Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
JoVE Journal Immunology and Infection
Click here for the English version

Immunology and Infection

Eukaryotic जीन मूल की जांच करने के लिए वंशावली विश्लेषण का उपयोग

Published: August 14, 2018 doi: 10.3791/56684
Automatic Translation
*1, *2, 3, 2, 3, 4
1Key Laboratory of Three Gorges Regional Plant Genetics and Germplasm Enhancement (CTGU)/Biotechnology Research Center, China Three Gorges University, 2The Institute of Bioinformatics, College of Life Sciences, Anhui Normal University, 3Department of Plant Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, 4College of Resources & Environmental Sciences, Nanjing Agricultural University
* These authors contributed equally

Summary

prokaryotes से eukaryotes और SemiSWEETs से मिठाइयों के अनुक्रम समरूपता के आधार पर एक वंशावली वृक्ष के निर्माण की एक विधि बताई गई है. वंशावली विश्लेषण मुताबिक़ प्रोटीन या विभिंन जीव समूहों से जीन के बीच विकासवादी संबंधित समझाने के लिए एक उपयोगी उपकरण है ।

Abstract

वंशावली विश्लेषण न्यूक्लियोटाइड या एमिनो एसिड अनुक्रम या ऐसे डोमेन अनुक्रम और तीन आयामी संरचना के रूप में अंय मानकों, का उपयोग करता है, एक पेड़ का निर्माण करने के लिए विभिंन taxa (वर्गीकरण इकाइयों) के बीच में विकास के रिश्ते को दिखाने के लिए आणविक स्तर. वंशावली विश्लेषण भी एक व्यक्ति taxon के भीतर डोमेन संबंधों की जांच करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, विशेष रूप से जीव विज्ञान और शरीर विज्ञान में काफी बदलाव आया है के लिए, लेकिन जिसके लिए शोधकर्ताओं के कारण जीवाश्म सबूत कमी ' जीवों का लंबे समय से विकासवादी इतिहास या fossilization की किल्लत ।

इस पाठ में, एक विस्तृत प्रोटोकॉल वंशावली विधि का उपयोग कर के लिए वर्णित है, एमिनो एसिड अनुक्रम Clustal ओमेगा का उपयोग संरेखण सहित, और बाद में वंशावली पेड़ निर्माण आणविक विकासवादी आनुवंशिकी की दोनों अधिकतम संभावना (एमएल) का उपयोग विश्लेषण (मेगा) आणि Bayesian निष्कर्ष वाया MrBayes. eukaryotic शर्करा की उत्पत्ति की जांच के लिए अंततः ट्रांसपोर्टरों (मीठा) जीन, २२८ मिठाई सहित ३५ मीठा प्रोटीन से कोशिकीय eukaryotes और ५७ prokaryotes से SemiSWEET प्रोटीन का विश्लेषण किया गया होगा । मजे की बात तो यह है कि prokaryotes में SemiSWEETs पाए गए, लेकिन eukaryotes में मिठाइयां मिलीं । दो वंशावली के पेड़ सैद्धांतिक रूप से अलग तरीकों का उपयोग कर का निर्माण लगातार सुझाव दिया है कि पहली eukaryotic मिठाई जीन एक जीवाणु SemiSWEET जीन और एक archaeal SemiSWEET जीन के संलयन से स्टेम सकता है । यह ध्यान देने योग्य है कि एक वंशावली विश्लेषण पर ही आधारित एक निष्कर्ष आकर्षित सतर्क किया जाना चाहिए, हालांकि यह अलग taxa, जो मुश्किल है या यहां तक कि प्रयोगात्मक माध्यम से विचार असंभव है के बीच अंतर्निहित रिश्ते की व्याख्या उपयोगी है लायक है .

Introduction

डीएनए या आरएनए अनुक्रम अंतर्निहित phenotypes कि शारीरिक और जैव रासायनिक तरीकों के माध्यम से विश्लेषण किया जा सकता है या रूपात्मक और जीवाश्म सबूत के माध्यम से मनाया के लिए आनुवंशिक जानकारी ले । एक मायने में, आनुवंशिक जानकारी बाहरी phenotypes मूल्यांकन से अधिक विश्वसनीय है क्योंकि पूर्व के लिए बाद का आधार है । विकासवादी अध्ययन में, जीवाश्म सबूत बहुत प्रत्यक्ष और कायल है । हालांकि, सूक्ष्मजीवों के रूप में कई जीवों, छोटे लंबे समय से भूगर्भीय उंर के दौरान एक जीवाश्म फार्म का मौका है । इसलिए, संबंधित वद्यमान जीवों से न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम और अमीनो अम्ल दृश्यों जैसे आणविक जानकारी, विकासवादी संबंधों की खोज के लिए मूल्य के हैं1. वर्तमान अध्ययन में, बुनियादी वंशावली ज्ञान का एक सरल परिचय और एक आसान प्रोटोकॉल जानने के लिए नए लोगों को जो अपने दम पर एक वंशावली पेड़ के निर्माण की जरूरत के लिए प्रदान किया गया था ।

दोनों डीएनए (न्यूक्लियोटाइड) और प्रोटीन (एमिनो एसिड) अनुक्रम मुताबिक़ जीन, organelles, या यहां तक कि जीवों के बीच वंशावली संबंधों का अनुमान करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता2. डीएनए अनुक्रम विकास के दौरान परिवर्तन से प्रभावित होने की संभावना अधिक हैं । इसके विपरीत, एमिनो एसिड अनुक्रम अधिक है कि न्यूक्लियोटाइड दृश्यों में पर्यायी उत्परिवर्तनों एमिनो एसिड दृश्यों में परिवर्तन का कारण नहीं दिया स्थिर रहे हैं । नतीजतन, डीएनए अनुक्रम बारीकी से संबंधित जीवों से मुताबिक़ जीन की तुलना के लिए उपयोगी होते हैं, जबकि एमिनो एसिड अनुक्रम दूर से संबंधित जीवों से मुताबिक़ जीन के लिए उपयुक्त हैं3.

एक वंशावली विश्लेषण एमिनो एसिड या न्यूक्लियोटाइड के संरेखण के साथ शुरू होता है4 एक व्याख्या जीनोम अनुक्रमण डाटाबेस5 फसता प्रारूप, यानी, ख्यात या व्यक्त प्रोटीन दृश्यों में सूचीबद्ध से प्राप्त की, आरएनए अनुक्रम , या डीएनए जुगाड़ । यह विश्लेषण के लिए उच्च गुणवत्ता वाले दृश्यों को इकट्ठा करने के लिए महत्वपूर्ण है कि ध्यान देने योग्य है, और केवल मुताबिक़ दृश्यों वंशावली रिश्तों का विश्लेषण करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है । कई विभिंन प्लेटफार्मों जैसे Clustal डब्ल्यू, Clustal एक्स, मांसपेशी, टी कॉफी, MAFFT, अनुक्रम संरेखण के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है । सबसे व्यापक रूप से इस्तेमाल किया Clustal ओमेगा6,7 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/) है, जो ऑनलाइन इस्तेमाल किया जा सकता है या नि: शुल्क डाउनलोड किया जा सकता है । संरेखण उपकरण कई पैरामीटर है कि उपयोगकर्ता संरेखण प्रारंभ करने से पहले समायोजित कर सकते हैं, लेकिन डिफ़ॉल्ट पैरामीटर अधिकांश मामलों में अच्छी तरह से काम करते हैं । प्रक्रिया पूर्ण होने के बाद, संरेखित अनुक्रम अगले चरण के लिए सही स्वरूप में सहेजा जाना चाहिए । वे तो संपादित किया जाना चाहिए या इस तरह के रूप में एक संपादन सॉफ्टवेयर का उपयोग कर छंटनी, संपादित करें, क्योंकि मेगा द्वारा वंशावली पेड़ निर्माण क्रम की आवश्यकता के लिए बराबर लंबाई का होना (दोनों एमिनो एसिड संक्षिप्त और हायफ़न सहित । संरेखित अनुक्रम में, एमिनो एसिड या न्यूक्लियोटाइड के बिना किसी भी स्थिति को एक हायफ़न द्वारा दर्शाया जाता है "-") । आम तौर पर, फैला हुआ अमीनो एसिड या संरेखण के या तो अंत में न्यूक्लियोटाइड के सभी हटाया जाना चाहिए । इसके अलावा, संरेखण में खराब संरेखित अनुक्रम वाले स्तंभों को हटाया जा सकता है क्योंकि वे कम मूल्यवान जानकारी देते हैं, और कभी-कभार भ्रमित या गलत जानकारी3दे सकते हैं. एक या अधिक हायफ़न वाले स्तंभ इस समय या बाद के ट्री निर्माण अवस्था में हटाए जा सकते हैं । वैकल्पिक रूप से, वे वंशावली अभिकलन के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है । अनुक्रम संरेखण और ट्रिमिंग समाप्त होने पर, संरेखित अनुक्रम फसता स्वरूप, या इच्छित स्वरूप में, बाद में उपयोग के लिए सहेजा जाना चाहिए ।

कई सॉफ्टवेयर प्लेटफार्मों विभिन्न तरीकों या एल्गोरिदम का उपयोग पेड़ निर्माण कार्यों प्रदान करते हैं । सामांय में, तरीकों या तो दूरी मैट्रिक्स तरीकों या असतत डेटा तरीकों के रूप में वर्गीकृत किया जा सकता है । दूरी मैट्रिक्स तरीकों सरल और तेजी से गणना कर रहे हैं, जबकि असतत डेटा तरीकों जटिल और समय लेने वाली हैं । एमिनो एसिड या न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम पहचान के बंटवारे के एक उच्च डिग्री के साथ बहुत बारीकी से संबंधित taxa के लिए, एक दूरी मैट्रिक्स विधि (पड़ोसी में शामिल होने: एनजे; भारित युग्म समूह विधि के साथ अंकगणित माध्य: UPGMA) उपयुक्त है; दूर से संबंधित taxa के लिए, एक असतत डेटा विधि (अधिकतम संभावना: एमएल; अधिकतम बचत: मप्र; Bayesian अनुमान) इष्टतम है3,8। इस अध्ययन में, मेगा (6.0.6) और Bayesian अनुमान (MrBayes ३.२) में एमएल तरीकों9वंशावली पेड़ के निर्माण के लिए लागू किया गया । आदर्श रूप में, जब उचित मॉडल और मापदंडों का उपयोग किया जाता है, विभिंन तरीकों से व्युत्पंन परिणाम सुसंगत हो सकता है, और वे इस प्रकार अधिक विश्वसनीय और कायल हैं ।

एक एमएल वंशावली पेड़ के लिए मेगा10का उपयोग कर निर्माण, फसता प्रारूप में संरेखित अनुक्रम फ़ाइल प्रोग्राम में अपलोड किया जाना चाहिए । पहला कदम तो अपलोड डेटा के लिए इष्टतम प्रतिस्थापन मॉडल का चयन करने के लिए है । सभी उपलब्ध प्रतिस्थापन मॉडल की तुलना अपलोड किए गए दृश्यों के आधार पर की जाती है, और उनका अंतिम स्कोर एक परिणाम तालिका में दिखाया जाएगा. सबसे छोटी Bayesian सूचना कसौटी (बीआईसी) स्कोर (तालिका में पहले सूचीबद्ध) के साथ मॉडल का चयन करें, सिफारिश की मॉडल के अनुसार एमएल मापदंडों सेट, और गणना शुरू करते हैं । गणना का समय कई मिनट से कई दिनों के लिए, लोड किए गए डेटा की जटिलता (अनुक्रम और taxa की संख्या की लंबाई) और कंप्यूटर जिस पर प्रोग्राम चलाया जाता है की कार्यक्षमता के आधार पर भिन्न होता है । जब गणना समाप्त हो गया है, एक वंशावली ट्री एक नई विंडो में दिखाया जाएगा । फ़ाइल को "नाम. mat" के रूप में सहेजें । पेड़ की उपस्थिति निर्दिष्ट करने के लिए पैरामीटर स्थापित करने के बाद, एक बार फिर से बचाने के लिए । इस विधि का उपयोग कर, मेगा प्रकाशन ग्रेड वंशावली पेड़ के आंकड़े उत्पंन कर सकते हैं ।

11MrBayes के साथ वृक्ष निर्माण के लिए, पहला कदम के लिए गठबंधन अनुक्रम, जो आम तौर पर फसता प्रारूप में सूचीबद्ध है बदलना है, नेक्सस प्रारूप में (. नेक्स फ़ाइल प्रकार के रूप में) । नेक्सस प्रारूप में फसता फ़ाइलों को बदलने मेगा में संसाधित किया जा सकता है. अगला, nexus स्वरूप में संरेखित अनुक्रम को MrBayes में अपलोड किया जा सकता है. फ़ाइल सफलतापूर्वक अपलोड किया गया है, जब ट्री परिकलन के लिए विस्तृत पैरामीटर निर्दिष्ट करें । इन मापदंडों जैसे एमिनो एसिड प्रतिस्थापन मॉडल, भिंनता दरों, मार्कोव चेन मोंटे कार्लो (एमसीएमसी) युग्मन, ngen संख्या, विभाजन आवृत्तियों की औसत मानक विचलन, और इतने पर के लिए श्रृंखला संख्या के रूप में विवरण शामिल हैं । इन पैरामीटर्स को निर्दिष्ट करने के बाद, परिकलन प्रारंभ करें । अंत में, ए एस सी द्वितीय कोड में दो पेड़ के आंकड़े, एक पहने हुए विश्वसनीयता और अंय दिखा शाखा लंबाई दिखा, स्क्रीन पर प्रदर्शित किया जाएगा ।

ट्री परिणाम "फ़ाइल नाम. नेक्स. con" के रूप में स्वचालित रूप से सहेजा जाएगा. इस पेड़ फ़ाइल खोला और FigTree द्वारा संपादित किया जा सकता है, और FigTree में प्रदर्शित आंकड़ा इसे और अधिक प्रकाशन के लिए उपयुक्त बनाने के लिए संशोधित किया जा सकता है ।

इस अध्ययन में prokaryotes से कोशिकीय eukaryotes और ५७ SemiSWEETs से ३५ मिठाइयों सहित २२८ मीठे प्रोटीन्स का उदाहरण के रूप में विश्लेषण किया गया । मिठाई और SemiSWEETs दोनों झिल्ली12,13भर में ग्लूकोज, फ्रुक्टोज, या सुक्रोज ट्रांसपोर्टरों के रूप में विशेषता थी । वंशावली विश्लेषण से पता चलता है कि दो MtN3/लार डोमेन मिठाई युक्त एक जीवाणु SemiSWEET के एक विकासवादी संलयन से प्राप्त किया जा सकता है और एक archaeon14की ।

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

1. अनुक्रम संरेखण

  1. अलग दस्तावेजों में eukaryotic मिठाई और prokaryotic SemiSWEET के एमिनो एसिड दृश्यों को इकट्ठा करने और उन्हें फसता प्रारूप में सूची । जैव प्रौद्योगिकी सूचना (NCBI), यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान प्रयोगशाला (EMBL), और जापान के डीएनए डेटा बैंक (DDBJ) बुनियादी स्थानीय संरेखण खोज उपकरण (ब्लास्ट) उपकरण के साथ समानता खोज द्वारा डेटाबेस के लिए राष्ट्रीय केंद्र से अनुक्रम डाउनलोड करें ।
    1. उदाहरण फ़ाइलों में, इकट्ठा २२८ ख्यात मीठा प्रोटीन अनुक्रम के दो MtN3/लार डोमेन (7 transmembrane helices) के eukaryotes और ५७ SemiSWEET प्रोटीन एक एकल MtN3/लार डोमेन रखने के अनुक्रम (3 transmembrane helices) prokaryotes के 13.
    2. प्रक्रिया को सरल बनाने के लिए, वंशावली वृक्ष निर्माण के लिए २२८ ख्यात मिठाइयों के बीच कोशिकीय eukaryotic जीवों से ३५ परीक्षार्थी मीठे प्रोटीन का चयन करें । ये अनुक्रम संलग्न है ताकि पाठक एक वास्तविक डेटा सेट पर अभ्यास कर सकते हैं ।
  2. उंहें Clustal ओमेगा (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/) में डालने के द्वारा ३५ मीठा दृश्यों संरेखित करें ।
    1. कॉपी और पेस्ट इनपुट बॉक्स में फसता प्रारूप में प्रोटीन अनुक्रम या फसता प्रारूप में एक अनुक्रम फ़ाइल अपलोड करें । निर्दिष्ट करें कि वे ' चरण 1 ' खंड में पुल-डाउन मेनू के अंतर्गत चिह्न पर क्लिक करके एमिनो एसिड अनुक्रम हैं ।
    2. यदि आवश्यक हो, तो आउटपुट स्वरूप और अंय पैरामीटर ' चरण 2 ' अनुभाग में निर्दिष्ट करें । इस अध्ययन के लिए, "clustal w/o संख्या" के रूप में आउटपुट स्वरूप सेट करें, और डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स पर अंय पैरामीटर छोड़ दें । अधिकांश मामलों में, डिफ़ॉल्ट पैरामीटर बिना किसी विनिर्देश के अच्छी तरह से कार्य करते हैं ।
  3. सबमिट करें और ' चरण 3 ' अनुभाग में संरेखण चलाएँ । संरेखण समाप्त होने तक यह कहीं भी कई सेकंड से मिनट ले सकता है । "परिणाम सारांश" कक्ष में, "CLUSTAL स्वरूप में संरेखण" के अंतर्गत लिंक पर राइट-क्लिक करें और "35. CLUSTAL" (आरेख 1) के रूप में संरेखित अनुक्रम सहेजें ।
  4. संपादन में संरेखण परिणाम फ़ाइल खोलें ।
    1. के मुख्य पैनल पर, "अनुक्रम" पर क्लिक करें और पहले पुल-डाउन मेनू में "संपादन मूड" का चयन, तो उप-मेनू (चित्रा 2) में "अवशेषों को संपादित करें".
    2. कर्सर के साथ संरेखण के बाईं ओर फैलाया दृश्यों का चयन करें (चयनित अनुक्रम काले रंग में दिखाया जाएगा) और चयनित दृश्यों को हटाने के लिए "संपादित करें" मेनू के तहत "हटाएँ" आइकन पर क्लिक करें (चित्रा 3).
    3. का चयन करें और पहले MtN3/लार डोमेन के दाईं ओर फैलाया दृश्यों को हटाएँ, और ३५-i. फास (चित्रा 4) के रूप में छंटनी की पहली MtN3/लार डोमेन अनुक्रम सहेजें । इसी तरह, छोड़ दिया और सही दूसरी MtN3/लार डोमेन के दृश्यों फैलाया पक्ष को नष्ट करने और इसे ३५-ii. फास के रूप में बचाने के लिए । पहला और दूसरा MtN3/लार डोमेन अनुक्रम पहले से ताल (http://proteinformatics.charite.de/rhythm/inndex.php?site=helix) या TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/) के साथ भविष्यवाणी की जा सकती है ।
  5. फ़ाइल खोलें ३५-i. फास मेगा के साथ, और "संरेखित करें" जब संकेत दिया जाता है । "संपादन" मेनू के अंतर्गत, "सभी चुनें" पर क्लिक करें, फिर "अनुक्रम (ओं) का चयन करें"; taxa के नाम और जुगाड़ का ब्लैक (चित्रा 5) में चयन किया जाएगा ।
    1. क्लिपबोर्ड पर दृश्यों की प्रतिलिपि बनाने के लिए "संपादन" मेनू से "प्रतिलिपि करें" चुनें, और फिर प्रतिलिपि बनाए गए दृश्यों को किसी doc फ़ाइल में चिपकाएं ।
    2. doc फ़ाइल में सभी "#" के साथ बदलें ">", और फिर उंहें फसता स्वरूप में कनवर्ट करने के लिए कोई असंबंधित वर्ण हटाएं । जोड़ें "-I" प्रत्येक taxon नाम के अंत में उंहें पहले MtN3/लार डोमेन दृश्यों के रूप में चिह्नित करने के लिए । एक ही विधि के बाद दूसरी MtN3/लार डोमेन अनुक्रम प्रक्रिया और प्रत्येक taxon नाम के बाद "-II" जोड़ें ।
  6. पहली और दूसरी MtN3/लार डोमेन अनुक्रम फसता स्वरूप में एक doc फ़ाइल में संयोजित करें ।
    1. Clustal ओमेगा में संयुक्त दृश्यों फिर से लोड और ऊपर वर्णित के रूप में अनुक्रम संरेखित करें । "३५ डिग्रियों. clustal" के रूप में परिणाम सहेजें ।
    2. "३५ डिग्रियों. clustal" फ़ाइल को संपादित में खोलें, असमान (फैला हुआ) एमिनो एसिड अवशेषों को या तो संरेखित अनुक्रम के अंत में हटाएँ, और तब अनुक्रम "३५ डिग्रियों. फास" के रूप में सहेजें । "हां" पर क्लिक करें जब चेतावनी दी है कि कुछ अमानक वर्ण सहेजे नहीं जा सकते ।

2. वंशावली ट्री की गणना

  1. "३५ डिग्रियों. फास" मेगा में खोलें ।
    1. क्लिक करें "डेटा" मेनू और चुनें "संरेखण निर्यात", और प्याव प्रारूप में संरेखण (नेक्सस) के रूप में सहेजें "35. नेक्स" MrBayes में बाद में उपयोग के लिए (चित्रा 6) ।
    2. इस बीच, मेगा के मुख्य पैनल पर "मॉडल" आइकन पर क्लिक करें, चुनें "सर्वश्रेष्ठ डीएनए/प्रोटीन मॉडल (एमएल)" खोजें, और पॉप-अप विंडो पर "ठीक" क्लिक करें । मॉडल खोज प्रक्रिया (7 चित्रा) शुरू करने के लिए "गणना" पर क्लिक करें । एक नया प्रगति पैनल खुलेगा; यह प्रक्रिया कई दिनों के लिए, लोड किए गए अनुक्रम की जटिलता और कंप्यूटर के प्रदर्शन के आधार पर कई मिनट तक रहता है ।
      नोट: मॉडल खोज प्रक्रिया समाप्त होने के बाद परिणाम दिखाती तालिका ( चित्र 8) खत्म हो जाएगी । सबसे छोटे बीआईसी स्कोर पहले सूचीबद्ध किया जाएगा, धीरे-बीआईसी स्कोर में वृद्धि के साथ विभिन्न मॉडलों की एक श्रृंखला के बाद. सबसे छोटा बीआईसी स्कोर के साथ पहली मॉडल "एलजी + जी + एफ" "३५ डिग्रियों. फास" फ़ाइल पर आधारित एमएल ट्री के लिए अनुशंसित मॉडल है ।
  2. मेगा के मुख्य पैनल पर "फाइलोजेनी" आइकन पर क्लिक करें, क्लिक करें "निर्माण/अधिकतम संभावना पेड़ परीक्षण", और फिर क्लिक करें "हां" पॉप-अप पैनल पर । एक नई विंडो अलग मापदंडों है कि (9 चित्रा) निर्दिष्ट करने की आवश्यकता दिखा खुल जाएगा ।
    1. सबसे पहले, फाइलोजेनी बॉक्स के परीक्षण में बूटस्ट्रैप मान सेट करें; ५०० या १,००० ज्यादातर मामलों में पर्याप्त है । प्रतिस्थापन मॉडल के अंतर्गत, प्रतिस्थापन प्रकार के रूप में "एमिनो एसिड" चुनें । एक प्रतिस्थापन मॉडल को चुनने के उद्देश्य से उनके वर्तमान राज्यों3पर आधारित दृश्यों के बीच सही अंतर का अनुमान है ।
    2. चुनें "Freqs के साथ एलजी । (+ f) मॉडल "(LG + f) मॉडल/विधि बॉक्स में । दरों और पैटर्न बॉक्स में, का चयन करें "गामा वितरित" (G) के लिए साइटों में दर विविधताओं, अर्थात्का वर्णन करने के लिए, और अधिक वजन देने में परिवर्तन के लिए धीरे से विकसित साइटों3। डेटा सबसेट बॉक्स में, हायफ़न वाले सभी स्तंभों को निकालने के लिए "पूर्ण हटाना" का चयन करें ।
    3. अंय सभी मापदंडों को अपने डिफ़ॉल्ट राज्यों (चित्र 9) में रखें । इन पैरामीटर्स की विनिर्देश के बाद, परिकलन प्रारंभ करने के लिए "गणना" चिह्न पर क्लिक करें ।

3. वंशावली ट्री की प्रस्तुति

नोट: एक वंशावली एमएल पेड़ प्रस्तुत किया जाएगा जब अभिकलन मेगा का उपयोग कर (10 चित्रा) समाप्त हो गया है ।

  1. ट्री पैनल पर "फ़ाइल" चिह्न के पुल-डाउन मेनू के अंतर्गत, परिणाम को सहेजने के लिए "वर्तमान सत्र सहेजें" चुनें (. mas डिफ़ॉल्ट फ़ाइल प्रकार है) । वर्तमान अध्ययन में, परिणाम "35. mas" के रूप में सहेजा गया था । ट्री पैनल पर, पहने की लंबाई, पेड़ शैली, ट्री टोपोलॉजी, taxon नाम, आकार, और रंग के फ़ॉन्ट सहित कई मापदंडों प्रदर्शित कर रहे हैं और विभिन्न विकल्पों के लिए सेट किया जा सकता है ।
  2. छवि आइकन पर क्लिक करके अंतिम पेड़ फ़ाइल सहेजें, और विभिन्न स्वरूपों में आंकड़ा बचाने के लिए या तस्वीर संपादन के लिए स्रोत के रूप में छवि की नकल ।

4. मिठाई और SemiSWEETs के रिश्ते का विश्लेषण अनुक्रम संरेखण का उपयोग

नोट: यह चरण साधारण अनुक्रम विश्लेषण में आवश्यक नहीं हो सकता है ।

  1. ऊपर वर्णित के रूप में Clustal ओमेगा में २२८ eukaryotic मिठाई और ५७ prokaryotic SemiSWEETs संरेखित करें । संरेखण परिणाम Jalview में दिखाया जा सकता है, जो Clustal ओमेगा में एकीकृत है, और एक तस्वीर संपादक (11 अंक) में बचाने के लिए नकल की ।
    नोट: उदाहरण संरेखण में, α से कुछ SemiSWEETs-Proteobacteria मिठाई दृश्यों के पहले MtN3/लार डोमेन के साथ गठबंधन, जबकि SemiSWEETs से Methanobacteria (archaea) मीठा दृश्यों के दूसरे MtN3/लार डोमेन के साथ गठबंधन कर रहे हैं ।

5. MrBayes के साथ वंशावली वृक्ष निर्माण

  1. MrBayes के साथ Bayesian अनुमान के लिए, MrBayes निष्पादन योग्य फ़ाइल खोलें और एक डॉस इंटरफेस एक नई विंडो में आ जाएगा । पहला कदम है नेक्सस डेटा file को पढ़ने के लिए । इनपुट "निष्पादित 35. नेक्स" संकेत के बाद (MrBayes निष्पादन योग्य फ़ाइल की एक ही निर्देशिका में 35. नेक्स फ़ाइल को सहेजने के लिए याद रखें, या इसे अपलोड करने से पहले फ़ाइल का मार्ग इंगित करें) । एक "सफल पढ़ें मैट्रिक्स" संदेश सूचीबद्ध taxa के अंतिम (चित्रा 12) के बाद दिखाया जाएगा । 35. नेक्स फ़ाइल पहले से ही तैयार किया गया है और मेगा में बचाया (ऊपर २.१ देखें) ।
  2. विकासवादी मॉडल सेट करें ।
    1. प्रॉंप्ट के बाद, टाइप करें "prset aamodelpr = फिक्स्ड (lg); lset दरे = छ "। "एलजी" और "जी" "एलजी" और "जी" मॉडल है जो मेगा में स्थापित है के अनुरूप है । मॉडल को सफलतापूर्वक सेट करने के बाद, टाइप करें "एमसीएमसी nchains = 4 ngen = ५,०००,०००" प्रॉंप्ट के बाद । "nchains = 4" प्रविष्टि का उपयोग एक ठंड श्रृंखला और महानगरीय युग्मन के लिए तीन गर्म श्रृंखला की कुल संख्या का प्रतीक है । "ngen = ५,०००,०००" के लिए शीत और गर्म श्रृंखला के अभिसरण के लिए महानगरीय युग्मन के ५,०००,००० पीढ़ियों चलाने का मतलब है । इस अध्ययन में, ०.०१ नीचे विभाजन आवृत्तियों के औसत मानक विचलन गर्म और ठंडी जंजीरों के अभिसरण के रूप में माना जाता था ।
    2. ध्यान दें कि ngen संख्या सही प्रक्रिया की शुरुआत में भविष्यवाणी नहीं किया जा सकता है, और आमतौर पर विभाजन आवृत्तियों की औसत मानक विचलन में परिवर्तन के आधार पर समायोजित करने की आवश्यकता है । इसके अलावा, अभिसरण के लिए ngen संख्या हर बार जब एक ही डेटा के आधार पर कार्यक्रम चल अलग हो सकता है ।
  3. विश्लेषण चलाएं: यह चरण इनपुट डेटा की जटिलता और कंप्यूटर की कार्यक्षमता के आधार पर कई दिनों के लिए कुछ मिनट से रहता है । प्रीसेट परिकलन पूरा करने के बाद, एक प्रॉंप्ट पूछेगा "विश्लेषण के साथ जारी रखें (हां/ यदि "नहीं" संकेत के बाद टाइप है, कंप्यूटिंग (13 आंकड़ा) बंद हो जाएगा, अंयथा यह आगे की पीढ़ियों की संख्या के बाद गणना जारी रहेगा इनपुट है । जब परिकलन समाप्त हो जाता है (विभाजन आवृत्तियों का एक औसत मानक विचलन के साथ < 0.01 या ०.०५), तो जांच प्रॉम्प्ट के बाद "नहीं" लिखकर परिकलन रोकें.
    नोट: ०.०१ एक सख्त कसौटी है, ०.०५ उदारवादी और आम तौर पर पर्याप्त है ।
  4. नमूनों का सारांश: प्रकार "नाबदान" संकेत के बाद मॉडल मापदंडों के नमूनों का सारांश (14 अंक) । फिर टाइप करें "sumt relburnin = हां burninfrac = 0.25" ट्री नमूने संक्षेप में प्रस्तुत करने के लिए संकेत के बाद । वंशावली ट्री निर्माण के बारे में विस्तृत जानकारी चित्र 15के रूप में प्रदर्शित किया जाएगा, दो पेड़ के आंकड़े है कि ए एस सी द्वितीय कोड में स्क्रीन पर दिखाई देगा, एक पहने विश्वसनीयता और अंय दिखा शाखा लंबाई दिखाने के बाद । एक ही समय में, "35. नेक्स. con" के नाम के साथ एक ट्री फ़ाइल स्वचालित रूप से सहेजा जाएगा ।
  5. वंशावली ट्री की एक बेहतर प्रस्तुति के लिए, FigTree उपकरण (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) के साथ "35. नेक्स. con" ट्री फ़ाइल खोलें, परिणाम (चित्र 16) प्रदर्शित करने के लिए किसी शैली या आकार का चयन करें, या इसे बनाने के लिए एक फ़ोटो संपादक में भी इसे संपादित करें अधिक पाठक के अनुकूल ।

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

वंशावली पेड़ बताते है कि पहले MtN3 के सभी/३५ मीठा अनुक्रम के सभी एक पहने और दूसरी MtN3 के रूप में संकुल एक और पहने के रूप में संकुल मिठाई की लार डोमेन । इसके अलावा, मिठाई और SemiSWEETs शो के संरेखण परिणाम है कि कुछ SemiSWEETs से α-Proteobacteria के पहले MtN3/लार डोमेन के साथ गठबंधन मीठा दृश्यों, जबकि SemiSWEETs (Methanobacteria) से दूसरे archaea के साथ गठबंधन/ मीठे दृश्यों का डोमेन । इन परिणामों को एक साथ सुझाव है कि दो MtN3/लार डोमेन मिठाई युक्त एक जीवाणु SemiSWEET के एक विकासवादी संलयन से और एक archaeon14के व्युत्पंन किया जा सकता है ।

Figure 1
चित्रा 1 : clustal ओमेगा के माध्यम से "35. clustal" के रूप में ३५ ख्यात eukaryotic मिठाई के गठबंधन अनुक्रम बचाओ। कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 2
चित्रा 2 : "35. clustal," जो clustal ओमेगा में तैयार किया गया था के गठबंधन अनुक्रम ट्रिम करने के लिए संपादन में पथ का चयन करें । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 3
चित्रा 3 : का चयन करें और पहले MtN3/लार डोमेन के बाईं ओर में असमान दृश्यों को नष्ट ३५ ख्यात eukaryotic मिठाइयों के अनुक्रम में । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 4
चित्र 4 : ३५ ख्यात eukaryotic मिठाइयों में से पहली MtN3/लार डोमेन के छंटनी अनुक्रम में । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 5
चित्रा 5 : चुनें और मेगा में ३५ ख्यात eukaryotic मिठाई के पहले MtN3/लार डोमेन दृश्यों की प्रतिलिपि बनाएं । प्रतिलिपि किए गए अनुक्रम संपादन के लिए एक doc फ़ाइल में चिपकाया जाएगा । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 6
चित्रा 6 : "३५ डिग्रियों. फास" में "35. नेक्स" (प्याव प्रारूप) Bayesian अनुमान के लिए बाद में एक चरण में कनवर्ट करें । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 7
चित्र 7 : अधिकतम संभावना (एमएल) वंशावली ट्री निर्माण "३५ डिग्रियों. फास" फ़ाइल पर आधारित के लिए मेगा द्वारा सबसे अच्छा फिट प्रतिस्थापन मॉडल के लिए खोज । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 8
चित्र 8 : "३५ डिग्रियों. फास" फ़ाइल पर आधारित एमएल ट्री के लिए परिकलित सबसे अच्छा-फ़िट प्रतिस्थापन मॉडल की एक तालिका । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 9
चित्र 9 : "३५ डिग्रियों. फास" के लिए मेगा में सबसे फिट प्रतिस्थापन मॉडल पर आधारित एमएल ट्री गणना के लिए पैरामीटर निर्दिष्ट करें । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 10
चित्र 10 : एक मूल मिलीलीटर पेड़ मेगा द्वारा निर्मित "३५ डिग्रियों. फास" पर आधारित है । इस स्तर पर, चित्रा शैली, आकार, रंग, आदिके लिए कई विकल्प उपलब्ध हैं । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 11
चित्र 11 : २२८ eukaryotic मिठाई और ५७ prokaryotic SemiSWEETs के संरेखण Clustal ओमेगा द्वारा । परिणाम Jalview में दिखाया गया, Clustal ओमेगा में एकीकृत । संरेखण में, α से कुछ SemiSWEETs-Proteobacteria मिठाई दृश्यों के पहले MtN3/लार डोमेन के साथ गठबंधन किया गया, जबकि SemiSWEETs से Methanobacteria (archaea) मिठाई दृश्यों के दूसरे MtN3/लार डोमेन के साथ गठबंधन किया गया । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 12
चित्र 12 : DOS विंडो में MrBayes में "35. नेक्स" फ़ाइल लोड । कुल मिलाकर परिणाम दिखाने के लिए, ऐसी सामग्री जो चित्र की लंबाई कम करने के लिए हटाई गई थी । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 13
चित्र 13 : जानकारी MrBayes का उपयोग कर "35. नेक्स" फ़ाइल की गणना के बाद स्क्रीन पर प्रदर्शित किया जाता है । समग्र परिणाम दिखाने के लिए, ऐसी सामग्री जो चित्र की लंबाई कम करने के लिए हटाई गई थी । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 14
चित्र 14 : "35. नेक्स" फ़ाइल के लिए मॉडल पैरामीटर्स का सारांशित नमूने । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 15
चित्र 15 : "35. नेक्स" फ़ाइल का सारांशित ट्री नमूने । समग्र परिणाम दिखाने के लिए, ऐसी सामग्री जो चित्र की लंबाई कम करने के लिए हटाई गई थी । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Figure 16
चित्र 16 : के वंशावली ट्री "35. नेक्स. con" FigTree द्वारा प्रदर्शित । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

यह जैविक अनुसंधान में तेजी से लोकप्रिय होता जा रहा है न्यूक्लियोटाइड या एमिनो एसिड अनुक्रम8पर आधारित एक वंशावली पेड़ बनाने के लिए । आम तौर पर, वहां तीन महत्वपूर्ण चरणों का अभ्यास सहित अनुक्रम संरेखण, उचित विधि या एल्गोरिथ्म के साथ संरेखित अनुक्रम का मूल्यांकन, और एक वंशावली ट्री के रूप में गणनात्मक परिणाम के दृश्य हैं । प्रस्तुत अध्ययन में, अनुक्रम संरेखण के तीन दौर आयोजित किए गए: पहला, मीठा प्रोटीन दृश्यों, पहली और दूसरी MtN3/लार डोमेन सहित, गठबंधन किया गया; दूसरा, एक स्वतंत्र taxon के रूप में व्यक्तिगत MtN3/लार की मिठाई का एक डोमेन अनुक्रम इकट्ठे हुए थे और एक साथ गठबंधन; और अंत में SemiSWEET जुगाड़ और मीठे जुगाड़ से संयुक्त रूप से गठबंधन किया गया । अनुक्रम संरेखण के केवल एक दौर आमतौर पर phylogenic पेड़ निर्माण के लिए आवश्यक है ।

प्रारंभिक चरण में, मुताबिक़ अनुक्रम NCBI या अन्य डेटाबेस से डाउनलोड किया जा सकता है । इन डाउनलोड अनुक्रम अगर वे अच्छी तरह से व्याख्या नहीं कर रहे है की आवश्यकता हो सकती है । पहले और दूसरे चरण में, यदि अनुक्रम स्वरूप ग़लत है, तो संरेखण और परिकलन प्रारंभ नहीं किया जा सकता । उदाहरण के लिए, Clustal ओमेगा अनुक्रम फ़ाइल में फसता प्रारूप से किसी भी प्रस्थान अस्वीकार करेगा । गणनात्मक चरण में, ध्यान दें कि अमीनो अम्ल या न्यूक्लियोटाइड और हायफ़न सहित अनुक्रम लंबाई को मेगा द्वारा मूल्यांकित किए जाने से पहले समान होना आवश्यक है.

पेड़ निर्माण कि उपलब्ध है के लिए तरीकों और मॉडलों के धन के बावजूद, उनमें से कोई भी आसान है । मजबूत और कायल परिणाम वे है कि एक दूसरे के साथ संगत कर रहे है जब अलग एल्गोरिदम या मॉडल एक ही डेटा15का मूल्यांकन करने के लिए उपयोग किया जाता है । एमएल विधि में, पेड़ टोपोलॉजी की विश्वसनीयता मोटे तौर पर प्रत्येक पहने के बूटस्ट्रैप मूल्य पर निर्भर करता है; ७० या अधिक का एक बूटस्ट्रैप मान आम तौर पर विश्वसनीय माना जाता है । वर्तमान अध्ययन में, पहले MtN3/लार डोमेन के सभी ८३ के एक बूटस्ट्रैप मूल्य के साथ एक बड़े पहने के रूप में संकुल अनुक्रम । अंय सभी दूसरे MtN3/लार डोमेन दृश्यों युक्त पहने के मूल्य, तथापि, केवल 6 (आंकड़ा 10) था । ट्री आर्किटेक्चर को सत्यापित करने के लिए, MrBayes, जो एक पूरी तरह से अलग विधि16 मिलीलीटर से कार्यरत है, taxa के संबंध का विश्लेषण करने के लिए उपयोग किया गया था । पहले और दूसरे डोमेन के पीछे संभावनाओं16 MrBayes से प्राप्त कर रहे थे १०० और ६८, क्रमशः (16 अंक) ।

एमएल और MrBayes गणना की एक और सीमा है कि दोनों को चलाने के लिए समय लेने वाली हैं । मल्टी कोर प्रोसेसर और चित्रमय प्रसंस्करण इकाइयों के साथ एक कंप्यूटर का उपयोग (GPU) अभिकलनी प्रदर्शन और17,18गति में सुधार करने के लिए उपयोगी है । MrBayes, एक असतत ग्राफिक्स कार्ड और उचित CUDA ड्राइवरों के साथ एक कंप्यूटर के संचालन के लिए काफी संभावना गणना11गति कर सकते हैं ।

वंशावली वृक्ष गणना के लिए उचित मॉडल का चयन थोड़ा अनुभव के साथ उन लोगों के लिए मुश्किल है । इस संबंध में, मेगा उम्मीदवार मॉडल के बीआईसी स्कोर की तुलना करके सबसे अच्छा मॉडल को खोजने के लिए एक आसान तरीका प्रदान करता है. इसके अलावा, हाल ही में उंनत मेगा ६.० ऐसी मांसपेशी और Clustal डब्ल्यू10, जो बहुत उपयोग करने के लिए सुविधाजनक है के रूप में कई अनुक्रम संरेखण उपकरण को एकीकृत करता है । यह भी एक अनुक्रम संपादन और वंशावली पेड़ निर्माण समारोह दोनों प्रदान करता है । इन सुविधाओं को आंशिक रूप से समझा क्यों इस सॉफ्टवेयर गणना आणविक विकास क्षेत्र में इतना लोकप्रिय है । MrBayes के लिए के रूप में, इस उपकरण का एक महत्वपूर्ण लाभ यह है कि यह मिश्रित डेटा प्रकार एक साथ प्रक्रिया कर सकते है (जैसे, रूपात्मक और आणविक डेटा)11, और इस तरह के परिणाम और अधिक व्यापक हैं ।

अंत में, वर्तमान अध्ययन एक विधि प्रदान करता है प्रोटीन के आणविक मूल का विश्लेषण करने के जीन है कि ऐसे दोहराव या क्षैतिज जीन अंतरण (HGT) के बाद विकास के बाद संलयन के रूप में जटिल भिंनता आया है एंकोडिंग । उंमीद है, और अधिक निष्कर्षों विकासवादी अनुसंधान क्षेत्र में वंशावली विश्लेषण के व्यापक आवेदन के साथ पता चला जाएगा ।

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

लेखकों का खुलासा करने के लिए कुछ नहीं है ।

Acknowledgments

इस काम के राष्ट्रीय प्राकृतिक विज्ञान फाउंडेशन द्वारा समर्थित किया गया था चीन (३१३७१५९६), जैव प्रौद्योगिकी अनुसंधान केंद्र, चीन तीन घाटियों विश्वविद्यालय (2016KBC04), और Jiangsu प्रांत के प्राकृतिक विज्ञान फाउंडेशन, चीन (BK20151424) ।

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Adobe Illustration a graphical tool developed by Adobe Systems Software Ireland Ltd. Copyright © 2017
BioEdit a biological sequence alignment editor written for Windows 95/98/NT/2000/XP/7. Copyright © Tom Hall
Clustal Omega a package for making multiple sequence alignments of amino acid or nucleotide sequences.  http://www.clustal.org/
CorelDRAW a graphic design software. Copyright © 2017 Corel Corporation
FigTree a graphical viewer of phylogenetic trees designed by the University of Edinburgh
MEGA MolecularEvolutionary Genetics Analysis version6.0 http://www.megasoftware.net/home
MrBayes an Bayesian phylogenetic inference tool
NVIDIA a company designs graphics processing units (GPUs) for the gaming and professional markets. Corporation Copyright © 2017
PAUP Phylogenetic Analysis Using Parsimony. David Swofford's program implements the maximum likelihood method under a number of nucleotide models.
Photoshop a raster graphics editor developed and published by Adobe Systems Software Ireland Ltd. Copyright © 2017
RHYTHM a knowledge based prediction of hekix contacts. Charité Berlin – Protein Formatics Group - Copyright 2007-2009
TMHMM a tool for prediction of transmembrane helices in proteins. http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
Compter 4 GB memory, Core 2 or above CPU. Windows 7, Windows 10

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Nei, M., Kumar, S. Molecular Evolution and Phylogenetics. , Oxford University Press. Oxford. (2000).
  2. Foth, B. J. Phylogenetic analysis to uncover organellar origins of nuclear-encoded genes. Methods Mol Biol. 390, 467-488 (2007).
  3. Baldauf, S. L. Phylogeny for the faint of heart: a tutorial. Trends Genet. 19, 345-351 (2003).
  4. Feng, D. F., Doolittle, R. F. Progressive sequence alignment as a prerequisite to correct phylogenetic trees. J Mol Evol. 25, 351-360 (1987).
  5. Persson, B. Bioinformatics in protein analysis. EXS. 88, 215-231 (2000).
  6. Sievers, F., et al. Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. Mol Syst Biol. 7, 539 (2011).
  7. Sievers, F., Higgins, D. G. Clustal omega. Curr Protoc Bioinformatics. 48, 1-16 (2014).
  8. Yang, Z., Rannala, B. Molecular phylogenetics: principles and practice. Nat Rev Genet. 13, 303-314 (2012).
  9. Hall, B. G. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 22, 792-802 (2005).
  10. Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 30, 2725-2729 (2013).
  11. Ronquist, F., et al. MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space. Syst Biol. 61, 539-542 (2012).
  12. Chen, L. Q., et al. Sugar transporters for intercellular exchange and nutrition of pathogens. Nature. 468, 527-532 (2010).
  13. Xuan, Y., et al. Functional role of oligomerization for bacterial and plant SWEET sugar transporter family. Proc Natl Acad Sci USA. 110, 3685-3694 (2013).
  14. Hu, Y., et al. Phylogenetic evidence for a fusion of archaeal and bacterial SemiSWEETs to form eukaryotic SWEETs and identification of SWEET hexose transporters in the amphibian chytrid pathogen Batrachochytrium dendrobatidis. FASEB J. 30, 3644-3654 (2016).
  15. Holder, M. T., Zwickl, D. J., Dessimoz, C. Evaluating the robustness of phylogenetic methods to among-site variability in substitution processes. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 363, 4013-4021 (2008).
  16. Alfaro, M. E., Holder, M. T. The Posterior and the Prior in Bayesian Phylogenetics. Annu Rev Ecol Evol Syst. 37, 19-42 (2006).
  17. Suchard, M., Rambaut, A. Many-core algorithms for statistical phylogenetics. Bioinformatics. 25, 1370-1376 (2009).
  18. Zierke, S., Bakos, J. FPGA acceleration of the phylogenetic likelihood function for Bayesian MCMC inference methods. BMC Bioinformatics. 11, 184 (2010).

Tags

इम्यूनोलॉजी और संक्रमण अंक १३८ संरेखण Clustal ओमेगा मेगा MrBayes वंशावली ट्री प्रोटीन अनुक्रम
Eukaryotic जीन मूल की जांच करने के लिए वंशावली विश्लेषण का उपयोग
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Zhang, D., Kan, X., Huss, S. E.,… More

Zhang, D., Kan, X., Huss, S. E., Jiang, L., Chen, L. Q., Hu, Y. Using Phylogenetic Analysis to Investigate Eukaryotic Gene Origin. J. Vis. Exp. (138), e56684, doi:10.3791/56684 (2018).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter