Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
JoVE Journal Immunology and Infection
Click here for the English version

Immunology and Infection

Rapid Identifikasjon av gramnegative bakterier fra blodkultur buljong Bruke MALDI-TOF massespektrometri

Published: May 28, 2014 doi: 10.3791/51663
Automatic Translation
1, 1, 1, 1, 1,2,3, 1,3
1Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services, Institute of Clinical Pathology and Medical Research, Westmead Hospital, 2Centre for Research Excellence in Critical Infection, Westmead Millennium Institute, Westmead Hospital, 3Sydney Emerging Infectious Diseases Institute, University of Sydney, Westmead Hospital

Summary

Anvendelsen av matriks-assistert laser desorpsjon / ionisering flukttiden (MALDI-TOF) massespektrometri (MS) direkte til blodkulturkraften påskynder identifisering av bakterier. Den presenterte fremgangsmåten er en hurtig og pålitelig metode for identifikasjon av gram-negative bakterier direkte fra blodkulturkraften.

Abstract

En viktig rolle for den kliniske mikrobiologiske laboratorier er å tilveiebringe rask identifisering av bakterier som forårsaker blodet infeksjon. Tradisjonell identifisering krever sub-kultur signalisert blodkultur buljong med identifikasjon bare tilgjengelig etter kolonier på fast agar har modnet. MALDI-TOF MS er en pålitelig og rask metode for identifisering av de fleste klinisk relevante bakterier ved påføring på kolonier på fast medium. Anvendelsen av MALDI-TOF MS direkte til blodkulturkraften er en attraktiv metode som den har potensial til å akselerere artsidentifikasjon av bakterier og forbedre kliniske behandlingen. Det er imidlertid et viktig problem å overvinne den pre-analyse fjerning av interfererende harpikser, proteiner og hemoglobinet inneholdt i blodkulturprøver som, dersom det ikke fjernes, forstyrre MS-spektra, og kan resultere i utilstrekkelig eller lave diskriminering identifikasjonspoeng. I tillegg er det nødvendig å konsentrere bakteriellebl.a. å utvikle spektra av tilstrekkelig kvalitet. Den presenterte fremgangsmåte beskriver konsentrasjon, rensing og utvinning av Gram-negative bakterier slik at for tidlig identifisering av bakterier fra en signalisert blodkulturkraften.

Introduction

Pasienter med blodbanen infeksjon (BSI) skyldes bakterier fortsette å ha høy i sykehus dødelighet, alt 6-48% 1. Leveransen av passende empirisk antibiotika fremmer overlevelse og i undergruppen av pasienter med alvorlig sepsis, hver time forsinkelse til passende behandling korrelerer til redusert overlevelse 2,3. Følgelig, et viktig mål for den kliniske laboratoriet er å raskt oppdage, identifisere og kommunisere tilstedeværelse av bakterier i blodkulturer å informere kliniske beslutninger. Det har blitt vist at mikrobiologisk laboratorium har størst innflytelse på antimikrobiell behandling på tidspunktet for rapportering av Gram flekken 4 og nylig, viste en observasjonsstudie som matrise-assistert laser desorpsjon / ionisering flygetid massespektrometri (MALDI-TOF MS) utføres direkte på blodkulturbuljonger påvirke forskrivning på over en tredjedel av BSI forårsaket av gramnegative bakterier fem.

6,7. Teknologien er nå godt etablert og har blitt integrert i mange laboratorier for rask og nøyaktig identifisering av mikroorganismer isolert på faste medier 6,8. Den direkte anvendelse av MALDI-TOF MS til blodkultur (BC) kjøttkraft som har signalisert "positive" for mikroorganismer appellerer til både klinikere og laboratorie ledere på grunn av potensialet for å få en tidligere identifisering av mikroorganismer til lave kostnader.

Den kliniske nytten av direkte anvendelse av MALDI-TOF MS til blodkultur kjøttkraft har blitt begrenset av varierende følsomhet observert sammenlignet med standard fenotypiske kultur baserte metoder for identifisering, med rapporter om vellykket identifisering av gramnegative bakterier som strekker seg 47 til 98,9 9-11%. Variasjonen i følsomheten sannsynligvedrører BC buljong sammensetning, bakteriell begynnelseskonsentrasjon, variasjon i prøveprepareringsmetoder, så vel som noen av Gram-negative organismer som oppstår i studiepopulasjonene 9. Sammenlignet med disse andre publiserte protokoller metoden presentert her unngår bruk av etanol, ammonium-klorid, eller i tillegg (ikke-matriks) acetonitril. Som et resultat av den bakterielle pellet vil forbli levedyktige (til punktet for proteinutvinning) slik at for potensielle fenotypisk følsomhet testmetoder som skal påføres direkte på disse organismene i buljong. I tillegg har frem-metoden vist seg å være rimelig, effektiv og hurtig måte med bakteriell identifikasjon tilgjengelig innen 25 min til blodkulturGramFarging resultater med minimale "hands på" tids 12..

Denne metoden er en enkel in-house spin-lyse protokollen benytter maursyre utvinning påføres direkte på positive blodkulturbuljonger å identifisere Gram negativ bacteria med MALDI-TOF MS teknologi.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

En. Blood Kultur Broths Flagg som "positiv"

  1. Fjern signalisert blodkultur flaske fra kontinuerlig overvåking inkubasjon kabinett og plassere den i et biologisk sikkerhetskabinett. Merk: Flasker kan inneholde farlige mikroorganismer og universelle forholdsregler må følges. På grunn av faren for smittsomme aerosoler i prøvetaking, skal alle prøvetakings utføres i et biosikkerhet klasse II gjennomluftingskabinett.

2. Gram Stain er forberedt

  1. Forbered en Gram flekken fra signalisert blodkultur buljong som per lokale institusjonelle protokoller. Merk: Når Gram-negative organismer er identifisert på mikrosblodkulturkraften er behandlet i henhold til følgende metode. Når Gram-positive organismer er identifisert, er et alternativ molekylær metode rettet mot genetisk identifisering og resistensmarkører brukes på kjøttkraft (ikke adressert i denne artikkelen) 13.
e "> 3. Overføring av Markert Blood kulturkraften en Serum Skille Tube

  1. Bland forsiktig flasken blodkultur ved å snu 2-3x.
  2. Innenfor biosikkerhet kabinett feste en 10 ml sprøyte til en sikkerhetsblodoverføring enhet.
  3. Fest blodoverføringsanordning til flasken blodkultur og trekke 5 ml av væsken i sprøyten. Overfør den aspirerte BC buljong i en serum skille tube.

4. Konsentrasjon av Blood Kultur Buljong

  1. Sentrifuger serumet skille røret ved 1250 xg i 15 min, som fjerner et stort volum av røde blodlegemer.
  2. Aspirer og kast supernatanten ved hjelp av en steril overføringspipetten å være forsiktig med å la ca 1 ml av Buffy Coat umiddelbart over gel / væske-grensesnittet. Merk: De aerobe flaskene viser en klar separering av de røde blodlegemer til bunnen av røret med gel / væskegrensesnittet vises en opak hvit farge. I kontrast, nårpåføres lytisk anaerob blodkulturkraften gelen / væskegrensesnittet vises som en dyp rød farge som følge av de lyserte røde blodcellekomponenter gjenværende suspendert i supernatanten.

5. Gjenta Sentrifuge Wash Steps

  1. Bland de siste 1 ml buffy coat fluid over gel-grensesnitt med en steril pipette og deretter overføre hele volumet til et 1,5 ml mikrosentrifugerør. Sentrifuger det nye rør ved 288 xg i 30 sek.
  2. Overfør supernatanten ved hjelp av en plast engangs 1 ml overføring pipette inn i en ny 1,5 ml mikrosentrifugerør og kast røret med pelleten. Merk: Det er kritisk i dette trinn som er påpasselig med å unngå overføring av pelleten. Dette er spesielt viktig for en prøve som behandles fra den anaerobe BC flasken som supernatanten forblir pigmenterte og pelleten blir ikke alltid tydelig ses.

6. Lysis av Residual Cells

  • Sentrifuger prøven på 18 407 xg for 1 min og deretter aspirer (og kast) supernatanten med en fin tippet overføringspipetten å forlate så lite rest væske som mulig uten å forstyrre pelleten.
  • Resuspender den gjenværende pellet i 1 ml sterilt DNAse og RNAse fritt vann ved å pipettere opp og ned. Merk: Noen forfattere har beskrevet bruken av alkoholløsninger i stedet for sterilt vann for å resuspendere pelleten som gjengir bakterier ikke-levedyktige.
  • Sentrifuger de resuspenderte oppløsning ved 18 407 x g i 1 min.

    • 7. Utvinning av bakterielle Proteiner

    1. Aspirer og kast supernatanten, igjen ved hjelp aspirasjon med en fin spiss pipette sikre at så mye væske som mulig blir fjernet.
    2. Resuspender pelleten i 10 mL maursyre (70% v / v). Merk: Maursyre kan påvirke kroppen hvis det inhaleres, eller hvis den kommer i kontakt med huden. Når du forbereder eller manipulere løsninger det er recommended at ansatte bruker et avtrekksskap i tillegg til personlig verneutstyr.
    3. Bland godt ved hjelp av pipette for å sikre et homogent resuspendert løsning. Ved hjelp av pipettespissen for fysisk å bryte opp pelleten kan være nødvendig for å sikre en mer homogen løsning.

    8. Utarbeidelse av MALDI-TOF Target Plate

    1. Vaksinere en ren MALDI-TOF sikteplate med 2 mL av den tilberedte suspensjon per målet spot. Forbered tre målområder for hver prøve å overvinne den sporadisk problem mislykkede leser.
    2. La MALDI-TOF sikteplate til tørk. Hastigheten av tørkingen kan økes ved å plassere platen på kanten av avtrekksskap for å maksimere luftstrømmen på tvers av platen.
    3. Overlegg hvert tørket flekk med en pl av matriseoppløsning (10 mg / ml α-cyano-4-hydroxycinnamic syre (HCCA), 50% acetonitril, 2,5% trifluoreddiksyre). Merk: Matrix-løsning kan påvirke kroppen hvis det inhaleres eller dersom det kommer i Contact med huden. Når du forbereder eller manipulere løsninger anbefales det at ansatte bruker et avtrekksskap i tillegg til personlig verneutstyr.
    4. Tillat MALDI-TOF sikteplate tørke på kanten av avtrekksskap som beskrevet ovenfor. Sikre en homogen forberedelse fyller hver av målet flekker på plate.

    9. Place MALDI-TOF Target Plate inn i Mass Spectrometer

    1. Sett MALDI-TOF sikteplate inn i MALDI-TOF massespektrometer. Kontroller at platen sitter i flukt med fjærbelastede plater. Merk: Ikke koble til målet plate før alle mål flekker er tørr.
    2. Kontroller at gummipakningen er ren lo, støv og hår for å tillate de nødvendige vakuumforhold kan opprettes.
    3. Lukk MALDI-TOF scenen lokket og trykk deretter på "in / out"-knappen på forsiden av instrumentet. Lokket vil nå låses og tillate den nødvendige vakuum frembringes.

    10. MALDI-TOF MS Spectra Acquisition

    1. Åpne MALDI Biotyping og Flexcontrol programvare.
    2. Innenfor Typing programvare velg "ny klassifisering" fra rullegardinmenyen som heter "fil". Navn prosjektet og deretter velge "ny". Velg "Next" for å fullføre installasjonen i Typing programvare.
    3. Innenfor kontrollprogramvare vinduet identifisere den grafiske av sikteplaten på skjermen. Marker de MALDI-TOF målet flekker som er i bruk ved å bevege musen over de inokulerte flekker mens du holder nede venstre museknapp.
    4. Bruk høyre museknapp til å klikke hvor som helst på de utvalgte satsings posisjoner og deretter velge "legg analytter" fra rullegardinmenyen.
    5. Legg blodkultur identifikasjons detaljer til "ID"-kolonnen for hver av målet flekker og klikk "neste" når du er ferdig.
    6. Velg den kommersielle "taksonomi" spektra database og velg "neste". Merk: Laborier kan benytte ytterligere internt eller kommersielle databaser for å øke antallet av referansespektra.
    7. Klikk "Finish" og MALDI-TOF MS vil begynne å generere spektra. Merk: MALDI-TOF innstillinger var som per produsentens innstillinger (lineær positiv modus, 60 Hz laser frekvens, 20 kV akselerasjon spenning, 16,7 kV IS2 spenning, 170 nsec utvinning forsinkelse, og 2,000-20,137 m / z range).
    8. Hvis MALDI Control-programvaren ikke klarer å generere topper, kan manuell oppkjøp av spektra utføres (metoden ikke er beskrevet).

    11. Post Analyse Tolkning av MALDI-TOF MS Poeng

    1. Når spektra er kjøpt og analysen er fullført, velg "+"-knappen ved siden av artsidentifikasjon på Typing programvare for å utvide identifikasjons liste for hvert mål.
    2. Studer de beste fem identifikasjoner, og bemerker om topp 5 er like. Uharmoniske topp fem slekter med score ≥ 1,7 av samme målflekk hevet muligheten for blandede broths. Merk: MALDI-TOF teknologien har dårlig sensitivitet for påvisning av blandede buljonger. For eksempel, når en buljong inneholder blandede arter høy tillit stillingen kan identifiseres for bare en av de blandede arter.
    3. Når en score ≥ 2,0 er kjent for den høyeste kampen på et mål sted, rapportere arten.
    4. Når den høyeste poengsum på en target spot er ≥ 1,7, men <2,0, rapporterer kun de slekter. Hvis tilleggskriterier av de beste fem identifikasjoner er konkordant, deretter rapportere til artsnivå.

    12. Fjerning av MALDI-TOF Target Plate

    1. Når alle spektrene er ferdig trykker du på "in / out"-knappen på MALDI-TOF maskin.
    2. Åpne MALDI-TOF sikteplate kontakten og fjern MALDI-TOF sikteplate.
    3. Hvis du bruker en gjenbrukbar MALDI-TOF sikteplate, rene alle målesteder som bruker alkohol og lagre MALDI-TOF plate på RT når den er ren og tørr.

    Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

    Representative Results

    Den genererte MALDI-TOF MS-spektra er i forhold til det integrerte referansedatabase for spektra. En logaritmisk poengsum er tildelt for tilliten til kampen mellom testisolat og referansedatabasen isolerer, med anbefaling av en score ≥ 1,7 kreves for sannsynlig identifisering til slekter nivå (figur 1) og ≥ 2,0 for sannsynlig identifisering til art (Figur 2). Rapporter til artsnivå når poengsummen ≥ 1,7 og de ​​første fem identifikasjoner matchet av Typing programvare er konsistent (Figur 1) 12. Figur 3 viser resultatet når en blodkultur buljong av blandet art er analysert, i dette tilfellet Escherichia coli og Serratia marcescens. Legg merke til de fem beste matchet spektra er uharmoniske. Det har tidligere blitt vist at blandings genera vil bare bli identifisert ved denne metoden i omtrent 30% av blandede broths 12. Det er viktig å være oppmerksom på at med en blandet buljong er det mulig for en konsistent rapport av en enkelt art med en høy grad av sikkerhet stillingen. Tabell 1 oppsummerer de tidligere publiserte resultater av verifiseringen studium av denne fremgangsmåten hvori 91,8% av monomicrobial broths oppnådde en MALDI-TOF score på> 1,7, med 100% og 97,0% samstemmighet til slekts-eller arts, henholdsvis 12.

    Figur 1
    Figur 1. Den MALDI-TOF MS generert spektra for Escherichia coli med en logaritmisk score på 1.861. Til høyre er de første fem kampene identifisert av Typing programvare. Legg merke til at arten er konsekvent rapportert som Escherichia coli. Med resultatet av 1.861, og med de beste fem kampene blir E. coli identifisering er ansett pålitelig til artsnivå 12. Vennligst klikk her for å se en større versjon av dette tallet.

    Fig. 2
    Figur 2. Den MALDI-TOF MS generert spektra for Pseudomonas aeruginosa med en logaritmisk score på 2,216. Til høyre er de første fem kampene identifisert av Typing programvare. Legg merke til at arten er konsekvent rapportert som Pseudomonas aeruginosa. Med høy score på 2,216 identifikasjonen anses pålitelig til artsnivå for identifikasjon. Vennligst klikk her for å se en større versjon av dette tallet.

    Alltid, "> Figur 3
    Figur 3. Den MALDI-TOF MS generert spektra for en blandet blod kultur buljong inneholder Escherichia coli og Serratia marcescens. Til høyre er de første fem kampene identifisert av Typing programvare som rapporterer både Escherichia coli og Serratia marcescens i fem første matchet spektra . Dette blandet slekter er bare identifisert i omtrent en tredjedel av blandet buljongkulturer 12. Forbedrede versjoner av programvare i fremtiden kan forbedre deteksjon av blandede kulturer. Vennligst klikk her for å se en større versjon av dette tallet.

    0 "/>
    Tabell 1. Verifiseringsdata å sammenligne MALDI-TOF MS utføres direkte på blodkulturkraft med påfølgende fenotypiske identifikasjon på subkultiveres kolonier. Concordant identifikasjon kreves en massespektrometri poengsum på blodkulturkraft ≥ 1,7. Denne tabellen er tilpasset fra en tidligere publikasjon 12. Vennligst klikk her for å se en større versjon av dette tallet.

    Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

    Discussion

    Det er viktig når du søker MALDI-TOF MS til blodkultur buljong at innlegget sentrifuge trinnene er utført med tilstrekkelig forsiktighet for ikke å blande de atskilte komponenter. Det er spesielt viktig å fjerne blodkultur bestanddeler og menneske cellulære proteiner, inkludert hemoglobin, som kan produsere pigger forstyrrer MALDI-TOF spektra.

    Selv om MS produserer anbefaler kuttet av score på ≥ 2,0 for arter og ≥ 1,7 for slekten identifikasjon, har andre rapporter foreslått lavere logaritmiske score (range ≥ 1,4 til ≥ 1,6) kan iverksettes når den brukes til BC buljong 10,12,14-18. Gjennomføringen av lavere MS identifikasjonspoeng i kliniske mikrobiologiske laboratorier bør kun overveies etter passende lokale regulerings-og valideringsprosedyrer.

    Av og til dårlig spektra er generert ved denne metode som enten ikke er tilpasset hverandre, eller er rapportert med low tillit score. Utføre dupliserte eller tredoble spots for hvert isolat kan redusere ulempene ved å gjenta eksperimentet når en enkelt flekk svikter. Sjelden, vil alle dupliserte flekker ikke score tilstrekkelig for identifikasjon. Årsaken til den dårlige identifikasjon kan skyldes ufullstendig database-apparater, eller mer vanlig, som et resultat av en lav startkonsentrasjon av bakterier i blodkulturkraften. I en publisert validering sett for den presenterte metoden en score på <1,7 ble påtruffet i 8% av kliniske isolater og hadde en svak overvekt når utført på anaerob blodkulturflasker 12.

    MALDI-TOF MS teknologi er i stand til å skille alle de klinisk støtt gramnegative bakterier selv når isolert på faste medier. For eksempel, E. coli vil ikke skjelnes fra Shigella-arter, og slektene Salmonella kan ikke speciated. Som beskrevet i resultatene er det viktig å anerkjenne thpå når du bruker MALDI-TOF direkte på blodkulturkraft sensitiviteten for påvisning av blandede arter er lav 11,12,18,19.

    Samlet denne tilnærmingen gir en hurtig, billig og pålitelig metode for å identifisere mer enn 90% av Gram-negative blodkultur-isolater i 25 min i en blodkulturkraften signalering.

    Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

    Disclosures

    Forfatterne hevder at de ikke har noen konkurrerende finansielle interesser.

    Materials

    Name Company Catalog Number Comments
    BACTEC Plus Aerobic/F Medium Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA 442192
    BACTEC Lytic/10 Anaerobic/F Medium Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA 442265
    BACTEC Peds Plus Medium Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA 442194
    Vacutainer - Blood transfer device Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA 364880 Single use sampling device reducing the risk of needlestick injury
    Vacutainer SST 5.0 ml, Advance plus Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA 367954 Serum separating tube
    Syringe 10 ml Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA 302143
    Transfer pipette Samco, USA 222-20S
    Transfer pipette (fine tipped) Samco, USA 232-20S
    Microcentrifuge tube (2.0 ml) Eppendorf, Hamburg, Germany 0030.120.094
    Sterile water (DNAse and RNAse free) Life Technologies, Carlsbad, California, USA 10977-015
    Formic acid Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA F0507
    Matrix solution  Bruker Daltonics, Bremen Germany 285074 10 mg/ml α-cyano-4-hydroxycinnamic acid, 50% acetonitrile, 2.5% trifluoroacetic acid
    Benchtop microflex LT MALDI-TOF MS Bruker Daltonics, Bremen Germany Utilizing BioTyper 3.1 (Build 65) and FlexControl 3.3 (Build 99) software

    DOWNLOAD MATERIALS LIST

    References

    1. Bearman, G. M., Wenzel, R. P. Bacteremias: a leading cause of death. Arch. Med. Res. 36 (6), 646-659 (2005).
    2. Leibovici, L., Shraga, I., Drucker, M., Konigsberger, H., Samra, Z., Pitlik, S. D. The benefit of appropriate empirical antibiotic treatment in patients with bloodstream infection. J. Intern. Med. 244 (5), 379-386 (1998).
    3. Kumar, A., et al. Duration of hypotension before initiation of effective antimicrobial therapy is the critical determinant of survival in human septic shock. Crit. Care Med. 34 (6), 1589-1596 (2006).
    4. Munson, E. L., Diekema, D. J., Beekmann, S. E., Chapin, K. C., Doern, G. V. Detection and treatment of bloodstream infection: laboratory reporting and antimicrobial management. J. Clin. Microbiol. 41 (1), 495-497 (2003).
    5. Clerc, O., Prod'hom, G., Vogne, C., Bizzini, A., Calandra, T., Greub, G. Impact of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry on the Clinical Management of Patients With Gram-negative Bacteremia: A Prospective Observational Study. Clin. Infect. Dis. 56 (8), 1101-1107 (2013).
    6. Dekker, J. P., Branda, J. A. MALDI-TOF Mass Spectrometry in the Clinical Microbiology Laboratory. Clinical Microbiology Newslette. 33 (12), 87-93 (2011).
    7. Seng, P., et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin. Infect. Dis. 49 (4), 543-551 (2009).
    8. Neville, S. A., et al. Utility of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry following introduction for routine laboratory bacterial identification. J. Clin. Microbiol. 49 (8), 2980-2984 (2011).
    9. Schmidt, V., Jarosch, A., März, P., Sander, C., Vacata, V., Kalka-Moll, W. Rapid identification of bacteria in positive blood culture by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (3), 311-317 (2012).
    10. March-Rosselló, G. A., Muñoz-Moreno, M. F., de Urriés, M. C., Bratos-Pérez, M. A. A differential centrifugation protocol and validation criterion for enhancing mass spectrometry (MALDI-TOF) results in microbial identification using blood culture growth bottles. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 32 (5), 699-704 (2012).
    11. Christner, M., Rohde, H., Wolters, M., Sobottka, I., Wegscheider, K., Aepfelbacher, M. Rapid identification of bacteria from positive blood culture bottles by use of matrix-assisted laser desorption-ionization time of flight mass spectrometry fingerprinting. J. Clin. Microbiol. 48 (5), 1584-1591 (2010).
    12. Gray, T. J., Thomas, L., Olma, T., Iredell, J. R., Chen, S. C. Rapid identification of Gram-negative organisms from blood culture bottles using a modified extraction method and MALDI-TOF mass spectrometry. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 72 (2), 110-112 (2013).
    13. Hazelton, B. J., Thomas, L. C., Unver, T., Iredell, J. R. Rapid identification of Gram-positive pathogens and their resistance genes from positive blood culture broth using a multiplex tandem RT-PCR assay. J. Med. Microbiol. 62 (2), 223-2231 (2013).
    14. Saffert, R. T., Cunningham, S. A., Mandrekar, J., Patel, R. Comparison of three preparatory methods for detection of bacteremia by MALDI-TOF mass spectrometry. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 73 (1), 21-26 (2012).
    15. Consoir, C., Lörch, D., Schneider, C. Direct identification of bacteria from charcoal-containing blood culture bottles using matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (10), 2843-2850 (2012).
    16. Martiny, D., Dediste, A., Vandenberg, O. Comparison of an in-house method and the commercial Sepsityper™ kit for bacterial identification directly from positive blood culture broths by matrix-assisted laser desorption-ionisation time-of-flight mass spectrometry. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (9), 2269-2281 (2012).
    17. Moussaoui, W., et al. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry identifies 90% of bacteria directly from blood culture vials. Clin Microbiol Infect. 16 (11), 1631-1638 (2010).
    18. Novel,, et al. improved sample preparation for rapid, direct identification from positive blood cultures using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry. J. Mol. Diagn. 13 (6), 701-706 (2011).
    19. Fothergill, A., Kasinathan, V., Hyman, J., Walsh, J., Drake, T., Wang, Y. F. Rapid Identification of Bacteria and Yeasts from Positive-Blood-Culture Bottles by Using a Lysis-Filtration Method and Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrum Analysis with the SARAMIS Database. J. Clin. Microbiol. 51 (3), 805-809 (2013).

    Tags

    Immunologi Gram negative bakterier blodkultur blodet infeksjon bakteriemi MALDI-TOF massespektrometri
    Rapid Identifikasjon av gramnegative bakterier fra blodkultur buljong Bruke MALDI-TOF massespektrometri
    Play Video
    PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

    Cite this Article

    Gray, T. J., Thomas, L., Olma, T.,… More

    Gray, T. J., Thomas, L., Olma, T., Mitchell, D. H., Iredell, J. R., Chen, S. C. A. Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry. J. Vis. Exp. (87), e51663, doi:10.3791/51663 (2014).

    Less
    Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
    View Video

    Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

    Waiting X
    Simple Hit Counter