यहां, हम एक प्रोटोकॉल है कि microscopically कल्पना और कोशिकाओं और ऊतकों और उसके कैनेटीक्स, समारोह और उपसेलुलर स्थानीयकरण में dehydrogenases की गतिविधि यों तो इस्तेमाल किया जा सकता है प्रस्तुत करते हैं ।
बदल सेलुलर चयापचय कई रोगों की एक बानगी है, कैंसर सहित, हृदय रोगों और संक्रमण. कोशिकाओं की चयापचय मोटर इकाइयों एंजाइमों और उनकी गतिविधि भारी transcriptional, mRNA स्थिरता, शोधों, पोस्ट-शोधों और कार्यात्मक स्तर सहित कई स्तरों पर विनियमित है । इस जटिल विनियमन का अर्थ है कि पारंपरिक मात्रात्मक या इमेजिंग परख, जैसे मात्रात्मक mRNA प्रयोगों, पश्चिमी दाग और immunohistochemistry, अपूर्ण एंजाइमों की अंतिम गतिविधि के बारे में जानकारी उपज, उनके कार्य और/ उनके सेलुलर स्थानीयकरण । मात्रात्मक एंजाइम cytochemistry और histochemistry (यानी, चयापचय मानचित्रण) एक लगभग सच करने के लिए प्रकृति की स्थिति में सीटू एंजाइमी गतिविधि और इसके कैनेटीक्स, समारोह और उपसेलुलर स्थानीयकरण में पर गहराई से जानकारी दिखाते हैं ।
हम dehydrogenases की गतिविधि का पता लगाने के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन, जो एंजाइमों कि redox प्रतिक्रियाओं प्रदर्शन कर रहे हैं जैसे कि णड (पी) के रूप में cofactors को कम करने के लिए+ और सनक. कोशिकाओं और ऊतक वर्गों एक मध्यम है कि एक डिहाइड्रोजनेज की एंजाइमी गतिविधि के लिए विशिष्ट है में मशीन हैं । बाद में, डिहाइड्रोजनेज कि जांच का विषय है अपनी एंजाइमी गतिविधि में अपनी सेलुलर साइट करता है । प्रतिक्रिया माध्यम के साथ एक रासायनिक प्रतिक्रिया में, यह अंततः है डिहाइड्रोजनेज गतिविधि के स्थल पर नीले रंग formazan उत्पंन करता है । formazan के अवशोषण इसलिए डिहाइड्रोजनेज की गतिविधि का एक सीधा उपाय है और रंग प्रकाश माइक्रोस्कोपी और छवि विश्लेषण का उपयोग कर quantified जा सकता है । इस प्रोटोकॉल के मात्रात्मक पहलू शोधकर्ताओं इन परख से सांख्यिकीय निष्कर्ष आकर्षित करने के लिए सक्षम बनाता है ।
प्रेक्षणीय अध्ययन के अलावा, इस तकनीक विशिष्ट एंजाइमों के निषेध अध्ययन के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है । इस संदर्भ में, अध्ययन सही से लाभ चयापचय मानचित्रण के प्रकृति लाभ, सीटू परिणाम है कि शारीरिक रूप से अधिक से अधिक प्रासंगिक हो सकता है में देने से इन विट्रो एंजाइम संकोच अध्ययन. सभी में, चयापचय मानचित्रण सेलुलर या ऊतक के स्तर पर चयापचय का अध्ययन करने के लिए एक अनिवार्य तकनीक है । तकनीक को अपनाने के लिए आसान है, में प्रदान करता है गहराई से, व्यापक और एकीकृत चयापचय जानकारी और तेजी से मात्रात्मक विश्लेषण सक्षम बनाता है ।
सेलुलर फिजियोलॉजी की एक अनिवार्य आधारशिला चयापचय है । चयापचय सभी शारीरिक प्रक्रियाओं के लिए आवश्यक ऊर्जा के साथ कोशिकाओं को प्रदान करता है, macromolecular के लिए इमारत ब्लॉकों बचाता है, और अपशिष्ट उत्पादों, विषाक्त अणुओं और विधानसभा के संबंध में सेलुलर homeostasis को नियंत्रित और अनावश्यक या बेकार सेलुलर घटकों के पुनर्चक्रण । एंजाइमों उत्प्रेरित लगभग सभी महत्वपूर्ण सेलुलर रासायनिक प्रतिक्रियाओं और इसलिए कोशिकाओं के फिजियोलॉजी में मोटर इकाइयों रहे हैं । 1 , 2
एंजाइमों की गतिविधि कसकर कई स्तरों पर विनियमित है और इसलिए मात्रात्मक एंजाइम histochemistry और cytochemistry (चयापचय मानचित्रण भी कहा जाता है) सीटू मेंएंजाइम गतिविधि का अध्ययन करने के लिए पसंदीदा तरीका है. transcriptional स्तर पर, mRNA में जीन अभिव्यक्ति विनियमित है । प्रतिलेखन के विनियमन के प्रभाव जैसे microarrays या प्रत्यक्ष आरएनए अनुक्रमण, या गुणात्मक mRNA परख, जैसे में-सीटू संकरण जो (उप) सेलुलर पर जानकारी देता है के रूप में मात्रात्मक mRNA परख, का उपयोग कर निर्धारित किया जा सकता mRNA अणुओं का स्थानीयकरण । यह यह संभव कोशिकाओं के बीच transcriptional गतिविधि में सापेक्ष मतभेद की सराहना करने के लिए बनाता है । हालांकि, व्याख्या और चयापचय गतिविधि के संबंध में इन mRNA परख की वैधता जटिल है क्योंकि विनियमन भी mRNA स्तर पर होता है, जहां अनुक्रम और mRNA अणुओं की स्थिरता के बाद यह डीएनए से लिखित है संपादित कर रहे हैं । इस संपादन ribosomes पर प्रोटीन isoform अनुवाद और प्रोटीन अनुवाद मात्रा को नियंत्रित करता है । इसके अलावा, प्रोटीन अनुवाद की प्रक्रिया को नियंत्रित किया जाता है और अंततः एंजाइम अभिव्यक्ति और इसलिए गतिविधि को प्रभावित करता है । aforementioned विनियामक कदम के संयुक्त प्रभाव इस तरह के रूप में पश्चिमी सोख्ता या रिवर्स चरण प्रोटीन lysate microarrays, या गुणात्मक प्रोटीन अभिव्यक्ति परख, के रूप में मात्रात्मक प्रोटीन अभिव्यक्ति परख, का उपयोग की सराहना की जा सकती है immunocytochemistry और immunohistochemistry, लेकिन इन तकनीकों में प्रोटीन के बाद के अनुवाद संशोधन के रूप में बहाव विनियामक प्रभाव और उनकी भीड़ microenvironment में एंजाइमों के कार्यात्मक विनियमन शामिल करने में विफल । इसके अलावा, एक एंजाइम की अभिव्यक्ति खराब अपनी गतिविधि के साथ सहसंबंधी हो सकता है, ताकि कोशिका या ऊतक homogenates या पतला समाधान में एक शुद्ध एंजाइम के गतिविधि माप व्यापक रूप से एंजाइम गतिविधि अध्ययन के लिए इस्तेमाल कर रहे हैं । हालांकि, इन प्रयोगों एक एंजाइम की गतिविधि पर एक भीड़ compartmentalized कोशिका द्रव्य या organelle के प्रभाव को दोहराने के लिए असफल । इसके अलावा, सभी aforementioned तकनीक या तो मात्रा या mRNA या एंजाइम अभिव्यक्ति के स्थानीयकरण निर्धारित करते हैं, लेकिन एंजाइम अभिव्यक्ति के इन पहलुओं के दोनों पर व्यापक जानकारी देने में असमर्थ हैं, अकेले चलो इस के एकीकरण एंजाइम गतिविधि निर्धारण के साथ जानकारी । 2 , 3 , 4
चयापचय मानचित्रण aforementioned चर के सभी की सराहना की अनुमति देता है कि एक एंजाइम की गतिविधि निर्धारित करते हैं । क्या अधिक है, चयापचय मानचित्रण कोशिकाओं और ऊतकों है कि विश्लेषण के दौरान बरकरार रखा जाता है के साथ सेल या ऊतक इमेजिंग का एक रूप है एक लगभग सच करने के लिए प्रकृति स्थिति एंजाइमों की गतिविधि के डेटा उत्पन्न करने के लिए उत्पन्न करने के लिए. यह एक कोशिका या ऊतक डिब्बे के भीतर एंजाइम गतिविधि के रूप में अच्छी तरह से मजबूत ठहराव एंजाइम गतिविधि के स्थान की दोनों विस्तृत सराहना की सुविधा है कि छवियों का उत्पादन. 3 , 4 प्रोटोकॉल dehydrogenases की गतिविधि के चयापचय मानचित्रण के लिए यहां वर्णित सभी उपलब्ध एंजाइम histochemical तरीकों की प्रयोगशाला मैनुअल पर आधारित हैं,5 मात्रात्मक एंजाइम histochemistry के सिद्धांतों पर,6 और पर मात्रात्मक चयापचय मानचित्रण की छवि विश्लेषण । 4
Dehydrogenases एंजाइम हैं जो विहित cofactors को कम करने के लिए redox प्रतिक्रियाओं का प्रदर्शन करते हैं जैसे णड+, NADP+ और सनक को नध, NADPH और फॊध२क्रमशः. बरकरार कोशिकाओं या cryostat ऊतक वर्गों है कि रासायनिक तय नहीं कर रहे हैं एक प्रतिक्रिया माध्यम है जो में शामिल हैं, अन्य रिएजेंट के बीच में, सब्सट्रेट और cofactors एक विशिष्ट डिहाइड्रोजनेज और एक tetrazolium नमक की मशीन. बाद में, कि डिहाइड्रोजनेज अपनी उत्प्रेरक गतिविधि करता है और कम कर देता है, उदाहरण के लिए, NADP+ NADPH । एक इलेक्ट्रॉन वाहक के द्वारा, 2 NADPH अणुओं अंततः 1 पानी में घुलनशील अर्द्ध बेरंग tetrazolium नमक अणु को कम करने के लिए 1 जल अघुलनशील नीले formazan अणु कि तुरंत डिहाइड्रोजनेज के स्थल पर हाला. इसलिए, उपजी formazan के अवशोषण एक डिहाइड्रोजनेज की स्थानीय गतिविधि का एक सीधा उपाय है और प्रकाश माइक्रोस्कोपी या रंग प्रकाश माइक्रोस्कोपी और छवि विश्लेषण का उपयोग कर quantified का उपयोग कर मनाया जा सकता है. इस प्रोटोकॉल के मात्रात्मक पहलू शोधकर्ताओं इन परख से सांख्यिकीय निष्कर्ष आकर्षित करने के लिए सक्षम बनाता है । इसके अलावा, इस ठहराव इस तरह के अधिक से अधिक एंजाइम गतिविधि (वीमैक्स) और एक एंजाइम (Km) के लिए एक सब्सट्रेट के अपनत्व के रूप में सीटू काइनेटिक एंजाइम पैरामीटर, के निर्धारण की सुविधा. 3 , 4 , 5 , ६
जब एक चयापचय मानचित्रण प्रयोग की योजना बना, यह है कि प्रयोग के प्रति एहसास महत्वपूर्ण है, सेल की तैयारी या ऊतक वर्गों का पालन के साथ ५० ग्लास स्लाइड की एक अधिकतम क्रम में लगातार प्राप्त करने के लिए मशीन के दौरान समय देरी कम करने के लिए सिफारिश कर रहे है परिणाम. जब इन प्रोटोकॉल चरणों को एक से अधिक प्रयोगकर्ता द्वारा सहकारी रूप से बाहर किया जाता है, तो अधिक स्लाइड्स और/या मध्यम रचनाओं को संसाधित करना संभव है । इसके अलावा, कुछ परिवर्तनशीलता प्रयोगों के बीच मौजूद है । इसलिए, समान प्रयोगों प्रत्येक सेल तैयारी या प्रत्येक ऊतक नमूने से वर्गों और उचित नियंत्रण से cytospins के साथ कम से कम 3 बार दोहराया जाना चाहिए प्रत्येक प्रयोग में शामिल किया जाना चाहिए. हमेशा सब्सट्रेट के अभाव में एक नियंत्रण गर्मी मध्यम तैयार है, लेकिन cofactors की उपस्थिति में गैर विशिष्ट एंजाइम गतिविधि धुंधला के लिए नियंत्रित करने के लिए. सबसे प्रतिनिधि परिणामों के प्रयोगों में प्राप्त कर रहे हैं, जहां अलग सब्सट्रेट/cofactor सांद्रता ऊतक वर्गों या एक ही नमूना से सेल की तैयारी के लिए लागू कर रहे हैं, ताकि प्रयोगकर्ता एंजाइम कैनेटीक्स का विश्लेषण प्रदर्शन कर सकते हैं खुराक-गतिविधि घटता ।
सेलुलर चयापचय पर अनुसंधान वर्तमान में एक पुनर्जागरण का अनुभव है क्योंकि शोधकर्ताओं का एहसास है कि अब चयापचय प्रभाव रोगजनन और कई रोगों के उपचार के लिए महत्वपूर्ण हैं । 1 इसके अलावा, चयापचय अनुसंधान की तकनीक है कि पहले से कहीं अधिक उपकरण के साथ अनुसंधान के इस क्षेत्र प्रदान करते हैं, मास स्पेक्ट्रोमेट्री, radioisotopic लेबलिंग और परमाणु चुंबकीय अनुनाद स्पेक्ट्रोमेट्री सहित की बढ़ती उपलब्धता से सहायता प्राप्त है । चयापचय मानचित्रण कोई एक उपंयास तकनीक का मतलब है, लेकिन इसकी क्षमता एक लगभग सच करने वाली प्रकृति स्थिति में एंजाइमों की गतिविधि पर एकीकृत जानकारी देने के लिए इस तकनीक को पहले से कहीं अधिक प्रासंगिक बना देता है । 2
cofactors णड+ और NADP+ सभी जीवित कोशिकाओं में पाया जाता है, जो इंगित करता है कि dehydrogenases विकास के दौरान बहुत जल्दी उठी और सेलुलर चयापचय में महत्वपूर्ण भूमिका है । 14 , 15 वर्तमान में, वहां रहे है ५२३ एंजाइम-catalyzed प्रतिक्रियाओं कि dehydrogenases के रूप में वर्गीकृत कर रहे है और सभी प्रजातियों में होते हैं । 16 सैद्धांतिक रूप से, सभी अलग डिहाइड्रोजनेज प्रतिक्रियाओं की गतिविधि अलग से यहां वर्णित चयापचय मानचित्रण प्रोटोकॉल tweaking द्वारा जांच की जा सकती है । हर एंजाइमी प्रतिक्रिया सब्सट्रेट और cofactors कि अपनी गतिविधि के लिए आवश्यक हैं के माध्यम से अद्वितीय है । इसलिए, प्रत्येक एंजाइमी प्रतिक्रिया की गतिविधि पर्याप्त सब्सट्रेट और प्रतिक्रिया माध्यम में cofactors के साथ एक चयापचय मानचित्रण प्रयोग का उपयोग कर निर्धारित किया जा सकता है । हालांकि, कुछ एंजाइम isoforms अपने सेलुलर स्थानीयकरण में अलग, उदाहरण के लिए एक isoform catalyzes में एक प्रतिक्रिया कोशिका द्रव्य में एक और isoform कार्यों जबकि mitochondria. एक उल्लेखनीय उदाहरण है IDH1 और IDH2, जिनमें से पूर्व cytoplasmic है और बाद mitochondrial है और जो दो अलग प्रोटीन दो अलग जीन द्वारा इनकोडिंग हैं । 11 1-methoxy-5-methylphenazinium methylsulfate (methoxy-पीएमएस) और 5-methylphenazinium methylsulfate (पीएमएस) इन प्रयोगों के लिए इलेक्ट्रॉन वाहक के रूप में दोनों का इस्तेमाल किया जा सकता है । पूर्व mitochondrial झिल्ली पारित नहीं करता है, बाद में करता है । इसलिए, mitochondrial एंजाइमों (जैसे IDH2) पर जांच cytosolic एंजाइमों (जैसे IDH1) पर जांच जबकि पीएमएस का उपयोग करना चाहिए mPMS का उपयोग करना चाहिए ।
कई तकनीकों के साथ के रूप में, इस प्रोटोकॉल के रूपांतरों, tetrazolium लवण के विभिंन प्रकार का उपयोग कर के रूप में, पीएमएस और सोडियम azide के अलावा को छोड़कर, एक जलीय बढ़ते माध्यम का उपयोग कर, और अलग मशीन और धोने बार, मौजूद है और समान रूप से अच्छी तरह से काम कर सकते हैं । tetrazolium लवण के साथ चयापचय मानचित्रण के आवेदन dehydrogenases तक ही सीमित नहीं है । प्रोटोकॉल के लिए छोटे संशोधनों के साथ, यह भी एंजाइमों की गतिविधि के आकलन के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है कि सीधे एक चयापचय मार्ग में एक डिहाइड्रोजनेज के ऊपर समारोह । हम पहले glutaminase एंजाइम,17 जो glutaminolysis मार्ग में ग्लूटामेट डिहाइड्रोजनेज के सीधे ऊपर कार्य के लिए इस सिद्धांत का वर्णन किया है । 18 सिद्धांत में, एक ही सिद्धांत अंय एंजाइमों के लिए लागू किया जा सकता है कि सीधे बहाव या एक डिहाइड्रोजनेज उदा aconitase, जो tricarboxylic एसिड (टीसीए) चक्र में IDH2 और IDH3 के ऊपर सीधे ऊपर है के नदी के ऊपर है । 1 तालिका में वर्णित सांद्रता का एक और सरल परिवर्तन सब्सट्रेट, cofactor और/या अवरोधक के विभिन्न सांद्रता के साथ गर्मी के माध्यम शीशियों बनाने के माध्यम से है । यह खुराक की पीढ़ी की अनुमति देता है, सब्सट्रेट, cofactor और/या अवरोध एकाग्रता के एक समारोह के रूप में गतिविधि घटता ।
तकनीकी रूप से बोलते हुए, चयापचय मानचित्रण प्रयोगों सीटू एंजाइम गतिविधि में निष्पक्ष टिप्पणियों की सुविधा नहीं है, क्योंकि शोधकर्ताओं के लिए एक सब्सट्रेट और cofactor एकाग्रता है कि सब्सट्रेट और cofactor स्तर को प्रतिबिंबित नहीं कर सकते हैं चुनना है जो सीटू मेंमौजूद हैं । इसके अलावा, प्रतिक्रिया माध्यम में चिपचिपा 18% PVA का उपयोग करने के लिए अणुओं बरकरार रखने के लिए, जगह में और अनुरूप में कार्य करता है, लेकिन प्रतिक्रिया माध्यम के माध्यम से कम आणविक वजन रिएजेंट के प्रभावी प्रसार पर प्रतिबंध लगाता है । 3 , 5 इसलिए, प्रयोगों में निर्धारित एंजाइम गतिविधियों का उपयोग supraphysiological सब्सट्रेट सांद्रता vivo स्थिति में एक दिया सब्सट्रेट एकाग्रता पर प्रतिबिंबित नहीं करते हैं, लेकिन के लिए उपयुक्त हैं अंतर प्रयोगात्मक तुलना । इस प्रकार, चयापचय मानचित्रण प्रयोगों का परिणाम है कि सीटू मेंमौजूद हैं सब्सट्रेट और cofactor स्तर के संदर्भ में एक एंजाइमी प्रतिक्रिया की उत्पादन क्षमता (अधिकतम गतिविधि) है. इसके अलावा, सब्सट्रेट और/या cofactors और कई नमूनों की विभिंन सांद्रता के उपयोग की अनुमति देता है अधिकतम उत्पादन क्षमता के निष्पक्ष तुलना (Vmax) और एक सब्सट्रेट के लिए एक एंजाइम के संबध (Km) सेल की तैयारी में cofactor/ , ऊतकों या ऊतक क्षेत्रों । इन मापदंडों एंजाइम प्रोटीन अभिव्यक्ति की राशि का परिणाम है, के बाद अनुवाद संशोधनों और एंजाइमों की गतिविधि पर एक भीड़ microenvironment के प्रभाव । इसलिए, चयापचय मानचित्रण अभी भी प्रयोगों से एंजाइम गतिविधि का एक बेहतर प्रतिबिंब है कि प्रोटीन अभिव्यक्ति या इन विट्रो मेंशुद्ध एंजाइम गतिविधि का निर्धारण है ।
The authors have nothing to disclose.
R.J.M. ए एम सी पीएचडी छात्रवृत्ति द्वारा समर्थित है । इस शोध को डच कैंसर सोसाइटी (KWF ग्रांट UVA 2014-6839) ने समर्थन दिया था । लेखकों ने प्रोटोकॉल के लेखन के साथ उनकी मदद के लिए डॉ ए. Jonker का शुक्रिया अदा किया ।
Adenosine 5′-diphosphate sodium salt | Sigma-Aldrich | A2754 | |
D-Glucose 6-phosphate sodium salt | Sigma-Aldrich | G7879 | |
Disodium hydrogen phosphate (NA2HPO4) | Merck Millipore | 106559 | |
di-Sodium succinate | Sigma-Aldrich | W327700 | |
DL-Isocitric acid trisodium salt hydrate | Sigma-Aldrich | I1252 | |
D-Malic acid | Sigma-Aldrich | 2300 | |
Glycerol Gelatin | Sigma-Aldrich | GG1 | |
L-Glutamic acid | Sigma-Aldrich | G1251 | |
Lithium 6-phospho-D-galactonate | Sigma-Aldrich | 55962 | |
Magnesium chloride | Sigma-Aldrich | M8266 | |
methoxy-Phenazine methosulfate | Serva | 28966.01 | |
Nicotinamide adenine dinucleotide | Sigma-Aldrich | N0505 | |
Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate | Sigma-Aldrich | NADP-RO | |
Nitrotetrazolium Blue chloride | Sigma-Aldrich | N6876 | |
Phenazine methosulfate | Serva | 32030.01 | |
Polyvinyl alcohol, fully hydrolyzed | Sigma-Aldrich | P1763 | |
Potassium dihydrogen phosphate (KH2PO4) | Merck Millipore | 104873 | |
Sodium azide | Sigma-Aldrich | S2002 | |
Sodium L-lactate | Sigma-Aldrich | L7022 | |
Bandpass filter | Edmund optics | https://www.edmundoptics.de/optics/optical-filters/bandpass-filters/Hard-Coated-OD-4-10nm-Bandpass-Filters/ | |
Grey-step wedge | Stouffer Industries | http://www.stouffer.net/TransPage.htm |