Summary
يصف هذا البروتوكول نموذج الماوس من التليف المعوي الذي يحركه السالمونيلا الذي يشبه السمات المرضية الرئيسية لمرض كرون بما في ذلك التهاب عبر الجدارية والتليف. يمكن استخدام هذه الطريقة لتقييم العوامل المضيفة التي تغير النتائج الليفية باستخدام الفئران المتحولة التي تم الحفاظ عليها على خلفية وراثية C57Bl/6.
Abstract
تليف الأنسجة يتميز بالتراكم المرضي للمصفوفة خارج الخلية مثل الكولاجين هو نتيجة للالتهاب المستمر وإصلاح dysregulated. في مرض الأمعاء الالتهابي (IBD)، يؤدي التليف إلى تشكيلات تضيق متكررة لا يوجد علاج فعال لها سوى الاستئصال الجراحي. بسبب ظهورها في وقت متأخر، والعمليات التي تدفع التليف هو أقل دراسة وغير معروف إلى حد كبير. ولذلك، فإن المضاعفات الليفية تمثل تحديا كبيرا في IBD. في هذا البروتوكول، يتم وصف نموذج قوي في الجسم الحي من التليف المعوي حيث العقدية قبل العلاج من الفئران C57Bl/6 تليها اللقاحات عن طريق الفم مع الصف لقاح السالمونيلا Typhimurium ΔAroA متحولة يؤدي إلى الاستعمار المسبب المستمر و التليف من cecum. منهجيات إعداد S. يتم شرح قياس الأحمال المسببة للأمراض في السيكوم والطحال، وتقييم ترسب الكولاجين في الأنسجة المعوية. هذا النموذج المرض التجريبي مفيد لفحص العوامل المضيفة التي إما تعزيز أو تفاقم التليف المعوي الشبيه بالقرص المضغوط.
Introduction
التهاب القولون التقرحي (UC) ومرض كرون (CD) هما الشكلان الرئيسيان من IBD ويتميزان بالاضطرابات الالتهابية المزمنة والانتكاسية في الجهاز الهضمي 1،2. هذه الاضطرابات لها تأثير كبير على نوعية حياة المرضى. وتشمل أعراض IBD آلام البطن والإسهال والغثيان وفقدان الوزن والحمى والتعب3. وقد حددت الدراسات الحديثة العوامل الوراثية والبيئية التي تسهم في مسببات الأمراض؛ ويعتقد أن عوامل الخطر هذه تسهم في تعطيل الحاجز الظهاري مما يؤدي إلى نقل أو الإفراط في المستضدات الإنارة4. ونتيجة لذلك ، فإن هذا يبدأ استجابة التهابية شاذة للنباتات commensal بوساطة الخلايا المناعية المعوية4. قد تمتد ملامح المضاعفات المرتبطة بـ IBD إلى مواقع خارج الجهاز الهضمي التي تؤثر على مختلف الأجهزة بما في ذلك المفاصل والجلد والكبد1و2. وتشمل السمات المميزة للجامعة الوسطى التهاب حاد ومنتشر عادة المترجمة في القولون1. أمراض المرض يؤثر على الغشاء المخاطي وsubmucosa من الأمعاء مما أدى إلى تقرحات الغشاء المخاطي السطحي1. وعلى النقيض من ذلك، يمكن أن يؤثر القرص المضغوط على أي جزء من الجهاز الهضمي على الرغم من أن الأدلة على المرض توجد عادة في القولون واللفائفي القاصي2. وعلاوة على ذلك، فإن التهاب في القرص المضغوط هو transmural، مما يؤثر على جميع طبقات جدار الأمعاء2.
العديد من الجينات حساسية IBD التي تم تحديدها تشير إلى أن خلل تنظيم الحاجز الظهاري أو الحصانة هي العوامل الحاسمة في تطور المرض5. تم العثور على الطفرات في مجال القلة النيوكليوتيدات 2 (NOD2) التي أعربت عنها الخلايا الأحادية أن تكون مرتبطة بزيادة قابلية للإصابة بالقرص المضغوط; هذا يسلط الضوء على وجود صلة بين الكشف المناعي الفطري المتغير للمكونات البكتيرية والمرض6. وقد كشفت دراسات الارتباط على نطاق الجينوم (GWAS) أحدث مسارات إضافية يحتمل أن تشارك في مسببات الأمراض من IBD بما في ذلك الاختلافات الوراثية في: STAT1، NKX2-3، IL2RA، المسارات المعتمدة IL23R مرتبطة الحصانة التكيفية، MUC1، MUC19، وPTGER4 في صيانة حاجز الأمعاء، وATG16Lبوساطة autophagy7،8،9. في حين أن هذه الدراسات الوراثية القائمة على السكان قد عززت فهمنا للIBD, الأليلات قابلية وحدها من المرجح أن تكون غير كافية في بدء وإدامة الأمراض المزمنة3. وقد ارتبطت عوامل أخرى غير وراثية بما في ذلك التعديلات في تكوين ميكروبيوم الأمعاء والحد من التنوع مع التهاب الأمعاء. ومع ذلك، فمن غير الواضح ما إذا كان عسر الهضم الأمعاء يسبق أو هو نتيجة لعسر تنظيم الاستجابات المناعية3. على الرغم من أن مسببات IBD لا تزال غير واضحة، وقد تعزز فهمنا لمسببات المرض من قبل نماذج الماوس التجريبية من التهاب الأمعاء10،11. هذه النماذج بشكل فردي لا تمثل تماما تعقيد المرض البشري، ولكنها قيمة لتوضيح المسارات المرضية الفسيولوجية التي يمكن أن تكون ذات صلة IBD وللتحقق من الاستراتيجيات العلاجية المؤقتة10، 11. نماذج الماوس هذه تعتمد عادة على بدء الالتهاب عن طريق الحث الكيميائي أو العدوى، ونقل الخلايا المناعية، أو التلاعب الوراثي. وعلاوة على ذلك، كثيرا ما تنطوي هذه الاستراتيجيات على اضطرابات في السلامة الظهارية أو تعديل المناعة الفطرية أو التكيفية.
السالمونيلا المعوية هي مسببات الأمراض المعوية التي يمكن أن تصيب البشر والفئران. بعد الابتلاع، السالمونيلا يمكن استعمار الأمعاء عن طريق الغزو المباشر للظهارة، والخلايا M، أو مستضد تقديم الخلايا12. الفئران المصابة شفويا مع S. ينتج عن التيفيمويوم في استعمار المواقع النظامية في المقام الأول مثل الطحال والغدد الليمفاوية المساريقية مع وفرة منخفضة نسبيا في الجهاز الهضمي12. ومع ذلك ، فإن المعالجة المسبقة للفئران مع العقديات تعزز كفاءة استعمار السالمونيلا للأمعاء عن طريق تقليل الآثار الوقائية للميكروبيوتاالعادية 13. وتشمل السمات المرضية لهذا النموذج تعطيل أو تقرح الحاجز الظهاري، وتوظيف المحببات، وذمة شديدة13. بدلا من ذلك، العدوى مع لقاح الصف S. تيفيميوم ΔAroA متحولة يؤدي إلى الاستعمار المزمن من cecum والقولون الذي يستمر حتى اليوم 40 بعد العدوى14. الـ S. سلالة تيفيمواليوم ΔAroA لديه عيب في التركيب الحيوي للأحماض الأمينية العطرية. وهذا يجعل سلالة متحولة avirulent ويمكن استخدامها كلقاح فعال للغاية15. العدوى عن طريق الفم في الفئران يؤدي إلى استجابة التهابية Th1- و Th17-السيتوكين المرتبطة، وإعادة عرض الأنسجة واسعة النطاق، وترسب الكولاجين. ويرتبط علم أمراض الأنسجة مع مستويات مرتفعة من العامل الليفي الموالية مثل TGF-β1, CTGF, ومنتدى إدارة الإنترنت14. تندب الليفي عبر جدارية ذكرت في هذا النموذج تذكرنا تشكيلات التضيق غالبا ما لوحظ في IBD. الحث من التليف من قبل السالمونيلا يتطلب ضراوة ترميز من قبل جزر السالمونيلا المسببة للأمراض (SPI)-1 و 2 12. الأهم من ذلك، هذا S. نموذج العدوى Tymphimurium ΔAroA هو نظام مفيد لدراسة الاستجابات الليفية في الفئران متحولة الحفاظ على خلفية C57/Bl6. سلالة C57/Bl6 حساسة للغاية لS. عدوى التيفييومويوم SL1344 بسبب طفرة فقدان الوظيفة في الجينات ترميز بروتين الضامة الطبيعي المرتبط بالمقاومة (NRAMP)-116,17. لقد وجدنا أن IL-17A وRORα تعتمد على الخلايا الليمفاوية الفطرية هي المساهمين المهمين في مسببات الأمراض في هذا النموذج18.
ومن المضاعفات الرئيسية للقرص المضغوط هو الترسيب غير المنظم والمفرط للمصفوفة خارج الخلية (ECM) بما في ذلك الكولاجين2،19. على الرغم من أن الجهاز الهضمي لديه قدرة عالية نسبيا لتجديد, تندب الليفي يمكن أن تنشأ بسبب استجابات التئام الجروح التي لم تحل التي ترتبط مع التهاب مزمن وحاد20,21. في مؤتمر نزع السلاح، وهذا يؤدي إلى آثار ضارة على بنية الأنسجة مما يؤدي إلى ضعف كبير في الجهاز21،22. الطبيعة عبر جدارية للالتهاب لوحظ في مؤتمر نزع السلاح في نهاية المطاف تسبق سماكة جدار الأمعاء المرتبطة تضيق أعراض أو تشكيل تضيق21. حوالي ثلث مرضى القرص المضغوط تتطلب استئصال الأمعاء لهذه المضاعفات22. لا توجد علاجات فعالة مضادة للليفي في IBD بالنظر إلى أن استخدام مثبطات المناعة مثل أزاثيوبرين أو مضادات TNFα البيولوجيا ليس لها تأثير أو خفضت فقط بشكل متواضع متطلبات التدخلات الجراحية19،23 . في حين يعتقد أن التليف هو نتيجة للالتهاب المزمن، ويعتقد أن الخلايا من أصل mesenchymal مثل الخلايا الليفية وpericytes لتكون المصادر الخلوية الأولية من ECM في تندب الليفي21،24. S المزمنة. عدوى تيفيموريوم ΔAroA هو نموذج ماوس قوي من التليف المعوي الذي يمكن أن يقدم رؤى في مسببات الأمراض من الميزات الشبيهة بالقرص المضغوط.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
تمت الموافقة على جميع بروتوكولات الحيوانات من قبل لجنة رعاية الحيوانات في جامعة كولومبيا البريطانية.
1. إعداد الثقافات السالمونيلا التيفيموريوم ΔAroA لاللقاحات عن طريق الفم من الفئران
- من مخزون الجلسرين المجمد من S. Typhimurium ΔAroA، وإعداد لوحة خط باستخدام أجار LB تحتوي على 100 ميكروغرام / مل ستربروميسين مع حلقة التلقيح المعقمة. الحضانة بين عشية وضحاها عند 37 درجة مئوية. يمكن تخزين لوحات خط تصل إلى أسبوع واحد في 4 درجة مئوية.
- قبل يوم واحد من العدوى، وإعداد المضادات الحيوية عن طريق حل 0.5 غرام من العقديات في 2.5 مل من الماء. بعد تصفية تعقيم محلول العقديات، وغافية شفويا الفئران باستخدام لمبة يميل 22G إبرة غافاج و 1 مل حقنة مع 100 ميكرولتر من محلول العقديات (20 ملغ العقديات / الجرعة). باستخدام حلقة تلقيح، تلقيح 3 مل من مرق LB (50 ميكروغرام / مل العقديات) في أنبوب الثقافة مع مستعمرة واحدة. حضانة ثقافة السالمونيلا الهوائية في 37 درجة مئوية بين عشية وضحاها مع هز في 200 دورة في الدقيقة.
- في يوم العدوى، إعداد جرعة العدوى النهائية عن طريق إجراء 2 متتالية 1/10 تخفيف من الثقافات السالمونيلا بين عشية وضحاها في PBS المعقمة. وهذا من شأنه أن يؤدي إلى 100 ميكرولتر إينفوم تحتوي على ما يقرب من 3 × 106 CFU.
- باستخدام إبرة 22G غافاج بمبة ذات رأسين وحقنة 1 مل، فإن كل فأر مع 100 ميكرولتر من السالمونيلا المعدة.
ملاحظة: إعداد ثقافات السالمونيلا باستخدام تقنيات العقيم. ويمكن التحقق من تركيز التلقيح النهائي من السالمونيلا عن طريق طلاء التخفيفات التسلسلية على أجار LB مع العقديات. يمكن الحصول على سلالة S. Typhimurium ΔAroA عن طريق الاتصال بالبروفيسور ماكناجني (kelly@brc.ubc.ca).
2. تقييم أعباء السالمونيلا في الأنسجة
- إعداد 2 مل آمنة قفل، والأنابيب الدقيقة أسفل جولة مع 1 مل من PBS معقمة وحبة الفولاذ المقاوم للصدأ الأوتوكلاف. قبل وزن الأنابيب قبل جمع الأنسجة.
- استئصال الأنسجة السيكلية والطحال من الفئران التي يتم قتلها بسبب التعرض لثاني أكسيد الكربون. جمع الأنسجة من الحيوانات الفردية في أنابيب منفصلة. وزن الأنابيب لتحديد أوزان الأنسجة.
- التجانس باستخدام جهاز مطحنة خلاط لمدة 15 دقيقة في 30 هرتز نقل 900 درجة مئوية من PBS لكل بئر في 96-جيدا 2-مل ميغابلوك. ماصة 100 درجة مئوية من الأنسجة تتجانس في البئر الأول، ومزيج جيدا، وأداء التخفيفات التسلسلية عن طريق إضافة 100 درجة مئوية إلى الآبار اللاحقة حتى يتم الحصول على تخفيف10-6. لوحة 10 درجة مئوية من كل تخفيف في triplicates على أجار LB تحتوي على 100 ميكروغرام / مل العقديات.
- عد وضرب متوسط CFU بعامل 100 منذ 10 درجة مئوية من عينة 1000 درجة مئوية تم مطلي، وعامل التخفيف المناسب. تقسيم مجموع وزن الأنسجة CFU حسب أوزان الأنسجة لتحديد CFU لكل غرام من الأنسجة.
ملاحظة: الاحتفاظ بجميع العينات على الجليد أو في 4 درجة مئوية أثناء معالجة الأنسجة. استخدام نصائح ماصة واسعة فتحة عند إجراء التخفيفات التسلسلية مع التجانس الأنسجة. إعداد كتلة 96 جيدا تحتوي على PBS مقدما.
3. Picrosirius الأحمر تلطيخ وكمية من الكولاجين.
- إصلاح الأنسجة السيكلية بين عشية وضحاها في 10٪ المخزنة رسميا في والتحضير لتضمين البارافين. قطع أقسام 5-ميكرومتر لPicrosirius الأحمر تلطيخ كما هو موضح سابقا25.
- التقاط الصور المركبة من المقاطع العرضية cecal كله على المجهر brightfield.
- افتح Fiji (ImageJ) واسحب ملف الصورة .tif وأسقطه على شريط الأدوات.
- على شريط القوائم، حدد صورة > نوع > RGB Stack لتقسيم الصورة إلى قنوات حمراء وخضراء وزرقاء. حرك الشريط الأفقي في أسفل اللوحة لتعيين القناة إلى اللون الأخضر.
- افتح الصورة > ضبط > أداة العتبة. ضبط الحد الأدنى والحد الأقصى للقضاء على أي إشارات الخلفية. بمجرد تعيين العتبة المطلوبة، أغلق أداة العتبة انتقل إلى تحليل > تعيين القياسات. تحقق من المساحة، وكسر المنطقة، حد إلى العتبة، وتسمية العرض.
- بوابة قسم الأنسجة مع إما التحديدات الحرة أو أداة التحديدات المضلع وقياس منطقة ٪ إيجابية للكولاجين عن طريق النقر تحليل > قياس.
- تطبيع المنطقة المطلقة إيجابية لتلطيخ الكولاجين إلى منطقة الأنسجة.
ملاحظة: فيجي (ImageJ) هو برنامج مفتوح المصدر التي يمكن تحميلها في https://fiji.sc. يجب أن يكون للصور ذات ظروف الالتقاط نفسها (أي السطوع والتركيز) حدود عتبة متطابقة للقياس الكمي الدقيق. إذا كان هناك أي تلطيخ الخلفية داخل الأنسجة المختارة، وقياس المنطقة المطلقة وطرحها من المنطقة إيجابية للكولاجين من الأنسجة بأكملها.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
علاج العقديات تليها العدوى عن طريق الفم مع S. التيفيموريوم ΔAroA يؤدي إلى التهاب معوي قوي والتليف وخاصة في cecum(الشكل 1). يمكن استرداد أعباء مسببات الأمراض النموذجية من 108 إلى 109 CFU لكل 1 غرام من cecum و 104 CFU لكل 1 غرام من الطحال من الحيوانات المصابة(الشكل 2). تقييم التليف في أقسام الجكال الحمراء الملونة picrosirius تشير إلى ذروة التليف 21 يوما بعد العدوى في حين يتم حل الكثير من علم الأمراض بحلول اليوم 42 بي(الشكل 3 والشكل 4). ترسب الكولاجين هو الأكثر وضوحا في تحت المخاطية في الأمعاء في حين أن التليف في الغشاء المخاطي هو أكثر اعتدالا.
الشكل 1 رسم تخطيطي للمقطع المنجلي لعلم الأنسجة، وتقييم عبء السالمونيلا، والقياس الكمي للسيتوكين.
ويمكن استخدام الجزء 1 الذي يمثل طرف الجسعر لتحليل التعبير الجيني في حين سيتم إصلاح الجزء 2 في 10٪ من الفورمالين المخزنة للأنسجة والجزء 3 سيتم تجانس للتعداد البكتيري.
الشكل 2 أعباء مسببات الأمراض في السيا والطحال.
السالمونيلا CFU لكل وزن من الأنسجة أثناء العدوى. وقد تم تعديل هذا الرقم من Lo et al.26. الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
الشكل 3 Picrosirius الأحمر الملون عبر أقسام من الأنسجة المعوية.
صور ميدانية مشرقة من السيكا من الحيوانات والحيوانات غير المصابة 21 و 42 يوما بعد S. عدوى تيفيمولوريوم ΔAroA. شريط مقياس، 200 ميكرومتر. وقد تم تعديل هذا الرقم من Lo et al.26.
الشكل 4 القياس الكمي لترسب الكولاجين عن طريق التحاليل المورفولومترية.
(A)PSR + تلطيخ تطبيع إلى منطقة الأنسجة. الأهمية التي يحددها اختبار ANOVA Kruskal-Wallis في اتجاه واحد مع اختبار ما بعد Dunns. **, P < 0.01, N.S., P > 0.05. وقد تم تعديل هذا الرقم من Lo et al.26. (ب)مثال على كمية الكولاجين في أنسجة السيكال باستخدام فيجي. الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
وقد تعزز فهمنا لمسببات الأمراض من IBD إلى حد كبير من قبل نماذج الماوس من التهاب الأمعاء. وعلى الرغم من أن هذه النماذج الفردية لا تُلخص جميع سمات المرض البشري المعقد والمتعدد العوامل، فقد كانت مفيدة في تحديد السمات الرئيسية لتطور المرض. لا تزال القيود الليفية المرتبطة بـ IBD حاجة سريرية كبيرة غير ملباة حيث أن العلاجات الحالية غير فعالة في عكس تطور المرض. وعلاوة على ذلك، من الصعب دراسة التليف المعوي في بيئة مختبرية بسبب القيود في النماذج الحيوانية الحالية. وقد ثبت التعرض المزمن لTNBS في الفئران BALB / ج للحث على ترسب الكولاجين قوية في القولون الذي يحركه IL-13 و TGF-B1 إشارة27،28. ومع ذلك، لا يلاحظ التليف المعوي عادة في النماذج المختبرية الأخرى المستخدمة بشكل روتيني من التهاب القولون مثل علاج DSS، IL-10 ناقص، أو نماذج نقل الخلايا T بالتبني. العشب وآخرون أظهرت أن عدوى الجهاز الهضمي المزمن ة من C57Bl6 مع سلالة تشخيص ΔAroA متحولة السالمونيلا يؤدي إلى التليف القوي في المناطق المخاطية وشبه المخاطية من cecum12. وأفادوا أن ذروة التليف وقعت بعد ثلاثة أسابيع من العدوى وارتبط مع الحصانة Th1 و Th17 والعوامل المرتفعة المؤيدة للليفي TGF-B1, CTGF, ومنتدى إدارة الإنترنت-112. هذا المرض يذكرنا CD كما التهاب شديد والتليف هو عبر الجدارية. في حين أن IBD تقدمي عادة، فإن أحد القيود الهامة لنموذج عدوى السالمونيلا المزمنة هو الطبيعة العابرة لعلم الأمراض المناعية الليفية. في الفئران C57Bl/6، يتم حل الأمراض المعوية عادة بحلول الأسبوع السادس بعد العدوى. وعلى الرغم من هذا القصور، يمكن استخدام المراحل الأخيرة من نموذج العدوى هذا لتحديد العوامل أو العمليات التي تنطوي عليها تعزيز مغفرة المرض26.
على الرغم من أن النماذج البكتيرية التي يحركها مسببات الأمراض من التهاب القولون هي دراسة جيدة، لا يوجد أي ارتباط بين السالمونيلا وCD. ومع ذلك، فقد اقترح أن حجم المرض الليفي خلال المراحل الأخيرة من استعمار السالمونيلا المزمن لا يرتبط مباشرة مع أعباء مسببات الأمراض مما يشير إلى أن علم الأمراض هو "الانتشار الذاتي" مرة واحدة شديدة المعوية يبدأ التهاب من قبل السالمونيلا29. وعلى النقيض من ذلك ، تم ربط الباثوفار الإشريكية القولونية (AIEC) المرتبطة بقوة بتطوير القرص المضغوط بسبب انتشاره العالي في الغشاء المخاطي اللفائفي للمرضى30. وبالإضافة إلى ذلك، فإن الاستعمار AIEC المستمر (تصل إلى 9 أسابيع) من اللفائفي، cecum والقولون من عدة سلالات الماوس بما في ذلك C57Bl/6 يؤدي إلى تراكم مصفوفة قوية في الأمعاء عن طريق التعبير flagellin مما يدل على إمكانات الحث الليفي لهذا باثوبيونت31،32. وقد وفر التطور الأخير لنماذج التليف المعوي التي تحركها العدوى نماذج تجريبية قوية من IBD. وقد وفرت هذه النظم الجديدة لتشريح العلاقة بين الأنواع البكتيرية المعوية بما في ذلك عوامل ضراوتها، وعوامل الحساسية المضيفة التي قد تعزز فهمنا للتليف المرتبط بـ IBD.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
وليس لدى أصحاب البلاغ أي تضارب مالي في المصالح للكشف عنها.
Acknowledgments
نشكر إنغريد بارتا على خدمات علم الأنسجة.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 2 ml round bottom safe lock tubes | Eppendorf | 22363344 | |
| Stainless steel beads | Qiagen | 69989 | |
| PBS | Gibco | 10010031 | |
| Large-Orifice Pipet Tips | Fisher | 2707134 | |
| 2 mL megablock plates | Sarstedt | 82.1972.002 | |
| Gavage needles | FST | 18061-22 | |
| Streptomycin sulfate | Sigma | S9137 | |
| Mixer mill | Retsch | MM |
References
- Danese, S., Fiocchi, C.
- Baumgart, D. C., Sandborn, W. J.
- Knights, D., Lassen, K. G., Xavier, R. J. Advances in inflammatory bowel disease pathogenesis: linking host genetics and the microbiome. Gut. 62 (10), 1505-1510 (2013).
- Xavier, R. J., Podolsky, D. K. Unravelling the pathogenesis of inflammatory bowel disease. Nature. 448 (7152), 427-434 (2007).
- Cho, J. H. The genetics and immunopathogenesis of inflammatory bowel disease. Nature Reviews Immunology. 8 (6), 458-466 (2008).
- Ogura, Y., et al. A frameshift mutation in NOD2 associated with susceptibility to Crohn's disease. Nature. 411 (6837), 603-606 (2001).
- Jostins, L., et al. Host-microbe interactions have shaped the genetic architecture of inflammatory bowel disease. Nature. 491 (7422), 119-124 (2012).
- Rivas, M. A., et al. Deep resequencing of GWAS loci identifies independent rare variants associated with inflammatory bowel disease. Nature Genetics. 43 (11), 1066-1073 (2011).
- Rioux, J. D., et al. Genome-wide association study identifies new susceptibility loci for Crohn disease and implicates autophagy in disease pathogenesis. Nature Genetics. 39 (5), 596-604 (2007).
- Uhlig, H. H., Powrie, F. Mouse models of intestinal inflammation as tools to understand the pathogenesis of inflammatory bowel disease. European Journal of Immunology. 39 (8), 2021-2026 (2009).
- Nell, S., Suerbaum, S., Josenhans, C. The impact of the microbiota on the pathogenesis of IBD: lessons from mouse infection models. Nature Reviews Microbiology. 8 (8), 564-577 (2010).
- Grassl, G. A., Finlay, B. B.
- Barthel, M., et al. Pretreatment of mice with streptomycin provides a Salmonella enterica serovar Typhimurium colitis model that allows analysis of both pathogen and host. Infection and Immunity. 71 (5), 2839-2858 (2003).
- Grassl, G. A., Valdez, Y., Bergstrom, K., Vallance, B. A., Finlay, B. B. Chronic Enteric Salmonella Infection in Mice Leads to Severe and Persistent Intestinal Fibrosis. Gastroenterology. 134 (3), 768-780 (2008).
- Hoiseth, S. K., Stocker, B. A. Aromatic-dependent Salmonella typhimurium are non-virulent and effective as live vaccines. Nature. 291 (5812), 238-239 (1981).
- Valdez, Y., Ferreira, R. B., Finlay, B. B. Molecular mechanisms of Salmonella virulence and host resistance. Current Topics in Microbiology and Immunology. 337, 93-127 (2009).
- Valdez, Y., et al. Nramp1 drives an accelerated inflammatory response during Salmonella-induced colitis in mice. Cellular Microbiology. 11 (2), 351-362 (2009).
- Lo, B. C., et al. The orphan nuclear receptor RORalpha and group 3 innate lymphoid cells drive fibrosis in a mouse model of Crohn's disease. Science Immunology. 1 (3), eaaf8864 (2016).
- Burke, J. P., et al.
- Hogan, B. L., et al. Repair and regeneration of the respiratory system: complexity, plasticity, and mechanisms of lung stem cell function. Cell Stem Cell. 15 (2), 123-138 (2014).
- Fiocchi, C., Lund, P. K. Themes in fibrosis and gastrointestinal inflammation. American Journal of Physiology-Gastrointestinal and Liver Physiology. 300 (5), G677-G683 (2011).
- Rieder, F., Fiocchi, C. Intestinal fibrosis in IBD—a dynamic, multifactorial process. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 6 (4), 228-235 (2009).
- Bouguen, G., Peyrin-Biroulet, L. Surgery for adult Crohn's disease: what is the actual risk? Gut. 60 (9), 1178-1181 (2011).
- Wynn, T. A. Cellular and molecular mechanisms of fibrosis. The Journal of Pathology. 214 (2), 199-210 (2008).
- Junqueira, L. C., Bignolas, G., Brentani, R. R. Picrosirius staining plus polarization microscopy, a specific method for collagen detection in tissue sections. Histochem J. 11 (4), 447-455 (1979).
- Lo, B. C., et al. IL-22 Preserves Gut Epithelial Integrity and Promotes Disease Remission during Chronic Salmonella Infection. Journal of Immunology. 202 (3), 956-965 (2019).
- Fichtner-Feigl, S., et al. Induction of IL-13 triggers TGF-beta1-dependent tissue fibrosis in chronic 2,4,6-trinitrobenzene sulfonic acid colitis. Journal of Immunology. 178 (9), 5859-5870 (2007).
- Fichtner-Feigl, S., et al. IL-13 signaling via IL-13R alpha2 induces major downstream fibrogenic factors mediating fibrosis in chronic TNBS colitis. Gastroenterology. 135 (6), e2001-e2007 (2013).
- Johnson, L. A., et al. Intestinal fibrosis is reduced by early elimination of inflammation in a mouse model of IBD: impact of a "Top-Down" approach to intestinal fibrosis in mice. Inflammatory Bowel Diseases. 18 (3), 460-471 (2012).
- Darfeuille-Michaud, A., et al. High prevalence of adherent-invasive Escherichia coli associated with ileal mucosa in Crohn's disease. Gastroenterology. 127 (2), 412-421 (2004).
- Small, C. L., Reid-Yu, S. A., McPhee, J. B., Coombes, B. K. Persistent infection with Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli leads to chronic inflammation and intestinal fibrosis. Nature Communications. 4, 1957 (2013).
- Imai, J., et al. Flagellin-mediated activation of IL-33-ST2 signaling by a pathobiont promotes intestinal fibrosis. Mucosal Immunology. , (2019).
