"Cell Surface Capture" Workflow for Label-Free Quantification of the Cell Surface Proteome

Akul Naik; Sanjeeva Srivastava; Arun P. Wiita

doi:10.3791/64952

JoVE Journal
Biochemistry

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JoVE Journal Biochemistry

“Cell Surface Capture” Workflow for Label-Free Quantification of the Cell Surface Proteome

用于细胞表面蛋白质组无标记定量的"细胞表面捕获"工作流程

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06:31 min

March 24, 2023

DOI: 10.3791/64952-v

Akul Naik¹, Sanjeeva Srivastava^1,2, Arun P. Wiita^1,3,4

¹Department of Laboratory Medicine,University of California, San Francisco, ²Department of Biosciences and Bioengineering,Indian Institute of Technology Bombay, ³Deptartment of Bioengineering and Therapeutic Sciences,University of California, San Francisco, ⁴Chan Zuckerberg Biohub

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

在这里，我们描述了一种蛋白质组学工作流程，用于表征各种细胞类型的细胞表面蛋白质组。该工作流程包括细胞表面蛋白富集、后续样品制备、使用 LC-MS/MS 平台进行分析以及使用专用软件进行数据处理。

该协议使我们能够研究存在于各种细胞类型的细胞表面的抗原，以找到对该类型细胞或组织具有特异性的抗原。我们在这里介绍的技术允许从全细胞裂解物中富集细胞膜蛋白，最终通过基于质谱的蛋白质组学进行分析。因此，该方案的一个具体应用是将其应用于肿瘤细胞，以寻找存在于这些癌细胞表面的抗原，而不是可能作为癌症免疫疗法新靶标的正常细胞。

关于此方案需要注意的一点是，针对您感兴趣的实验优化样品输入可能很重要。因此，可能需要多次迭代或滴定才能找到最佳条件。因此，我们实验室的初级专家 Akul Naik 将演示该程序。

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