IRE / IRP Örnek: RNA-protein Etkileşimleri Çalışmaları elektroforetik hareketlilik Shift Testi (EMSA)

Aşağıdaki deneyin genel amacı, bir elektroforetik hareketlilik kayması testi kullanarak hücre ekstraktlarından RNA protein etkileşimlerini analiz etmektir. Bu, önce hücrelerden veya dokulardan ayrı bir aşamada bir protein ekstraktı hazırlanarak elde edilir, gene özgü radyo etiketli bir RNA probu sentezlenir ve saflaştırılır. Protein özütü daha sonra spesifik RNA protein komplekslerinin oluşumuna izin vermek için etiketli RNA probu ile karıştırılır.

Son olarak, reaksiyon ürünü denatüre olmayan bir poli akrilamid jel üzerine yüklenir ve elektroforez içermeyen RNA probu ile analiz edilir, daha hızlı hareket kabiliyeti sayesinde RNA protein komplekslerinden ayrılır. Elektroforetik hareketlilik kayması testi, RNA protein etkileşimlerini analiz etmek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Demir düzenleyici proteinlerin, IRP bir ve IRP iki'nin hedef RNA elementlerine bağlanmasını analiz edebiliriz.