यह प्रोटोकॉल सेल भेदभाव और ज़ीनोपस भ्रूणिक विकास के दौरान मिटोजेन-सक्रिय प्रोटीन कीनेज़ (एमएपीके) गतिविधि को व्यवस्थित करने के लिए एक ऑप्टोगैनेटिक रणनीति का वर्णन करता है। यह पद्धति स्तनधारी कोशिका संस्कृति में एमएपीके सिग्नलिंग मार्ग के प्रतिवर्ती सक्रियण और उच्च स्थानिक और लौकिक संकल्प के साथ ज़ीनोपस भ्रूण जैसे बहुकोशिकीय जीवों के जीवों के लिए अनुमति देता है।
सेल्युलर कार्यों, सेल प्रसार, भेदभाव, प्रवासन, और एपोप्टोसिस सहित, अधिकतर के लिए किनास गतिविधि महत्वपूर्ण है। शुरुआती भ्रूणीय विकास के दौरान, किनेज गतिविधि बहुत ही गतिशील और भ्रूण भर में व्यापक है। औषधीय और आनुवांशिक दृष्टिकोण आमतौर पर किनेज़ की गतिविधियों की जांच के लिए उपयोग किया जाता है। दुर्भाग्य से, इन रणनीतियों का उपयोग करते हुए बेहतर स्थानिक और अस्थायी संकल्प प्राप्त करना चुनौतीपूर्ण है। इसके अलावा, जीवित कोशिकाओं और बहुकोशिकीय जीवों में प्रतिवर्ती फैशन में कीनेज गतिविधि को नियंत्रित करने के लिए यह संभव नहीं है। विकास और भेदभाव के दौरान कीज़ गतिविधि की मात्रात्मक समझ प्राप्त करने के लिए इस तरह की सीमा एक अवरोधक बना हुआ है। यह काम एक ऑप्टोगैनेटिक रणनीति को प्रस्तुत करता है जो कि फोटोएक्टिवेटेबल प्रोटीन अरबिडोप्सिस थालियाना क्रिप्टोच्रोम 2 (सीआरवाई 2) और क्रिप्टो-क्रोम-इंटरैक्टिंग मूल-हेलिक्स-लूप-हेलिक्स (सीआईबीएन) के एन-टर्मिनल डोमेन वाले एक बायिसिस्टोनिक सिस्टम का लाभ उठाता है। रिवर्सीमिटोजेन सक्रिय प्रोटीन किनेज (एमएपीके) सिग्नलिंग मार्ग का सक्रियण जीना कोशिकाओं में प्रकाश-मध्यस्थता वाले प्रोटीन स्थानान्तरण के माध्यम से प्राप्त किया जाता है। यह दृष्टिकोण स्तनधारी कोशिका संस्कृतियों और जीवित कशेरुकाय भ्रूणों पर लागू किया जा सकता है। इस बायिसिस्टोनिक प्रणाली को समान सक्रियण तंत्र के साथ अन्य किनों की गतिविधि को नियंत्रित करने के लिए सामान्यीकृत किया जा सकता है और अन्य मॉडल सिस्टमों पर लागू किया जा सकता है।
ग्रोथ कारक सेल फ़ंक्शंस के व्यापक प्रसार में शामिल हैं, जिसमें प्रसार, भेदभाव, प्रवास और एपोपोसिस शामिल हैं, और भ्रूण विकास, बुढ़ापे, और मानसिक स्थिति 1 , 2 , 3 , 4 के विनियम सहित कई जैविक घटनाओं में महत्वपूर्ण भूमिकाएं निभाएं , 5 जटिल इंट्रासेल्युलर सिग्नलिंग कैसकेड के माध्यम से कई वृद्धि कारक संकेत देते हैं। ये सिग्नलिंग इवेंट प्रायः ठीक से नियंत्रित फैशन 6 , 7 में प्रतिवर्ती प्रोटीन फास्फोरायलेशन द्वारा संचालित होते हैं। इस प्रकार, प्रोटीन कैनेसेस के सिग्नलिंग परिणामों की समझ, जो प्रोटीन फास्फोरायलेशन के लिए ज़िम्मेदार है, मूलभूत रूप से महत्वपूर्ण है।
अलग-अलग विकास कारक एक आम इंट्रासेल्युलर सिग्नलिंग नेटवर्क के माध्यम से कार्य करते हैं, भले ही वे जिले को उत्तेजित करते हैंईंक्ट सेलुलर प्रतिक्रियाओं 8 , 9 रिसेप्टर टाइरोसिन किनेसेस के आम इंट्रासेल्युलर मध्यस्थों में रास, आरएएफ, बाह्य सिग्नल-विनियमित किनेज़ (ईआरके), मिटोजेन-सक्रिय प्रोटीन कीनेज (एमएपीके) / ईआरके किनेसे (एमईके), फॉस्फोइनोसिटिड 3-किनेज (पीआई 3 के), आक्ट और फॉस्फोलाइपेस सी गामा शामिल हैं। (पीएलसीआईटी) 10 , 11 एकत्रित सबूत बताता है कि सिग्नलिंग विविधता और विशिष्टता सिग्नलिंग गतिविधि 12 के स्थानिक और अस्थायी विनियमन पर निर्भर करती है। उदाहरण के लिए, चूहे फेमोमोसाइटोमा कोशिकाओं (पीसी 12) में, एपिडर्मल ग्रोथ फैक्टर (ईजीएफ) उत्तेजना, जो सेल प्रसार में परिणामस्वरूप, ईआरके मार्ग 9 को सक्रिय रूप से सक्रिय करता है दूसरी ओर, तंत्रिका वृद्धि कारक (एनजीएफ) के साथ उत्तेजना, जो सेल भेदभाव की ओर जाता है, ईआरके मार्ग को निरंतर तरीके से 9 , 13 में सक्रिय करता है। सुसंस्कृत आर मेंहिप्पोकैम्पल न्यूरॉन्स में, मस्तिष्क-व्युत्पन्न न्यूरोट्रॉफिक कारक (बीडीएनएफ़) द्वारा क्षणिक सिग्नलिंग प्राथमिक न्युरेटिक परिणाम को बढ़ावा देता है, जबकि निरंतर सिग्नलिंग न्यूरेट शाखाओं में बढ़ जाती है 14 । शुरुआती भ्रूणीय विकास के दौरान, phosphorylated ERK गतिविधि अस्थायी रूप से गतिशील है और भ्रूण 6 भर में व्यापक है। शुरुआती जेनोपस भ्रूणजनन के दौरान हाल ही में आनुवंशिक स्क्रीन ने दिखाया कि ईआरके और एक्ट सिग्नलिंग कैसकेड, दो डाउनस्ट्रीम प्राथमिक विकास कारक रास्ते, चरण-विशिष्ट सक्रियण प्रोफाइल 7 प्रदर्शित करते हैं। इस प्रकार, किनेज सिग्नलिंग परिणामों की समझ उपकरण के लिए कॉल करता है जो कि पर्याप्त संकल्प के साथ कीनेज गतिविधि के स्थानिक और अस्थायी विशेषताओं की जांच कर सकते हैं।
विकास के दौरान संकेत पारगमन की गतिशील प्रकृति की जांच के लिए पारंपरिक प्रयोगात्मक दृष्टिकोण में वांछनीय स्थानिक और अस्थायी संकल्प की कमी है। उदाहरण के लिए, औषधीय दृष्टिकोण छोटे रसायन का उपयोग करते हैंकोशिकाओं और ऊतकों में संकेत पारगमन को उत्तेजित या दबाने के लिए िकल या जैविक अणु। इन छोटे अणुओं की विलक्षण प्रकृति उनके हित के एक विशिष्ट क्षेत्र में अपनी कार्रवाई को सीमित करने के लिए चुनौती देती है। आनुवंशिक दृष्टिकोण ( जैसे ट्रांसजेनेसिस , क्रे-लॉक्स सिस्टम, या उत्परिवर्तजन) अक्सर लक्ष्य जीन अभिव्यक्ति या प्रोटीन गतिविधि 16 , 17 , 18 के अपरिवर्तनीय सक्रियण या दमन के लिए प्रेरित करते हैं। टेट-ऑन / टेट-ऑफ सिस्टम 1 9 में जीन ट्रांसक्रिप्शन के सुधार का अस्थायी नियंत्रण होता है लेकिन इसमें कठोर स्थानिक नियंत्रण नहीं होता क्योंकि यह टेट्रासाइक्लिन के प्रसार पर निर्भर करता है रासायनिक प्रेरित प्रोटीन डिमराइजेशन 20 या फोटो-असरिंग 21 , 22 , 23 , 24 में हाल के घटनाक्रम में काफी वृद्धि हुई हैसिग्नलिंग नेटवर्क का अस्थायी नियंत्रण हालांकि, कैजल के रसायनों के विलक्षण प्रकृति के कारण स्थानिक नियंत्रण, चुनौतीपूर्ण बना हुआ है।
हाल ही में उभरते हुए ऑप्टोजेनेटिक दृष्टिकोण, जो प्रोटीन-प्रोटीन परस्पर क्रियाओं को नियंत्रित करने के लिए प्रकाश की शक्ति का उपयोग करते हैं, उच्च स्पीटियोटेम्पोरल परिशुद्धता के साथ सिग्नलिंग मार्गों के साथ-साथ प्रतिवादात्मकता के लिए मॉड्यूलन की अनुमति देते हैं। न्यूरॉनल फायरिंग 25 , 26 , 27 को नियंत्रित करने में अपनी प्रारंभिक सफलता के कुछ समय बाद, जैव प्रतिलेखन, अनुवाद, सेल प्रवासन, भेदभाव और एपोपोसिस जैसे अन्य सेलुलर प्रक्रियाओं को नियंत्रित करने के लिए ऑप्टोगनेटिक्स को 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 , 34 पी का उपयोग करते हुए एक रणनीतिहॉट-एक्टिवेटेबल प्रोटीन जोड़ी अरबिडोप्सिस थलियाना क्रिप्टोच्रोम 2 (सीआरवाई 2) प्रोटीन और क्रिप्टो-क्रोम-इंटरैक्टिंग मूल-हेलिक्स-लूप-हेलिक्स (सीआईबीएन) के एन टर्मिनल डोमेन हाल ही में स्तनधारी कोशिकाओं में रफ1 कीनेस गतिविधि को नियंत्रित करने के लिए विकसित किया गया था और एक्सनोपस भ्रूण 35 CRY2 नीले-प्रकाश उत्तेजना पर सीआईबीएन से बांधता है, और सीआरवाई 2 / सीआईबीएन प्रोटीन जटिल गहरे 34 में अनायास ही अलग हो जाता है। ब्लू लाइट सीआरवाई 2 कॉफ़ैक्टर, फ्लेविन एडिनइन डिन्यूक्लियोटाइड (एफएडी) को उत्तेजित करता है, जो सीआर 2 2 में गठनात्मक परिवर्तन और इसके बाद सीआईबीएन के लिए बाध्यकारी होता है। सीआरए 2 2 के सीधा उपयोग के साथ सीआरए 2 W374 ए उत्परिवर्ती प्रकाश से स्वतंत्र सीआईबीएन के साथ बांधता है, जबकि CRY2 D387A उत्परिवर्ती नीले रंग के तहत सीआईबीएन से बाध्य नहीं करता है। -लाइट उत्तेजना 36 , 37 ऑप्टोगनेटिक सिस्टम ने वर्णित IN इस प्रोटोकॉल को जंगली-प्रकार CRY2 और सीआईबीएन का उपयोग जीवित कोशिकाओं में प्रोटीन स्थानान्तरण-मध्यस्थता वाले Raf1 सक्रियण को प्रेरित करता है। यह ज्ञात है कि आरएएफ 1 की झिल्ली भर्ती इसकी गतिविधि को बढ़ाता है 38 इस प्रणाली में, एक अग्रानुक्रम सीआईबीएन मॉड्यूल प्लाज्मा झिल्ली पर लंगर डाला जाता है और CRY2-mCherry को Raf1 35 के एन-टर्मिनल में जोड़ा जाता है। नीली रोशनी की अनुपस्थिति में, सीआरवाई 2-एम-शेरी-आरएएफ 1 साइटोप्लाज्म में रहता है, और आरएफ़ 1 निष्क्रिय है। ब्लू-लाइट उत्तेजना सीआरवाई 2-सीआईबीएन बंधन लाती है और आरएएफ 1 को प्लाज्मा झिल्ली में भर्ती करती है, जहां आरएफ़ 1 सक्रिय होता है। आरएएफ सक्रियण एक आरएएफ / एमईके / ईआरके सिग्नलिंग कैस्केड को उत्तेजित करता है दोनों CRY2- और CIBN- संलयन प्रोटीन एक बायिसिस्टल आनुवंशिक प्रणाली में एन्कोडेड हैं। इस रणनीति को अन्य परिस्थितियों को नियंत्रित करने के लिए सामान्यीकृत किया जा सकता है, जैसे आक्ट, जिसका सक्रियण राज्य को कक्षों में प्रोटीन स्थानान्तरण द्वारा चालू किया जा सकता है। यह काम स्तनधारी सेल कल्चर में इस ऑप्टोगैनेटिक रणनीति को लागू करने के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता हैरेस और बहुकोशिकीय जीव
प्रकाश बॉक्स का निर्माण करते समय, व्यक्तिगत एल ई डी की शक्ति को मापा जाना चाहिए। पिछले अनुभव के आधार पर, विनिर्माण भिन्नता के चलते प्रत्येक एलईड के बीच बिजली उत्पादन अलग-अलग हो सकता है। एक दूसरे का 10% के ?…
The authors have nothing to disclose.
यह काम अर्बन-चैंपियन (यूआईयूसी) और नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ (एनआईजीएमएस आर 01 जीएम 111816) में इलिनोइस विश्वविद्यालय द्वारा समर्थित था।
Glass coverslip | VWR | 48393 230 | Substrate for live cell imaging |
Coverslip holder | Newcomer Supply | 6817B | Holder for coverslips |
Detergent | ThermoFisher | 16 000 104 | For cleaning coverslips |
Boric acid | Sigma-Aldrich | B6768-500G | For making PLL buffer |
Disodium tetraborate | Sigma-Aldrich | 71996-250G | For making PLL buffer |
Plastic beaker | Nalgene | 1201-1000 | For cleaning coverslips |
Sodium hydroxide | Sigma-Aldrich | 221465-2.5KG | For adjust pH |
Poly-L-lysine hydrobromide | Sigma-Aldrich | P1274-500MG | For coating coverslip |
Diethylpyrocarbonate (DEPC)-Treated Water | ThermoFisher Scientific | 750024 | For DNA preparation |
Cover Glass Forceps | Ted Pella | 5645 | Cover glass handling |
Tissue cutlure dish | Thermofisher | 12565321 | Cell culture dish |
Sterile centrifuge tubes | ThermoFisher | 12-565-271 | Buffer storage |
Transfection Reagent | ThermoFisher | R0534 | Transfection |
CO2-independent medium | ThermoFisher | 18045088 | For live cell imaging |
Polydimethylsiloxane (PDMS) | Ellsworth Adhesives | 184 SIL ELAST KIT 0.5KG | Form make cell chamber |
Plasmid Maxiprep kit | Qiagen | 12965 | Plasmid preparation |
DMEM medium | ThermoFisher | 11965-084 | Cell culturing medium component |
F12K medium | ThermoFisher | 21127022 | Cell culturing medium component |
Horse serum | ThermoFisher | 16050122 | Cell culturing medium component |
Fetal Bovine Serum | Signa-Aldrich | 12303C-500 mL | Cell culturing medium component |
Penicillin-Streptomycin-Glutamine | ThermoFisher | 10378016 | Cell culturing medium component |
Trypsin (0.25%), phenol red | ThermoFisher Scientific | 15050065 | For mammalian cell dissociation |
Agarose | Fisher Scientific | BP1356-100 | For DNA preparation |
Ficoll PM400 | GE Heathcare Life Sciences | 17-5442-02 | For embryo buffer |
L-Cysteine hydrochloride monohydrate | Sigma-Aldrich | 1.02839.0025 | Oocyte preparation |
ApaI | ThermoFisher | FD1414 | For linearization of plasmids |
Dnase I | ThermoFisher | AM2222 | For removing DNA template in the in vitro transcription assay |
Index-match materials (immersion oil) | Thorlabs | MOIL-20LN | For matching the index between sample substrate and objective |
Blue LED | Adafruit | 301 | Light source for optogenetic stimulation |
Resistor kit | Amazon | EPC-103 | current-limiting resistor |
Aluminum boxes | BUD Industries | AC-401 | light box |
BreadBoard | Jekewin | 837654333686 | For making LED array |
Hook up Wire | Electronix Express | 27WK22SLD25 | For making LED array |
Relay Module | Jbtek | SRD-05VDC-SL-C | For intermittent light control |
DC Power Supply | TMS | DCPowerSupply-LW-(PS-305D) | Power supply for LED |
Silicon Power Head | Thorlabs | S121C | For light intensity measurement |
Power meter | Thorlabs | PM100D | For light intensity measurement |
Microscope | Leica Biosystems | DMI8 | For live cell imaging |
BioSafety Cabinet | ThermoFisher | 1300 Series A2 | For mammalian cell handling |
CO2 incubator | ThermoFisher | Isotemp | For mammalian cell culturing |
Stereo microscope | Leica | M60 | For embryo micro-manipulation |
Microinjector | Narishige | IM300 | For embryo microinjection |
Micropipette puller | Sutter Instruments | P87 | Needle puller |
in vitro transcription kit | ThermoFisher | AM1340 | For in vitro transcription. The kit includes nuclease-free water, SP6 RNA Polymerase, ribonucleotide mixture, cap analog, lithium choride precipitation solution, and spin column |
RNA purfication kit | Qiagen | 74104 | Silica-membrane spin column for purification of synthesized RNA |
Convection oven | MTI corporation | EQ-DHG-9015 | PDMS curing |
Centrifugal mixer and teflon container | THINKY | AR310 | For mixing PDMS |
Silicon wafer | UniversityWafer | 452 | Base for making PDMS devices |
Blade | Techni Edge | 01-801 | For cutting PDMS |
Capillary glass | Sutter Instruments | BF100-58-10 | For fabrication of injecting needles. |