الكشف عن التغيرات القابلة للاستهداف في سرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة باستخدام تسلسل الجيل التالي

تكتشف أبحاثي طفرات جينية في السرطان لتحسين التشخيص والعلاج. للبدء، سجل معلومات العينة في نظام إدارة معلومات المختبر واملأ نموذج الموافقة المستنيرة لاختبار الطفرات الجينية. باستخدام شفرات ميكروتوم ذات مرة واحدة، قطع أجزاء من سرطان الرئة غير الصغير، وعينة رسمية وثابتة مدمجة بالبارافين.

ثم قم بإجراء تلوين روتيني بالهيماتوكسيلين والإيوزين لتقييم محتوى خلايا الورم. لاستخراج الأحماض النووية، باستخدام ميكروتوم، قم بتقسيم الكتلة الرسمية والثابتة المدمجة بالبارافين للحصول على شريط، ثم وضع الشريط في أنبوب طرد مركزي دقيق بسعة 1.5 ملليتر. نقل الأنبوب إلى موقع إدخال العينة المخصص على جهاز الاستخراج الآلي.

بعد ذلك، استخدم أداة استخراج أوتوماتيكية مع مجموعة استخراج تلقائية. استبدل خطوات التوصيل يدويا بنظام استخراج حمض نووي مغناطيسي تلقائي. ثم اختر برنامج C1102 على الآلة.

اختر وقت حضانة إزالة الشمع للعينة بأنه 16 ساعة، واضبط حجم الإلوسيان إلى 100 ميكرولتر. استخدم القياس الطيفي للتأكد من نقاء الحمض النووي. ثم استخدم مجموعة كشف تحتوي على أصباغ فلورية محددة بالتسلسل لإجراء اختبار فلورومتري لقياس تركيز الحمض النووي بدقة.

لتحضير الحمض النووي الجينومي المجزأ باستخدام الموجات فوق الصوتية، اخلط 200 نانوجرام من الحمض النووي الجينومي في 50 ميكرولتر من مخزن منخفض تريس-إيدتا. ضع أنبوب العينة في رف عينات مبرد مسبقا، يحافظ عليه عند ثماني درجات مئوية. اضبط معلمات الجهاز وفقا للبروتوكول وابدأ تجزئة الحمض النووي.

لبدء التحضير التلقائي للمكتبة، اضغط زر الطاقة لتفعيل النظام وانتظر اكتمال عملية التهيئة. انتقل إلى إعداد البرنامج، اختر بروتوكول التشغيل، واختر بروتوكول BurningRock HS. اضبط نوع العينة إلى حمض نووي عالي الجودة، وكمية النانوجرام المدخلة إلى 50، ودورات ما قبل PCR إلى 12، ودورات ما بعد PCR إلى 12. ثم اضغط على الركض للمتابعة.

ثم أدخل خرطوشة الكواشف المعبأة مسبقا في الفتحة المخصصة للجهاز، والتي ستتحقق تلقائيا من مكان الكواشف وحالته. بعد تحميل العينات، اضغط بدء التشغيل الذاتي. راقب مؤشرات LED في النظام لمتابعة التقدم.

بعد انتهاء البرنامج، اضغط على موافق للتأكيد، وسيقوم النظام تلقائيا بنقل المكتبة النهائية إلى أنبوب المكتبة، مكتملا التحضير للمكتبة. قياس تركيز كل من المكتبة قبل المكتبة والمكتبة الكلية باستخدام الفلورومترية. قم بتخفيف مكتبة التسلسل إلى 1.6 بيكومولار و1300 ميكرولتر لعمليات التسلسل.

تحكم في بيئة التسلسل من خلال الحفاظ على درجة حرارة ورطوبة داخلية. التحكم الكامل في جودة بيانات إخراج الجهاز من خلال التحقق من جودة القاعدة فوق Q30 ومرشح تمرير كثافة العنقود. حدد سير العمل المحسن للكشف بشكل موثوق عدة تغييرات جينومية قابلة للتنفيذ سريريا في عينات الأورام التمثيلية.

أظهرت نتائج التسلسل وجود EGFR بتردد عال p. طفرة إحساس خاطئ في L858R، مصحوبة بتضخيم كبير في رقم نسخ جين EGFR. لوحظ تضخيم متوسط لجين MET ولوحظ تضخيم منخفض المستوى لجين BRAF.

أظهرت العينة عبء طفرة ورم وسيط وحالة استقرار ميكروساتلايت. حققت جميع المواقع الجينية المستهدفة، بما في ذلك ALK وBRAF وKRAS وROS1 معدل كشف 100٪ عبر أربع تجارب مكررة. تم اكتشاف كل طفرة بشكل متسق في جميع التجارب الأربع المتكررة، مع بقاء قيم الوفرة المتوقعة ضمن نطاق التذبذب الطبيعي، يوفر NJS ملفا جينيا ضاغطا لسرطان الرئة غير صغير الخلايا من خلال اكتشاف الجينات الشائعة والنادرة والجديدة في نفس الوقت.

سيركز بحثنا المستقبلي على الجمع بين علم الأمراض الجزيئي والذكاء الاصطناعي لاستكشاف مؤشرات حيوية جديدة لسرطان الرئة.