Name: Incorporación de la flexibilidad y la dinámica de la estructura de la proteína diana en el descubrimiento computacional de fármacos mediante el análisis de acoplamiento basado en conjuntos (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:10:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: Aprende a incorporar la flexibilidad proteica en el descubrimiento computacional de fármacos mediante análisis de acoplamiento basado en conjuntos. Este método mejora la precisión en el diseño de medicamentos.

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<table><tbody><tr><td>AutoDock</td><td>El Instituto de Investigación Scripps, EE. UU.</td><td>Versión 4.2.6</td><td></td></tr><tr><td>Herramientas AutoDock</td><td>El Instituto de Investigación Scripps, EE. UU.</td><td>Versión 1.5.6</td><td></td></tr><tr><td>Avogadro</td><td>Geoffrey R Hutchison, Departamento de Química, Universidad de Pittsburgh, Pittsburgh, EE. UU.</td><td>Versión 1.95</td><td></td></tr><tr><td>Discovery Studio</td><td>Dassault Syst&egrave; mes, Massachusetts, EE. UU.</td><td>Versión 2021</td><td></td></tr><tr><td>GROMACs</td><td>Universidad de Groningen Real Instituto de Tecnología Universidad de Uppsala, Suecia</td><td>Versión 2023</td><td></td></tr><tr><td>UCSF Chimera</td><td>Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics University of California</td><td>Versión 1.16</td><td></td></tr></tbody></table>

incorporación de la flexibilidad y la dinámica de la estructura de la proteína diana en el descubrimiento computacional de fármacos mediante el análisis de acoplamiento basado en conjuntos

Incorporating Target Protein Structure Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis

La estructura química y la representación estructural 3D de FB después de la optimización se muestran en la Figura 8A. La Figura 8B muestra la estructura 3D de la lisozima con el código pdb 1LYZ en el estado inicial antes de la simulación MD. Con el fin de estudiar la dinámica y flexibilidad de la estructura 3D de lisozima, se realizó una simulación MD para 100 ns. La energía total de la estructura de la proteína fue estable dura...

Incorporación de la flexibilidad y la dinámica de la estructura de la proteína diana en el descubrimiento computacional de fármacos mediante el análisis de acoplamiento basado en conjuntos

The drug discovery process is a rigorous, time-consuming, and expensive operation. The computational approach in drug discovery allows researchers to ...

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Research

Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

Desarrollamos métodos computacionales de diseño de proteínas de novo capaces de abordar varias áreas importantes del diseño de proteínas. Para difundir estos métodos presentamos Protein WISDOM, una herramienta en línea para el diseño de proteínas (http://www.proteinwisdom.org). A partir de un molde estructural, se puede realizar el diseño de proteínas monoméricas para aumentar la estabilidad y complejos para aumentar la afinidad de unión.

SABIDURÍA Proteína: Un banco de trabajo para<em&gt; En silico</em&gt;<em&gt; De novo</em&gt; Diseño de biomoléculas

Describimos la implementación de la estrategia REPLACE para dirigirse a las interacciones proteína-proteína. REPLACE es una estrategia iterativa que involucra enfoques sintéticos y computacionales para la conversión de inhibidores peptídicos optimizados en moléculas similares a fármacos.

El desarrollo de inhibidores de interacciones proteína-proteína a través REEMPLAZAR: Aplicación al Diseño y Desarrollo para no ATP inhibidores de CDK Competitiva

Espectrometría de masas (MS) se ha convertido en una herramienta importante para la investigación de la estructura y la dinámica de asambleas macromoleculares. Aquí, integramos los enfoques basados en la MS para interrogar la formación de complejos de proteína y de ligando.

Análisis de arquitecturas de proteínas y complejos de proteína-ligando por espectrometría de masa estructural integrativo

Este estudio tenía como objetivo presentar una estrategia para identificar las interacciones entre fármacos y péptidos. La estrategia consiste en la biopanning de péptidos cortos que reconocen fármacos basados en un biosensor de micropeso de cristal de cuarzo (QCM), seguido de análisis bioinformática para evaluar cuantitativamente la información obtenida para el reconocimiento de fármacos y la anotación de los sitios de unión a fármacos sobre proteínas.

Estrategia de análisis bioaformático y bioinformática basada en biosensores para la validación global de interacciones entre fármacos y proteínas

El experimento utilizado aquí muestra un método de acoplamiento molecular combinado con un ensayo de desplazamiento térmico celular para predecir y validar la interacción entre moléculas pequeñas y proteínas objetivo.

Predicción y validación de dianas proteicas de compuestos de moléculas pequeñas

Aquí presentamos un protocolo para el diseño guiado por la estructura de la interacción de unión proteína-ligando entre la sangliferina A y la ciclofilina A/Ganoderiol-F, esencial para descubrir nuevos fármacos. La estabilidad del complejo ligando-receptor se evaluó mediante simulación de dinámica molecular.

Diseño y desarrollo guiados por la estructura de nuevos inhibidores de la ciclofilina A y derivados de ganoderiol-F: un enfoque in-silico

Este estudio utilizó estrategias in silico para identificar la etravirina enumerada como un agente terapéutico prometedor para el VIH. Nuestros hallazgos sobre las interacciones y la dinámica molecular respaldan el diseño racional de nuevos NNRTI como posibles alternativas al tratamiento del VIH.

Relación cuantitativa estructura-actividad, predicción de actividad y dinámica molecular de inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleótidos

Este protocolo bilingüe proporciona un flujo de trabajo computacional de descubrimiento de fármacos que evalúa las interacciones proteína-ligando de quinasas tipo polo 1 a 3 (PLK1–3) y de las propiedades de absorción, distribución, metabolismo, excreción, toxicidad y estabilidad (ADMET-S) de moléculas naturales procedentes de bases de datos.

Un flujo de trabajo computacional bilingüe para identificar posibles inhibidores de PLK1 en la lengua de signos americana y en inglés

El diseño de proteínas implica la construcción de secuencias de aminoácidos y la incorporación de motivos específicos para crear variantes funcionales. Este enfoque es fundamental para el desarrollo de péptidos antimicrobianos (AMP) para combatir los patógenos resistentes a los antibióticos. En este artículo se presenta un procedimiento para la construcción de proteínas utilizando diversas herramientas bioinformáticas.

Aplicación de I TASSER, trRosetta, UCSF Chimera, servidor HADDOCK y HEX loria para el diseño de proteínas De Novo e In Silico

Nosotros aplicamos la etiqueta sin análisis de la interacción de proteínas utilizando Biacore X100 para el análisis de estructura-función de la unión de varios mutantes cistatina B a la papaína través de la caracterización cinética. Libre de calibración de análisis de concentración (ACCP) mide la concentración de proteína con actividad de unión retenido sin la necesidad de una curva patrón. Nos muestran que la confirmación de las concentraciones de uso de la ACCP aumenta la fiabilidad de los...

La importancia de la concentración de la proteína correcta para la cinética y la determinación de afinidad en el análisis de la estructura-función

Aprende a incorporar la flexibilidad proteica en el descubrimiento computacional de fármacos mediante análisis de acoplamiento basado en conjuntos. Este método mejora la precisión en el diseño de medicamentos.

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Incorporación de la flexibilidad y la dinámica de la estructura de la proteína diana en el descubrimiento computacional de fármacos mediante el análisis de acoplamiento basado en conjuntos

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