Name: タイル/SED/アレイインターフェースを用いたマルチプレックスイオンビームイメージング顕微鏡における組織マイクロアレイおよびタイル状領域イメージングの迅速なセットアップ (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-09-15T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 15 s
Description: 学ぶマルチプレックスイオンビームイメージング（MIBI）における組織マイクロアレイと連続組織領域の視野設定を迅速化するタイル/SED/アレイインターフェースの使用方法。この直感的なGUIツールは実験効率を向上させます。

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<meta charset="utf8"></head><body>TSAIを用いた組織マイクロアレイイメージングのためのMIBI RUNセットアップの迅速化

<ol><li>Liu, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%3A+Insights+into+Pathobiology%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Pathol%22%5BJournal%5D)">Multiplexed Ion Beam Imaging: Insights into Pathobiology.</a> Annu Rev Pathol. 17, 403-423 (2022).</li>
<li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIBI-TOF%3A+A+multiplexed+imaging+platform+relates+cellular+phenotypes+and+tissue+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">MIBI-TOF: A multiplexed imaging platform relates cellular phenotypes and tissue structure.</a> Sci Adv. 5 (10), 1-16 (2019).</li>
<li>Elhanani, O., Keren, L., Angelo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-Dimensional+Tissue+Profiling+by+Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">High-Dimensional Tissue Profiling by Multiplexed Ion Beam Imaging.</a> Methods Mol Biol. 2386, 147-156 (2022).</li>
<li>Greenwald, N. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-cell+segmentation+of+tissue+images+with+human-level+performance+using+large-scale+data+annotation+and+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Whole-cell segmentation of tissue images with human-level performance using large-scale data annotation and deep learning.</a> Nat Biotechnol. 40 (4), 555-565 (2022).</li>
<li>Risom, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transition+to+invasive+breast+cancer+is+associated+with+progressive+changes+in+the+structure+and+composition+of+tumor+stroma%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Transition to invasive breast cancer is associated with progressive changes in the structure and composition of tumor stroma.</a> Cell. 185 (2), 299.e18-310.e18 (2022).</li>
<li>McCaffrey, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+immunoregulatory+landscape+of+human+tuberculosis+granulomas%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Immunol%22%5BJournal%5D)">The immunoregulatory landscape of human tuberculosis granulomas.</a> Nat. Immunol. 23 (2), 318-329 (2022).</li>
<li>Greenbaum, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+spatially+resolved+timeline+of+the+human+maternal%E2%80%93fetal+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A spatially resolved timeline of the human maternal–fetal interface.</a> Nature. 619 (7970), 595-605 (2023).</li>
<li>Hartmann, F. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+metabolic+profiling+of+human+cytotoxic+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Single-cell metabolic profiling of human cytotoxic T cells.</a> Nat Biotechnol. 39 (2), 186-197 (2021).</li>
<li>Patwa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+imaging+analysis+of+the+tumor-immune+microenvironment+reveals+predictors+of+outcome+in+triple-negative+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Multiplexed imaging analysis of the tumor-immune microenvironment reveals predictors of outcome in triple-negative breast cancer.</a> Commun Biol. 4 (1), 852(2021).</li>
<li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Structured+Tumor-Immune+Microenvironment+in+Triple+Negative+Breast+Cancer+Revealed+by+Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A Structured Tumor-Immune Microenvironment in Triple Negative Breast Cancer Revealed by Multiplexed Ion Beam Imaging.</a> Cell. 174 (6), 1373.e19-1387.e19 (2018).</li>
<li>Vijayaragavan, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+spatial+proteomic+imaging+for+human+neuropathology%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Neuropathol.+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell spatial proteomic imaging for human neuropathology.</a> Acta Neuropathol. Commun. 10 (1), 158(2022).</li>
<li>GitHub - angelolab/toffy: Scripts for interacting with and generating data from the commercial MIBIScope. (n.d.). , https://github.com/angelolab/toffy (2023).</li>
<li>Web Hypertext Application Technology Working Group (WHATWG). (n.d.). HTML Living Standard. , from https://html.spec.whatwg.org/multipage (2023).</li>
<li>ECMA International. (n.d.). ECMAScript 2022 Language Specification. , https://www.ecma-international.org/publications-and-standards/standards/ecma-262 (2023).</li>
<li>World Wide Web Consortium (W3C). (n.d.). Cascading Style Sheets (CSS). , from https://www.w3.org/Style/CSS/Overview.en.html (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>MIBIコンピュータ</td><td>Ionpath</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MIBIcontrol(ソフトウェア)</td><td>Ionpath</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MIBIscope</td><td>Ionpath</td><td></td><td>Multiplexed Ion Beam Imaging(MIBI)顕微鏡</td></tr><tr><td>MIBIslide</td><td>Ionpath</td><td>Ionpath 567001</td><td>MIBI</td></tr><tr><td>Tile/SED/Array Interface(TSAI)用導電性スライド(ソフトウェア)</td><td></td><td>https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/</td><td></td></tr></tbody></table>

タイル/sed/アレイインターフェースを用いたマルチプレックスイオンビームイメージング顕微鏡における組織マイクロアレイおよびタイル状領域イメージングの迅速なセットアップ 

Rapid Setup of Tissue Microarray and Tiled Area Imaging on the Multiplexed Ion Beam Imaging Microscope Using the Tile/SED/Array Interface

TSAI には、FOV を設定するための 2 つの方法が用意されています (図 2)。1つは光学画像(図2、TSAI、左枝)のみを使用し、他の既存の方法と同様に使用します。2 つ目の方法であるタイル化された SED イメージの生成は、TSAI に固有のものです (図 2、TSAI、右の分岐)。TSAIはこの画像にFOVを正確に描画するため、メーカーのインターフェースSEDモードでFOVを所定の位置に押し込むのに何時間も費やす必要がなくなります。ただし、SEDタイリングの補正係数を適切に設定しないと、結果のFOV位置が正確でなくなる可能性があります。
SEDタイリング係数は、サイズが1.5 cm以上の大きな組織切片のタイルSEDスキャンを検査することで評価できます(ステップ4.1から4.11)。適切なセットアップの期待される結果は、隣接するタイル間の組織内のミスアライメントが最小限に抑えられた画像です(図<...

タイル/SED/アレイインターフェースを用いたマルチプレックスイオンビームイメージング顕微鏡における組織マイクロアレイおよびタイル状領域イメージングの迅速なセットアップ 

Multiplexed ion beam imaging (MIBI) is a next-generation mass spectrometry-based microscopy technique&#160;that generates 40+ plex images of protein ...

rapid-setup-tissue-microarray-tiled-area-imaging-on-multiplexed-ion

Research

JoVE Journal

Biology

生物学

ホルマリン固定癌組織標本の腫瘍免疫研究の自動多重蛍光パネル

詳細な指示は、タイル (HIST) 顕微鏡と 1...

高傾斜の構築ガイド拡張ビュー フィールドの単一分子イメージング用タイル顕微鏡を掃引

配列断層撮影サンプルとして使用するための大きな転写サポートに関するシリアルセクションのリボンの作成と、走査型電子顕微鏡での自動イメージング手順について説明します。このプロトコルにより、局所的なまれな事象のスクリーニング、検索、および標的画像処理、および大量のデータ量の取得が可能になります。...

走査型電子顕微鏡を用いたボリューム情報の標的取得のためのアレイ断層化ワークフロー

多重バーコード画像解析により、最近、腫瘍微小環境の特性評価が改善され、細胞組成、機能状態、および細胞間相互作用の包括的な研究が可能になりました。本明細書では、高次元画像解析技術の使用を可能にする、オリゴヌクレオチド結合抗体およびサイクルイメージングのバーコードを用いた染色およびイメージングプロトコルについて説明する。...

パラフィン組織サンプルの単一細胞分析における免疫プロファイリングと空間マッピングの特性評価のための多重バーコード画像解析(英語)

本稿では、チラミドシグナル増幅(TSA)マルチプレックス免疫蛍光法(mIF)と画像解析および空間解析を組み合わせたプロトコルについて説明します。このプロトコルは、実験室で利用可能なスライドスキャナーに応じて、スライドごとに2〜6個の抗原を染色するために、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)セクションで使用できます。...

腫瘍微小環境の臨床的および生物学的評価のための空間画像解析と組み合わせたマルチプレックス免疫蛍光法

このプロトコルはマウスの肺静脈の顕微鏡検査導かれた隔離そしてimmunofluorescenceの汚損を示す。左心房、肺静脈、および対応する肺を含む組織サンプルを調製し、心臓トロポニンTおよびコネキシン43について染色します。...

マウス肺静脈における心筋スリーブの微小解剖および免疫蛍光染色

この方法は、ARL13B-CENTRIN-2トランスジェニックマウスモデルにおける内因性シグナルの利用により、組織収集から繊毛組織の解析まで、石灰化組織の広い領域にわたって一次繊毛 をin situでイメージングする方法を示しています。このプロトコルは、他の種類の組織にも適用できます。...

ARL13B-CENTRIN-2マウスモデルを用いた筋骨格組織における原発性繊毛の体積イメージングと解析

この記事では、腹膜転移の三次元構造を特徴付けるために最適化されたマルチプレックス免疫蛍光法のプロトコルについて説明します。...

反復漂白法を用いた担腫瘍組織の三次元イメージングは、マルチプレキシック性アプローチを拡張します

手動IBEX法による低コストで汎用性の高い光照射技術の実装により、有意な天然自家蛍光でヒト組織の最適なイメージングが可能になります。このプロトコルでは、倒立顕微鏡、広く利用可能な試薬、および画像のアライメントと処理のためのオープンソースソフトウェアを使用して、アーカイブされた臨床サンプルからマルチプレックス化されたホールスライド画像を取得する方法を詳しく説明しています。...

反復漂白に最適化されたワークフローにより、高自家蛍光の臨床サンプルのマルチプレキシティイメージングが拡張されます

このプロトコルは、ホルマリン固定パラフィン包埋組織切片におけるタンパク質イメージングマスサイトメトリーによるマルチプレックスmRNA検出の方法論を詳述しています。...

デュアルモダリティ分子地図作成:マルチプレックスmRNA検出とタンパク質イメージングマスサイトメトリーの統合

スペクトル共焦点顕微鏡を使用したハイプレックスイメージングにより、非特異的組織蛍光を最小化

学ぶマルチプレックスイオンビームイメージング（MIBI）における組織マイクロアレイと連続組織領域の視野設定を迅速化するタイル/SED/アレイインターフェースの使用方法。この直感的なGUIツールは実験効率を向上させます。

タイル/SED/アレイインターフェースを用いたマルチプレックスイオンビームイメージング顕微鏡における組織マイクロアレイおよびタイル状領域イメージングの迅速なセットアップ

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