November 22nd, 2014
DNA和蛋白质序列特异性标记的亲和力,或使用DNA或蛋白质的甲基和合成的辅助因子的类似物的荧光报告基团。取决于酶,氮丙啶或双活化的辅助因子类似物的辅因子特异性的用于一个或两个步骤的标签。
以下实验的总体目标是使用甲基转移酶特异性标记 DNA 和蛋白质,甲基转移酶自然地将活化的甲基和称为 aome 的辅因子 Sile l 蛋氨酸转移到 D-N-A-R-N-A。蛋白质或小生物分子。一步标记是通过用合成的 aine 辅因子代替天然辅因子省略来实现的,合成的 aine 辅因子改变了反应过程,导致整个辅因子的酶促偶联,因此底物序列的共价标记 特异性甲基转移酶诱导的 DNA 标记用 adine 特异性 DNA 甲基转移酶 M-B-S-E-C one, 将生物素化的 Aine 辅因子 6 BAZ 与 A-G-C-G-A-T 识别序列偶联,导致序列,特别是生物素化的 DNA 甲基转移酶定向转移激活基团是使用标记蛋白,并使用 MTA 集 7 9 进行证明,它将 pro pargo 基团从 C 8 oin 转移到组蛋白 H 3 的赖氨酸 4。
烷基化赖氨酸残基使用铜催化的点击化学方法通过叠氮修饰的 Fluor 进行化学标记,从而得到特异性标记的蛋白质。使用甲基转移酶进行标记的一个优点是它们有可能直接靶向天然底物。我将通过质粒的序列特异性 bioTE 兴高采烈、DNA Meth 转移酶、辅因子类似物 zin 催化的蛋白质修饰来证明这一点,并能够通过两个步骤引入多种报告基因组。
我将通过蛋白质组蛋白 H 3 的荧光标记来证明这一点,并显示用生物素标记 H three 的结果。此外,通过用各种活化醇进行甲基转移后,辅因子产物 S ail、el 同型半胱氨酸可以很容易地合成双活化辅因子运行类似物。合成的辅因子类似物通过反相 HPLC 纯化,在某些情况下,甚至可以在硫处分离 epi Mars。
微笑 DNA 是一种序列特异性甲基转移酶诱导的 DNA 标记。在这里,通过用 6 个 BAZ Aine 辅因子和 adine 特异性 DNA 甲基转移酶标记 PB 3 22 质粒 DNA 来证明这一概念。M-B-S-E-C 首先在 20 摄氏度下将六个 BAZ 旋转。
一旦思考,在冰上修复反应混合物。它包括 1 微克质粒、60 微摩尔的 6 个 BAZ 和 10 个当量的 M-B-S-E-C 1。修饰缓冲液中 DNA 上的 HER 识别序列。
请务必最后添加 6 个 BAZ 和 M-B-S-E-C。确保您使用的甲基转移酶没有 AME 结合,因为天然辅因子会阻断标记。React For 控件。
用水代替 MTA 以观察任何非特异性辅因子修饰,并加水而不是辅因子以测试酶浓缩物中的天然辅因子。现在用移液管轻轻混合反应物,并在 55 摄氏度下孵育一小时。在孵育结束时,通过在 80 微升水中加入 10 微升 10 x 重组塔赫、1 种缓冲液,然后加入 3.3 微升重组 tak 1 限制性核酸内切酶,在冰上修复核酸内切酶混合物。
孵育后,快速旋转拉动反应,然后验证每个反应的 DNA 修饰。加入 2 微升 10 x tak、1 个缓冲液和 28 微升核酸内切酶混合物。将反应物与轻柔的移液混合。
现在将反应在 65 摄氏度下孵育半小时。反应完成后,快速旋转拉出溶液,并将 25 微升反应收集到新试管中。向这些等分试样中,加入 2.4 微升链球菌 TTR,以每块链球菌 adin 单体 1 毫摩尔的缓冲速度缓冲。
现在将此反应在 37 摄氏度下孵育一小时。孵育后,向完成的反应中加入 5 微升 6 x 上样缓冲液,并在 1% agros 凝胶上以 80 伏特用完 10 微升,持续约一小时。然后可视化条带 mt A 是甲基转移酶定向转移的活化基团的缩写。
在这个演示中,甲基转移酶组 7、9 和双激活辅因子 C 8。Oin 用于标记他的组蛋白 H 3 的赖氨酸 4。在冰修复 20 μL 反应混合物上解冻组分后,测定溶液含有修饰缓冲液 10 μmol 组蛋白 H 3 并添加最后 10 μmol 甲基转移酶和 600 μmol 辅因子。
用去离子水代替 C eight ON 进行酶对照。此外,通过包括 60 毫摩尔的 ADO met 来与合成辅因子竞争,进行辅因子对照以可视化非特异性修饰。现在将反应物与缓慢的管道害虫混合,并用试纸检查它们的 pH 值。双活化辅因子类似物在 C 条件下储存。
因此,如有必要,可以通过添加少量 50 毫摩尔氢氧化钠的辅因子来调节 pH 值,从而改变反应溶液的 pH 值。现在,在孵育修复期间,将反应在 37 摄氏度下孵育 2 小时。在孵育结束前制备 12% SDS 聚丙烯酰胺凝胶,制备 20 微升 5 x 点击混合物,其中包含 3 毫摩尔硫酸铜、3 毫摩尔 T-H-P-T-A 配体 250 毫摩尔、ACO 钠诱饵和 6 毫摩尔塔玛拉叠氮化物。
孵育结束时,向每个反应中加入 5 μL 点击混合物,并每次抚摸缓慢混合反应。使用箔纸保护反应避光,并在 20 摄氏度下孵育一小时。一小时后,通过沉淀蛋白质去除多余的氯仿。
向每个反应中加入 75 微升甲醇、18.7 微升氯仿和 50 微升水,并在每次添加后短暂涡旋。准备好每根试管后,将它们以 16, 000 G 的浓度离心 5 分钟。去除分离的上相,而不会干扰包含蛋白质的界面层。
现在加入 56.3 μL 甲醇,下固定相并涡旋。接下来,将其向下旋转以沉淀蛋白质并丢弃 spinate。然后加入 56.3 μL 甲醇。
再一次,漩涡。重复旋转并回收颗粒。让颗粒在试管中晾干,打开盖子并用无绒纸覆盖。
然后将蛋白质溶解在 20 μL 带有上样染料的 SDS 上样缓冲液中。用缓冲液冲洗管壁以收集沉淀。然后将试管在 95 摄氏度下孵育 10 分钟。
一旦试管达到室温,短暂地使用它们以提取其内容物并通过 SDS 页面可视化蛋白质。在 120 伏特下运行约 90 分钟。微笑反应是用 DNA 甲基转移酶 M-B-S-E-C 进行的,它修饰双链 A-T-C-G-A-T 序列中的第二个腺嘌呤残基,并在 PBR 3 2 2 质粒上有一个识别位点,用红色标记以测试质粒标记。
PB 3 2 2 受到重组限制性核酸内切酶 T one 的攻击,该位点在 PB 3 22 上有 7 个位点,标记为绿色,其中一个位点包含在 M-B-S-E-C 1 位点中。当发生标记时,应保护该位点免受凝胶中的裂解。这得到了证实。
出现了一个具有 683 个碱基对的新片段,表明在 M-B-S-E-C 一个位点存在标记。这仅在检测泳道(即泳道 3)中看到。电迁移率变化证明了标记反应的特异性。
添加 strept adin 后,用生物素标记的 683 碱基对片段的电迁移受阻。而没有 M-B-S-E-C 一个位点的片段的迁移率保持不变,或者用双激活的 8 oh met 类似物标记甲基转移酶底物的两步标记。使用组蛋白 H 3 赖氨酸 4 甲基转移酶 set 7 9 和小 C 8 ON 辅因子。
凝胶电泳仅用于检测检测通道的荧光。泳道 1 显示与组蛋白 H 3 相对应的荧光条带,表明辅因子的侧链被特异性转移,并且修饰的蛋白质用 Tamara Flora.Four 标记。ESI 染色剂用作上样对照。
所有泳道显示相同数量的蛋白质。甲基转移酶底物也可以用生物素与 azi 衍生的生物素反应来标记。用辣根过氧化物酶的 Western 印迹法代替 Fluor。
共轭的 Aden 成功和特异性标记 观看此视频后。您应该对如何标记 DNA 和蛋白质序列有很好的了解,特别是使用亲和文本、Fluor force 或其他标记。在尝试此过程时,重要的是要记住其他 met 及其类似物对温度敏感。
始终将它们放在冰上并存放在零下 20 摄氏度的环境中。我已经合成了双重激活。其他带有报告基因基团的 MET 类似物已经内置在侧链中,并使用它们一步特异性标记 DNA。
我对使用单分子技术将不同的酶和报告组组合起来进行 DNA 定位的前景感到特别兴奋。Smiling 和 NEC 非常灵活,几乎任何化学基团不仅可以转移到 DNA 和蛋白质上,还可以使用适当的 meth 转移到 RNA 和 small 上。
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本研究聚焦于使用甲基转移酶对DNA和蛋白质进行序列特异性标记。通过使用合成辅因子类似物,研究人员实现了底物的一步或两步标记。
Sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins using methyltransferases and cofactor analogues enables precise, covalent modification of target biomolecules. This approach supports target validation and assay development by providing a direct readout of enzyme-substrate interactions. It enhances predictive confidence in early discovery by allowing functional interrogation of methylation-dependent pathways.
The method integrates into early discovery workflows as a functional readout for methyltransferase activity, supporting lead identification and preclinical validation through direct substrate labeling.