Name: Un metodo efficace per lisolamento di RNA altamente purificato da semi per lutilizzo in Quantitative Analysis trascrittoma (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-01-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 31 s
Description: Scopri un metodo efficace per isolare RNA altamente purificato da semi vegetali ricchi di oli, proteine e polifenoli. Questa tecnica migliora l'estrazione su colonna con PVP per analisi dell'espressione genica.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Ringraziamo lo staff di Genomica Funzionale Struttura e Spettrografia e Bioimmagini strumento, nibb fondamentali strutture di ricerca, e modello di ricerca delle piante Fondo, nibb Bioresource Center.

1. Estrazione di RNA totale da Pianta semi <ol><li> Preparare i set di tampone, colonne di rotazione, 1,5 e 2,0 ml tubi di polipropilene, e tubi da 1,5 ml in polipropilene priva di nucleasi. </li><li> Aggiungere 1% (w / v) di biologia molecolare grado polivinilpirrolidone (di seguito denominato PVP) per cella tampone di lisi per l&#39;estrazione di RNA e vortice vigorosamente. Incubare per 20 minuti a 25 ° C per sciogliere completamente. Dopo 20 min di incubazione, miscelare il buffer delicatamente ruotando il tubo capovolto per evitare la formazione di bolle. Conservare a temperatura ambiente (15-25 ° C) prima dell&#39;uso. </li><li> Raccolta della frutta dalle piante di Arabidopsis thaliana e posto in provette da 1,5 ml in polipropilene su ghiaccio. Inserire frutta su lastre di alluminio conservati a 4 ° C ed isolano semi dai frutti sotto un microscopio stereo. <ol><li> Mettere i semi isolati (circa 200 semi) in provette da 1,5 ml in polipropilene che sono stati memorizzati in un rack di alluminio sul ghiaccio e collocare immediatamente i tubi in n liquidoitrogen. </li></ol></li><li> Rimuovere le provette e azoto liquido e restituirli al rack alluminio su ghiaccio. Aggiungere 100 microlitri di tampone contenente 1% PVP e centrifugare per 1 min a 1000 xga 4 ° C. </li><li> Omogeneizzare il campione con un pestello in acciaio legato con un motore-smerigliatrice per 60 s, mantenendo il tubo nel rack alluminio su ghiaccio. </li><li> Aggiungere 550 microlitri di tampone contenente 1% PVP, miscelare il buffer delicatamente ruotando il tubo capovolto, e incubare per 10 min a 25 ° C. </li><li> Centrifugare per 5 min a 8000 xga 25 ° C ed il trasferimento 550 ml del surnatante in una nuova provetta 1,5 ml di polipropilene. </li><li> Centrifugare per 5 min a 10.000 xga 25 ° C ed il trasferimento 450 ml del surnatante in una nuova provetta 1,5 ml di polipropilene. </li><li> Utilizzare il surnatante come lisato cellulare per l&#39;estrazione di RNA. D&#39;ora in avanti, seguire la procedura descritta nelle istruzioni del produttore del kit disponibile in commercio. </li><li> eluire ilRNA utilizzando un volume minimo di tampone di eluizione per garantire una sufficiente concentrazione di RNA per il monitoraggio dei pattern di espressione di trascritti di basso livello. Conservare il RNA in un congelatore fino all&#39;uso. </li></ol> 2. Verifica di RNA Qualità <ol><li> Scongelare l&#39;RNA totale, mescolare delicatamente intercettazioni, e porre il tubo in un rack di alluminio sul ghiaccio. </li><li> Misurare la concentrazione di RNA, il rapporto A260 / A280, e il rapporto A260 / A230 utilizzando uno spettrofotometro microvolumi. </li><li> Diluire il RNA totale in acqua priva di RNasi ad una concentrazione finale di 70 ng / mL. </li></ol> 3. trascrizione inversa di RNA totale da Seeds <ol><li> Scongelare gli RNA e tampone set totali dal kit commerciale. Mantenere gli enzimi del kit sul ghiaccio dopo lieve intercettazioni. Preparare le provette 0,2 ml in polipropilene priva di nucleasi. </li><li> Aggiungere 5 ml di RNA totale, 1 ml di Oligo dT Primer (50 micron), e 1 micron di Random 6-mer (50 micron) al 0,2 ml polipropiTubo lene sul ghiaccio. </li><li> Incubare per 15 minuti a 37 ° C e disporli sul ghiaccio. </li><li> D&#39;ora in avanti, seguire la procedura descritta nelle istruzioni del produttore nel kit di trascrizione inversa-PCR. </li><li> Posizionare i prodotti di trascrizione inversa sul ghiaccio prima dell&#39;uso. </li></ol> 4. Analisi quantitativa Real-time PCR <ol><li> Costruire plasmidi che ospitano le sequenze di geni bersaglio utilizzando il protocollo del produttore. </li><li> Regolare le concentrazioni di 100-500,000 copie / ml per i modelli di DNA per le curve standard. </li><li> Diluire le soluzioni cDNA (1: 100) con acqua distillata. </li><li> Aggiungere 2 ml di soluzioni cDNA diluiti e plasmidi per le curve standard al master mix dal real-time PCR quantitativa kit. </li><li> Impostare PCR in tempo reale utilizzando le seguenti condizioni di ciclismo: 95 ° C per 30 s e poi 40 cicli a 95 ° C per 5 s e 60 ° C per 35 s. </li><li> Analizzare i numero di copie secondo l&#39;uomoistruzioni di produttori di realizza- re per il sistema PCR in tempo reale. </li></ol>

<ol><li>Hills, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+storage-product+synthesis+in+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Control of storage-product synthesis in seeds.</a> Curr Opin Plant Biol. 7 (3), 302-308 (2004).</li>
<li>Li-Beisson, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acyl-lipid+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Arabidopsis+Book%22%5BJournal%5D)">Acyl-lipid metabolism.</a> Arabidopsis Book. 11, e0161(2013).</li>
<li>Bates, P. D., Stymne, S., Ohlrogge, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemical+pathways+in+seed+oil+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Biochemical pathways in seed oil synthesis.</a> Curr Opin Plant Biol. 16 (3), 358-364 (2013).</li>
<li>Santos-Mendoza, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+gene+regulatory+networks+that+control+seed+development+and+maturation+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">Deciphering gene regulatory networks that control seed development and maturation in Arabidopsis.</a> Plant J. 54 (4), 608-620 (2008).</li>
<li>Durrett, T. P., Benning, C., Ohlrogge, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+triacylglycerols+as+feedstocks+for+the+production+of+biofuels%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">Plant triacylglycerols as feedstocks for the production of biofuels.</a> Plant J. 54 (4), 593-607 (2008).</li>
<li>Kanai, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Plastidic+DEAD-box+RNA+helicase+22%2C+HS3%2C+is+essential+for+plastid+functions+both+in+seed+development+and+in+seedling+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">The Plastidic DEAD-box RNA helicase 22, HS3, is essential for plastid functions both in seed development and in seedling growth.</a> Plant Cell Physiol. 54 (9), 1431-1440 (2013).</li>
<li>Kanai, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extension+of+oil+biosynthesis+during+the+mid-phase+of+seed+development+enhances+oil+content+in+Arabidopsis+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Extension of oil biosynthesis during the mid-phase of seed development enhances oil content in Arabidopsis seeds.</a> Plant Biotechnol J. 14 (5), 1241-1250 (2016).</li>
<li>Dekkers, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+reference+genes+for+RT-qPCR+expression+analysis+in+Arabidopsis+and+tomato+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Identification of reference genes for RT-qPCR expression analysis in Arabidopsis and tomato seeds.</a> Plant Cell Physiol. 53 (1), 28-37 (2012).</li>
<li>Salzman, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+RNA+isolation+method+for+plant+tissues+containing+high+levels+of+phenolic+compounds+or+carbohydrates%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">An improved RNA isolation method for plant tissues containing high levels of phenolic compounds or carbohydrates.</a> Plant Mol Biol Rep. 17 (1), 11-17 (1999).</li>
<li>Vicient, C. M., Delseny, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+total+RNA+from+Arabidopsis+thaliana+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Isolation of total RNA from Arabidopsis thaliana seeds.</a> Anal Biochem. 268 (2), 412-413 (1999).</li>
<li>Wang, G. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+high+quality+RNA+from+cereal+seeds+containing+high+levels+of+starch%5BTitle%5D)+AND+%22Phytochem+Analysis%22%5BJournal%5D)">Isolation of high quality RNA from cereal seeds containing high levels of starch.</a> Phytochem Analysis. 23 (2), 159-163 (2012).</li>
<li>Birtic, S., Kranner, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+high-quality+RNA+from+polyphenol-%2C+polysaccharide-+and+lipid-rich+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Phytochem+Analysis%22%5BJournal%5D)">Isolation of high-quality RNA from polyphenol-, polysaccharide- and lipid-rich seeds.</a> Phytochem Analysis. 17 (3), 144-148 (2006).</li>
</ol>

Gli autori non hanno nulla da rivelare.

profili di espressione genica contribuiscono alla nostra comprensione della fisiologia vegetale; Pertanto, metodi di isolamento specifica di RNA sono stati sviluppati per ogni condizione di esempio 9-12. Abbiamo studiato i processi che sono stati inibiti durante l&#39;isolamento di RNA dai semi e ha scoperto che l&#39;RNA di legame alle membrane di silice è stato gravemente inibito. Grandi quantità di olio, proteine ​​e polifenoli inibiscono l&#39;isolamento di RNA. Abbiamo modificato il processo di estrazion...

Le piante producono semi, che danno origine alla generazione successiva. I semi accumulano grandi quantità di riserve di stoccaggio, come gli oli, carboidrati e proteine, per la crescita post-germinativo. Gli esseri umani utilizzano le riserve di stoccaggio di semi come fonti di alimenti e mangimi, e quindi semi di piante sono uno dei principali fornitori di materia organica commestibili in tutto il mondo. Aumentare le rese di semi è una sfida importante in scienza delle piante. Poiché le riserve di riserva dei semi sono valore commerciale fonti di cibo e materiali industriali, i meccanismi molecolari alla base della regolazione del metabolismo di queste riserve sono stati ampiamente studiati 1-6. Ulteriori chiarire questi meccanismi sarà utile per aumentare le rese di semi di colture. I semi si sviluppano in ovaie di piante dopo la fecondazione, e maturano attraverso una serie di fasi di sviluppo 1,6,7. Inoltre la comprensione del meccanismo molecolare dello sviluppo del seme di base richiede dettagliata, Precisi profili di espressione genica di una serie di sviluppo semi da produrre. Tuttavia, elevate quantità di oli, proteine, carboidrati e polifenoli in semi di piante rendono difficile isolare RNA altamente purificato, che preclude precisa profili di espressione genica. Qui, si introduce un metodo efficiente per l&#39;isolamento di RNA da semi oleosi contenenti grandi quantità di oli, proteine ​​e polifenoli. Usando questo metodo, i ricercatori saranno in grado di preparare RNA altamente purificato. Tale RNA sarà utile per il monitoraggio dei cambiamenti trascrizionali di geni chiave che controllano la regolazione del metabolismo delle riserve di stoccaggio di semi in via di sviluppo e dei semi oleosi maturi.

<table><tbody><tr><td>RNeasy Plant Mini Kit</td><td>QIAGEN</td><td>74904</td><td></td></tr><tr><td>polivinilpirrolidone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P5288-100G</td><td></td></tr><tr><td>OMOGENEIZZATORE S-303</td><td>AS ONE</td><td>1-1133-02</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop Lite</td><td>Thermo Scientific</td><td>ND-NDL-US-CAN</td><td></td></tr><tr><td>Kit di reagenti PrimeScript RT (perfetto in tempo reale)</td><td>TAKARA</td><td>RR037A</td><td></td></tr><tr><td>KAPA SYBR Kit qPCR veloce</td><td>Kapa biosystems</td><td>KK4601</td><td></td></tr></tbody></table>

un metodo efficace per l&#39;isolamento di rna altamente purificato da semi per l&#39;utilizzo in quantitative analysis trascrittoma

An Efficient Method for the Isolation of Highly Purified RNA from Seeds for Use in Quantitative Transcriptome Analysis

I semi delle piante accumulano grandi quantità di riserve di stoccaggio che comprendono materia organica biodegradabile. Gli esseri umani fanno affidamento sulle riserve di stoccaggio delle sementi per il cibo e come materiali industriali. I profili di espressione genica sono strumenti potenti per studiare la regolazione metabolica nelle cellule vegetali. Pertanto, per la selezione delle colture sono necessari profili di espressione genica dettagliati e accurati durante lo sviluppo delle sementi. L'acquisizione di RNA altamente purificato è essenziale per la produzione di questi profili. Sono necessari metodi efficienti per isolare l'RNA altamente purificato dai semi. Qui, descriviamo un metodo per isolare l'RNA da semi contenenti grandi quantità di oli, proteine e polifenoli, che hanno effetti inibitori sull'isolamento dell'RNA ad alta purezza. Il nostro metodo consente di ottenere RNA altamente purificato dai semi senza l'uso di fenolo, cloroformio o processi aggiuntivi per la purificazione dell'RNA. Questo metodo è applicabile ai semi di Arabidopsis, colza e soia. Il nostro metodo sarà utile per monitorare i pattern di espressione di trascritti di basso livello in semi in via di sviluppo e maturi.

In primo luogo abbiamo studiato la concentrazione ottimale di PVP utilizzando Arabidopsis semi maturi. L&#39;RNA totale è stato isolato da circa 1.000 semi secondo il protocollo descritto sopra utilizzando tampone di lisi cellulare contenente 0%, 0,25%, 0,5%, 1,0% o 2,0% PVP. Dopo omogeneizzazione e centrifugazione, il surnatante è stato raccolto evitando lo strato di olio di semi e detriti (Figura 1A). <p class="jove_content" fo:keep-together.within-page="1...

Siamo riusciti a stabilire un metodo per l'isolamento dell'RNA da semi di piante contenenti grandi quantità di oli, proteine e polifenoli, che hanno effetti inibitori sull'isolamento dell'RNA ad alta purezza. Il nostro metodo è adatto per monitorare l'espressione di geni con trascritti di basso livello nei semi.

Un metodo efficace per l&#39;isolamento di RNA altamente purificato da semi per l&#39;utilizzo in Quantitative Analysis trascrittoma

Plant seeds accumulate large amounts of storage reserves comprising biodegradable organic matter. Humans rely on seed storage reserves for food and as ...

L'obiettivo generale di questa procedura è estrarre l'RNA ad alta purezza dai semi delle piante. Questo metodo può aiutare a rispondere a domande chiave nel campo della biologia dei cereali, come la comprensione dei profili genetici, contenenti le trascrizioni originali nei semi. Il vantaggio principale di questa tecnica è che i ricercatori sono in grado di preparare RNA altamente purificato con lievi modifiche al metodo basato sulla colonna di spin.In generale, gli individui che non conoscono questo metodo avranno difficoltà perché l'elevata quantità di oli, proteine, carboidrati e polifenoli nel setaccio anteriore rende difficile isolare l'RNA altamente purificato; A dimostrare la procedura sarà Kazumi Hikino, un tecnico del nostro laboratorio. Per iniziare l'esperimento, aggiungere l'uno per cento in peso per volume di PVP di grado di biologia molecolare al tampone di lisi cellulare per l'estrazione dell'RNA e agitare vigorosamente la miscela. Incubare il PVP per 20 minuti a 25 gradi Celsius per scioglierlo completamente.Dopo 20 minuti di incubazione, mescolare delicatamente il tampone capovolgendo la provetta per evitare la formazione di bolle. Raccogli i frutti dalle piante di Arabidopsis thaliana e mettili in due tubi di polipropilene da 1,5 millimetri su ghiaccio, quindi posiziona i frutti su piastre di alluminio mantenute a quattro gradi Celsius e isola i semi dai frutti sotto uno stereomicroscopio. Successivamente, metti circa 200 semi isolati in tubi di polipropilene da 1,5 millilitri che sono stati precedentemente conservati in una griglia di alluminio sul ghiaccio e metti immediatamente i tubi in azoto liquido.Togliete i tubi dall'azoto liquido e rimetteteli sulla griglia di alluminio con ghiaccio. Aggiungere 100 microlitri di tampone PVP all'uno per cento a ciascuna provetta e centrifugare le provette per un minuto a 1000 volte G, a quattro gradi Celsius. Dopo la centrifugazione, omogeneizzare il campione con un pestello in acciaio inox utilizzando un trituratore a motore per 60 secondi mantenendo la provetta nella rastrelliera di alluminio sul ghiaccio; quindi, aggiungere 550 microlitri di tampone 100%PVP e capovolgere delicatamente la provetta per miscelare e incubare la provetta.Dopo l'incubazione, centrifugare la soluzione, quindi trasferire 550 microlitri di surnatante in una nuova provetta di polipropilene da 1,5 millimetri e centrifugare il surnatante. Trasferire 450 microlitri di surnatante in un nuovo tubo di polipropilene da 1,5 millimetri. Utilizzare il surnatante come lisato cellulare per l'estrazione dell'RNA utilizzando un kit disponibile in commercio.Preparare una griglia di alluminio con ghiaccio e scongelare la miscela di RNA totale picchiettando delicatamente, quindi posizionare la provetta sulla griglia. Misurare la concentrazione di RNA utilizzando uno spettrofotometro a microvolume. Quindi diluire l'RNA totale in acqua priva di RNasi.Scongelare l'RNA totale e i set di tamponi dal kit commerciale, mantenere gli enzimi del kit sul ghiaccio dopo una delicata picchiettatura. Preparare provette sterilizzate in polipropilene da 0,2 millilitri prive di nucleasi per le successive analisi. Sul ghiaccio, combinare cinque microlitri di RNA totale, un microlitro o 50 micromolari di primer oligo DT e un microlitro, o 50 micromolari casuali six-mer nel tubo di polipropilene da 0,2 millilitri.Incubare la miscela per 15 minuti a 37 gradi Celsius, quindi posizionare la provetta sul ghiaccio. Regolare le concentrazioni di plasmidi per i modelli di DNA per le curve standard. Successivamente, diluire le soluzioni di CDNA da uno a 100 con acqua distillata, quindi aggiungere due microlitri delle soluzioni di CDNA diluite e i plasmidi precedentemente preparati per le curve standard alla miscela master dal kit di PCR quantitativa in tempo reale.Infine, imposta la PCR in tempo reale e inserisci i campioni. L'RNA totale è stato isolato da circa 1.000 semi utilizzando concentrazioni variabili di tampone di lisi cellulare, PVP. Le quantità e la purezza degli RNA isolati dimostrano che l'1,0% di PVP è la concentrazione più efficace per isolare grandi quantità di RNA purificato dai semi.Le concentrazioni, i rapporti A260 e A280 e i rapporti A260 A230 dell'RNA isolato da 200 semi hanno dimostrato che questo metodo era il migliore per isolare l'RNA altamente purificato da otto e 12 giorni dopo la fioritura, o semi DAF. Sebbene le quantità di trascritti rugosi e zucchero-dipendenti siano relativamente basse nei semi in via di sviluppo, è stato possibile rilevare i cambiamenti di espressione tra i semi in diversi stadi di sviluppo tramite PCR in tempo reale; Questo metodo è adatto anche per altri semi oleosi, come dimostrato in questa tabella. Dopo il suo sviluppo, questa tecnica ha aperto la strada ai ricercatori nel campo della biologia vegetale per esplorare i profili di espressione genica in alta concentrazione di riserve immagazzinate, come semi e frutti.

an-efficient-method-for-isolation-highly-purified-rna-from-seeds-for

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biochemistry

Biochimica

Riportiamo un metodo semplice ed efficace per isolare gli embrioni nelle prime fasi di sviluppo...

Isolamento efficiente e rapida di embrioni nelle prime fasi di<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Semi

Questo protocollo descrive un metodo per l'estrazione di piccoli RNA da siero umano. Abbiamo usato questo metodo per isolare microRNA da siero cancro per uso in matrici di DNA e anche singleplex PCR quantitativa. Il protocollo utilizza fenolo e guanidina tiocianato reagenti con modifiche a produrre RNA di alta qualità.

Isolamento dei Piccoli RNA non codificanti dal siero umano

Analisi dell'espressione genica di un sottogruppo di cellule in un tessuto specifico rappresenta una grande sfida. In questo articolo si descrive come isolare RNA totale di alta qualità da una popolazione di cellule specifiche, combinando un metodo immunomarcatura rapida con microdissezione laser.

RNA isolamento da cellulari sottopopolazioni specifiche utilizzando laser-capture Microdissection combinazione con Rapid immunomarcatura

Questo manoscritto descrive un approccio per isolare RNP affini selezionati formati in cellule eucariotiche tramite uno specifico arricchimento diretto da oligonucleotidi. Dimostriamo l'applicabilità di questo approccio isolando un RNP affine legato alla regione retrovirale 5' non tradotta che è composta da DHX9/RNA elicasi A.

Isolamento di cognate Complessi RNA-proteina da Cellule con eluizione oligonucleotidi-diretto

Le interazioni RNA-proteina sono al centro di molti processi cellulari. Qui, descriviamo un metodo in vivo per isolare RNA specifico e identificare nuove proteine ad esso associate. Questo potrebbe gettare nuova luce su come gli RNA sono regolati nella cellula.

Novel RNA-Proteine ​​leganti isolamento dalla rapida Metodologia

Vi presentiamo un piccolo protocollo di riparazione della libreria di RNA dettagliato con meno distorsione rispetto ai metodi standard e una maggiore sensibilità per 2'-O-metilRNA. Questo protocollo può essere seguito utilizzando reagenti fatti in casa per risparmiare sui costi o utilizzando kit per comodità.

Migliorare il piccolo RNA-seq: meno Bias e migliore rilevamento di 2'-O-Methyl RNA

Viene presentato un metodo per la profilazione trascrittoma dei cereali. La profilazione dell'espressione genica basata su microarray inizia con l'isolamento dell'RNA totale di alta qualità dai cereali e continua con la generazione di cDNA. Dopo l'etichettatura cRNA e l'ibridazione dei microarray, vengono fornite raccomandazioni per il rilevamento del segnale e il controllo della qualità.

Ottenere dati trascrittomi di alta qualità dai semi di cereali con un metodo modificato per la profilazione dell'espressione genica

Questo protocollo mira a isolare mRNA ribosomiali traslatori specifici per tipo cellulare utilizzando il modello murino NuTRAP.

Isolare RNA specifici del tipo di cellula da campioni di tessuto eterogeneo congelati a scatto senza selezione cellulare

Descriviamo un metodo semplice ma altamente riproducibile per isolare l'RNA extracellulare dalla superficie fogliare e dall'apoplasto delle piante di Arabidopsis.

Una guida passo passo all'isolamento e all'analisi della superficie fogliare e dell'RNA apoplastico utilizzando le rosette di Arabidopsis

Questo protocollo consente il controllo di qualità iniziale per esperimenti di RNA-seq per biologi di laboratorio con esperienza limitata in bioinformatica.

Rup (RNA-seq Usability Assessment Pipeline) - Controllo di qualità per esperimenti di RNA-seq di massa negli eucarioti

Scopri un metodo efficace per isolare RNA altamente purificato da semi vegetali ricchi di oli, proteine e polifenoli. Questa tecnica migliora l'estrazione su colonna con PVP per analisi dell'espressione genica.

Un metodo efficace per l'isolamento di RNA altamente purificato da semi per l'utilizzo in Quantitative Analysis trascrittoma

Esplora altri video