Identificação Automática de Ramos Dendráticos e sua Orientação

O SOA é uma ferramenta automatizada que possui uma interface fácil de usar, para identificação, segmentação e extração de informações morfológicas importantes a partir de imagens de redes complexas de linhas 2D. O processo de trabalho é simples e intuitivo e os dados são obtidos de forma imediata e fácil. Além disso, como o SOA é adaptável e flexível, sua capacidade analítica pode ser expandida para outras aplicações.

O SOA pode ser usado para a análise de outros tipos de redes 2D, como redes de células não neurais, estruturas complexas geradas pelo citoesqueleto e redes não biológicas, como nanotubos. Abra a página web, encontre o SOA. zip zipped pasta, e baixar o arquivo zip clicando duas vezes.

Descompacte a pasta clicando com o botão direito do mouse e selecionando arquivos de extrato. Observe o caminho de extração na janela de opções que abre na caixa de texto de endereço de destino que exibe o caminho para os arquivos extraídos. Em seguida, abra o arquivo SOA extraído e clique duas vezes em SOA.exe.

Aguarde a abertura de uma janela preta, após a qual o aplicativo será exibido. Na barra de menu de upload do espectador SOA, selecione escolher arquivo e escolha uma imagem nos arquivos do computador e clique nela. Clique em abrir, observe o caminho do arquivo e clique em seguida.

Para otimização de segmentação nas bordas, ajuste o limiar para o display selecionando o limiar e digitando um número. Nas linhas de mesclagem, ajuste a distância mínima para mesclar para o display selecionando a distância mínima para mesclar e digitar um número, e o ângulo mínimo para mesclar para o display selecionando o ângulo min para mesclar e digitar um número. Em seguida, clique em criar imagem de segmentação de visualização e alterar os parâmetros para alcançar a identificação máxima dos segmentos.

Se as propriedades precisarem ser alteradas, clique no botão de janela de fechamento e reajuste o limiar na distância mínima e ângulo para mesclar. Para criar os arquivos de saída, pressione bem para visualizar as imagens de segmentação nos gráficos de análise. Na janela que aparece, selecione um local onde o arquivo xlsx será salvo.

Insira um nome de arquivo e escolha salvar e aguarde o arquivo xlsx com dados a serem criados e salvos. Para navegar para frente e para trás entre as visualizações previamente definidas, use os botões para frente e para trás. Ative o pano de garimpo e o zoom pressionando o botão de zoom e, em seguida, mova o mouse para o local desejado.

Em seguida, coloque a figura pressionando e segurando o botão esquerdo do mouse enquanto arrasta-a para uma nova posição. Solte o botão do mouse e o ponto selecionado na imagem aparecerá na nova posição. Segure as teclas X ou Y para restringir o movimento dos eixos.

Para ampliar, segure o botão direito do mouse e arraste-o para um novo local. Mova-se para a direita para ampliar o eixo x e mova-se para a esquerda para diminuir o zoom no eixo x. Faça o mesmo para o eixo y em movimentos para cima e para baixo.

Ao ampliar, observe que o ponto sob o mouse permanece parado, tornando possível ampliar ou sair ao redor desse ponto. Use as teclas modificador, X, Y ou Control, para limitar o zoom à reserva de proporções X, Y ou proporção, respectivamente. Para ativar o zoom no modo retângulo, clique no botão zoom para retângulo.

Coloque o cursor sobre a imagem e pressione o botão esquerdo do mouse. Arraste o mouse para um novo local enquanto segura o botão para definir uma região retangular. Use a ferramenta de configuração de subtrama para configurar a aparência da subtrama.

Para abrir um arquivo salvar o diálogo, clique no botão salvar e salve o arquivo nos formatos apropriados. Um fluxo de trabalho TÍPICO do SOA é aplicado a uma imagem 2D representativa de uma rede dendrítica rotulada com um anticorpo anti-MAP2 fluorescente. A GUI do SOA permite a comparação da imagem original com a imagem segmentada e fornece monitoramento em tempo real do efeito de quaisquer alterações nas configurações de segmentação.

Os ramos dendráticos são classificados como paralelos crescentes e não paralelos. Uma vez concluída a análise, o número de ramos paralelos dentro da faixa testada é extraído e plotado em um gráfico de frequência. Para entender se a extensão do crescimento paralelo entre os ramos dendráticos é aleatória ou direcionada, os resultados deste gráfico são comparados aos extraídos da simulação de crescimento aleatório de linhas do mesmo número que os dos ramos dendráticos nas culturas.

O SOA então mede as distâncias entre os ramos paralelos, bem como os comprimentos dos ramos dendráticos paralelos e não paralelos e seus comprimentos médios. Para determinar se existem direções preferenciais de crescimento, o SOA exibe um histograma de distribuição dos ângulos de crescimento dos ramos dendráticos, permitindo a identificação rápida das direções de crescimento preferenciais e ramos dendráticos específicos em cada grupo. A saída SOA pode ser usada como um banco de dados para ferramentas que realizam análises mais aprofundadas e complexas.