Summary
ووصف الإجراء الاستعمار التدريجي لمواصلة تقييم تأثيره على المضيف الاستقلاب الكبدي. ويتم رصد الاستعمار غير جراحية من خلال تقييم إفراز البول من الجراثيم التي شاركت في الأيضات الرنين المغناطيسي النووي القائم على التنميط الأيضية في حين يتم تقييم استقلاب كبدي بواسطة عالي الدقة ماجيك غزل زاوية (ماس HR) الرنين المغناطيسي النووي التنميط من الخزعة سليمة.
Abstract
فمن المعروف أن البكتيريا الأمعاء تساهم بشكل كبير في التوازن المضيفة ، وتوفير مجموعة من المزايا مثل حماية المناعي وتوليف الفيتامين. وهم يزودون أيضا المضيف مع كمية كبيرة من المواد الغذائية ، مما يجعل هذا النظام البيئي جهازا الأيض الأساسية. في سياق تزايد الأدلة على العلاقة بين النباتات الأمعاء ومتلازمة الأيض ، وفهم التفاعل الأيضي بين المضيف ومجهريات البقعة في الأمعاء أصبح يشكل تحديا هاما للبيولوجيا الحديثة. 1-4
الاستعمار (كما يشار إلى عملية التطبيع) يعين إنشاء الكائنات الحية الدقيقة في الحيوانات الجرثومية خالية من السابق. في حين أنه هو عملية طبيعية تحدث عند الولادة ، كما انها تستخدم في الحيوانات الجرثومية خالية من الكبار للسيطرة على النظام الإيكولوجي الأمعاء الزهرية وكذلك تحديد تأثيرها على عملية الأيض المضيف. إجراء مشترك للسيطرة على عملية الاستعمار هو استخدام الأسلوب بالتزقيم مع singlه أو خليط من الكائنات الحية الدقيقة. نتائج هذا الأسلوب في استعمار سريعة جدا ، ويقدم سيئات يجري مرهقة للغاية 5. ولذلك فمن المفيد للحد من التوتر والحصول على عملية أبطأ الاستعمار تدريجيا لمراقبة تأثير إنشاء البكتيرية على استقلاب المضيف.
في هذا المخطوط ، وصفنا إجراء لتقييم وتعديل الاستقلاب الكبدي أثناء عملية استعمار تدريجية باستخدام التنميط الأيضية غير مدمرة التقنية. نقترح لرصد الأمعاء الميكروبي الاستعمار من خلال تقييم النشاط الميكروبي الأيض القناة الهضمية التي تعكسها وإفراز البول من الجراثيم التي شاركت في الأيضات التنميط 1 H NMR الأيضية مقرا لها. وهذا يسمح تقديرا لاستقرار النشاط الميكروبي وراء إنشاء القناة الهضمية المستقرة للأمعاء النظام الإيكولوجي الميكروبية المقررة عادة من خلال رصد البكتيريا البرازية التي DGGE (تغيير طبيعة التدرج الكهربائي للهلام). 6الاستعمار تجري في بيئة مفتوحة وغير التقليدية بمبادرة من القمامة القذرة المتسخة من الحيوانات التقليدية ، والتي ستكون بمثابة الضوابط. القوارض يجري الحيوانات آكل البراز ، وهذا يضمن وجود الاستعمار متجانسة كما هو موضح سابقا. 7
يقاس كبدي التنميط الأيضية مباشرة من خزعة الكبد سليمة باستخدام 1 H ماجيك عالية الدقة زاوية غزل الرنين المغناطيسي الطيفي. هذه التقنية نصف الكمية يقدم وسيلة سريعة لتقييم ودون الإضرار بنية الخلية ، والأيضات الرئيسية مثل الدهون الثلاثية والجلوكوز والجليكوجين من أجل مزيد من تقدير التفاعل المعقد بين عملية الاستيطان والاستقلاب الكبدي 70-10. ويمكن أيضا هذه الطريقة يمكن تطبيقها على أي نوع من الأنسجة خزعة 11،12.
Protocol
1. استعمار الجرثومية خالية من الحيوانات وجمع العينات
- إزالة الجرثومية خالية من الحيوانات من العوازل وإيوائهم في غرفة تربية التقليدية في أقفاص مجهزة تصفية أمام الحيوانات التقليدية التي ستكون بمثابة الضوابط (الشكل 1).
- half مزيج من القمامة (3 أيام من العمر) التي اتخذت من قفص الرقابة التقليدية مع القمامة من الحيوانات الجرثومية خالية. دائما 1 / 3 من القمامة التقليدية القذرة في كل مرة لا بد من تجديدها من أجل الحفاظ على مستوى البكتيريا (يبقيه على الأقل لمدة 3 أيام).
- جمع البول في microtube 1.5 مليلتر من خلال التعامل مع الماوس فوق الأنبوب ويساعد التبول بواسطة التدليك برفق الامعاء. المفاجئة للتجمد على الفور في النيتروجين السائل. متجر على الأقل حتى -40 درجة مئوية تحليل الرنين المغناطيسي النووي. مطلوب حد أدنى لحجم 20 ميكرولتر لاقتناء مع التحقيق الذي تجريه NMR 5 ملم ، ولكن من المستحسن استخدام 30 ميكرولتر لتحسين نوعية التنميط الأيض.
- وينبغي أن الحيوانات به الموت الرحيم دون استخدام أي مخدر من أجل تجنب الخلط الرنين المغناطيسي الرنين بسبب الاستقلاب الكبدي من المركبات مخدر (على سبيل المثال ، استخدم خلع عنق الرحم يليه تأكيد الموت استنزاف)
2. توصية لجمع خزعة الكبد
- لا تستخدم أي منتجات تحتوي على الكحول لتفادي التلوث. تغسل الأدوات باستخدام محلول ملحي ، أو فقط.
- لا خرم المرارة. في حالة تسرب الصفراء ، والأنسجة يغسل بالماء فورا أو بمحلول ملحي.
- جمع خزعات الكبد (حوالي 15-50 ملغ) من الفص الأيسر كما هو موضح في الشكل 2. الخزعات لاستنساخه ، وجمع باستمرار في وسط الفص الأيسر تجنب المناطق المحيطة حيث النسيج هو أرق.
- المفاجئة الخزعات تجميد في النيتروجين السائل على الفور ، وتخزينها في التحليل حتى -80 درجة مئوية الرنين المغناطيسي النووي.
3 1 H NMR اقتناء microvolume من البول
4 1 H NMR ماس HR خزعة من أنسجة الكبد : إعداد العينة
- MAS مكونات الدوار والأدواتموضح في الشكل 4.
- إدراج خزعة (حوالي 15-50 ملغ) في الدوار الزركونيوم (الشكل 4 (1)) ، وملء ما تبقى من وحدة التخزين مع خالص O 2 D لقفل الرنين المغناطيسي النووي. كن حذرا في عدم تقديم أي فقاعات لأن هذا من شأنه أن يغير من نوعية وجودة الملئ لاحقة من الحصول على البيانات.
- إدراج 50 ميكرولتر هل تفلون (الشكل 4 (2)) باستخدام المسمار اسطوانية الشكل (4 (5)). فك عليه ومعايرتها باستخدام مقياس العمق على الجانب القصير (الشكل 4 (8)). في هذه الخطوة ، فمن المهم لدفع اهتمام خاص للعينة لأن جزءا من أنها يمكن أن تتسرب من خلال ثقب الفاصل. إذا كان هذا هو الحال ، ثم هدم جزء من عينة خزعة والوزن لم يعد يمكن الاعتماد عليها. وبالتالي فمن الضروري أن نبدأ مرة أخرى من بداية التحضير للعينة.
- وضع دبوس thead (الشكل 4 (3)) والمسمار برفق مع مفك البراغي (الشكل 4 (6)). تجف المياه المتبقية مع أي قطعة من نسيج الجسم.
- وضع سقف (الشكل 4 (4)) فيأعلى الدوار وإدراجه في باكر الدوار (الشكل 4 (6)). اضغط بشدة حتى الغطاء في مكانه. ينبغي ألا يكون هناك أي مساحة اليسار بين الدوار وغطاء لها.
- علامة نصف الجزء السفلي من الدوار باستخدام قلم علامة سوداء للسماح البصرية الكشف معدل زيادة ونقصان.
- مكان الدوار داخل مطياف الرنين المغناطيسي النووي وبدء الغزل عند 5 كيلو هرتز. 1 الحصول على طيف الرنين المغناطيسي H باستخدام CPMG نبض تسلسل 13 وفقا لمبادئ توجيهية الصانع.
- استخدام الرنين α الجلوكوز في المصاوغ الكربونيلي 5.22 جزء في المليون (مزدوجة) أطياف الرنين المغناطيسي النووي لمعايرة.
- فك الدوار ، والمضي قدما عن طريق إزالة الغطاء باستخدام مزيل قبعة (الشكل 4 (9)). فك وإزالة دبوس thead تفلون هل باستخدام المسمار اسطوانية. يغسل جيدا باستخدام الماء والمنظفات.
5. ممثل النتائج
يمكن رصد نشاط الأمعاء الميكروبي باستخدام البولية التنميط الأيض. وهناك عدد كبير من الجراثيم البوليةوقد وصفت المشترك الأيضات التعرف عليها عن طريق الرنين المغناطيسي H 1 في الأدب 7،14-17. هذه الجراثيم المشترك الأيضات مفيدة بشكل خاص لمراقبة عملية الاستعمار لأنها توفر طريقة سريعة وموسع لتقدير النظام الإيكولوجي عندما أنشئت حديثا مستقرة. 5A يوضح الشكل بوضوح مظهر الميكروبية الأمعاء شارك في عملية الأيض أكثر من الاستعمار. هذا الرقم يدل على الشخصية التي تم الحصول عليها الأيضية البولية باتباع الإجراء الموضح في الخطوة 2 للحيوان استعمرت 20 يوما باستخدام الإجراء الموضح في الخطوة 1. لم هذا الحيوان لا تفرز أي سلفات إندوكسيل وكميات قليلة جدا من phenylacetylglycine (PAG) و ف كريسول سلفات على الدولة خالية من الجراثيم (اليوم 0 - الأزرق). كما تقدم الاستعمار ، وهذه علامات 3 من استقلاب البروتين من الأمعاء مجهريات البقعة زيادة كبيرة في التوصل الى توازن في يوم 20 (الحمراء). هذا أمر سهل ولا سيما لرصد لمجموعة من الحيوانات كما هو موضح في الشكل 5B باستخدام PAGالرنين. تم الحصول على هذا الرسم من خلال دمج المنطقة تحت الرنين أبرزت باللون الرمادي في الشكل 5A (7،40-7،43 δ) ، المقابلة لالرنين المحددة (الثلاثي) من PAG لمجموعة من 7 الحيوانات.
1 H السامية زاوية ماجيك غزل القرار (ماس HR) الرنين المغناطيسي الطيفي هو أسلوب غير المدمرة التي تتيح التملك سريعة وقابلة للتكرار لمحات الأيضية من أي نوع من الخزعة 18. في هذا البروتوكول ، واستخدمنا هذه التقنية القوية للحصول على ملف الأيض كبدي من 2 الفئران قبل (الأزرق) وبعد (الحمراء) الاستعمار (الشكل 6). ويوضح هذا الرقم جيدا من المعلومات التي يمكن استخلاصها من ماس الرنين المغناطيسي النووي القائم على ملف الأيض. يمكن أن العديد من الأحماض الأمينية وكذلك الأيضات المستمدة من عملية الأيض نشطة مثل الغلوكوز اللاكتات ، الجليكوجين والدهون الثلاثية ، (D) - 3 - البيتاهيدروكسي nicotinurate ويمكن تصور. هذه التشكيلات تحتوي أيضا على المعلومات ذات الصلة الاكسدة (أي أن الاسكوربيكإدارة البحث الجنائي ، الجلوتاثيون) ، والتمثيل الغذائي النوكليوتيدات (أي إينوزين ، يوريدين) وميثيل الأيض (أي الكولين ، ثلاثي ميثيل أمين أكسيد - N -). في هذا المثال ، فمن الواضح جدا أن الجرثومية خالية الماوس يعرض تقريبا أي الجليكوجين وكميات قليلة جدا من السكر والدهون الثلاثية كما تنطبق عليها 7.
الشكل 1. نظرة عامة على بروتوكول الاستعمار. إيواء الحيوانات الجرثومية خالية والتقليدية في أقفاص مجهزة الجانب المرشحات إلى جنب ، ويتم تبادل الفضلات لتسمح الاستعمار التدريجي من القناة الهضمية التقليدية مجهريات البقعة (1). ويتم رصد نشاط الأمعاء الميكروبي باستخدام 1 H NMR الأيضية التنميط القائم على (2-3). ويتم تقييم الاستقلاب الكبدي بنسبة 1 H NMR ماس الموارد البشرية القائمة على التنميط الأيضية (4-5).
الشكل 2. الفأر يعيشص التشريح. يتم عرض الكبد مثل الجانب المسطح من الجهاز يواجه الطاولة. الخزعات لاستنساخه ، ينصح دائما لجمع عينات من وسط الفص الأيسر كما يدل على ذلك المستطيل متقطع.
الشكل 3 1.7 ملم عدة NMR الشعرية للعمل مع microvolumes المهمة : 1.. : 2.5 مم microtube الرنين المغناطيسي النووي ، 2 : 1.7 مم NMR أنبوب شعري ، 3 : محول شعرية ، 4 : استخراج قضيب.
. الشكل 4 ماس المعدات الرئيسية الدوار : 1 : ماس الدوار ، 2 : 50 هل تفلون ميكرولتر ، 3 : Thead دبوس ، 4 : كأب ، 5 : المسمار اسطوانية ، 6 : مفك ، 7 : الدوار باكر ، 8 : قياس العمق.
الشكل 5. تطور التشكيلات الأيضية البولية خلال colonizatioن.
- وقد استمدت التكبير على المنطقة العطرية من أطياف بين 6،8-7،8 جزء في المليون حيث شارك في الأيضات الميكروبية يمكن تصور. 1 H NMR أطياف من فرد واحد في اليوم 0 (الأزرق) ، 4 (الأخضر) ، 15 (البرتقال) و 20 (الحمراء) في مرحلة ما بعد الاستعمار. المنطقة الرمادية يتوافق مع المنطقة التي كانت متكاملة لجعل الرسم التخطيطي في مفتاح باء : 1 - MeHistamine : 1 - methylhistamine ؛ إندوكسيل - S : سلفات إندوكسيل ؛ له : الحامض الأميني ؛ ف كريسول - S : ف كريسول سلفات ؛ PAG : Phenylacetylglycine.
- متوسط تركيز PAG أثناء الاستعمار (ن = 7). وقد استخدم الطالب اختبار t لمقارنة الفرق في تركيز تسيران في نقاط زمنية مختلفة : : ع <0.05 مقارنة مع اليوم 0 ؛ ب : ع <0.01 مقارنة ب 10 يوما.
الشكل 6. نموذجي 600 ميغاهرتز 1 H NMR ماس الموارد البشرية أطياف خزعات الكبد المستمدة من جرثومة الحرة (الأزرق) والسابقين الجرثومية خالية (إعادةد) الفئران. البروتونات جريئة هي المسؤولة عن الرنين التراي الرئيسية : 3 - HB : 3 - البيتاهيدروكسي ، GSH : الجلوتاثيون مخفضة ، TGS : الشحوم الثلاثية ، TMAO : ثلاثي ميثيل أمين - N - أكسيد.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
في هذا البروتوكول ، وصفنا إجراء الاستعمار التدريجي في بيئة مفتوحة لمزيد من التحقيق أثر مجهريات البقعة الأمعاء على الاستقلاب الكبدي المقررة بنسبة 1 H NMR التنميط HR MAS من الخزعة سليمة. وقد وصفت وسائل مختلفة من الاستعمار في الأدب. الأساليب الأكثر شيوعا لاستعمار الحيوانات مع مجهريات البقعة المحددة هي بالتزقيم شفوية أو مياه الشرب الملوثة 19،20. ويمكن أيضا أن يستخدم التلقيح البراز كما هو موضح سابقا 21. ويستمد أسلوب الاستعمار المعروضة هنا من أسلوب "تطبيع" للحيوانات خالية من الجراثيم التي وصفها آخرون كوبمان بن JP. في عام 1986 22. في هذا المنشور ، وضعت كتاب حيوان يعيش في المعزل التقليدية بين الحيوانات الجرثومية خالية. ومع ذلك ، فإنه ليس من الممكن دائما للحفاظ على الحيوانات في العوازل ، خصوصا إذا كانوا بحاجة إلى التلاعب أثناء عملية الاستعمار (وهذا أمر صعب خصوصا اذا عينة كولليمطلوب ction). وبالتالي بديلا للحيوانات السابقين الجرثومية خالية من منزل في بيئة مفتوحة التقليدية في وجود القمامة المتسخة من الحيوانات التقليدية الذي سيتم استخدامه كما الضوابط. بهذه الطريقة ، والتلاعب الحيوانية لغرض الاستعمار هو الحد الأدنى ، وهذا يؤدي إلى انخفاض الضغط مقارنة للتسمين عن طريق الفم. هذا الأسلوب يسمح أيضا الاستعمار التدريجي للامعاء والتي هي أقرب إلى عملية الاستعمار الطبيعية ، ويقدم مجموعة متجانسة من الاستعمار الحيوانات تقاسم القفص نفسه ، كما ظهر من التقييم (تغيير طبيعة الكهربائي جل التدرج) DGGE من الحمض الريبي النووي الميكروبية (متوفرة كمواد تكميلية في كلوز وآخرون 7).
رصد عملية الاستيطان التي يقوم بها التنميط الأيضية البولية هو ، من السهل موسع ، طريقة سريعة وفعالة للكشف عن نشاط الجراثيم عندما تصبح مستقرة. كما أنه ليس من الضروري لمعالجة الحيوانات كل يوم لهذا الغرض ، كما هو مبين في الشكل 5B ، يتم الحفاظ على مستوى الضغط فيفي الحد الأدنى. من الجدير بالذكر أن نذكر انه حتى لو بدأ الاستعمار من قبل الحيوانات القمامة المتسخة التي تحكم التقليدية ، فمن الضروري للحفاظ على عدد متساو من تلك الحيوانات التحكم التي تسمح واحد لتقدير تأثيرات متفاوتة من التوتر والشيخوخة على الاستقلاب الكبدي. ويمكن أيضا تقنيات أخرى على أساس قياس الطيف الكتلي (MS) مثل GC - MS (اللوني للغاز) أو MS - LC (اللوني السائل) يمكن استخدامها لتحديد الجرثومية البولية المشارك الأيضات فضلا عن الحصول على لمحة من عينات السائل الأيض (أي البول ، والبلازما ، ومقتطفات الأنسجة) ، ولكن لا يمكن تطبيقه على أنسجة الخزعة سليمة. وقد GC - MS تطبيقها بنجاح على تحليل المستهدفة من الأحماض الدهنية المتطايرة 23 مستقرة. هذا الأسلوب يتطلب خطوة derivatization الذي يدخل التحيزات التي يتعين النظر بعناية خلال تحليل البيانات 24. يمكن LC - MS مفيدا بشكل خاص لتحسين الكشف عن الجراثيم شارك في التمثيل الغذائي في التنميط استهدفت 25. رغم أنتشتته التنميط الأيضية LC - MS تحسن كبير في الكشف عن حساسية الأيضات تركيز منخفض ، يمكن أن يكون من الصعب تحديد هوية وعدد كبير من الأيضات الكشف قد تبقى 26 غير معين. ولذلك ، فقد تم تنفيذ معظم الدراسات metabonomic تشتته باستخدام أحد الأبعاد 1 H NMR المنصات المرتكزة. وقد تم مناقشة مثيرة للاهتمام من مختلف الأساليب التحليلية المتاحة لأغراض التنميط الأيضية التي نشرت مؤخرا من قبل ريان وآخرون 27.
وجرى تقييم الاستقلاب الكبدي من غير المدمرة 1 H NMR HR الطيفي ماس. وقد تم اختيار هذه الطريقة لأنها لا تستلزم خطوة الاستخراج الذي يدمر الأنسجة والنتائج في أكسدة مركبات شديدة التفاعل مثل الجلوتاثيون. 1 H NMR التنميط القائم على التمثيل الغذائي ويعرض أيضا في الاستفادة من طرح ملف تشتته الأيضية من الخزعة. وبالتالي فإنه يسمح للمراقبة من مجموعة كبيرةالأيضات تغطي حيوية ، الأحماض الأمينية ، ومسارات الضغط النوكليوتيدات ، وميثيل الأكسدة ذات الصلة. والقيد الوحيد هو الحد من الكشف الذي يختلف وفقا لهيكل المركب الجزيئي. في الواقع ، يتم تحديد حد الكشف عن مادة كيميائية (أي الأيض) ، وكذلك التركيز على عدد من البروتونات يعطي ذروة الرنين وبيئتها الكيميائية. يمكن التعرف على الأصداء المستقلب يكون من الصعب أيضا على أساس 1 H NMR الموارد البشرية أطياف ماس وحده ، وبالتالي فإنه ينصح لتنفيذ بعض التجارب خارج الرنين المغناطيسي للتأكد من تعيينات 2D (أي J - حلها ، COSY ، TOCSY ، HSQC ، HMBC التجارب 28-30) 31،32. ويشيع استخدام هذا 1 H NMR ماس الموارد البشرية للدراسات تقنية metabonomic ، وفي هذه الحالة استخدام الإحصاءات المتعدد (وتسمى أيضا أساليب التعرف على نمط) ضروري 33. وقد تم في 1 H NMR الأيضية التنميط القائم على الأساليب المذكورة في تطبيق هذا البروتوكول على نطاق واسع لمختلف الحيويولا تقتصر الشروط المنطقية وتحليل عينات من البول والكبد 34-36. وجرى استعراض عام لبروتوكولات إعداد نموذج يستند إلى NMR metabonomics بواسطة Beckonert آخرون 18،37.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
ليس لدينا شيء في الكشف عنها.
Acknowledgments
وتستمد جميع أطياف الرنين المغناطيسي المستخدمة كأمثلة توضيحية من دراسة نشرت في وقت سابق 7 الذي كان مدعوما ماليا من شركة نستله.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Table of specific reagents and equipment: | |||
| 2.5 mm microtube | New Era | NE-H5/2.5-V-Br | |
| 1.7 mm capillary tube | Sigma-Aldrich | NORS175001 | |
| Capillary adapter | New Era | NE-325-5/1.7 | |
| Extraction rod | New Era | NE-341-5 | |
| HR-MAS rotor BL4 with 50 μL spherical Teflon spacer kit | Bruker Corporation | HZ07213 | |
| Tool kit for 50 μL inserts | Bruker Corporation | B2950 | |
| Advance III 600 MHz NMR | Bruker Corporation | ||
| 1H HR MAS NMR solid probe | Bruker Corporation | ||
| Deuterium oxide 99.9 % | Sigma-Aldrich | 530867-1L | |
| 3-(trimethylsilyl)propionic acid-d4 (TSP) | Sigma-Aldrich | 269913 | |
References
- Cani, P. D., Delzenne, N. M. Gut microflora as a target for energy and metabolic. Curr. Opin. Clin. Nutr. Metab. Care. 10, 729-734 (2007).
- Ley, R. E., Turnbaugh, P. J., Klein, S., Gordon, J. I. Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity. Nature. 444, 1022-1023 (2006).
- Raoult, D. Obesity pandemics and the modification of digestive bacterial flora. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 27, 631-634 (2008).
- Turnbaugh, P. J., Backhed, F., Fulton, L., Gordon, J. I. Diet-induced obesity is linked to marked but reversible alterations in the mouse distal gut microbiome. Cell. Host. Microbe. 3, 213-223 (2008).
- Balcombe, J. P., Barnard, N. D., Sandusky, C. Laboratory routines cause animal stress. Contemp. Top. Lab. Anim. Sci. 43, 42-51 (2004).
- Muyzer, G., Smalla, K. Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology. Antonie van Leeuwenhoek. 73, 127-141 (1998).
- Claus, S. P. Colonization-induced host-gut microbial metabolic interaction. MBio. 2, (2011).
- Waters, N. J. High-resolution magic angle spinning 1H NMR spectroscopy of intact liver and kidney: optimization of sample preparation procedures and biochemical stability of tissue during spectral acquisition. Anal. Biochem. 282, 16-23 (2000).
- Bollard, M. E. High-resolution 1H and 1H-13C magic angle spinning NMR spectroscopy of rat liver. Magnetic resonance in medicine. 44, 201-207 (2000).
- Lindon, J. C., Holmes, E., Nicholson, J. Pattern recognition methods and applications in biomedical magnetic resonance. Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. 39, 1-40 (2001).
- Tate, A. R. Distinction between normal and renal cell carcinoma kidney cortical biopsy samples using pattern recognition of (1)H magic angle spinning (MAS) NMR spectra. NMR. Biomed. 13, 64-71 (2000).
- Wang, Y. Topographical variation in metabolic signatures of human gastrointestinal biopsies revealed by high-resolution magic-angle spinning 1H NMR spectroscopy. Journal of Proteome Research. 6, 3944-3951 (2007).
- Meiboom, S., Gill, D. Modified spin-echo method for measuring nuclear relaxation times. The review of scientific instruments. 29, 688-691 (1958).
- Nicholson, J. K., Holmes, E., Wilson, I. D. Gut microorganisms, mammalian metabolism and personalized health care. Nat. Rev. Microbiol. 3, 431-438 (2005).
- Martin, F. P. Effects of probiotic Lactobacillus paracasei treatment on the host gut tissue metabolic profiles probed via magic-angle-spinning NMR spectroscopy. Journal of Proteome Research. 6, 1471-1481 (2007).
- Swann, J. R. Variation in Antibiotic-Induced Microbial Recolonization Impacts on the Host Metabolic Phenotypes of Rats. J. Proteome. Res. , (2011).
- Jacobs, D. M., Gaudier, E., van Duynhoven, J., Vaughan, E. E. Non-digestible food ingredients, colonic microbiota and the impact on gut health and immunity: a role for metabolomics. Curr. Drug. Metab. 10, 41-54 (2009).
- Beckonert, O. High-resolution magic-angle-spinning NMR spectroscopy for metabolic profiling of intact tissues. Nat. Protoc. 5, 1019-1032 (2010).
- Hooper, L. V. Methods in microbiology. Sansonetti, P., Zychlinsky, A. 31, Academic Press. 559-589 (2002).
- Rahija, R. J. Ch. 7. The mouse in biomedical research. Fox, J. G. , Academic Press. 217-234 (2007).
- Goodwin, B. L., Ruthven, C. R., Sandler, M. Gut flora and the origin of some urinary aromatic phenolic compounds. Biochemical Pharmacology. 47, 2294-2297 (1994).
- Koopman, J. P. 'Normalization' of germfree mice after direct and indirect contact with mice having a 'normal' intestinal microflora. Lab Anim. 20, 286-290 (1986).
- Nishikata, N., Shikata, N., Kimura, Y., Noguchi, Y. Dietary lipid-dependent regulation of de novo lipogenesis and lipid partitioning by ketogenic essential amino acids in mice. Nutrition and Diabetes. 1, 1-12 (2011).
- Spagou, K. A GC-MS metabolic profiling study of plasma samples from mice on low- and high-fat diets. J. Chromatogr. B. Analyt. Technol. Biomed. Life. Sci. 879, 1467-1475 (2011).
- Sanchez-Patan, F., Monagas, M., Moreno-Arribas, M. V., Bartolome, B. Determination of microbial phenolic acids in human faeces by UPLC-ESI-TQ MS. J. Agric. Food. Chem. 59, 2241-2247 (2011).
- Roux, A., Lison, D., Junot, C., Heilier, J. F. Applications of liquid chromatography coupled to mass spectrometry-based metabolomics in clinical chemistry and toxicology: A review. Clin. Biochem. 44, 119-135 (2011).
- Ryan, D., Robards, K., Prenzler, P. D., Kendall, M. Recent and potential developments in the analysis of urine: a review. Anal. Chim. Acta. 684, 8-20 (2011).
- Nagayama, K., Wuthrich, K., Bachmann, P., Ernst, R. R. Two-dimensional J-resolved 1H n.m.r. spectroscopy for studies of biological macromolecules. Biochem. Biophys. Res. Commun. 78, 99-105 (1977).
- Aue, W. P., Bartholdi, E., Ernst, R. R. Two-dimensional spectroscopy. Application to nuclear magnetic resonance. J. Chem. Phys. 64, 2229-2246 (1975).
- Bodenhausen, G., Ruben, D. J. Natural abundance 15N NMR by enhanced heteronuclear spectroscopy. Chemical. Physics. Letters. 69, 185-189 (1980).
- Fan, T. W. -M. Metabolite profiling by one- and two-dimensional NMR analysis of complex mixtures. Progress in nuclear magnetic resonance spectroscopy. 28, 161-219 (1996).
- Fan, T., Lane, A. Structure-based profiling of metabolites and isotopomers by NMR. Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. 52, 48-48 (2008).
- Fonville, J. M. The evolution of partial least squares models and related chemometric approaches in metabonomics and metabolic phenotyping. Journal of Chemometrics. 24, 636-649 (2010).
- Merrifield, C. A. A metabolic system-wide characterisation of the pig: a model for human physiology. Mol. Biosyst. , (2011).
- Tugnoli, V. Molecular characterization of human gastric mucosa by HR-MAS magnetic resonance spectroscopy. International Journal of Molecular Medicine. 14, 1065-1071 (2004).
- Sitter, B. Comparison of HR MAS MR spectroscopic profiles of breast cancer tissue with clinical parameters. NMR Biomed. 19, 30-40 (2006).
- Beckonert, O. Metabolic profiling, metabolomic and metabonomic procedures for NMR spectroscopy of urine, plasma, serum and tissue extracts. Nat. Protoc. 2, 2692-2703 (2007).
