Jednoetapowe oczyszczanie kompleksów makromolekularnych za pomocą RNA przyłączonego do biotyny i łącznika fotorozszczepialnego

Metoda ta powinna zainteresować badaczy, którzy próbują wyizolować kompleksy białkowe RNA i zidentyfikować ich skład za pomocą spektrometrii mas. Wierzymy, że nasz protokół będzie szczególnie przydatny do oczyszczania kompleksów, które występują w komórkach w ograniczonych ilościach i mają tendencję do dysocjacji podczas długich, wieloetapowych procedur oczyszczania. Główną zaletą tej metody jest to, że obejmuje ona tylko jeden etap oczyszczania i może być stosowana z miejscami wiązania RNA o dowolnej długości i sekwencji.

Niektóre z tych kroków zademonstruje Xiao-cui Yang, który jest starszym technikiem badawczym w naszej grupie. W przypadku miejsc wiązania znacznie dłuższych niż 65 nukleotydów należy uzyskać RNA wygenerowane przez T7 i oligonukleotyd adaptorowy PCB, jak opisano w protokole tekstowym. Wymieszaj 20 pikomoli RNA ze 100 komolami oligonukleotydu adaptorowego w 1,5-mililitrowej probówce zawierającej 100 mikrolitrów buforu wiążącego.