PCR numérique sur puce pour détecter des variants de transcrits rares à l’aide d’une puce nanofluidique

La technique de PCR numérique basée sur une puce partitionne une seule réaction dans les chambres d’une puce nanofluidique. L’amplification des séquences partitionnées permet de détecter des variantes de transcrits rares - des transcrits non canoniques se produisant à basse fréquence.

Pour commencer, prélevez un échantillon contenant de l’ADNc du variant de transcrit rare cible et du variant commun. Ajoutez une solution contenant de l’ADN polymérase thermostable, des dNTP et des amorces.

Ajoutez des sondes oligonucléotidiques spécifiques aux variants de transcrits communs et rares, marquées avec différents rapporteurs fluorescents et molécules d’extinction. Le quencher absorbe la fluorescence du rapporteur lorsqu’il est à proximité.

Chargez le mélange sur la puce nanofluidique. La solution est divisée en nano-chambres de taille uniforme. Chaque chambre contenant un ADNc sert de récipient de réaction indépendant.

Démarrez le processus de cycle thermique. Une température de dénaturation élevée sépare l’ADN double brin en brins simples. Abaissez la température, ce qui permet aux amorces et aux sondes oligonucléotidiques de se recuire aux régions complémentaires sur les brins d’ADN uni