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Cancer Research

ट्रांसलेशनल मेडिसिन के लिए बायोबैंक: इष्टतम नमूना प्रबंधन के लिए मानक संचालन प्रक्रियाएं

Published: November 30, 2022 doi: 10.3791/63950
Automatic Translation
*1, *1, 1, 1, 2, 2,3, 2,3, 2, 4, 2, 1,3, 2,3, 2,3, 5, 1,2,3
1Biobank for Translational and Digital Medicine Unit, IEO, European Institute of Oncology IRCCS, 2Division of Pathology, IEO, European Institute of Oncology IRCCS, 3Department of Oncology and Hemato-Oncology, University of Milan, 4Patient Safety & Risk Management Service, IEO, European Institute of Oncology IRCCS, 5Scientific Directorate, IEO, European Institute of Oncology IRCCS
* These authors contributed equally

Summary

बायोबैंक बायोमेडिकल अनुसंधान के लिए महत्वपूर्ण संसाधन हैं और यूरोपीय इंस्टीट्यूट ऑफ ऑन्कोलॉजी में ट्रांसलेशनल और डिजिटल मेडिसिन यूनिट के लिए बायोबैंक इस क्षेत्र में एक मॉडल है। यहां, हम विभिन्न प्रकार के मानव जैविक नमूनों के प्रबंधन के लिए बायोबैंक की मानक संचालन प्रक्रियाओं का विस्तृत विवरण प्रदान करते हैं।

Abstract

बायोबैंक अनुसंधान, निदान और व्यक्तिगत चिकित्सा के लिए उच्च गुणवत्ता वाले मानव जैविक नमूनों और संबंधित डेटा के संग्रह, भंडारण, प्रसंस्करण और साझाकरण के उद्देश्य से प्रमुख अनुसंधान बुनियादी ढांचे हैं। यूरोपीय इंस्टीट्यूट ऑफ ऑन्कोलॉजी (आईईओ) में ट्रांसलेशनल और डिजिटल मेडिसिन यूनिट के लिए बायोबैंक इस क्षेत्र में एक मील का पत्थर है। बायोबैंक नैदानिक प्रभागों, आंतरिक और बाहरी अनुसंधान समूहों और उद्योग के साथ सहयोग करते हैं, रोगियों के उपचार और वैज्ञानिक प्रगति का समर्थन करते हैं, जिसमें अभिनव निदान, बायोमार्कर खोज और नैदानिक परीक्षण डिजाइन शामिल हैं। आधुनिक अनुसंधान में बायोबैंक की केंद्रीय भूमिका को देखते हुए, बायोबैंकिंग मानक संचालन प्रक्रिया (एसओपी) बेहद सटीक होनी चाहिए। प्रमाणित विशेषज्ञों द्वारा एसओपी और नियंत्रण विज्ञान-आधारित, नैदानिक, रोगसूचक और चिकित्सीय व्यक्तिगत रणनीतियों के कार्यान्वयन के लिए नमूनों की उच्चतम गुणवत्ता सुनिश्चित करते हैं। हालांकि, बायोबैंकों को मानकीकृत और सुसंगत बनाने के कई प्रयासों के बावजूद, ये प्रोटोकॉल, जो नैतिक और कानूनी सिद्धांतों के आधार पर नियमों, गुणवत्ता नियंत्रण और दिशानिर्देशों के सख्त सेट का पालन करते हैं, आसानी से सुलभ नहीं हैं। यह पेपर एक बड़े कैंसर केंद्र की बायोबैंक मानक संचालन प्रक्रियाओं को प्रस्तुत करता है।

Introduction

बायोबैंक मानव जैविक नमूनों के संग्रह, भंडारण, प्रसंस्करण और साझाकरण और अनुसंधान और निदान के लिए संबंधित डेटा के उद्देश्य से बायोरिपॉजिटरी हैं। उनकी भूमिका न केवल बायोमार्कर खोज और सत्यापन के लिए बल्किनई दवाओं के विकास के लिए भी महत्वपूर्ण है। इसलिए, ट्रांसलेशनल और नैदानिक अनुसंधान कार्यक्रमों का विशाल बहुमत उच्च गुणवत्ता वाले जैव नमूनों तक पहुंच पर निर्भर करता है। इस संबंध में, बायोबैंक को अकादमिक अनुसंधान और दवा / जैव प्रौद्योगिकी उद्योग 2,3,4,5 के बीच एक पुल माना जाता है। बड़े डेटा संग्रह और कृत्रिम बुद्धि द्वारा प्रदान किए गए अभूतपूर्व अवसरों के कारण, कैंसर अनुसंधान में बायोबैंक की भूमिका लगातार विकसितहो रही है।

बायोबैंक द्वारा संभाले गए बायोमैटेरियल्स के व्यापक स्पेक्ट्रम को क्लिनिकोपैथोलॉजिकल जानकारी के साथ जोड़ा जाता है, जिसमें जनसांख्यिकीय और पर्यावरणीय डेटा, ट्यूमर प्रकार, हिस्टोलॉजिकल ग्रेड, चरण, लिम्फोवास्कुलर आक्रमण की उपस्थिति और बायोमार्कर स्थिति 7,8 शामिल है। जितना अधिक उच्च गुणवत्ता वाले नमूने और डेटा उपलब्ध हैं, उतनी ही तेजी से अनुसंधान आगे बढ़ेगा और स्वास्थ्यसेवा वितरण को प्रभावित करेगा। नैतिक और कानूनी सिद्धांतों के आधार पर एक सख्त नियामक ढांचा है जिसे व्यापक रूप से अपनाए गए एसओपी, गुणवत्ता नियंत्रण और दिशानिर्देशों का पालन करना चाहिए (उदाहरण के लिए, यूएस नेशनल कैंसर इंस्टीट्यूट, यूके कन्फेडरेशन ऑफ कैंसर बायोबैंक्स, और ईयू इंटरनेशनल सोसाइटी फॉर बायोलॉजिकल एंड एनवायरनमेंटल रिपॉजिटरीज)10,11।

बायोबैंक के सभी प्रमुख पहलुओं के लिए एसओपी का विकास गुणवत्ता, ट्रेसेबिलिटी, स्थिरता, प्रजनन क्षमता और टर्नअराउंड टाइम12,13 के संदर्भ में कई फायदे लाता है। एसओपी कार्यान्वयन का एक और महत्वपूर्ण पहलू बायोबैंक प्रबंधन के अनुकूलन द्वारा दर्शाया गया है, जो बायोबैंक कर्मचारियों और शोधकर्ताओं के लिए बेहतर समस्या सुलझाने और वैकल्पिक प्रक्रियाओं की अनुमतिदेता है। ये सभी पहलू बायोबैंक वर्कफ़्लो (चित्रा 1) का हिस्सा हैं।

Figure 1
चित्रा 1: विभिन्न कारक जो बायोबैंकिंग के अनुकूलन में योगदान करते हैं। संक्षिप्त नाम: LIMS = प्रयोगशाला सूचना प्रबंधन प्रणाली। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

इन अत्यधिक विशिष्ट और संवेदनशील डेटा को बायोबैंकिंग में कठोर प्रबंधकीय मानक प्रक्रियाओं की आवश्यकता होती है। एक विस्तृत और मान्य परियोजना फॉर्म उन सभी शोधकर्ताओं को उपलब्ध कराया जाना चाहिए जिन्हें बायोबैंक नमूने और डेटा तक पहुंच प्राप्त करने की आवश्यकता है। अनुरोध में प्रदान की गई जानकारी में अध्ययन पद्धति और डिजाइन, लक्ष्य, उद्देश्य और बजट शामिल होना चाहिए। अनुसंधान परियोजनाओं के लिए अनुप्रयोगों के मूल्यांकन की पूंजीगत भूमिका के साथ एक बायोबैंक तकनीकी वैज्ञानिक समिति की स्थापना की जानी चाहिए। इस निकाय में बायोबैंक इकाई, नैदानिक प्रभागों, अनुसंधान समूहों, डेटा संरक्षण, कानूनी कार्यालय और प्रौद्योगिकी हस्तांतरण कार्यालय के सदस्य शामिल होने चाहिए।

यूरोपीय इंस्टीट्यूट ऑफ ऑन्कोलॉजी (आईईओ) की ट्रांसलेशनल और डिजिटल मेडिसिन यूनिट के लिए बायोबैंक प्रदान की गई सेवाओं की गुणवत्ता और मात्रा के साथ-साथ नवाचार के संदर्भ में बायोबैंक के लिए एक विश्वव्यापी संदर्भ है। यह पूरी तरह से प्रमाणित सुविधा (UNI EN ISO 9001: 2015-Certiquality) BBMRI-ERIC इतालवी नोड (यानी, बायोबैंकिंग और बायोमोलेक्यूलर रिसोर्सेज रिसर्च इंफ्रास्ट्रक्चर) का एक अभिन्न अंग है और नैदानिक इकाइयों और अनुसंधान बुनियादी ढांचे दोनों के साथ बातचीत करता है।

बायोबैंक द्वारा संग्रहीत जैव नमूनों के प्रकारों में बहुत विविधता है। इनमें ऊतक के नमूने शामिल हैं- या तो ताजा-जमे हुए या पैराफिन संरक्षित-बायोफ्लुइड्स (जैसे, प्लाज्मा, सीरम, रक्त, मूत्र, मल), सेल कल्चर और परिधीय रक्त मोनोन्यूक्लियर कोशिकाएं (पीबीएमसी)। हमारा बायोबैंक बायोबैंकिंग (बीबीएमआरआई-एरिक) के लिए यूरोपीय अनुसंधान बुनियादी ढांचे के साथ सहक्रियात्मक रूप से संचालित होता है, जो यूरोप में सबसे बड़े बायोबैंक नेटवर्क में से एक है और राष्ट्रीय नोड्स15 द्वारा समन्वित बायोबैंक और बायोमोलेक्यूलर संसाधनों तक पहुंच के लिए एक पोर्टल प्रदान करता है। बीबीएमआरआई-एरिक के अलावा, इंटरनेशनल सोसाइटी फॉर बायोलॉजिकल एंड एनवायरनमेंटल रिपॉजिटरीज (आईएसबीईआर) ने भी बायोबैंकिंग के लिए परिचालन प्रक्रियाओं के मानकीकरण में महत्वपूर्ण भूमिका निभाईहै।

बायोबैंक यूनिट, जो पैथोलॉजी डिवीजन का हिस्सा है, रोगी की केंद्रीयता, नैदानिक अनुसंधान के विकास के लिए समर्थन, निरंतर सुधार, मानव संसाधनों की वृद्धि, अंतर्राष्ट्रीय सहयोग, प्रशिक्षण कार्यक्रमों के लिए समर्थन, कार्यस्थल में सुरक्षा और वैज्ञानिक और तकनीकी विकास के लिए प्रतिबद्ध है। आम दृष्टि सेवाओं और नवाचार की गुणवत्ता और मात्रा के संदर्भ में बायोबैंक के लिए राष्ट्रीय और यूरोपीय स्थलों की स्थापना करना है। एकत्र किए गए जैविक नमूनों का उपयोग नए बायोमाकर्स और नई दवाओं की पहचान करने के लिए किया जाता है (उदाहरण के लिए, तेजी से व्यक्तिगत उपचार विकसित करने के लिए) और अनुसंधान में उत्कृष्टता के माध्यम से रोगियों के लिए सर्वोत्तम उपलब्ध उपचार सुनिश्चित करने के लिए।

रोगी द्वारा व्यक्त वैज्ञानिक अनुसंधान भागीदारी समझौते की उपस्थिति के लिए पूर्व सत्यापन के बाद प्रत्येक जैविक नमूना एकत्र औरसंभाला जाता है। जैविक एकत्र किए गए नमूनों का उपयोग अनुसंधान परियोजनाओं या नैदानिक परीक्षणों का संचालन करने के लिए किया जाता है और इसमें अतिरिक्त (यानी, नैदानिक उद्देश्यों के लिए आवश्यक नहीं) पैथोलॉजिकल और गैर-पैथोलॉजिकल सर्जिकल नमूने, तरल बायोप्सी (जैसे, रक्त, सीरम, प्लाज्मा और मूत्र), और अन्य जैविक नमूने शामिल होते हैं। इन बायोमैटेरियल्स को समर्पित क्रायोप्रिजर्वेशन प्रोटोकॉल के अनुसार संग्रहीत किया जाता है। यह पेपर एक बड़े कैंसर केंद्र के बायोबैंक प्रोटोकॉल प्रदान करता है।

Protocol

यह प्रोटोकॉल स्तन, डिम्बग्रंथि, प्रोस्टेट, फेफड़े और बृहदान्त्र कैंसर के लिए उपयोग किए जाने वाले एसओपी पर केंद्रित है। यहां वर्णित सभी प्रक्रियाओं को वैज्ञानिक तकनीकी समिति, नैतिकता समिति (ईसी), और स्तन, स्त्री रोग, यूरोलॉजी, थोरैसिक सर्जरी और पाचन तंत्र सर्जरी कार्यक्रमों के निदेशकों द्वारा अनुमोदित किया गया था। अध्ययन प्रक्रियाएं 1964 के हेलसिंकी की घोषणा, 2018 के सामान्य डेटा संरक्षण विनियमन (जीडीपीआर) अधिनियम और बाद के संशोधनों का पालन करती हैं। जीडीपीआर अधिनियम से प्राप्त एक संस्थागत अनुसंधान भागीदारी समझौता (आरपीए), जैविक नमूने और व्यक्तिगत, नैदानिक और आनुवंशिक डेटा एकत्र करने के लिए सभी रोगियों से प्राप्त सूचित सहमति का प्रतिनिधित्व करता है। आरपीए सभी रोगियों से वैज्ञानिक उद्देश्यों के लिए प्राप्त डेटा के भंडारण, प्रसंस्करण और उपयोग के लिए प्राप्त किया गया था।

1. जैविक नमूनों की पूर्वापेक्षाएं

  1. जांचें कि क्या कोई रोगी आरपीए और प्रोजेक्ट प्रोटोकॉल के आधार पर नामांकन की शर्तों को पूरा करता है और सभी रोगियों को एक विस्तृत आरपीए विवरण प्रदान करता है।
    1. रोगी जुड़ाव बढ़ाएं, उदाहरण के लिए, रोगियों को आरपीए के महत्व और प्रभाव के बारे में सूचित करने के लिए प्रतीक्षा कक्ष में एक शैक्षिक कार्टून वीडियो प्रसारित करें। सभी रोगियों को गैजेट बुकमार्क प्रदान करें (https://www.ieo.it/it/PER-I-PAZIENTI/I-diritti-del-paziente/Consensi-informati/ और https://vimeo.com/679070846 पर स्वतंत्र रूप से सुलभ लघु कार्टून एनीमेशन देखें)।
    2. प्रत्येक अस्पताल में भर्ती चरण के दौरान सहमति प्रशासन करने के लिए कर्मियों को प्रशिक्षित करें और यदि रोगी एक विशिष्ट अध्ययन में भाग लेते हैं तो अतिरिक्त जानकारी प्रदान करें।
      नोट: यदि आरपीए पर हस्ताक्षर नहीं किए गए हैं, तो जैविक नमूने एकत्र नहीं किए जाते हैं।
    3. सार्स-सीओवी-2 (कोविड-19), हेपेटाइटिस बी (एचबीवी), हेपेटाइटिस सी (एचसीवी), और ह्यूमन इम्यूनोडेफिशिएंसी वायरस (एचआईवी) द्वारा संक्रमण पेश करने वाले मामलों को शामिल करने से बचें।

2. बायोबैंक सॉफ्टवेयर

  1. सभी जैविक नमूनों को ट्रैक करने के लिए प्रयोगशाला सूचना प्रबंधन प्रणाली (LIMS) सॉफ्टवेयर का उपयोग करें। एक अच्छे ऑपरेटिंग सिस्टम की उपलब्धता सुनिश्चित करें जो स्वचालित रूप से रोगी पंजीकरण पर व्यक्तिगत और नैदानिक जानकारी प्राप्त करता है और इसे चिकित्सा रिकॉर्ड, प्रशासनिक मामलों, आरपीए और रोगी रोग संबंधी डेटा के साथ एकीकृत किया जा सकता है, जैसा कि चित्र 2 में दिखाया गया है।
  2. बायोबैंक सॉफ्टवेयर का उपयोग करके जैविक नमूनों की रिकॉर्डिंग सुनिश्चित करें।
    1. कोड का उपयोग करके रोगियों की पहचान करें। प्रत्येक व्यक्ति को एक अद्वितीय कोड असाइन करें, जो चिकित्सा रिकॉर्ड संख्या (व्यक्तिगत यात्रा, रोगी की सेवा का प्रकार) से मेल खाता है।
      नोट: पंजीकरण के दौरान, वैज्ञानिक आरपीए ऑपरेटिंग सिस्टम में इलेक्ट्रॉनिक रूप से अपडेट किया जाता है।
  3. एक aliquot ID जनरेट करें
    1. वर्ष और शारीरिक साइट या बायोफ्लुइड प्रकार (तालिका 1) को इंगित करें जहां से नमूना उत्पन्न होता है (तालिका 2), और प्रति नमूना एक प्रगतिशील अद्वितीय संख्या जोड़ें।
    2. द्विपक्षीय अंगों के लिए, दाएं या बाएं अंग से जैविक नमूने की उत्पत्ति को अलग करने के लिए एक अनुक्रमिक संख्या जोड़ें। प्रत्यय 1 (बाएं के लिए) या 2 (दाएं के लिए) -दो अंकों के साथ संक्षिप्त नाम असाइन करें।
      नोट: उदाहरण के लिए, एक विस्तृत आईडी "12-बी-00100-01" की तरह दिखती है, जहां 12 वर्ष को इंगित करता है, और बी अंग = स्तन को इंगित करता है।
  4. प्रत्येक एलिकोट के लिए एक आईडी के साथ पंजीकरण करें
    1. जैविक नमूनों के दो मैक्रो प्रकारों को ट्रैक करें: ठोस और तरल पदार्थ।
    2. उपश्रेणियों में विभाजित करें: ताजा नमूने और जमे हुए नमूने।

Figure 2
चित्रा 2: बायोबैंक एलआईएमएस का एक प्रतिनिधि इंटरफ़ेस। वैज्ञानिक आरपीए को नैदानिक रिकॉर्ड सर्वर से इलेक्ट्रॉनिक रूप से अपडेट किया जाता है। संक्षेप: LIMS = प्रयोगशाला सूचना प्रबंधन प्रणाली; आरपीए = अनुसंधान भागीदारी समझौता। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

तालिका 1: बायोफ्लुइड प्रकार और संबंधित कोड। कृपया इस तालिका को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें.

तालिका 2: ऊतक नमूना प्रकार और संबंधित कोड। कृपया इस तालिका को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें.

3. नमूना संग्रह

  1. दैनिक सर्जरी योजना तैयार करना
    1. निर्धारित करें कि रोगी ने आरपीए पर हस्ताक्षर किए हैं या नहीं और यदि वे पात्र हैं।
    2. निम्न स्थितियों की जाँच करें:
      1. समावेश मानदंडों के साथ रोगी के अनुपालन की पुष्टि करें: जैविक नमूने एकत्र करने से बचने के लिए उचित संक्रामक जोखिम "आरआई" क्षेत्र में एचआईवी, एचबीवी, एचसीवी और सीओवीआईडी -19 के किसी भी सकारात्मक मामले की रिपोर्ट करें।
      2. प्रत्येक रोगी प्रोफ़ाइल में अध्ययन / परियोजना क्षेत्र को सही ढंग से पूरा करके सत्यापित करें कि रोगी को नैदानिक परीक्षण या विशिष्ट अनुमोदित अनुसंधान परियोजना में नामांकित किया गया है या नहीं।
      3. यदि संक्रमण का खतरा अज्ञात है तो तकनीशियनों को सूचित करें; सकारात्मक परिणाम या अज्ञात जोखिम वाले नमूनों को छोड़ दें।
  2. बायोबैंक में नमूने को संसाधित और संग्रहीत करें, जैसा कि चित्र 3 में प्रस्तुत किया गया है।
    1. सर्जरी से गुजरने वाले रोगियों से संबंधित ताजा और जमे हुए ऊतक के नमूने एकत्र करें।
    2. शल्य चिकित्सा द्वारा हटाए गए छोटे घावों के लिए साइटोलॉजिकल नमूने एकत्र करें, या तो एस्पिरेटिव या एसफोलिएटिव तकनीकों द्वारा।
    3. प्रीहॉस्पिटलाइजेशन चरण में रोगियों के जैविक तरल पदार्थ (जैसे, रक्त, सीरम, प्लाज्मा, पीबीएमसी, बुकल स्वैब, मूत्र, मल और जलोदर) एकत्र करें, नैदानिक परीक्षणों में नामांकित रोगी, और अनुमोदित स्क्रीनिंग परियोजनाओं में शामिल कोई अन्य विषय।

Figure 3
चित्रा 3: नमूना पदानुक्रम। एक ही रोगी से, एपिसोड की कई उपश्रेणियों को बायोबैंक में संसाधित और संग्रहीत किया जाता है। संक्षेप: पीएमबीसी = परिधीय रक्त मोनोन्यूक्लियर कोशिकाएं; LIMS = प्रयोगशाला सूचना प्रबंधन प्रणाली। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

4. रक्त नमूना संग्रह

  1. एंटीकोआगुलेंट एनए 2 ईडीटीए (7.2 मिलीग्राम, स्प्रे-ड्राई) युक्त 6 एमएल वैक्यूटेनर्स में रोगी के रक्त को इकट्ठा करें। मेडिकल रिकॉर्ड और एपिसोड कोड की संख्या के साथ लेबल किए गए वैक्यूटेनर्स को पंजीकृत करें और उन्हें दो अलग-अलग तरीकों से संसाधित करें: ताजा या जमे हुए।
  2. ताजा नमूने के लिए, बायोबैंक सॉफ्टवेयर में रक्त के नमूने पंजीकृत करें। बायोबैंक आईडी कोड के साथ वैक्यूटेनर्स को लेबल करें और उन्हें अधिकृत उपयोगकर्ताओं तक पहुंचाएं।
  3. बायोबैंक में संग्रहीत जमे हुए नमूनों के लिए, दो क्रायोबैंक 2 डी कोडित ट्यूब तैयार करें, जिनमें से प्रत्येक 900 μL रक्त (चित्रा 4) है। बायोबैंक सॉफ्टवेयर में एलिकोट पंजीकृत करें, उन्हें एक विशिष्ट बारकोड प्लेट पर रखें, और निरंतर तापमान सुनिश्चित करने के लिए उन्हें फ्रीजर (−80 डिग्री सेल्सियस) में स्टोर करें।

Figure 4
चित्र 4: जमे हुए नमूना सामग्री। (ए) 2 डी बारकोड ट्यूब, (बी) एकल ट्यूब के लिए बारकोड रीडर, और (सी) पंजीकरण और भंडारण के लिए ट्यूबों की प्लेट। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

5. सीरम नमूना संग्रह

  1. थक्के को प्रेरित करने के लिए स्प्रे-लेपित सिलिका युक्त 6 एमएल वैक्यूम "प्लास्टिक सीरम ट्यूब" में रोगी के रक्त को इकट्ठा करें। थक्के को प्रेरित करने के लिए कमरे के तापमान (आरटी) पर 3 घंटे के लिए खाली करने वालों को छोड़ दें, और फिर 20 डिग्री सेल्सियस पर 10 मिनट के लिए 828 x g पर सेंट्रीफ्यूज करें।
  2. प्रत्येक नमूने के लिए कुल 3-4 एलिकोट के साथ 0.5 एमएल क्रायोबैंक 2 डी कोडित ट्यूबों में सीरम (450 μL) स्टोर करें। यदि अंतिम एलिकोट की सीरम मात्रा 450 μL से कम है, तो सीरम जमे हुए सीरम की सही मात्रा को ट्रैक करने के लिए पंजीकरण के दौरान इसे "बचे हुए" के रूप में निर्दिष्ट करें।
  3. बायोबैंक सॉफ्टवेयर में एलिकोट पंजीकृत करें, उन्हें एक विशिष्ट बारकोड प्लेट पर रखें, और निरंतर तापमान सुनिश्चित करने के लिए उन्हें फ्रीजर (−80 डिग्री सेल्सियस) में स्टोर करें।
    नोट: एलिकोट की संख्या पूरे रक्त की प्रारंभिक मात्रा और प्राप्त सीरम की मात्रा पर निर्भर करती है।

6. परिधीय रक्त मोनोन्यूक्लियर सेल अलगाव

  1. लैमिनार फ्लो हुड खोलें और इसे 70% इथेनॉल के साथ साफ करें। जैविक अपशिष्ट, बाँझ 1x फॉस्फेट-बफर्ड खारा (PBS), और एक खाली बाँझ 50 एमएल शंक्वाकार ट्यूब के लिए बैग तैयार करें।
  2. रक्त (ईडीटीए संग्रह ट्यूबों से) को खाली बाँझ 50 एमएल शंक्वाकार ट्यूब में डालें और बाँझ 1x PBS (उदाहरण के लिए, 15 mL रक्त + 15 mL 1x PBS) का उपयोग करके इसे 1: 1 पतला करें। रक्त ट्यूब को कुल्ला करने के लिए पीबीएस का उपयोग करें।
  3. ट्यूबों को 400 x g पर 30 मिनट के लिए 20 डिग्री सेल्सियस पर सेंट्रीफ्यूज करें और एक बायोहैजार्ड हुड के तहत ट्यूबों को संसाधित करें। पाश्चर पिपेट का उपयोग करके पीबीएमसी युक्त मध्य सफेद परत को पुनर्प्राप्त करें और इसे एक नए बाँझ 50 एमएल शंक्वाकार ट्यूब में रखें। 4 डिग्री सेल्सियस पर 10 मिनट के लिए 400 x g पर PBMC, मिश्रण और सेंट्रीफ्यूज को धोने के लिए 45 mL PBS जोड़ें। गोली को पुनर्प्राप्त करें, इसे पीबीएस में पुन: निलंबित करें, और डिस्पोजेबल बर्कर कक्षों का उपयोग करके कोशिकाओं की गणना करें।
    नोट: पीबीएस की मात्रा गोली पर निर्भर करती है। 15 एमएल रक्त से, 2-3 एमएल की पुन: निलंबन मात्रा सुनिश्चित करें और फिर गिनती के लिए 1: 10 का कमजोर पड़ना सुनिश्चित करें। समीकरण (1) का उपयोग करें:
    3 वर्गों का औसत 10,000 × × कमजोर पड़ने वाले कारकों × पुनर्निलन आयतन का एमएल = कुल कोशिकाओं की संख्या (1)
  4. पीबीएस, मिक्स और सेंट्रीफ्यूज के साथ फिर से पीबीएस, मिक्स और सेंट्रीफ्यूज के साथ 10 मिनट के लिए 4 डिग्री सेल्सियस पर धो लें। फ्रीजर माध्यम (भ्रूण गोजातीय सीरम (एफबीएस) + 10% डाइमिथाइल सल्फोक्साइड [डीएमएसओ]) में 2-3 x 106 कोशिकाओं / एमएल पर पीबीएमसी को पतला करें। क्रायोबैंक 2 डी कोडित ट्यूबों को प्रत्येक क्रायोट्यूब में 1 एमएल पुन: निलंबित कोशिकाओं को स्थानांतरित करके तैयार करें, उन्हें एक विशिष्ट क्रायो बॉक्स में रखें, और उन्हें जल्द से जल्द -80 डिग्री सेल्सियस पर स्टोर करें।
    नोट: फ्रीजर माध्यम बाँझ 10% डीएमएसओ के साथ एफबीएस से बना है और 6 महीने तक -20 डिग्री सेल्सियस पर एलिकोट में संग्रहीत किया जाता है। एक बार धीरे-धीरे 4 डिग्री सेल्सियस पर पिघलने के बाद, इसका उपयोग 2 सप्ताह के भीतर किया जाना चाहिए।

7. प्लाज्मा नमूना संग्रह

  1. एंटीकोआगुलेंट एनए 2 ईडीटीए (7.2 मिलीग्राम, स्प्रे-ड्राई) युक्त 6 एमएल वैक्यूटेनर्स में रोगी के रक्त को इकट्ठा करें। प्लाज्मा को अलग करने के लिए 4 डिग्री सेल्सियस पर 10 मिनट के लिए 2,000 x g पर पूरे रक्त वाले वैक्यूमर को सेंट्रीफ्यूज करें।
  2. दूषित रक्त कोशिकाओं को खत्म करने के लिए 3 एमएल पाश्चर पिपेट का उपयोग करके प्लाज्मा की ऊपरी परत को हटा दें, बाँझ 15 एमएल शंक्वाकार बाँझ ट्यूब में स्थानांतरित करें, और दूषित रक्त कोशिकाओं को खत्म करने के लिए 10 मिनट के लिए 16,000 x g पर सेंट्रीफ्यूज करें। प्लाज्मा को 1 एमएल क्रायोबैंक 2 डी कोडित ट्यूबों में स्थानांतरित करें।
  3. बायोबैंक सॉफ्टवेयर में एलिकोट पंजीकृत करें, उन्हें एक विशिष्ट बारकोड प्लेट पर रखें, और निरंतर तापमान सुनिश्चित करने के लिए उन्हें फ्रीजर (−80 डिग्री सेल्सियस) में स्टोर करें।

8. मल और मल स्वैब नमूना संग्रह

  1. निम्नलिखित विशिष्ट समाधान वाले 15 एमएल ट्यूबों में मल और बेकल स्वैब एकत्र करें: 50 एमएम ट्रिस-एचसीएल, 10 एमएम एनएसीएल, और 10 एमएम ईडीटीए, पीएच 7.5।
  2. बायोबैंक सॉफ्टवेयर में ट्यूबों को पंजीकृत करें। बायोबैंक कोड के साथ ट्यूबों को लेबल करें।
  3. बायोबैंक फ्रिज में 4 डिग्री सेल्सियस पर मल और बुकल स्वैब स्टोर करें।

9. ऊतक प्रसंस्करण

  1. यह निर्धारित करने के लिए एक रोगविज्ञानी द्वारा ऊतक के नमूनों की जांच की जाए कि नैदानिक प्रक्रियाओं के लिए आवश्यक सामग्री अनुसंधान उद्देश्यों के लिए पर्याप्त है या नहीं।
    नोट: जब ऊतक की मात्रा 1.5 मिमी3 से कम होती है, तो इसे या तो ओसीटी में संग्रहीत किया जाता है या एक विशिष्ट शोध अनुरोध से जुड़े एक ताजा नमूने (ए) के रूप में प्रदान किया जाता है।
  2. जब भी संभव हो, पैथोलॉजिकल ऊतक (पी) के गैर-पैथोलॉजिकल समकक्ष (एनपी) को भी इकट्ठा करें। नमूनों को बाँझ सेल संस्कृति पेट्री व्यंजनों में रखें जिन्हें पी और एनपी (चित्रा 5) के रूप में लेबल किया गया है। ऊतक को 4 डिग्री सेल्सियस पर बर्फ पर रखें और यदि पर्याप्त सामग्री उपलब्ध है तो इसे तीन भागों (ए, बी और सी) में विभाजित करें।
    1. ताजा ऊतक नमूने (ए): प्रत्येक विशिष्ट प्रोटोकॉल में परिभाषित उपयुक्त संस्कृति माध्यम के साथ ट्यूबों में पी और एनपी ऊतक के ताजा एलिकोट रखें और उन्हें बाहरी अनुसंधान इकाइयों (जैसे, अनुसंधान प्रयोगशालाओं) में भेजें।
    2. ओसीटी ऊतक नमूने (बी): क्रायोमोल्ड्स में पी और एनपी ऊतक के ताजा एलिकोट रखें, उन्हें ओसीटी राल (10.24% पॉलीविनाइल अल्कोहल, 4.26% पॉलीथीन ग्लाइकोल, और 85.5% गैर-प्रतिक्रियाशील सामग्री) से भरें, और तुरंत उन्हें -80 डिग्री सेल्सियस पर फ्लैश-फ्रीज उपकरण में रखें।
      नोट: -80 डिग्री सेल्सियस पर, ओसीटी-एम्बेडेड ऊतक को जमने में 60-150 सेकंड लगते हैं।
    3. ऊतक के नमूने (सी): फ्लैश-फ्रीज उपकरण में क्रायोबैंक 2 डी कोडित ट्यूबों में शेष ऊतक नमूने रखें।
  3. प्लेटों को -80 डिग्री सेल्सियस पर स्टोर करें।
    नोट: प्रत्येक जमे हुए ओसीटी एलिकोट के लिए, वितरण से पहले एक गुणवत्ता जांच परीक्षण करें और हिस्टोलॉजिकल मूल्यांकन करने के लिए इसका उपयोग करें, जैसा कि अनुभाग 11 में वर्णित है।

Figure 5
चित्रा 5: ऊतक के नमूनों के लिए बायोबैंक वर्कफ़्लो। संक्षेप: LIMS = प्रयोगशाला सूचना प्रबंधन प्रणाली; ओसीटी = इष्टतम काटने का तापमान। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

10. ऊतक फ्रीजिंग

  1. फ्लैश-फ्रीज उपकरण का उपयोग करके आइसोपेंटेन वाष्प में ऊतक को जल्दी से फ्रीज करें। ऊतक के नमूनों को 3 मिनट के लिए -120 डिग्री सेल्सियस पर आइसोपेंटेन में रखें और उन्हें -80 डिग्री सेल्सियस पर क्रायोप्रिजर्वेशन रूम में स्टोर करें।
    नोट: न्यूक्लिक एसिड की अखंडता को बनाए रखने के लिए फ्लैश फ्रीज का उपयोग करके ट्यूमर और स्वस्थ ऊतक के नमूनों को फ्रीज करने के लिए दो पद्धतियों का उपयोग किया जाता है।

11. ऊतक गुणवत्ता नियंत्रण

  1. क्रायोस्टेट उपकरण को -20 डिग्री सेल्सियस और -40 डिग्री सेल्सियस के बीच के तापमान पर एक प्रशीतित कंटेनर में रखें, और ओसीटी ब्लॉक17 से कुछ क्रायोसेक्शन काट लें। ऊतक क्रायोसेक्शन18 पर हेमटोक्सिलिन और ईओसिन (एच एंड ई) धुंधला करें। एक ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप19 के तहत ऊतक की आकृति विज्ञान का विश्लेषण करें।
    नोट: अनुभागों में 3-12 μm से उपयुक्त मोटाई है।
    1. एक विशिष्ट फॉर्म भरें (तालिका 3)।

तालिका 3: ओसीटी-एम्बेडेड और जमे हुए ऊतक वर्गों का गुणवत्ता नियंत्रण रूप। संक्षिप्त नाम: ओसीटी = इष्टतम काटने का तापमान। कृपया इस तालिका को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें.

12. अनुसंधान उद्देश्यों के लिए नमूनों का अनुरोध और पुनर्प्राप्ति

  1. संग्रहीत एलिकोट का अनुरोध करें:
    1. अनुसंधान परियोजना का नाम, प्रमुख अन्वेषक (पीआई), पिकअप तिथि और एक संक्षिप्त विवरण के साथ एक पूरा फॉर्म प्राप्त करें। सॉफ़्टवेयर डेटाबेस (डीबी) पर एक क्वेरी चलाएँ, एलिकोट का चयन करें, तकनीशियनों के लिए एक पिकअप सूची उत्पन्न करें, और प्रत्येक पुनर्प्राप्त एलिकोट के लिए बारकोड की जांच करें।
      नोट: बायोबैंक से नमूने प्राप्त करने के लिए, हमारे संस्थान या बाहरी सहयोगियों (लाभ के लिए या गैर-लाभकारी) के शोधकर्ताओं को एक विशिष्ट रूप का उपयोग करके आवेदन करना होगा, और परियोजना का मूल्यांकन एक तकनीकी-वैज्ञानिक समिति और नैतिकता समिति द्वारा किया जाता है।

Representative Results

ऊपर वर्णित एसओपी के बाद, हमने अप्रैल 2012 से दिसंबर 2021 तक कुल 38,446 एनोटेटेड जैविक तरल बायोप्सी और कुल 10,205 ऊतक नमूने एकत्र किए (चित्रा 6 ए)। इसके अलावा, हमने यूरोलॉजी, स्त्री रोग, सेनोलॉजी के डिवीजनों के साथ-साथ सिर और गर्दन, पेट-पेल्विक और थोरैसिक सर्जरी के डिवीजनों से एकत्र किए गए नमूनों का विस्तार से विश्लेषण किया। हमारे द्वारा एकत्र किए गए ऊतक नमूनों की उच्चतम संख्या स्तन ट्यूमर (चित्रा 6 बी, सी) से थी। 2019 के बाद से, हमने अन्य जैविक नमूने भी एकत्र करना शुरू कर दिया है, जैसे कि मूत्र, मल, और बुकल स्वैब, वर्षों से काफी बढ़ी हुई मांग के बाद (चित्रा 6 डी)।

जैसा कि चित्रा 6 ए में दिखाया गया है, 2020-2021 के दौरान एकत्र किए गए नमूनों की मात्रा, विशेष रूप से ऊतकों को कोविड-19 महामारी और ऑन्कोलॉजिकल प्रक्रियाओं में संबंधित कमी के कारण नुकसान हुआ। महत्वपूर्ण रूप से, पिछले वर्षों में एकत्र किए गए ठीक से संग्रहीत और एनोटेट किए गए बायोबैंक नमूनों के उपयोग के कारण इस अवधि के दौरान वैज्ञानिक कार्य कम नहीं हुए। जैविक नमूनों और संबंधित क्लिनिकोपैथोलॉजिकल डेटा के उचित संग्रह ने हमें एक अच्छी तरह से संरचित और प्रतिस्पर्धी पूर्वव्यापी और संभावित बायोबैंक रखने की अनुमति दी। इस अंत तक, शल्य चिकित्सा नमूने का चयन रोगविज्ञानी द्वारा किया जाना चाहिए, दोनों एक सही निदान सुनिश्चित करने के लिए और उचित ऊतक नमूनों के साथ अनुसंधान करने का अवसर है। हमारे बायोबैंक में, विशिष्ट कार्य प्रक्रियाओं को दृढ़ता से स्थापित और पालन किया जाता है, ताकि हम मानकीकृत प्रक्रियाओं को लागू करें जो अनुसंधान के लिए बायोबैंक के संदर्भ में प्रमाणन आईएसओ 9001 का अनुपालन करते हैं।

Figure 6
चित्रा 6: 2012 से 2021 तक यूरोपीय इंस्टीट्यूट ऑफ ऑन्कोलॉजी में बायोसैंपल्स का बायोबैंक संचयी संग्रह। (ए) ऊतक नमूने (नारंगी वक्र) और सीरम नमूने (नीले वक्र) के साथ रक्त का संचयी संग्रह; (बी) स्तन ऊतक नमूने (लाल वक्र) का संचयी संग्रह; (सी) अंडाशय ऊतक नमूने (हरा वक्र), प्रोस्टेट (ग्रे वक्र), फेफड़े (हल्का नीला वक्र), और बृहदान्त्र ऊतक नमूने (पीला वक्र) का संचयी संग्रह। 2019 से 2021 तक, (डी) अतिरिक्त जैविक नमूनों का संचयी संग्रह: मल (नीली रेखा), एक गुच्छा स्वैब (गुलाबी रेखा), प्लाज्मा (हल्की हरी रेखा), और मूत्र (बैंगनी रेखा)। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

Discussion

यद्यपि ऑन्कोलॉजी ने जबरदस्त प्रगति की है, कैंसर दुनिया भर में रुग्णता और मृत्यु दर का एक प्रमुख कारण बना हुआहै। ट्यूमर विषमता को समझना, समय के साथ इसका अस्थायी विकास, और लक्षित उपचार के परिणाम नियमित नैदानिक देखभालके संदर्भ में सटीक डेटा संग्रह पर सख्ती से निर्भर हैं। इस संबंध में, ऑन्कोलॉजिकल प्रेडिक्टिव पैथोलॉजी22 में "मल्टी-ओमिक्स" दृष्टिकोण गति प्राप्त कर रहा है। पारंपरिक ऊतक-आधारित बायोमार्कर मूल्यांकन को कई नए बायोएनालिटिक्स, जैसे रक्त, प्लाज्मा, मूत्र, लार और मल23,24,25,26 का उपयोग करके एकीकृत किया जा रहा है। इसलिए, बायोबैंक को अब नैदानिक अभ्यास को बढ़ाने के लिए महत्वपूर्ण बुनियादी ढांचे के रूप में मान्यता प्राप्त है। कैंसर अनुसंधान के इतिहास को देखते हुए, हम महसूस करते हैं कि कैंसर ऊतक या तरल बायोप्सी की प्रत्यक्ष परीक्षा के बिना सबसे प्रभावशाली और अभूतपूर्व खोज कभी भी संभव नहीं होगी। समय के साथ, कैंसर ऊतक का स्रोत और जांच की जाने वाली तरल बायोप्सी का प्रकार कच्चे विच्छेदन, यादृच्छिक "मौका मुठभेड़" और कुछ मामलों में, संगठित कैंसर संग्रह और रणनीतिक आधुनिक ऑन्कोलॉजी बैंकों के लिए अवैध तस्करी से विकसित हुआ है। कई नैतिक मुद्दों पर विचार अभ्यास में और मुख्य कारकों दोनों में काफी बदल गया है जो आधुनिक ऑन्कोलॉजी बैंकों को अतीत के ऑन्कोलॉजी संग्रह से अलग करते हैं।

कैंसर अनुसंधान में प्रगति और आणविक जानकारी की विशाल मात्रा के कारण जो अब आधुनिक प्रौद्योगिकियों द्वारा प्रदान की जाती है, यह अधिक से अधिक स्पष्ट हो रहा है कि बायोबैंक, विशेष रूप से कैंसर केंद्रों में, कई प्रकार के पद्धतिगत मुद्दों का सामना कर सकते हैं। इनमें से, प्रौद्योगिकी एक सार्वभौमिक चुनौती बन गई है जो अभी भी एसओपी मानकीकरण और सामंजस्य को रोकती है। कोर बायोबैंक गतिविधियों को बनाए रखने के लिए एक और महत्वपूर्ण पहलू एक एकीकृत एलआईएमएस सॉफ्टवेयर है जो सभी अस्पताल आईडी और अस्पताल के सॉफ्टवेयर से आने वाले सभी संहिताबद्ध नैदानिक डेटा को प्राप्त करने और स्वचालित रूप से बनाए रखने में सक्षम है। यह उल्लेखनीय है कि बायोबैंक के प्रबंधन के लिए उपयोग किए जाने वाले अन्य मूल्यवान सॉफ्टवेयर और 27,28,29,30,31 के बायोबैंक प्रबंधन के लिए कुछ फ्रीवेयर प्राप्त किए जा सकते हैं। बायोबैंक में एक और महत्वपूर्ण कदम सभी रोगियों के लिए भागीदारी संधि का कार्यान्वयन और नैदानिक डेटा और जैव नमूनों के भंडारण के लिए आवश्यक कानूनी और नैतिक समझौता है।

इस संबंध में, इस प्रोटोकॉल में अच्छी तरह से परिभाषित दिशानिर्देश हैं जो सहमति के अभाव में जैव नमूनों के संग्रह और भंडारण की अनुमति नहीं देते हैं। यह भी एक महत्वपूर्ण मुद्दा है क्योंकि रोगी अपने नमूने संग्रहीत होने के बाद भी अपनी भागीदारी वापस ले सकते हैं; इस प्रकार, बायोबैंकिंग प्रणाली से ऐसे नमूनों को तेजी से बाहर निकालने के तरीकों को लागू किया गया है। हमारे बायोबैंक द्वारा भर्ती किए गए रोगियों से आने वाले जैव नमूने संग्रह और भंडारण के लिए सख्त प्रोटोकॉल का पालन करते हैं। इस संबंध में, इस प्रक्रिया की निगरानी के लिए कई महत्वपूर्ण पहलुओं का मूल्यांकन किया गया है और इसमें लगातार सुधार किया जा रहा है। विशेष रूप से, आईएसओ 9 001 प्रमाणन के लिए प्रदर्शन के कई संकेतकों की आवश्यकता होती है, जैसे कि गर्म इस्केमिक समय, जिसे ऊतक के स्रोत के आधार पर 30 मिनट या 60 मिनट से कम समय तक बनाए रखना पड़ता है। इसके अतिरिक्त, तरल बायोप्सी और जैविक तरल पदार्थ सख्त समय प्रक्रियाओं 15,33,34,35,36 के बाद मानकीकृत प्रोटोकॉल का उपयोग करके एकत्र किए जाते हैं।

बायोबैंक के वर्कफ़्लोज़ में विशिष्ट विशेषताओं का बहुत महत्व है। इनमें एक प्रमाणित रोगविज्ञानी की उपस्थिति शामिल है, जो नैदानिक कारणों से ऊतक के नमूने की गारंटी देता है, और नमूनों की उच्च गुणवत्ता के साथ संगत समय सीमा में बायोबैंकिंग के लिए ऊतक का संग्रह (इस्केमिक समय कुछ प्रकार के अनुसंधान के लिए एक महत्वपूर्ण संकेत है, जैसे कि आरएनए-निर्भर परख, जिन्हें कम गर्म इस्केमिक समय की आवश्यकता होती है)। इसके अलावा, नमूना भंडारण के लिए आवश्यक स्थान का प्रबंधन बायोबैंक में बहुत महत्वपूर्ण है। एकत्रित तरल बायोप्सी की संख्या अध्ययन डिजाइन द्वारा संचालित की जा सकती है। तरल बायोप्सी अक्सर प्रीऑपरेटिव और अनुवर्ती अवधि दोनों के दौरान एकत्र की जा सकती है, जैसा कि प्रत्येक अध्ययन डिजाइन द्वारा परिभाषित किया गया है।

कैंसर की रोकथाम के लिए स्क्रीनिंग अभियानों और ट्यूमर के शुरुआती निदान के कारण, यानी, विकास के शुरुआती चरणों में छोटे आकार के स्तन ट्यूमर, साथ ही न्यूनतम इनवेसिव सर्जिकल तकनीकों की उपलब्धता ने अनुसंधान के लिए उपलब्ध ऊतकों के नमूनों की संख्या को कम कर दिया है (क्योंकि अधिकांश ऊतक नमूने हमेशा नैदानिक उद्देश्यों के लिए उपयोग किए जाते हैं)। पिछले कुछ वर्षों में जैविक नमूनों को इकट्ठा करने और संग्रहीत करने की क्षमता में काफी सुधार हुआ है। यह जैविक तरल पदार्थों के लिए देखा जा सकता है, जो रोगी-व्युत्पन्न एनोटेटेड सामग्री की बढ़ती मांग में इस संस्थान के अनुसंधान समूहों का समर्थन करने के लिए इस बायोबैंक की बढ़ी हुई क्षमता को दर्शाता है। इन सुधारों के बावजूद, हमने बहु-केंद्र अध्ययनों के लिए कुछ सीमाओं का अनुभव किया है जिनके लिए दुनिया के विभिन्न हिस्सों से बायोबैंक के बीच समन्वय की आवश्यकता होती है, जिसे केवल समान प्रक्रियाओं को लागू करके एकीकृत किया जा सकता है।

बायोबैंकिंग के बारे में अधिकांश नैतिक और तकनीकी मुद्दों को खारिज करने के बाद, जिसमें सभी नैदानिक और जनसांख्यिकीय जानकारी का संग्रह शामिल है, अगला लक्ष्य निदान और अनुसंधान उद्देश्यों के लिए उपयोग की जाने वाली सभी हिस्टोलॉजिकल तैयारी और धुंधलापन के डिजिटलीकरण को लागू करना है। यह अध्ययन की अगली पीढ़ी के लिए मौलिक महत्व का है जो पूरी तरह से एकीकृत डिजिटल पैथोलॉजी और बायोबैंक से बहुत लाभान्वित होगा, जो भविष्य के लिए मानक बनने जा रहा है। एकीकृत डेटा और डिजिटल छवियों वाले रोगियों की केवल एक बड़ी श्रृंखला कैंसर रोगी देखभाल के सुधार के लिए बहु-केंद्र, बड़े कृत्रिम बुद्धिमत्ता (एआई) अध्ययनों को बढ़ावा दे सकती है। अंत में, हम मानते हैं कि अच्छी स्वास्थ्य सेवा निदान और उपचार के साथ समाप्त नहीं होती है। सर्वोत्तम प्रथाओं में किसी भी बीमारी के लिए निरंतर निदान और उपचार सुधार के तरीके खोजना शामिल है, विशेष रूप से जो जीवन प्रत्याशा या गुणवत्ता को गंभीर रूप से प्रभावित करते हैं।

Disclosures

लेखकों के पास खुलासा करने के लिए हितों का कोई टकराव नहीं है।

Acknowledgments

लेखक उन सभी रोगियों को धन्यवाद देना चाहते हैं जिन्होंने अपने जैव नमूनों के दान के माध्यम से हमारे शोध कार्यक्रमों में पिछले दशक के दौरान सक्रिय रूप से भाग लिया। उनके बिना, यह शोध संभव नहीं होगा। हम आईईओ में काम करने वाले सभी कर्मियों, नर्सों, तकनीशियनों, जीवविज्ञानी, डॉक्टरों और सभी नैदानिक और अनुसंधान इकाइयों के निदेशकों के लिए भी आभारी हैं। लेखक अपने मार्गदर्शन के लिए प्रोफेसर पियर पाओलो डी फियोर और प्रोफेसर जियानकार्लो प्रूनेरी के आभारी हैं। अंत में, हम इस काम को आईईओ के संस्थापक प्रोफेसर अम्बर्टो वेरोनेसी और कैंसर अनुसंधान और रोगी देखभाल को एकीकृत करने के लिए उनके अग्रणी दृष्टिकोण को समर्पित करते हैं।

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Blue Max Con Tubes 15 mL Falcon B.D 352096
Blue Max Con Tubes 50 mL Euroclone Spa FLC352070
Box with 81 position for tissue storage Ettore Pasquali Srl. 06.0945.00
cf-DNA/cf-RNA Preservative Tubes Norgen Biotek 63950 Preservation and isolation of both cf-DNA and cf-RNA from a single tube and in particular preserve cf-DNA/ct-DNA for 30 days at ambient temperature and for up to 8 days at 37 °C
Cryomold Standard (25 X 20 X 5 mm) Olympus Italia S.r.l. 4557 Disposable plastic Cryomold molds create a uniformly shaped, flat-surface specimen block when used with O.C.T
Dimethyl Sulfoxide Plastic Bottle - 1 L Vwr International S.R.L. MFCD00002089 It acts to preserve the reconstitution of the medium for the storage of frozen cells
Dpbs 1x W/o Ca And Mg - 500 mL Microtech Srl TL1006-500ML Washing Buffer cell
Dualfilter T.I.P.S 1,000 µL Euroclone Spa 4809
Dualfilter T.I.P.S 200 µL Euroclone Spa 4823
Easytrack Barcode Reader for single tube datamatrix  Twin Helix Srl TH-ETR4400 2D barcode tubes reader with USB connection
Fetal Bovine Serum Origin Brazileu S/fil Microtech S.R.L RM10532-500ML Defrost at +4 °C, usually for two days, and once melted, start decomplementation at 56 °C for 45 min
Let it cool down to room temperature, and aliquot it. Refroze them to -20 °C, and remember to defrost them every time the aliquots are needed
Ficoll Paque Plus (ge) 6 x 500 mL Euroclone Spa GEH17144003 Ficoll is a medium for density gradient, It is sterile and ready for use. It alloes to get peripheral blood mononuclear cells, bone marrow and umbilical cord blood
Fixing solution Killik of 100 mL (OCT) Bio-optica Milano S.p.a. 05-9801 Gel inclusion medium that solidifies at cold the water-soluble tissue (e.g., biopsies, frustules)
FLASH-FREEZE  Milestone n.a. Freezing appliance
Forma 8600 Series Chest Freezers (Temperature Range: -50 °C to -86 °C) 85 liters Thermo Fisher Scientific Srl 803CV Orizzontal freezer
Isopentane  500 mL Vwr International S.R.L. 24872260 Liquid included in theFLASH-FREEZE  camera for freezing 
Nautilus Lims Software Thermo Scientific™ n.a. The software implementation  is able to  track all patients’ biological samples. Receives Personal and Clinical information automatically during registration due to the integration with IEO operating systems. Nautilus is integrated with the web service through three IEO operative systems: BAC - IEO central registry with personal information, wHospital - medical record 
Pasteur pipette 10 mL  Euroclone Spa  CC4488
Pasteur pipette 3 mL Euroclone Spa APT1502
PATHOX Dedalus ItaliTesi Elettronica e Sistemi Informativi S.p.A.a S.p.A. n.a.  PATHOX - management system for the Pathology unit where several factors are registered for the Biobank, such as the histological samples, the related diagnoses, and biomarkers
Petri dishes, polystyrene - size 100 mm x 20 mm, slippable Euroclone Spa FLC353003
Set of 4 adapters 19 x 5/7 mL vac Thermo Fisher Scientific Srl 75003680
Set of 4 adapters 4 x 50 conical Thermo Fisher Scientific Srl 75003683
Set of 4 adapters 9 x 15 mL conical Thermo Fisher Scientific Srl 75003682
Single-use slide for counting cell Biosigma S.P.A. 347143/001 Specifically used for individual cell count
Stamps Freezerbondz for tissue boxes, nitrogen-liquid proof , H 9,53 mm x L 25,40 mm Twin Helix Srl THT-152-492-3
Thermo Scientific  TSX Series Ultra-Low Freezers (-50 °C to -86 °C) 949 liters Thermo Fisher Scientific Srl TSX70086V Vertical freezer
Thermo Scientific Refrigerated Centrifuge SL16R Thermo Fisher Scientific Srl 75004030
Tissue box labels in Permanent Twin Helix Srl THT-199-482-3
Tuerks Solution Merck Life Science S.R.L. 1092770100 In light microscopy, it is specifically used as stain for leukocyte
TX-400 Rotor TX-400 swinging bucket hol Thermo Fisher Scientific Srl 75003181
White box for storage Bio Optica 07-7300
wHospital Software wHealth Lutech Group n.a. wHospital - medical record management system with personal information, administrative cases, and the informed consent of the patients

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References

  1. Pagni, F., et al. Targeting immune-related biological processes in solid tumors: We do need biomarkers. International Journal of Molecular Sciences. 20 (21), 5452 (2019).
  2. Braun, K. L., et al. Cancer patient perceptions about biobanking and preferred timing of consent. Biopreservation and Biobanking. 12 (2), 106-112 (2014).
  3. Bycroft, C., et al. The UK Biobank resource with deep phenotyping and genomic data. Nature. 562 (7726), 203-209 (2018).
  4. Saifuddin, S. R., et al. King's Health Partners' Prostate Cancer Biobank (KHP PCaBB). BMC Cancer. 17 (1), 784 (2017).
  5. Lopez, G., et al. Molecular insights into the classification of luminal breast cancers: The genomic heterogeneity of progesterone-negative tumors. International Journal of Molecular Sciences. 20 (3), 510 (2019).
  6. Kinkorová, J. Biobanks in the era of personalized medicine: Objectives, challenges, and innovation: Overview. The EPMA Journal. 7 (1), 4 (2015).
  7. Luo, J., et al. Intravital biobank and personalized cancer therapy: The correlation with omics. International Journal of Cancer. 135 (7), 1511-1516 (2014).
  8. Invernizzi, M., et al. Quality of life interventions in breast cancer survivors: State of the art in targeted rehabilitation strategies. Anticancer Agents in Medicinal Chemistry. 22 (4), 801-810 (2021).
  9. Roux, J., Zeghidi, M., Villar, S., Kozlakidis, Z. Biosafety and biobanking: Current understanding and knowledge gaps. Biosafety and Health. 3 (5), 244-248 (2021).
  10. Sanchini, V., et al. A trust-based pact in research biobanks. From theory to practice. Bioethics. 30 (4), 260-271 (2016).
  11. Vaught, J., Kelly, A., Hewitt, R. A review of international biobanks and networks: Success factors and key benchmarks. Biopreservation and Biobanking. 7 (3), 143-150 (2009).
  12. Ferrin, I., et al. Isolation, culture, and expansion of mesenchymal stem cells. Methods in Molecular Biology. 1590, 177-190 (2017).
  13. Hermansen, J. U., et al. The Norwegian childhood cancer biobank. Cancer Reports. , 1555 (2021).
  14. Schmelz, M., et al. A plan for emergency shutdown and reopening for a consortium of biobanks. Biopreservation and Biobanking. 19 (5), 394-398 (2021).
  15. Salvaterra, E., Corfield, J. Advances in Biobanking Practice Through Public and Private Collaborations. , Bentham Science Publishers. (2017).
  16. Snapes, E., Simeon-Dubach, D. ISBER best practices for repositories, moving toward the fifth edition. Biopreservation and Biobanking. 20 (1), 107-108 (2022).
  17. Fischer, A. H., Jacobson, K. A., Rose, J., Zeller, R. Cryosectioning tissues. Cold Spring Harbour Protocols. (8), 4991 (2008).
  18. Mendoza, A. S., Bishop, J. Staining methods in frozen section: Best lab practices. Laboratory Best Practice Blog. UC Davis Health. , Available from: https://health.ucdavis.edu/blog/lab-best-practice/staining-methods-in-frozen-section-best-lab-practices/2020/03 (2020).
  19. Craciun, L., et al. Tumor banks: A quality control scheme proposal. Frontiers in Medicine. 6, 225 (2019).
  20. Ma, X., Yu, H. Global burden of cancer. The Yale Journal of Biology and Medicine. 79 (3-4), 85-94 (2006).
  21. Angerilli, V., et al. The role of the pathologist in the next-generation era of tumor molecular characterization. Diagnostics. 11 (2), 339 (2021).
  22. Correa-Aguila, R., Alonso-Pupo, N., Hernández-Rodríguez, E. W. Multi-omics data integration approaches for precision oncology. Molecular Omics. , (2022).
  23. Salati, M., et al. ctDNA analysis in the personalized clinical management of gastroesophageal adenocarcinoma: Turning hope into reality. Future Oncology. 17 (33), 4607-4618 (2021).
  24. Mirzayi, C., et al. Reporting guidelines for human microbiome research: The STORMS checklist. Nature Medicine. 27 (11), 1885-1892 (2021).
  25. Cortvrindt, C., Speeckaert, R., Delanghe, J. R., Speeckaert, M. M. Urinary epidermal growth factor: A promising "next generation" biomarker in kidney disease. American Journal of Nephrology. , (2022).
  26. Fusco, N., Fumagalli, C., Guerini-Rocco, E. Looking for sputum biomarkers in lung cancer secondary prevention: Where are we now. Journal of Thoracic Disease. 9 (11), 4277-4279 (2017).
  27. Im, K., Gui, D., Yong, W. H. An introduction to hardware, software, and other information technology needs of biomedical biobanks. Methods in Molecular Biology. 1897, 17-29 (2019).
  28. Paul, S., Gade, A., Mallipeddi, S. The state of cloud-based biospecimen and biobank data management tools. Biopreservation and Biobanking. 15 (2), 169-172 (2017).
  29. Fthenou, E., et al. implementation, and integration of heterogenous information technology infrastructures in the Qatar biobank. Biopreservation and Biobanking. 17 (6), 494-505 (2019).
  30. Tukacs, E., et al. Model requirements for Biobank Software Systems. Bioinformation. 8 (6), 290-292 (2012).
  31. Willers, C., et al. A versatile, secure, and sustainable all-in-one biobank-registry data solution: The A3BC REDCap model. Biopreservation and Biobanking. , (2021).
  32. D'Abramo, F., Schildmann, J., Vollmann, J. Research participants' perceptions and views on consent for biobank research: A review of empirical data and ethical analysis. BMC Medical Ethics. 16, 60 (2015).
  33. Policiuc, L., et al. The foundation of personalized medicine is the establishment of biobanks and their standardization. Journal of BUON. 23 (3), 550-560 (2018).
  34. Lygirou, V., Makridakis, M., Vlahou, A. Biological sample collection for clinical proteomics: Existing SOPs. Methods in Molecular Biology. 1243, 3-27 (2015).
  35. Pisapia, P., Malapelle, U., Troncone, G. Liquid biopsy and lung cancer. Acta Cytologica. 63 (6), 489-496 (2019).
  36. Spruessel, A., et al. Tissue ischemia time affects gene and protein expression patterns within minutes following surgical tumor excision. Biotechniques. 36 (6), 1030-1037 (2004).

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