Name: Large Volume (20L +) Filtration von Coastal Meerwasser Proben (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: Erfahren Sie die Filtration großer Küstenmeerwasserproben zur Sammlung mikrobieller Biomasse. Diese Methode isoliert Partikel von 0,22μm bis 2,7μm für Studien zur mikrobiellen Diversität in marinen Ökosystemen.

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Wir möchten den kanadischen Stiftung für Innovation, der British Columbia Knowledge Development Fund und der National Sciences and Engineering Research Council (NSERC) of Canada für die Unterstützung laufender Studien auf niedrigem Sauerstoffgehalt Regionen der Küsten-und offenen Meer zu danken. DAW wurde durch Stipendien von NSERC, Killam und die TULA Stiftung finanziert Zentrum für Mikrobielle Diversität und Evolution unterstützt.

<ol><li> Set up des Filtrationsapparatur <ol><li> Zum Einrichten der Filtrationsvorrichtung, mit Hilfe einer Pinzette zu einem Grad GF / D-Filter in den Vorfilter Wohneinheit Platz. Locker ziehen Sie die Gehäuse von Hand. Als Faustregel gilt, nicht zu fest anziehen, oder das Gerät, sobald die Pumpen beginnt undicht. </li><li> Ersetzen Sie den Glasballon Kappe mit dem autoklaviert Kappe und befestigt Schlauch durch vorsichtiges Einsetzen der inneren Schlauch in den Kanister ohne es zu berühren. Wenn nötig, mit Hilfe einer Pinzette, um den Schlauch in den Kanister zu führen. </li><li> Führen Sie das externe Schlauch durch die Schlauchpumpe. </li><li> Bringen Vorfilter Wohneinheiten bis zum Ende der beiden äußeren Rohre (dh 2 Einheiten pro Kanister). Ziehen Sie die Verbindung mit einer Zange. </li></ol></li><li> Filtration von Meerwasser <ol><li> Um die Filterung des Meerwassers, auf die Pumpe einschalten und die Strömungsgeschwindigkeit zu 1. Sehen Sie, um sicherzustellen, dass das Wasser wird in die richtige Richtung gepumpt. </li><li> Lassen Sie 500 ml Wasser frei fließen durch den Vorfilter-Einheit und in einem 1 L Becherglas. </li><li> Schalten Sie die Pumpe und befestigen Sie eine Sterivex Filter auf den männlichen Luer-Anschluss an das freie Ende des Vorfilter-Setup. Ziehen Sie die Vorfiltergehäuse eng mit der Hand. </li><li> Achten Sie bei der Vorfilter Gehäuse und an der Verbindung zwischen dem Vorfilter Gehäuse und die Schläuche, die den Ballon führt. Wenn Undichtigkeiten auftreten, schalten Sie die Pumpe aus und lösen Sie und ziehen Sie die Vorfiltergehäuse entsprechend. Schalten Sie die Pumpe wieder ein. </li><li> Das Filtrat in 4 L Flaschen. Sobald sie voll sind, leeren Sie den Kolben in ein sauberes Glasballon. Achten Sie darauf, die Lautstärke durch jeden Filter geleitet beachten. Gesammelte Filtrat weiter verarbeitet werden kann, wie Filtration auf Viren. </li><li> Weiter Filterung, bis kein Wasser in die Ballons übrig bleibt. Usual Filtrationszeiten Bereich zwischen 4-5 h / 20 L Kanister, allerdings hängt dies stark von der Menge der Biomasse im Wasser. </li><li> Nach Filtration beendet ist, schalten Sie die Pumpe aus und trennen Sie das Sterivex Filter. </li></ol></li><li> Lagerung von Filtern <ol><li> So speichern Sie die Filter, zuerst zu vertreiben restliche Wasser mit einem 30-60 ml Spritze. </li><li> Mit einer Pipette 1,8 ml Lysepuffer, um den Filter, halten ~ 200 ul des Raumes in den Filter für die spätere Zugabe von Reagenzien. </li><li> Verschließen Sie die untere und obere der Sterivex Filter mit einem kleinen Stück Parafilm, und beschriften Sie die Filter mit dem Datum und Identifizierung der Proben. </li><li> Bewahren Sie die Filter in einer pre-markierten 50 ml Falcon-Röhrchen bei -80 ° C </li><li> Entfernen Sie die Filter aus dem Gehäuse, und setzen Sie sie in beschriftete 50 ml Falcon-Röhrchen mit 2 ml Lysepuffer. Bewahren Sie diese bei -80 ° C. </li></ol></li><li> Cleanup <ol><li> Für die endgültige Bereinigung, platzieren Sie den Schlauch im Inneren des Ballons wurde in einen Kolben mit 0,1 M HCl </li><li> Richten Sie die Schläuche, die zum 4L Kolben in die ursprüngliche Glasballon führen. </li><li> Schalten Sie die Pumpe und laufen bei 3, das Sammeln der Durchfluss durch laufen in der ursprünglichen Glasballon. </li><li> Schließlich spülen Sie den Schlauch mit Wasser autoklaviert. </li></ol></li></ol> Repräsentative Ergebnisse: Das Ergebnis besteht aus zwei Sterivix Filter jeweils mikrobiellen Biomasse von etwa 10 L Meerwasser in der Größenordnung von 0,22 &amp;mgr; m und 2.7μm. Dies ist in Lyse-Puffer gespeichert und bereit für die DNA-Extraktion. Darüber hinaus sammelt dieses Verfahren und konzentriert Biomasse größer als 2,7 um, auf der GF / D Vorfilter. Dies ist auch in Lyse-Puffer gespeichert und bereit für die DNA-Extraktion. Wenn zusätzliche Verarbeitungsschritte übernommen werden, kann der 0,22 &amp;mgr; M Flow-Through nach unten konzentriert werden, um das virale Fraktion sowie zu sammeln.

Die Autoren haben keine Offenlegungen vorzunehmen.

Es ist zwingend notwendig, um abwischen Bänke und Pumpen mit einem feuchten Tuch nach dem Gebrauch an alle verbliebenen Spuren von Salzwasser, die sonst korrodieren würden Geräte zu entfernen. Obwohl das Verfahren ist einfach, kann der Zeitbedarf werden umfangreiche abhängig von der Konzentration der Biomasse oder Verunreinigungen in der Probe herausgefiltert.

<table><tbody><tr><td>Peristaltikpumpe</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL-Schlauch</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>Schlauchschellen</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; Rohradapter</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>Polypropylen-Vorfiltergehäuse</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>Metall-Luer-Verbinder (Schlauchende auf männlichen Luer-Lock)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; Magnete</td><td></td><td></td><td>Für Filtrationsapparatur</td><td></td></tr><tr><td>Dreiwege-Flaschenverschlüsse</td><td></td><td></td><td></td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>GV 0,22 &amp;mu;m STERIVIX-Filter</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>47 mm Durchmesser, 2,7 &amp;mu;m GF/D-Filter</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Lysispuffer</td><td> Reagenz</td><td></td><td></td><td>0,75 M Saccharose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8,3)</td></tr><tr><td>0,1 % HCl</td><td>Reagenz</td><td></td><td></td><td>Zum Nachspülen nach der Filtration</td></tr><tr><td>autoklaviertes Wasser</td><td>Reagenz</td><td></td><td></td><td>Zum Nachspülen nach der Filtration</td></tr></tbody></table>

large volume (20l +) filtration von coastal meerwasser proben

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

Der Workflow beginnt mit der Sammlung von der Küste Meeresgewässer für nachgeschaltete mikrobielle Gemeinschaft, Nährstoff-und Spurengasen analysiert. Für dieses Verfahren wurden Proben aus dem Deck der HMS John Strickland, die in Saanich Inlet gesammelt. Das Video dokumentiert großes Volumen (≥ 20 L) Filtration von mikrobieller Biomasse, die zwischen 0,22 &amp;mgr; m und 2.7μm im Durchmesser, aus der Wassersäule. Zwei 20L Proben können gleichzeitig gefiltert werden über ein einziges Aggregat mit vier rotierenden Köpfen ausgestattet. Die Filtration wird in das Feld, auf ausgedehnte Reisen gemacht, oder unmittelbar nach der Rückkehr für Tagesausflüge. Es ist wichtig, die Menge des Wassers, die durch jede Sterivex Filtereinheit aufnehmen. Um zu verhindern, Biofilmbildung zwischen Probenahme Reisen müssen alle Filteranlagen mit verdünnter HCl und VE-Wasser gespült werden und autoklaviert sofort nach Gebrauch. Dieser Vorgang dauert ca. 5 Stunden plus eine zusätzliche Stunde für aufzuräumen.

Das Video dokumentiert großes Volumen (≥ 20 L) Filtration von mikrobieller Biomasse, die zwischen 0,22 &amp;mgr; m und 2.7μm im Durchmesser, aus der Wassersäule.

Large Volume (20L +) Filtration von Coastal Meerwasser Proben

Der Arbeitsablauf beginnt mit der Entnahme von küstennahem Meerwasser für nachfolgende Analysen der mikrobiellen Gemeinschaft, der Nährstoffe und der Spurengase. Für diese Methode ...

Hallo, ich bin David Walsh im Labor von Steven Hallam an der Abteilung für Mikrobiologie und Immunologie der University of Bridge Columbia. Heute zeigen wir Ihnen ein Verfahren zur Filtration großer Mengen von Meerwasser zur Gewinnung mikrobieller Biomasse. In unserem Labor verwenden wir dieses Verfahren, um die mikrobielle Vielfalt im marinen Umfeld zu untersuchen.Beginnen wir. Um die Filtrationsvorrichtung aufzubauen, platzieren Sie mit einer Pinzette einen Filter der Güteklasse GFD in die Vorfiltreinheit. Ziehen Sie die Einheit per Hand locker an.Als Faustregel gilt: Nicht überdrehen, da sonst Leckagen auftreten können. Sobald das Pumpen beginnt, ersetzen Sie die Karaffenkappe durch die Autoklavenkappe und verbinden Sie den Schlauch, indem Sie den Innenschlauch vorsichtig in das Fahrzeug einführen, ohne es zu berühren. Falls nötig, verwenden Sie eine Pinzette, um den Schlauch in das Fahrzeug zu führen.Dann verschließen Sie die Kappe und führen Sie den externen Schlauch durch die peristaltische Pumpe. Befestigen Sie die Vorfiltergehäuse an beiden Enden der externen Schläuche. Ziehen Sie die Verbindungen mit einer Zange fest, um mit der Filtration des Meerwassers zu beginnen.Schal

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Research

Forschung

JoVE Journal

Biology

Biologie

Das Video dokumentiert Methoden zur Erhebung Coastal Marine Wasserproben und deren Verarbeitung für verschiedene Downstream-Anwendungen einschließlich Biomasse-Konzentration, Aufreinigung von Nukleinsäuren, Zell-Hülle und Fülle, Nährstoff-und Spurengasen analysiert.

Meerwasser Probenahme und Sammlung

Das Video dokumentiert kleines Volumen (~ 1 L) Filtration von mikrobieller Biomasse aus der Wassersäule.

Small Volume (1-3L) Filtration von Coastal Meerwasser Proben

Hier präsentieren wir ein umfassendes Protokoll zur Bewertung der Verfügbarkeit organischer und anorganischer Nährstoffe sowie der Häufigkeit und Struktur von mikrobiellen und viralen Gemeinschaften in abgelegenen Meeresumgebungen.

Entwirren der unsichtbaren Spieler im Ozean - ein Feld Führer zu Wasserchemie und Marine Mikrobiologie

Dieses Manuskript beschreibt einen automatisierten Ansatz zur Auswahl der Gelgröße zur Aufreinigung von DNA-Fragmenten für die Next-Generation-Sequenzierung. Die Ranger-Technologie ermöglicht die vollständige Automatisierung des gesamten Prozesses der Beladung des Agarosegels, der elektrophoretischen Analyse und der Rückgewinnung von DNA-Zielfragmenten und ermöglicht so einen hohen Durchsatz und eine hohe Qualität der Sequenzierungsbibliotheken der nächsten Generation.

Automatisierte Gel Größenauswahl, um die Qualität der nächsten Generation Sequencing Libraries von Umweltwasserproben vorbereitet verbessern

Wir stellen das VacuSIP vor, eine einfache, unaufdringliche und zuverlässige Methode zur sauberen und genauen Punktprobenahme von Wasser. Das System wurde für die gleichzeitige Sammlung des ein- und ausgeatmeten Wassers durch benthische Suspensionsdosierer in situ entwickelt und evaluiert, um die Entfernung und Ausscheidung von partikulären und gelösten Verbindungen sauber zu messen.

VACUSIP eine verbesserte Inex Methode für<em&gt; In Situ</em&gt; Messung von partikulären und gelösten Verbindungen, die durch Active Suspension Feeders Verarbeitet

Wir beschreiben ein Protokoll für die Filtration von Wasserproben mit einer Filterpatrone und die Extraktion von Umwelt-DNA (eDNA), ohne dass das Gehäuse aufgeschnitten werden muss, um den Filter zu entfernen. Dieses Protokoll wurde für das Metabarcoding von eDNA von Fischen entwickelt, ist aber auch auf eDNA aus anderen Organismen anwendbar.

Die Verwendung einer Filterpatrone für die Filtration von Wasserproben und Extraktion von Umwelt-DNA

Plankton und Schwebeteilchen spielen eine wichtige Rolle in den biogeochemischen Zyklen im Ozean. Hier bieten wir eine Ultra-clean, low-Stress-Methode für die Sammlung verschiedener Größen von Partikeln und Plankton auf hoher See mit der Fähigkeit zur Handhabung großer Mengen von Meerwasser.

Eine Ultra-clean Multilayer Vorrichtung zum Sammeln von Größe fraktioniert Meeresplankton und Schwebeteilchen

Dieses Protokoll dient zur Bestimmung von Lipiden in Meerwasser und biologischen Proben. Lipide in Filtraten werden mit Chloroform oder Mischungen von Chloroform und Methanol im Falle von Feststoffen extrahiert. Lipidklassen werden durch Stäbchendünnschichtchromatographie mit Flammenionisationsdetektion gemessen und ihre Summe ergibt den Gesamtlipidgehalt.

Bestimmung von Gesamtlipid und Lipidklassen in marinen Proben

Hier stellen wir ein neuartiges Protokoll zur Gewinnung mariner eDNA durch die Entnahme und Filtration von Meerwasserproben von in Betrieb befindlichen Fähren und anderen Handelsschiffen vor.

Das schwimmende Labor: Standardverfahren zum Sammeln und Filtern von Meerwasserproben von in Betrieb befindlichen Fähren für die Umwelt-DNA-Analyse

Hier beschreiben wir Methoden der Probenahme aus den euphotischen Zonen von Meeres- und Süßwasserökosystemen zur Isolierung von Cyanophagen (und ihren Wirten) und Post-Sampling-Prozesse, die einzelne Genotypen anreichern und die Dynamik der Virus-Wirt-Interaktion charakterisieren.

Umweltproben von photosynthetischen Mikroben und ihren Viren: Vom Feld ins Labor

Dieses Protokoll beschreibt einen standardisierten Workflow zur Sammlung von Umwelt-DNA-Proben von Walbeobachtungsschiffen. Die Machbarkeit für Forscher und ausgebildete Bürgerwissenschaftler wird priorisiert, während Umweltbedingungen, Filtrationszeit, Trübung und Bordlogistik die praktischen Grenzen ihrer Anwendung definieren.

Umwelt-DNA-Probenahme von Walbeobachtungsschiffen zur Überwachung von Walwalen

Erfahren Sie die Filtration großer Küstenmeerwasserproben zur Sammlung mikrobieller Biomasse. Diese Methode isoliert Partikel von 0,22μm bis 2,7μm für Studien zur mikrobiellen Diversität in marinen Ökosystemen.

Large Volume (20L +) Filtration von Coastal Meerwasser Proben

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