Summary
Bu protokol, transmural inflamasyon ve fibrozis de dahil olmak üzere Crohn hastalığının önemli patolojik işaretleri benzer Salmonella tahrikli bağırsak fibrozis bir fare modeli açıklar. Bu yöntem, C57Bl/6 genetik arka planda tutulan mutant fareler kullanılarak fibrotik sonuçları değiştiren konak faktörlerinin değerlendirilmesi için kullanılabilir.
Abstract
Kollajen gibi ekstrasellüler matriksin patolojik birikimi ile karakterize doku fibrozisi kalıcı inflamasyon ve disregulated onarım Sonucudur. İnflamatuar barsak hastalığında (İBH) fibrozis, cerrahi rezeksiyon dışında etkili bir tedavi nin olmadığı tekrarlayan darlık oluşumlarına yol açar. Geç başlangıcı nedeniyle, fibrozis sürücü süreçleri daha az çalışılır ve büyük ölçüde bilinmemektedir. Bu nedenle, fibrotik komplikasyonlar IBD önemli bir sorun temsil eder. Bu protokolde, streptomisin in vivo modeli nde C57Bl/6 farelerinin streptomisin ön tedavisi ve ardından aşı sınıfı Salmonella Typhimurium ΔAroA mutantmutantının kalıcı patojen kolonizasyonuna yol açtığı ve çekum fibrozis. S. hazırlanması için metodolojiler. Timülasyon için Tiphimurium ΔAroA, çekum ve dalaktaki patojen yüklerinin ölçülmesi ve bağırsak dokularında kollajen birikiminin değerlendirilmesi açıklanmıştır. Bu deneysel hastalık modeli ya geliştirmek veya CD benzeri bağırsak fibrozis iliklerine ev sahibi faktörleri incelemek için yararlıdır.
Introduction
Ülseratif kolit (UC) ve Crohn hastalığı (CD) IBD'nin iki ana formudur ve gastrointestinal sistem 1,2kronik ve nüks eden inflamatuar bozukluklar olarak karakterizedir. Bu bozukluklar hastaların yaşam kalitesi üzerinde önemli bir etkiye sahiptir. IBD belirtileri karın ağrısı dahil, ishal, mide bulantısı, kilo kaybı, ateş, ve yorgunluk3. Son çalışmalar, hastalık patogenezine katkıda bulunan genetik ve çevresel faktörleri belirlemiş; bu tür risk faktörlerinin, luminal antijenlerin translokasyonu veya aşırı örneklemesi ile sonuçlanan epitelyal bariyerin bozulmasına katkıda bulunduğu düşünülmektedir4. Sonuç olarak, bu bağırsak bağışıklık hücreleri tarafından aracılık kommensal floraya bir anormal inflamatuar yanıt başlatır4. IBD ile ilişkili komplikasyonların özellikleri eklemler, cilt ve karaciğer 1 dahil olmak üzere çeşitli organları etkileyen GI yolu ötesinde sitelere kadar uzanabilir1,2. UC işaretleri genellikle kolon1lokalize şiddetli ve diffüz inflamasyon içerir. Hastalık patolojisi, yüzeyel mukozal ülserasyonlarla sonuçlanan barsak mukozasını ve submukozasını etkiler1. Buna karşılık, CD hastalığın kanıtı yaygın kolon ve distal ileum bulunur rağmen GI yolu herhangi bir bölümünü etkileyebilir2. Ayrıca, CD iltihabı transmural, bağırsak duvarının tüm katmanları etkileyen2.
Tespit edilmiştir çeşitli IBD duyarlılık genleri epitel bariyer veya bağışıklık disregülasyonu hastalığın ilerlemesi için kritik katkıda olduğunu gösterir5. Monositler tarafından ifade edilen nükleotid oligomerizasyon etki 2 (NOD2) mutasyonlarının CD'ye karşı artan duyarlılıkla ilişkili olduğu bulunmuştur; bu bakteriyel bileşenlerin değiştirilmiş doğuştan gelen bağışıklık tespiti ve hastalık arasında bir bağlantı vurgulamaktadır6. Daha yeni genom çapında ilişki çalışmaları (GWAS) genetik varyasyonlar da dahil olmak üzere IBD patogenezinde potansiyel olarak dahil ek yollar ortaya koymuştur: STAT1, NKX2-3, IL2RA, IL23R bağımlı yollar adaptif bağışıklık bağlı, MUC1, MUC19, ve PTGER4 bağırsak bariyer bakım, ve ATG16Laracılı otofaji7,8,9. Bu popülasyon tabanlı genetik çalışmalar IBD anlayışımızı geliştirmiş olsa da, duyarlılık alelleri tek başına kronik hastalığın başlatılması ve sürdürülmesinde yetersizdir3. Bağırsak mikrobiyom bileşiminde değişiklikler ve çeşitliliğin azalması da dahil olmak üzere diğer genetik olmayan faktörler bağırsak iltihabı ile ilişkili olmuştur. Ancak, bağırsak disbiyoz öncesinde veya disregulated immün yanıtların sonucu olup olmadığı belirsizdir3. IBD etiyolojisi belirsiz liğini korusa da, hastalığın patogenezini anlamamız bağırsak iltihabının deneysel fare modelleri ile geliştirilmiştir10,11. Bu modeller tek tek tam olarak insan hastalığının karmaşıklığını temsil etmez, ancak IBD ile ilgili olabilir patofizyolojik yolları açıklamak ve geçici terapötik stratejilerin doğrulanması içindeğerli10, 11. Yıl. Bu tür fare modelleri genellikle kimyasal indüksiyon veya enfeksiyon, bağışıklık hücresi transferi veya genetik manipülasyon tarafından inflamasyon başlatılması güveniyor. Ayrıca, bu stratejiler genellikle epitelyal bütünlük veya doğuştan gelen veya adaptif bağışıklık modülasyonu tedirginlik içerir.
Salmonella enterica serovars insanlar ve fareler enfekte edebilir bağırsak patojenleri vardır. Yutma sonra, Salmonella epitel doğrudan invazyonu ile bağırsak kolonize olabilir, M hücreleri, veya antijen hücreleri sunan12. S ile sözlü enfekte fareler. Typhimurium, GI sisteminde nispeten düşük bolluğu olan dalak ve mezenterik lenf düğümleri gibi sistemik bölgelerin öncelikle kolonizasyonuile sonuçlanır12. Ancak, streptomisin ile farelerin ön işlem normal mikrobiyota konak koruyucu etkilerini azaltarak bağırsak Salmonella kolonizasyonu verimliliğini artırır13. Bu modelin patolojik özellikleri epitelyal bariyer bozulması veya ülserasyonu dahil, granülosit alımı, ve şiddetli ödem13. Alternatif olarak, aşı sınıf S ile enfeksiyon. Typhimurium ΔAroA mutant enfeksiyon14sonra gün 40 kadar devam çekum ve kolon kronik kolonizasyon yol açar. S. Typhimurium ΔAroA suşu aromatik amino asitlerin biyosentezinde bir kusura sahiptir; Bu mutant suşu avirulent hale getirir ve son derece etkili bir aşı olarak kullanılabilir15. Farelerde oral enfeksiyon th1 yol açar- ve Th17-sitokin ilişkili inflamatuar yanıt, geniş doku remodeling, ve kollajen birikimi. Doku patolojisi TGF-β1, CTGF ve IGF14gibi pro-fibrotik faktörün yüksek düzeyleri ile ilişkilidir. Bu modelde bildirilen transmural fibrotik skar, IBD'de sıklıkla gözlenen darlık oluşumlarını anımsatır. Salmonella tarafından fibrozis indüksiyonu Salmonella patojenite adaları (SPI)-1 ve 2 12tarafından kodlanmış virülans gerektirir. Daha da önemlisi, bu S. Tymphimurium ΔAroA enfeksiyon modeli, C57/Bl6 arka planda tutulan mutant farelerde fibrotik yanıtların incelenmesi için yararlı bir sistemdir. C57/Bl6 suşu S'e karşı son derece hassastır. Tifiumurim SL1344 enfeksiyonu nedeniyle doğal direnç ilişkili makrofaj proteinini kodlayan gendeki fonksiyon kaybı mutasyonu (NRAMP)-116,17. Bu model de IL-17A ve RORα bağımlı doğuştan lenfoid hücrelerin patogeneziiçin önemli katkılar olduğunu bulduk18.
CD önemli bir komplikasyon kollajen2de dahil olmak üzere ekstrasellüler matriks (ECM) disregulated ve aşırı birikimi 2,19. GI yolu rejenerasyon için nispeten yüksek bir kapasiteye sahip olmasına rağmen, fibrotik skar kronik ve şiddetli inflamasyon ile ilişkili çözülmemiş yara iyileşme yanıtları nedeniyle ortaya çıkabilir20,21. CD'de, bu önemli organ bozukluğu21,22yol doku mimarisi üzerinde zararlı etkileri ile sonuçlanır. CD gözlenen iltihabın transmural doğası sonuçta semptomatik darlık veya darlık oluşumu ile ilişkili bağırsak duvarının kalınlaşma öncesinde21. CD hastalarının yaklaşık üçte biri bu komplikasyon için intestinal rezeksiyon gerektirir22. Azatioprine veya anti-TNFα biyolojik olarak immünsupresan kullanımının hiçbir etkisi olmadığı veya sadece mütevazı bir şekilde cerrahi müdahale gereksinimini azalttığı göz önüne alındığında IBD'de etkili bir anti-fibrotik tedavi yoktur19,23 . Fibrozis kronik inflamasyon sonucu olduğu düşünülmektedir iken, fibroblastlar ve perisitler gibi mezenkimal kökenli hücreler fibrotik skar ECM birincil hücresel kaynakları olduğu düşünülmektedir21,24. Kronik S. Typhimurium ΔAroA enfeksiyonu CD benzeri özelliklerin patogenezi hakkında bilgi sunabilir bağırsak fibrozis sağlam bir fare modelidir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Tüm hayvan protokolleri British Columbia Üniversitesi Hayvan Bakım Komitesi tarafından onaylandı.
1. Salmonella Typhimurium ΔAroA kültürlerinin farelerin oral gavajı için hazırlanması
- Dondurulmuş gliserol stoğundan. Typhimurium ΔAroA, steril aşılama halkası ile 100 μg/mL streptomisin içeren LB agar kullanarak bir çizgi plaka hazırlayın. Bir gecede 37 °C'de kuluçkaya yatırın. Çizgi plakaları 4 °C'de bir haftaya kadar saklanabilir.
- Enfeksiyondan bir gün önce, 2,5 mL suda 0,5 g streptomisin eriterek antibiyotik hazırlayın. Streptomisin çözeltisini sterilize ettikten sonra, orjen olarak fareleri ampul uçlu 22G gavage iğnesi ve 1 mL şırınga ile 100 μL streptomisin çözeltisi (20 mg streptomisin/doz) kullanarak gavage. Tek bir koloniye sahip bir kültür tüpüne 3 mL LB suyu (50 g/mL streptomisin) aşılayın. Incubate Salmonella kültürü aerobik olarak 37 °C gecede 200 RPM sallayarak.
- Enfeksiyon gününde, steril PBS gecede Salmonella kültürlerin 2 ardışık 1/10 seyreltme gerçekleştirerek son enfeksiyon dozu hazırlamak. Bu yaklaşık 3 x 106 CFU içeren bir 100 μL inoculum neden olur.
- Bir ampul uçlu 22G gavage iğne ve 1 mL şırınga kullanarak, gavage hazırlanan Salmonella 100 μL ile her fare.
NOT: Salmonella kültürlerini aseptik tekniklerle hazırlayın. Salmonella'nın son aşılama konsantrasyonu, LB agar üzerinde streptomisin ile seri seyreltmeler ile doğrulanabilir. S. Typhimurium ΔAroA suşu Profesör McNagny (kelly@brc.ubc.ca) ile temasa geçerek elde edilebilir.
2. Dokularda Salmonella yüklerinin değerlendirilmesi
- 1 mL steril PBS ve otoklavlı paslanmaz çelik boncuk ile 2 mL güvenli kilit, yuvarlak alt mikrotüpler hazırlayın. Doku toplamadan önce tüpleri önceden tartın.
- Karbondioksite maruz kalma ile ötenazi yapılan farelerden sekal ve dalak dokularını rezeksiyon edin. Ayrı tüpler de bireysel hayvanlardan doku toplamak. Doku ağırlıklarını belirlemek için tüpleri tartın.
- 96 kuyulu 2 mL megablokta kuyu başına 900 μL PBS aktarımı ile 15 dk'lık bir mikser değirmeni aparatı kullanarak homojenleştirin. Pipet 100 μL doku ilk kuyuya homojen, iyi karıştırın ve 10-6 seyreltme elde edilene kadar sonraki kuyulara 100 μL ekleyerek seri seyreltmeler gerçekleştirir. 100 μg/mL streptomcyin içeren LB agar üzerine triplicates her seyreltme plaka 10 μL.
- 1000 μL numunenin 10 μL'si ve uygun seyreltme faktörü nün 100'lük bir faktörüyle ortalama CFU'yu sayVe çarpar. Doku ağırlığı toplam CFU doku gram başına CFU belirlemek için doku ağırlıkları tarafından bölün.
NOT: Doku işleme sırasında tüm örnekleri buzda veya 4 °C'de saklayın. Doku homojenleri ile seri seyreltme gerçekleştirirken geniş delikli pipet uçları kullanın. PBS içeren 96 kuyulu mega bloğu önceden hazırlayın.
3. Picrosirius Kırmızı boyama ve kollajen niceliksel.
- % 10 tamponlu formalin gecede cekal dokuları düzeltmek ve parafin katıştırma için hazırlamak. Picrosirius Kırmızı boyama için cut 5-μm kesitler daha önce açıklandığı gibi25.
- Parlak alan mikroskobundaki tüm cecal kesitlerin kompozit görüntülerini yakalayın.
- Fiji'yi (ImageJ) açın ve .tif resim dosyasını araç çubuğuna sürükleyip bırakın.
- Menü çubuğunda, görüntüyü kırmızı, yeşil ve mavi kanallara bölmek için Resim > Tür > RGB Yığını'nı seçin. Kanalı Yeşil'e ayarlamak için panelin altındaki yatay çubuğu kaydırın.
- Aç Resim > Ayarla > Eşik aracı. Arka plan sinyallerini ortadan kaldırmak için minimum ve maksimum sınırları ayarlayın. İstenilen eşik ayarlandıktan sonra, eşik aracını kapatın ve Analiz > Ölçümleri Ayarla'yagidin. Alan, Alan Fraksiyonu, Eşiğe Sınır veGörüntü etiketini işaretleyin.
- Doku bölümünü Serbest El seçimleri veya Çokgen seçimleri aracıyla açın ve Analiz > Ölçü'yetıklayarak kollajen için pozitif % alanını ölçün.
- Doku bölgesine kollajen boyama için mutlak alan pozitif normale.
NOT: Fiji (ImageJ) https://fiji.sc adresinden indirilebilen açık kaynak kodlu bir programdır. Aynı yakalama koşullarına (yani parlaklık ve odak) sahip görüntülerin doğru niceleme için aynı eşik sınırlarına sahip olması gerekir. Seçilen doku içinde herhangi bir arka plan boyama varsa, mutlak alanı ölçmek ve tüm doku kollajen için olumlu bölgeden çıkarmak.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Streptomisin tedavisi nin ardından S. ile oral enfeksiyon Typhimurium ΔAroA özellikle çekumda sağlam bağırsak iltihabı ve fibrozise yol açar (Şekil 1). Tipik patojen yükleri 1 g çekum başına 108 ila 109 CFU ve 1 g dalak başına 104 CFU enfekte hayvanlardan kurtarılabilir(Şekil 2). Pikrosirius kırmızı lekeli çekal kesitlerinde fibrozisin değerlendirilmesi enfeksiyondan 21 gün sonra pik fibrozisi gösterirken patolojinin büyük kısmı 42 pi gün ile çözülür(Şekil 3 ve Şekil 4). Kollajen birikimi en çok bağırsak submukozasında belirginken, mukozadaki fibrozis daha hafiftir.
Şekil 1. Histoloji, Salmonella yük değerlendirmesi ve sitokin nicelleştirme için sekal kesit diyagramı.
Cekal ucu temsil eden segment 1 gen ekspresyonu analizi için kullanılabilirken, histoloji için %10 tamponlu formalin de segment 2 sabitlenir ve Segment 3 bakteriyel numaralandırma için homojenize edilir.
Şekil 2. Ceca ve dalaklarda patojen yükleri.
Salmonella Enfeksiyon sırasında doku ağırlığı başına CFU. Bu rakam Lo ve ark.26'dandeğiştirilmiştir. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Şekil 3. Picrosirius bağırsak dokusunun kırmızı lekeli kesitleri.
Enfekte olmayan hayvan ve hayvanlardan ceca parlak alan görüntüleri 21 ve 42 gün sonra S. Tiphimurium ΔAroA enfeksiyonu. Ölçek çubuğu, 200 μm. Bu rakam Lo ve ark.26'dandeğiştirilmiştir.
Şekil 4. Kollajen birikiminin morfometrik analizlerle ölçülmesi.
(A) PSR+ boyama doku bölgesine normalleştirildi. Dunns sonrası testi ile tek yönlü ANOVA Kruskal-Wallis testi ile belirlenen önem. **, P < 0.01, N.S., P > 0,05. Bu rakam Lo ve ark.26'dandeğiştirilmiştir. (B) Fiji kullanarak cekal dokuda kollajen nicelleştirme örneği. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
IBD patogenezini anlamamız, bağırsak iltihabının fare modelleri ile büyük ölçüde geliştirilmiştir. Bu tür bireysel modeller karmaşık ve multifaktöriyel insan hastalığının tüm özelliklerini özetlemese de, hastalığın ilerlemesinin temel özelliklerini belirlemede yararlı olmuştur. Mevcut tedaviler hastalık gelişimini tersine çevirmede etkisiz olduğundan, IBD ile ilişkili fibrotik darlıklar karşılanmamış önemli bir klinik ihtiyaç olmaya devam etmektedir. Ayrıca, bağırsak fibrozismevcut hayvan modellerinde sınırlamalar nedeniyle bir laboratuvar ortamında çalışmak zordur. BALB/ c farelerde TNBS kronik maruz il-13 ve TGF-B1 sinyal27tarafından tahrik kolon sağlam kollajen birikimi neden olduğu gösterilmiştir,28. Ancak, bağırsak fibrozisyaygın DSS tedavisi, IL-10-eksik, veya benimseyen T hücre transferi modelleri gibi kolit diğer rutin olarak kullanılan laboratuvar modellerinde gözlenmez. Grassl ve ark. zayıflatılmış ΔAroA mutant Salmonella suş ile C57Bl6 kronik gastrointestinal enfeksiyon çekum mukozal ve submukozal bölgelerde sağlam fibrozis sonuçları gösterdi12. Onlar pik fibrozis enfeksiyondan üç hafta sonra meydana geldiğini bildirdi ve Th1 ve Th17 bağışıklık ve yüksek pro-fibrotik faktörler TGF-B1, CTGF ve IGF-112ile ilişkili idi . Bu patoloji şiddetli inflamasyon ve fibrozis transmural olduğu gibi CD anımsatır. IBD tipik olarak ilerleyici olmakla birlikte, kronik Salmonella enfeksiyon modelinin önemli bir sınırlaması fibrotik immünopatolojinin geçici doğasıdır. C57Bl/6 farelerinde bağırsak hastalıkları genellikle enfeksiyon dan sonra altıncı haftada çözülür. Bu eksiklik rağmen, Bu enfeksiyon modelinin ikinci aşamalarında faktör veya hastalık remisyon teşvik dahil süreçleri belirlemek için kullanılabilir26.
Kolitin bakteriyel patojen güdümlü modelleri iyi çalışılmış olsa da Salmonella ve CD arasında bir ilişki yoktur. Ancak, kronik Salmonella kolonizasyonunun son aşamalarında fibrotik hastalığın büyüklüğünün, patolojinin bir kez ağır bağırsakta "kendi kendine yayıldığını" düşündüren patojen yüklerle doğrudan ilişkili olmadığı ileri sürülmüştür. inflamasyon Salmonella29tarafından başlatılır. Buna karşılık, yapışık-invaziv Escherichia coli (AIEC) patovar güçlü hastaların ileal mukoza yüksek yaygınlığı nedeniyle CD gelişimi ile bağlantılı olmuştur30. Buna ek olarak, c57Bl/6 dahil olmak üzere çeşitli fare suşlarının ileum, çekum ve kolon kolonlarının kalıcı AIEC kolonizasyonu (9 haftaya kadar) flagellin ekspresyonu ile bağırsakta sağlam matris birikimine yol açarak bunun fibrojenik indüksiyon potansiyelini ortaya çıkarmaktadır. pathobiont31,32. İnmüteel fibrozisin enfeksiyon odaklı modellerinin son gelişimi IBD'nin sağlam deneysel modellerini sağlamıştır. Bunlar, virülans faktörleri de dahil olmak üzere enterik bakteri türleri arasındaki ilişkiyi incelemek için yeni sistemler sağlamıştır ve IBD ile ilişkili fibrozis anlayışımızı geliştirebilecek duyarlılık faktörlerine ev sahipliği yapmaktadır.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Yazarların ifşa etmesi gereken herhangi bir çıkar çatışması yok.
Acknowledgments
Ingrid Barta'ya histoloji hizmetleri için teşekkür ederiz.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 2 ml round bottom safe lock tubes | Eppendorf | 22363344 | |
| Stainless steel beads | Qiagen | 69989 | |
| PBS | Gibco | 10010031 | |
| Large-Orifice Pipet Tips | Fisher | 2707134 | |
| 2 mL megablock plates | Sarstedt | 82.1972.002 | |
| Gavage needles | FST | 18061-22 | |
| Streptomycin sulfate | Sigma | S9137 | |
| Mixer mill | Retsch | MM |
References
- Danese, S., Fiocchi, C.
- Baumgart, D. C., Sandborn, W. J.
- Knights, D., Lassen, K. G., Xavier, R. J. Advances in inflammatory bowel disease pathogenesis: linking host genetics and the microbiome. Gut. 62 (10), 1505-1510 (2013).
- Xavier, R. J., Podolsky, D. K. Unravelling the pathogenesis of inflammatory bowel disease. Nature. 448 (7152), 427-434 (2007).
- Cho, J. H. The genetics and immunopathogenesis of inflammatory bowel disease. Nature Reviews Immunology. 8 (6), 458-466 (2008).
- Ogura, Y., et al. A frameshift mutation in NOD2 associated with susceptibility to Crohn's disease. Nature. 411 (6837), 603-606 (2001).
- Jostins, L., et al. Host-microbe interactions have shaped the genetic architecture of inflammatory bowel disease. Nature. 491 (7422), 119-124 (2012).
- Rivas, M. A., et al. Deep resequencing of GWAS loci identifies independent rare variants associated with inflammatory bowel disease. Nature Genetics. 43 (11), 1066-1073 (2011).
- Rioux, J. D., et al. Genome-wide association study identifies new susceptibility loci for Crohn disease and implicates autophagy in disease pathogenesis. Nature Genetics. 39 (5), 596-604 (2007).
- Uhlig, H. H., Powrie, F. Mouse models of intestinal inflammation as tools to understand the pathogenesis of inflammatory bowel disease. European Journal of Immunology. 39 (8), 2021-2026 (2009).
- Nell, S., Suerbaum, S., Josenhans, C. The impact of the microbiota on the pathogenesis of IBD: lessons from mouse infection models. Nature Reviews Microbiology. 8 (8), 564-577 (2010).
- Grassl, G. A., Finlay, B. B.
- Barthel, M., et al. Pretreatment of mice with streptomycin provides a Salmonella enterica serovar Typhimurium colitis model that allows analysis of both pathogen and host. Infection and Immunity. 71 (5), 2839-2858 (2003).
- Grassl, G. A., Valdez, Y., Bergstrom, K., Vallance, B. A., Finlay, B. B. Chronic Enteric Salmonella Infection in Mice Leads to Severe and Persistent Intestinal Fibrosis. Gastroenterology. 134 (3), 768-780 (2008).
- Hoiseth, S. K., Stocker, B. A. Aromatic-dependent Salmonella typhimurium are non-virulent and effective as live vaccines. Nature. 291 (5812), 238-239 (1981).
- Valdez, Y., Ferreira, R. B., Finlay, B. B. Molecular mechanisms of Salmonella virulence and host resistance. Current Topics in Microbiology and Immunology. 337, 93-127 (2009).
- Valdez, Y., et al. Nramp1 drives an accelerated inflammatory response during Salmonella-induced colitis in mice. Cellular Microbiology. 11 (2), 351-362 (2009).
- Lo, B. C., et al. The orphan nuclear receptor RORalpha and group 3 innate lymphoid cells drive fibrosis in a mouse model of Crohn's disease. Science Immunology. 1 (3), eaaf8864 (2016).
- Burke, J. P., et al.
- Hogan, B. L., et al. Repair and regeneration of the respiratory system: complexity, plasticity, and mechanisms of lung stem cell function. Cell Stem Cell. 15 (2), 123-138 (2014).
- Fiocchi, C., Lund, P. K. Themes in fibrosis and gastrointestinal inflammation. American Journal of Physiology-Gastrointestinal and Liver Physiology. 300 (5), G677-G683 (2011).
- Rieder, F., Fiocchi, C. Intestinal fibrosis in IBD—a dynamic, multifactorial process. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 6 (4), 228-235 (2009).
- Bouguen, G., Peyrin-Biroulet, L. Surgery for adult Crohn's disease: what is the actual risk? Gut. 60 (9), 1178-1181 (2011).
- Wynn, T. A. Cellular and molecular mechanisms of fibrosis. The Journal of Pathology. 214 (2), 199-210 (2008).
- Junqueira, L. C., Bignolas, G., Brentani, R. R. Picrosirius staining plus polarization microscopy, a specific method for collagen detection in tissue sections. Histochem J. 11 (4), 447-455 (1979).
- Lo, B. C., et al. IL-22 Preserves Gut Epithelial Integrity and Promotes Disease Remission during Chronic Salmonella Infection. Journal of Immunology. 202 (3), 956-965 (2019).
- Fichtner-Feigl, S., et al. Induction of IL-13 triggers TGF-beta1-dependent tissue fibrosis in chronic 2,4,6-trinitrobenzene sulfonic acid colitis. Journal of Immunology. 178 (9), 5859-5870 (2007).
- Fichtner-Feigl, S., et al. IL-13 signaling via IL-13R alpha2 induces major downstream fibrogenic factors mediating fibrosis in chronic TNBS colitis. Gastroenterology. 135 (6), e2001-e2007 (2013).
- Johnson, L. A., et al. Intestinal fibrosis is reduced by early elimination of inflammation in a mouse model of IBD: impact of a "Top-Down" approach to intestinal fibrosis in mice. Inflammatory Bowel Diseases. 18 (3), 460-471 (2012).
- Darfeuille-Michaud, A., et al. High prevalence of adherent-invasive Escherichia coli associated with ileal mucosa in Crohn's disease. Gastroenterology. 127 (2), 412-421 (2004).
- Small, C. L., Reid-Yu, S. A., McPhee, J. B., Coombes, B. K. Persistent infection with Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli leads to chronic inflammation and intestinal fibrosis. Nature Communications. 4, 1957 (2013).
- Imai, J., et al. Flagellin-mediated activation of IL-33-ST2 signaling by a pathobiont promotes intestinal fibrosis. Mucosal Immunology. , (2019).
