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DOI: 10.3791/59913-v
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Ici, nous présentons un protocole pour enrichir les sites endogènes de liaison d'ARN ou « empreintes » des complexes d'ARN:protéines (RNP) des cellules mammifères. Cette approche implique deux immunoprécipitations des sous-unités de RNP et est donc surnommée immunoprécipitation d'ARN en tandem (RIPiT).
L’immunoprécipitation de l’ARN en tandem suivie du séquençage, ou RIPiT-Seq, est une méthode pour identifier quelles régions de l’ARN sont liées par une paire particulière de protéines liant l’ARN. L’avantage le plus unique de RIPiT est sa capacité à cibler deux protéines différentes en deux purifications. Cela fournit un moyen puissant d’enrichir pour un complexe de protéines ARN distincte sur le plan de la composition d’autres complexes.
En outre, RIPiT-Seq est indépendant de croisement UV, et peut être appliqué à beaucoup de protéines qui agissent sur l’ARN sans le lier directement. Bien que cette méthode ne s’étende pas directement vers la thérapie ou le diagnostic, les protéines liant l’ARN et le traitement de l’ARN ont été associés à plusieurs maladies comme les neuropathies et le cancer. RIPiT-Seq fournit un outil pour étudier les fonctions des protéines liant l’ARN liées à la maladie.
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