Name: Diseño y desarrollo guiados por la estructura de nuevos inhibidores de la ciclofilina A y derivados de ganoderiol-F: un enfoque in-silico (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-23T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 1 s
Description: Aprende diseño de fármacos in silico para inhibidores de Cyclophilin A usando acoplamiento molecular y dinámica con Gromacs. Este método computacional identifica ligandos estables para desarrollo anticancerígeno.

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<table><tbody><tr><td>Autodock&nbsp;</td><td>Autodock&nbsp;</td><td>v4.2.6</td><td>http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/</td></tr><tr><td>CGenFF</td><td>CGenFF</td><td>v2024</td><td>https://cgenff.umaryland.edu</td></tr><tr><td>Chemsketch&nbsp;</td><td>Chemsketch&nbsp;</td><td>v2024</td><td>http://www.acdlabs.com/resources/freeware/</td></tr><tr><td>Cygwin terminal&nbsp;</td><td>Cygwin terminal&nbsp;</td><td>v3.6.3</td><td>http://www.cygwin.com/</td></tr><tr><td>Gromacs tutorial</td><td>Gromacs tutorial</td><td>v25.04 (Plucky Puffin)</td><td>http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html</td></tr><tr><td>MGL tools&nbsp;</td><td>MGL tools&nbsp;</td><td>v1.5.7</td><td>mgl tools 1.5.6 rc3</td></tr><tr><td>Open babel</td><td>Open babel</td><td>v3.1.1</td><td>http://openbabel.org/wiki/main_page</td></tr><tr><td>PyMOL</td><td>PyMOL</td><td>v3.1.6.1</td><td>PyMOL | pymol.org</td></tr><tr><td>Ubuntu</td><td>Ubuntu</td><td>v25.04l</td><td>https://ubuntu.com/download/desktop</td></tr><tr><td>UCSF chimera</td><td>UCSF chimera</td><td>v1.19</td><td>chimera-1.17.3-win64.exe</td></tr></tbody></table>

diseño y desarrollo guiados por la estructura de nuevos inhibidores de la ciclofilina a y derivados de ganoderiol-f: un enfoque in-silico

Structure-Guided Design and Development of Novel Cyclophilin A Inhibitors and Ganoderiol-F Derivatives: An In-Silico Approach

Diseño y desarrollo guiados por la estructura de nuevos inhibidores de la ciclofilina A y derivados de ganoderiol-F: un enfoque in-silico

The cyclin Ds-CDKs axis (Cyclophilin A (Cyp /Ganoderiol F)) plays a critical role in cancer through various processes, such as controlling proliferation ...

structure-guided-design-development-novel-cyclophilin-inhibitors

Research

Investigación

JoVE Journal

Biochemistry

Bioquímica

Desarrollamos métodos computacionales de diseño de proteínas de novo capaces de abordar varias áreas importantes del diseño de proteínas. Para difundir estos métodos presentamos Protein WISDOM, una herramienta en línea para el diseño de proteínas (http://www.proteinwisdom.org). A partir de un molde estructural, se puede realizar el diseño de proteínas monoméricas para aumentar la estabilidad y complejos para aumentar la afinidad de unión.

SABIDURÍA Proteína: Un banco de trabajo para<em&gt; En silico</em&gt;<em&gt; De novo</em&gt; Diseño de biomoléculas

Describimos la implementación de la estrategia REPLACE para dirigirse a las interacciones proteína-proteína. REPLACE es una estrategia iterativa que involucra enfoques sintéticos y computacionales para la conversión de inhibidores peptídicos optimizados en moléculas similares a fármacos.

El desarrollo de inhibidores de interacciones proteína-proteína a través REEMPLAZAR: Aplicación al Diseño y Desarrollo para no ATP inhibidores de CDK Competitiva

Se describe un método simple y general para la síntesis de péptidos cíclicos utilizando irradiación de microondas. Este procedimiento permite la síntesis de péptidos cíclicos de la columna vertebral con una colección de diferentes conformaciones, conservando las cadenas laterales y las fracciones farmacofóricas y, por lo tanto, permite detectar la conformación bioactiva.

Desarrollo de un Backbone cíclica Péptido Biblioteca como Potencial Antiparasitarios Terapéutica Utilizando Microondas irradiación

Presentamos un protocolo para la construcción de vinilo thioether sulfuro atado helicoidales péptidos mediante foto-inducida tiol-ene/tiol-Ino hydrothiolation.

Construcción de Thioether/sulfuro de vinilo-atado Hydrothiolation de péptidos helicoidales mediante foto-inducida tiol-eno/Ino

Aquí presentamos un protocolo para demostrar un método eficiente para la síntesis de heterociclos espirocícliclos. El proceso de cinco pasos utiliza síntesis en fase sólida y regenerar estrategias de vinculador de Michael. Generalmente difícil de sintetizar, se presenta un método adaptable para la síntesis de moléculas de espirocícliclos otra manera inaccesibles a otros enfoques modernos.

Síntesis en fase sólida de oximas espirocícliclos [4,4]

Este papel utiliza un ensayo basado en la citometría de flujo para las bibliotecas de la pantalla de inhibidores químicos para la identificación de los inhibidores y los objetivos que influyen en la del receptor de células T de señalización. Los métodos descritos aquí pueden ampliarse también para proyecciones de alto rendimiento.

Identificación de mediadores del Receptor de células T de señalización a través de la proyección de las bibliotecas del inhibidor químico

Esqueletos bispiro enantioméricamente enriquecido [γ-butirolactona-pyrrolidin-4, 4'-pirazolona] asimétrico se sintetizan a través de una reacción de cicloadición 1, 3-dipolar del organocatalytic simple.

Técnicas de construcción de andamios Bispirocyclic de droga-, como a través de la actividad del Organocatalytic de γ-lactonas α-Imino y Alkylidene pirazolonas

Aquí, describimos un bioensayo utilizando bromuro de 3-(4′,5′-dimetiltiazol-2′-il)-2,5-difeniltetrazolio bromuro (MTT) para probar oximas espirocíclicas previamente sintetizadas.

Ensayo funcionalizado de síntesis y citotoxicidad del heterociclo espirocíclico

Este protocolo presenta la síntesis de péptidos cíclicos a través de la bisalquilación entre cisteína y metionina y la reacción fácil tiol-yne desencadenada por el centro de propargil sulfonio.

Construcción de péptidos cíclicos usando un centro de sulfonio en la correa

Este protocolo introduce una metodología de cribado fluorométrico optimizada para identificar inhibidores naturales de productos o pequeñas moléculas en la síntesis de proteínas. Su viabilidad la hace adecuada tanto para la enseñanza de grado en técnicas de descubrimiento de fármacos como para su implementación en campañas de química medicinal.

Un protocolo basado en fluorescencia para el cribado preliminar de inhibidores de síntesis de proteínas de fuentes naturales

Aprende diseño de fármacos in silico para inhibidores de Cyclophilin A usando acoplamiento molecular y dinámica con Gromacs. Este método computacional identifica ligandos estables para desarrollo anticancerígeno.

Diseño y desarrollo guiados por la estructura de nuevos inhibidores de la ciclofilina A y derivados de ganoderiol-F: un enfoque in-silico (Video) | JoVE Journal

Diseño y desarrollo guiados por la estructura de nuevos inhibidores de la ciclofilina A y derivados de ganoderiol-F: un enfoque in-silico

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