Summary

Quantificazione di tre lesioni del DNA mediante spettrometria di massa e valutazione dei loro livelli nei tessuti di topi esposti a particolato fine ambientale

Published: May 29, 2019
doi:

Summary

Descriviamo qui metodi per la quantificazione sensibile e accurata delle lesioni 8-oxo-7, 8-diidro-2′-deossiguanosina (8-oxodGuo), 1,n6-etheno-2′-deossiadenosina (1,n6-dAdo) e 1,n2– etheno-2a ‘-deossiguanosina (1,N2-DGUO) nel DNA. I metodi sono stati applicati alla valutazione degli effetti del particolato fine ambientale (PM2,5) nei tessuti (polmone, fegato e rene) dei topi a/J esposti.

Abstract

Gli addotti del DNA e le basi di DNA ossidato sono esempi di lesioni del DNA che sono biomarcatori utili per la valutazione della tossicità di sostanze che sono elettrofiliche, generano elettrofili reattivi sulla biotrasformazione o inducono lo stress ossidativo. Tra i nucleobasi ossidati, il più studiato è 8-oxo-7, 8-diidroguanina (8-oxoGua) o 8-oxo-7, 8-diidro-2′-deossiguanosina (8-oxodGuo), un biomarcatore di danno di base ossidativamente indotto nel DNA. Aldeidi ed epoxyaldeidi risultanti dal processo di perossidazione lipidica sono molecole elettrofiliche in grado di formare addotti mutageni del DNA esociclico, come gli addotti addotti 1,n2-addotti-2′-deoxyguanosina (1,n2– εdGuo) e 1,n6-etheno-2′-deossiadenosina (1,n6-εdado), che sono stati suggeriti come potenziali biomarcatori nella fisiopatologia dell’infiammazione. Metodi selettivi e sensibili per la loro quantificazione nel DNA sono necessari per lo sviluppo di strategie preventive per rallentare i tassi di mutazione cellulare e lo sviluppo di malattie croniche (ad esempio, cancro, malattie neurodegenerative). Tra i metodi sensibili disponibili per la loro rilevazione (cromatografia liquida ad alte prestazioni accoppiata ai rivelatori di spettrometria di massa elettrochimica o tandem, test Comet, immunodosaggi, 32P-postetichettatura), le più selettive sono quelle basate su cromatografia liquida ad alte prestazioni accoppiata alla spettrometria di massa tandem (HPLC-ESI-MS/MS). La selettività è un vantaggio essenziale nell’analisi di campioni biologici complessi e l’HPLC-ESI-MS/MS si è evoluto come lo standard Gold per la quantificazione dei nucleosidi modificati nelle matrici biologiche, come il DNA, l’urina, il plasma e la saliva. L’uso di standard interni con etichetta isotopica aggiunge il vantaggio delle correzioni per le perdite di molecola durante le fasi di arricchimento dell’idrolisi e dell’analita del DNA, nonché per le differenze di ionizzazione dell’analita tra i campioni. Aiuta anche a identificare il picco cromatografico corretto quando è presente più di un picco.

Qui vi presentiamo i metodi HPLC-ESI-MS/MS, sensibili, accurati e precisi, che sono stati applicati con successo per la quantificazione di 8-oxodGuo, 1,n6-dado e 1,n2-DGUO nel polmone, nel fegato e nel DNA dei reni dei topi a/J per valutazione degli effetti dell’esposizione ambientale PM2,5 .

Introduction

Alcune specie reattive dell’ossigeno (ROS) sono in grado di ossidare doppi legami di carbonio di basi di DNA e alcuni carboni nella frazione desossribosio, generando basi ossidate e rottura del filamento del DNA1. Come una molecola carica negativamente ricca di atomi di azoto e ossigeno, il DNA è anche un bersaglio per i gruppi elettrofilici che covalentemente reagiscono con i siti nucleofili (azoto e ossigeno), dando prodotti che sono chiamati addotti del DNA2. Quindi, gli addotti del DNA e le basi del DNA ossidato sono esempi di lesioni del DNA che sono biomarcatori utili per la valutazione della tossicità di sostanze che sono elettrofiliche, generano elettrofili reattivi sulla biotrasformazione, o inducono lo stress ossidativo1, 2. il Anche se le basi di DNA modificate possono essere rimosse dal DNA per riparazione di escissione di base o nucleotide (BER o NER), l’induzione di uno squilibrio tra la generazione e la rimozione delle lesioni del DNA a favore della prima porta ad un aumento netto dei loro livelli nel lavoro straordinario del DNA3 . I risultati sono l’aumento dei tassi di mutazione del DNA, la riduzione dell’espressione genica e la diminuita attività proteica2,4,5,6,7, effetti che sono strettamente correlati alla sviluppo di malattie. Le mutazioni del DNA possono influenzare diverse funzioni cellulari, come la segnalazione cellulare, il ciclo cellulare, l’integrità del genoma, la stabilità dei telomeri, l’epigenoma, la struttura della cromatina, lo splicing dell’RNA, l’omeostasi proteica, il metabolismo, l’apoptosi e la differenziazione cellulare8 ,9. Le strategie per rallentare i tassi di mutazione cellulare e lo sviluppo di malattie croniche (ad esempio, cancro, malattie neurodegenerative) passano attraverso la conoscenza delle fonti di mutazione, tra cui le lesioni del DNA e le loro cause.

ROS ha generato in eccesso in modo endogeno, a causa di esposizione di inquinanti, infiammazione persistente, patofisiologia della malattia (ad esempio, diabete), ecc., sono cause importanti di danni biomolecola, tra cui il danno del DNA e del lipido1. Ad esempio, il radicale idrossile altamente reattivo (OH) formato da H2O2 riduzione degli ioni metallici di transizione (Fe2 +, cu+) ossida le basi del DNA, la porzione di zucchero del DNA e gli acidi grassi polinsaturi a diffusione controllata tassi di cambio10. Tra i 80 già caratterizzati nucleobasi ossidate3, l’uno più studiato è 8-oxo-7, 8-diidroguanina (8-oxoGua) o 8-oxo-7, 8-dihydro-2′-deossiguanosina (8-oxodGuo, Figura 1), una lesione che è in grado di indurre le trasversioni gt in cellule di mammifero10,11. È formata dall’ossidazione mono-elettronica della guanina, o da un attacco di ossigeno radicale idrossile o singollet di guanina nel DNA1. Gli acidi grassi polinsaturi sono altri importanti bersagli di ossidanti altamente reattivi, quali Oh, che avviano il processo di perossidazione lipidica1,12. Dà origine a idroperossidi di acidi grassi che possono decomporre a aldeidi elettrofiliche ed epoxyaldeidi, come malondialdeide, 4-idrossi-2-nonenal, 2, 4-decadienal, 4,5-epossidico-(2E)-decenale, hexenal, Acrolein, crotonaldeide, che sono in grado di formare addotti mutageni del DNA esociclico, come malondialdeide-, propano-, o addotti di addotti1,12,13. L’addotti addotti 1,n2-addotti-2′-deoxyguanosine (1,n2-εdguo, Figura 1) e 1,n6-addotti-2′-deossiadenosina (1,n6-εdado, Figura 1 ) sono stati suggeriti come potenziali biomarcatori nella patofisiologia dell’infiammazione14,15.

Figure 1
Figura 1. Strutture chimiche delle lesioni del DNA quantificate nel presente studio. dR = 2 ́-desossribosio. Questa cifra è stata modificata da Oliveira et al.34. Si prega di cliccare qui per visualizzare una versione più grande di questa cifra.

Gli studi condotti nei primi anni ottanta hanno permesso la rilevazione sensibile di 8-oxodGuo mediante cromatografia liquida ad alte prestazioni accoppiata al rilevamento elettrochimico (HPLC-ECD). Quantificazione di 8-oxodGuo da HPLC-ECD in diversi sistemi biologici sottoposti a condizioni ossidanti ha portato al riconoscimento di 8-oxodGuo come un biomarcatore di danno base ossidativamente indotto in DNA1,16. Sebbene robusto e che consenta la quantificazione di 8-oxodGuo nella gamma bassa fmol17, le misurazioni HPLC-ECD si basano sull’accuratezza del tempo di ritenzione dell’analita per l’identificazione dell’analita e sulla risoluzione della cromatografia per evitare interferenze di altri costituenti campione. Poiché la rilevazione elettrochimica richiede l’uso di sale (ad esempio fosfato di potassio, acetato di sodio) nella fase mobile, il mantenimento di condizioni analitiche adeguate necessita di routine di pulizia delle colonne e delle attrezzature.

In alternativa, l’uso dell’enzima di riparazione del DNA batterico formamidopirimidina DNA glicosilasi (FPG) e, successivamente, umana 8-oxoguanina glicosilasi 1 (hOGG1), per il rilevamento e la rimozione di 8-oxoGua dal DNA, è emerso come un modo per l’induzione del DNA alcalino labile Siti. I siti alcalini labili vengono convertiti in rotture del filamento del DNA e consentono la quantificazione indiretta molto elevata sensibile di 8-oxoGua mediante elettroforesi di gel monocellulare alcalina (“saggio Comet”). L’alta sensibilità e la realizzazione delle analisi senza la necessità di estrazione del DNA cellulare sono i principali vantaggi di questo tipo di saggio. Fornisce i livelli più bassi di stato stazionario di 8-oxoGua nel DNA, tipicamente 7-10 volte inferiori ai livelli ottenuti dai metodi bioanalitici basati su HPLC. Tuttavia, è una misura indiretta di 8-oxogua e alcuni inconvenienti sono la mancanza di specificità o l’efficienza sconosciuta degli enzimi di riparazione utilizzati1,16,18.

Gli immunodosaggi sono altri metodi utilizzati per la rilevazione di addotti di 8-oxoGua1 e di DNA esociclico, come 1,n6-dAdo e 1,n2-dGuo12. Nonostante la sensibilità, una carenza dell’uso di anticorpi per il rilevamento delle lesioni del DNA è la mancanza di specificità a causa della reattività incrociata ad altri componenti di campioni biologici, comprese le normali basi di DNA1,12. Gli addotti del DNA exociclico, compresi 1, n6-dado e 1, n2-dGuo, possono essere rilevati e quantificati da 32P-saggi di postetichettatura12. L’elevata sensibilità di 32P-postetichettatura consente l’uso di piccolissime quantità di DNA (ad es. 10 μg) per il rilevamento di circa 1 addotto per 1010 basi normali19. Tuttavia, l’uso di radio-chimiche, mancanza di specificità chimica e bassa precisione sono alcuni svantaggi19,20.

Una limitazione condivisa dei metodi citati sopra è la bassa selettività o specificità per la rilevazione delle molecole desiderate. In questo scenario, l’HPLC accoppiato alla spettrometria di massa tandem a ionizzazione elettrospray (HPLC-ESI-MS/MS e HPLC-MS3) si è evoluto come lo standard Gold per la quantificazione dei nucleosidi modificati nelle matrici biologiche, come il DNA, l’urina, il plasma e la saliva 1 il , 19 anni di , 20. i vantaggi dei metodi HPLC-ESI-MS/MS sono la sensibilità (tipicamente nella gamma bassa fmol) e l’elevata specificità fornita da i) la separazione cromatografica, II) il modello caratteristico e noto della frammentazione molecolare all’interno della massa Camera di collisione dello spettrometro, e III) la misurazione accurata del rapporto massa/carica selezionato (m/z) in modalità di monitoraggio a reazione multipla1,19. L’uso di standard interni con etichetta isotopica aggiunge il vantaggio delle correzioni per le perdite di molecola durante le fasi di arricchimento dell’idrolisi e dell’analita del DNA, nonché per le differenze di ionizzazione dell’analita tra i campioni. Aiuta anche a identificare il picco cromatografico corretto quando più di un picco è presente1,12,19,20.

Diversi metodi basati su HPLC-ESI-MS/MS sono stati utilizzati per la quantificazione di 8-oxodGuo, 1,N6-dAdo e 1,n2-dGuo nel DNA Estratto da diversi campioni biologici12,15,20 ,21,22,23,24,25,26,27,28,29 . Le particelle sottili (PM2,5) trasportano sostanze chimiche organiche e inorganiche, quali idrocarburi policiclici aromatici (IPA), Nitro-IPA, aldeidi, chetoni, acidi carbossilici, chinolini, metalli e ioni solubili in acqua, che possono indurre infiammazione e stress ossidativo, condizioni che favoriscono il verificarsi di biomolecola danni e malattia30,31,32,33. Qui presentiamo i metodi HPLC-ESI-MS/MS convalidati che sono stati applicati con successo per la quantificazione di 8-oxodGuo, 1,n6-dado e 1,n2-dGuo in polmone, fegato e DNA renale di un/J topi per la valutazione del effetti dell’esposizione ambientale PM 2,534.

Protocol

Quattro settimana vecchio maschio A/J topi, patogeno specifico libero, sono stati ottenuti dal centro di allevamento di animali da laboratorio di Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Rio de Janeiro, Brasile, e sono stati trattati di conseguenza al comitato etico della facoltà di medicina, Università di San Paolo (protocollo no 1310/09). 1. raccolta dei tessuti dei topi Anestetizzare l’animale con xylazina e chetamina. Per un topo con 30 g di peso corporeo, iniettare una so…

Representative Results

Le concentrazioni medie di DNA (± DS) ottenute da topi epatici (~ 1 g di tessuto), polmone (~ 0,2 g di tessuto) e rene (~ 0,4 g di tessuto) erano, rispettivamente, 5.068 ± 2.615, 4.369 ± 1.021, e 3.223 ± 723 μg/mL nel volume finale di 200 μL. Un cromatogramma rappresentativo ottenuto da HPLC-DAD del DNA purificato è mostrato in Figura 3. La presenza dei quattro 2′-deossinucleosidi, esenti dai ribonucleosidi dell’RNA, che eluto immediatamente prima dei …

Discussion

Un problema importante riscontrato nelle analisi 8-oxodGuo da HPLC Metodi è la possibile induzione della sua formazione durante le procedure di esame di estrazione del DNA, idrolisi del DNA, e la concentrazione di DNA idrolizzati22,38. Al fine di minimizzare il problema della formazione di 8-oxodGuo smontava, si raccomanda l’aggiunta di deferossamina a tutte le soluzioni di estrazione, stoccaggio e idrolisi del DNA, l’uso del metodo chaotropico ioduro di sodio e…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

FAPESP (Fundação de Amparo à pesquisa do Estado de São Paulo, proc. 2012/22190-3 e 2012/08616-8), CNPq (proc. 454214/2014-6 e 429184/2016-6), Mantes, PRPUSP (PRÓ-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo), into INAIRA (MCT/CNPq/FNDCT/CAPES/ FAPEMIG/FAPERJ/FAPESP; Proc. 573813/2008-6), Redoxoma INCT (FAPESP/CNPq/Mantes; Proc. 573530/2008-4), Redoxoma di NAP (PRPUSP; Proc. 2011.1.9352.1.8) e CEPID Redoxoma (FAPESP; Proc. 2013/07937-8). T. F. Oliveira e A. A. F. Oliveira hanno ricevuto borse di studio da FAPESP (proc. 2012/21636-8, 2011/09891-0, 2012/08617-4) e CAPES (coordenação de aperfeiçoamento de pessoal de nível Superior). M. H. G. Medeiros, P. di mascio, P. H. N. Saldiva e A. P. M. Loureiro hanno ricevuto borse di stato da CNPq.

Alcune figure e tavole presenti in questo lavoro sono state originariamente pubblicate in Oliveira A.A.F. et al. effetti genotossici ed epigenotossici nei topi esposti a particolato fine ambiente concentrato (PM2,5) da San Paolo, Brasile. Tossicologia delle particelle e delle fibre. 15, 40 (2018).

Materials

[15N5]-2’-deoxyadenosine Cambridge Isotope Laboratories NLM-3895-25
[15N5]-2’-deoxyguanosine Cambridge Isotope Laboratories NLM-3899-CA-10
acetonitrile Carlo Erba Reagents 412413000
alkaline phosphatase from bovine intestinal mucosa Sigma P5521
ammonium acetate Merck 101116
calf thymus DNA Sigma D1501
cell lysis solution QIAGEN 158908
chloroform Carlo Erba Reagents 412653
deferoxamine Sigma D9533
deoxyribonuclease I (DNase I) Bio Basic Inc DD0649
ethanol Carlo Erba Reagents 414542
formic acid Sigma-Aldrich F0507
HPLC-ESI-MS/MS system HPLC: Agilent 1200 series            ESI-MS/MS: Applied Biosystems/MDS Sciex Instruments HPLC: binary pump (G1312B), isocratic pump (G1310A), column oven with a column switching valve (G1316B), diode array detector (G1315C), auto sampler (G1367C).                                                            ESI-MS/MS: Linear Quadrupole Ion Trap mass spectrometer, Model 4000 QTRAP.
HPLC/DAD system Shimadzu Two pumps (LC-20AT), photo diode array detector (DAD-20AV), auto-injector (Proeminence SIL-20AC), column oven (CTO-10AS/VP)
HPLC column (50 x 2.0 mm i.d., 2.5 µm, C18) Phenomenex 00B-4446-B0
HPLC column (150 x 2.0 mm i.d., 3.0 µm, C18) Phenomenex 00F-4251-B0
HPLC column (250 x 4.6 mm i.d., 5.0 µm, C18) Phenomenex 00G-4252-E0
HPLC C18 security guard cartridge (4.0 x 3.0 mm i.d.) Phenomenex AJO-4287
isoamyl alcohol Sigma-Aldrich M32658
isopropyl alcohol (isopropanol) Carlo Erba Reagents A412790010
ketamine Ceva Commercial name: Dopalen
magnesium chloride Carlo Erba Reagents 349377
magnesium chloride Sigma M2393
methanol Carlo Erba Reagents L022909K7
phosphodiesterase I from Crotalus atrox Sigma P4506
protein precipitation solution QIAGEN 158912
proteinase K Sigma-Aldrich P2308
ribonuclease A Sigma R5000
sodium chloride Sigma-Aldrich S9625
SPE-C18 (Strata-X) Phenomenex 8B-S100-TAK
tris(hydroxymethyl)-aminomethane Carlo Erba Reagents 489983
xylazine Syntec do Brasil Commercial name: Xilazin

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Franco de Oliveira, T., Falcão de Oliveira, A. A., Lemos, M., Veras, M., Saldiva, P. H. N., Gennari de Medeiros, M. H., Di Mascio, P., de Melo Loureiro, A. P. Quantification of three DNA Lesions by Mass Spectrometry and Assessment of Their Levels in Tissues of Mice Exposed to Ambient Fine Particulate Matter. J. Vis. Exp. (147), e59734, doi:10.3791/59734 (2019).

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