Name: Zoptymalizowane protokoły pobierania próbek kości w celu odzyskania starożytnego DNA ze szczątków archeologicznych (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-11-30T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 18 s
Description: Poznaj zoptymalizowane protokoły pobierania próbek kości ze szczątków archeologicznych w celu odzyskania starożytnego DNA. Metody obejmują sterylne warunki, wiertła stomatologiczne i osiem lokalizacji anatomicznych, w tym Pars petrosa, zęby i kręgi piersiowe.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Autorzy chcieliby podziękować personelowi laboratorium Instytutu Nauki o Historii Człowieka im. Maxa Plancka za pomoc w opracowaniu i wdrożeniu tych protokołów. Ta praca nie byłaby możliwa bez wkładu i ciężkiej pracy dr Guido Brandta, dr Elizabeth Nelson, Antje Wissegot i Franziski Aron. Badanie zostało sfinansowane przez Towarzystwo Maxa Plancka, Europejską Radę ds. Badań Naukowych (ERBN) w ramach programu Unii Europejskiej w zakresie badań naukowych i innowacji Horyzont 2020 na podstawie umów o grant nr 771234 - PALEoRIDER (WH, ABR) oraz Starting Grant nr 805268 CoDisEASe (do KIB).

<ol><li>Adler, C. J., Haak, W., Donlon, D., Cooper, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Survival+and+recovery+of+DNA+from+ancient+teeth+and+bones%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Archaeological+Science%22%5BJournal%5D)">Survival and recovery of DNA from ancient teeth and bones.</a> Journal of Archaeological Science. 38 (5), 956-964 (2011).</li>
<li>Dabney, J., Meyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+highly+degraded+DNA+from+ancient+bones+and+teeth%5BTitle%5D)+AND+%22Ancient+DNA%3A+Methods+and+Protocols%22%5BJournal%5D)">Extraction of highly degraded DNA from ancient bones and teeth.</a> Ancient DNA: Methods and Protocols. , 25-29 (2019).</li>
<li>Palsdottir, A. H., Bläuer, A., Rannamäe, E., Boessenkool, S., Hallsson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Not+a+limitless+resource%3A+ethics+and+guidelines+for+destructive+sampling+of+archaeofaunal+remains%5BTitle%5D)+AND+%22Royal+Society+Open+Science%22%5BJournal%5D)">Not a limitless resource: ethics and guidelines for destructive sampling of archaeofaunal remains.</a> Royal Society Open Science. 6 (10), 191059(2019).</li>
<li>Pinhasi, R., Fernandes, D. M., Sirak, K., Cheronet, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolating+the+human+cochlea+to+generate+bone+powder+for+ancient+DNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Isolating the human cochlea to generate bone powder for ancient DNA analysis.</a> Nature Protocols. 14 (4), 1194-1205 (2019).</li>
<li>Latham, K. E., Miller, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+recovery+and+analysis+from+skeletal+material+in+modern+forensic+contexts%5BTitle%5D)+AND+%22Forensic+Sciences+Research%22%5BJournal%5D)">DNA recovery and analysis from skeletal material in modern forensic contexts.</a> Forensic Sciences Research. 4 (1), 51-59 (2019).</li>
<li>Mundorff, A. Z., Bartelink, E. J., Mar-Cash, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+preservation+in+skeletal+elements+from+the+World+Trade+Center+disaster%3A+Recommendations+for+mass+fatality+management%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Forensic+Sciences%22%5BJournal%5D)">DNA preservation in skeletal elements from the World Trade Center disaster: Recommendations for mass fatality management.</a> Journal of Forensic Sciences. 54 (4), 739-745 (2009).</li>
<li>Gamba, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+flux+and+stasis+in+a+five+millennium+transect+of+European+prehistory%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory.</a> Nature Communications. 5 (1), 1-9 (2014).</li>
<li>Alberti, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+DNA+sampling+of+ancient+bones+using+Computed+Tomography+scans%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Ecology+Resources%22%5BJournal%5D)">Optimized DNA sampling of ancient bones using Computed Tomography scans.</a> Molecular Ecology Resources. 18 (6), 1196-1208 (2018).</li>
<li>Hansen, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparing+ancient+DNA+preservation+in+petrous+bone+and+tooth+cementum%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum.</a> PLoS ONE. 12 (1), 0170940(2017).</li>
<li>Sirak, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+auditory+ossicles+as+an+alternative+optimal+source+of+ancient+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Human auditory ossicles as an alternative optimal source of ancient DNA.</a> Genome Research. 30 (3), 427-436 (2020).</li>
<li>Parker, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+investigation+of+human+DNA+preservation+in+medieval+skeletons%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">A systematic investigation of human DNA preservation in medieval skeletons.</a> Scientific Reports. 10 (1), 18225(2020).</li>
<li>Pinhasi, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimal+ancient+DNA+yields+from+the+inner+ear+part+of+the+human+petrous+bone%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Optimal ancient DNA yields from the inner ear part of the human petrous bone.</a> PLoS ONE. 10 (6), 0129102(2015).</li>
<li>Sirak, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+minimally-invasive+method+for+sampling+human+petrous+bones+from+the+cranial+base+for+ancient+DNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">A minimally-invasive method for sampling human petrous bones from the cranial base for ancient DNA analysis.</a> BioTechniques. 62 (6), 283-289 (2017).</li>
<li>Orfanou, E., Himmel, M., Aron, F., Haak, W. Minimally-invasive sampling of pars petrosa (os temporale) for ancient DNA extraction. protocols.io. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.protocols.io/view/minimally-invasive-sampling-of-pars-petrosa-os-tem-bqd8ms9w">https://www.protocols.io/view/minimally-invasive-sampling-of-pars-petrosa-os-tem-bqd8ms9w</a> (2020).</li>
<li>Damgaard, P. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+access+to+endogenous+DNA+in+ancient+bones+and+teeth%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Improving access to endogenous DNA in ancient bones and teeth.</a> Scientific Reports. 5 (1), 1-12 (2015).</li>
<li>Harney, É, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+minimally+destructive+protocol+for+DNA+extraction+from+ancient+teeth%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">A minimally destructive protocol for DNA extraction from ancient teeth.</a> Genome Research. 31 (3), 472-483 (2021).</li>
<li>Cooper, A., Poinar, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ancient+DNA%3A+Do+it+right+or+not+at+all%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Ancient DNA: Do it right or not at all.</a> Science. 289 (5482), 1139(2000).</li>
<li>Llamas, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((From+the+field+to+the+laboratory%3A+Controlling+DNA+contamination+in+human+ancient+DNA+research+in+the+high-throughput+sequencing+era%5BTitle%5D)+AND+%22STAR%3A+Science+%26+Technology+of+Archaeological+Research%22%5BJournal%5D)">From the field to the laboratory: Controlling DNA contamination in human ancient DNA research in the high-throughput sequencing era.</a> STAR: Science & Technology of Archaeological Research. 3 (1), 1-14 (2017).</li>
<li>Llamas, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((From+the+field+to+the+laboratory%3A+Controlling+DNA+contamination+in+human+ancient+DNA+research+in+the+high-throughput+sequencing+era%5BTitle%5D)+AND+%22STAR%3A+Science+%26+Technology+of+Archaeological+Research%22%5BJournal%5D)">From the field to the laboratory: Controlling DNA contamination in human ancient DNA research in the high-throughput sequencing era.</a> STAR: Science & Technology of Archaeological Research. 3 (1), 1-14 (2017).</li>
<li>Boessenkool, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combining+bleach+and+mild+predigestion+improves+ancient+DNA+recovery+from+bones%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Ecology+Resources%22%5BJournal%5D)">Combining bleach and mild predigestion improves ancient DNA recovery from bones.</a> Molecular Ecology Resources. 17 (4), 742-751 (2017).</li>
<li>García-Garcerà, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fragmentation+of+contaminant+and+endogenous+DNA+in+ancient+samples+determined+by+shotgun+sequencing%3B+Prospects+for+human+palaeogenomics%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Fragmentation of contaminant and endogenous DNA in ancient samples determined by shotgun sequencing; Prospects for human palaeogenomics.</a> PLoS ONE. 6 (8), 24161(2011).</li>
<li>Malmström, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((More+on+contamination%3A+The+use+of+asymmetric+molecular+behavior+to+identify+authentic+ancient+human+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">More on contamination: The use of asymmetric molecular behavior to identify authentic ancient human DNA.</a> Molecular Biology and Evolution. 24 (4), 998-1004 (2007).</li>
<li>Basler, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reduction+of+the+contaminant+fraction+of+DNA+obtained+from+an+ancient+giant+panda+bone%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">Reduction of the contaminant fraction of DNA obtained from an ancient giant panda bone.</a> BMC Research Notes. 10, 754(2017).</li>
<li>Kemp, B. M., Smith, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+bleach+to+eliminate+contaminating+DNA+from+the+surface+of+bones+and+teeth%5BTitle%5D)+AND+%22Forensic+Science+International%22%5BJournal%5D)">Use of bleach to eliminate contaminating DNA from the surface of bones and teeth.</a> Forensic Science International. 154 (1), 53-61 (2005).</li>
<li>Korlević, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+microbial+and+human+contamination+in+DNA+extractions+from+ancient+bones+and+teeth%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">Reducing microbial and human contamination in DNA extractions from ancient bones and teeth.</a> BioTechniques. 59 (2), 87-93 (2015).</li>
<li>Dabney, J., Meyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+highly+degraded+DNA+from+ancient+bones+and+teeth%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Extraction of highly degraded DNA from ancient bones and teeth.</a> Methods in Molecular Biology. 1963, 25-29 (2019).</li>
<li>Hansen, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparing+ancient+DNA+preservation+in+petrous+bone+and+tooth+cementum%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum.</a> PLoS ONE. 12 (1), 0170940(2017).</li>
<li>Gansauge, M. -T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-stranded+DNA+library+preparation+from+highly+degraded+DNA+using+T4+DNA+ligase%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Single-stranded DNA library preparation from highly degraded DNA using T4 DNA ligase.</a> Nucleic Acids Research. 45 (10), 79(2017).</li>
<li>Peltzer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EAGER%3A+efficient+ancient+genome+reconstruction%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">EAGER: efficient ancient genome reconstruction.</a> Genome Biology. 17 (1), 60(2016).</li>
<li>Korneliussen, T. S., Albrechtsen, A., Nielsen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ANGSD%3A+analysis+of+next+generation+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ANGSD: analysis of next generation sequencing data.</a> BMC Bioinformatics. 15, 356(2014).</li>
<li>Renaud, G., Hanghøj, K., Willerslev, E., Orlando, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gargammel%3A+A+sequence+simulator+for+ancient+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Gargammel: A sequence simulator for ancient DNA.</a> Bioinformatics. 33 (4), 577-579 (2017).</li>
<li>Ponce de León, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+bony+labyrinth+is+an+indicator+of+population+history+and+dispersal+from+Africa%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Human bony labyrinth is an indicator of population history and dispersal from Africa.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (16), 4128-4133 (2018).</li>
<li>Nagaoka, T., Kawakubo, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+the+petrous+part+of+the+temporal+bone+to+estimate+fetal+age+at+death%5BTitle%5D)+AND+%22Forensic+Science+International%22%5BJournal%5D)">Using the petrous part of the temporal bone to estimate fetal age at death.</a> Forensic Science International. 248, 188(2015).</li>
<li>Norén, A., Lynnerup, N., Czarnetzki, A., Graw, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lateral+angle%3A+A+method+for+sexing+using+the+petrous+bone%5BTitle%5D)+AND+%22American+Journal+of+Physical+Anthropology%22%5BJournal%5D)">Lateral angle: A method for sexing using the petrous bone.</a> American Journal of Physical Anthropology. 128 (2), 318-323 (2005).</li>
</ol>

Autorzy nie mają do zgłaszania konfliktu interesów.

Obecna praktyka w genetyce populacji starożytnej człowieka polega na preferencyjnym pobieraniu próbek z pars petrosa (krok 2.1), gdy tylko jest to możliwe. Jednak pars petrosa może być próbą trudną do uzyskania, ponieważ jest wysoko ceniona w niezliczonych ocenach szkieletu (np. historia populacji32, oszacowanie wieku płodu w chwili śmierci33 i determinacja płci34), a historycznie rzecz biorąc, pobieranie próbek pars petrosa do analizy DNA może być wysoce destrukcyjne 3,4 (w tym protokół przedstawiony tutaj, Chociaż nowe, minimalnie inwazyjne protokoły13,14 zostały obecnie powszechnie przyjęte w celu złagodzenia tego problemu). Sytuację pogarsza fakt, że do niedawnanie podjęto próby przeprowadzenia na dużą skalę, systematycznego badania nad odzyskiwaniem ludzkiego DNA w szkielecie11, co sprawia, że znalezienie odpowiedniej strategii pobierania próbek, gdy piramida skalista jest niedostępna, jest trudne.
Przedstawione tutaj protokoły pomagają złagodzić to wyzwanie, zapewniając zestaw zoptymalizowanych procedur pobierania próbek DNA ze szczątków szkieletowych archeologicznych/sądowych, w tym pars petrosa, a także siedem alternatywnych lokalizacji pobierania próbek anatomicznych z czterech dodatkowych elementów szkieletu. Wszystkie zawarte w nim krytyczne kroki mają na celu zminimalizowanie możliwości utraty/uszkodzenia DNA z powodu nieefektywnego pobierania próbek (kroki 2.1.6 i 3.2.1.3) lub przegrzania próbek podczas wiercenia/cięcia (krok 3.1.6). Ponadto w całym protokole zauważono, że może być konieczna modyfikacja/pominięcie etapów obróbki wstępnej w celu zapewnienia najlepszej wydajności w próbkach o wysokiej degradacji. Należy również zauważyć, że nawet wśród wybranych elementów przedstawionych tutaj pozostaje kilka możliwych alternatywnych technik pobierania próbek (szczególnie w przypadku pars petrosa13,14), a także duże pole do dalszej optymalizacji przedstawionych tu niedostatecznie wykorzystanych anatomicznych miejsc pobierania próbek (tj. kości skokowej: krok 2.5 i kręgów: krok 2.3).
Należy również pamiętać, że protokoły te zostały zaprojektowane i przetestowane przy użyciu starożytnych szczątków młodocianych i dorosłych o wysokiej jakości (dobre zachowanie morfologiczne) do celów analiz endogennego DNA człowieka. Przedstawione wyniki mogą nie obejmować bardziej zdegradowanych materiałów, innych kontekstów konserwacji, szczątków niemowląt, szczątków innych niż ludzkie lub badań patogenów lub mikrobiomu, ponieważ nadal potrzebne jest dokładniejsze badanie wykorzystania tych protokołów w dodatkowych kontekstach. Ponadto przedstawione tutaj alternatywne elementy szkieletu (zęby, kręgi, dystalny paliczek i tali) mogą być trudne do przypisania do jednego osobnika wśród zmieszanych szczątków, co wymaga pobierania próbek z wielu elementów, aby zapewnić jedno pochodzenie. Pomimo tych ograniczeń, szerokie udostępnienie tych protokołów może pomóc złagodzić pewną niejednorodność związaną z wyborem i przetwarzaniem próbek, zapewniając uogólnione i ilościowo zoptymalizowane ramy do wykorzystania w szerokim zakresie przyszłych badań aDNA/kryminalistycznych na szczątkach ludzkich.

Pobieranie próbek starożytnych szczątków ludzkich w celu odzyskania i analizy DNA jest z natury destrukcyjne1,2,3,4. Próbki same w sobie są cennymi okazami i w miarę możliwości należy zachować ich zachowanie morfologiczne. W związku z tym konieczne jest, aby praktyki pobierania próbek były zoptymalizowane, aby zarówno uniknąć niepotrzebnego niszczenia niezastąpionego materiału, jak i zmaksymalizować prawdopodobieństwo sukcesu. Obecne techniki najlepszych praktyk opierają się na niewielkiej kohorcie badań ograniczonych do badań kryminalistycznych5,6, badań starożytnych okazów, w których opracowanie optymalnego pobierania próbek nie jest bezpośrednim celem badania7, lub dedykowanych badań wykorzystujących szczątki inne niż ludzkie8 lub celując w bardzo mały wybór miejsc pobierania próbek anatomicznych (używanych tutaj do oznaczenia określonego obszaru elementu szkieletowego, z którego został wygenerowany proszek kostny, do wykorzystania w dalszych analizach DNA)9,10. Przedstawione tutaj protokoły pobierania próbek zostały zoptymalizowane w pierwszym systematycznym badaniu na dużą skalę dotyczącym zachowania DNA w wielu elementach szkieletu od wielu osób11. Wszystkie próbki pochodziły z elementów szkieletowych odzyskanych od 11 osób wykopanych z cmentarza kościelnego opuszczonej średniowiecznej osady Krakauer Berg w pobliżu Peißen, Saksonia-Anhalt, Niemcy (patrz Tabela 1 w celu uzyskania szczegółowych danych demograficznych próby) i jako takie mogą wymagać modyfikacji w celu wykorzystania próbek spoza tego zakresu geograficznego/czasowego.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>osobnik</td>
			<td>płeć</td>
			<td>Szacowany wiek w chwili śmierci</td>
			<td>Daty 14C (CE, Cal 2-sigma)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA001</td> powiedział:
			<td>mężczyzna</td>
			<td>25-35</td> Rozdział
			<td>Lata 1058-1219</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA002</td> powiedział:
			<td>kobieta</td>
			<td>20-22</td>
			<td>Lata 1227-1283</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA003</td> powiedział:
			<td>mężczyzna</td>
			<td>25</td>
			<td>1059-1223</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA004</td> powiedział:
			<td>mężczyzna</td>
			<td>15</td>
			<td>Lata 1284-1392</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA005</td> powiedział:
			<td>mężczyzna</td>
			<td>10-12</td>
			<td>Lata 1170-1258</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA006</td> powiedział:
			<td>kobieta</td>
			<td>30-40</td>
			<td>Lata 1218-1266</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA007</td> powiedział:
			<td>kobieta</td>
			<td>25-30</td> Rozdział
			<td>Rozdział 1167-1251</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA008</td> powiedział:
			<td>mężczyzna</td>
			<td>20</td>
			<td>Lata 1301-1402</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA009</td> powiedział:
			<td>mężczyzna</td>
			<td>nieznany</td>
			<td>Lata 1158-1254</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA010</td> powiedział:
			<td>mężczyzna</td>
			<td>25</td>
			<td>Lata 1276-1383</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KRA011</td> powiedział:
			<td>kobieta</td>
			<td>30-45</td> Rozdział
			<td>1040-1159</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabela 1: Genetycznie określona płeć, archeologicznie określony szacowany wiek w chwili śmierci i datowanie radiowęglowe (14C Cal 2-sigma) dla wszystkich 11 osób pobranych od próbek. Ta tabela została zaadaptowana z Parker, C. et al. 202011.
Te protokoły pozwalają na stosunkowo proste i efektywne generowanie proszku kostnego z ośmiu anatomicznych miejsc pobierania próbek z pięciu elementów szkieletu (w tym pars petrosa) z ograniczonym laboratoryjnym zanieczyszczeniem DNA. Spośród tych pięciu elementów szkieletu, siedem anatomicznych miejsc pobierania próbek znalezionych na czterech elementach szkieletu zostało określonych jako realna alternatywa dla destrukcyjnego pobierania próbek z piramidy skalistej11,12. Należą do nich cement, zębina i komora miazgi stałych zębów trzonowych; kość korowa pobrana z wcięcia górnego kręgu, a także z trzonu kręgów piersiowych; kość korowa wywodząca się z dolnej powierzchni kępki wierzchołkowej i trzonu paliczków dystalnych; i gęsta kość korowa wzdłuż zewnętrznej części tali. Chociaż istnieje kilka powszechnie stosowanych metod pobierania próbek pars petrosa4,12,13,14, zębina i komora miazgi zębowej1,2,15, opublikował metody opisujące udane wytwarzanie proszku kostnego z cementu16, trzon kręgu, dolne wcięcie kręgu i kość skokowa mogą być trudne do uzyskania. W związku z tym w tym miejscu demonstrujemy zoptymalizowane protokoły pobierania próbek dla piramidy skalistej (krok 3.1); cement (etap 3.2.1), zębina (etap 3.2.2) i miazga zębowa (etap 3.2.3) zębów trzonowych dorosłych; kość korowa trzonu kręgu (etap 3.3.1) i łuk kręgowy górny (etap 3.3.2); paliczek dystalny (krok 3.4); oraz kości skokowej (krok 3.5) w celu szerszego udostępnienia efektywnego wykorzystania tych elementów szkieletowych zarówno w badaniach aDNA, jak i w badaniach kryminalistycznych.

<table><tbody><tr><td>#16 Wiertło dentystyczne</td><td>NTI</td><td>H1-016-HP</td><td>przykład wiertło</td></tr><tr><td>0,6 mm brzeszczot do przewijania</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-949-097</td><td>ostrze do jubilerów Piła</td></tr><tr><td>diamentowa 22 mm</td><td>Kahla</td><td>SKU 806 104 358 514 220</td><td>Nasadka do cięcia Dremel</td></tr><tr><td>Komercyjny wybielacz</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC1818018</td><td></td></tr><tr><td>Control Company Ultra-Clean Folia aluminiowa Supreme</td><td>Fisher Scientific</td><td>15-078-29X</td><td></td></tr><tr><td>Probówki DNA LoBind (2 ml)</td><td>Eppendorf</td><td>22431048</td><td></td></tr><tr><td>Dremel 225-01 Nasadka z elastycznym wałkiem</td><td>Dremel</td><td>225-01</td><td>Przedłużka elastyczna Dremel</td></tr><tr><td>4300 Narzędzie obrotowe</td><td>Dremel</td><td>4300</td><td>Przykładowe wiertło</td></tr><tr><td>Zestaw tulei zaciskowych i nakrętek Dremel</td><td>Dremel</td><td>4485</td><td>Adaptery do różnych Nasadki/bity do narzędzi Dremel</td></tr><tr><td>Eagle 33 galony czerwony worek na odpady Biohazard</td><td>Fisher Scientific</td><td>17-988-501</td><td></td></tr><tr><td>Probówka do mikrowirówek Eppendorf DNA LoBind 2 ml</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-698-792</td><td></td></tr><tr><td>Etanol (klasa biologii molekularnej)</td> <td>Millipore Sigma</td><td>1.08543</td><td></td></tr><tr><td>Zatwierdzona przez FDA maska chirurgiczna poziomu 2</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-206-0397</td><td>PPE</td></tr><tr><td>Rękawice nitrylowe Fisherbrand Comfort</td><td>Fisher Scientific</td><td>19-041-171X</td><td>PPE</td></tr><tr><td>Okulary ochronne Fisherbrand</td><td>Fisher Scientific</td><td>19-130-208X</td><td>PPE</td></tr><tr><td>Imadło stacjonarne Granger Imadło stołowe</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC1336173</td><td></td></tr><tr><td>Invitrogen UltraPure Woda destylowana bez DNaz/Rnaz</td><td>Fisher Scientific</td><td>10-977-023</td><td></td></tr><tr><td>Jubilerzy Piła</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-949-231</td><td></td></tr><tr><td>Kimwipes</td><td>Sigma-Aldritch</td><td>Z188956</td><td></td></tr><tr><td>Labconco Purifier Logic Szafka bezpieczeństwa biologicznego</td><td>Fisher Scientific</td><td>30-368-1101</td><td></td></tr><tr><td>LookOut DNA Erase</td><td>Millipore Sigma</td><td>L9042-1L</td><td></td></tr><tr><td>Łódź o średniej wadze</td><td>Heathrow Scientific</td><td>HS120223</td><td></td></tr><tr><td>MSC 10-częściowy zestaw szczypiec/zacisków</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-129-5352</td><td>Różne&nbsp; uchwyty zacisków/imadła do bezpiecznego trzymania próbek podczas wiercenia/cięcia</td></tr><tr><td>Sartorius Quintix Semi-Micro Balance</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-560-019</td><td>waga zamknięta</td></tr><tr><td>Kombinezon Tyvek z kapturem</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-361-7X</td><td></td></tr><tr><td>PPE Ważenie papieru</td><td>Heathrow Scientific</td><td>HS120116</td><td></td></tr></tbody></table>

zoptymalizowane protokoły pobierania próbek kości w celu odzyskania starożytnego dna ze szczątków archeologicznych

Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains

Przedstawione tutaj metody mają na celu maksymalizację szans na odzyskanie ludzkiego DNA ze starożytnych pozostałości archeologicznych, przy jednoczesnym ograniczeniu materiału wejściowego próbki. Dokonano tego poprzez skupienie się na miejscach pobierania próbek anatomicznych, które wcześniej uznano za dostarczające największych ilości starożytnego DNA (aDNA) w analizie porównawczej odzyskiwania DNA w całym szkielecie. Wcześniejsze badania sugerowały, że protokoły te maksymalizują szanse na pomyślne odzyskanie starożytnego DNA człowieka i patogenów ze szczątków archeologicznych. Wydajność DNA została wcześniej oceniona przez Parkera i in. 2020 w szerokim badaniu zachowania aDNA w wielu elementach szkieletowych od 11 osób odzyskanych ze średniowiecznego (radiowęglowo datowanego na okres około (ok.) 1040-1400 n.e., kalibrowany zakres 2-sigma) cmentarzyska w Krakauer Berg, opuszczonej średniowiecznej osadzie w pobliżu Peißen w Niemczech. Te osiem miejsc pobierania próbek, które obejmują pięć elementów szkieletu (pars petrosa, stałe zęby trzonowe, kręg piersiowy, dystalny paliczek i kość skokowa) z powodzeniem dostarczyły wysokiej jakości starożytnego ludzkiego DNA, w którym wydajność była znacznie wyższa niż ogólna średnia dla wszystkich elementów i osobników. Plony były odpowiednie do wykorzystania w najczęstszych analizach genetycznych populacji niższego szczebla. Nasze wyniki przemawiają za preferencyjnym wykorzystaniem tych anatomicznych miejsc pobierania próbek w większości badań obejmujących analizy starożytnego ludzkiego DNA ze szczątków archeologicznych. Wdrożenie tych metod przyczyni się do zminimalizowania niszczenia cennych okazów archeologicznych.

W oddzielnym badaniu11 DNA wyekstrahowano z proszku kostnego uzyskanego z każdego anatomicznego miejsca pobrania u 11 osobników, stosując standardowy protokół ekstrakcji DNA zoptymalizowany dla krótkich fragmentów z tkanki zwapniałej2. Następnie przygotowano biblioteki jednoniciowe28 i zsekwencjonowano je na platformie HiSeq 4000 (75 bp paired-end) do głębokości ok. 20 000 000 odczytów na próbkę. Uzyskane dane sekwencyjne oceniono pod kątem zawartości endogennego ludzkiego DNA przy użyciu potoku EAGER29 (ustawienia BWA: długość ziarna 32, kara za niedopasowanie 0,1, filtr jakości mapowania 37). Dla zachowania spójności wszystkie reprezentatywne wyniki przedstawiono przy użyciu tych samych wskaźników, co w pracy Parker et al. 202011. Biblioteki przygotowane z rozdrobnionych części pars petrosa przyniosły średnio wyższą zawartość endogennego DNA niż każde z pozostałych 23 badanych anatomicznych miejsc pobrania (Rycina 6A-B). Siedem dodatkowych anatomicznych miejsc pobrania przedstawionych w niniejszym protokole (cementum, pierwsze przejście przez jamę miazgi zębowej oraz zębinę zębów trzonowych stałych; kość korowa z trzonu kręgu i górnego łuku kręgu kręgów piersiowych; kość korowa z kępki apikalnej paliczka dalszego oraz kość korowa z szyjki kości skokowej) dało następne najwyższe wydajności (bez istotności statystycznej między tymi anatomicznymi miejscami pobrania; Rycina 6A-B; Plik uzupełniający 1: EndogenousDNAPreCap). Wszystkie te alternatywne miejsca konsekwentnie dostarczały wydajności DNA wystarczającej do standardowych analiz genetyki populacyjnej, takich jak analizy mitochondrialne i analizy polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP). Wskaźniki duplikacji w bibliotekach pochodzących ze wszystkich anatomicznych miejsc pobrania były niskie (średni współczynnik klastrowania &lt; 1,2, obliczony jako stosunek wszystkich zmapowanych odczytów do unikalnych odczytów zmapowanych, Tabela 2; Plik uzupełniający 1: ClusterFactor), co wskazuje, że wszystkie przesiewowe biblioteki charakteryzowały się bardzo wysoką złożonością. Podobnie, średnie szacunki kontaminacji egzogennym ludzkim DNA były niskie, wynosząc średnio &lt; 2% (kontaminacja chromosomem X u mężczyzn, n = 7, zgodnie z raportem potoku ANGSD30) we wszystkich anatomicznych miejscach pobrania, z wyjątkiem górnego łuku kręgu (średnia szacowana kontaminacja: 2,11%, z usunięciem jednej próbki jako wartości odstającej; KRA005: 19,52%, patrz Tabela 2; Plik uzupełniający 1: Xcontamination). Średnia długość fragmentów (po odfiltrowaniu wszystkich odczytów &lt; 30 bp) była najniższa w materiale pobranym z jamy miazgi zębowej i zębiny, przy braku istotnych różnic między pozostałymi anatomicznymi miejscami pobrania (odpowiednio 55,14 bp i 60,22 bp w porównaniu do średniej mediany 62,87, wartości p dla porównań parami &lt; 0,019, Tabela 2; Plik uzupełniający 1: AvgFragLength). Dodatkowo, zęby i kręgi piersiowe zawierają po kilka anatomicznych miejsc pobrania, w których zaobserwowano wysoką odzyskiwalność endogennego DNA, co czyni je szczególnie odpowiednimi alternatywami dla pars petrosa.
<img alt="Analiza odzyskiwania i mapowania DNA wykazująca proporcje ludzkiego DNA i unikalne mapowania odczytów, wykresy pudełkowe." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63250/63250fig06.jpg" data-altupdatedat="1788282455000" data-alt="Rycina 6"> 
Rycina 6: Zawartość ludzkiego DNA dla wszystkich badanych próbek. Czarne linie reprezentują średnią ogólną, natomiast czerwone linie reprezentują medianę (linia ciągła: proporcja ludzkiego DNA, linia przerywana: zmapowane ludzkie odczyty na milion wygenerowanych odczytów). Poszczególne anatomiczne miejsca pobrania próbek ze średnią proporcją ludzkiego DNA wyższą niż średnia ogólna (8,16%) są wyróżnione kolorami we wszystkich analizach. (A) Proporcja odczytów mapujących do genomu referencyjnego hg19. Niebieska przerywana linia reprezentuje teoretyczne maksimum przy danych parametrach mapowania potoku przetwarzania (wygenerowane przy użyciu Gargammel31 w celu symulacji losowego rozkładu 5 000 000 odczytów z genomu referencyjnego hg19 z symulowanym uszkodzeniem). Średnie poszczególnych próbek (czarny znak X) i mediany (czerwone koło) są podane dla próbek o średniej proporcji ludzkiego DNA wyższej niż średnia ogólna. Przedziały ufności wskazują górne i dolne granice z wyłączeniem wartości odstających statystycznie. (B) Liczba unikalnych odczytów mapujących do genomu referencyjnego hg19 na milion odczytów z sekwencjonowania (75 bp paired end). Przedziały ufności wskazują górne i dolne granice z wyłączeniem wartości odstających statystycznie. Rycina ta została zaadaptowana z Parker, C. et al. 202011. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63250/63250fig06large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.</a>
Tabela 2: Średnie poziomy duplikacji (odczyty zmapowane/odczyty unikalne), średnie i medianowe długości fragmentów oraz szacunki zanieczyszczenia chromosomem X dla wszystkich anatomicznych miejsc pobrania próbek. Błąd podano jako błąd standardowy średniej. Tabela została opracowana na podstawie pracy Parker, C. et al. 202011.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Miejsce poboru próbek</td>
			<td>Średni współczynnik duplikacji (liczba zmapowanych odczytów / liczba unikalnych zmapowanych odczytów)</td>
			<td>Średnia długość fragmentu w bp</td>
			<td>Średni szacowany stopień zanieczyszczenia chromosomem X</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Piramida skroniowa</td>
			<td>1.188 ± 0.006</td>
			<td>65.40 ± 1.36</td>
			<td>0.000 ± 0.003</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cement**</td>
			<td>1.197 ± 0.028</td>
			<td>67.28 ± 1.76</td>
			<td>0.011 ± 0.003</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dentyna</td>
			<td>1.188 ± 0.061</td>
			<td>60.22 ± 2.37</td>
			<td>0.002 ± 0.007</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Miazga zęba</td>
			<td>1.179 ± 0.024</td>
			<td>55.14 ± 2.90</td>
			<td>0.013 ± 0.006</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paliczek dalszy</td>
			<td>1.191 ± 0.049</td>
			<td>65.95 ± 1.08</td>
			<td>0.013 ± 0.005</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trzon kręgu</td>
			<td>1.194 ± 0.037</td>
			<td>66.14 ± 1.03</td>
			<td>0.008 ± 0.003</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Górny łuk kręgowy</td>
			<td>1.19 ± 0.017</td>
			<td>63.02 ± 1.23</td>
			<td>0.021 ± 0.009*</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kość skokowa</td>
			<td>1.198 ± 0.010</td>
			<td>68.20 ± 1.24</td>
			<td>0.011 ± 0.003</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>*Próbkę KRA005 usunięto jako wartość odstającą przy 0,1952</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Dostępność kodu 
Wszystkie programy analityczne oraz moduły R wykorzystane w analizach w niniejszym manuskrypcie są bezpłatnie dostępne u ich odpowiednich autorów. Wszystkie niestandardowe kody R są dostępne na żądanie.
Dostępność danych 
Wszystkie surowe dane wykorzystane do obliczenia reprezentatywnych wyników są swobodnie dostępne w repozytorium danych European Nucleotide Archive ENA (numer dostępu PRJ-EB36983) lub w materiałach uzupełniających pracy Parker, C. et al.11.
Plik uzupełniający 1. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63250/SupplementalFile1.xlsx" target="_blank">Kliknij tutaj, aby pobrać ten plik.</a>

Protokół przedstawia serię najlepszych praktyk w zakresie pobierania proszku kostnego z ośmiu zalecanych miejsc pobierania próbek anatomicznych (konkretne miejsca na danym elemencie szkieletu) na pięciu różnych elementach szkieletu od średniowiecznych osobników (radiowęgiel datowany na okres ok. 1040-1400 CE, kalibrowany zakres 2-sigma).

Zoptymalizowane protokoły pobierania próbek kości w celu odzyskania starożytnego DNA ze szczątków archeologicznych

The methods presented here seek to maximize the chances for the recovery of human DNA from ancient archaeological remains while limiting input sample ...

Protokoły te służą jako wytyczne dotyczące najlepszych praktyk w zakresie wytwarzania proszku kostnego do stosowania w dalszej ekstrakcji DNA z szeregu elementów szkieletowych. Istnieje kilka opublikowanych starożytnych protokołów pobierania próbek DNA dla miejsc innych niż zębina i piramida skalista. Dzisiaj pokażemy szczegółowe metody pobierania próbek dla trzech alternatyw.Metody te wykazują również duży potencjał do wykorzystania w przypadku zdegradowanych szczątków kryminalistycznych, ale także jako punkt odniesienia do opracowania podobnych technik z próbkami innymi niż ludzie. Wszystkie próbki należy pobrać w przeznaczonym do tego pomieszczeniu czystym, pod osłoną PCR wyposażoną w światło UV lub komorą bezpieczeństwa biologicznego. Wyłącz przepływ powietrza i rozprowadź sterylną folię aluminiową na blacie stołu, aby złapać zabłąkany proszek lub fragmenty kości.Umieść arkusz papieru wagowego na sterylnej tacy wagowej. Przytrzymaj odkażony ząb trzonowy za szkliwo z korzeniem skierowanym w dół nad tacą wagową, za pomocą ręcznego zacisku. Wyposaż wiertło dentystyczne w okrągłą tarczę tnącą z diamentowymi krawędziami.Gdy wiertło jest ustawione na średnią prędkość, delikatnie przyłóż krawędź wiertła do korzenia pod kątem około 20 stopni. Zeskrob próbkę w dół do tacy, aby zebrać żółty, najbardziej zewnętrzny materiał z korzenia. Przerwij zbieranie, gdy jaśniejszy materiał zębiny stanie się widoczny.Przenieść proszek do dwumililitrowej probówki LoBind Safe-Lock i zapisać zebraną masę proszku za pomocą dołączonej wagi z dokładnością co najmniej 0,01 miligrama. Przenieść proszek z bibułki wagowej do dwumililitrowej probówki LoBind Safe-Lock w celu ekstrakcji. Przechowuj tę probówkę w temperaturze 20 stopni Celsjusza.Upewnij się, że odzyskałeś wszystkie fragmenty kości i jak najwięcej proszku. Wymieniaj folię między każdym pobieraniem próbek, wyrzucając zużytą folię do autoklawowalnej torby na zagrożenie biologiczne. Odkaż obszar roboczy i rozprowadź sterylną folię aluminiową na blacie stołu za każdym razem przed przejściem do następnej kości.Umieść mały arkusz papieru do ważenia w standardowej tacy do ważenia. Usuń i wyrzuć najbardziej zewnętrzną warstwę kości korowej górnego łuku kręgowego za pomocą wiertła dentystycznego. Następnie zabezpiecz kręgi w zacisku ręcznym, wyrostkiem kolczystym na zewnątrz i górnym aspektem w dół.Trzymając kręg, wywierć w górę do środka wcięcia w kształcie litery V, utworzonego przez stopienie wyrostka kolczystego z blaszkami z niską prędkością i wysokim momentem obrotowym. Przerwij wiercenie, gdy zauważalny będzie spadek oporu. Zmień nieznacznie pozycję wiercenia i powtarzaj, aż zbierze się od 50 do 100 miligramów proszku kostnego.Przenieś proszek kostny z papieru do ważenia do dwumililitrowej probówki LoBind w celu ekstrakcji i przechowuj go w temperaturze 20 stopni Celsjusza. Upewnij się, że wszystkie fragmenty kości i jak najwięcej proszku zostało odzyskane przed wyrzuceniem folii. Odkazić obszar roboczy i przygotować się do pobrania próbki, jak opisano wcześniej.Umieść mały arkusz papieru do ważenia w standardowej tacy do ważenia. Trzymaj kopułę kości skokowej do góry, a powierzchnię przyśrodkową w kierunku kolektora, nad tacą wagową. Zeskrob kość korową na głębokość około jednego milimetra od szyjki kości skokowej za pomocą wiertła dentystycznego z wiertłem o małej średnicy ustawionym na niską prędkość i wysoki moment obrotowy.Zmień pozycję wiercenia i powtarzaj tę czynność, aż zbierze się około 50 do 100 miligramów proszku kostnego. Przenieś ten proszek kostny z bibułki do dwumililitrowej probówki LoBind w celu ekstrakcji. Przechowuj proszek w temperaturze 20 stopni Celsjusza przez czas nieokreślony.Przechowuj pozostałą kość i nadmiar proszku w suchym, sterylnym środowisku o kontrolowanej temperaturze w temperaturze 25 stopni Celsjusza. Wyrzuć wszystkie odpady do worków lub pojemników na autoklawy. Wysterylizuj lub odkaż cały sprzęt wielokrotnego użytku i wystaw go na działanie promieniowania UV między każdym pobraniem próbki.Pars petrosa dały wyższy poziom endogennego DNA niż pozostałe 23 badane miejsca pobierania próbek anatomicznych. Siedem dodatkowych anatomicznych miejsc pobierania próbek przedstawionych w tym protokole dało kolejne najwyższe plony. Alternatywne lokalizacje konsekwentnie dawały plony DNA odpowiednie dla standardowych analiz genetyki populacyjnej.Wskaźniki duplikacji w bibliotekach pochodzących ze wszystkich lokalizacji próbkowania anatomicznego były niskie, co wskazuje na wysoką złożoność. Zęby, a także kręgi piersiowe wykazywały odpowiednią regenerację molekularną. Jednym z najtrudniejszych aspektów pobierania próbek kości jest proces wiercenia, np. jak trzymać wiertło, gdzie wiercić i kiedy przerwać wiercenie.

optimized-bone-sampling-protocols-for-retrieval-ancient-dna-from

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetyka

Przedstawiamy metodę ukierunkowanego odzyskiwania sekwencji starożytnego DNA, którą wykorzystaliśmy do rekonstrukcji kompletnych genomów mitochondrialnych pięciu osobników neandertalczyków. Porównanie tych sekwencji z genomami współczesnych ludzi sugeruje, że neandertalczycy przez długi czas charakteryzowali się niską efektywną wielkością populacji.

Wychwyt poprzez elongację starterów: celowane odzyskiwanie sekwencji z silnie zdegradowanych źródeł DNA

Przedstawiamy nieinwazyjne podejście do pobierania próbek, umożliwiające efektywne gromadzenie próbek sierści od płochliwych małych ssaków, co zaprezentowano na przykładzie piki amerykańskiej. Wykazujemy użyteczność tej metody poprzez ekstrakcję DNA z pobranej sierści oraz amplifikację kilku typów markerów molekularnych powszechnie stosowanych w badaniach nad ekologią i ochroną dzikiej przyrody.

Nieinwazyjna technika pobierania próbek sierści w celu pozyskania wysokiej jakości DNA od trudnych do uchwycenia małych ssaków

Kriosfera oferuje dostęp do zachowanych organizmów, które przetrwały w poprzednich warunkach środowiskowych. Przedstawiono protokół zbierania i odkażania rdzeni wiecznej zmarzliny gleb i lodu. Brak egzogennych kolonii i DNA sugeruje, że wykryte mikroorganizmy reprezentują materiał, a nie zanieczyszczenie pochodzące z wiercenia lub przetwarzania.

Usuwanie materiałów egzogenicznych z zewnętrznej części zamrożonych rdzeni w celu zbadania starożytnych zbiorowisk biologicznych znajdujących się w środku

Gęstość mineralna kości (BMD) jest ważnym czynnikiem w zrozumieniu spożycia składników odżywczych. W przypadku ludzkich szczątków szkieletowych jest to przydatny wskaźnik do oceny jakości życia zarówno u młodocianych, jak i dorosłych, szczególnie w przypadkach śmiertelnego głodu i zaniedbania. Niniejszy artykuł zawiera wytyczne dotyczące skanowania ludzkich szczątków szkieletowych do celów kryminalistycznych.

Skanowanie szczątków szkieletowych pod kątem gęstości mineralnej kości w kontekście kryminalistycznym

Analiza stabilnych izotopów węgla i tlenu w szkliwie ludzkich i zwierzęcych zębów została wykorzystana jako wskaźnik zastępczy dla indywidualnej diety i rekonstrukcji środowiska. W tym miejscu zapewniamy szczegółowy opis i dokumentację wizualną masowego i sekwencyjnego pobierania próbek szkliwa zębów, a także wstępnej obróbki próbek archeologicznych i paleontologicznych.

Pobieranie próbek i obróbka wstępna węglanu szkliwa zębów w celu stabilnej analizy izotopów węgla i tlenu

To jest protokół optymalnego przygotowania tkanek do analiz genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych nietoperzy złapanych na wolności. Obejmuje protokoły chwytania i preparacji nietoperzy, konserwacji tkanek i hodowli komórek tkanek nietoperzy.

Pobieranie tkanek od nietoperzy do analiz -omicznych i pierwotnej hodowli komórkowej

Zastosowaliśmy protokół geologicznego (rdzeniowego) pobierania próbek, aby pozyskać próbki kości korowej o jednakowej wielkości do eksperymentów SRμCT z przedniej strony ludzkiej kości udowej. Metoda ta jest minimalnie destrukcyjna, wydajna, daje w wyniku cylindryczne próbki, które minimalizują artefakty obrazowania z nieregularnych kształtów próbek oraz poprawiają wizualizację i analizę mikroarchitektoniczną.

Przewodnik po cięciu, rdzeniowaniu i przetwarzaniu obrazów do wysokoprzepustowego pobierania i analizy próbek kości korowych do synchrotronowej mikrotomografii komputerowej

Ten artykuł opisuje technikę szybkiego cięcia kości skroniowej człowieka, która wykorzystuje mikropiłę z podwójnymi diamentowymi ostrzami do generowania cienkich plasterków do szybkiego odwapnienia i analizy immunohistochemii kości skroniowej.

Szybkie cięcie kości skroniowej człowieka w celu oceny patologii ucha środkowego związanej z COVID-19

Ten artykuł przedstawia niezawodną metodę ekstrakcji ludzkiego ślimaka z kości skroniowej zwłok poprzez wiercenie, podążając za wyraźnymi anatomicznymi punktami orientacyjnymi.

Ekstrakcja ślimaka z ludzkiej kości skroniowej: protokół zwłok

Ten artykuł opisuje protokół ekstrakcji DNA świeżych i starych nekrofilskich much przy użyciu zmodyfikowanego zestawu do ekstrakcji DNA.

Ekstrakcja DNA i porównanie starych i świeżych próbek much nekrofilskich

Tutaj opisujemy metodę, która pozwala na odwapnienie świeżo pobranych tkanek kostnych i zachowanie wysokiej jakości RNA. Przedstawiono również metodę cięcia próbek niezdemineralizowanych kości z zatopioną parafiną utrwaloną w formalinie (FFPE) w celu uzyskania dobrej jakości wyników, jeśli świeże tkanki nie są dostępne lub nie można ich pobrać.

Metody umożliwiające przestrzenną transkryptomikę tkanek kostnych

Poznaj zoptymalizowane protokoły pobierania próbek kości ze szczątków archeologicznych w celu odzyskania starożytnego DNA. Metody obejmują sterylne warunki, wiertła stomatologiczne i osiem lokalizacji anatomicznych, w tym Pars petrosa, zęby i kręgi piersiowe.

Zoptymalizowane protokoły pobierania próbek kości w celu odzyskania starożytnego DNA ze szczątków archeologicznych

Przeglądaj więcej filmów