Name: Síntesis Split-y-piscina y caracterización del péptido Terciario Amida Biblioteca (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 37 s
Description: Aprenda a sintetizar bibliotecas combinatorias de amidas terciarias de péptidos (PTA) mediante estrategias de división y acoplamiento en fase sólida. Este método robusto facilita el descubrimiento de nuevos ligandos proteicos para desarrollo de fármacos.

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Los autores desean agradecer al Dr. Jumpei Morimoto y el Dr. Todd Doran de valiosa ayuda. Este trabajo fue apoyado por un contrato del NHLBI (NO1-HV-00242).

<ol><li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Combinatorial+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li>
<li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li>
<li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+%5Boligo%28N-substituted+glycines%29%5D+by+submonomer+solid-phase+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-peptides%3A+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin%5BTitle%5D)+AND+%22Helv+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li>
<li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li>
<li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li>
<li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li>
<li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li>
<li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li>
<li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+%26%2334%3Bone-bead+one-compound%26%2334%3B+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Ther%22%5BJournal%5D)">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &#34;one-bead one-compound&#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li>
<li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Peptoid+%E2%80%9CAntibody+Surrogate%E2%80%9D+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A Peptoid “Antibody Surrogate” That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li>
<li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligo%28+N-aryl+glycines%29%3A+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li>
<li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+peptoid+ribbon+secondary+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li>
<li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li>
<li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li>
<li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li>
<li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li>
<li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li>
<li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pept+Protein+Res%22%5BJournal%5D)">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li>
<li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li>
<li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids%E2%80%94total+synthesis+of+cyclosporin+O%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Letters%22%5BJournal%5D)">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids—total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li>
<li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A%5BTitle%5D)+AND+%22J+Org+Chem%22%5BJournal%5D)">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li>
<li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li>
<li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li>
<li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient%2C+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+%28International+ed.+in+English%29%22%5BJournal%5D)">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li>
<li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seamless+Bead+to+Microarray+Screening%3A+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li>
<li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mMass+3%3A+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li>
</ol>

Los autores declaran que no tienen intereses financieros en competencia.

Amidas terciarias de péptidos (ACP) son una superfamilia de oligómeros peptidomiméticas. Además de los péptidos bien estudiadas, peptoides y péptidos N-metilado, una gran parte de compuestos dentro de esta familia sigue siendo poco estudiada, mayormente debido a la falta de método sintético para acceder a los péptidos N-alquiladas generales. Aquí se describe un método eficiente para sintetizar las PTA con bloques de construcción quirales derivados de aminoácidos. Anteriormente, hemos informado a usar una nueva ruta sub-...

Los peptidomiméticos son compuestos que imitan la estructura de los péptidos naturales. Están diseñados para retener la bioactividad, mientras que superar algunos de los problemas asociados con los péptidos naturales, incluyendo la permeabilidad celular y estabilidad frente a la proteolisis 1-3. Debido a la naturaleza oligomérica de estos compuestos, grandes bibliotecas sintéticas se puede acceder fácilmente a través de rutas sintéticas monoméricos o sub-monoméricos 4-7. Una de las clases más estudiados de peptidomiméticos es peptoides. Los peptoides son oligómeros de glicinas N-alquilados que se pueden sintetizar fácilmente usando una estrategia de sub-monómero 8, 9. Muchos ligandos proteicos útiles se han identificado con éxito a partir de la selección de grandes bibliotecas de peptoides sintética contra objetivos proteicos 1, 10-14. No obstante, &quot;hits&quot; identificados a partir de las bibliotecas de peptoides raramente archivo muy alta afinidad hacia dianas proteicas 1,10-14,22. Una major diferencia entre peptoides y péptidos naturales es que la mayoría de los peptoides generalmente carecen de la capacidad de formar una estructura secundaria debido a la falta de centros quirales y restricciones conformacionales. Para resolver este problema, se han desarrollado múltiples estrategias en la última década, en gran parte se centra en la modificación de las cadenas laterales contenidos en las principales cadena de átomos de nitrógeno de 15-22. Recientemente, hemos desarrollado una nueva ruta sintética para introducir cadenas laterales de aminoácidos naturales en una cadena principal de peptoide para crear péptidos amidas terciarias 23. Amidas terciarias péptido (PTA) son una superfamilia de peptidomiméticos que incluyen pero no se limitan a péptidos (R2 = H), peptoides (R1 = H) y los péptidos N-metilado (R ≠ 1 H, R2 = Me) . (Ver Figura 1) Nuestra ruta sintética emplea aminoácidos de origen natural como la fuente de quiralidad y con unas cadenas en el45;-carbono, y aminas primarias disponibles en el mercado para proporcionar N-sustituciones. Por lo tanto, un espacio químico mayor que el de los péptidos simples, peptoides o péptidos N-metilado puede ser explorado. Los espectros de dicroísmo circular han demostrado que las moléculas de la PTA están altamente estructurados de solución. Caracterización de uno de los complejos proteína-PTA muestra claramente que se requieren las restricciones conformacionales de la PTA para la unión. Recientemente, también hemos descubierto que algunas de las moléculas de la PTA poseen una mejor permeabilidad de la célula que sus contrapartes de peptoides y péptidos. Creemos que estas bibliotecas PTA pueden ser una buena fuente de ligandos de alta afinidad para dianas proteicas. En este artículo, vamos a discutir la síntesis de una muestra de una perla de un compuesto (OBOC) Biblioteca de PTA en los detalles, junto con algunas condiciones mejoradas para el acoplamiento y la escisión de estos compuestos.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 trimetilpiridina</td><td>ACROS 161950010</td><td></td><td>CAS:108-75-8</td></tr><tr><td>2-morfolinoetanamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06680</td><td>CAS:2038-03-1&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>Solución de agua al 48% HBr</td><td>ALFA AESAR</td><td></td><td>AA14036AT CAS:10035-10-6</td></tr><tr><td>Acetaldehído</td><td>Sigma-Aldrich</td><td></td><td>402788 CAS:75-07-0&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>Acetonitrilo</td><td>Fisher</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS:75-05-8</td></tr><tr><td>Tetrahidrofurano anhidro (THF)</td><td>EMD</td><td>EM-TX0277-6</td><td>CAS:109-99-9</td></tr><tr><td>Benzilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>185701</td><td>CAS:100-46-9</td></tr><tr><td>bis(Triclorometilo) carbonato (BTC)</td><td>ACROS</td><td>258950050</td><td>CAS:32315-10-9</td></tr><tr><td>Ácido bromoacético</td><td>ACROS</td><td>106570010</td><td>CAS:79-08-3</td></tr><tr><td>Cloranilo</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>23290</td><td>CAS:118-75-2</td></tr><tr><td>Ciclohexanemetilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>101842</td><td>CAS:3218-02-8</td></tr><tr><td>D2O</td><td>Isótopo de Cambridge</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS:7789-20-0</td></tr><tr><td>D-Alanina</td><td>Anaspec</td><td>61387-100</td><td>CAS:338-69-2</td></tr><tr><td>Diclorometano (DCM)</td><td>Fisher</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS:75-09-2</td></tr><tr><td>Dimetilformamida (DMF)</td><td>Fisher</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS:68-12-2</td></tr><tr><td>Etilenglicol</td><td>Madera de roble</td><td>44710</td><td>CAS:107-21-1</td></tr><tr><td>Isopentilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W321907</td><td>CAS:107-85-7</td></tr><tr><td>KBr</td><td>ACROS</td><td>424070025</td><td>CAS:7758-02-3</td></tr><tr><td>L-Alanina</td><td>Anaspec</td><td>61385-100</td><td>CAS:56-41-7</td></tr><tr><td>3-metoxipropilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M25007</td><td>CAS:5332-73-0</td></tr><tr><td>2-metoxietilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>143693</td><td>CAS:109-85-3</td></tr><tr><td>N-(3-aminopropil)-2-pirrolidinona</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>136565</td><td>CAS:7663-77-6&nbsp;</td></tr><tr><td>N,N'-diisopropilcarbodiimida (DIC)</td><td>ACROS</td><td>115211000</td><td>CAS:693-13-0</td></tr><tr><td>N,N-diisopropiletilamina (DIPEA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D125806</td><td>CAS:7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO2</td><td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS:7631-99-4</td></tr><tr><td>NAOD solución al 40% en agua</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS:7732-18-5</td></tr><tr><td>Piperidina</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS:110-89-4</td></tr><tr><td>Piperonilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P49503</td><td>CAS:2620-50-0</td></tr><tr><td>Propilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>240958</td><td>CAS:107-10-8</td></tr><tr><td>Ácido trifluoroacético</td><td>Sigma-Aldrich</td><td></td><td>299537 CAS:76-05-1</td></tr><tr><td>&alpha;-Ácido ciano-4-hidroxicinámico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>39468</td><td>CAS:28166-41-8&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>&alfa;-Cetoglutarato</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS:328-50-7</td></tr><tr><td>Resina de Tentagel con enlazador RINK</td><td>Rapp-Polymere</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>Alanina transaminasa</td><td>Roche</td><td>10105589001</td><td>AKA: Glutamato-Piruvato Transaminasa (GPT)</td></tr><tr><td>Incubadora</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400 MHz</td><td></td></tr><tr><td>Espectrómetro de masas MALDI</td><td>Applied Biosystems</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>Liofilizador</td><td>SP</td><td>Scientific VirTis de sobremesa K</td><td></td></tr><tr><td>Reactor de jeringa</td><td>INTAVIS</td><td>Columna de reacción</td><td>3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml</td></tr><tr><td>Colector de vacío</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

síntesis split-y-piscina y caracterización del péptido terciario amida biblioteca

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomiméticos son una gran fuente de proteínas ligandos. La naturaleza oligomérica de estos compuestos nos permite acceder a las grandes bibliotecas sintéticos en fase sólida mediante el uso de la química combinatoria. Una de las clases más estudiados de peptidomiméticos es peptoides. Los peptoides son fáciles de sintetizar y han demostrado ser resistentes a la proteolisis-y-permeable a las células. Durante la última década, muchos ligandos proteicos útiles han sido identificados a través de la selección de bibliotecas de peptoides. Sin embargo, la mayoría de los ligandos identificados a partir de las bibliotecas de peptoides Excluir alta afinidad, salvo raras excepciones. Esto puede ser debido, en parte, a la falta de centros quirales y restricciones conformacionales en moléculas de peptoides. Recientemente, hemos descrito una nueva ruta sintética para acceder amidas terciarias de péptidos (ACP). PTA son una superfamilia de peptidomiméticos que incluyen pero no se limitan a péptidos, peptoides y péptidos N-metilado. Con cadenas laterales en ambos principales átomos de nitrógeno de la cadena α-carbono y,la conformación de estas moléculas se ven limitados en gran medida por impedimento estérico y alílico 1,3 cepa. (Figura 1) Nuestro estudio sugiere que estas moléculas PTA están altamente estructurados en solución y pueden ser utilizados para identificar ligandos de proteínas. Creemos que estas moléculas pueden ser una futura fuente de ligandos de proteínas de alta afinidad. A continuación se describe el método sintético que combina el poder de ambos estrategias sub-monómero división y piscina y para sintetizar una muestra de una perla de un compuesto (OBOC) Biblioteca de los ACP.

Aquí mostramos tres espectros MALDI representativas de un trímero PTA con enlazador. Como se muestra en la Figura 6A, cuando se escinde en condiciones de temperatura ambiente con solución de TFA / DCM al 50%, se observa una degradación significativa. En la figura 6A, el pico 593 y 484 se corresponden con el enlazador y el trímero PTA respectivamente, muestran que la molécula se sintetiza con éxito en grano pero degradó durante la segmentación. Cuando escindido bajo condiciones de baja t...

Amidas terciarias péptido (PTA) son una superfamilia de peptidomiméticos que incluyen pero no se limitan a péptidos, peptoides y péptidos N-metilado. Aquí se describe un método de síntesis que combina estrategias de sub-monómero división y piscina y para sintetizar un solo grano de la biblioteca de un compuesto de las PTA.

Síntesis Split-y-piscina y caracterización del péptido Terciario Amida Biblioteca

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

El objetivo general de este procedimiento es demostrar cómo sintetizar bibliotecas combinatorias que contengan unidades de amida terciaria peptídica o unidades PTA. Esto se logra primero preparando un submonómero PTA a partir de aminoácidos naturales. El segundo paso consiste en sintetizar una región de enlazador peptídico sobre un soporte sólido.A continuación, se sintetiza una biblioteca combinatoria que contiene subunidades de PTA y péptidos. El paso final consiste en caracterizar la biblioteca sintetizada para garantizar la calidad de la síntesis. En última instancia, se obtiene una biblioteca combinatoria que contiene subunidades de PTA con restricción conformacional, la cual puede utilizarse en cribados de alto rendimiento para obtener ligandos de proteínas y contribuir al descubrimiento de nuevos fármacos.Por lo tanto, la química que es objeto de este artículo se desarrolló en un intento por encontrar moléculas mucho más rígidas que algunos de los péptidos y otras sustancias con las que habíamos trabajado previamente. La idea es que si se identifican bibliotecas de moléculas más rígidas, estas se unirán a dianas proteicas con afinidades mucho mayores, y consideramos que esto

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Investigación

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Chemistry

Química

Un simple y general método manual peptoide síntesis referida a un equipo y reactivos básicos, disponibles en el mercado se perfila, lo que permite peptoides para ser fácilmente sintetizada en la mayoría de los laboratorios. La síntesis, purificación y caracterización de un 36mer peptoide anfifílicas se describe, así como su auto-ensamblaje en muy ordenada nanoláminas.

En fase sólida Submonomer Síntesis de Polímeros peptoide y su auto-ensamblaje en altamente ordenadas nanoláminas

El eficiente síntesis en fase sólida de péptidos de un funcionalizado bis-péptido trímero utilizando un "cierre de seguridad" procedimiento de escisión de la resina HMBA se describe.

Síntesis en fase sólida de un péptido funcionalizado Bis-El uso de &quot;Cierre de seguridad&quot; Metodología

Se presenta un protocolo para sintetizar peptoides con funcionalidad catiónica mixta en la misma secuencia (monómeros de tipo lisina y arginina). También se describen los ensayos posteriores de estos compuestos contra Leishmania mexicana, los parásitos protozoarios causantes de la leishmaniasis cutánea.

Un método eficaz para la síntesis de peptoides con monómeros de tipo mixto lisina / arginina del tipo y la evaluación de su actividad anti-Leishmania

Este documento presenta un método que implica la síntesis y caracterización de micelas de amphiphile péptido monocito-targeting y los correspondientes ensayos para prueba de biocompatibilidad y capacidad de la micela a monocitos.

Síntesis de monocito-targeting Peptide Amphiphile micelas para la proyección de imagen de la aterosclerosis

Un protocolo se describe para la manual síntesis de oligo-peptoides seguido por análisis de la secuencia por espectrometría de masas.

Síntesis y análisis de espectrometría de masas de peptoides Oligo

Presentamos un protocolo para la construcción de vinilo thioether sulfuro atado helicoidales péptidos mediante foto-inducida tiol-ene/tiol-Ino hydrothiolation.

Construcción de Thioether/sulfuro de vinilo-atado Hydrothiolation de péptidos helicoidales mediante foto-inducida tiol-eno/Ino

La síntesis del péptido base poliamina Anfífilos (PPA) es un reto importante debido a la presencia de múltiples nitrógenos de Amina, que requiere un uso juicioso de la protección de los grupos para enmascarar estas funcionalidades reactivas. En este papel, describimos un método fácil para la preparación de estas nueva clase de moléculas de uno mismo-montaje.

Protocolo fácil para la síntesis de uno mismo-montaje base poliamina péptido Anfífilos (PPAs) y relacionados con biomateriales

Un protocolo para la síntesis de un 1, 2-dithiolane modificada de péptidos y la caracterización de las estructuras supramoleculares resultantes del peptide uno mismo-Asamblea.

Síntesis y caracterización de 1, 2-Dithiolane modifican uno mismo-montaje de péptidos

Péptidos ricos en cisteína doblan en estructuras tridimensionales distintas dependiendo de la conectividad de disulfuro. Específicas síntesis de isómeros individuales disulfuro es necesario oxidación de búfer no conduce a la conectividad deseada disulfuro. El protocolo aborda la síntesis selectiva de péptidos 3-disulfuro-consolidado y su análisis estructural mediante estudios NMR y MS/MS.

Síntesis y determinación estructural de μ-Conotoxina PIIIA isómeros con disulfuro diferentes conectividades

Se presenta un protocolo para la síntesis de oligómeros peptoides codificados con información y para el autoensamblaje dirigido por secuencia de estos peptoides en escaleras moleculares utilizando aminas y aldehídos como pares reactivos covalentes dinámicos y Lewis de tierras raras ácidas metal triflos como reactivos multifunción.

Síntesis de peptoides que llevan información y su autoensamblaje covalente dinámico dirigido por secuencia

Este protocolo presenta la síntesis de péptidos cíclicos a través de la bisalquilación entre cisteína y metionina y la reacción fácil tiol-yne desencadenada por el centro de propargil sulfonio.

Construcción de péptidos cíclicos usando un centro de sulfonio en la correa

Aprenda a sintetizar bibliotecas combinatorias de amidas terciarias de péptidos (PTA) mediante estrategias de división y acoplamiento en fase sólida. Este método robusto facilita el descubrimiento de nuevos ligandos proteicos para desarrollo de fármacos.

Síntesis Split-y-piscina y caracterización del péptido Terciario Amida Biblioteca

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