SIVQ-НОК является инновационным подходом, который использует компьютерную алгоритм пространственно инвариантные квантования (SIVQ), для привода микродиссекции лазерного захвата (НОК) процесса. Рабочий процесс SIVQ-НОК значительно улучшает скорость и точность микродиссекции, с приложениями как в научно-исследовательских и клинических условиях.
SIVQ-НОК является новая методология, которая автоматизирует и оптимизирует более традиционный, удобный для пользователя зависит процесс лазерного рассечение. Его целью является создание усовершенствованного быстро настраиваемый технологию лазерного рассечения платформы. В этом докладе мы описываем интеграции программного обеспечения для анализа изображений Пространственно инвариантный вектор квантования (SIVQ) на прибор ArcturusXT. Система ArcturusXT содержит как инфракрасный (ИК) и ультрафиолетовое (УФ) лазер, что позволяет конкретной ячейке или в большой площади вскрытия. Основная цель состоит в том, чтобы повысить скорость, точность и воспроизводимость лазерного рассечения, чтобы увеличить пропускную способность. Этот новый подход облегчает микродиссекции как тканях животных и человека в научных исследованиях и клинических рабочих процессов.
Первоначально разработанная в середине 1990-х, лазерная захвата микродиссекции (НОК) позволяет пользователю точно захватить специфические клетки или клеточные регионов из раздела гистологического ткани с помощью микроскопического визуализации 1, 2. Многие исследования, сравнивающие молекулярный анализ LCM против тканей царапин проиллюстрировать значение метода 3-12. Кроме того, имеются три публикации протокола видео по технологии, которые доступны для просмотра 13, 14. Тем не менее, несмотря на его проверенной значения, НОК может быть утомительным и трудоемким, когда цель интересный дисперсной клеточной популяции в разделе гетерогенной ткани, или когда большое количество клеток, необходимых для конкретных последовательных применений, таких как протеомики. Нагрузка ложится на человека-оператора привело нас к разработке полуавтоматического подход рассечение для LCM путем объединения мощный алгоритм анализа изображений для руководства процессом LCM 15.
<р = класса "jove_content"> В сотрудничестве с Университетом штата Мичиган, наша лаборатория в NIH продлен ранее разработаны и сообщил Пространственно инвариантной векторного квантования (SIVQ) алгоритм таким образом, чтобы позволить ему полуавтомат процесс выбора тканей присущую руководствоваться микродиссекции, что делает доступной инструмент с патологоанатомом или жизни ученого в виду. Пространственно инвариант векторное квантование (SIVQ) представляет собой алгоритм, который позволяет пользователю просто "щелчок" на гистологической особенностью интерес для создания кольцевой вектор (предикат функцию изображение), который может быть использован для поиска по всему гистологическое изображение, регулируя статистический порог При необходимости 16-21. Полученный тепловая карта отображает качество матчей в исходное функции предикат изображения и затем превращают в один цвет (красный) аннотации карте, которые могут быть импортированы в LCM инструмента. Автоматизированная программа выбора, AutoScanXT, затем используется, чтобы нарисовать карту, основаннуюна аннотации SIVQ в руководстве захват клеток-мишеней из образца ткани. Подробный протокол ниже описывается реализация SIVQ в микродиссекции процесса.Мы приводим протокол для применения SIVQ-LCM чтобы microdissect иммуноокрашиванию эпителиальные клетки из FFPE человеческой ткани молочной железы. Использование алгоритма анализа изображений, таких как SIVQ, уменьшает количество практический времени, необходимого для процесса микродиссекции. Эт…
The authors have nothing to disclose.
Исследование было частично поддержана исследовательской программы Интрамурального из Национального института здоровья, Национальный институт рака, Центр по исследованию рака.
Positive Charged Glass Slides | Thermo Scientific | 4951Plus-001 | |
Xylenes, ACS reagent, ≥98.5% xylenes + ethylbenzene basis | Sigma Aldrich | 247642 | CAUTION: PLEASE USE PROPER SAFETY PROCEDURES. |
Ethyl Alcohol, U.S.P. 200 Proof, Anhydrous | The Warner-Graham Company | 6.505E+12 | CAUTION: PLEASE USE PROPER SAFETY PROCEDURES. |
Arcturus CapSure Macro LCM Caps | Life Technologies | LCM0211 | |
ArcturusXT Laser Microdissection Instrument | Life Technologies | ARCTURUSXT | |
AutoScanXT Software | Life Technologies | An optional image analysis program for the ArcturusXT Laser Microdissection Device. This is software is required for SIVQ-LCM. | |
Spatially Invariant Vector Quantization (SIVQ) | University of Michigan | This tool suite is publicly available for academic collaborations. For access to the SIVQ algorithm, please contact Dr. Ulysses Balis [Ulysses@med.umich.edu] |