Name: Erweiterung des Verständnisses der Tumormikroumgebung mittels massenspektrometrischer Bildgebung von formalinfixierten und paraffineingebetteten Gewebeproben (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-06-29T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 47 s
Description: Erfahren Sie die Massenspektrometrie-Bildgebung für Tumormikroumgebungen mit formalinfixierten und paraffineingebetteten Proben. Diese Methode ermöglicht die gleichzeitige Charakterisierung von bis zu 40 Markern mit Einzelzellauflösung.

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Die Autoren danken Don Norwood von Editing Services, Research Medical Library bei MD Anderson für die Bearbeitung dieses Artikels und dem Multiplex Immunofluorescence and Image Analysis Laboratory am Department of Translational Molecular Pathology bei MD Anderson. Diese Veröffentlichung resultierte zum Teil aus der Forschung, die durch die wissenschaftliche und finanzielle Unterstützung für das Cancer Immune Monitoring and Analysis Centers-Cancer Immunologic Data Commons Network (CIMAC-CIDC) ermöglicht wurde, das durch das National Cancer Institute (NCI) Cooperative Agreement (U24CA224285) dem University of Texas MD Anderson Cancer Center Cancer Immune Monitoring and Analysis Center (CIMAC) zur Verfügung gestellt wurde.

<ol><li>Laplane, L., Duluc, D., Bikfalvi, A., Larmonier, N., Pradeu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Beyond+the+tumour+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Cancer%22%5BJournal%5D)">Beyond the tumour microenvironment.</a> International Journal of Cancer. 145 (10), 2611-2618 (2019).</li>
<li>Galli, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Relevance+of+immune+cell+and+tumor+microenvironment+imaging+in+the+new+era+of+immunotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Experimental+%26+Clinical+Cancer+Research%22%5BJournal%5D)">Relevance of immune cell and tumor microenvironment imaging in the new era of immunotherapy.</a> Journal of Experimental & Clinical Cancer Research. 39 (1), 89(2020).</li>
<li>Liu, C. C., Steen, C. B., Newman, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+approaches+for+characterizing+the+tumor+immune+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Immunology%22%5BJournal%5D)">Computational approaches for characterizing the tumor immune microenvironment.</a> Immunology. 158 (2), 70-84 (2019).</li>
<li>Eisenstein, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+sorting%3A+Divide+and+conquer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Cell sorting: Divide and conquer.</a> Nature. 441 (7097), 1179-1185 (2006).</li>
<li>Scognamiglio, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+immunohistochemistry+assay+to+evaluate+the+melanoma+tumor+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Multiplex immunohistochemistry assay to evaluate the melanoma tumor microenvironment.</a> Methods in Enzymology. 635, 21-31 (2020).</li>
<li>Guo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+34-marker+panel+for+imaging+mass+cytometric+analysis+of+human+snap-frozen+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Immunology%22%5BJournal%5D)">A 34-marker panel for imaging mass cytometric analysis of human snap-frozen tissue.</a> Frontiers in Immunology. 11, 1466(2020).</li>
<li>Fu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+architecture+of+the+immune+microenvironment+orchestrates+tumor+immunity+and+therapeutic+response%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Hematology+%26+Oncology%22%5BJournal%5D)">Spatial architecture of the immune microenvironment orchestrates tumor immunity and therapeutic response.</a> Journal of Hematology & Oncology. 14 (1), 98(2021).</li>
<li>Rost, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+ion+beam+imaging+analysis+for+quantitation+of+protein+expresssion+in+cancer+tissue+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Laboratory+Investigation%22%5BJournal%5D)">Multiplexed ion beam imaging analysis for quantitation of protein expresssion in cancer tissue sections.</a> Laboratory Investigation. 97 (8), 992-1003 (2017).</li>
<li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+structured+tumor-immune+microenvironment+in+triple+negative+breast+cancer+revealed+by+multiplexed+ion+beam+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A structured tumor-immune microenvironment in triple negative breast cancer revealed by multiplexed ion beam imaging.</a> Cell. 174 (6), 1373-1387 (2018).</li>
<li>Mathieson, W., Thomas, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Why+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+biospecimens+must+be+used+in+genomic+medicine%3A+An+evidence-based+review+and+conclusion%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Histochemistry+and+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Why formalin-fixed, paraffin-embedded biospecimens must be used in genomic medicine: An evidence-based review and conclusion.</a> The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 68 (8), 543-552 (2020).</li>
<li>Baghban, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+microenvironment+complexity+and+therapeutic+implications+at+a+glance%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Communication+and+Signaling%22%5BJournal%5D)">Tumor microenvironment complexity and therapeutic implications at a glance.</a> Cell Communication and Signaling. 18 (1), 59(2020).</li>
<li>Cai, S., Allam, M., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+spatial+bioimaging+for+combination+therapy+design%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Cancer%22%5BJournal%5D)">Multiplex spatial bioimaging for combination therapy design.</a> Trends in Cancer. 6 (10), 813-818 (2020).</li>
<li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Precision+Oncology%22%5BJournal%5D)">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precision Oncology. 4, 11(2020).</li>
<li>Rad, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Pandora%27s+box+of+novel+technologies+that+may+revolutionize+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Lung+Cancer%22%5BJournal%5D)">The Pandora's box of novel technologies that may revolutionize lung cancer.</a> Lung Cancer. 159, 34-41 (2021).</li>
<li>Tan, W. C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overview+of+multiplex+immunohistochemistry%2Fimmunofluorescence+techniques+in+the+era+of+cancer+immunotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Commununications%22%5BJournal%5D)">Overview of multiplex immunohistochemistry/immunofluorescence techniques in the era of cancer immunotherapy.</a> Cancer Commununications. 40 (4), 135-153 (2020).</li>
<li>Ptacek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+ion+beam+imaging+%28MIBI%29+for+characterization+of+the+tumor+microenvironment+across+tumor+types%5BTitle%5D)+AND+%22Laboratory+Investigation%22%5BJournal%5D)">Multiplexed ion beam imaging (MIBI) for characterization of the tumor microenvironment across tumor types.</a> Laboratory Investigation. 100 (8), 1111-1123 (2020).</li>
</ol>

Die Autoren haben keine Konflikte offenzulegen.

Die umfassende Aufklärung der komplexen, komplizierten Wechselwirkungen zwischen den verschiedenen Komponenten eines TME bleibt ein zentrales Ziel der Krebsforschung. Die Hersteller haben im Rahmen dieser Bemühungen zahlreiche Multiplex-Assays eingeführt, insbesondere in den letzten 5 Jahren. Die multiplexierte räumliche Analyse ist ein vielseitiges und leistungsfähiges Werkzeug, das die gleichzeitige Kategorisierung mehrerer Ziele erleichtert und gleichzeitig die strukturelle Morphologie in Tumorproben bewahrt. Räumlich...

Die Bedeutung der zahlreichen Zelltypen, die klonale Tumorpopulationen umgeben, ist ein entscheidendes Element bei der Kategorisierung der Karzinogenese. Das Interesse an der Aufklärung dieser Zusammensetzung und Wechselwirkungen der Tumormikroumgebung (TME) ist nach der Etablierung der immunbasierten Therapie als Teil des Krebsbehandlungsarsenals kontinuierlich gestiegen. Daher haben sich die Behandlungsstrategien von einem tumorzentrierten Ansatz zu einem TME-zentrierten Ansatz verlagert1.
Die Bemühungen, die Rolle von Immunzellen bei der Tumorüberwachung und Krebsentstehung aufzuklären, haben in den letzten Jahren auffallend zugenommen 2,3. In der medizinischen Forschung entstand eine Vielzahl von Methoden, darunter zytometrische Methoden und Singleplex- und Multiplex-Bildgebungstechnologien, als Teil dieses Versuchs, die einzigartigen Wechselwirkungen mehrerer Elemente von TMEs zu entschlüsseln.
Bahnbrechende Methoden wie die Durchflusszytometrie (erfunden in den 1960er Jahren), die fluoreszenzaktivierte Zellsortierung und die Massenzytometrie konzentrieren sich hauptsächlich auf die Identifizierung und Quantifizierung von TME-Komponenten4. Obwohl zytometrische quantitative Techniken eine Phänotypisierung der Immunlandschaft ermöglichen, ist die Bestimmung der zellulären räumlichen Verteilung unmöglich. Umgekehrt erhalten Methoden wie die Standard-Singleplex-Immunhistochemie die Gewebearchitektur und ermöglichen es den Forschern, die zelluläre Verteilung zu analysieren, obwohl eine reduzierte Anzahl von Zielen in einem einzelnen Gewebeabschnitt eine Einschränkung dieser Methoden darstellt 5,6. In den letzten Jahren haben sich Multiplex-Bildgebungstechnologien für die Einzelzellauflösung wie Multiplex-Immunfluoreszenz, Barcoding-Fluoreszenzbildgebung und bildgebende Massenspektrometrie als umfassende Strategien zur Gewinnung von Informationen über die gleichzeitige Markerfärbung unter Verwendung desselbenGewebeabschnitts 7 herausgestellt.
Hier stellen wir eine Technologie vor, die metallmarkierte Antikörper und sekundäre Ionenmassenspektrometrie koppelt und die Quantifizierung der Einzelzellauflösung, die Marker-Coexpression (Phänotypisierung) und die räumliche Analyse unter Verwendung formalinfixierter, paraffineingebetteter (FFPE) und frisch gefrorener (FF) Gewebeproben ermöglicht 8,9. FFPE-Proben sind die am häufigsten verwendeten Materialien für die Gewebearchivierung von Proben und stellen eine leichter verfügbare Ressource für gemultiplexte Bildgebungstechnologien dar als frisch gefrorene Proben10. Darüber hinaus bietet diese Technologie die Möglichkeit, Bilder Monate später wieder aufzunehmen. Hier besprechen wir unsere Färbe- und Bildverarbeitungsprotokolle mit FFPE-Gewebeproben.

<table><tbody><tr><td>100% Reagenzalkohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R8382</td><td></td></tr><tr><td>95% Reagenzalkohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R3404</td><td></td></tr><tr><td>80% Reagenzalkohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R3279</td><td></td></tr><tr><td>70% Reagenzalkohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R315</td><td></td></tr><tr><td>20X TBS-T</td><td>Ionpath</td><td>567005</td><td></td></tr><tr><td>10X Low-Barium PBS pH 7,4</td><td>Ionpath</td><td></td><td></td>567004</tr><tr><td>10X Tris pH 8,5&nbsp;</td><td>Ionpath</td><td>567003</td><td></td></tr><tr><td>4°; C Kühlschrank</td><td>ThermoScientific</td><td>REVCO</td><td></td></tr><tr><td>Pipettenspitzen mit Aerosolbarriere P10</td><td>Olympus</td><td>24-401</td><td></td></tr><tr><td>Pipettenspitzen mit Aerosolbarriere P20</td><td>Olympus</td><td>24-404</td><td></td></tr><tr><td>Pipettenspitzen mit Aerosolbarriere P200</td><td>Olympus</td><td>24-412</td><td></td></tr><tr><td>Pipettenspitzen mit Aerosolbarriere P1000</td><td>Olympus</td><td>24-430</td><td></td></tr><tr><td>Zentrifugalfilter Ultrafree-MC</td><td>Fisher Scientific</td><td>UFC30VV00</td><td></td></tr><tr><td>Deionisiertes H2O-Ionenpfad</td><td></td>- <td>567002</td><td></td></tr><tr><td>Eselserum</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D9663</td><td></td></tr><tr><td>EasyDip Objektträger-Färbeglas,</td><td>Grünelektronenmikroskopie Sciences</td><td>71385-G</td><td></td></tr><tr><td>EasyDip Objektträger-Färbegefäß, Gelbe</td><td>Elektronenmikroskopie Sciences</td><td>71385-Y</td><td></td></tr><tr><td>EasyDip Objektträger-Färbeset (Glas+Rack), Weiß</td><td>Elektronenmikroskopie Sciences</td><td>71388-01</td><td></td></tr><tr><td>EasyDip Edelstahlhalter</td><td>Elektronenmikroskopie Sciences</td><td>71388-50</td><td></td></tr><tr><td>Glutaraldehyd 70% EM-Qualität</td><td>Elektronenmikroskopie Sciences</td><td>16360</td><td></td></tr><tr><td>Heat Induced Epitope Retrieval (HIER) Puffer: 10X Tris mit EDTA, pH 9</td><td>Dako</td><td>S2367</td><td></td></tr><tr><td>Hitzebeständiger Objektträger Kammer</td><td>Elektronenmikroskopie</td><td>Sciences 62705-01</td><td></td></tr><tr><td>Hydrophober Barrierestift</td><td>Fisher</td><td>50-550-221</td><td></td></tr><tr><td>MIBI/O Software</td><td>Ionpath</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>MIBIcontrol Software</td><td>Ionpath</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>MIBIslide</td><td>Ionpath</td><td>567001</td><td></td></tr><tr><td>MIBIscope</td><td>Ionpath</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Mikrozentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5415D</td><td></td></tr><tr><td>Mikrotom</td><td>Leica</td><td>RM2135</td><td></td></tr><tr><td>Feuchtigkeitskammer (Feuchtkammer)</td><td>Simport</td><td>M922-1</td><td></td></tr><tr><td>Phosphat gepufferte Kochsalzlösung (PBS) Tabletten</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP2944100</td><td></td></tr><tr><td>PT Modul</td><td>Thermo Scientific</td><td>A80400012</td><td></td></tr><tr><td>sterile Einweg-Filtereinheiten mit schnellem Durchfluss</td><td>Fisher Scientific</td><td>097403A</td><td></td></tr><tr><td>Shaker</td><td>BioRocker</td><td>S2025</td><td></td></tr><tr><td>Spin Säule (Ultrafree-MC Spin Filter, 0,5 mL 0,1 μm; m )</td><td>MillQ</td><td>UFC30VV00</td><td></td></tr><tr><td>Schiebeofen</td><td>Fisher Scientific</td><td>6901</td><td></td></tr><tr><td>Vakuumschrank Exsikkator</td><td>VWR</td><td>30621-076</td><td></td></tr><tr><td>Task-Whipe</td><td>Kimberly Clark</td><td>34155</td><td></td></tr><tr><td>Xylol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>534056-4L</td><td></td></tr></tbody></table>

erweiterung des verständnisses der tumormikroumgebung mittels massenspektrometrischer bildgebung von formalinfixierten und paraffineingebetteten gewebeproben

Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples

Fortschritte bei immunbasierten Therapien haben die Krebsbehandlung und -forschung revolutioniert. Dies hat eine wachsende Nachfrage nach der Charakterisierung der Tumorimmunlandschaft ausgelöst. Obwohl die Standard-Immunhistochemie für die Untersuchung der Gewebearchitektur geeignet ist, beschränkt sie sich auf die Analyse einer kleinen Anzahl von Markern. Umgekehrt können Techniken wie die Durchflusszytometrie mehrere Marker gleichzeitig auswerten, obwohl Informationen über die Gewebemorphologie verloren gehen. In den letzten Jahren haben sich Multiplexstrategien, die phänotypische und räumliche Analysen integrieren, als umfassende Ansätze zur Charakterisierung der Tumorimmunlandschaft herausgebildet. Hier diskutieren wir eine innovative Technologie, die metallmarkierte Antikörper und Sekundärionen-Massenspektrometrie kombiniert und sich auf die technischen Schritte in der Assay-Entwicklung und -Optimierung, Gewebevorbereitung sowie Bildaufnahme und -verarbeitung konzentriert. Vor der Färbung muss ein metallmarkiertes Antikörperpanel entwickelt und optimiert werden. Dieses Hi-Plex-Bildsystem unterstützt bis zu 40 metallmarkierte Antikörper in einem einzigen Gewebeabschnitt. Bemerkenswert ist, dass das Risiko von Signalinterferenzen mit der Anzahl der im Panel enthaltenen Marker zunimmt. Nach dem Panel-Design sollte besonders auf die Metallisotopenzuordnung zum Antikörper geachtet werden, um diese Interferenz zu minimieren. Vorläufige Paneltests werden mit einer kleinen Untergruppe von Antikörpern und anschließende Tests des gesamten Panels in Kontrollgeweben durchgeführt. Formalinfixierte, paraffineingebettete Gewebeschnitte werden gewonnen und auf goldbeschichtete Objektträger montiert und weiter gefärbt. Die Färbung dauert 2 Tage und ähnelt stark der immunhistochemischen Standardfärbung. Sobald die Proben gefärbt sind, werden sie in das Bildaufnahmegerät gelegt. Sichtfelder werden ausgewählt, Bilder werden erfasst, hochgeladen und gespeichert. Der letzte Schritt ist die Bildaufbereitung zur Filterung und Beseitigung von Störungen mit der Bildverarbeitungssoftware des Systems. Ein Nachteil dieser Plattform ist das Fehlen von Analysesoftware. Die erzeugten Bilder werden jedoch von verschiedenen Computerpathologie-Software unterstützt.

Mandel- und Lungenadenokarzinom-TMA-Gewebeschnitte (5 mm dick) wurden entnommen und auf die Mitte von goldbeschichteten Objektträgern gelegt, wobei die Spezifikationen bezüglich Gewebegröße und sicherer Ränder der Objektträger eingehalten wurden. Für eine optimale Färbung sind freie Glasränder von 5 mm bzw. 10 mm zwischen dem Geweberand und den seitlichen bzw. unteren Rändern der Objektträger notwendig. Die Gewebeabschnitte wurden vor der Färbung über Nacht in einem Ofen gebacken, um die ordnungsgemäße Haftung des Abschn...

Im Zeitalter der Krebsimmuntherapie hat das Interesse an der Aufklärung der Dynamik der Tumormikroumgebung markant zugenommen. Dieses Protokoll beschreibt eine massenspektrometrische Bildgebungstechnik in Bezug auf ihre Färbe- und Bildgebungsschritte, die eine stark gemultiplexte räumliche Analyse ermöglichen.

Erweiterung des Verständnisses der Tumormikroumgebung mittels massenspektrometrischer Bildgebung von formalinfixierten und paraffineingebetteten Gewebeproben

Advances in immune-based therapies have revolutionized cancer treatment and research. This has triggered growing demand for the characterization of the ...

Diese Protokolle ermöglichen die Quantifizierung der Einzelzellauflösung, die Koexpression von Markern und eine spezielle Analyse unter Verwendung von formalinfixierten und paraffineingebetteten und frisch gefrorenen Gewebeproben, um die Rolle von Immunzellen bei Krebs aufzuklären. Diese Technik ist ein leistungsfähiges Werkzeug, das die gleichzeitige Charakterisierung eines 40-Markers auf einem einzelnen Gewebeabschnitt erleichtert und die Struktur des Gewebes in den Proben weitgehend bewahrt. Der kritische Schritt ist die Antikörperoptimierung und -validierung.Wenn der Schritt nicht abgeschlossen wird, kann dies zu Bildern mit geringer Qualität führen, die die Beibehaltung qualitativ hochwertiger, reproduzierbarer Daten und Ergebnisse beeinträchtigen können. Beginnen Sie damit, alle Antikörper-haltigen Röhrchen bei 10.000 x G für fünf Minuten herunterzudrehen, fügen Sie einzelne Antikörper in den Blockierpuffer und mischen Sie gut. Stören Sie den Boden des Antikörperröhrchens nicht, wenn Sie es pipettieren.Filtern Sie das Antikörperpanel durch Vorbenetzung einer 0,1 Mikrometer Zentrifugalfiltervorrichtung mit 100 Mikrolitern Blockierpuffer. Drehen Sie den Filter bei 10.000 x G fü

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Research

Forschung

JoVE Journal

Cancer Research

Krebsforschung

Eingehende Analysen von Krebszellproteomen erleichtern die Identifizierung neuer Wirkstoffziele und diagnostischer Biomarker. Wir beschreiben einen experimentellen Workflow zur quantitativen Analyse von (Phospho-)Proteomen in Krebszell-Subpopulationen, die aus flüssigen und festen Tumoren stammen. Dies wird durch die Kombination von zellulären Anreicherungsstrategien mit quantitativer Super-SILAC-basierter Massenspektrometrie erreicht.

Quantitative massenspektrometrische Analyse von Krebs-Zellen-Proteome Abgeleitet von Liquid und soliden Tumoren

Hier beschreiben wir eine Methode zum Trennen und Bestandteil der Tumor immun und nicht-immunen Mikroumgebung in etablierte subkutane Tumoren zu bereichern. Diese Technik ermöglicht die separate Analyse der Tumor immun infiltrieren und nicht-immunen Tumor Fraktionen die umfassende Charakterisierung der Tumor immun Mikroumgebung ermöglichen können.

Bereicherung und Charakterisierung von dem Tumor immun und nicht-immunen Mikroumgebungen in etablierte subkutane murinen Tumoren

Ein neuartiges Verfahren der Probenvorbereitung wurde entwickelt, um Platz für Zell- und Coculture um niedermolekulare Exchange über bildgebende Massenspektrometrie zu erkennen.

Erfassung von niedermolekularer Kommunikation zwischen Gewebe und Zellen mit Hilfe von Imaging-Massenspektrometrie

Hier beschreiben wir eine einfache und zugängliche Strategie zur Visualisierung, Quantifizierung und Kartierung von Immunzellen in formalinfixierten Paraffin-eingebetteten Tumorgewebeabschnitten. Diese Methode kombiniert vorhandene Bildgebungs- und digitale Analysetechniken mit dem Ziel, die Multiplexing-Fähigkeit und die Multiparameteranalyse von Imaging-Assays zu erweitern.

Visualisierung, Quantifizierung und Kartierung von Immunzellpopulationen in der Tumormikroumgebung

Dieses Protokoll stellt eine Methode zur Erhöhung des prozentualen Tumorgehalts von formalinfixierten paraffineingebetteten Gewebeproben vor.

Verbesserung des Tumorgehalts durch Tumormakrodissektion

Dieses Protokoll beschreibt einen Hochdurchsatz-Workflow für die künstliche Intelligenz-gesteuerte Segmentierung von pathologiebestätigten Regionen von Interesse aus gefärbten, dünnen Gewebeschnittbildern zur Anreicherung von histologieaufgelösten Zellpopulationen mittels Laser-Mikrodissektion. Diese Strategie beinhaltet einen neuartigen Algorithmus, der die Übertragung von Demarkationen, die Zellpopulationen von Interesse bezeichnen, direkt auf Lasermikroskope ermöglicht.

Industrialisierte, von künstlicher Intelligenz gesteuerte Laser-Mikrodissektion zur mikroskaligen proteomischen Analyse der Tumormikroumgebung

In diesem Artikel wird ein Protokoll zur manuellen Tyramid-Signalverstärkung (TSA) Multiplex-Immunfluoreszenz (mIF) in Kombination mit Bildanalyse und räumlicher Analyse beschrieben. Dieses Protokoll kann mit formalinfixierten Paraffin-eingebetteten (FFPE) Schnitten für die Färbung von zwei bis sechs Antigenen pro Objektträger verwendet werden, je nachdem, welcher Objektträgerscanner im Labor verfügbar ist.

Multiplex-Immunfluoreszenz kombiniert mit räumlicher Bildanalyse zur klinischen und biologischen Beurteilung der Tumormikroumgebung

Dieser Artikel beschreibt ein Protokoll für Multiplex-Immunfluoreszenz, das optimiert wurde, um die dreidimensionale Architektur von Peritonealmetastasen zu charakterisieren.

Dreidimensionale Bildgebung von tumortragendem Gewebe mit dem iterativen Bleaching erweitert den Multiplexitätsansatz

Hier etablieren wir eine massenspektrometrische proteomische Methode unter Verwendung isolierter Regionen von Interesse in formalinfixierten, paraffineingebetteten Gewebeschnitten. Dieses Protokoll wird verwendet, um Proteome aus bestimmten Gewebebereichen in archivierten formalinfixierten, paraffineingebetteten Gewebeschnitten zu analysieren.

Ein optimierter Ansatz für die massenspektrometrische Proteomik unter Verwendung ausgewählter Geweberegionen

Dieses Protokoll bietet eine Schritt-für-Schritt-Anleitung für die Entwicklung eines Multiplex-Immunfluoreszenz-Antikörper-Panels für die DNA-Barcode-basierte Bildgebung von murinen FFPE-Melanomgeweben. Wir beschreiben auch eine Bildanalyse-Pipeline mit Open-Source-Tools zur Generierung von räumlichen Proteomik-Einblicken in die Immunmikroumgebung des Mausmelanomtumors.

DNA-Barcode-basierte Multiplex-Immunfluoreszenz-Bildgebung zur Analyse von FFPE-Proben von genetisch umprogrammierten murinen Melanomen

Erfahren Sie die Massenspektrometrie-Bildgebung für Tumormikroumgebungen mit formalinfixierten und paraffineingebetteten Proben. Diese Methode ermöglicht die gleichzeitige Charakterisierung von bis zu 40 Markern mit Einzelzellauflösung.

Erweiterung des Verständnisses der Tumormikroumgebung mittels massenspektrometrischer Bildgebung von formalinfixierten und paraffineingebetteten Gewebeproben (Video) | JoVE Journal

Erweiterung des Verständnisses der Tumormikroumgebung mittels massenspektrometrischer Bildgebung von formalinfixierten und paraffineingebetteten Gewebeproben

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