Name: Zautomatyzowana kwantyfikacja i analiza procedur zliczania komórek za pomocą wtyczek ImageJ (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-17T15:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 1 s
Description: Poznaj zautomatyzowaną kwantyfikację komórek za pomocą wtyczek ImageJ do analizy hemocytometru oraz testów migracji i inwazji. Ta metoda zapewnia szybkie i precyzyjne zliczanie z wieloma narzędziami analizy.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Ta praca była wspierana przez Kanadyjski Instytut Badań nad Zdrowiem do CP (OR 142730 i OR 89931). Chcielibyśmy podziękować Jelenie Brkic za jej początkowy pomysł na analizę cząstek binarnych w ImageJ.

<ol><li>Ricardo, R., Phelan, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Counting+and+Determining+the+Viability+of+Cultured+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Counting and Determining the Viability of Cultured Cells.</a> J. Vis. Exp. (16), e752(2008).</li>
<li>JoVE Science Education Database. Using a Hemacytometer to Count Cells. Basic Methods in Cellular and Molecular Biology. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://www.jove.com/science-education/5048/using-a-hemacytometer-to-count-cells">https://www.jove.com/science-education/5048/using-a-hemacytometer-to-count-cells</a> (2016).</li>
<li>Graham, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+coulter+principle%3A+foundation+of+an+industry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Lab.+Autom%22%5BJournal%5D)">The coulter principle: foundation of an industry.</a> J. Lab. Autom. 8 (6), 72-81 (2003).</li>
<li>Ormerod, M. G., Imrie, P. R. Flow cytometry. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aOrmerod%2C+MG+%22Animal+Cell+Culture%22">Animal Cell Culture</a>. Walker, J. M., Pollard, J. W. , Humana Press. 543-558 (1990).</li>
<li>Eliceiri, K. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biological+Imaging+Software+Tools%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Biological Imaging Software Tools.</a> Nat. Methods. 9 (7), 697-710 (2013).</li>
<li>Louis, K. S., Siegel, A. C. Cell viability analysis using Trypan blue: manual and automated methods. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLouis%2C+KS+%22Mammalian+Cell+Viability%3A+Methods+and+Protocols%22">Mammalian Cell Viability: Methods and Protocols</a>. Stoddart, J. M. , Humana Press. 7-12 (2011).</li>
<li>Scott, W. N. Invasion and motility assays. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aScott%2C+WN+%22Cancer+Cell+Culture%3A+Methods+and+Protocols%22">Cancer Cell Culture: Methods and Protocols</a>. Langdon, S. P. , Humana Press. 225-229 (2004).</li>
<li>Justus, C. R., Leffler, N., Ruiz-Echevarria, M., Yang, L. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+Cell+Migration+and+Invasion+Assays%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">In vitro Cell Migration and Invasion Assays.</a> J. Vis. Exp. (88), e51046(2014).</li>
<li>Luo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNA-378a-5p+promotes+trophoblast+cell+survival%2C+migration+and+invasion+by+targeting+Nodal%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">MicroRNA-378a-5p promotes trophoblast cell survival, migration and invasion by targeting Nodal.</a> J. Cell Sci. 125, 3124-3132 (2012).</li>
<li>Adorno, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Mutant-p53%2FSmad+Complex+Opposes+p63+to+Empower+TGFbeta-Induced+Metastasis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A Mutant-p53/Smad Complex Opposes p63 to Empower TGFbeta-Induced Metastasis.</a> Cell. 137, 87-98 (2009).</li>
<li>Chung, T. K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dysregulation+of+microRNA-204+mediates+migration+and+invasion+of+endometrial+cancer+by+regulating+FOXC1%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Cancer%22%5BJournal%5D)">Dysregulation of microRNA-204 mediates migration and invasion of endometrial cancer by regulating FOXC1.</a> Int. J. Cancer. 130, 1036-1045 (2012).</li>
<li>Kramer, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((et+al.+In+vitro+cell+migration+and+invasion+assays%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat.+Res.%2FRev.+Mutat%22%5BJournal%5D)">et al. In vitro cell migration and invasion assays.</a> Mutat. Res./Rev. Mutat. 752, 10-24 (2013).</li>
<li>Al-Khazraji, B. K., Medeiros, P. J., Novielli, N. M., Jackson, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+automated+cell-counting+algorithm+for+fluorescently-stained+cells+in+migration+assays%5BTitle%5D)+AND+%22Biol.+Proced.+Online%22%5BJournal%5D)">An automated cell-counting algorithm for fluorescently-stained cells in migration assays.</a> Biol. Proced. Online. 13, 1-6 (2011).</li>
<li>Rasband, W. S. ImageJ. , National Institutes of Health. Bethesda, Maryland, USA. Available from:
 <a target="_blank" href="http://rsb.info.nih.gov/ij/">http://rsb.info.nih.gov/ij/</a> (2007).</li>
<li>Abramoff, M. D., Magalhaes, P. J., Ram, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Image+processing+with+ImageJ%5BTitle%5D)+AND+%22Biophotonics+Intern%22%5BJournal%5D)">Image processing with ImageJ.</a> Biophotonics Intern. 11, 36-42 (2004).</li>
<li>Grishagin, I. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automatic+cell+counting+with+ImageJ%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Automatic cell counting with ImageJ.</a> Anal. Biochem. 473, 63-65 (2015).</li>
<li>Thomas, C. R., Paul, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+image+analysis+in+cell+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Biotech%22%5BJournal%5D)">Applications of image analysis in cell technology.</a> Curr. Opin. Biotech. 7 (1), 35-45 (1996).</li>
<li><a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Appreciating+data%3A+warts%2C+wrinkles+and+all%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Appreciating data: warts, wrinkles and all.</a> Nat. Cell Biol. 8, 203(2006).</li>
<li>Rossner, M., Yamada, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((What%27s+in+a+picture%3F+The+temptation+of+image+manipulation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">What's in a picture? The temptation of image manipulation.</a> J. Cell Biol. 166, 11-15 (2004).</li>
<li><a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Count+objects+in+an+image+in+Adobe+Photoshop%5BTitle%5D)+AND+%22Helpx.adobe.com%22%5BJournal%5D)">Count objects in an image in Adobe Photoshop.</a> Helpx.adobe.com. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://helpx.adobe.com/photoshop/using/counting-objects-image.html">https://helpx.adobe.com/photoshop/using/counting-objects-image.html</a> (2016).</li>
</ol>

Autorzy oświadczają, że nie mają konkurencyjnych interesów finansowych.

Kroki krytyczne, rozwiązywanie problemów i ograniczenia
Sama natura zautomatyzowanych metod obliczeniowych, w szczególności tych związanych z analizą cząstek, wymaga matematycznej zdolności do definiowania tych cząstek. W związku z tym dokładność zarówno kalkulatora stężenia komórek, jak i licznika testu migracji zależy w dużej mierze od wierności obrazu, to znaczy od tego, jak bardzo przechwycony obraz przypomina próbkę komórki lub błonę testu migracji. Dlatego niezwykle ważne jest, aby jak najl...

Liczenie komórek in vitro jest ważną podstawową techniką w szerokim zakresie eksperymentów z hodowlami tkankowymi. Dokładne określenie liczby komórek w hodowli ma zasadnicze znaczenie dla odtwarzalności doświadczalnej i standaryzacji1,2. Liczenie komórek można przeprowadzić ręcznie za pomocą hemocytometru, a także przy użyciu różnych metod automatycznych, z których każda ma swoje zalety i wady3,4,5. Większość zautomatyzowanych metod liczenia komórek należy do jednej z dwóch klas, tych, które wykorzystują zasadę Coultera lub cytometrię przepływową. Liczniki redlic wykorzystują opór elektryczny komórek do określania liczby i wielkości komórek. Są szybkie, dokładne i tańsze niż cytometry przepływowe. Jednak są one rzadko używane tylko do zliczania komórek ze względu na ich znaczny koszt w porównaniu z liczeniem ręcznym3. Z drugiej strony cytometry przepływowe są drogie, ale mają wiele zastosowań, takich jak zliczanie komórek, analiza kształtu, struktury komórek i pomiar wewnętrznych markerów komórkowych4,5. Maszyny, które wykorzystują jedną z tych dwóch zasad, są dostępne u wielu producentów. Liczenie ręczne jest niedrogie, ale czasochłonne i podatne na błędy, podczas gdy metody automatyczne zajmują ułamek czasu potrzebnego na liczenie ręczne, ale przy użyciu drogich maszyn6.
Inne popularne procedury hodowli komórek to testy ruchliwości komórek in vitro, a mianowicie migracja komórek i inwazja7. Testy migracji i inwazji są powszechnie stosowane do badania ruchliwości i inwazyjności komórek w odpowiedzi na odpowiedź chemotaktyczną. Ponadto są szeroko stosowane do badania rozwoju embrionalnego, różnicowania, odpowiedzi zapalnej i przerzutów wielu typów komórek7-11. Komórki, które migrowały lub zostały zaatakowane przez porowatą błonę testu migracji, można określić ilościowo na dwa różne sposoby. Po pierwsze, poprzez barwienie komórek barwnikiem fluorescencyjnym, dysocjację od błony i kwantyfikację za pomocą czytnika fluorescencyjnego12. Ograniczeniem tej metody oznaczania ilościowego jest to, że nie można zachować żadnych zapisów dotyczących błon i nie ma możliwości dalszej analizy13. Druga metoda oznaczania ilościowego polega na utrwaleniu migrowanych/zaatakowanych komórek i wybarwieniu ich barwnikiem fluorescencyjnym lub, częściej, barwnikami cytologicznymi, takimi jak fiolet krystaliczny, barwnik błękitu toluidynowego lub hematoksylina; Następnie komórki są oznaczane ilościowo ręcznie za pomocą odwróconych obrazów mikroskopowych tych błon, co jest bardzo czasochłonnym zadaniem12,13.
Aby przezwyciężyć wady ręcznego liczenia komórek, opracowano dwa niezawodne i dokładne automatyczne liczniki komórek do koncentracji komórek i do testu migracji. Te zautomatyzowane algorytmy licznika komórek zostały opracowane dla ImageJ jako wtyczka wykorzystująca język komputerowy Java firmy Oracle. ImageJ jest publicznym i szeroko stosowanym narzędziem do przetwarzania obrazów opracowanym przez National Institute of Health (NIH)14,15; w ten sposób napisanie tych wtyczek dla ImageJ ułatwia łatwą integrację ze społecznością biologiczną.
Automatyzacja liczenia komórek zapewnia wysoką przepustowość i powtarzalność w porównaniu do liczenia ręcznego. Chociaż inne dostępne programy i wtyczki mogą być używane do obliczania stężenia komórek poprzez analizę obrazu5,16,17, wtyczka Kalkulator stężenia komórek jest szybka i może również obsługiwać rozcieńczenia komórek i zabiegi. Co więcej, wszystkie wyniki i obliczenia z tych dwóch liczników można zapisać i wyeksportować. Dwie wtyczki opisane w tym artykule są zoptymalizowane pod kątem użycia mikroskopu z kontrastem fazowym do obrazowania żywych komórek i obrazowania o dużym polu widzenia (przechwytywanie całej błony) do oznaczania migracji membran za pomocą lunety preparacyjnej. Wtyczki są dostępne do pobrania bezpłatnie z instrukcją instalacji pod adresem: http://peng.lab.yorku.ca/imagej-plugins.

<table><tbody><tr><td>HyClone Klasyczne płynne podłoże: RPMI 1640 - z L-glutaminą</td><td>Fisher Scientific</td><td>SH3002702</td><td>Pożywki do hodowli komórkowych&nbsp;</td></tr><tr><td>Surowica płodowa (FBS)</td><td>GIBCO BRL</td><td>P00015</td><td>Dostawa pożywki</td></tr><tr><td>Linia komórkowa trofoblastów HTR8 / SVneo</td><td>Komórki uzyskano od dr Charlesa Grahama (Królowa' s University, Kingston, Kanada)</td><td></td><td>Oprogramowanie jest przeznaczone do pracy z dowolną linią komórkową.</td></tr><tr><td>Trypsyna</td><td>GIBCO BRL</td><td>27250-018</td><td>Przygotowany jako 0,20% (w/v) w 10 &mikro; M EDTA 1x PBS</td></tr><tr><td>Accutase</td><td>Innovative Cell Technologies</td><td>AT104</td><td></td></tr><tr><td>10 cm płytki do hodowli komórkowych</td><td>SARSTEDT</td><td>833902</td><td>Odpowiednie będą wszelkie płytki poddane działaniu kultur tkankowych</td></tr><tr><td>Wkładki z membrany poliestrowej Transwell - 8.0&nbsp; &mikro; m Wielkość porów</td><td>Costar 3422 zamówiona w Fisher Scientific 7200150</td><td></td><td>Do płytek 24-dołkowych; Wielkość porów: 8,0 i mikro; m; średnica 6,5 mm; 0,33 cm2 obszar wzrostu</td></tr><tr><td>HARLECO Hematologia Barwniki i odczynniki, EMD Millipore - Roztwory 1, 2 i 3</td><td>EMD Millipore i zamówione w VWR</td><td>65044A, B i C</td><td>Zestaw barwników Hemacolor składa się z trzech butelek foliowych o pojemności 500 ml (16,9 uncji) i zawiera utrwalacz metanolu (roztwór 1), barwnik eozynowy lub kwasowy (roztwór 2) oraz błękit metylenowy lub barwnik zasadowy (roztwór 3)</td></tr><tr><td>Aplikator z bawełnianą końcówką</td><td>Puritan Medical</td><td>806-WC</td><td></td></tr><tr><td>Przemysłowe żyletki jednokrawędziowe</td><td>VWR</td><td>55411 - 055</td><td>Grubość: 0,30 mm (0,012")</td></tr><tr><td>Szkiełka mikroskopowe - wstępnie oczyszczone/gładkie</td><td>Fisher Scientific</td><td>12550A3</td><td>Wymiary: 25 mm x 75 mm x 1,0 mm</td></tr><tr><td>Okulary przeciwsłoneczne Fisherbrand - prostokąty nr 1</td><td>Fisher Scientific</td><td>12-545E</td><td>Grubość: 0,13 do 0,17 mm; Rozmiar: 50 mm x 22 mm</td></tr><tr><td>Fisher Chemical Permount Mounting Medium</td><td>Fisher Scientific</td><td>SP15-500</td><td></td></tr><tr><td>Leica Stereo mikroskop preparacyjny</td><td>Leica Microsystems</td><td></td><td>Mikroskop jest wyposażony w kamerę mikroskopową Leica Model MC170 HD, a oprogramowanie kamery to Leica App. Suite (LAS E2) wersja 3.1.1 [Build: 490]. Części mikroskopu:&nbsp; LED3000 Oświetlenie punktowe Model: MEB126, Leica M80 Optic Carrier Model M80, Obiektyw achromatyczny 1.0X, WD=90&nbsp; mm Model: MOB306 & Obiektyw achromatyczny 0,32X, WD=303&nbsp; mm Model: MOB315, Obiektyw wideo 0,5X Model: MTU-293</td></tr><tr>Asystent<td>hemacytometru</td><td>Niemcy&nbsp;</td><td></td><td>Głębokość 0,100 mm - 0,0025 mm2</td></tr><tr><td>Mikroskop światła odwróconego</td><td>Olympus Corporation</td><td>CKX41SF</td><td>Mikroskop jest wyposażony w kolorową kamerę Lumenera Infinity 1-2 2.0 Megapiksel CMOS i oprogramowanie kamery to analiza Infinity Wersja 6.5.2</td></tr><tr><td>Komora laminarna Seria 1300 A2</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Model: 1375</td><td>Każda komora z przepływem laminarnym do prac związanych z hodowlą komórkową będzie odpowiednia&nbsp;</td></tr><tr><td>Inkubator do hodowli komórkowych</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Model: 370</td><td>Każdy inkubator do hodowli komórkowych będzie odpowiedni - Komórki hodowano w wilgotnym środowisku, 5% CO2, 37 & C&nbsp;</td></tr><tr><td>ImageJ</td><td></td><td>NIH Wersja 1.50e</td><td>Wymagana minimalna wersja</td></tr><tr><td>Java Runtime Environment</td><td>Oracle</td><td>Version 1.8.0_66</td><td>Wymagana minimalna wersja</td></tr></tbody></table>

zautomatyzowana kwantyfikacja i analiza procedur zliczania komórek za pomocą wtyczek imagej

Automated Quantification and Analysis of Cell Counting Procedures Using ImageJ Plugins

ImageJ Narodowego Instytutu Zdrowia to potężny, swobodnie dostępny pakiet oprogramowania do przetwarzania obrazów. ImageJ posiada kompleksowe algorytmy analizy cząstek, które mogą być skutecznie wykorzystywane do liczenia różnych cząstek biologicznych. Podczas liczenia dużej liczby próbek komórek hemocytometr stanowi wąskie gardło w odniesieniu do czasu. Podobnie, liczenie błon z testów migracji/inwazji za pomocą wtyczki ImageJ Cell Counter, choć dokładne, jest wyjątkowo pracochłonne, subiektywne i niesławne z powodu powodowania bólu nadgarstka. Aby zaspokoić tę potrzebę, opracowaliśmy dwie wtyczki w ramach ImageJ do wyłącznego zadania automatycznego hemocytometru (lub znanej objętości) i zliczania komórek migracji/inwazji. Obie wtyczki opierają się na możliwości pozyskiwania wysokiej jakości mikrofotografii przy minimalnym tle. Są łatwe w użyciu i zoptymalizowane pod kątem szybkiego liczenia i analizy dużych rozmiarów próbek z wbudowanymi narzędziami analitycznymi, które pomagają w kalibracji zliczeń. Łącząc podstawowe zasady licznika komórek z automatycznym algorytmem zliczania i analizą po zliczeniu, znacznie zwiększa to łatwość, z jaką można przetwarzać testy migracji bez utraty dokładności.

Kalkulator stężenia komórek
Rysunek 1 przedstawia ogólny proces kalibracji CCC oraz obrazowania w celu zliczenia komórek. Rysunek 1A i 1B przedstawiają obraz kalibracyjny kwadratu P oraz obliczanie długości kwadratu P w pikselach. CCC określa stężenie komórek w danej objętości korzystając ze wzoru:
<img alt="Równanie 1" src="/files/ftp_upload/54719/54719...

Ten artykuł opisuje kwantyfikację hemocytometru i mikrofotografii migracji/inwazji za pomocą dwóch nowych wtyczek ImageJ o otwartym kodzie źródłowym: Kalkulatora Stężenia Komórek i Licznika Testu Migracji. Ponadto opisano w nim protokoły akwizycji i kalibracji obrazu, a także szczegółowo omówiono wymagania wejściowe wtyczek.

Zautomatyzowana kwantyfikacja i analiza procedur zliczania komórek za pomocą wtyczek ImageJ

The National Institute of Health&#39;s ImageJ is a powerful, freely available image processing software suite. ImageJ has comprehensive particle analysis ...

Ogólnym celem niniejszego protokołu jest wykorzystanie narzędzi analizy cyfrowej do szybkiego i dokładnego zliczania komórek w zawiesinie lub podczas migracji na membranie w teście inwazji. Protokół ten może pomóc badaczom w określeniu liczby komórek wymaganej do powszechnych technik oraz w testach motyliczności komórek in vitro. Główną zaletą tej metody jest zapewnienie szybkiego i dokładnego zliczania komórek przy jednoczesnym zastosowaniu wielu filtrów i narzędzi analitycznych.Na początek ustaw oświetlenie mikroskopu na maksimum. Przełącz obiektyw na 4x i upewnij się, że filtry kontrastu fazowego są włączone. Następnie w oprogramowaniu mikroskopu ustaw domyślne parametry przechwytywania obrazu.Teraz umieść standardny komorę Bürkera na stoliku mikroskopu i wykonaj zdjęcie do etapu kalibracji objętości obrazu. Dostosuj czas ekspozycji w razie potrzeby. W programie ImageJ, w kalkulatorze stężenia komórek, otwórz obraz i kliknij przycisk Get Image Dimension.Ta czynność wypełnia pola tekstowe szerokości i wysokości obrazu rozdzielczością obrazu w pikselach. Następnie wybierz narzędzie linii prostej i narysuj linię prostą wzdłuż całej długości głównego kwadratu p komory licznikowej, k

automated-quantification-analysis-cell-counting-procedures-using

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Adhezyjne mikrowzory normalizujące architekturę komórkową mogą być wykorzystane do zwiększenia czułości w wykrywaniu efektów działania leków, poprawy powtarzalności oraz uproszczenia zautomatyzowanego pozyskiwania i analizy obrazów. Taka technologia przyniesie korzyści w testach przesiewowych leków/siRNA, które są przeprowadzane na konwencjonalnych podłożach do hodowli komórkowej i w konsekwencji obarczone są nadmierną zmiennością międzykomórkową.

Udoskonalona wizualizacja i analiza ilościowa efektów działania leków z wykorzystaniem komórek rozmieszczonych w mikrowzorach

Opisujemy prototypową metodę przygotowania szkiełek podstawowych pokrytych fluorescencyjną żelatyną w celu wizualizacji degradacji macierzy pośrednio przez invadopodia. Przedstawiono techniki obliczeniowe z wykorzystaniem dostępnego oprogramowania do kwantyfikacji poziomu proteolizy macierzy przez pojedyncze komórki w obrębie mieszanej populacji oraz przez grupy wielokomórkowe obejmujące całe pola widzenia mikroskopu.

Ilościowy pomiar proteolizy macierzy zewnątrzkomórkowej zależnej od invadopodiów w kontekście jednokomórkowym i wielokomórkowym

Ten protokół opisuje konfigurowalną funkcjonalizację powierzchni systemu destiobiotyny, streptawidyny i APTES w celu wyizolowania określonych typów komórek. Ponadto w niniejszym manuskrypcie omówiono zastosowania, optymalizację i weryfikację tego procesu.

Metoda celowanej izolacji komórek poprzez funkcjonalizację powierzchni szkła

Społeczny ameba Dictyostelium discoideum został niedawno założony jako system do badania nieprawidłowego fałdowania białek i proteostazy. W tym miejscu opisujemy nową metodologię opartą na obrazowaniu do badania agregacji białek wywołanej temperaturą i odpowiedzi na stres komórkowy u D. discoideum.

Badanie systemu kontroli jakości białek D. discoideum przy użyciu obrazowania żywych komórek w kontrolowanej temperaturze

Ten manuskrypt opisuje metodę wizualizacji i ilościowego określania zlokalizowanych zdarzeń translacji w subkomórkowych przedziałach. Podejście zaproponowane w tym manuskrypcie wymaga podstawowego systemu obrazowania konfokalnego i odczynników oraz jest szybkie i opłacalne.

Immunofluorescencja ilościowa do pomiaru globalnej translacji zlokalizowanej

Artykuł opisuje ilościowe określenie 1) wielkości i liczby zrostów ogniskowych oraz 2) wskaźnika kształtu komórki i jego rozkładu na podstawie obrazów konfokalnych zlewających się monowarstw komórek MCF7.

Kwantyfikacja obszaru adhezji komórka-substrat i rozkładu kształtu komórki w monowarstwach komórek MCF7

Prezentujemy metodę, która wykorzystuje uogólnioną analizę obrazu opartą na obszarze do identyfikacji liczby komórek. Analiza różnych populacji komórek pozwoliła na wykorzystanie znacznych różnic w wysokości i strukturze komórek między różnymi typami komórek w ramach algorytmu adaptacyjnego.

Algorytm analizy obrazu oparty na obszarze do ilościowego oznaczania kokultur makrofagów i fibroblastów

Tutaj prezentowana jest metoda analizy kinetyki agregacji białek u nicieni Caenorhabditis elegans. Zwierzęta z populacji zsynchronizowanej pod względem wieku są obrazowane w różnych punktach czasowych, a następnie następuje półautomatyczne zliczanie inkluzji w CellProfiler i dopasowywanie do modelu matematycznego w AmyloFit.

Monitorowanie kinetyki agregacji białek in vivo przy użyciu automatycznego zliczania inkluzji u Caenorhabditis elegans

Oznaczanie jednostek tworzących kolonie (CFU) jest złotym standardem w ilościowym oznaczaniu bakterii, w tym Mycobacterium tuberculosis, które mogą potrzebować tygodni na utworzenie widocznych kolonii. W tym miejscu opisujemy mikro-CFU do oznaczania CFU ze zwiększoną wydajnością czasową, zmniejszoną przestrzenią laboratoryjną i kosztami odczynników oraz skalowalnością do eksperymentów o średniej i wysokiej przepustowości.

Test jednostkowy tworzenia mikrokolonii do oceny skuteczności szczepionek przeciwko gruźlicy

Ten artykuł opisuje krok po kroku metody automatyzacji kwantyfikacji jąder na podstawie obrazów za pomocą programu wykonywalnego o otwartym kodzie źródłowym, sprawdzanego w różnych gęstościach komórek. Ten program stanowi alternatywę, która usuwa bariery związane z kosztami, dostępnością dla użytkowników o ograniczonych umiejętnościach technologicznych oraz walidacją specyficzną dla aplikacji, która może ograniczać użyteczność istniejących technologii.

Wykorzystanie bibliotek przetwarzania obrazów w celu usprawnienia kwantyfikacji jąder

Poznaj zautomatyzowaną kwantyfikację komórek za pomocą wtyczek ImageJ do analizy hemocytometru oraz testów migracji i inwazji. Ta metoda zapewnia szybkie i precyzyjne zliczanie z wieloma narzędziami analizy.

Zautomatyzowana kwantyfikacja i analiza procedur zliczania komórek za pomocą wtyczek ImageJ

Przeglądaj więcej filmów