Name: 양 사체 (Transcriptome) 분석에있는 사용을위한 씨앗에서 매우 정제 된 RNA의 분리를위한 효율적인 방법 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-01-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 31 s
Description: 학습하세요 식물 씨앗에서 고순도 RNA를 분리하는 효율적인 방법을. 스핀 컬럼 기법을 개선하여 기름, 단백질, 폴리페놀 등의 방해 물질을 극복하고 전사체 분석을 위한 고품질 RNA를 확보합니다.

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우리는 기능 유전체학 시설과 분광법 및 Bioimaging 시설, NIBB 핵심 연구 시설 및 모델 식물 연구 시설, NIBB 생물 자원 센터의 직원을 감사드립니다.

식물 씨앗에서 총 RNA 1. 추출 <ol><li> 버퍼 세트, 스핀 열, 1.5 및 2.0 mL의 폴리 프로필렌 튜브 및 뉴 클레아없는 1.5 ML의 폴리 프로필렌 튜브를 준비합니다. </li><li> (V / W) (이하, PVP라고 함), 분자 생물학 등급의 폴리 비닐 피 롤리 돈을 적극적 RNA 추출 및 와류에 대한 용해 완충액 셀 1 % 추가. 완전히 용해시키기 위해 25 ℃에서 20 분 동안 인큐베이션. 20 분 배양 후, 기포의 형성을 방지하기 위해 거꾸로 튜브를 부드럽게 돌려서 버퍼를 섞는다. 사용하기 전에 실내 온도 (15-25 °에 C)에 보관하십시오. </li><li> 얼음에 1.5 mL의 폴리 프로필렌 튜브에 애기 장대 식물과 장소에서 수확 과일입니다. 알루미늄 판에 장소 과일 4 ° C로 유지하고 스테레오 현미경 열매에서 씨앗을 격리 할 것. <ol><li> 액 N의 튜브를 배치 즉시 얼음에 알루미늄 랙에 저장되어있는 1.5ml의 폴리 프로필렌 튜브로 절연 종자 (종자 약 200)를 놓고itrogen. </li></ol></li><li> 액체 질소에서 튜브를 제거하고 얼음에 알루미늄 랙에 반환. 4 ° C에서 1,000 XG에서 1 % 1 분 동안 PVP와 원심 분리기를 포함하는 버퍼 100 μL를 추가합니다. </li><li> 얼음 알루미늄 랙 튜브를 유지하면서 60 초 동안 모터 분쇄기를 사용하여 스테인리스 봉과 시료 균질화. </li><li> 1 % PVP를 함유하는 완충액 550 μL를 추가 거꾸로 튜브를 돌려 버퍼를 부드럽게 혼합하고 25 ° C에서 10 분 동안 배양한다. </li><li> 5 25 ° C에서 8,000 XG에 분하고 새로운 1.5 ML의 폴리 프로필렌 튜브로 전송 상층 액 550 μL에 대한 원심 분리기. </li><li> 5 25 ° C에서 10,000 XG에 분하고 새로운 1.5 ML의 폴리 프로필렌 튜브로 전송 상층 액 450 μL에 대한 원심 분리기. </li><li> RNA 추출을위한 세포 용 해물로 뜨는을 사용합니다. 이하, 시판 키트 제조업체의 지침에 설명 된 절차를 따르십시오. </li><li> 용출RNA는 낮은 수준의 전 사체의 발현 양상을 모니터링하기 위해 RNA의 충분히 높은 농도를 확인하기 위해 용출 버퍼의 최소량을 사용. 사용까지 깊은 냉동고에서 RNA를 저장합니다. </li></ol> RNA 품질의 2. 확인 <ol><li> 총 RNA를 녹여 부드러운 도청에 의해 혼합하고 얼음에 알루미늄 랙에 튜브를 배치합니다. </li><li> microvolume 분광 광도계를 사용하여 RNA 농도 A260 / A280 비율 및 A260 / A230의 비율을 측정한다. </li><li> 70 NG / μL 최종 농도의 RNase가없는 물에서 총 RNA를 희석한다. </li></ol> 씨앗에서 총 RNA의 3 역전사 <ol><li> 상업 키트에서 총 RNA와 버퍼 세트를 해동. 부드러운 태핑 후 얼음에 키트에서 효소를 유지합니다. 클레아없는 0.2 ML의 폴리 프로필렌 튜브를 준비합니다. </li><li> 0.2 ML의 polypropy 5 총 RNA의 μL, 1 μL 올리고의 DT 프라이머 (50 μM), 1 임의의 μM 6 량체 (50 μM)를 추가얼음 렌 튜브. </li><li> 37 ºC에서 15 분 동안 품어과 얼음에 배치합니다. </li><li> 이하, 역전사-PCR 키트 제조업체의 지침에 설명 된 절차를 따르십시오. </li><li> 사용하기 전에 얼음에 역전사 제품을 놓습니다. </li></ol> 4. 정량적 실시간 PCR 분석 <ol><li> 제조자의 프로토콜을 사용하여 표적 유전자 서열을 보유하는 플라스미드를 구축. </li><li> 표준 곡선에 대한 DNA 템플릿 100-500,000 복사 / μL로 농도를 조절합니다. </li><li> 증류수로 다음의 cDNA 솔루션 (100 일)을 희석. </li><li> 이 희석 된 cDNA 솔루션의 μL 및 정량적 실시간 PCR 키트에서 마스터 믹스로 표준 곡선의 플라스미드를 추가합니다. </li><li> 30 초 동안 95 ° C 다음 5 초 동안 95 ° C에서 40주기와 35 초 동안 60 ° C : 다음 사이클링 조건을 사용하여 실시간 PCR을 설정합니다. </li><li> 사람에 따라 복사 번호 분석실시간 PCR 시스템 제조 회사의 지시. </li></ol>

<ol><li>Hills, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+storage-product+synthesis+in+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Control of storage-product synthesis in seeds.</a> Curr Opin Plant Biol. 7 (3), 302-308 (2004).</li>
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</ol>

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유전자 발현 프로파일은 식물 생리에 대한 우리의 이해에 기여; 따라서, 특정 RNA 분리 방법은 각각의 샘플 조건 9-12 개발되었다. 우리는 씨앗에서 RNA 분리하는 동안 억제와 RNA는 실리카 막에 결합하는 것은 심각하게 저해 것을 발견 과정을 조사 하였다. 오일, 단백질, 폴리 페놀 다량의 RNA 분리를 억제한다. 우리는 RNA 실리카 막에 결합하는 과정 전에 분해 용액으로 이들 화합물을 제거하는 RNA 추출 과정을 수정. 중요한 변형 (1.7 단계 1.8) 1 % PVP (단계 1.2) 원심 분해 용액의 상청액 수집의 첨가를 포함했다. 1 % PVP의 추가의 목적은 폴리 페놀을 제거하는 것이다. 우리가 사용하는 PVP의 효과적인 농도를 조사하고, 1 % PVP이 프로세스에 가장 효과적인 농도 인 것을 확인했다. 원심 분리를 용해 액 상등액을 수집 목적오일 및 단백질을 제거하는 것이다. 상등액을 상등액 오일 층과 튜브의 펠렛을 유지 않도록주의를 수집한다. 이러한 두 가지 간단한 변형 대폭 중간에 씨앗 ...

식물은 다음 세대를 야기 종자를 생산한다. 씨앗은 후 germinative 성장을위한 오일, 탄수화물, 단백질, 같은 저장 매장량의 많은 양의 축적. 인간은 식품 및 동물 사료의 소스로 종자 저장 보유고를 활용, 따라서 식물 씨앗은 전 세계적으로 식용 유기 물질의 주요 공급 업체 중 하나입니다. 종자 생산량 증가는 식물 과학에서 중요한 도전이다. 종자 저장 매장량 식품 및 산업용 소재의 상업적 가치있는 소스이기 때문에, 이러한 매장량의 신진 대사의 규제를 기본 분자 메커니즘 널리 1-6 조사되었다. 또한 이러한 메커니즘을 해명하는 것은 작물 종자 수확량을 증가 도움이 될 것입니다. 씨앗은 수정 후 식물의 난소에서 개발, 그들은 발달 단계 1,6,7의 시리즈를 통해 성숙. 또한 분자 메커니즘 기본 종자 개발을 이해하는 상세한 필요씨앗, 현상하는 일련의 정확한 유전자 발현 프로파일을 생성한다. 그러나, 식물의 씨앗 오일, 단백질, 탄수화물, 폴리 페놀의 다량 어려운 유전자 발현의 정확한 프로파일을 배제 고순도 RNA를 분리 할 수 ​​있습니다. 여기서는 오일, 단백질, 폴리 페놀을 다량 함유 종자로부터 RNA를 분리하기위한 효율적인 방법을 소개한다. 이 방법을 사용하여, 연구자는 고도로 정제 된 RNA를 제조 할 수있을 것이다. 이러한 RNA 개발 및 성숙 종자에서 종자 저장 매장량의 대사 조절을 제어하는 ​​핵심 유전자의 전사 변화를 모니터링하는 데 유용 할 것입니다.

<table><tbody><tr><td>RNeasy Plant Mini Kit</td><td>QIAGEN</td><td>74904</td><td></td></tr><tr><td>폴리비닐피롤리돈</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P5288-100G</td><td></td></tr><tr><td>Homogenizer S-303</td><td>AS ONE</td><td>1-1133-02</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop Lite</td><td>Thermo Scientific</td><td>ND-NDL-US-CAN</td><td></td></tr><tr><td>PrimeScript RT 시약 키트(Perfect Real Time)</td><td>TAKARA</td><td>RR037A</td><td></td></tr><tr><td>KAPA SYBR 빠른 qPCR 키트</td><td>Kapa biosystems</td><td>KK4601</td><td></td></tr></tbody></table>

양 사체 (transcriptome) 분석에있는 사용을위한 씨앗에서 매우 정제 된 rna의 분리를위한 효율적인 방법

An Efficient Method for the Isolation of Highly Purified RNA from Seeds for Use in Quantitative Transcriptome Analysis

식물 씨앗은 생분해성 유기물로 구성된 많은 양의 저장 매장량을 축적합니다. 인간은 식량과 산업 자재를 위해 종자 저장 창고에 의존합니다. 유전자 발현 프로파일은 식물 세포의 대사 조절을 조사하기 위한 강력한 도구입니다. 따라서 작물 육종을 위해서는 종자 발달 중 상세하고 정확한 유전자 발현 프로파일이 필요합니다. 고도로 정제된 RNA를 획득하는 것은 이러한 프로파일을 생성하는 데 필수적입니다. 종자에서 고도로 정제된 RNA를 분리하기 위해서는 효율적인 방법이 필요합니다. 여기에서는 고순도 RNA 분리에 억제 효과가 있는 다량의 오일, 단백질 및 폴리페놀이 포함된 종자에서 RNA를 분리하는 방법을 설명합니다. 당사의 방법을 사용하면 페놀, 클로로포름 또는 RNA 정제를 위한 추가 공정을 사용하지 않고도 종자에서 고도로 정제된 RNA를 얻을 수 있습니다. 이 방법은 애기장대, 유채씨 및 콩 종자에 적용할 수 있습니다. 우리의 방법은 개발 및 성숙한 종자에서 낮은 수준의 전사체의 발현 패턴을 모니터링하는 데 유용할 것입니다.

우리는 먼저 애기 장대 성숙한 씨앗을 사용하여 PVP의 최적 농도를 조사 하였다. 총 RNA는 0 %, 0.25 %, 0.5 %, 1.0 % 또는 2.0 %의 PVP를 함유하는 세포 용해 완충액을 이용하여 전술 한 프로토콜에 따라 약 1,000 종자로부터 단리 하였다. 오일 층과 시드 파편 (도 1A)를 피하면서 균질화하고, 원심 분리 후 상청을 회수 하였다. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/55008/55008fig1.jpg" /> 도 1 : 세포 용해 완충액에서 최적의 폴리 비닐 피 롤리 돈 농도 추정. 총 RNA는 PVP의 상이한 농도를 함유하는 세포 용해 완충액으로 추출 하였다. (A)<...

우리는 고순도 RNA 분리에 억제 효과가 있는 다량의 오일, 단백질 및 폴리페놀이 포함된 식물 종자에서 RNA를 분리하는 방법을 확립하는 데 성공했습니다. 우리의 방법은 종자에서 낮은 수준의 전사체를 가진 유전자의 발현을 모니터링하는 데 적합합니다.

양 사체 (Transcriptome) 분석에있는 사용을위한 씨앗에서 매우 정제 된 RNA의 분리를위한 효율적인 방법

Plant seeds accumulate large amounts of storage reserves comprising biodegradable organic matter. Humans rely on seed storage reserves for food and as ...

이 절차의 전반적인 목표는 식물 종자에서 고순도 RNA를 추출하는 것입니다. 이 방법은 씨앗의 원래 전사체를 포함하는 유전자 프로필의 이해와 같은 곡물 생물학 분야의 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 연구자들이 스핀 컬럼 기반 방법을 약간 수정하여 고순도 RNA를 준비할 수 있다는 것입니다.일반적으로 이 방법을 처음 사용하는 개인은 체 앞에 있는 많은 양의 오일, 단백질, 탄수화물 및 폴리페놀이 고도로 정제된 RNA를 분리하기 어렵게 만들기 때문에 어려움을 겪을 것입니다. 절차를 시연하는 것은 우리 실험실의 기술자인 Kazumi Hikino가 맡을 것입니다. 실험을 시작하려면 RNA 추출을 위한 세포 용해 버퍼에 부피 분자 생물학 등급 PVP당 1%의 중량을 추가하고 혼합물을 격렬하게 와류화합니다. PVP를 섭씨 25도에서 20분 동안 배양하여 완전히 용해시킵니다.20분 배양 후 거품이 생기지 않도록 튜브를 거꾸로 뒤집어 완충액을 부드럽게 혼합합니다. 애기장대(Arabidopsis thaliana) 식물에서 과일을 수확하여 얼음 위에 올려 놓은 두 개의 1.5mm 폴리프로필렌 튜브에 넣은 다음 과일을 섭씨 4도로 유지되는 알루미늄 판에 놓고 실체 현미경으로 과일에서 씨앗을 분리합니다. 다음으로, 약 200개의 분리된 씨앗을 이전에 얼음 위의 알루미늄 랙에 보관했던 1.5ml 폴리프로필렌 튜브에 넣고 즉시 튜브를 액체 질소에 넣습니다.액체 질소에서 튜브를 제거하고 얼음 위의 알루미늄 랙에 다시 넣습니다. 각 튜브에 100마이크로리터의 1% PVP 버퍼를 추가하고 섭씨 4도에서 1000배 G로 1분 동안 튜브를 원심분리합니다. 원심분리 후 모터 그라인더를 사용하여 스테인리스 스틸 유봉으로 샘플을 균질화하면서 튜브를 얼음 위의 알루미늄 랙에 보관합니다. 다음으로, 550마이크로리터의 100%PVP 버퍼를 추가하고 튜브를 부드럽게 거꾸로 뒤집어 튜브를 혼합하고 배양합니다.배양 후 용액을 원심 분리한 다음 550마이크로리터의 상층액을 새로운 1.5mm 폴리프로필렌 튜브로 옮기고 상등액을 원심분리합니다. 450마이크로리터의 상층액을 새로운 1.5mm 폴리프로필렌 튜브로 옮깁니다. 상등액을 시판되는 키트를 사용하여 RNA 추출을 위한 세포 용해물로 사용합니다.얼음 위에 알루미늄 랙을 준비하고 부드럽게 두드려 전체 RNA 혼합물을 해동한 다음 튜브를 랙에 놓습니다. 마이크로볼륨 분광 광도계를 사용하여 RNA 농도를 측정합니다. 그런 다음 RNase가 없는 물에 총 RNA를 희석합니다.시판 키트에서 전체 RNA와 완충액 세트를 해동하고 부드럽게 두드린 후 키트의 효소를 얼음 위에 보관하십시오. 후속 분석을 위해 멸균된 뉴클레아제가 없는 0.2밀리리터 폴리프로필렌 튜브를 준비합니다. 얼음 위에서 총 RNA 5마이크로리터, 올리고 DT 프라이머 1마이크로리터 또는 50마이크로몰, 0.2밀리리터 폴리프로필렌 튜브에 1마이크로리터 또는 50마이크로몰 랜덤 6-mer를 결합합니다.혼합물을 섭씨 37도에서 15분 동안 배양한 다음 튜브를 얼음 위에 놓습니다. 표준 곡선에 대한 DNA 템플릿의 플라스미드 농도를 조정합니다. 다음으로, CDNA 용액을 증류수로 1에서 100까지 희석한 다음 2마이크로리터의 희석된 CDNA 용액과 표준 곡선을 위해 이전에 준비된 플라스미드를 정량적 realtime PCR 키트의 마스터 믹스에 추가합니다.마지막으로 realtime PCR을 설정하고 샘플을 삽입합니다. 총 RNA는 세포 용해 완충액, PVP의 다양한 농도를 사용하여 대략 1, 000의 종자에서 고립되었다. 분리된 RNA의 양과 순도는 1.0%PVP가 종자에서 다량의 정제된 RNA를 분리하는 가장 효과적인 농도임을 보여줍니다.200개의 종자에서 분리된 RNA의 농도, A260 및 A280 비율, A260 A230 비율은 이 방법이 개화 후 8일 및 12일 또는 DAF 종자에서 고도로 정제된 RNA를 분리하는 데 가장 적합하다는 것을 보여주었습니다. 종자 발달 시 주름진 것과 설탕 의존성 전사체의 양은 상대적으로 적지만, realtime PCR을 통해 서로 다른 발달 단계에서 종자 간의 발현 변화를 감지할 수 있었습니다. 이 방법은 이 표에서 설명한 것처럼 다른 기름 종자에도 적합합니다. 개발 후 이 기술은 식물 생물학 분야의 연구자들이 종자 및 과일과 같은 고농도의 저장된 매장량에서 유전자 발현 프로파일을 탐구할 수 있는 길을 열었습니다.

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에서 초기 단계의 배아의 효율적이고 신속한 분리<em&gt; 애기 장대</em&gt; 씨앗

이 프로토콜은 인간 혈청에서 작은 RNA를 추출하는 방법을 설명합니다. 우리는 DNA 배열에 사용하기 위해 암 혈청에서 마이크로 RNA를 분리하고 또한 singleplex 정량 PCR이 방법​​을 사용했습니다. 프로토콜은 고품질의 RNA를 수득 수정하여 페놀 및 아니 디늄 티오 시아 네이트 시약을 이용한다.

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올리고 뉴클레오티드 지시 용출을 사용하여 세포에서 동족 RNA 단백질 단지의 분리

RNA-단백질 상호 작용은 많은 세포 과정의 핵심에 있습니다. 여기에서는 특정 RNA를 분리하고 이와 관련된 새로운 단백질을 식별하는 in vivo 방법에 대해 설명합니다. 이것은 RNA가 세포에서 어떻게 조절되는지에 대한 새로운 빛을 비출 수 있습니다.

빠른 방법론에 의해 소설 RNA 결합 단백질 분리

Endogenously 구성 된 mRNA 단백질 복합물의 복구에 대 한 협동 RNA 격리 절차 (여행) 설명 되어 있습니다. 특히, RNA-단백질 복합물 가교 된에서 vivo에서, polyadenylated RNAs는 격리 oligo(dT) 구슬, 추출 물 이며 특정 한 mRNAs와 수정 된 RNA 센스 oligonucleotides 캡처됩니다. 단백질 mRNAs에 바인딩된 immunoblot 분석에 의해 검색 됩니다.

진 핵 세포 mRNA 단백질 복합물을 복구 하는 Oligonucleotide 기반 협동 RNA 격리 절차

곡물의 전사체 프로파일링을위한 방법이 제시된다. 마이크로어레이 기반 유전자 발현 프로파일링은 시리얼 곡물로부터 고품질의 총 RNA를 분리하는 것으로 시작하여 cDNA 생성을 계속합니다. cRNA 라벨링 및 마이크로어레이 혼성화 후 신호 감지 및 품질 관리를 위한 권장 사항이 제공됩니다.

유전자 발현 프로파일링을 위한 수정된 방법으로 시리얼 씨앗에서 고품질 전사 데이터 획득

이 프로토콜은 NuTRAP 마우스 모델을 사용하여 세포 유형 특이적 번역 리보솜 mRNA를 분리하는 것을 목표로 합니다.

세포 분류 없이 스냅 동결 이종 조직 샘플에서 세포 유형 특이적 RNA 분리

이 프로토콜은 온전한 대두 결절로부터 진핵 폴리솜 정제를 위한 방법을 기술한다. 시퀀싱 후, 유전자 발현 분석을 위한 표준 파이프라인을 사용하여 전사체 및 트랜스라톰 수준에서 차등적으로 발현된 유전자를 식별할 수 있습니다.

대두 공생 결절에서 폴리솜 정제

우리는 애기장대 식물의 잎 표면과 아포라스트에서 세포외 RNA를 분리하는 간단하면서도 재현성이 높은 방법을 설명합니다.

애기장대 로제트를 이용한 잎 표면 및 아포플라스틱 RNA의 분리 및 분석에 대한 단계별 가이드

이 프로토콜은 생물정보학 경험이 제한된 습식 실험실 생물학자를 위한 RNA-seq 실험에 대한 초기 품질 관리를 허용합니다.

Rup(RNA-seq 사용성 평가 파이프라인) - 진핵생물의 대량 RNA-seq 실험을 위한 품질 관리

학습하세요 식물 씨앗에서 고순도 RNA를 분리하는 효율적인 방법을. 스핀 컬럼 기법을 개선하여 기름, 단백질, 폴리페놀 등의 방해 물질을 극복하고 전사체 분석을 위한 고품질 RNA를 확보합니다.

양 사체 (Transcriptome) 분석에있는 사용을위한 씨앗에서 매우 정제 된 RNA의 분리를위한 효율적인 방법

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