Strukturbasierte Simulation und Probenahme von Transkriptionsfaktor-Proteinbewegungen entlang der DNA vom atomaren Schritt bis zur grobkörnigen Diffusion

2.7K Ansichten

Zitiert von 2

09:17 Min.

1. März 2022

10.3791/63406-v

1. März 2022

2.7K Ansichten

Chao E^*¹ , Liqiang Dai^*¹^,² , Jiaqi Tian³^,⁴ , Lin-Tai Da⁴ , Jin Yu⁵^,⁶^,⁷

¹Beijing Computational Science Research Center, ²Shenzhen JL Computational Science and Applied Research Institute, ³School of Medical Informatics and Engineering, Xuzhou Medical University, ⁴Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, ⁵Department of Physics and Astronomy, University of California, Irvine, ⁶Department of Chemistry, University of California, Irvine, ⁷NSF-Simons Center for Multiscale Cell Fate Research, University of California, Irvine

^* These authors contributed equally

Das Ziel dieses Protokolls ist es, die strukturelle Dynamik der eindimensionalen Diffusion von Protein entlang der DNA unter Verwendung eines pflanzlichen Transkriptionsfaktors WRKY-Domänenprotein als beispielhaftes System aufzudecken. Zu diesem Zweck wurden sowohl atomistische als auch grobkörnige Molekulardynamiksimulationen zusammen mit umfangreichen computergestützten Stichproben implementiert.