Name: Una basada en PCR genotipificación método para distinguir entre las variedades de tipo silvestre y ornamental de Imperata cylindrica /em (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-02-20T12:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 1 s
Description: Aprende un método de genotipificación por PCR para distinguir variedades silvestres y ornamentales de Imperata cylindrica. Esta técnica molecular rápida y económica facilita la identificación precisa de especies invasivas.

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Damos las gracias a Alan Tasker (USDA-APHIS, Riverdale, MD), Stephen Compton (Clemson), Sherry Aultman (Clemson), Craig Ramsey (USDA-APHIS, Fort Collins, CO), y Betty Marose (UMD) para la asistencia en la obtención de muestras . Damos las gracias a los estudiantes Andrew Adrian (UA-Huntsville) y Derek Thacker (UA-Huntsville) por su ayuda en las pruebas de este protocolo, y Herdy José por su trabajo en la filmación del video. Este trabajo fue financiado por la National Fish and Wildlife Foundation.

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No tenemos nada que revelar.

<html> El vivero de EE.UU. y las industrias del paisaje prosperan en el cultivo y venta de especies de plantas exóticas y la novela. Esto, junto con la creciente globalización del comercio, aumenta las posibilidades de que las especies de plantas invasoras entran, establecer y difundir en los EE.UU. La posibilidad de regular por el gobierno federal tales plantas se basa en la información que a menudo no es disponible, incluyendo el potencial de convertirse en invasoras , la taxonomía correcta, y la distinción genética de taxones nativos y naturalizados. Debido a que nuestro conocimiento de las plantas invasoras es a menudo limitada, las plantas importadas con ocultos características invasoras se han introducido voluntariamente sólo para descubrir después que invaden nuestros recursos agrícolas y naturales. Este protocolo tiene como objetivo hacer frente a este tipo de problemas asociados con la I. cylindrica variedades, proporcionando el primer método simplificado molecular que puede distinguir exactamente entre la naturaleza y tipo de plantas de cogongrass tengan y la forma de revertir de su contraparte JBG ornamentales. jove_content &quot;&gt; Para el desarrollo de este protocolo, de tipo salvaje plantas de cogongrass tengan se recogió a partir de poblaciones naturalizadas de la Unidad de Pond Creek Forestal en el Condado de Santa Rosa cerca de Jay, Florida, en junio de 2008. JBG fue adquirido en un vivero comercial (Bluebird Nursery, Inc. ..) en junio de 2008, así como de la colección de propietario de una casa en Columbia, MO JBG vuelve se obtuvieron desde el patio del Museo Campbell Geológica de la Universidad de Clemson, Carolina del Sur en junio de 2008, de la Universidad Park en Riverdale, MA en junio de 2009, y en el patio delantero de un dueño de una casa en Columbia, MO en 2009 (identificados por Leland Cseke). Todas las plantas se mantuvieron en un invernadero ubicado en la Universidad de Alabama en Huntsville (Huntsville, AL). La secuenciación genética de ADN recogidas en esas plantas incluidas en la comparación de la profundidad de 9 regiones de ADN independientes, comúnmente utilizados para 2 plantas de código de barras. En todos los casos, las secuencias de JBG eran un partido 100% a las de la JBG revertir, ayudando así averificar que en efecto, la JBG revertir a una forma verde, invasivo. Sólo el ITS nuclear y las regiones del cloroplasto F trnL-tienen diferencias que pueden ser utilizados para distinguir entre plantas de cogongrass tengan genéticamente y JBG. La región ITS cuenta con un total de 3 SNPs (polimorfismos de nucleótido único) entre plantas de cogongrass tengan y la JBG, mientras que la región trnL-F tiene dos SNPs y indeles 2 (inserciones y deleciones). Estas diferencias genéticas específicas permite gran variedad-PCR a desarrollar que puede distinguir entre la naturaleza y tipo de plantas de cogongrass tengan y vuelve JBG. Los resultados más fiables provienen de primers derivados de la plastidio trnL-F región. Por lo tanto, este protocolo se basa en la secuencia de las diferencias entre las regiones trnL-F del genoma del cloroplasto de plantas de cogongrass tengan, JBG y revertidas JBG (Figura 4). Para ayudar a generar cebadores que son más específicos para las variedades en cuestión y para ayudar a evitar los falsos positivos de las especies estrechamente relacionadas, all conocidos trnL-F secuencias de I. variedades cylindrica se compararon con trnL-F secuencias de especies de gramíneas (43 relacionados con las secuencias independientes de 29 especies, por ejemplo, Cymbopogon citratus, Sorghastrum incompletum y Coix lacryma-jobi, Miscanthus sinensis, Saccharum officinarum, Sorghum halepense). Aunque, hemos examinado específicos variedad-secuencias de los cebadores a través de 29 especies de hierba, la especificidad de los cebadores específicos variedad-no ha sido ampliamente examinado por su capacidad para amplificar el ADN de la mayoría de otras especies gramíneas. En consecuencia, el tejido utilizado para la extracción de ADN deben ser cuidadosamente identificados como I. cylindrica antes de iniciar este protocolo. Si la hierba no se puede identificar, ya sea como plantas de cogongrass tengan o JBG, entonces le sugerimos la secuenciación del producto de PCR para asegurarse de que las secuencias son una coincidencia exacta con plantas de cogongrass tengan o JBG. Actualmente, el método más exacto para verificar la identidad de un espécimen hierba dado es llevar a cabo la PCR en tanto el trnl-F y de sus regiones, seguida de verificación de la secuencia de los productos de la PCR y la comparación de las secuencias a secuencias conocidas de los taxones identificados con precisión. ADN puede ser amplificado utilizando cebadores de control que se detallan en este protocolo (para la región trnL-F) o cebadores otros disponibles en otras publicaciones 13-15. La secuencia es la mano de obra mucho más y costosa que el uso de nuestro procedimiento simplificado. La calidad de los cebadores utilizados para la PCR es crítico para el éxito del procedimiento. Hemos hecho los iniciadores de este procedimiento disponible en oblicuo Bio, Inc. ( <a href="http://www.obliquebio.com/web/" target="_blank">http://www.obliquebio.com/web/</a> , Huntsville, AL). La ventaja de ordenar los cebadores de Bio oblicua es que almacenar un gran número de partes alícuotas de cada cebador de la serie de muestras de producción idénticos como los cebadores que se utilizan para la optimización en nuestro laboratorio. En consecuencia, no sólo cebadores tienen la misma secuencia, pero they provienen del lote de producción exactamente el mismo que se utilizó en este protocolo. El uso de primers de un mismo lote, puede ayudar a evitar las variables extrañas en el procedimiento que pueda resultar de las diferencias en la calidad de los cebadores de PCR. Asimismo, mientras que otras polimerasas Taq debería funcionar bien para la PCR, la calidad de la Taq polimerasa utilizada tendrá un impacto sobre la calidad de los resultados de la PCR. Para permitir una mejor consistencia en los reactivos de PCR, hemos optimizado el protocolo de uso de los reactivos de Clontech. La ventaja de dos polimerasa (Clontech, Mountain View, CA, Cat # 639201 o 639202) es una mezcla de un sistema robusto, de arranque en caliente Taq polimerasa y una enzima prueba de lectura que ayuda a proporcionar una alta especificidad y ampliaciones más precisos. Debido a que este protocolo se basa en el ADN del cloroplasto, que es heredado de la madre en los pastos, los sucesos de hibridación entre plantas de cogongrass tengan JBG y los genotipos no pueden ser capturados con nuestro procedimiento de identificación molecular. En los casos en que es hypridization suspeDirección Ejecutiva, le recomendamos que utilice las regiones nucleares que se heredan de ambos padres. Los más comúnmente utilizados no plastídico región variable a considerar en la determinación del genotipo de plantas es la región ITS ribosomal nuclear 13-15,17. En la actualidad, estamos avanzando hacia la multiplexación de la amplificación de los cloroplastos trnL-F región con la de su región de la central nuclear en el mismo tubo de PCR. Multiplexación plastidio con las regiones de ADN nuclear potencialmente eludir las limitaciones de utilizar ya sea solo, sin embargo, estos métodos requieren la optimización y evaluación adicional para determinar la viabilidad de una base de caso por caso. El uso de indicadores cuantitativos PCR en tiempo real (qPCR) y las nuevas tecnologías, tales como marcadores moleculares (sondas fluorescentes de imprimación), también están siendo evaluados como métodos de genotipado a prueba de fallos y exacta de la planta. El protocolo que aquí se presenta ofrece un método rápido y fiable para distinguir la JBG volver a la de tipo salvaje plantas de cogongrass tengan. Le recomendamos utilizarrs de este protocolo para comunicarse con nosotros para informar sobre los resultados derivados de la utilización de este protocolo. Dicha información compartida ayudará a proporcionar información sobre la distribución de la JBG se revierte. Esto también ayudará a los reguladores en el Departamento de Agricultura a tomar decisiones informadas sobre las acciones que pueden ser necesarias para evitar la propagación y la hibridación potencial de las variedades Cogongrass altamente invasivos.

<table border="1"><tbody><tr><td> Nombre del reactivo </td><td> Empresa </td><td> Número de catálogo </td><td> Comentarios </td></tr><tr><td> DNeasy Plant Mini Kit </td><td> Qiagen, Valencia, CA </td><td> 69104 o 69106 </td><td> Cualquier planta de renombre genómico kit de ADN que se obtiene ADN de buena calidad debe trabajar muy bien para estos procedimientos. </td></tr><tr><td> TRNF (GAA)-F </td><td> Oblicua Bio, Inc. </td><td> 3-0578 </td><td> De control de avance positivo imprimación </td></tr><tr><td> trnL (5 &#39;del exón)-C </td><td> Oblicua Bio, Inc. </td><td> 3-0579 </td><td> Invertir cebador control positivo </td></tr><tr><td> trnLF-C-F1 </td><td> Oblicua Bio, Inc. </td><td> 3-0864 </td><td> Avance de tipo salvaje plantas de cogongrass tengan imprimación </td></tr><tr><td> trnLF-C-R1 </td><td> Oblicua Bio, Inc. </td><td> 3-0865 </td><td> Marcha atrásde tipo salvaje plantas de cogongrass tengan imprimación </td></tr><tr><td> trnLF-R-F2 </td><td> Oblicua Bio, Inc. </td><td> 3-0866 </td><td> Adelante y la JBG JBG volver imprimación </td></tr><tr><td> trnLF-R-R2 </td><td> Oblicua Bio, Inc. </td><td> 3-0867 </td><td> Invertir JBG JBG y volver imprimación </td></tr><tr><td> Ventaja UltraPure PCR dNTP Mix </td><td> Clontech, Mountain View, CA </td><td> 639125 </td><td></td></tr><tr><td> Ventaja 2 de la polimerasa </td><td> Clontech, Mountain View, CA </td><td> 639201 o 639202 </td><td> Una buena prueba de lectura, de arranque en caliente de Taq polimerasa </td></tr></tbody></table>

una basada en pcr genotipificación método para distinguir entre las variedades de tipo silvestre y ornamental de imperata cylindrica</em

A PCR-based Genotyping Method to Distinguish Between Wild-type and Ornamental Varieties of Imperata cylindrica

Wild-tipo I. cylindrica (plantas de cogongrass tengan) es uno de los diez peores plantas invasoras en el mundo, afectando negativamente a los recursos agrícolas y naturales en 73 países diferentes de África, Asia, Europa, Nueva Zelanda, Oceanía y las Américas, 1-2. Cogongrass forma rápida propagación-, stands monodominantes que desplazan a una gran variedad de especies de plantas nativas y, a su vez amenazan a los animales nativos que dependen de las especies de plantas nativas desplazadas para el forraje y refugio. Para agravar el problema, una variedad ornamental [I. cylindrica var. koenigii (Retzius)] es ampliamente comercializado bajo el nombre de &#39;Rubra&#39; Imperata cylindrica, Barón Rojo, y la hierba la sangre japonesa (JBG). Esta variedad es supuestamente estéril y no invasiva y es considerado como una planta ornamental deseable para sus hojas de color rojo. Sin embargo, en las condiciones correctas, la JBG se puede producir semillas viables (Carol Holko, 2009 comunicación personal) y puede volver a una zona verde invasive forma que es a menudo indistinguibles de plantas de cogongrass tengan, ya que toma las características distintivas de la variedad invasivo de tipo salvaje 4 (Figura 1). Esto hace que la identificación con la morfología de una tarea difícil, incluso para los taxonomistas de plantas bien entrenados. Reversión de la JBG a un fenotipo agresivo verde no es también una rara ocurrencia. Uso de comparaciones de secuencias de codificación y las regiones variables del ADN tanto nuclear y del cloroplasto, que han confirmado que la JBG ha vuelto a la verde invasiva dentro de los estados de Maryland, Carolina del Sur y Missouri. JBG ha sido vendido y se plantaron en el estado de casi todos en los EE.UU. continentales donde no hay una infestación de plantas de cogongrass tengan activa. La magnitud del problema en volver no se entiende bien porque las plantas revertidas son indocumentados y destruyó a menudo. La aplicación de este protocolo molecular proporciona un método para identificar JBG vuelve y puede ayudar a mantener estas variedades de co-produciendo unND posiblemente hibridar. Cogongrass es un outcrosser obligado y, al cruzarse con un genotipo diferente, puede producir el viento dispersa las semillas viables que se propagan plantas de cogongrass tengan en distancias 5-7 de ancho. JBG tiene un genotipo ligeramente diferente que plantas de cogongrass tengan y puede ser capaz de formar híbridos viables con plantas de cogongrass tengan. Para agravar el problema, JBG es más frío y tolerante a la sombra de plantas de cogongrass tengan 10.08, y el flujo genético entre estas dos variedades es probable que generen híbridos que son más agresivos, tolerante a la sombra, y resistente al frío que de tipo salvaje plantas de cogongrass tengan. Si bien de tipo salvaje plantas de cogongrass tengan actualmente infesta más de 490 millones de hectáreas en todo el mundo, en los EE.UU. el sudeste que infesta más de 500.000 hectáreas y es capaz de ocupar la mayor parte de los EE.UU., ya que rápidamente se extiende hacia el norte, debido a su nicho de amplia exposición geográfica y el potencial 3,7,11. El potencial de un cruce genético es un motivo de grave preocupación para el Programa de USDA-APHIS Federal Semana nocivas. En la actualidad, el USDA-APHIS prohíbe la JBG en los estados quantes que hay grandes infestaciones Cogongrass (por ejemplo, la Florida, Alabama, Mississippi). Sin embargo, la prevención de las dos variedades de la combinación puede resultar más difícil, ya que plantas de cogongrass tengan JBG y ampliar su distribución. Además, la distribución de la JBG revertir es actualmente desconocido y sin la capacidad de identificar estas variedades a través de la morfología, algunos infestaciones Cogongrass puede ser el resultado de JBG revierte. Desafortunadamente, los métodos actuales de identificación molecular normalmente se basan en AFLP (Amplified polimorfismos de longitud de fragmentos) y secuenciación de DNA, los cuales son el tiempo y es costosa. A continuación, presentamos el primero de costo-efectiva y fiable basado en la PCR método de genotipificación molecular para distinguir con precisión entre las plantas de cogongrass tengan JBG y volver.

Ofrecemos un protocolo de genotipificación molecular de costo-efectiva y rápida que emplea a gran específicos-PCR que se dirigen a diferencias en las secuencias de ADN dentro de la región del cloroplasto espaciador trnL-F para diferenciar entre las variedades de<em&gt; Imperata cylindrica</em&gt; (Plantas de cogongrass tengan) que no se pueden distinguir por morfología solo. Estas variedades incluyen la maleza nociva en la lista federal, plantas de cogongrass tengan y estrechamente relacionada, extendida variedad ornamental, que<em&gt;. cylindrica</em&gt; Var.<em&gt; Koenigii</em&gt; (Hierba sangre japonesa).

Una basada en PCR genotipificación método para distinguir entre las variedades de tipo silvestre y ornamental de Imperata cylindrica</em

La variedad silvestre de I. cylindrica (hierba cogon) se encuentra entre las diez plantas invasoras más perjudiciales del mundo, afectando negativamente los recursos agrícolas y naturales en ...

El objetivo principal de este procedimiento es proporcionar un protocolo de genotipado molecular económico y rápido que permita diferenciar entre variedades de Retta cylindrica, comúnmente denominada hierba gon, que no pueden distinguirse únicamente por su morfología. Esto se logra primero identificando y aislándola el tejido de una variedad de hierba gon de interés. El siguiente paso consiste en extraer ADN nuclear y plastidial del tejido recolectado.A continuación, se realiza la reacción en cadena de la polimerasa sobre el ADN extraído utilizando cebadores específicos para cada variedad que dirigen diferencias de secuencia en la región PLAs turn LF, así como controles positivos y negativos adecuados. El paso final consiste en realizar electroforesis en gel para cada una de las cuatro reacciones de PCR con el fin de visualizar los productos amplificados. En última instancia, la variedad de pasto gon recolectada se determina mediante el análisis de las bandas de productos de PCR específicas para cada variedad observadas en el gel. Las especies vegetales invasoras cuestan a Estados Unidos aproximadamente 3.400 millones de dólares anualmente, causando un daño sustancial tanto a los recursos agrícolas como naturales.El imparato silvestre Electrica, también conocido como hierba Cogan, es una de las diez peores malezas invasoras del mundo. La hierba Cogan forma extensiones monoespecíficas de rápida propagación que desplazan la vegetación nativa, y a su vez, a los animales que dependen de dicha vegetación. Actualmente, la hierba Cogan infesta 490 millones de hectáreas en todo el mundo y aproximadamente 500 000 hectáreas en los Estados Unidos. Una variedad ornamental de ti de tus centrica se comercializa ampliamente bajo los nombres de tus Centrica, Arbra, Baren rojo y JBG, como también llamaremos a la hierba de sangre japonesa. Se considera que esta variedad es presumiblemente estéril y no invasora, y se valora por sus hojas de color rojo.Bajo ciertas condiciones, la hierba japonesa de sangre puede producir semillas viables y revertir a una forma completamente verde que es indistinguible de la hierba cogan tipo silvestre. Como puede observarse, ambas poseen hojas verdes y son más grandes que la variedad ornamental tradicional, con hojas más grandes. Además, las plantas revertidas y del tipo silvestre tienen rizomas más grandes que la variedad ornamental, lo que aumenta su potencial reproductivo asexual.La reversión dificulta la identificación solo mediante morfología. Una tarea complicada. Los métodos moleculares proporcionan un medio para distinguir con precisión plantas invasoras y materiales vegetales que no pueden identificarse mediante medios visuales convencionales.Los métodos moleculares son fundamentales para proteger contra la propagación y la introducción de plantas invasoras. La aplicación de este protocolo molecular proporciona un medio para distinguir con precisión los reversiones de la hierba japonesa de sangre de la hierba Kogan. Este protocolo puede ayudar a prevenir la coexistencia con la hierba Kogan y la posible formación de híbridos viables.La principal ventaja de esta técnica frente a métodos existentes, como el polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados, o el análisis AFLP, y otras técnicas como la secuenciación de ADN, es que proporciona un método de genotipificación molecular muy económico y rápido, capaz de distinguir fácilmente entre el pasto kogan silvestre y las variedades de pasto japonés de sangre. La técnica será demostrada por Joseph Hery, un estudiante de pregrado de nuestro laboratorio. Primero, identifique un espécimen de un sitio donde el pasto gon o el pasto japonés de sangre estén creciendo y deban diferenciarse entre sí.La hierba japonesa de sangre se distingue fácilmente de la hierba gon silvestre por sus hojas de color rojo brillante. Sin embargo, el reversionado de la hierba japonesa de sangre es casi indistinguible de la hierba Kogan, ya que ambos presentan hojas verdes más largas, mayor área foliar y rizomas más grandes que la hierba japonesa de sangre ornamental. Este método puede utilizarse en tejidos foliares frescos, congelados y recientemente secados.Si se van a almacenar tejidos para la extracción de ADN en una fecha posterior, el mejor método es congelar y almacenar el tejido inmediatamente a menos 80 grados Celsius. Si es necesario almacenarlos secos, coloque el tejido en un sobre de papel y guarde el sobre en gel de sílice deshidratado u otros desecantes activos a temperatura ambiente. Si se va a utilizar tejido fresco, asegúrese de que el ADN se extraiga dentro de las tres horas posteriores a la recolección para evitar su degradación.Este procedimiento utiliza el mini kit para plantas DNEZ de Kyogen según las instrucciones del fabricante, con una modificación menor. El procedimiento se ha adaptado para usar más de 100 miligramos de tejido fresco o congelado, o más de 20 miligramos de tejido seco. Primero, muela más de 100 miligramos de tejido foliar fresco o congelado, o más de 20 miligramos de tejido foliar seco, hasta obtener un polvo fino, utilizando tres rondas de nitrógeno líquido y moliendo en un mortero y pistilo enfriados.Pese el polvo congelado de tejido fresco o congelado en alícuotas de 100 miligramos. Si utiliza tejido de hoja seco, pese el polvo en alícuotas de 20 miligramos. Después de este paso, continúe con la extracción de ADN según las instrucciones del fabricante utilizando un espectrofotómetro como la prueba del espectrofotómetro NanoDrop, ADN, calidad y cantidad; los rendimientos adecuados de ADN deben estar entre 50 y 150 nanogramos por microlitro con relaciones 260/280 y 230/280 cercanas a 2,0 como se observa aquí.Realice la electroforesis utilizando un gel estándar de AROS al 1%. Verifique la presencia de bandas relativamente grandes mayores de 10 KB sin manchado o con poco manchado debido a contaminación por ARN; si la concentración de ADN es alta, diluya las muestras a 70 nanogramos por microlitro para los pasos posteriores. Los cebadores de PCR utilizados en este protocolo, indicados por las flechas roja y verde, se basan en diferencias de secuencia entre la región espaciadora LF del césped de yeso y los genotipos del césped japonés sangriento.Estas diferencias se presentan en forma de polimorfismos de un solo nucleótido e inserciones y deleciones indicadas por las flechas negras verticales, que permiten el desarrollo de cebadores específicos para cada variedad. Al ubicar los cebadores en los sitios de secuencias únicas, las secuencias de los cebadores se incluyen en la parte escrita del protocolo; para cada muestra de ADN aislado, preparar dos reacciones de PCR de 50 microlitros en tubos de PCR de pared delgada de 0,2 mililitros sobre hielo, utilizando cada conjunto de cebadores según el protocolo escrito. Si la concentración de ADN es baja, se puede añadir más ADN a cada reacción, ajustando simultáneamente la cantidad de agua doblemente destilada libre de nucleasas para que el volumen total de la reacción se mantenga en 50 microlitros.No utilice más de cinco microlitros de ADN ni más del 10 % del volumen total por reacción, ya que las impurezas presentes en las muestras de ADN podrían inhibir las reacciones de PCR. Para asegurarse de que todos los reactivos de PCR funcionan correctamente, prepare adecuadamente el control positivo. Utilizando los cebadores del control positivo, prepare el control negativo con el mismo conjunto de cebadores de control que el control positivo, pero sustituya el ADN extraído por agua doblemente destilada. En este punto, hay un total de cuatro reacciones de PCR por cada muestra que se analiza. A continuación, realice las amplificaciones por PCR en un termociclador equipado con tapa calefactada, utilizando los parámetros de ciclado de PCR indicados en el protocolo escrito. Puede ser necesario optimizar la temperatura de hibridación de los cebadores, los tiempos de extensión y el número de ciclos, dependiendo de la calidad del ADN, los cebadores, la polimerasa o el tipo de termociclador utilizado.Una vez completadas las reacciones de PCR, separen los productos de PCR en un gel al 1 % mediante electroforesis estándar. Corran las muestras a aproximadamente 120 voltios hasta que el frente de D alcance tres cuartas partes de la longitud total del gel. Visualicen el gel bajo luz ultravioleta e inspeccionen las bandas resultantes para verificar si se amplificó un fragmento de ADN adecuado.Este gel representativo muestra los resultados de la electroforesis de productos de PCR derivados de muestras de ADN de hierba Kogan, hierba japonesa de sangre, y reversiones de hierba japonesa de sangre combinadas con cebadores específicos para hierba Kogan y JBG, así como el control positivo turn LF y un control negativo sin molde. El conjunto de cebadores del control positivo turn LF funciona igual de bien para hierba Cogan, hierba japonesa de sangre, reversión de hierba japonesa de sangre y otras gramíneas, y producirá una banda de 890 pares de bases. Si todos los reactivos de PCR están libres de contaminantes de ADN, la reacción del control negativo no dará lugar a un producto de PCR.Si la muestra de ADN se deriva de la hierba tipo silvestre kogan, una reacción de PCR utilizando el conjunto de cebadores específico para la hierba kogan dará como resultado una sola banda de aproximadamente 595 pares de bases, mientras que los cebadores específicos para JBG no producirán ninguna banda. Asimismo, si la muestra de ADN se deriva de JBG o de una reacción J-B-G-A-P-C-R revertida, el uso del conjunto de cebadores específico para JBG dará como resultado una sola banda de aproximadamente 594 pares de bases, mientras que los cebadores específicos para la hierba kogan no producirán ninguna banda.Dado que JBG y JBG revertido tienen la misma secuencia de ácido nucleico, tendrán patrones de bandas idénticos. Sin embargo, las diferencias morfológicas entre JBG y los revertidos de JBG son bastante evidentes, por lo que, aunque los resultados de la PCR serán los mismos, las variedades de JBG son fáciles de distinguir a nivel de la planta. La secuenciación de ADN de los productos de PCR puede identificar posibles cambios en las secuencias de ADN para diferentes ecotipos de hierba cogan.El desarrollo de esta técnica proporciona el primer método molecular simplificado que puede distinguir con precisión entre el tipo silvestre de K y la hierba común y la forma revertida de su variedad ornamental, la hierba japonesa de sangre. Animamos a los usuarios de este protocolo a que se comuniquen con nosotros para informar sobre los resultados obtenidos mediante el uso de este protocolo. Esta información compartida ayudará a proporcionar datos sobre la distribución de la hierba japonesa de sangre.Esto también ayudará a los reguladores del USDA a tomar decisiones informadas sobre las acciones que podrían ser necesarias para evitar la propagación y la hibridación potencial de las variedades altamente invasoras de pasto Cogan.

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Biología

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Una basada en PCR genotipificación método para distinguir entre las variedades de tipo silvestre y ornamental de Imperata cylindrica /em (Video) | JoVE Journal

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