Name: 使用开源 MALDI TOF-MS IDBac 管道分析微生物蛋白和专用代谢物数据 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-05-15T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 29 s
Description: 了解开源MALDI TOF-MS IDBac生物信息学流程，用于整合蛋白质与专用代谢物质谱数据以快速区分细菌分离株。该方法通过可视化代谢物关联网络辅助微生物生态学与药物发现研究。

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本工作得到了美国国家普通医学科学研究所资助项目 R01 GM125943、国家地理学会资助项目 CP-044R-17、冰岛研究基金资助项目 152336-051 以及伊利诺伊大学芝加哥分校启动资金的支持。此外，我们感谢以下贡献者：Amanda Bulman 博士在 MALDI-TOF MS 蛋白质采集参数方面的协助；Terry Moore 博士和 Atul Jain 博士在重结晶 α-氰基-4-羟基肉桂酸基质（CHCA）方面的工作。

<ol><li>Sandrin, T. R., Goldstein, J. E., Schumaker, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI+TOF+MS+profiling+of+bacteria+at+the+strain+level%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrometry+Reviews%22%5BJournal%5D)">MALDI TOF MS profiling of bacteria at the strain level: A review.</a> Mass Spectrometry Reviews. 32 (3), 188-217 (2013).</li>
<li>Cain, T. C., Lubman, D. M., Weber, W. J., Vertes, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differentiation+of+bacteria+using+protein+profiles+from+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Communications+in+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Differentiation of bacteria using protein profiles from matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 8 (12), 1026-1030 (1994).</li>
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<li>Clark, C. M., Costa, M. S., Sanchez, L. M., Murphy, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coupling+MALDI-TOF+mass+spectrometry+protein+and+specialized+metabolite+analyses+to+rapidly+discriminate+bacterial+function%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Coupling MALDI-TOF mass spectrometry protein and specialized metabolite analyses to rapidly discriminate bacterial function.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (19), 4981-4986 (2018).</li>
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<li>Schulthess, B., Bloemberg, G. V., Zbinden, R., Böttger, E. C., Hombach, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+the+Bruker+MALDI+Biotyper+for+identification+of+Gram-positive+rods%3A+development+of+a+diagnostic+algorithm+for+the+clinical+laboratory%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Evaluation of the Bruker MALDI Biotyper for identification of Gram-positive rods: development of a diagnostic algorithm for the clinical laboratory.</a> Journal of Clinical Microbiology. 52 (4), 1089-1097 (2014).</li>
<li>Schumann, P., Maier, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry+applied+to+classification+and+identification+of+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry applied to classification and identification of bacteria.</a> Methods in Microbiology. 41, 275-306 (2014).</li>
<li>Chambers, M. C., Maclean, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+cross-platform+toolkit+for+mass+spectrometry+and+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">A cross-platform toolkit for mass spectrometry and proteomics.</a> Nature Biotechnology. 30 (10), 918-920 (2012).</li>
<li>Kessner, D., Chambers, M., Burke, R., Agus, D., Mallick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProteoWizard%3A+open+source+software+for+rapid+proteomics+tools+development%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProteoWizard: open source software for rapid proteomics tools development.</a> Bioinformatics. 24 (21), 2534(2008).</li>
<li>Martens, L., Chambers, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mzML-a+community+standard+for+mass+spectrometry+data%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+%26+Cellular+Proteomics%22%5BJournal%5D)">mzML-a community standard for mass spectrometry data.</a> Molecular & Cellular Proteomics. 10 (1), (2011).</li>
</ol>

作者无任何利益冲突需要披露。

IDBac 方案详细描述了单个研究人员在 4 小时内对多达 384 株细菌分离物进行蛋白质和特化代谢物数据采集与分析的方法。使用 IDBac 时，无需从细菌分离物中提取 DNA，也无需从液体发酵培养基中制备特化代谢物提取物并通过色谱方法进行分析。相反，只需将细菌菌落的材料直接涂布到 MALDI 目标靶板上，即可获取蛋白质和特化代谢物数据。这大大降低了与 16S rRNA 基因测序和液相色谱-质谱联用（LCMS9）等传统技术相关的时间和成本。
在MALDI板上添加基质空白对照和校准点非常重要，我们建议使用适当数量的重复样本来确保结果的可重复性和统计学置信度。重复样本的数量需根据具体实验而定。例如，如果用户希望区分来自环境多样性平板集合中的数千个菌落，则可能需要较少的重复（本实验室每个菌落采集三个技术重复）；相反，如果用户希望建立特定细菌分类单元菌株的自定义数据库，以快速确定未知分离株的亚种分类，则应采用更多的重复样本（本实验室每个菌株采集八个生物学重复）。
IDBac 是一种基于推定的分类学信息和特殊代谢物产生情况，用于快速区分高度相关细菌分离株的工具。该工具可作为正交方法的补充，或作为其前期步骤，这些正交方法包括深入的遗传分析、涉及代谢物产生与功能的研究，或通过核磁共振波谱法和/或液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS）对特殊代谢物结构进行表征。
特化代谢物的产生（IDBac MANs）极易受到细菌生长条件的影响，尤其是使用不同培养基时，这是该方法的一个潜在局限性。然而，用户可利用这一特性，因为IDBac能够快速生成MANs，以展示在不同生长条件下特化代谢物产生的差异。需要注意的是，尽管特化代谢物的指纹图谱可能随生长条件而变化，但我们此前已证明，蛋白质指纹图谱在这些变量下相对稳定（参见Clark等人的研究6）。在处理环境多样性平板时，我们建议在分析前对细菌分离株进行纯化，以减少邻近细菌间交叉对话可能带来的干扰。
最后，缺乏可搜索的蛋白质质谱指纹公共数据库，是利用该方法对未知环境细菌进行分类的主要短板。基于这一考虑，我们开发了IDBac，并实现了将数据自动转换为社区公认的开源格式（mzML）10,11,12，同时设计了支持检索、共享和自定义数据库创建的软件功能。目前，我们正在构建一个大型公共数据库（&#62;10,000 株经全面表征的菌株），该数据库将能够实现部分分离株的种水平分类，并在可用时提供与GenBank登录号的链接。
IDBac 是开源的，其代码可供任何人根据自身的数据分析和可视化需求进行定制。我们建议用户参考大量相关文献（Sauer 等人7，Silva 等人5），以帮助支持和设计其实验目标。我们提供一个讨论论坛，地址为：https://groups.google.com/forum/#!forum/idbac，以及一个报告软件问题的途径，地址为：https://github.com/chasemc/IDBacApp/issues。

研究细菌功能的科研人员面临的一个主要障碍是，难以快速且同时评估微生物的分类学身份及其产生特化代谢物的能力。这阻碍了人们对从环境中分离出的大多数细菌中细菌系统发育与特化代谢物产生之间关系的深入理解。尽管已有大量研究详细描述了基于质谱（MS）的方法，利用蛋白质指纹对细菌进行分组和鉴定1,2,3,4，但这些研究通常仅针对少量分离株，并以物种特异性方式进行。更重要的是，关于特化代谢物产生的信息——这一驱动微生物环境功能的关键因素——在上述研究中尚未被整合。Silva 等人5最近系统回顾了基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）在分析特化代谢物方面的应用不足，并指出现有生物信息学软件的匮乏导致了当前的分析瓶颈。为解决这些问题，我们开发了 IDBac，这是一种生物信息学分析流程，可整合 MALDI-TOF MS 的线性模式和反射模式6，使用户能够分别基于蛋白质和特化代谢物的质谱指纹，快速可视化并区分细菌分离株。
IDBac 具有成本效益高、通量高且专为非专业用户设计的特点。该工具可免费获取（chasemc.github.io/IDBac），仅需使用 MALDI-TOF 质谱仪（若进行特化代谢物分析，则需反射模式）。样品制备采用简单的“扩展直接转移”方法7,8，并在单个 MALDI 目标位点上连续进行线性模式和反射模式的数据采集。利用 IDBac，可在四小时内完成数百个菌落的假定系统发育关系及特化代谢物产生的分析，包括样品制备、数据采集和数据可视化全过程。相较于传统的细菌鉴定方法（如基因测序）以及代谢产物分析方法（如液相色谱-质谱联用 [LCMS] 及其他类似色谱技术），该方法在时间和成本上具有显著优势。
利用线性模式分析获得的数据，IDBac 采用层次聚类方法来表征蛋白质谱之间的相关性。由于这些质谱主要代表电离的核糖体蛋白质，因此能够反映样本中存在的系统发育多样性。此外，IDBac 还整合了反射模式数据，以代谢物关联网络（Metabolite Association Networks, MANs）的形式展示特化代谢物的指纹图谱。MANs 是一种二分网络，可直观展示不同细菌分离株之间共有和特有的代谢物产生情况。IDBac 平台允许研究人员同时或单独分析蛋白质和特化代谢物数据，即使仅获得其中一类数据亦可进行分析。重要的是，IDBac 可直接处理来自 Bruker 和 Xiamen 仪器的原始数据，以及 txt、tab、csv、mzXML 和 mzML 格式的数据。这消除了手动转换和格式化数据集的需要，显著降低了用户操作错误或误处理质谱数据的风险。&#160;

<table><tbody><tr><td>乙腈</td><td>Fisher</td><td>60-002-65</td><td>LC-MS Ultra CHROMASOLV</td></tr><tr><td>Autoflex Speed LEF MALDI-TOF 仪器</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bruker Daltonics 细菌检测标准品</td><td>Fisher</td><td>NC0884024</td><td>Bruker Daltonics 8604530</td></tr><tr><td>Bruker 肽段校准标准品</td><td>Fisher</td><td>NC9846988</td><td>Bruker Daltonics 8206195</td></tr><tr><td>甲酸</td><td>Fisher Chemical</td><td>A117-50</td><td>99.5+%，Optima LC/MS 级</td></tr><tr><td>MALDI-TOF 靶板</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>甲醇</td><td>Fisher Chemical</td><td>A456-500</td><td>Optima LC/MS 级</td></tr><tr><td>牙签</td><td></td><td></td><td>任意品牌均可</td></tr><tr><td>三氟乙酸</td><td>Fisher</td><td>AC293810010</td><td>99.5%，用于生化实验，ACROS Organics</td></tr><tr><td>水</td><td>VWR</td><td>7732-18-5</td><td>LC-MS</td></tr><tr><td>&amp;alpha;-氰基-4-羟基肉桂酸</td><td>Sigma</td><td>28166-41-8</td><td>(C2020-25G) &amp;ge;98% (TLC)，粉末</td></tr></tbody></table>

使用开源的 maldi tof-ms idbac 分析流程解析微生物蛋白质与特化代谢物数据

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

为了可视化在营养琼脂上生长的细菌菌落在系统发育与特化代谢产物产生之间的关系，我们开发了IDBac——一种低成本、高通量的基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）生物信息学分析流程。IDBac软件面向非专业用户设计，可免费获取，能够分析从少数到数千个细菌菌落的数据。本文介绍了用于MALDI-TOF MS分析的细菌菌落制备、质谱仪操作，以及在IDBac中进行数据处理与可视化的具体步骤。特别地，我们指导用户如何基于蛋白质质谱指纹图谱将细菌聚类为系统发育树，并利用特化代谢产物数据交互式构建代谢产物关联网络（Metabolite Association Networks, MANs）。

我们分析了6株Micromonospora chokoriensis和2株Bacillus subtilis，这些菌株此前已有表征6，所用数据来自DOI: 10.5281/zenodo.2574096。根据从原始数据开始标签页中的说明，我们选择单击此处转换Bruker文件选项，并按照IDBac提供的每套数据的说明进行操作（图14）。
在完成自动化转换及预处理/峰提取步骤后，我们通过将两个实验中的样本合并至一个新实验中，创建了一个新的联合 IDBac 实验，该实验同时包含 Bacillus 和 Micromonosopora 样本（图15）。随后的分析使用镜像图对蛋白质谱进行比较，如 图16 所示，该方法有助于评估谱图质量并调整峰提取参数。图17 展示了采用默认设置时蛋白质聚类结果的截图。通过调整图中的阈值（以虚线表示），可对树状图进行着色。值得注意的是，不同属之间具有明显的分离，M. chokoriensis 和 B. subtilis 的分离株均各自聚为独立的类群。
图18、图19 和 图20 展示了通过在蛋白质系统发育树上点击并拖动，即可生成用户自选区域的代谢关联网络（MANs）。利用该方法，我们能够快速构建仅比较 B. subtilis 菌株的 MAN（图18）、仅比较 M. chokoriensis 菌株的 MAN（图19），以及同时比较所有菌株的 MAN（图20）。这些网络的主要功能是为研究人员提供细菌之间特化代谢产物重叠程度的宏观概览。有了这些数据，研究人员现在仅需从细菌菌落中刮取少量材料，即可做出科学合理的判断。
<img alt="图14" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig14v2.jpg" /> 
图14：质谱数据处理。 下载的Bruker autoFlex质谱数据使用IDBac进行转换和处理。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig14v2large.jpg" target="_blank">请点击此处查看该图的放大版本。</a>
<img alt="图15" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig15v2.jpg" /> 
图15：联合IDBac实验。 因为 小单孢菌属 和 芽孢杆菌属 在不同的MALDI靶板上采集了谱图后，将两个实验随后合并为一个单一实验——“Bacillus_Micromonsopora”。此操作在“处理先前实验”选项卡中完成，按照菜单中“将样本从先前实验转移至新/其他实验”的指示进行。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig15v2large.jpg" target="_blank">请点击此处以查看此图的放大版本。</a>
<img alt="图16" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig16v2.jpg" /> 
图16：比较结果。Micromonospora 与 Bacillus 的质谱图通过“蛋白质数据分析”页面中的镜像图进行比对。最终选择了默认的峰检测参数。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig16v2large.jpg" target="_blank">请点击此处查看该图的放大版本。</a>
<img alt="图17" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig17v2.jpg" /> 
图17：层次聚类分析。 使用默认参数进行的层次聚类分析正确地将芽孢杆菌属（Bacillus）和小单孢菌属（Micromonospora）的分离株归为相应类群。树状图通过在任意高度“切割”树状结构（以虚线表示）进行着色，并采用100次自举法（bootstrap）分析以显示分支的置信度。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig17v2large.jpg" target="_blank">请点击此处查看该图的高清版本。</a>
<img alt="图18" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig18v2.jpg" /> 
图18：通过从蛋白质系统发育树中选择芽孢杆菌属（Bacillus sp.）菌株构建的分子相互作用网络（MAN）显示出特化代谢产物的差异性产生。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig18v2large.jpg" target="_blank">请点击此处查看该图的放大版本</a>
<img alt="图19" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig19v2.jpg" /> 
图19：通过从蛋白质系统发育树中选择六株 Micromonospora sp. 菌株构建的分子网络分析（MAN）显示其在特化代谢产物的产生上存在差异。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig19v2large.jpg" target="_blank">请点击此处查看该图的放大版本。</a>
<img alt="图20" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig20v2.jpg" /> 
图20：Bacillus sp. 与 Micromonospora sp. 菌株的代谢物分析图（MAN），显示其特化代谢产物的差异性产生。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig20v2large.jpg" target="_blank">请点击此处查看该图的放大版本。</a>

IDBac 是一个开源的基于质谱的生物信息学分析流程，可整合从细菌菌落刮取的细胞材料中获得的完整蛋白质和特化代谢物谱图数据。该流程能够帮助研究人员快速将数百至数千个细菌菌落归类到假定的分类群，并根据其特化代谢物的产生情况进一步区分。

使用开源的 MALDI TOF-MS IDBac 分析流程解析微生物蛋白质与特化代谢物数据

为了可视化在营养琼脂上生长的细菌菌落的系统发育关系与其特化代谢产物生成之间的关联，……

IDBac 将未知细菌分离物的蛋白质和特化代谢物区域的质谱数据相结合，能够基于分离物的身份及其潜在环境功能快速区分不同分离物。我们的开源软件扩展了现有基于 MALDI TOF 的微生物鉴定策略的应用范围，该扩展包括将特化代谢分析作为区分表型相似菌落的另一种手段。表征未知微生物的一个主要挑战是区分亲缘关系密切的分离株。IDBac 为研究人员提供了一种简便快速的方法，通过蛋白质和小分子谱型分析来表征分离株。IDBac 可对细菌样本中特化代谢产物的生成进行可视化比较，有助于从生态学研究到药物先导化合物发现等多个领域的广泛研究。在不同仪器之间保存 MALDI 数据的方法有多种。如果您在使文件与 IDBac 兼容时遇到问题，请向 IDBac 的 GitHub 提交问题报告。使用无菌牙签，将少量细菌菌落转移至洁净 MALDI 板上的相应位置。将细菌菌落均匀涂布于检测点上，使菌落分布尽可能平整。在样品和基质对照点上各覆盖1 µL 70%质谱纯级甲酸，置于化学通风橱中自然晾干。随后，向样品及基质培养基对照点各加入1 µL预先配制好的MALDI基质溶液，静置至完全自然干燥。设置好基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪（MALDI TOF）后，采集质谱图。将蛋白质质谱数据保存在一个文件夹中，将特化代谢物质谱数据保存在另一个独立的文件夹中。开始此操作前，请下载 IDBac 软件。双击下载的 install_idbac 以启动安装程序。随后双击桌面上的 IDBac 快捷方式来运行 IDBac，程序将默认打开介绍页面。单击“从原始数据开始”选项卡，在“创建 IDBac 实验”菜单中选择将与 IDBac 一起使用的数据类型。在设置数据文件的转换和处理时，系统提示输入实验名称时，请填写一个具有描述性的名称，然后点击“原始数据文件夹”并选择相应的文件夹。接着点击“处理数据”。文件转换并使用 IDBac 处理完成后，进入“使用先前实验”页面，选择一个实验进行后续操作。使用“点击此处修改所选实验”菜单添加有关样本的信息。在自动生成的电子表格中输入信息，然后点击保存。准备开始分析时，请确保已选中要使用的实验。然后选择蛋白质数据分析。在蛋白质数据分析页面中，选择峰检测设置，并通过显示的镜像图评估样品的蛋白质谱。调整峰在重复样本中出现的百分比阈值，以确定纳入分析的峰。以镜像图作为视觉参考，调整信噪比截断值，以保留最多的真實峰信号并去除最多的噪声。需注意，重复实验次数越多，峰存在百分比值越高，越能允许选择更低的信噪比截断值。随后，设定质荷比的下限和上限截断值，以确定在后续由IDBac进行分析时每个质谱图中所采用的质量范围。在蛋白质数据分析页面中，选择“树状图”（Dendrogram）标签，以便根据用户选定的距离度量和聚类算法将样本分组生成树状图。单击菜单中的“选择样本”选项，并按照说明选择要包含在分析中的样本。仅包含蛋白质谱的样本才会显示在可用样本框中。使用默认的距离和聚类算法，并选择强度作为输入。要在进化树上显示自举值，请在“bootstraps”下输入一个介于 2 到 1,000 之间的数值。要开始自定义进化树，请打开“调整进化树”菜单。要为进化树的分支线条着色，请选择“单击以修改线条”并选择所需的选项。要在树状图旁边绘制电子表格中的信息，请选择“合并样本信息”按钮。这将打开一个面板，其中的类别会根据输入的值自动填充。如需插入来自其他实验的样本，请选择“从其他实验插入样本”菜单按钮，并按照新打开面板中的说明操作。进入小分子数据分析页面，通过主成分分析和代谢物关联网络来实现数据可视化，其中代谢物关联网络采用二分网络来展示小分子质荷比值与样本之间的相关性。在树状图上单击并拖动，以高亮选择感兴趣的特定样本进行分析。若未高亮任何样本，或未生成蛋白质树状图，则将分别显示随机子集样本或全部样本的代谢物关联网络。为了在代谢物关联网络中减去基质空白样本，请打开菜单，选择要减去的样本，并选择适当的样本作为空白。打开“显示/隐藏MAN设置”菜单，以选择峰出现百分比、重复性、信噪比以及质荷比上下限截断值的期望参数。可利用小分子镜像图来指导这些参数的选择。在报告结果时，复制“关于报告MAN分析段落的建议”中的文本，以提供用于生成代谢关联网络的用户自定义设置。使用IDBac软件分析了六株Micromonospora chokoriensis和两株Bacillus subtilis的数据。根据“从原始数据开始”选项卡中的说明，选择“单击此处转换Bruker文件”选项，并按照IDBac为每组数据提供的说明进行操作。在自动化转换和预处理峰检测步骤中，通过将两次实验中的芽孢杆菌属（Bacillus）和小单孢菌属（Micromonospora）样本合并至单次实验，创建了一个整合的IDBac实验。该分析通过镜像图比较蛋白质谱，有助于评估谱图质量并优化峰检测参数设置。此处展示了采用默认参数设置时蛋白质聚类结果的截图。通过调整图中的阈值对树状图进行着色。值得注意的是，不同属之间呈现出明显的分离，其中 M.chokoriensis 和 B.subtilis 的分离株各自聚集成独立的分支。通过在蛋白质树状图上点击并拖动，可快速构建代谢关联网络，用于单独比较 B.subtilis 菌株、单独比较 M.chokoriensis 菌株，或同时比较所有菌株。这些网络的主要功能是为研究人员提供细菌之间特化代谢物重叠程度的全面概览。在处理新数据时，使用 IDBac 的镜像图来确保数据合理且质谱图质量较高。在每一步骤中都应批判性地评估实验设计和结果。IDBac 可帮助研究人员构建小型且多样化的微生物库，以供进一步研究。这大大降低了与传统大型且冗余的微生物库相关的成本。由于 IDBac 能够可视化高度相似的系统发育群内特化代谢产物的重叠情况，因此可用于提出将两个通常互不关联的研究领域联系起来的研究问题和假设。甲酸具有腐蚀性，应在化学通风橱中操作。某些环境分离株可能具有潜在健康危害，所有菌株均应按生物安全二级标准处理。

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使用开源 MALDI TOF-MS IDBac 管道分析微生物蛋白和专用代谢物数据

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本文介绍一种利用基质辅助激光解吸电离-飞行时间-飞行时间串联质谱（MALDI-TOF-TOF）及自主开发的软件进行自上而下蛋白质组学分析，快速鉴定基因组测序的致病菌所产生蛋白质的实验方案。由于天冬氨酸效应，亚稳态蛋白质离子发生断裂，该特异性被用于蛋白质鉴定。...

抗菌免疫蛋白的鉴定 大肠杆菌 使用 MALDI-TOF-TOF-MS/MS 和自上而下蛋白质组学分析

一种用于分析基于琼脂的细菌大菌落的新型样品制备方法 通过...

微生物合作行为的研究 通过 感染过程中在琼脂和组织内生长的细菌菌落的成像质谱分析

本方案通过将培养组学与基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）相结合，实现对乳制品中微生物组成的快速、低成本评估。该方法获得的分类学结果与16S...

利用细菌蛋白质组学分析评估乳制品的微生物安全性 通过 基质辅助激光解吸电离方法

HCN通道与其辅助亚基之间的相互作用已被确定为重度抑郁症的治疗靶点。本文介绍了一种基于荧光偏振的方法，用于筛选该蛋白质-蛋白质相互作用的小分子抑制剂。...

识别HCN1与TRIP8b蛋白-蛋白相互作用的小分子抑制剂的方法

了解开源MALDI TOF-MS IDBac生物信息学流程，用于整合蛋白质与专用代谢物质谱数据以快速区分细菌分离株。该方法通过可视化代谢物关联网络辅助微生物生态学与药物发现研究。

使用开源的 MALDI TOF-MS IDBac 分析流程解析微生物蛋白质与特化代谢物数据

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