Name: IRE / IRP Örnek: RNA-protein Etkileşimleri Çalışmaları elektroforetik hareketlilik Shift Testi (EMSA) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-12-03T16:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 44 s
Description: Öğrenin RNA-protein etkileşimlerini elektroforetik hareketlilik kaydırma testi (EMSA) ile analiz etmeyi. Bu yöntem, hücre ekstraktlarından spesifik kompleksleri görselleştirmenizi sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, Kanada Sağlık Araştırmaları Enstitüleri'nden (MOP-86514) bir hibe ile desteklenmiştir.

Fareler ile Deneysel işlemler McGill Üniversitesi (protokol 4966) Hayvan Bakım Komitesi tarafından kabul edildi. Kültürlenmiş Hücrelerde elde edilen protein ekstrelerinin hazırlanması 1. <ol><li> Buz soğukluğunda fosfat tamponlu tuzlu su içinde 10 ml (PBS) ile iki kez kültürlenmiş hücreleri yıkayın. </li><li> Kauçuk bir ya da 1.5 ml mikrosantrifüj tüpü içine buzla soğutulmuş PBS transfer süspansiyon 1 ml&#39;lik plastik bir hücre kazıyıcı ile ya yapışmış olan hücrelerin Pençe. </li><li> 4 ° C&#39;de 700 x g&#39;de 5 dakika boyunca bir mikrosantrifüj içinde spin. Aspire PBS. </li><li> 10 7 hücre başına buz soğukluğunda sitoplazmik lizis tamponu içinde 100 ul (Tablo 1) ekleyin ve yukarı ve aşağı pipet ve. </li><li> 20 dakika boyunca buz üzerinde inkübe edilir. </li><li> 4 ° C&#39;da bir mikrosantrifüj içinde tam hızda 10 dk için spin. </li><li> Atın pelet. Yeni 1.5 ml mikrosantrifüj tüp içine süpernatant aktarın ve buz üzerinde tutmak. </li><li> DetBradford tahlili kullanılarak 23 - (10 ug / ml, genellikle 1) ermin protein konsantrasyonu. </li><li> Kullanılana kadar -80 ° C&#39;de kısım ve mağaza hücre ekstrelerinden oluşabilir. </li></ol> Fare karaciğer ve dalak elde edilen protein ekstrelerinin 2. Hazırlık <ol><li> CO 2 inhalasyon ile bir fare Euthanize. </li><li> Diseksiyon tahta üzerinde temiz bir pad üzerinde ötenazi hayvan yatırın. Makas ile karın açın. </li><li> Makas ve forseps kullanılarak karaciğer ve dalak ayır ve yaklaşık 50 ml buz gibi soğuk PBS içinde, her doku yıkayın. </li><li> Hemen bir neşter ile küçük parçalar halinde dokuları kesmek (örneğin: Yaklaşık 1-2 mm 3). </li><li> Gecikme olmadan, taze cryotube dokuların parçaları koymak ve daha sonra sıvı azot içinde bunları dondurmak oturtun. Mağaza şekild dondurulmuş doku alikotlan kullanılana kadar -80 ° C&#39;de ilave edildi. </li><li> 0.5 ml - 0.25 - (2 ila 3 mm, yaklaşık 1) dondurulmuş dokudan bir parça homojenizebuz soğukluğunda sitoplazmik lizis tamponu (Tablo 1) 10 saniye süreyle bir doku homojenleştirici ile. </li><li> 20 dakika boyunca buz üzerinde 1.5 ml mikrosantrifüj tüpü ve soğuk Homojenat aktarın. </li><li> 4 ° C&#39;da bir mikrosantrifüj içinde tam hızda 10 dk için spin. </li><li> Yeni 1.5 ml mikrosantrifüj tüp içine pelet ve transfer süpernatant atın. Buz üzerinde tutun. </li><li> Bradford tahlili 23 kullanılarak - (10 ug / ul genellikle 1) protein konsantrasyonu belirleyin. </li><li> Kullanılana kadar -80 ° C&#39;de kısım ve mağaza hücre ekstrelerinden oluşabilir. </li></ol> Radyoaktif IRE-prob 3. Hazırlık <ol><li> Kısıtlama endonükleaz Xbal (plazmid ug başına 1 U) DDE sekansının alt baş ayrıştıran ile 1 saat boyunca 37 ° C&#39;de inkübe edilerek İRE içeren plazmid I-12.CAT 22 linearize. linearize plazmid, in vitro transkripsiyonu için, şablon olarak kullanılır. </li><li> Kurman, in vitro olarak 20 ul bir toplam hacim içinde transkripsiyon reaksiyonu. Tablo 2&#39;de gösterilen stok çözümleri kullanın ve ekleyin: 1 ul çizgiselleştirilmiş plazmid şablonu, 4 ul transkripsiyon tamponu; ATP / TO / GTP karışımı 1 ul karışımı, 10 ul [32 P α-] -UTP, 2 ul ditiyotreitol, 1 ul RNaz inhibitör ve 1 ul, T7 RNA polimeraz ile karıştırıldı. Yukarı ve aşağı pipetleme karıştırın. </li><li> 1 saat 24 süreyle 40 ° C&#39;de inkübe edilir. </li></ol> Radyoaktif IRE-prob 4. saflaştırılması <ol><li> Yukarı ve aşağı pipetleme 0.5 M EDTA, pH 8 Karışımı 1 ul ekleyerek in vitro transkripsiyon reaksiyonu bitirin. </li><li> Daha iyi çökelmesi için taşıyıcı olarak, 10 mg / ml tRNA 10 ul ekle. Yukarı ve aşağı pipetleme karıştırın. </li><li> 3 M amonyum asetat, 82.5 ul ekleyin. Vorteks ile karıştırın. </li><li> Etanol içinde 273 ul ekle. Vorteks ile karıştırın. </li><li> 5 dakika boyunca oda sıcaklığında bekletin. </li><li> Oda sıcaklığında bir mikrosantrifüj içinde tam hızda 10 dakika boyunca dönerler. Sil süpernatant. </li><li> Yıkama,% 70 etanol içinde 100 ul ile pelet. </li><li> Oda sıcaklığında bir mikrosantrifüj içinde tam hızda 10 dakika boyunca dönerler. Sil süpernatant. </li><li> 10 dakika boyunca hava kuru topak. </li><li> Iki kez damıtılmış 100 ul içinde süspanse pelet daha önce H 2 O otoklava </li><li> Kullanılana kadar -80 ° C &#39;de bir sıvı sintilasyon sayacı içinde radyoaktivite, kısım radyo-etiketli prob İRE ve mağaza ölçmek. Donmuş madde şişeleri 3 haftaya kadar kullanılabilir. </li></ol> EMSA için yerli poliakrilamid jeli 5. N- <ol><li> 1,5 mm ara parçasını ve tarak yardımıyla jel (16 x 16 cm) birleştirin. </li><li> Tablo 3&#39;te gösterilen stok çözeltileri kullanmak,% 6 yerli poliakrilamid jel hazırlamak için 7.5 ml% 40 akrilamid karıştırın:. Bisakrilamid, 5x TBE 5 ml ve 37.5 mlçift ​​distile H 2 O </li><li> % 10 taze hazırlanmış amonyum persülfat (APS) ve 25 ul tetrametiletilenediamin (TEMED) 0.5 ml ekleyin. </li><li> Hemen jel akrilamid çözüm dökün ve polimerize edelim. Yaklaşık 30 dakika boyunca bekleyin. </li><li> , Jel ile elektroforez cihazı monte 0.5x TBE ile tanklarını doldurmak ve güç kaynağı ile bağlayın. </li></ol> 6. Elektroforetik Hareketlilik Kaydırma Deneyi <ol><li> 10 ul bir toplam hacim içinde hücreler ya da sitoplazmik lisiz tamponu (Tablo 1) dokudan elde edilen protein ekstresi, 25 ug seyreltin (düşük protein konsantrasyonları da kullanılabilmektedir). Buz üzerinde tutun. 25: 4 atıl IRP1 (% 2 nihai konsantrasyon) aktif hale getirmek için 2-merkaptoetanol (2-Me) ile seyreltildi: Gerekirse, 1 ve 1 ul ekleyin. </li><li> 95 ° çift distile H radyoaktif işaretli IRE probu sulandırmak 2 O 200.000 cpm / ul, ısı doğasını1 dakika için C ve en az 5 dakika boyunca oda sıcaklığında soğumaya. </li><li> Protein ekstresi Radyoetiketli IRE probu 1 ul ekleyerek bir EMSA reaksiyonu ayarlayın. </li><li> Oda sıcaklığında 20 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> Reaksiyona 50 mg / ml heparin 1 ul ekle (prob 9 ile non-spesifik protein etkileşimlerini inhibe etmek için) ve 10 dakika daha inkübasyona devam etmektedir. -80 ° C de hazır heparin çözeltisi (50 mg / ml) ve mağaza alikosu. </li><li> Uzun radyo-etiketli problar (&gt; 60 nükleotid) kullanıldığında, 1 ul RNaz T1 (1 U / ul) ekleyin ve oda sıcaklığında 10 dakika inkübe edilir sondasına bağlanma, spesifik olmayan protein azaltmak için, RNA / protein daha iyi ayrılmasına izin vermek üzere Elektroforez sırasında kompleksi. </li><li> Yükleme tamponu (% 80 gliserol + bromofenol mavi) 3 ul ekleyin, karıştırın ve% 6 denatüre edici olmayan poliakrilamid jeli üzerinde yükü. </li><li> 130 V (5 V / cm) 60 dakika süre ile jel çalıştırın. </li><li> Transfer büyük bir filtre kağıdı ve kuru üzerine jel. </li><li> Bir film ortaya çıkarmak ve otoradyografi gelişir. Uygulama süresi 1 saat (ya da daha az) den O / N &#39;ye kadar çıkabilir. </li></ol>

<ol><li>Fried, M., Crothers, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Equilibria+and+kinetics+of+lac+repressor-operator+interactions+by+polyacrylamide+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Equilibria and kinetics of lac repressor-operator interactions by polyacrylamide gel electrophoresis.</a> Nucleic Acids Res. 9, 6505-6525 (1981).</li>
<li>Garner, M. M., Revzin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+gel+electrophoresis+method+for+quantifying+the+binding+of+proteins+to+specific+DNA+regions%3A+application+to+components+of+the+Escherichia+coli+lactose+operon+regulatory+system%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A gel electrophoresis method for quantifying the binding of proteins to specific DNA regions: application to components of the Escherichia coli lactose operon regulatory system.</a> Nucleic Acids Res. 9, 3047-3060 (1981).</li>
<li>Ryder, S. P., Recht, M. I., Williamson, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+analysis+of+protein-RNA+interactions+by+gel+mobility+shift%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Quantitative analysis of protein-RNA interactions by gel mobility shift.</a> Methods Mol Biol. 488, 99-115 (2008).</li>
<li>Hellman, L. M., Fried, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophoretic+mobility+shift+assay+%28EMSA%29+for+detecting+protein-nucleic+acid+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) for detecting protein-nucleic acid interactions.</a> Nat Protoc. 2, 1849-1861 (2007).</li>
<li>Luscieti, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+mutations+in+the+ferritin-L+iron-responsive+element+that+only+mildly+impair+IRP+binding+cause+hereditary+hyperferritinaemia+cataract+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Orphanet+J+Rare+Dis%22%5BJournal%5D)">Novel mutations in the ferritin-L iron-responsive element that only mildly impair IRP binding cause hereditary hyperferritinaemia cataract syndrome.</a> Orphanet J Rare Dis. 8, 30(2013).</li>
<li>Rio, D. C. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aRio%2C+DC+%22Filter-binding+assay+for+analysis+of+RNA-protein+interactions%22">Filter-binding assay for analysis of RNA-protein interactions</a>. 2012, CSHL Press. Cold Spring Harbor, NY. 1078-1081 (2012).</li>
<li>Wang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Iron-mediated+degradation+of+IRP2%3A+an+unexpected+pathway+involving+a+2-oxoglutarate-dependent+oxygenase+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">Iron-mediated degradation of IRP2: an unexpected pathway involving a 2-oxoglutarate-dependent oxygenase activity.</a> Mol. Cell. Biol. 24, 954-965 (2004).</li>
<li>Leibold, E. A., Munro, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytoplasmic+protein+binds+in+vitro+to+a+highly+conserved+sequence+in+the+5%27+untranslated+regions+of+ferritin+heavy-+and+light-subunit+mRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">Cytoplasmic protein binds in vitro to a highly conserved sequence in the 5' untranslated regions of ferritin heavy- and light-subunit mRNAs.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 85, 2171-2175 (1988).</li>
<li>Haile, D. J., Hentze, M. W., Rouault, T. A., Harford, J. B., Klausner, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+interaction+of+the+iron-responsive+element+binding+protein+with+iron-responsive+RNA+elements%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">Regulation of interaction of the iron-responsive element binding protein with iron-responsive RNA elements.</a> Mol. Cell. Biol. 9, 5055-5061 (1989).</li>
<li>Mueller, S., Pantopoulos, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activation+of+iron+regulatory+protein-1+%28IRP1%29+by+oxidative+stress%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Activation of iron regulatory protein-1 (IRP1) by oxidative stress.</a> Methods Enzymol. 348, 324-337 (2002).</li>
<li>Wang, J., Pantopoulos, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+cellular+iron+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+J%22%5BJournal%5D)">Regulation of cellular iron metabolism.</a> Biochem J. 434, 365-381 (2011).</li>
<li>Hentze, M. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+the+iron-responsive+element+for+the+translational+regulation+of+human+ferritin+mRNA%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Identification of the iron-responsive element for the translational regulation of human ferritin mRNA.</a> Science. 238, 1570-1573 (1987).</li>
<li>Casey, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Iron-responsive+elements%3A+regulatory+RNA+sequences+that+control+mRNA+levels+and+translation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Iron-responsive elements: regulatory RNA sequences that control mRNA levels and translation.</a> Science. 240, 924-928 (1988).</li>
<li>Dandekar, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+novel+iron-responsive+element+in+murine+and+human+erythroid+d-aminolevulinic+acid+synthase+mRNA%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Identification of a novel iron-responsive element in murine and human erythroid d-aminolevulinic acid synthase mRNA.</a> EMBO J. 10, 1903-1909 (1991).</li>
<li>Gray, N. K., Pantopoulos, K., Dandekar, T., Ackrell, B. A. C., Hentze, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translational+regulation+of+mammalian+and+drosophila+citric+acid+cycle+enzymes+via+iron-responsive+elements%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">Translational regulation of mammalian and drosophila citric acid cycle enzymes via iron-responsive elements.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93, 4925-4930 (1996).</li>
<li>McKie, A. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+duodenal+iron-regulated+transporter+IREG1%2C+implicated+in+the+basolateral+transfer+of+iron+to+the+circulation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell%22%5BJournal%5D)">A novel duodenal iron-regulated transporter IREG1, implicated in the basolateral transfer of iron to the circulation.</a> Mol. Cell. 5, 299-309 (2000).</li>
<li>Gunshin, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cloning+and+characterization+of+a+mammalian+protein-coupled+metal-ion+transporter%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Cloning and characterization of a mammalian protein-coupled metal-ion transporter.</a> Nature. 388, 482-488 (1997).</li>
<li>Sanchez, M., Galy, B., Muckenthaler, M. U., Hentze, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Iron-regulatory+proteins+limit+hypoxia-inducible+factor-2alpha+expression+in+iron+deficiency%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Struct.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Iron-regulatory proteins limit hypoxia-inducible factor-2alpha expression in iron deficiency.</a> Nat. Struct. Mol. Biol. 14, 420-426 (2007).</li>
<li>Sanchez, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Iron+regulation+and+the+cell+cycle%3A+Identification+of+an+iron-responsive+element+in+the+3%27-untranslated+region+of+human+cell+division+cycle+14A+mRNA+by+a+refined+microarray-based+screening+strategy%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Iron regulation and the cell cycle: Identification of an iron-responsive element in the 3'-untranslated region of human cell division cycle 14A mRNA by a refined microarray-based screening strategy.</a> J. Biol. Chem. 281, 22865-22874 (2006).</li>
<li>Santos, C. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+iron+responsive+element-like+stem-loop+regulates+alpha-hemoglobin-stabilizing+protein+mRNA%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">An iron responsive element-like stem-loop regulates alpha-hemoglobin-stabilizing protein mRNA.</a> J Biol Chem. 283, 26956-26964 (2008).</li>
<li>Liu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Siderophore-mediated+iron+trafficking+in+humans+is+regulated+by+iron%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Med+%28Berl%22%5BJournal%5D)">Siderophore-mediated iron trafficking in humans is regulated by iron.</a> J Mol Med (Berl. 90, 1209-1221 (2012).</li>
<li>Gray, N. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recombinant+iron+regulatory+factor+functions+as+an+iron-responsive+element-binding+protein%2C+a+translational+repressor+and+an+aconitase.+A+functional+assay+for+translational+repression+and+direct+demonstration+of+the+iron+switch%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Recombinant iron regulatory factor functions as an iron-responsive element-binding protein, a translational repressor and an aconitase. A functional assay for translational repression and direct demonstration of the iron switch.</a> Eur. J. Biochem. 218, 657-667 (1993).</li>
<li>Bradford, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+sensitive+method+for+the+quantitation+of+microgram+quantities+of+protein+utilizing+the+principle+of+protein-dye+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding.</a> Anal. Biochem. 72, 248-254 (1976).</li>
<li>Testa, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+regulation+of+iron+regulatory+element-binding+protein%28s%29+in+cell+extracts+of+activated+lymphocytes+versus+monocytes-macrophages%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Differential regulation of iron regulatory element-binding protein(s) in cell extracts of activated lymphocytes versus monocytes-macrophages.</a> J. Biol. Chem. 266, 13925-13930 (1991).</li>
<li>Hentze, M. W., Rouault, T. A., Harford, J. B., Klausner, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidation-reduction+and+the+molecular+mechanism+of+a+regulated+RNA-protein+interaction%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Oxidation-reduction and the molecular mechanism of a regulated RNA-protein interaction.</a> Science. 244, 357-359 (1989).</li>
<li>Meyron-Holtz, E. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+ablations+of+iron+regulatory+proteins+1+and+2+reveal+why+iron+regulatory+protein+2+dominates+iron+homeostasis%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Genetic ablations of iron regulatory proteins 1 and 2 reveal why iron regulatory protein 2 dominates iron homeostasis.</a> EMBO J. 23, 386-395 (2004).</li>
<li>Huang, F. W., Pinkus, J. L., Pinkus, G. S., Fleming, M. D., Andrews, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+mouse+model+of+juvenile+hemochromatosis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Invest%22%5BJournal%5D)">A mouse model of juvenile hemochromatosis.</a> J. Clin. Invest. 115, 2187-2191 (2005).</li>
<li>Sebastiani, G., Pantopoulos, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Disorders+associated+with+systemic+or+local+iron+overload%3A+from+pathophysiology+to+clinical+practice%5BTitle%5D)+AND+%22Metallomics%22%5BJournal%5D)">Disorders associated with systemic or local iron overload: from pathophysiology to clinical practice.</a> Metallomics. 3, 971-986 (2011).</li>
<li>Galy, B., Ferring, D., Hentze, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+conditional+alleles+of+the+murine+iron+regulatory+protein+%28IRP%29-1+and+-2+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Genesis%22%5BJournal%5D)">Generation of conditional alleles of the murine iron regulatory protein (IRP)-1 and -2 genes.</a> Genesis. 43, 181-188 (2005).</li>
<li>Gkouvatsos, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Iron-dependent+regulation+of+hepcidin+in+Hjv-%2F-+mice%3A+Evidence+that+hemojuvelin+is+dispensable+for+sensing+body+iron+levels%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Iron-dependent regulation of hepcidin in Hjv-/- mice: Evidence that hemojuvelin is dispensable for sensing body iron levels.</a> PLoS ONE. 9, 85530(2014).</li>
<li>Goforth, J. B., Anderson, S. A., Nizzi, C. P., Eisenstein, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+determinants+within+iron-responsive+elements+dictate+iron+regulatory+protein+binding+and+regulatory+hierarchy%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Multiple determinants within iron-responsive elements dictate iron regulatory protein binding and regulatory hierarchy.</a> RNA. 16, 154-169 (2010).</li>
<li>Gopinath, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+RNA-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">Mapping of RNA-protein interactions.</a> Anal Chim Acta. 636, 117-128 (2009).</li>
</ol>

Yazarlar, rekabet eden hiçbir finansal çıkarları olmadığını beyan ederler.

Bu yazıda, IRP1 ve IRP2 ve IRE-bağlama faaliyetleri incelemek için geliştirilmiş bir protokol açıklar, ve biz temsilcisi verileri gösterir. Farklı problar kullanılarak, bu protokol, aynı zamanda, diğer RNA bağlama proteinlerinin çalışma için ayarlanabilir. Kritik bir safha, prob boyutu. Tam bağlanma yeri bilinmediğinde ortak uzun probların kullanımı, serbest RNA daha farklı geçiş olmayan RNA / protein kompleksleri ile sonuçlanabilir. Bu durumda, bu RNAz T1 (adım 6.6) ile muamele etmek suretiyle bağlanma...

EMSA başlangıçta, hedef DNA dizileri 1,2 DNA-bağlayıcı proteinler arasındaki ilişkiyi incelemek için geliştirilmiştir. ilkesi, bu makalenin odak noktası RNA / protein etkileşimleri 3 için benzer. Kısaca, RNA, negatif yüklü ve poliakrilamid (ya da agaroz) jelleri içinde denatüre edici olmayan elektroforez sırasında anoda doğru hareket edecektir. Jel içinde göç yüküne orantılı olan RNA, büyüklüğüne bağlıdır. Belirli RNA bir proteinin bağlanması, serbest RNA ile karşılaştırıldığında karmaşık göç eder yavaş hareketliliğinin değiştirir ve. Bu molekül kütlesinde bir artışın, aynı zamanda yük ve muhtemelen konformasyonda değişikler kaynaklanmaktadır. Prob olarak etiketlenmiş RNA kullanımı &quot;jel geriliği&quot; veya &quot;bandshift&quot; kolay izlenmesine olanak sağlar. 32 P-etiketli RNA prob kullanımı çok yaygındır ve yüksek hassasiyeti sunar. RNA / protein kompleksleri ve serbest RNA geçiş tespit edildiğindeOtoradyografi ile. Dezavantajları 32 P (14.29 gün), nedeniyle radyoliz prob kalitesinin kademeli bozulma kısa yarı ömrü vardır, bir radyoaktivite lisansı ve radyoaktivite çalışmaları için altyapı ve potansiyel biyogüvenlik kaygıları gereksinimi. Bu nedenle, bir RNA probu etiketlenmesine alternatif izotopik olmayan yöntemler, flüoresan veya kimyasal olarak ışık veren görüntüleme 4,5 radarından olanak florofor ya da biyotin ile, örneğin, geliştirilmiştir. Bu yöntemlerin Sınırlamalar yüksek maliyet ve izotopik etiketleme ile karşılaştırıldığında genellikle azalır duyarlılık ve RNA / protein etkileşimi ile müdahale olmayan izotop etiket potansiyeli vardır. Denatüre edici olmayan poliakrilamid jelleri en EMSA uygulama için uygun olan ve yaygın olarak kullanılmaktadır. Vesileyle, agaroz jelleri büyük kompleksleri analizi için bir alternatif oluşturabilir. EMSA büyük avantajı basitlik, duyarlılık ve sağlamlığı birleştiren 4 olduğunu &lt;/ Sup&gt;. Deney birkaç saat içinde tamamlanabilir ve karmaşık bir cihaz gerektirmez. RNA / protein etkileşimleri 0.1 nM veya daha az gibi düşük konsantrasyonlarda EMSA ile tespit edilebilir ve geniş bir bağlanma koşulları aralığında (pH 4,0-9,5, tek değerli bir tuzu konsantrasyonu 1-300 mM ve sıcaklık 0-60 ° C). RNA / protein kompleksi oluşumu, filtre bağlama deneyi ile incelenebilir. Serbest bir RNA probu 6 geçerken bu, bir nitroselüloz filtresi RNA / protein kompleksleri tutma dayalı bir basit, hızlı ve ucuz bir yöntemdir. EMSA ile karşılaştırıldığında, bu RNA sistemi birden çok bağlayıcı siteler, veya ham ekstrakt aynı sitede prob bağlanan birden fazla RNA bağlayıcı proteinler içermesi durumunda sınırlıdır. Birden fazla RNA / protein etkileşimleri filtre bağlayıcı tahliliyle tespit kaçış olsa da, onlar kolayca EMSA tarafından görüntülenmiştir olabilir. Bazı durumlarda, görselleştirme arifesidirn, mümkün olduğunca, jeli üzerinde daha fazla geriliği elde EMSA reaksiyonuna, RNA bağlanan proteinlerden biri karşı bir antikor eklenerek birlikte geçirmek (örneğin, insan IRP1 / İRE ve IRP2 / İRE kompleksleri) iki RNA / protein kompleksleri ( &quot;süperkayma&quot;) 7. EMSA yaygın demir metabolizması 8-10 transkripsiyon sonrası düzenleyiciler olan IRP1 ve IRP2, incelemek için kullanılır olmuştur. Onlar birçok mRNA 11 UTRs içinde İres, filogenetik korunmuş firkete yapıları bağlanarak çalışır. IRES ilk ferritin 12 ve transferrin reseptörü 1 (TfR1) 13, sırasıyla, demir depolanması ve alınması, proteinlerini kodlayan mRNA keşfedilmiştir. Daha sonra, İres eritroid özel aminolevulinate sentaz (ALAS2) 14, mitokondriyal akonitaz 15, ferroportin 16, iki değerlikli metal taşıyıcı 1 (DMT1) 17, hipoksi indüklenebilir faktör 2 bulundu <em&gt; α (HIF2α) 18, ve diğer mRNA&#39;lar 19-21. UTR&#39;de &#39;TfR1 mRNA onun 3 birden İres içeriyor ise, UTR&#39;de&#39; prototip H ve L-ferritin mRNAlar onların 5 bir IRE&#39;yi içerirler. IRE / IRP etkileşimleri özellikle sterik 43s ribozomal alt birim olan ilişkisini bloke ederek ferritin mRNA çeviri inhibe; Ayrıca, bu endonükleolitik klivaj karşı TfR1 mRNA&#39;nın stabilize eder. IRP1 ve IRP2 payı geniş sekans benzerliği ve demir-aç hücrelerde yüksek İRE bağlayıcı aktivitesi sergiler. IRP2 proteozomal bozulmaya uğrar ise demirin bol olduğu hücrelerde, IRP1 onun İRE bağlama aktivitesi pahasına sitosolik akonitaz dönüştürür bir küban Fe-S, küme bir araya getirmektedir. Bu nedenle, İRE / IRP etkileşimi hücre demir durumuna bağlıdır, fakat aynı zamanda, H2O 2, nitrik oksit (NO) veya hipoksi gibi diğer sinyalleri tarafından düzenlenmektedir. Burada, biz E ham hücre ve doku ekstrelerinden IRE-bağlama aktivitesinin değerlendirilmesi için protokol tarifMSA. Bu İRE dizisi aslında tarafından alt baş T7 RNA polimerazı site sens yönlenmede katılmasının bir plasmid DNA şablonu (I-12.CAT), in vitro transkripsiyonu ile üretilen bir 32 P-etiketli lH-ferritin İRE sonda kullanılan tavlanmış, sentetik oligonükleotidlerin 22 klonlanması.

<table><tbody><tr><td>leupeptin</td><td>SIGMA</td><td>L2884</td><td></td></tr><tr><td>PMSF</td><td>SIGMA</td><td>78830</td><td></td></tr><tr><td>BioRad Protein Testi</td><td>BIORAD</td><td>500-0006</td><td></td></tr><tr><td>T7 RNA polimeraz</td><td>Termobilimsel</td><td>EPO111</td><td></td></tr><tr><td>RNaz İnhibitörü</td><td>İnvitrojen</td><td>15518-012</td><td></td></tr><tr><td>UTP [alfa-32P]</td> <td>Perkin-Elmer</td><td></td><td></td>NEG507H</tr><tr><td>Sintilasyon sıvısı</td><td>Beckman Coulter</td><td>141349</td><td></td></tr><tr><td>heparin</td><td>SIGMA</td><td>H0777</td><td></td></tr><tr><td>Rnase T1</td><td>Termobilimsel</td><td>EN0541</td><td></td></tr><tr><td>Ekipmanın</td><td></td><td></td><td></td>Adı</tr><tr><td>Doku Ruptor</td><td>Qiagen</td><td>9001271</td><td></td></tr><tr><td>Sintilasyon sayacı</td><td>Beckman Coulter</td><td>LS6500</td><td></td></tr><tr><td>Protean II xi Hücre</td><td>BIORAD</td><td>165-1834</td><td></td></tr><tr><td>20 kuyulu tarak</td><td>BIORAD</td><td>165-1868</td><td>1,5 mm kalınlığında</td></tr><tr><td>1,5 mm ara parçalar</td><td>BIORAD</td><td>165-1849</td><td></td></tr><tr><td>PowerPac</td><td>BIORAD</td><td>164-5070</td><td></td></tr></tbody></table>

ire / irp Örnek: rna-protein etkileşimleri Çalışmaları elektroforetik hareketlilik shift testi (emsa)

Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) for the Study of RNA-Protein Interactions: The IRE/IRP Example

RNA / protein etkileşimleri transkripsiyon sonrası düzenleme yolları için kritik öneme sahiptir. En iyi karakterize edilmiş olan sitosolik, RNA bağlanan proteinler arasında demir düzenleyici proteinler, IRP1 ve IRP2 bulunmaktadır. Onlar böylece mRNA&#39;ları çeviri veya stabilitesini kontrol, çeşitli hedef mRNA&#39;larının çevrilmemiş bölgelerde (UTRs) içinde duyarlı elemanları (İres) demir bağlama. IRE / IRP etkileşimleri yaygın EMSA tarafından incelenmiştir. Burada, biz de diğer RNA bağlayıcı proteinlerin aktivitesini değerlendirmek için jeneralize olabilir IRP1 ve IRP2 ve IRE-bağlanma aktivitesi, analiz için EMSA protokol açıklar. Bir RNA bağlayıcı protein ya da bu proteinin bir saflaştırılmış preparatı ihtiva eden bir ham protein lisatı, kompleks oluşumunu mümkün kılan, 32P-işaretli RNA-uydusuyla fazlası ile inkübe edilir. Heparin bağlayıcı prob, spesifik olmayan protein önlemek için ilave edilir. Daha sonra karışım, bir poliakrilamit jeli üzerinde denatüre elektroforezi ile analiz edilir. ücretsiz probhızlı göç ederken RNA / protein kompleksi sergiler engelli hareketlilik; dolayısıyla, prosedür de &quot;jel retardasyon&quot; veya &quot;bandshift&quot; tahlil denir. Elektroforezin tamamlanmasından sonra, jel kurutulur ve RNA / protein kompleksleri, hem de serbest prob, otoradyografi ile takip edilmiştir. Protokolün genel amacı algılamak ve IRE / IRP ve diğer RNA / protein etkileşimleri ölçümüdür. Ayrıca, EMSA da araştırılmaktadır RNA / protein etkileşiminin özelliğini, bağlanma afinitesini ve stokiyometri belirlemek için kullanılabilir.

Bölüm 3 ve protokol 4'te tarif edildiği gibi bir radyo-etiketli prob İRE, elde edilmiştir. prob dizisi 5'-GGGCGAAUUC GAGCUCGGUA CCCGGGGAUC CUG Cı UUCAA Cı AGUGC UUGGA CGGAUCCU-3 'idi; kalın nükleotidler kritik IRE özellikleri bir eşleşmemiş C kalıntısı ve döngü, temsil eder. prob özel radyoaktivite 4.5 x 10 9 cpm / RNA ug idi. Aktivitesi İRE bağlayıcı demir sıçramaların etkilerini değerlendirmek için, sıçangil RAW264.7 makrofaj tedavi edilmediği v...

Burada RNA / protein etkileşimleri analiz etmek için bir protokol mevcut. elektroforetik hareketlilik kayma deneyi (EMSA), yerli jel elektroforez sırasında RNA / protein kompleksleri ve serbest RNA ayırıcı geçiş dayanmaktadır. Bir radyo-etiketli bir RNA probu kullanarak, RNA / protein kompleksleri otoradyografi ile görselleştirilebilir.

IRE / IRP Örnek: RNA-protein Etkileşimleri Çalışmaları elektroforetik hareketlilik Shift Testi (EMSA)

RNA/protein interactions are critical for post-transcriptional regulatory pathways. Among the best-characterized cytosolic RNA-binding proteins are iron ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, bir elektroforetik hareketlilik kayması testi kullanarak hücre ekstraktlarından RNA protein etkileşimlerini analiz etmektir. Bu, önce hücrelerden veya dokulardan ayrı bir aşamada bir protein ekstraktı hazırlanarak elde edilir, gene özgü radyo etiketli bir RNA probu sentezlenir ve saflaştırılır. Protein özütü daha sonra spesifik RNA protein komplekslerinin oluşumuna izin vermek için etiketli RNA probu ile karıştırılır.Son olarak, reaksiyon ürünü denatüre olmayan bir poli akrilamid jel üzerine yüklenir ve elektroforez içermeyen RNA probu ile analiz edilir, daha hızlı hareket kabiliyeti sayesinde RNA protein komplekslerinden ayrılır. Elektroforetik hareketlilik kayması testi, RNA protein etkileşimlerini analiz etmek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Demir düzenleyici proteinlerin, IRP bir ve IRP iki'nin hedef RNA elementlerine bağlanmasını analiz edebiliriz.Ancak yöntem, bu prosedürün laboratuvarımdaki Filipin araştırma görevlisi Dr.Kain Philippine ve bulaşıklarda yetiştirilen yapışkan hücreler için doktora sonrası bir araştırmacı olan Dr.Nicole Wilkinson tarafından yapılacağını gösteren diğer RNA bağlayıcı proteinlerin çalışması için de uygulanabilir

electrophoretic-mobility-shift-assay-emsa-for-study-rna-protein

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Pre-mRNA geçici doğası nedeniyle, izole etmek ve incelemek için zor...

İnsan pre-mRNA üzerinde Haritalama Ribonucleoproteins Hızlı Yüksek verim için Yöntemi (RNPs)

Bu videoda, kızılötesi floresan etiketli DNA probları kullanarak protein-DNA etkileşimlerini tespit etmek için elektroforetik hareketlilik kaydırma testini gösteriyoruz. Protein DNA probuna bağlandığında, yavaşça hareket eden ve jel üzerinde kaymış bir bant olarak görünen büyük bir kompleks oluşturur.

Transkripsiyon Faktörü-DNA Komplekslerinin Tespiti için Elektroforetik Hareketlilik Kaydırma Testi

Bu videoda, ilgilenilen bir hedef protein için spesifik RNA bağlama dizilerini tanımlamak için üstel zenginleştirme (SELEX) yöntemiyle ligandların sistematik evrimini açıklıyoruz. Protein, geniş bir randomize RNA dizileri havuzu ile inkübe edilir ve protein bağlayıcı RNA dizileri izole edilir, PCR ile çoğaltılır ve protein bağlama bölgelerini tanımlamak için dizilenir.

RNA-Protein Etkileşimlerini Tanımlamak için SELEX Tabanlı İn Vitro Bağlanma Testi

Transkripsiyon faktörü (TF) DNA bağlanmasını etkileyen kodlamayan genetik varyantları tanımlamak için stratejik bir plan ve protokol sunuyoruz. Genotipe bağlı TF DNA bağlanmasının elektroforetik hareketlilik kayma testi (EMSA) ve DNA afinite çökeltme testi (DAPA) analizi için ayrıntılı bir deneysel protokol sağlanmıştır.

Elektroforetik Hareketlilik Assay (EMSA) ve Shift kullanarak Fonksiyonel Olmayan kodlama Genetik Türevleri için tarama DNA afinite Yağış Deneyi (DAPA)

Biz burada önemli bir biyolojik soruyu çözmek için bir vaka çalışması olarak kızılötesi floresan boya etiketli DNA probları ile birlikte saflaştırılmış SOX-2 proteinleri kullanılarak floresan Elektroforetik Hareketlilik Kaydırma Tahliller (FEMSA) optimize edilmiş bir protokol açıklar.

Kızılötesi Floresan Boya-etiketli oligonükleotidler kullanılarak Elektroforetik Hareketlilik Kaydırma Testi için optimize Protokol

Doğal poliakrilamid jel elektroforezi, RNA-protein etkileşimlerini analiz etmek için temel bir araçtır. Geleneksel olarak çoğu deney dikey jel kullanmıştır. Bununla birlikte, yatay jeller elektroforez sırasında kompleksleri izleme fırsatı gibi birçok avantaj sağlar. Yatay doğal jel elektroforezinin üretilmesi ve kullanılması için ayrıntılı bir protokol sağlıyoruz.

Protein-RNA Komplekslerinin Geliştirilmiş Algılaması için Yatay Jel Elektroforezi

Mutagenesis site yönettiği belirli mutasyonların Deoksiribonükleik asit (DNA) tanıtmak için kullanılan bir tekniktir. Bu iletişim kuralı site yönettiği mutagenesis ile 2 adım nasıl açıklar ve ilgi herhangi bir DNA parçası geçerlidir yaklaşım 3 adımlı polimeraz zincir tepkimesi (PCR) dayalı.

Site yönettiği Mutagenesis in Vitro ve Escherichia Coli etkileşimlerde RNA ile örneği Vivo deneyler için

Bu yöntemle, RNA bağlayıcı proteinlerin (RBPs) bağlayıcı benzeşimini, bakteriyel hücrelerde basit, canlı ve muhabir bir tahlil kullanarak bilat ve bileksiz bağlayıcı sitelere göre ölçeceğiz. Tahlil bir muhabir geni baskının dayanmaktadır.

Bakterilerde protein RNA bağlayıcı ölçümü için bir tahlil

Burada sunulan, protein-nüklik asit etkileşimlerini incelemek için yaygın olarak uygulanabilir olan biotin etiketlerini kullanarak in vitro biyokimyasal kurallara yönelik protokollerdir.

Protein-Nüklik asit etkileşimlerini Incelemek için biotin etiketlerini kullanarak In vitro biyokimyasal asder

Burada, endojen RNA bağlayıcı siteleri veya RNA: protein (RNP) kompleksler "ayak izleri" mammalin hücrelerden zenginleştirmek için bir protokol sunuyoruz. Bu yaklaşım RNP alt paketleri iki immünoprecipitations içerir ve bu nedenle tandem RNA immünopresipitasyon dubbed (ripit).

RNA 'nın ayak Izleri tanımlaması: proteinli kompleksleri RNA Immunoprecipitation ile tandem sonra sıralamayı (RIPiT-seq)

Öğrenin RNA-protein etkileşimlerini elektroforetik hareketlilik kaydırma testi (EMSA) ile analiz etmeyi. Bu yöntem, hücre ekstraktlarından spesifik kompleksleri görselleştirmenizi sağlar.

IRE / IRP Örnek: RNA-protein Etkileşimleri Çalışmaları elektroforetik hareketlilik Shift Testi (EMSA)

Daha fazla video keşfet