlich IGVHFR1 (310-380 bp), FR2 (250-295 bp) und FR3 (70-120 bp). Proben, aus denen nur FR3 Fragment kann von VDJ PCR erhalten werden, wurden aus dem restlichen Studie wegen der kurzen Produkt, das nicht für nachfolgende Datenanalyse Zweck vorsieht ausreichende Menge an Sequenzinformation ausgeschlossen. Nur Proben, von denen ein großer FR1 oder FR2 PCR Produkt kann auf th sichtbar gemacht werdene Agarosegel verarbeitet werden, um die Sequenzierung Bibliotheken zu erzeugen. Die Ausbeute an großen PCR-Produkts nach der Gelreinigung Bereich von 10 bis 50 ng insgesamt.

Die gesamte gereinigte PCR-Produkt wurde für die nachfolgende Konstruktion der Bibliothek zur Sequenzierung Bibliothek verwendet. Nach Adaptorligation erhält jede Probe einen eigenen eindeutigen Index. Während Bibliothek Amplifikation wurden 10 PCR-Zyklen durchgeführt, die mehr als 30 ng als endgültig Bibliothek Produkte ergeben könnte. Die Bibliothek Qualität wurde von einem Bioanalyzer abgerufen. Wie in Figur 3 gezeigt, gibt es ein einziges Produkt in der Bibliothek Probe mit einer Größe Verschiebung ~ 125 bp bilden die ursprünglichen VDJ PCR Amplikon Erzeugnisses unter Angabe der zusätzlichen Adapter. Für jede Sequenzierungslauf wurden 5-10 Bibliotheken zusammen bei 7 um gepoolt. Darüber hinaus aufgrund der hohen Sequenzähnlichkeit zwischen den VDJ PCR-Produkte, die Bibliothek-Pool wurde mit 50% PhiX gemischt spike in die Komplexität des Laufs und korrekte Identifikation sicherzustellen Basisweitere nach jedem Sequenzierungszyklus. Bibliothek DNA-Fragmente wurden über 150 bp an beiden Enden, die den Abruf von ausreichenden Menge Sequenzinformation spannt VD und DJ-Übergänge für die FR1 Fragmente ermöglicht sequenziert und SHM Mutationsmuster für phylogenetische Analyse.

Zuvor VDJ-Sequenzierung durchgeführt, die wir auf 32 DLBCL Proben zum Zeitpunkt der Diagnose und Rückfall von 14 Patienten gesammelt (einige Patienten hatten mehrere Proben an beiden Diagnose oder Rückfallstufe erhoben) unter Verwendung der oben beschriebenen 12 Zustand. Durch Ausführen der phylogenetischen Analyse der SHM Profile der Haupt V H DJ H Neuanordnungen zwischen den gepaarten Proben einer "Früh-Divergent" und "Spät-Divergent" Modus der klonalen Evolution mit DLBCL Rezidiv Verbindung gebracht wurden, 12. Dabei wurde der gleiche Ansatz auf eine neu gesammelten DLBCL Diagnose und Rezidivpaar angelegt. Die FR1 Regionen wurden in beiden Proben nach P erhaltenCR-Amplifikation. Ein Haupt PCR-Produkt mit der Größe der Umgebung von 344 bp (von Bioanalyzer gemessen) wurde sowohl von der Diagnose und den Rückfall Proben erhalten. Nach der Sequenzierung liest insgesamt 0,70 Mio. Paired-End wurden für die Diagnose Probe erhalten und 0.730.000 Paired-End liest für die Rückfall-Probe, die innerhalb des Bereichs von der Anzahl der Lesevorgänge pro Probe in der früheren Studie erhalten wurden, waren (0.38- 1.420.000, durchschnittlich 0,75 ± 0,26 Mio.) 12. Nach Zuordnung Paired-End liest gegen IMGT Datenbank liest, dass nicht über Treffern in allen drei V, D und J wurden Regionen verworfen. V H DJ H-Anordnung wurde zu jedem Paired-End-Lese zugeordnet. Eine Gesamtzahl von 0.640.000 und 0.670.000 V H DJ H-Übergänge wurden in der Diagnose und Rückfall Proben jeweils identifiziert, was mehr als 90% Ausrichtung Rate. Durch Zählen, wie oft jede Kombination von V H DJ H wurde in einzelnen Proben festgestellt, 808 unterschiedliche V H </ sub> DJ H-Übergänge wurden in der Diagnose Probe und 581 verschiedenen V H DJ H-Übergänge in der Rückfallprobe gefunden. Die dominierende V H DJ H-Übergang sowohl in der Probe IGHV4-34 * 2 * 01 IGHJ2 IGHD5-5 * 01, die bestätigt, dass sie klonal verwandt sind. Diese dominante V H DJ H-Übergang einen Anteil von 97% des gesamten abgebildeten V H DJ H-Übergang liest sowohl in der Diagnose und dem Rückfall Probe Probe.

Um die klonalen Evolution dieser DLBCL Rückfall Fall zu verfolgen, wurde phylogenetische Analyse der SHM-Profile der wichtigsten V H DJ H-Umlagerungen zwischen diesem Paar von Diagnose und Rückfall Proben durchgeführt. Wir beobachteten, dass die klonalen Evolution Muster dieses Paar wurde im Anschluss an die "Late-divergente" Pfad (Abbildung 4), dass die Subklone der Diagnose und Rezidivtumoren zusammen auf dem gleichen Ast des Stammbaums geclustert und die dominanteDiagnose Subklon und die dominanten Rückfall Subklone teilten ähnliche SHM Muster mit ein paar zusätzlichen Mutationen traten in der Rückfall Subklon. Diese Ergebnisse legen nahe, dass möglicherweise gab es einen Subklon in der Diagnose Tumor, der entweder chemoresistenten war oder entkam aus der Behandlung, und dann schließlich in die Rückfall Tumor entwickelt.

Zur weiteren Charakterisierung und Visualisierung von klonalen Architektur jedes Samples und klonalen Evolution Muster während der Rückfallprozess wurden zwei neue Analysen entwickelt. Bei diesen Analysen wurden die gesamte Reihe von Subklonen der Haupt VJ Umlagerung in jeder Probe verwendet, um die paarweisen Saitenabstand zwischen allen Subklone wie durch ihre Muster der SHM definiert zu berechnen. Dann unter Verwendung von multidimensionalen Skalierungs (5A, 5B) oder durch den Aufbau eines ungerichteten Graphen (5C, 5D) nach der Datenanalyse beschrieben, wurden graphische Darstellungen, die die Verteilung und die Heterogenität der Subklone erstellt. Alsin 4 dargestellt ist, weist der MDS Grundstück weit weniger Sequenzdiversität zwischen den großen Subklone in den späten divergierenden Fällen (5A) als in den frühen divergierenden Fällen (5B). Weiterhin sind die Sub-Klonen der Diagnoseprobe und den Subklonen des Rück Probe in der frühen divergenten Fall vollständig voneinander getrennt, was auf das Fehlen von Ähnlichkeit der SHM Muster zwischen diesen Tumoren, obwohl sie die gleiche VDJ-Rearrangement tragen . Ebenso zeigen die ungerichtete Graphen in (5C) und (5D), dass die Verteilung der Subklon Zählungen in den späten divergierenden Fall (5C) vom Anfang des divergierenden (5D) unterscheidet. Letzteres hat mehr im Vordergrund, sondern genetisch diversen großen Klone von der Diagnose bis zum Rezidiv. Darüber hinaus ist die fehlenden Kanten und kleinere Subklone Verbindungen zwischen den Hauptdiagnose und Rückfall in der KloneAnfang divergierenden Fall (5D), zeigen die Sequenzdiversität Natur des frühen Rückfall abweichende Fall.

Abbildung 1
Abb. 1:. Schritt für Schritt Flussdiagramm des VDJ-seq Ansatz Das Gesamtverfahren der VDJ-Sequenzierung gezeigt Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.

Figur 2
Abbildung 2: Repräsentative Bilder der VDJ-PCR-Amplicon Produkte. Gel Bildern, die die Vertreter IGVH-FR1 (linkes Bild) und IGVH-FR2 (rechts) PCR-Produkte von aus Lymphompatientenproben extrahierten DNA. Ein PCR-Produkt nicht mehr in Probe 5 wahrscheinlich aufgrund entweder der Nieder erhalten werdenProben-DNA-Qualität oder SHM am Primerstellen, die die PCR-Reaktion beeinträchtigt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.

Figur 3
Abb. 3: QC der VDJ PCR Amplikon und anschließende Sequenzierung Bibliothek mit Bioanalyzer Vertreter Bioanalyzer Spuren des gleichen VDJ Amplikon vor Bibliothekskonstruktion (oben) und nach der Bibliothekskonstruktion (Bodenplatte). Beachten Sie die Größe Verschiebung von 334 bp auf 459 bp, das die Zugabe des Adapters. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.

Figur 4
Abbildung 4: Klonale Evolution Analyse eines Paares von DLBCL Diagnose und Rückfallproben. Die phylogenetische Analyse der Diagnose-Rückfall DLBCL Probenpaar, das die "Late-divergente" klonalen Evolution-Modus. Die Farbticker Betreiber der Mutationsstatus. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.


Figur 5
Abbildung 5: Neue grafische Methoden zur klonalen Evolution Muster visualisieren (A, B) Multidimensionale Skalierung Parzellen Integration SHM Profile und Subklon Grafen von Probenpaar A, die die spätdivergierenden Rückfall-Modus (A) und Probenpaar B, die früh abweichende Rückfall-Modus. (B). Der Radius der Kreise den Zählwert Ukldiejenigen, die einem bestimmten SHM Profil und Farben entsprechend der Diagnose (blau) Probe oder Rückfall (rot) Probe. Die X- und Y-Achsen stellen die Top-2-Komponenten von MDA. (C, D), ungerichtete Graphen von Probenpaar A, die die spätdivergierenden Rückfall-Modus (C) und Probenpaar B, die früh abweichende Rückfall-Modus (D). Kanten entsprechen zwei SHM Profile mit einem String-Abstand von einem Brief Trennung und absolvierte Shading (Farbskala bar), die den Anteil der Sequenzen Zuordnung zu einer bestimmten SHM Profil entsprechend der Diagnose (rot) Probe oder Rückfall (gelb) Probe. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.

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Discussion

Aufgrund der nahezu unbegrenzten Anzahl von Iterationen der Sequenzinformation von VDJ Umlagerung und SHM am IGH-Locus der humanen B-Zellen kodiert, Untersuchung des gesamten IGH Repertoire von Hochdurchsatz-deep-Sequenzierung erwies sich als eine effiziente und umfassende Weise zu umreißen klonalen sein und Sub-klonale B-Zellpopulationen. Darüber hinaus kann diese Strategie verwendet, um die klonale Entwicklungspfad von B-Zell-Tumor-Entwicklung, Remission, und Rückfall durch Vergleich der klonalen und Unter klonalen Architekturen von Patientenproben auf verschiedenen Stufen der Erkrankung gesammelt untersuchen. Obwohl Amplifikation rearrangierten VDJ-Sequenzen aus primären DNA-Probe wird leicht im Labor unter Verwendung kommerziell erhältlicher Primer durchgeführt wird, ist die Effizienz der Amplifikation hängt weitgehend von der Qualität der Proben-DNA. Insbesondere von FFPE-Proben extrahierte DNA eine niedrige Verstärkungseffizienz und häufig auch nur die kleine Fragment FR3 kann erfolgreich von diesen verstärkendenProben, wodurch sie für die nachfolgende Analyse ungeeignet. Seit unserer hier beschriebenen Studie wurde konzipiert, um die Klonalität der B-Zell-Lymphom, die eine klonale Erkrankung, die mit einem oder mehreren großen Klone dominiert den gesamten Tumor zu verstehen, die wir nur dann erhoben und sequenziert die Haupt VDJ-PCR-Produkt. Für Untersuchungen interessiert Katalogisieren der gesamten B-Zellen klonale Population von beispielsweise peripherem Blut, kann ein größerer Teil des Gels, der mehrere VDJ-PCR-Produkte (mehrere Bänder oder einen Abstrich auf das Gel) enthält, ausgeschnitten und sequenziert werden. Es ist jedoch darauf hinzuweisen, daß es nicht möglich, das gesamte Repertoire umge IGH erfassen, weil bestimmte SHM kann an denen Primer Target auftreten und die Verstärkung dieser VDJs beeinträchtigen. Darüber hinaus wurde kürzlich ein kommerzieller Assay direktes Koppeln IGH Umlagerung Amplifikation und Sequenzierung MiSeq eingeführt. Dieser Assay optimiert Probenvorbereitung. Da jedoch nicht alle Tumorproben der Lage wäre, Gattungente der FR1-Fragment, empfehlen wir weiterhin, einschließlich der Gelelektrophorese Schritt, um ein Produkt der PCR-Reaktion, bevor die Bündelung Proben für die Sequenzierung zu überprüfen.

Sequenzierung 150 bp von beiden Enden der VDJ-Fragment (insgesamt 300 bp Sequenzinformation) hat die folgenden Vorteile: 1) 300 bp-Sequenzierung kann die Mehrheit der FR1 und der gesamten FR2 Fragment abdecken, bietet ausreichend Sequenzinformation zur Identifizierung VDJ-Rearrangement und somatische Hypermutationen; 2) Die Plattform bietet eine schnelle Sequenzierung Durchlaufzeit, die die gesamte 300 Zyklen der VDJ-Sequenzierung unter 48 Stunden vollendet; 3) Jeder Lauf ermöglicht Multiplexing bis zu 12 Proben und noch erreicht rund eine Million Paired-End liest pro Beispielausgabe. Da die hohe Sequenzähnlichkeit zwischen Klone, die die gleiche VDJ Umlagerung, vor allem in B-Zell-Lymphom-Proben, kritisch zu Spike-in 20-50% PhiX während der Sequenzierungslauf, damit es genau zu definieren Basis Aufruf Matrix. Vor kurzem hat die MiSeqSoftware wurde aktualisiert, um diese Frage zu beantworten. Es wird empfohlen, weniger als 5% PhiX Spike-In für geringe Komplexität Bibliothek Sequenzierung zu verwenden. Allerdings hat unsere Sequenzierung Anlage inkonsistente Konzentration des durch den Hersteller, die das Ergebnis von geringer Komplexität Sequenzierung gefährden würde vorgesehen PhiX Spike-Kontrolle DNA erlebt. Daher ist in der derzeitigen Praxis, die wir verwenden immer noch 10-20% PhiX Spike-In für die VDJ-Sequenzierung. Für die Sequenzierung des gesamten peripheren Blut B-Zellen-Repertoires, die normalerweise eine große Anzahl von verschiedenen VDJ Anordnungen ist es möglich, die Menge an PhiX spike in verringern. Obwohl die Anzahl der Klone und Subklone jeder Probe identifiziert wird positiv mit der Anzahl der Lesevorgänge sequenziert halbe bis eine Million von Paired-End pro Probe korreliert ist ausreichend, um klonale Strukturen zwischen den Abtastwerten zwischen den Proben zu verschiedenen gesammelten vergleichen und daraus klonale Entwicklungsmuster Krankheitsstadien des gleichen Patienten 12. es istmöglich, dass PE 150 bp-Sequenzierung nicht erreichen, könnte eine ausreichende Deckung jener langen FR1 Fragmente (dh 350 bis 380 bp). In einigen Fällen könnte Sequenzinformation des D-Segment nicht gesammelt werden, oder es könnte nicht genug Sequenzinformation auf dem V-Segment an Subklonen von SHM unterscheiden. Doch mit dem Fortschritt der Sequenzierungstechnologien, ist es möglich geworden, länger zu sequenzieren und decken die gesamte FR1 Amplikon.

Durch die Sequenzierung des IGH Repertoire von B-Zellen, war es möglich, den Ausbau der einzelnen B-Zell-Klone zu verfolgen und schließen klonalen Evolution im Laufe von der Diagnose bis zum Rezidiv. Mit der Verwendung von Analyse der Populationen von Subklonen von SHM-Muster erzeugt wird, konnten wir zwei Modi Progression von Krebs einen Rückfall durch die Untersuchung ihrer phylogenies unterscheiden. Die neuesten grafischen Darstellungen mit multidimensionalen Skalierung Plots und ungerichtete Graphen basierend auf der Levenshtein-Distanz weiteren allow wir verstehen, 1) die subclonal Zusammensetzung jedes Tumors, 2), wie einzelne Subklone sind miteinander und 3 bezogen) wie jede Subklon entwickelt sich während der Progression der Erkrankung. Darüber hinaus statistische Analyse zeigte, dass diese phylogenetische Strukturen waren deutlich anders und dass die subclonal Populationen unterschieden sich hinsichtlich ihrer Heterogenität. Schließlich kann die klonale Evolution Bahn von VDJ-Sequenzierung erhalten gut mit genetischen Evolution korreliert werden, und gekennzeichnet durch beider Exoms oder gezielte Resequenzierung 12. Daher die Kombination dieser beiden Ansätze das Potenzial hat, Treiber Mutationen während Lymphom und Lymphom Rezidiv identifizieren

Neben der Definition der B-Zell-Repertoire IGH und Spuren Evolution dieser Lymphom Progression der VDJ-seq Ansatz kann potentiell als hochempfindliches Verfahren zum Verfolgen minimalen Rückstand Erkrankung, Überwachung Ansprechen des Tumors auf Therapien und potentiell Identifizieren der Anwesenheit eingesetzt werdenvon resistenten Klonen. Ein ähnlicher Ansatz kann auch verwendet werden, um T-Zellen zu T-Zellen-Rezeptor-Repertoire abzubilden, und kann verwendet werden, um die Immunüberwachung Reaktion auf Krebs zu sondieren. Darüber hinaus kann VDJ-seq auch in Mausmodellen unter Verwendung von Primern, die von Hanna et al durchgeführt werden. 13 Es ist absehbar, dass die Informationen über diesen Ansatz in den nächsten Jahren gesammelt in einem besseren Verständnis der Dynamik der Tumorentwicklung als auch zur Folge haben erweitern unser Wissen über das Immunsystem und seine Rolle bei der Verteidigung unseres Körpers von Tumorinvasion.

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Materials

Name Company Catalog Number Comments
Ethanol VWR 89125-170 200 proof, for molecular biology
TE buffer Life Technologies 12090-015 10 mM Tris·Cl, pH 8.0; 10 mM EDTA
Xylenes VWR EM-XX0055-6 500 ml
Proteinase K  Life Technonogies 25530-015 100 mg
Deoxynucleotide triphosphate (dNTP) Solution Mix Promega U1515 10 mM each nucleotide
10x PCR Buffer  Roche 11699105001 Without MgCl2
AmpliTaq Gold DNA Polymerase with Gold Buffer and MgCl2 Life Technonogies 4311806 50 µl at 5 U/µl
Specimen Control Size Ladder Invivoscribe Technologies  2-096-0020 33 reactions
IGH Somatic Hypermutation Assay v2.0 - Gel Detection Invivoscribe Technologies  5-101-0030 33 reactions, Mix 2 for IGVHFR1 detection
IGH Gene Clonality Assay - Gel Detection Invivoscribe Technologies  1-101-0020 33 reactions, Tube B for IGVHFR2 detection
GoTaq Flexi DNA Polymerase Promega M8291 20 µl at 5 U/µl
10X Tris-Borate-EDTA (TBE) buffer Corning (cellgro) 46-011-CM 6x1 L
50x TAE BUFFER   VWR 101414-298 1 L
Ethidium bromide solution Sigma-Aldrich E1510 10 mg/ml
25 bp DNA Ladder Life Technologies 10597011 1 µg/µl
100 bp DNA Ladder Life Technologies 15628-019 1 µg/µl
UltraPure Agarose Life Technologies 16500-500 500 g
40% Acrylamide/Bis Solution Bio-Rad Laboratories 1610144 500 ml
QIAquick Gel Extraction Kit Qiagen 28704 50 columns
Agencourt AMPure XP Beckman Coulter A63881
Qubit dsDNA High Sensitivity Assay Kit Life Technologies Q32854
High Sensitivity DNA Kit Agilent Technologies 5067-4626
2100 Bioanalyzer Agilent Technologies
PhiX Control v3 Illumina FC-110-3001
MiSeq Illumina
Qubit 2.0 Fluorometer Life Technologies Q32872
Resuspension buffer (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2) Illumina FC-121-2001
End repair mix (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2) Illumina FC-121-2001
A-tailing mix (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2) Illumina FC-121-2001
Ligation mix (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2) Illumina FC-121-2001
DNA adaptor index (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2) Illumina FC-121-2001
Stop ligation buffer (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2) Illumina FC-121-2001
PCR primer cocktail (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2) Illumina FC-121-2001
PCR master mix (Illumina TruSeq DNA Sample Preparation Kit v2) Illumina FC-121-2001
Magnetic stand Life Technologies 4457858
Gel imaging system Bio-Rad Laboratories 170-8370

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References

  1. Nowell, P. C. The clonal evolution of tumor cell populations. Science. 194, (4260), 23-28 (1976).
  2. Greaves, M., Maley, C. C. Clonal evolution in cancer. Nature. 481, (7381), 306-313 (2012).
  3. Ding, L., et al. Clonal evolution in relapsed acute myeloid leukaemia revealed by whole-genome sequencing. Nature. 481, (7382), 506-510 (2012).
  4. Jiao, W., Vembu, S., Deshwar, A. G., Stein, L., Morris, Q. Inferring clonal evolution of tumors from single nucleotide somatic mutations. BMC bioinformatics. 15, 35 (2014).
  5. Schatz, D. G., Ji, Y. Recombination centres and the orchestration of V(D)J recombination. Nature reviews immunology. 11, (4), 251-263 (2011).
  6. Jacob, J., Kelsoe, G., Rajewsky, K., Weiss, U. Intraclonal generation of antibody mutants in germinal centres. Nature. 354, (6352), 389-392 (1991).
  7. Coiffier, B., et al. CHOP chemotherapy plus rituximab compared with CHOP alone in elderly patients with diffuse large-B-cell lymphoma. N Engl J Med. 346, (4), 235-242 (2002).
  8. Larouche, J. F., et al. Lymphoma recurrence 5 years or later following diffuse large B-cell lymphoma: clinical characteristics and outcome. J Clin Oncol. 28, (12), 2094-2100 (2010).
  9. Friedberg, J. W. Relapsed/refractory diffuse large B-cell lymphoma. Hematology Am Soc Hematol Educ Program. 2011, 498-505 (2011).
  10. Gisselbrecht, C., et al. Salvage regimens with autologous transplantation for relapsed large B-cell lymphoma in the rituximab era. J Clin Oncol. 28, (27), 4184-4190 (2010).
  11. Lefranc, M. P. IMGT, the International ImMunoGeneTics Information System for Immunoinformatics : methods for querying IMGT databases, tools, and web resources in the context of immunoinformatics. Molecular biotechnology. 40, (1), 101-111 (2008).
  12. Jiang, Y., et al. Deep sequencing reveals clonal evolution patterns and mutation events associated with relapse in B-cell lymphomas. Genome biology. 15, (8), 432 (2014).
  13. Hanna, J., et al. Direct reprogramming of terminally differentiated mature B lymphocytes to pluripotency. Cell. 133, (2), 250-264 (2008).

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