Name: Basati sul DNA Fish Identification Specie protocollo (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-04-28T17:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 15 s
Description: Scopri l'identificazione delle specie ittiche basata sul DNA mediante PCR e analisi RFLP con il sistema Agilent. Questo metodo rapido garantisce risultati accurati per la verifica dell'autenticità dei prodotti ittici.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Agilent Stratagene Divisione Prodotti <ul><li> Harini Ravi </li><li> Natalia Novorodovskaya </li><li> Scott Basehore </li><li> Jeff Braman </li><li> Rachel Formosa </li><li> Ronda Allen </li><li> Rajesh Bagga </li><li> Derek Sala </li><li> Sarah Jandle </li><li> Danielle Huffman </li></ul> Agilent Laboratori <ul><li> Robert Kincaid </li><li> Maria McBride </li></ul> Agilent Europa <ul><li> Nigel Skinner </li><li> Juergen Schneider </li><li> Stephen Mueller </li><li> Martin Kratzmeier </li></ul> Campden BRI <ul><li> Steve Garrett </li></ul>

<ol><li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+fish+species+identification+by+use+of+lab-on-a-chip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Control%22%5BJournal%5D)">Improved fish species identification by use of lab-on-a-chip technology.</a> Food Control. 16 (7), 601-607 (2004).</li>
<li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Clarke, M. -A. L., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fish+species+Identification+Using+PCR-RFLP+Analysis+and+Lab-on-a-Chip+Capillary+Electrophoresis%3A+Application+to+Detect+White+Fish+Species+in+Food+Products+and+an+Interlaboratory+Study%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Agric.+Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Fish species Identification Using PCR-RFLP Analysis and Lab-on-a-Chip Capillary Electrophoresis: Application to Detect White Fish Species in Food Products and an Interlaboratory Study.</a> J. Agric. Food Chem. 53, 3348-3357 (2005).</li>
<li>Dooley, J., Garrett, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+PCR-RFLP+Profiles+for+Fish+Species+Using+the+Agilent+2100+Bioanalyzer%5BTitle%5D)+AND+%22Agilent+Technologies+Application+Note%22%5BJournal%5D)">Determination of PCR-RFLP Profiles for Fish Species Using the Agilent 2100 Bioanalyzer.</a> Agilent Technologies Application Note. , (2005).</li>
<li>Dooley, J. J., Clarke, M. L., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+a+chip-based+capillary+electrophoresis+system+to+enable+simple+PCR-RFLP+identification+of+fish+species%5BTitle%5D)+AND+%22FSA+Final+Report+Q01069%22%5BJournal%5D)">Application of a chip-based capillary electrophoresis system to enable simple PCR-RFLP identification of fish species.</a> FSA Final Report Q01069. , (2004).</li>
</ol>

Gli autori sono impiegati da Agilent Technologies che produce i reagenti e strumenti utilizzati in questo articolo.

Abbiamo dimostrato una semplice, veloce e preciso basato sul DNA metodo di screening per l&#39;identificazione di specie ittiche nei prodotti ittici. Questo metodo fornisce potenti riproducibile, risultati precisi in meno di un giorno lavorativo e può essere implementato in strutture di collaudo commerciali a causa di protocolli snella e semplice setup. Si caratterizza per la generazione di dati oggettivi che viene analizzata utilizzando RFLP software Decoder con un database di profili espandibile pesce sperimentalmente specie derivate. Con l&#39;implementazione di routine, questo metodo di prova ha il potenziale per prevenire un&#39;etichettatura erronea di prodotti ittici e assistere a mantenere registrazioni accurate adatto per la conformità con le normative governative.

<table><tbody><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer (con stazione per la preparazione del chip e agitatore vortex IKA)</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939AA</td><td></td></tr><tr><td>laptop per Agilent 2100 Bioanalyzer &amp;amp; Software Esperto</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2953CA</td><td>G2950CA - PC desktop &amp;amp; Software esperto</td></tr><tr><td>Kit di reagenti Agilent Bioanalyzer DNA 1000 (cod. 5067-1504)</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1504</td><td></td></tr><tr><td>Termociclatore</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Tubi a strip per PCR</td><td>Agilent Technologies</td><td>401428</td><td></td></tr><tr><td>Cappucci per strip PCR</td><td>Agilent Technologies</td><td>401425</td><td></td></tr><tr><td>Portapiastra 96 pozzetti di lavoro</td><td>Agilent Technologies</td><td>410094</td><td></td></tr><tr><td>Fish Species Identification System DNA Isolation Kit</td><td>Agilent Technologies</td><td>Contatto</td><td></td></tr><tr><td>Kit di reagenti per il sistema di identificazione di specie ittiche PCR-RFLP</td><td>Agilent Technologies</td><td>Contatto</td><td></td></tr><tr><td>Software RFLP Matcher</td><td>Agilent Technologies</td><td>Contatto</td><td></td></tr><tr><td>etanolo al 100%, 200 proof (grado USP o equivalente)</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Acqua sterile, priva di nucleasi</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Pipette graduate</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Incubatrice o bagnomaria regolata a 65&amp;#x00B0;C</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Bottiglia di vetro sterile o tubo in polipropilene (ad es. tubo in polipropilene BD Falcon da 14 ml)</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>tubi rotondi o tubi conici in polipropilene BD Falcon da 50 ml</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Agitatore vortice</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrifuga</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Tubi per microcentrifuga da 1,5 ml</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Portaprovette da 1,5 ml</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr><tr><td>Punte per pipetta</td><td>Vari vari</td><td>Vari vari</td><td></td></tr></tbody></table>

basati sul dna fish identification specie protocollo

DNA-based Fish Species Identification Protocol

Abbiamo sviluppato una veloce, semplice e preciso basato sul DNA metodo di screening per identificare le specie ittiche presenti nei campioni di frutti di mare freschi e trasformati. Questo metodo versatile impiega amplificazione del DNA genomico estratto da campioni di pesce, seguita dalla lunghezza del frammento di restrizione polimorfismi (RFLP) per generare modelli frammento che può essere risolto sulla Agilent 2100 Bioanalyzer e abbinati alla specie corretta utilizzando il software modello RFLP di corrispondenza. Il metodo di identificazione dei pesci utilizza un semplice, affidabile, spin basato su colonne protocollo per isolare il DNA da campioni di pesce. I campioni sono trattati con proteinasi K per liberare gli acidi nucleici in soluzione. Il DNA è poi isolato sospendendo il campione in buffer vincolante e carico su un micro-spin coppa contenente una matrice a base di silice fibra. Gli acidi nucleici nel campione si legano alla matrice fibra. Gli acidi nucleici immobilizzati vengono lavati per rimuovere i contaminanti, e il DNA totale è recuperato in un volume finale di 100 ul. Il DNA isolato è pronto per l&#39;amplificazione PCR con i primer a condizione che si legano alle sequenze si trovano in tutti i genomi di pesce. I prodotti della PCR vengono poi digeriti con tre enzimi di restrizione diversi e risolto il Agilent 2100 Bioanalyzer. Le lunghezze frammento prodotte nelle reazioni di digestione può essere utilizzata per determinare la specie di pesci da cui è stato preparato il campione di DNA, utilizzando il modello RFLP corrispondenza software contenente un database di modelli derivati ​​sperimentalmente RFLP da specie ittiche di interesse commerciale.

Questa pubblicazione descrive come utilizzare il sistema di identificazione delle specie di pesce Agilent per identificare la specie di un pesce con l&#39;estrazione del DNA e l&#39;esecuzione di analisi di PCR e RFLP.

Basati sul DNA Fish Identification Specie protocollo

Abbiamo sviluppato un metodo di screening basato sul DNA, rapido, semplice e accurato, per identificare le specie di pesce presenti in campioni di prodotti ittici freschi e trasformati. ...

Il Sistema di Identificazione delle Specie Ittiche è un metodo semplice, rapido e accurato basato sul DNA per identificare le specie ittiche presenti in un campione specifico. I campioni di pesce vengono trattati con proteinasi K per rilasciare gli acidi nucleici in soluzione. Il DNA genomico del pesce viene quindi isolato e amplificato mediante PCR utilizzando primer che si legano a sequenze presenti in tutti i genomi dei pesci.I prodotti PCR vengono quindi digeriti con tre diversi enzimi di restrizione e separati mediante bioanalizzatore Agilent 2100. Le lunghezze dei frammenti prodotti nelle reazioni di digestione possono essere utilizzate per determinare la specie del pesce mediante software di confronto dei profili di polimorfismo della lunghezza dei frammenti di restrizione, o RFLP. Ciao, sono Rachel Formosa di Agilent Technologies.Oggi vi mostreremo un procedimento per l'identificazione delle specie ittiche basato sul DNA. Questo procedimento è un metodo di screening che consente di identificare le specie di pesce presenti in campioni freschi, congelati, tritati, cotti, essiccati o comunque trasformati. E ciò può essere realizzato in meno di una giornata lavorativa.Utilizziamo questo procedimento per studiare l'autenticità dei prodotti ittici, un aspetto molto importante per l'industria ittica poiché la sostituzione e l'etichettatura errata possono avere significative conseguenze economiche, ambientali e relative alla sicurezza alimentare. Inoltre, può essere particolarmente difficile determinare la specie del pesce mediante identificazione visiva e altri metodi tradizionali. Una volta che un pesce è stato lavorato, l'analisi del DNA fornisce un risultato molto più accurato e affidabile.Iniziamo. Preparare i campioni per l'estrazione del DNA posizionando da 10 a 1000 milligrammi di ciascun campione di tessuto di pesce crudo o cotto in provette microcentrifuga da 1,5 millilitri per ogni pesce. Aggiungere 220 microlitri di soluzione di proteinasi K appena preparata e pipettare su e giù.Incubare i tubi a 65 gradi Celsius per 10 minuti; dopo l'incubazione, centrifugare per tre-cinque minuti a 14.000 G per formare un pellet dei tessuti non digeriti. Successivamente, trasferire con attenzione 150 microlitri di ciascun sopranatante in un nuovo tubo da 1,5 millilitro, evitando qualsiasi materiale non digerito sul fondo e il materiale oleoso presente in superficie. Il sopranatante verrà ora utilizzato per l'estrazione del DNA genomico.Iniziare l'estrazione del DNA genomico aggiungendo 500 microlitri del tampone di legame degli acidi nucleici a ciascun campione. Questo porterà il volume totale del campione a 650 microlitri. Vortexare il campione fino a completa omogeneizzazione.Successivamente, trasferire ogni campione in una colonna di legame per DNA posizionata in uno dei due tubi raccoglitori da un millilitro forniti nel kit. Chiudere saldamente il cappuccio del tubo sulla parte superiore della colonna. Centrifugare i campioni per un minuto a 14.000 G per far legare il DNA alla matrice della colonna.Dopo la centrifugazione, rimuovere le provette da centrifuga, scartare il filtrato e riposizionare le provette nei tubi raccoglitori. Aggiungere 500 microlitri di tampone di lavaggio ad alta salinità 1x. Chiudere i tubi con il cappuccio e centrifugare nuovamente dopo la centrifugazione.Scartare il filtrato e riposizionare nuovamente le spin cup nei tubi raccoglitori. Aggiungere ora 500 microlitri di etanolo al 80%. Chiudere il tubo con il cappuccio e centrifugare a 14.000 G per un minuto.Ripetere il lavaggio con etanolo altre due volte dopo il terzo lavaggio in etanolo al 80%, quindi scartare i filtrati. Riposizionare le spin cup nei tubi raccoglitori e, questa volta, centrifugare per due minuti per asciugare la matrice di fibre. Trasferire ora le spin cup in tubi di raccolta da 1,5 millilitri.Aggiungere 100 microlitri di buffer di eluizione direttamente su ogni spin cup, posizionandoli sulla matrice di fibra all'interno della cup. Quindi chiudere con uno scatto i tappi dei tubi di raccolta sulle spin cup e incubare a temperatura ambiente per un minuto. Al termine dell'incubazione, centrifugare i campioni alla velocità massima per un minuto.Successivamente, scartare la provetta da centrifuga e chiudere le provette con il tappo. Se si misurano le concentrazioni di DNA, ci si aspetta un intervallo compreso tra cinque nanogrammi per microlitro e 500 nanogrammi per microlitro. Il DNA può ora essere conservato a quattro gradi Celsius per un periodo massimo di un mese; per la conservazione a lungo termine, collocare il DNA a meno 20 o meno 80 gradi Celsius.Eseguire la PCR utilizzando i primer e i reagenti forniti nel kit di reagenti P-C-R-R-F-L-P. Secondo il protocollo scritto allegato, si raccomanda di eseguire ogni campione, inclusi il controllo positivo e il controllo senza stampo, in duplicato durante l'esecuzione della PCR. Preparare le miscele master degli enzimi di restrizione per le digestioni con DTE E one HAE three e NL three combinando i seguenti componenti nell'ordine indicato: 1,5 microlitri di acqua distillata sterile, 0,5 microlitri di buffer enzimatico 10x e 0,5 microlitri di enzima 10x.Preparare una quantità sufficiente per tutti i campioni più un volume di reazione in eccesso del reagente misto quattro per tre. Quindi distribuire 2,5 microlitri in ogni provetta di reazione etichettata con il nome del campione e dell'enzima. Al termine della PCR, rimuovere i campioni dal termociclatore e posizionarli sul ghiaccio.Aggiungere 2,5 microlitri di ciascun prodotto PCR in ciascuna delle tre provette per la digestione con enzimi di restrizione corrispondente alla reazione: DDE uno HAE tre e NLA tre. Successivamente, vortexare.Centrifugare brevemente e incubare le digestioni a 37 gradi Celsius per due ore. Se più comodo, le digestioni possono anche essere incubate tutta la notte. Al termine della digestione, incubare le reazioni a 65 gradi Celsius per 15 minuti.Quindi aggiungere un microlitro di EDTA 60 millimolare in ogni provetta per terminare la reazione e vortexare. Utilizzando il kit di reagenti Agilent Bioanalyzer, preparare e caricare la digestione con enzimi di restrizione nei pozzetti di un chip DNA seguendo le istruzioni del kit. Per ogni campione, tutti e tre i digesti devono essere caricati sullo stesso chip.Quindi vortexare il chip e caricarlo nella macchina. Al termine della corsa, accedere al contesto del saggio e selezionare la scheda riepilogo del chip. Nel campo nome del campione, inserire un nome del campione per tutte e 12 le pozzette del chip per identificare la specie di pesce dei campioni di DNA in esame.Avviare il programma di decodifica RFLP facendo clic su file. Quindi aprire il file XAD. Si aprirà la finestra di dialogo di apertura.Ora selezionare il file XAD per il chip di DNA utilizzato. Fare clic su "apri" per visualizzare un elenco dei campioni caricati sul chip. Selezionare i tre digest corrispondenti al primo campione di DNA.Nella colonna enzima, specificare gli enzimi di restrizione utilizzati nel campo denominato altezza minima del picco come percentuale del marcatore inferiore. Il valore predefinito è 10%, se necessario. Questo valore può essere ridotto per identificare picchi piccoli che sono stati trascurati oppure aumentato per eliminare picchi derivanti da rumore non specifico nell'elettroferogramma.Dopo aver apportato eventuali modifiche al valore minimo dell'altezza dei picchi, fare clic su reintegra. A questo punto, fare clic su calcola nella parte inferiore della finestra di dialogo. I dati sulla lunghezza dei frammenti ottenuti dall'analisi con il bioanalyzer verranno inseriti nei campi del software.Successivamente, nella lista a discesa del punteggio nell'angolo in alto a sinistra dello schermo, selezionare dado. Se il campione di pesce consiste in una singola specie di pesce o in una miscela, e se il campione potrebbe consistere in una miscela, la tabella nella parte inferiore dello schermo, etichettata come elenco dei punteggi combinati, mostra le corrispondenze migliori per specie in base ai risultati di tutte e tre le reazioni di digestione.Le corrispondenze perfette con un punteggio di uno sono evidenziate in verde. Le corrispondenze approssimate sono evidenziate in giallo nella parte superiore dello schermo. Il valore di soglia inferiore indica la dimensione minima del frammento utilizzata nell'analisi, mentre il valore di tolleranza di corrispondenza determina quanto deve essere simile in lunghezza un frammento a quello previsto per essere considerato una corrispondenza.I valori mostrati sono le impostazioni predefinite e possono essere modificati. Ripetere questi passaggi per l'analisi dei campioni di DNA rimanenti sulla punta. Campioni di DNA di quattro specie diverse di pesci sono stati isolati, amplificati e digeriti utilizzando il metodo descritto in questo video.Un gel di bioanalizzatore che mostra i campioni di digestione con enzimi di restrizione è riportato qui utilizzando l'Agilent Bioanalyzer e il decodificatore RFLP. I modelli di profilo software vengono utilizzati per identificare il pesce. Il primo campione viene correttamente identificato come trota, il secondo come tonno, il terzo come pesce persico.E l'ultimo campione come merluzzo specifico. Vi abbiamo appena mostrato come eseguire l'identificazione delle specie di pesce basata sul DNA utilizzando il metodo P-C-R-R-F-L-P di Agilent. Quando si esegue questa procedura, è importante evitare la contaminazione incrociata dei campioni poiché il metodo è molto sensibile.Ecco fatto. Ora sapete come identificare rapidamente, facilmente e con precisione le specie di pesce presenti nei vostri campioni. Grazie per aver guardato e buona fortuna con i vostri esperimenti.

dna-based-fish-species-identification-protocol

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

Questo articolo descrive l'estrazione del DNA dalla clip della coda del pesce zebra. Il protocollo dimostra un metodo rapido ed efficiente per analizzare i genotipi del pesce zebra.

Estrazione del DNA dalla clip della coda: un metodo utilizzato nella genotipizzazione del pesce zebra

Descriviamo un protocollo robusto e versatile per l'analisi dell'architettura nucleare dalla FISH DNA 3D utilizzando sonde fluorescenti direttamente etichettati.

Robusto FISH 3D DNA con sonde marcate direttamente

PCR combinata con alta risoluzione melt analisi (HRMA) è dimostrato come un metodo rapido ed efficace al genotipo zebrafish.

Rapido ed efficiente Zebrafish genotipizzazione Uso PCR con ad alta risoluzione Melt Analysis

Un metodo lunghezza dei frammenti di reazione di restrizione polimorfismo a catena della polimerasi migliore per la genotipizzazione specie pesci palla da cromatografia liquida / spettrometria di massa è descritta. Una colonna monolite di silice in fase inversa è impiegato per separare ampliconi digerito. Questo metodo può chiarire le masse monoisotopico di oligonucleotidi, che è utile per identificare composizione di base.

Migliorata la Polymerase Chain Reaction-restrizione frammento lunghezza polimorfismo genotipizzazione di Pufferfish Tossico per cromatografia liquida / spettrometria di massa

Descriviamo un protocollo per la filtrazione di campioni d'acqua con una cartuccia filtrante e l'estrazione del DNA ambientale (eDNA) senza dover aprire l'alloggiamento per rimuovere il filtro. Questo protocollo è stato sviluppato per il metabarcoding dell'eDNA dei pesci, ma è applicabile anche all'eDNA di altri organismi.

L&#39;utilizzo di una cartuccia filtrante per filtrazione di acqua campioni ed estrazione di DNA ambientale

Analisi del contenuto intestinale più comune di macroinvertebrati sono visive. Che richiedono intensa conoscenza diversità morfologica degli organismi di preda, essi perdere morbido corposo preda e, grazie alla forte comminuzione della preda, sono quasi impossibile per alcuni organismi, tra cui anfipodi. Forniamo dettagliati, romanzo approcci genetici per macroinvertebrati preda identificazione nella dieta di anfipodi.

Protocollo di laboratorio per analisi genetiche del contenuto dell'intestino del rDNA acquatica macroinvertebrati Using Group-specific Primers

Alloggiamento di laboratorio di turchese killifish può essere scalato a casa e in modo efficiente generare migliaia di singoli pesci in un sistema di filtrazione di acqua centralizzata, impiegando la stessa infrastruttura utilizzata per strutture standard zebrafish. Qui dettagliamo un elenco di procedure standardizzate che consentono killifish efficiente manutenzione.

Un protocollo per laboratorio Housing di turchese Killifish (Nothobranchius furzeri)

La salute dei pesci selvatici può essere utilizzata come indicatore di salute dell'ecosistema acquatico. Le valutazioni basate su autopsia pesce salute forniscono documentazione di lesioni visibili o anomalie, i dati utilizzati per calcolare indici di condizione, nonché la possibilità di raccogliere i tessuti per la valutazione microscopica, espressione genica e altri più in profondità analisi.

Valutazione di salute basati su autopsia pesce selvatico

Zebrafish sono stati usati come organismi modello genetico affidabile nella ricerca biomedica, soprattutto con l'avvento delle tecnologie di modifica del gene. Quando sono previsti fenotipi larvali, identificazione di estrazione ed il genotipo di DNA può essere impegnativo. Qui, descriviamo una procedura efficiente genotipizzazione per larve di zebrafish, coda di ritaglio, più presto 72 h post-fertilizzazione.

Estrazione del DNA high-throughput e genotipizzazione delle larve di Zebrafish 3dpf di pinna Clipping

I test del DNA ambientale richiedono una progettazione, un test, un'ottimizzazione e una convalida rigorosi prima che possa iniziare la raccolta dei dati sul campo. Qui, presentiamo un protocollo per portare gli utenti attraverso ogni fase della progettazione di un saggio qPCR specifico per specie e basato su sonda per il rilevamento e la quantificazione di un DNA di specie bersaglio da campioni ambientali.

Sviluppo e test di test quantitativi PCR specifici per specie per applicazioni del DNA ambientale

Questo lavoro descrive un protocollo per quantificare la forma della cartilagine craniofacciale utilizzando software liberi (tpsDigs2, MorphoJ e PAST) per misurare i cambiamenti nella struttura facciale nelle larve di pesce zebra.

Analisi morfometriche della forma: il software di analisi per la quantificazione della forma craniofacciale nel pesce zebra

Scopri l'identificazione delle specie ittiche basata sul DNA mediante PCR e analisi RFLP con il sistema Agilent. Questo metodo rapido garantisce risultati accurati per la verifica dell'autenticità dei prodotti ittici.

Basati sul DNA Fish Identification Specie protocollo

Esplora altri video