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स्पेक्ट्रल इमेजिंग एक ही नमूने में कई फ्लोरोसेंट संकेतों की पहचान और जुदाई के लिए एक विश्वसनीय समाधान बन गया है और आसानी से पृष्ठभूमि या autofluorscence से ब्याज के संकेतों को अलग कर सकते हैं। उत्तेजना-स्कैनिंग हाइपरस्पेक्ट्रल इमेजिंग आवश्यक छवि अधिग्रहण समय को कम करके इस तकनीक पर सुधार करती है, जबकि साथ ही सिग्नल-टू-शोर अनुपात में वृद्धि करती है।