Name: MALDI Preparazione del campione: il metodo ultra sottile strato (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-04-29T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 28 s
Description: Impara la preparazione del campione MALDI con il metodo dello strato ultra sottile per la spettrometria di massa. Questa tecnica garantisce una determinazione accurata della massa delle proteine con reagenti HPLC.

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E &#39;molto importante indossare guanti privi di polvere durante la preparazione dello strato sottile. Pulizia della piastra del campione <ol><li> Utilizzare un acciaio inossidabile placcata in oro o campione MALDI. </li><li> Lavare con MeOH e strofinare delicatamente con un Kimwipe. Non strofinare o strofinare la superficie con il Kimwipe, per evitare di graffiare la superficie. </li><li> Lavare con H 2 O e strofinare delicatamente con un Kimwipe. </li><li> Lavare con MeOH e strofinare delicatamente con un Kimwipe. </li><li> Se necessario, ripetere MeOH / H 2 O / MeOH ciclo di pulizia, sempre che termina con MeOH. </li><li> Assicurarsi che non ci sono punti fantasma o residuo rimasto sul piatto. Se ci sono macchie fantasma, lavare la piastra con acqua deionizzata, mentre strofinando la superficie con la mano guantata (Non strofinare con Kimwipes). Ripetere la MeOH / H 2 O / MeOH ciclo di pulizia. </li><li> Utilizzare la piastra subito dopo il lavaggio. </li></ol> Preparazione della soluzione sottile strato di substrato <ol><li> Mescolare 1 parte di saturi 4-HCCA (2 parti ACN, 1 parte di acqua, e lo 0,1% finale TFA) e 3 parti di isopropanolo. Nota: Il sottile strato di soluzione di substrato è molto stabile, e può essere conservato a temperatura ambiente al buio per un anno. Può anche essere conservato a 4 ° C. </li></ol> Fare il substrato sottile strato <ol><li> Applicare 20-50μL della soluzione di substrato sottile strato di sinistra-centro del piatto, e si diffondono con il lato di un puntale. Raccogliere in una direzione. </li><li> Come si asciuga soluzione, il solvente evapora organico molto rapidamente, lasciando dietro di piccolissime gocce d&#39;acqua sulla superficie della piastra. A questo punto, avvolgere il dito indice con una strato di Kimwipe e inizialmente leggermente asciugare la superficie della piastra con esso. </li><li> Quando la superficie è liberato da goccioline d&#39;acqua, pulire l&#39;intera piastra con movimenti ampi uni-direzionale con un Kimwipe. Nota: Se la soluzione non si diffonde a sufficienza per tutta la superficie della piastra, aumentare la composizione ACN e ricreare lo strato sottile. Alcuni parametri che possono influenzare la diffusione della soluzione comprendono umidità e temperatura. Nota: con tavole d&#39;oro, lo strato di solito appare come un riflesso giallastro, a seconda della luce e angoli di visione. Con piastre in acciaio, ma solo il bordo dello strato è normalmente visibile. </li><li> Pulire i bordi del piatto con un Kimwipe fresca prima di inserirlo nel porta targa per evitare matrice di contaminare lo strumento. </li></ol> Preparazione della soluzione di matrice <ol><li> <a href="http://prowl.rockefeller.edu/protocols/saturated-4HCCA-solution.html">Saturi 4-HCCA</a> in FWI (3 parti di acido formico, 1 parte di acqua, 2 parti di isopropanolo) è consigliato per l&#39;analisi di entrambe le membrane e proteine ​​solubili. Potrebbe anche essere usato in casi particolari per l&#39;analisi di peptidi di grandi dimensioni molto idrofobiche (M&gt; 4000 U). Assicurarsi che la soluzione matrice utilizzata per individuare le proteine ​​non superi il 50% ~ contenuto organico, in quanto completamente sciogliere il substrato sottile strato, sconfiggendo i vantaggi del metodo. </li></ol> Prova del substrato sottile strato <ol><li> 0.5μL posto della soluzione di matrice sul piatto. Un precipitato biancastro apparirà l&#39;interfaccia tra lo strato sottile e la goccia. Quando questo strato copre la parte inferiore della goccia interamente, di solito entro 10-15 secondi, aspirare il liquido in eccesso con una linea a vuoto. Se passano più di 30 secondi per il precipitato di forma, è l&#39;indicazione che ci potrebbe essere un problema con il substrato sottile strato e / o la soluzione matrice. </li></ol> Esempio di applicazione <ol><li> La concentrazione di analita nella soluzione di partenza dovrebbe essere entro 10 e 1000μM. </li><li> Diluire la soluzione di analita in soluzione matrice ad una concentrazione di analiti finale tra 0,2 e 2μM. Per esempio, iniziare con 1ml di campione e di soluzione 9μl matrice. Nota: Assicurarsi che la matrice è vicino alla saturazione nella soluzione finale, altrimenti si ridisciogliere il substrato sottile strato. Nota: le concentrazioni Analita necessari per ottenere segnali decente sono altamente dipendenti dalla complessità della soluzione e la composizione (ad esempio, contaminanti) e ionizability analita. Nota: se un singolo passaggio di diluizione non produce buoni risultati, si dovrebbe cercare un altro passo di diluizione. Anche se contro-intuitivo, di soluzioni ad alta concentrazione di analiti raramente producono spettri bene. Nota: Le proteine ​​di membrana di solito richiedono grandi diluizioni. </li><li> 0.5μl posto del campione / matrice miscela sul piatto. Un precipitato biancastro si forma a livello di interfaccia tra lo strato sottile e la goccia. Questo precipitato è la cocrystallization della matrice e dell&#39;analita. Quando questo strato copre la parte inferiore della goccia interamente, USUalleato entro 10-15 secondi, aspirare il liquido in eccesso con una linea a vuoto. Se passano più di 30 secondi per il precipitato di forma, può essere un&#39;indicazione di una agenti contaminanti presenti, che impedisce la cristallizzazione, o il vostro analita è troppo concentrato. </li></ol> Calibrante applicazione <ol><li> Preparare il calibrante / matrice miscela in maniera simile, con una concentrazione finale calibrante tra 0,1 0.5μM. </li><li> 0.5μl Spot calibrante / matrice miscela sul piatto in prossimità dei punti di campionamento. Questa vicinanza fisica viene utilizzato in un pseudo-interno procedura di taratura, in cui si sposta il piatto dal dischetto campione al posto calibrante durante l&#39;acquisizione del campione, per aggiungere un paio di colpi di laser del calibranti allo spettro. Questo approccio garantisce una taratura più alta accuratezza di massa di calibrazione esterno. </li></ol> Lavaggio passo <ol><li> Lavare ogni posto con circa 2μL di un freddo ghiaccio soluzione acquosa 0,1% TFA. Aspirare il liquido in eccesso con una linea a vuoto. </li></ol> Acquisizione di spettri di massa <ol><li> Ora siete pronti ad acquisire spettri di massa. Se si utilizza la soluzione di matrice FWI, è necessario acquisire il tuo spettri il più presto possibile per prevenire modifiche irreversibili all&#39;analita come formylation. </li></ol>

<ol><li>Xiang, F., Beavis, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Method+to+Increase+Contaminant+Tolerance+in+Protein+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization+by+the+Fabrication+of+Thin+Protein-Doped+Polycrystalline+Films%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Communications+in+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">A Method to Increase Contaminant Tolerance in Protein Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization by the Fabrication of Thin Protein-Doped Polycrystalline Films.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 8, 199-204 (1994).</li>
<li>Cadene, M., Chait, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Robust%2C+Detergent-Friendly+Method+for+Mass+Spectrometric+Analysis+of+Integral+Membrane+Proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">A Robust, Detergent-Friendly Method for Mass Spectrometric Analysis of Integral Membrane Proteins.</a> Analytical Chemistry. 72, 5655-5658 (2000).</li>
<li>Hook, P., Mikami, A., Shafer, B., Chait, B. T., Rosenfeld, S. S., Vallee, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-range+allosteric+control+of+cytoplasmic+dynein+ATPase+activity+by+the+stalk+and+C-terminal+domains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Long-range allosteric control of cytoplasmic dynein ATPase activity by the stalk and C-terminal domains.</a> J Biol Chem. 280, 33045-33054 (2005).</li>
</ol>

È fondamentale che tutti i reagenti sono di altissima qualità (ad esempio grado HPLC). Guanti privi di polvere (lattice o nitrile) In acciaio inox o placcata in oro campione MALDI Metanolo (MeOH) Acqua Kimwipes alfa-ciano-4-idrossicinnamici acido (4-HCCA) Trifluoroacetico acido (TFA) (concentrazione finale di 0,1% in H 2 O) Acetonitrile (ACN) L&#39;acido formico Isopropanolo

maldi preparazione del campione: il metodo ultra sottile strato

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

Questo video dimostra la preparazione di un ultra-sottile matrice / analita strato per l&#39;analisi dei peptidi e proteine ​​da Matrix-Assisted Laser Spettrometria di Massa desorbimento ionizzazione (MALDI-MS) 1, 2. L&#39;ultra-sottile strato metodo comporta la produzione di un substrato di cristalli di matrice (alfa-ciano-4-acido idrossicinnamici) sulla piastra del campione, che serve come terreno per la semina successiva cristallizzazione di una matrice / analita miscela. I vantaggi del metodo ultra-sottile strato rispetto ad altri approcci deposizione del campione (ad esempio delle gocce essiccate) sono che offre (i) maggiore tolleranza alle impurità come i sali e detergenti, (ii) la migliore risoluzione, e (iii) maggiore uniformità spaziale. Questo metodo è particolarmente utile per la determinazione della massa accurata delle proteine. Il protocollo è stato inizialmente sviluppato ed ottimizzato per l&#39;analisi delle proteine ​​di membrana e utilizzato per analizzare con successo i canali ionici, trasportatori metabolita, e recettori, contenente tra 2 e 12 domini transmembrana 2. Dopo la pubblicazione originale, ma ha anche dimostrato di essere ugualmente utile per l&#39;analisi di proteine ​​solubili. Anzi, lo abbiamo usato per un gran numero di proteine ​​che hanno una vasta gamma di proprietà, compresi quelli con peso molecolare alto come 380 kDa 3. Oggi è il nostro metodo di scelta per l&#39;analisi molecolare di massa di tutte le proteine. La procedura descritta produce costantemente spettri di alta qualità, ed è sensibile, robusto e facile da implementare.

Questo video dimostra la preparazione di un ultra-sottile matrice / analita strato per l&#39;analisi dei peptidi e proteine ​​da Matrix-Assisted Laser ionizzazione di desorbimento spettrometria di massa (MALDI-MS).

MALDI Preparazione del campione: il metodo ultra sottile strato

Questo video dimostra la preparazione di uno strato ultrasottile di matrice/analita per l'analisi di peptidi e proteine mediante Desorbimento Laser Assistito da Matrice...

Benvenuti al tutorial del laboratorio CHI sul metodo dello strato ultra sottile, particolarmente utile per la determinazione accurata della massa delle proteine. A causa della sensibilità della spettrometria di massa, utilizziamo esclusivamente reagenti di grado HPLC e guanti in lattice o nitrile senza polvere per pulire la piastra. Sciacquare alternando metanolo e acqua, e infine nuovamente metanolo.Ad ogni risciacquo, rimuovere delicatamente il solvente in eccesso utilizzando carta per lenti. È possibile ripetere queste operazioni di lavaggio tante volte quante sono necessarie per ottenere una piastra pulita. Una volta pulita e asciutta, la piastra deve essere utilizzata immediatamente.Applicare e distribuire da 20 a 30 microlitri di soluzione del substrato in strato sottile su una piastra MALDI pulita. Utilizziamo qui una punta per pipetta P2-50 per distribuire uniformemente la soluzione, evitando di graffiare la piastra. Mentre lo strato sottile si asciuga, rimuovere delicatamente con un fazzoletto di carta kim qualunque goccia d'acqua residua, se presente.Quindi pulire delicatamente la piastra con un movimento uniforme utilizzando un fazzoletto di carta Kim per formare corrett

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Farmacoterapia sostituzione della dopamina con L-DOPA è il trattamento più comunemente utilizzato sintomatico della malattia di Parkinson, ma è accompagnata da effetti collaterali tra cui i movimenti involontari anomali, discinesia...

MALDI Imaging Mass Spectrometry dei neuropeptidi nella malattia di Parkinson

Abbiamo sviluppato una tecnologia basata su pellicola sottile di silice mesoporosa per il recupero selettivo di proteine ​​a basso peso molecolare e peptidi da siero umano. Le proprietà fisico-chimiche delle nostre chip mesoporosi stati finemente sintonizzato per fornire il controllo sostanziale arricchimento peptide e di conseguenza il profilo del proteoma siero per scopi diagnostici.

Basso Peso Molecolare proteina di arricchimento sul film sottili di silice mesoporosi per la scoperta di biomarcatori

Misura della massa accurata rappresenta un passo importante nel corso dell'inchiesta di proteine. Matrix-assisted laser desorbimento / ionizzazione (MALDI) spettrometria di massa (MS) può essere utilizzato per tale determinazione e il suo vantaggio chiave è la tolleranza di sali, detergenti e contaminanti. Qui illustriamo un approccio accessibili per l'analisi di proteine ​​più grandi di 100 kDa tramite MALDI-MS.

Matrix-assisted laser di desorbimento / ionizzazione Time of Flight (MALDI-TOF) Massa spettrometrica Analisi delle proteine ​​intatte grande di 100 kDa

Dithranol (DT; 1,8-diidrossi-9 ,10-dihydroanthracen-9-one) è stato precedentemente segnalato come una matrice MALDI per l'imaging tessuto di piccole molecole; protocolli per l'uso di DT per l'imaging MALDI di lipidi endogeni sul superficie di sezioni di tessuto di positivo-ion MALDI-MS su uno strumento quadrupolo-FTICR altissima risoluzione sono forniti qui.

Dithranol come Matrix Assisted Laser per Matrix desorbimento / ionizzazione Imaging su una trasformata di Fourier Ionorisonanza Ciclotronica Mass Spectrometer

Mass spettrometria di imaging (MSI) è un potente strumento che può essere utilizzato per scoprire e identificare le varie specie chimiche nei tessuti intatti, preservando i composti nel loro ambiente naturale, in grado di fornire nuove intuizioni in processi biologici. Qui un metodo MSI sviluppato per l'analisi di piccole molecole è descritto.

MALDI-Mass spettrometria di imaging per le inchieste sui metaboliti in<em&gt; Medicago truncatula</em&gt; Root noduli

Una sorgente di imaging per spettrometria di massa (MSI) operata a pressione atmosferica è stata sviluppata accoppiando il desorbimento laser nel medio infrarosso e la post-ionizzazione elettrospray. La matrice di ghiaccio esogena è stata utilizzata come matrice di assorbimento dell'energia per facilitare il desorbimento risonante del materiale correlato ai tessuti. Questo manoscritto fornisce un protocollo passo-passo per l'esecuzione dell'IR-MALDESI MSI di topo neonatale di tutto il corpo.

Tutto il corpo Imaging Mass Spectrometry da Infrared Matrix-Assisted Laser desorbimento per ionizzazione elettrospray (IR-Maldesi)

Lo dimostra un protocollo per la riduzione eterogeneità spaziali di segnali di ioni in spettrometria di massa MALDI regolando la temperatura del substrato durante i processi di essiccazione del campione.

Preparazione dei campioni MALDI omogenei per applicazioni quantitative

Un nuovo metodo di preparazione del campione è stato sviluppato per ospitare coculture delle cellule e del tessuto per rilevare cambio piccola molecola usando la spettrometria totale imaging.

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L'obiettivo di questo protocollo è quello di fornire una guida dettagliata sulla preparazione del campione quando si pianificano esperimenti utilizzando MALDI MSI per massimizzare il rilevamento metabolico e molecolare in campioni biologici.

Preparazione del campione per la profilazione metabolica utilizzando la spettrometria di massa MALDI

Lo scopo di questo protocollo è quello di fornire una guida dettagliata sulla corretta preparazione del campione per l'analisi dei lipidi e dei metaboliti in piccoli tessuti, come il cervello di Drosophila , utilizzando l'imaging con spettrometria di massa a desorbimento/ionizzazione laser assistita da matrice (MALDI).

Preparazione del campione per l'analisi rapida dei lipidi nel cervello della Drosophila utilizzando la spettrometria di massa a desorbimento/ionizzazione laser assistita da matrice

Impara la preparazione del campione MALDI con il metodo dello strato ultra sottile per la spettrometria di massa. Questa tecnica garantisce una determinazione accurata della massa delle proteine con reagenti HPLC.

MALDI Preparazione del campione: il metodo ultra sottile strato

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