यह पेपर एक विशिष्ट हिस्टोन संशोधन (एच 3के27ac) से जुड़े डीएनए क्षेत्रों के एक अर्ध-तकनीकीकृत, माइक्रोस्केलेड सीआईपी-सेक्यू प्रोटोकॉल का वर्णन करता है, जिसके बाद टैगमेंटेशन का उपयोग करके पुस्तकालय तैयारी की जाती है। प्रक्रिया में गुणवत्ता और मात्रा उद्देश्यों के लिए नियंत्रण मूल्यांकन शामिल है और अन्य हिस्टोन संशोधनों या प्रतिलेखन कारकों को अपनाया जा सकता है।
क्रोमेटिन इम्यूनोप्रिपिटेशन के बाद अनुक्रमण (ChIP-Seq) सीआईएस-नियामक डीएनए तत्वों की पहचान करने में मदद करने के लिए, एच 3K27ac जैसे विशिष्ट हिस्टोन संशोधनों से जुड़े प्रोफ़ाइल क्रोमेटिन डीएनए के लिए एक शक्तिशाली और व्यापक रूप से उपयोग किया जाने वाला दृष्टिकोण है। एक ChIP-Seq को पूरा करने के लिए मैनुअल प्रक्रिया श्रम गहन, तकनीकी रूप से चुनौतीपूर्ण है, और अक्सर बड़े सेल संख्या (>१००,००० कोशिकाओं) की आवश्यकता होती है । यहां वर्णित विधि उन चुनौतियों से उबरने में मदद करती है। 100,000 कोशिकाओं से कम सेल संख्या इनपुट के लिए 48 नमूनों के बैच के लिए सेल निर्धारण, क्रोमेटिन कतरनी, इम्यूनोप्रिपिपिटेशन और अनुक्रमण पुस्तकालय तैयारी सहित एक पूर्ण अर्धउत्थाबद्ध, माइक्रोस्केलेटेड एच 3K27ac सीआईपी-एसईक्यू प्रक्रिया का विस्तार से वर्णन किया गया है। अर्धस्वायत्त मंच तकनीकी परिवर्तनशीलता को कम करता है, सिग्नल-टू-शोर अनुपात में सुधार करता है, और श्रम को काफी कम कर देता है। प्रणाली इस तरह कम प्रतिक्रिया की मात्रा के लिए अनुमति देकर लागत को कम कर सकते हैं, एंजाइमों, चुंबकीय मोती, एंटीबॉडी, और हाथ पर आवश्यक समय के रूप में महंगी अभिकर्दकों की संख्या सीमित । चिप-सेक्यू विधि में ये सुधार अत्यधिक प्रजनन तरीके से सीमित सेल संख्याओं के साथ नैदानिक नमूनों के बड़े पैमाने पर एपिजेनेटिक अध्ययनों के लिए पूरी तरह से सूट करते हैं।
विशिष्ट हिस्टोन संशोधनों से जुड़े डीएनए के टुकड़ों का निर्धारण करने के लिए ChIP-Seq का व्यापक उपयोग सीआईएस-नियामक डीएनए तत्वों की पहचान करने की क्षमता के कारण है, जिसमें सक्रिय बढ़ाने वाले, प्रमोटर, साइलेंसर, हेट्रोक्रोमेटिन और अन्य1,2,3,4शामिल हैं। जीनोम में गैर-कोडिंग नियामक क्षेत्रों की पहचान ने स्वास्थ्य और रोगों में जीन नियमन को बेहतर ढंग से समझने के लिए मूल्यवान अंतर्दृष्टि दिखाई है4। प्रयोगशाला से पिछले काम ChIP-Seq का इस्तेमाल किया है दिखाने के लिए कि सीआईएसनियामकतत्वों के विभिन्न प्रकार5में महत्वपूर्ण भूमिका निभा सकते हैं । ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर (टीएफ) सीआईपी का उपयोग रोग से जुड़े जोखिम एकल-न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता6को दिखाने के लिए किया गया है।
मानव नैदानिक नमूनों के साथ ChIP-Seq का उपयोग चुनौतीपूर्ण है, मुख्य रूप से सेल संख्या या वांछित ऊतक नमूने की सीमा के कारण। नतीजतन, इन तकनीकों को बेहतर बनाने और माइक्रोस्केल करने के लिए इस क्षेत्र में ठोस प्रयास किए गए हैं औरपरिणामस्वरूप, कटएंड टैग5, 7, 8,9,10, 11, 12जैसे कई परखें उभरी हैं। यह परख एक विशिष्ट एंटीबॉडी9से बंधे जीनोमिक क्षेत्रों को टैगमेंट और अलग करने के लिए एक ट्रांसपोसेस का उपयोग करती है । यह तकनीक कोशिका संख्या को 1,000 तक कम करने में सक्षम रही है और कुछ मामलों में एकल-कोशिका तक, हालांकि, ट्रांसलेशनल रिसर्च और नैदानिक सेट-अप में इस तकनीक के उपयोग ने इस विधि9,12के लिए जीवित कोशिकाओं का उपयोग करने की आवश्यकताओं के कारण सीमाएं दिखाई हैं। लाइव सेल की आवश्यकता नैदानिक नमूनों को संभालना मुश्किल बना देती है और यदि नमूनों को एक ही समय में संसाधित नहीं किया जाता है तो बैच प्रभाव शुरू कर सकते हैं। अन्य लोगों ने फॉर्मेल्डिहाइड-फिक्स्ड कोशिकाओं के लिए माइक्रोस्केलेड तकनीकों को अनुकूलित किया है, जिसमें ChIPmentation11का विकास शामिल है, जिसे यहां उच्च-थ्रूपुट तरीके से अनुकूलित किया गया है। फिक्स्ड कोशिकाओं का उपयोग नमूनों को बैच प्रभावों को कम करने के लिए सभी नमूनों के संग्रह और बाद में प्रसंस्करण तक संग्रहीत करने की अनुमति देता है।
यहां, एक अर्ध-ऑटोमेटेड माइक्रोस्केलेड सीआईपी-सेक परख का वर्णन किया गया है जो10प्रोफाइल हिस्टोन संशोधनों के लिए प्रयोगात्मक हाथों को समय पर कम कर देता है। अर्ध-आधुनिक विधि उच्च-थ्रूपुट सीआईपी-सेक्यू का उपयोग करने की अनुमति देती है, जिससे 48 नमूनों को पूरी तरह से संसाधित किया जा सकता है और 5 दिनों में अनुक्रमण के लिए तैयार किया जा सकता है, ताकि सीआईपी तरल-हैंडलर का उपयोग करके प्रति नमूना 10,000 कोशिकाएं हों। हैंडलर इम्यूनोप्रिपिपिटेशन (आईपी) को पूरा करता है और बाद में स्वायत्त तरीके से धोता है, जो नमूनों के बीच परिवर्तनशीलता को कम करने में मदद करता है। अर्ध-अनुमानित विधि 48 नमूनों और तकनीकी परिवर्तनशीलता के लिए 15 घंटे से अधिक समय तक दोनों हाथों को कम करती है, जिससे प्राथमिक या सुसंस्कृत कोशिकाओं के लिए प्रजनन योग्य और तेजी से तरीके से बड़े पैमाने पर एपिजेनेटिक अध्ययन किए जा सकते हैं। प्रोटोकॉल उच्च गुणवत्ता वाले ChIP-Seq के लिए शुरू से खत्म करने के लिए प्रक्रिया बताते हैं । यदि विशिष्ट मशीनें उपलब्ध नहीं हैं, तो प्रोटोकॉल अभी भी मैन्युअल रूप से स्थापित करने और परेशानी-शूट ChIP-Seq प्रयोगों के लिए एक उपयोगी संसाधन होगा।
परख तीन अलग-अलग प्राथमिक मानव प्रतिरक्षा कोशिका प्रकार और एक सुसंस्कृत सेल लाइन (HUT78 – ATCC: TIB-161) के साथ किया गया था। स्पष्टता के लिए, प्रोटोकॉल को सात वर्गों में विभाजित किया गया है: कोशिका निर्धारण, सोनीशन के माध्यम से क्रोमेटिन कतरनी, स्वचालित क्रोमेटिन इम्यूनोप्रिपिटेशन, डीएनए टुकड़ा टैगमेंटेशन द्वारा पुस्तकालय की तैयारी, पुस्तकालय प्रवर्धन, पुस्तकालय शुद्धिकरण, डीएनए क्वांटिफिकेशन के बाद। बफर व्यंजनों के लिए कृपया अनुपूरक तालिका 1 का उल्लेख करें।
यहां वर्णित विधि ChIPmentation प्रक्रिया11पर फैलती है, जो प्रोटोकॉल को स्वचालित और माइक्रोस्केलिंग करके डीएनए शुद्धिकरण से पहले एक टैगमेंटेशन लाइब्रेरी तैयारी प्रोटोकॉल को लागू करती है। ChIP-Seq की शुरुआत के बाद से, आवश्यक सेल संख्या में भारी कमी आई है, हिस्टन के लिए लगभग 20 मिलियन कोशिकाओं से सैकड़ों और यहां तक कि एकल कोशिकाओं1,7,10, 12,18,19,20,21तक। इन नए विकसित तरीकों ने इस बात की गहरी समझ के लिए अनुमति दी है कि सीआईएस-नियामकतंत्र कोशिकाओं में संवेदनशीलता बढ़ाकर और दुर्लभ नैदानिक कोशिकाआबादी कापरीक्षण करने की अनुमति देकर कोशिकाओं में कैसे काम कर रहे हैं5 ,6,12,17। उदाहरण के लिए, अधिक हालिया और लोकप्रिय प्रक्रियाओं में से एक, जिसे कट एंड टैग कहा जाता है, मजबूत और संवेदनशील सीआईपी-सेक्यू वैकल्पिक9के रूप में। यह एक उत्कृष्ट सिग्नल-टू-शोर अनुपात पैदा करता है क्योंकि टीएन5 एंजाइम प्रोटीन ए से सहसंबद्ध है और उच्च विशिष्टता9के साथ चिप एंटीबॉडी की एफसी श्रृंखला को पहचानता है। Tn5-एंजाइम की पृष्ठभूमि गतिविधि कम हो जाती है क्योंकि एंजाइम लक्ष्य एंटीबॉडी 9 के लिए बाध्यकारी होने से पहले कार्यात्मक नहींहोताहै। हालांकि, नैदानिक संदर्भ में इस विधि का कार्यान्वयन सीमित है क्योंकि इसके लिए गैर-निश्चित, जीवित कोशिकाओं की आवश्यकता होती है। इसके अलावा, हाइपोटोनिक नाभिक से डीएनए के टुकड़ों को हटाने से क्रोमेटिन पर नकारात्मक प्रभाव पड़ सकता है क्योंकि इसे परख के दौरान से हटा दिया जाता है। ताजा और जीवित कोशिकाओं के साथ काम करने के लिए आवश्यक आवश्यकता दुर्लभ नैदानिक नमूनों के लिए और नमूनों के बड़े साथियों के लिए मुद्दों का एक स्रोत है, क्योंकि बड़े साथियों को5इकट्ठा करने में कई साल लग सकते हैं। एक अन्य प्रकार की विधि, ड्रॉप-चैप, चिप19को संसाधित करने से पहले बूंद आधारित टैगमेंटेशन उत्पन्न करने के लिए माइक्रोफ्लुइडिक्स डिवाइस का सुंदर उपयोग करती है। हालांकि, यह एक अत्यधिक विशिष्ट माइक्रोफ्लुइडिक डिवाइस का उपयोग करता है और, जबकि एकल-सेल ChIP-Seq को पूरा करना संभव है, यह जीवित कोशिकाओं7, 8,9,18,19केउपयोग तक भी सीमित है। आईसीपी-सेक़ जैसे पीएलएसी-सेक़ या HiChIP पर निर्भर करने वाले नए तरीके, चिप-सेक्यू चोटियों22, 23के बीच 3-आयाम (3 डी) बातचीत को समझने का प्रयास करतेहैं। ये 3 डी विधियां रोमांचक हैं क्योंकि वे जीनोम में सीआईएस-नियामकया टीएफ मध्यस्थता बातचीत की पहचान कर रहे हैं और स्वस्थ ऊतकों में और रोग के संदर्भ में सेल प्रकार के हित में जीन अभिव्यक्ति के नियमन की समझ को बेहतर मानते हैं।
प्रोटोकॉल के सफल होने के लिए विचार करने के लिए कुछ महत्वपूर्ण कदम हैं जैसे कि सोनिकेटेड क्रोमेटिन की गुणवत्ता और एंटीबॉडी की गुणवत्ता। कतरनी दक्षता महत्वपूर्ण है, यदि क्रोमेटिन को अच्छी तरह से सोनिकेट नहीं किया जाता है, तो परख की दक्षता काफी कम हो जाती है24। सोनीशन आवश्यक सेल नंबरों के कारण चिप-एसईक्यू का एक चुनौतीपूर्ण पहलू है। प्रोटोकॉल में उपयोग किए जाने वाले सोनिकेटर पर, 300,000 कोशिकाओं के तहत दक्षता को काफी कम कर दिया गया था। यह ChIP-Seq में एक चुनौतीपूर्ण पहलू है कि उस स्तर के तहत सोनीकेट करने के लिए अक्सर एंजाइमेटिक विखंडन की आवश्यकता होगी, जो कम निष्पक्ष है । नतीजतन, सोनीशन सच्चे माइक्रोस्केलेड चिप-सेक्यू के लिए एक प्रमुख सीमित कारक है। अन्य सोनीशन प्लेटफार्मों और व्यावसायिक रूप से उपलब्ध किटों का परीक्षण सोनिकेट क्रोमेटिन के लिए किया गया था, लेकिन यहां उपयोग किए जाने वाले सोनिकेटर के सबसे मजबूत और प्रजनन योग्य परिणाम थे। सोनिकेटर का एक और लाभ सोनीशन को चलाने के लिए विशेष ट्यूब खरीदने के लिए नहीं है, जो बड़ी संख्या में नमूनों से निपटने के दौरान लागत को कम करता है। इष्टतम सोनीशन के लिए, सबसे पहले, ऊपर वर्णित सोनिकेटर को प्री-वार्म करना महत्वपूर्ण है। दूसरा, गोली को lyse करने के लिए, अधिक शारीरिक विवश कोशिकाओं को तोड़ने के लिए lysing करते हुए ट्यूब के नीचे को छूने वाली पिपेट टिप की सिफारिश की जाती है। तीसरा, सोनीफिकेशन से पहले कोई भी बुलबुला गठन नमूने की क्षमता को समान रूप से सोनिकेट करने में बाधा डालता है। यदि लाइसिस के दौरान कोई बुलबुले बनते हैं, तो उन्हें पिपेट के साथ हटाना महत्वपूर्ण है। यह बहुत सारे नमूने को हटाए बिना चुनौतीपूर्ण हो सकता है, लेकिन यदि टिप को बुलबुले के खिलाफ हल्के से दबाया जाता है तो इसे धीरे-धीरे बहुत नमूना के नुकसान के बिना तैयार किया जा सकता है। अंत में, चक्रों की संख्या निर्धारित करते समय, एक समय-पाठ्यक्रम पूरा करें जहां हर तीन चक्र, नमूना हटा दिया जाता है, शुद्ध किया जाता है, और एक एगर उठे जेल पर भाग जाता है। नमूनों के अधिक/कम होने से बचें क्योंकि इससे चैप दक्षता कम हो जाती है। यदि नमूना सोनिकेटेड है, तो बड़े टुकड़ों का चैप-सेक्यू गुणवत्ता24पर नकारात्मक प्रभाव पड़ सकता है। दूसरी ओर, यदि नमूना अधिक हो जाता है, तो इस प्रक्रिया में लक्ष्य एपिटोप खो जाने का खतरा होता है।
ChIP-Seq का एक और अनिवार्य हिस्सा एंटीबॉडी की गुणवत्ता है। किसी भी बड़े पैमाने पर अध्ययन चलाने से पहले, एंटीबॉडी को अनुकूलित करना आवश्यक है जिसका उपयोग किया जाएगा। लक्ष्य जीनोम के ज्ञात क्षेत्रों के शोर अनुपात के लिए एक काफी उच्च संकेत प्राप्त करने के लिए है और एक और प्रजनन क्षमता है । यदि एंटीबॉडी पृष्ठभूमि संकेत का एक बहुत खींच रहा है, यह एक बड़ा इनपुट का उपयोग करें या एक अलग बहुत कोशिश की सिफारिश की जा सकती है/ यह बड़े पैमाने पर प्रयोग शुरू करने से पहले समय जोड़ देगा, लेकिन यह एक आवश्यक कदम है। सिग्नल-टू-शोर के लिए परीक्षण करने के लिए क्यूपीसीआर का उपयोग करने की सिफारिश की जाती है, जिसमें आपके एंटीबॉडी का लक्ष्य और अनुपस्थित होने के लिए जाने जाने वाले अन्य क्षेत्र के क्षेत्रों के साथ जाना जाता है। यह देखा गया है हिस्टोन संशोधनों को अधिक मजबूत और TFs की तुलना में अनुकूलन करने के लिए आसान कर रहे हैं ।
ऊपर वर्णित प्रोटोकॉल अर्धस्वायत्त, माइक्रोस्केलेड तरीके से उच्च-थ्रूपुट हाइस्टोन-संशोधन ChIP-Seq के लिए एक मजबूत विधि प्रदान करता है। विधि हाथों की मात्रा को समय पर सीमित करता है और मैनुअल ChIP-Seq पर प्रजनन क्षमता को बढ़ाता है। प्रयोगशाला में किए गए पिछले अध्ययनों ने तकनीकी प्रतिकृति पर मैनुअल सीआईपी का उपयोग किया और 0.505का स्पीयरमैन सहसंबंध औसत प्राप्त किया, हालांकि, अर्ध-तकनीक प्रणाली के साथ, 0.66(अनुपूरक तालिका 2)के एनके कोशिकाओं के औसत के साथ विभिन्न दानदाताओं के बीच स्पीयरमैन सहसंबंध। यह भी लगभग 40% कम हाथों के साथ समय पर पूरा किया गया था। यहां वर्णित विधि को हिस्टोन-संशोधनों (यहां दिखाए गए H3K27ac) के लिए अनुकूलित किया गया है, लेकिन प्रोटोकॉल को दूसरों के लिए किसी भी संशोधन की आवश्यकता नहीं होनी चाहिए) और केवल टीएफ ChIP-Seq के लिए लागू करने के लिए मामूली संशोधनों की आवश्यकता होगी। एंटीबॉडी की गुणवत्ता के बावजूद, मुख्य संशोधन सोनीशन समय और संभावित रूप से आईपी के दौरान उपयोग किए जाने वाले बफ़र्स के लिए होगा। आमतौर पर, टीएफ ChIP परख के लिए, विधि क्रोमेटिन के थोड़े लंबे टुकड़ों के साथ बेहतर काम कर सकती है (लगभग 350-800 बीपी की सीमा के साथ) टीएफ के रूप में: डीएनए परिसरों को कठोर सोनीशन6के माध्यम से बनाए रखने में कम सक्षम होने की संभावना है। बफ़र्स को कस्टम मिश्रण या अन्य उद्योग उपलब्ध किट में बदलने की भी आवश्यकता हो सकती है, क्योंकि टीएफ हिस्टोन संशोधनों की तुलना में अलग व्यवहार कर सकता है।
हालांकि स्वचालित Chip तरल हैंडलर के रूप में कुछ के रूप में १०,००० कोशिकाओं के लिए परीक्षण किया गया था, वहां कम क्रोमेटिन सांद्रता पर प्रजनन क्षमता में एक नजर कमी थी । इसके कारण, प्रोटोकॉल को 10,000 से कम कोशिकाओं के लिए अनुशंसित नहीं किया गया था, जिसमें 100,000 कोशिकाएं इष्टतम स्थितियां थीं। प्रोटोकॉल भी उद्योग ChIP बफ़र्स, जो एक अतिरिक्त खर्च किया गया था, लेकिन उच्च गुणवत्ता डेटा प्रदान का उपयोग कर पूरा किया गया था । प्रोटोकॉल को सोनीशन शर्तों के संबंध में संशोधित किया जा सकता है (जब तक कतरनी क्रोमेटिन को एक ही सीमा के भीतर रखा जाता है), बफ़र्स को इम्यूनोप्रिपिफिकेशन (आईपी; अनुकूलन की आवश्यकता हो सकती है) के लिए अनुकूलित किया जा सकता है, या चिप तरल-हैंडलर का उपयोग नहीं किया जा सकता है। प्रोटोकॉल की एक सीमा ChIP तरल हैंडलर का उपयोग है, जो एक महंगा निवेश हो सकता है और केवल एक बार में 16 नमूने चला सकते हैं । ChIP तरल हैंडलर छोटे पैमाने पर प्रतिक्रियाओं तक ही सीमित है और सेल संख्या १,०,० से अधिक की सिफारिश नहीं कर रहे हैं । हालांकि, प्रोटोकॉल इसके बिना पूरा किया जा सकता है, आईपी को पूरा करने और मैन्युअल रूप से कदम धोने के द्वारा। यदि आईपी और वॉश हाथ से पूरा हो गए थे, तो परख को पूरा करने का समय बढ़ जाएगा और प्रजनन क्षमता कम हो सकती है, लेकिन यह गाइड अभी भी उच्च गुणवत्ता वाले चपी-एसईक्यू प्रयोग को चलाने के लिए उपयोगी होगा। ध्यान दें, अन्य तरल हैंडलर्स को अर्ध-ऑटोमेटेड सीआईपी प्रतिक्रियाओं को चलाने के लिए अनुकूलित किया जा सकता है।
संक्षेप में, इस प्रणाली के प्रमुख लाभ उच्च थ्रूपुट प्रकृति है, क्योंकि आईपी और वाशिंग चरण स्वायत्त रूप से पूरे किए जाते हैं। इस प्रकार, सीआईपी प्रयोगों के अनुक्रमिक दौर पूरे किए जा सकते हैं, जिससे 48 नमूनों को पूरी तरह से संसाधित किया जा सकता है और 5 दिनों में अनुक्रमण के लिए तैयार किया जा सकता है, मैनुअल सीआईपी-एसईक्यू प्रयोगों की तुलना में सीमित हाथों-पर-समय के साथ। एक और लाभ बढ़ी हुई प्रजनन क्षमता है क्योंकि ChIP-Seq अत्यधिक प्रजनन योग्य परिणाम प्राप्त करने के लिए मुश्किल हो सकता है। अन्य तरीकों से या तो जीवित कोशिकाओं, जटिल माइक्रो-पाइपिंग सिस्टम, या काम को हाथ से पूरा करने की आवश्यकता होती है। इस प्रणाली को कम इनपुट नमूनों (<१०,० कोशिकाओं) के लिए अनुकूलित करना होगा, अंततः एकल सेल ChIP प्रतिक्रियाओं की अनुमति । यह प्रणाली पीएलएसी-सेक्यू और हिचिप22, 23जैसे नए सीआईपी विधियों के लिए अनुकूलित होने में भी सक्षम है।
The authors have nothing to disclose.
हम तकनीकी मदद और रचनात्मक चर्चाओं के लिए विजयानंद लैब के सदस्यों और डॉ शेरॉन स्क्विज़ो और श्री जेफ्री बर्गुएट को सोनिकेटर और चिप लिक्विड हैंडलर मशीन और प्रोटोकॉल के साथ तकनीकी सहायता के लिए डायगेनोड से धन्यवाद देते हैं । इस काम को एनआईएच ग्रांट एआई108564, आर01एच114093, S10RR027366 (बीडी फेस एरिया द्वितीय), और S10OD016262 (इलुमिना हिसेक्यू 2500) द्वारा समर्थित किया गया था।
200 µl tube strips (8 tubes/strip) + cap strips | Diagenode | C30020002 | Strip tubes for use on the IP Star; ChIP 8-tube strip |
AMPure XP for PCR Purification | Beckman Coulter | A63880 | SPRI beads |
Axygen 0.6 mL MaxyClear Snaplock Microcentrifuge Tube | Corning | MCT-060-C | 0.65 mL low binding tube |
Bioruptor Pico Sonicator | Diagenode | B01060010 | Sonicator used in the lab but others can be used |
ChIP DNA Clean & Concentrator (Capped Columns) | Zymo Research | D5205 | DNA clean-up kit |
Dynabeads Protein A for Immunoprecipitation | ThermoFisher | 10001D | |
EDTA (0.5 M), pH 8.0, RNase-free | ThermoFisher | AM9260G | |
EGTA pH 8.0 | Millipore Sigma | E3889-25G | |
Eppendorf ThermoMixer C | Eppendorf | 2231000667 | |
Formaldehyde solution | Millipore Sigma | 252549-1L | |
Glycine | Millipore Sigma | 50046-250G | |
H3K27ac polyclonal antibody – Premium | Diagenode | C15410196 | |
HEPES (1 M) pH 7.5 | ThermoFisher | 15630080 | |
IDT for Illumina Nextera DNA Unique Dual Indexes | Illumina | 20027213 | |
Illumina Tagment DNA Enzyme and Buffer Small Kit | Illumina | 20034197 | |
IP-Star Compact Automated System | Diagenode | B03000002 | Automated system for ChIP-Seq studies; ChIP liquid handler |
KAPA HiFi HotStart ReadyMix | Roche | KK2601 | PCR mix |
Medium reagent container for SX-8G IP-Star Compact | Diagenode | C30020003 | |
MgCl2 (magnesium chloride) (25 mM) | ThermoFisher | R0971 | |
N,N-Dimethylformamide | Millipore Sigma | D4551-250ML | CAUTION – low flash point |
NaCl (5 M), RNase-free | ThermoFisher | AM9760G | |
PBS (10X), pH 7.4 | ThermoFisher | 70011044 | |
PCR Flex-free 8-tube stripes, attached individual optical caps | USA Scientific | 1402-4700 | 8 strip tubes, 0.2 mL 8-tube strip |
Proteinase Inhibitor Cocktail | Millipore Sigma | P8340 | |
Proteinase K Solution (20 mg/mL), RNA grade | ThermoFisher | 25530049 | |
PureLink RNase A (20 mg/mL) | ThermoFisher | 12091021 | |
Quant-iT PicoGreen dsDNA Reagent | ThermoFisher | P7581 | Used in the flourescence quantification |
QuantStudio 6 Flex Real-Time PCR System | ThermoFisher | 4485699 | qPCR |
ROX Reference Dye | ThermoFisher | 12223012 | |
Sodium butyrate | Millipore Sigma | 303410-100G | |
SYBR Gold Nucleic Acid Gel Stain (10,000X Concentrate in DMSO) | ThermoFisher | S11494 | nucleic acid dye |
SYBR Green I Nucleic Acid Gel Stain – 10,000X concentrate in DMSO | ThermoFisher | S7563 | |
TE Buffer | ThermoFisher | 12090015 | |
Tips (bulk) | Diagenode | C30040020 | Tips for the IP Star |
True MicroChIP Kit | Diagenode | C01010130 | Contains all the buffers for the IP; ChIP kit |
UltraPure 1M Tris-HCI, pH 8.0 | ThermoFisher | 15568025 | |
UltraPure SDS Solution, 10% | ThermoFisher | 24730020 |