Name: Otomatik Modüler Yüksek Verimli Ekzopolisakkarit Tarama Platformu Oldukça hassas Karbonhidrat Parmak İzi Analizi ile birleştiğinde (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-04-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 2 s
Description: Keşfedin mikrobiyal ekzopolisakkarit üreticileri için otomatik yüksek verimli tarama yöntemini. Bu modüler platform, bakteri suşlarının hızlı taranması ve karbonhidrat parmak izi analizi ile polimer araştırmalarını hızlandırır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Thomas Howe ve Jörg Carsten'e sıvı taşıma sistemleriyle ilgili programlama ve teknik destek için içtenlikle teşekkür ederiz.

<ol><li>Milani, J., Maleki, G. Ch. 2, Hydrocolloids in Food Industry. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMilani%2C+J+%22Food+Industrial+Processes+-+Methods+and+Equipment%22">Food Industrial Processes - Methods and Equipment</a>. Valdez, B. 2, InTech. (2012).</li>
<li>Thibodeau, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protecting+the+skin+from+environmental+stresses+with+an+exopolysaccharide+formulation%5BTitle%5D)+AND+%22Cosmet+Toiletries%22%5BJournal%5D)">Protecting the skin from environmental stresses with an exopolysaccharide formulation.</a> Cosmet Toiletries. 120 (12), 81-90 (2005).</li>
<li>Prajapati, V. D., Jani, G. K., Zala, B. S., Khutliwala, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+insight+into+the+emerging+exopolysaccharide+gellan+gum+as+a+novel+polymer%5BTitle%5D)+AND+%22Carbohydr+Polym%22%5BJournal%5D)">An insight into the emerging exopolysaccharide gellan gum as a novel polymer.</a> Carbohydr Polym. 93 (2), 670-678 (2013).</li>
<li>Schmidt, W., Brouwers, H. J. H., Kuehne, H. C., Meng, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+working+mechanism+of+starch+and+diutan+gum+in+cementitious+and+limestone+dispersions+in+presence+of+polycarboxylate+ether+superplasticizers%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Rheol%22%5BJournal%5D)">The working mechanism of starch and diutan gum in cementitious and limestone dispersions in presence of polycarboxylate ether superplasticizers.</a> Appl. Rheol. 23 (5), 52903(2013).</li>
<li>Srinivasan, R. Natural Polysaccharides as Treatment Agents for Wastewater. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSrinivasan%2C+R+%22Green+Materials+for+Sustainable+Water+Remediation+and+Treatment%22">Green Materials for Sustainable Water Remediation and Treatment</a>. , The Royal Society of Chemistry. 51-81 (2013).</li>
<li>Rühmann, B., Schmid, J., Sieber, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+throughput+exopolysaccharide+screening+platform%3A+From+strain+cultivation+to+monosaccharide+composition+and+carbohydrate+fingerprinting+in+one+day%5BTitle%5D)+AND+%22Carbohydr+Polym%22%5BJournal%5D)">High throughput exopolysaccharide screening platform: From strain cultivation to monosaccharide composition and carbohydrate fingerprinting in one day.</a> Carbohydr Polym. 122, 212-220 (2015).</li>
<li>Ortega-Morales, B. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+extracellular+polymers+synthesized+by+tropical+intertidal+biofilm+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Characterization of extracellular polymers synthesized by tropical intertidal biofilm bacteria.</a> J Appl Microbiol. 102 (1), 254-264 (2007).</li>
<li>Xu, R., Ma, S., Wang, Y., Liu, L., Li, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Screening+identification+and+statistic+optimization+of+a+novel+exopolysaccharide+producing+Lactobacillus+paracasei+HCT%5BTitle%5D)+AND+%22Afr.+J.+Microbiol.+Res%22%5BJournal%5D)">Screening identification and statistic optimization of a novel exopolysaccharide producing Lactobacillus paracasei HCT.</a> Afr. J. Microbiol. Res. 4 (9), 783-795 (2010).</li>
<li>Dubois, M., Gilles, K. A., Hamilton, J. K., Rebers, P. A., Smith, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Colorimetric+method+for+determination+of+sugars+and+related+substances%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Colorimetric method for determination of sugars and related substances.</a> Anal. Chem. 28 (3), 350-356 (1956).</li>
<li>Masuko, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbohydrate+analysis+by+a+phenol-sulfuric+acid+method+in+microplate+format%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Carbohydrate analysis by a phenol-sulfuric acid method in microplate format.</a> Anal Biochem. 339 (1), 69-72 (2005).</li>
<li>Geater, C. W., Fehr, W. R., Wilson, L. A., Robyt, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+more+rapid+method+of+total+sugar+analysis+for+soybean+seed%5BTitle%5D)+AND+%22Crop+Sci%22%5BJournal%5D)">A more rapid method of total sugar analysis for soybean seed.</a> Crop Sci. 41 (1), 250-252 (2001).</li>
<li>Sutherland, I. W. Ch 16, Microbial Exopolysaccharides. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSutherland%2C+IW+%22Polysaccharides+Structural+Diversity+and+Functional+Versatility%22">Polysaccharides Structural Diversity and Functional Versatility</a>. Dumitriu, S. , Marcel Dekker. 431-457 (2005).</li>
<li>Wingender, J., Neu, T. R., Flemming, H. C. What are Bacterial Extracellular Polymeric Substances?. Microbial extracellular polymeric substances: characterization, structure and function. Wingender, J., Neu, T. R., Flemming, H. C. , Springer. 258(1999).</li>
<li>Rühmann, B., Schmid, J., Sieber, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+carbohydrate+analysis+via+liquid+chromatography+coupled+with+ultra+violet+and+electrospray+ionization+ion+trap+detection+in+96-well+format%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">Fast carbohydrate analysis via liquid chromatography coupled with ultra violet and electrospray ionization ion trap detection in 96-well format.</a> J. Chromatogr. A. 1350, 44-50 (2014).</li>
</ol>

Açıklayacak hiçbir şeyimiz yok.

Fenol-sülfürik asit yöntemle Polisakarit tespiti: Farklı monosakaridler bu yöntemin 9 kullanımı ile farklı bir absorpsiyon maksimum ve molar sönüm katsayılarını gösteriyor. Bu, farklı miktarlarda çeşitli şekerler içeren polimerlerden farklı soğurma maksimumları ile sonuçlanır. 16 farklı ticari olarak temin edilebilir polimerler için absorpsiyon maksimum seviyesinin farklı dalga boylarının Tablo 5&#39;de verilmiştir. Polimerler (1 g / L) içinde eritildi GKD 2 O (150 rpm), gece boyunca karıştırıldı ve fenol-sülfürik asit-yöntemi ile ölçülmüştür . Diutan sakız 470 nm ve skleroglukan ve hyaluronik asit 484 nm&#39;de en yüksek, en düşük maksimum absorpsiyon gösterdi. Bu sonuçlara dayanarak 480 nm bu tarama platformu için seçildi. Polimerlerin göreceli emme (% 100 olarak ayarlanmış), 1 g / L glikoz elde edilen absorbansa göre hesaplandı. düşük sonuçlar% 92, her ikisi de skleroglukan ve süksinoglikan ile elde edilmiştir. Bu ihr olduskleroglukan sadece glikoz içerir ve süksinoglikan 7 oranında glikoz ve galaktoz içerdiği yansıtılmaktadır: 1 arasındadır. Hem ticari polimerler kurutma ve farklı kül içeriğinin farklı kayıplar, bu ~% 110 teorik değeri ulaşılamamıştır nedeni budur. Ksilan 311% ile en bağıl absorbans gösterdi. Bunun nedeni daha baskın furanoz forma ksiloz ulaşılan yüksek molar tükenme katsayısı. 0.1 g / L glukoz seviyesinde miktar sınırı ulaşıldı, hem de bir konsantrasyonda &lt;0.05 g / L&#39;de tespit limiti. Bununla birlikte, tarama pozitif suşları için tespit limiti daha yüksek 0.7 g / L ve bu nedenle, tahlil, iyi bir performans göstermiştir. güvenilir sonuçlar elde etmek için, jel-filtreleme sonra kalan glikozu, bir glikoz-tahlili ile belirlendi ve bu değer, fenol-sülfürik asit yönteminden değerinden çıkarıldı. Otomatik glukoz-tahlil seyreltme: performansekimi (sulandırma 1: 100), daha sonra glukoz belirlenmesi araştırılmıştır. Bunun için, süpernatan 10 ul aspire ve seyreltme 180 ul dağıtma on kat ile derin oyuklu bir plaka içerisinde GKD 2 O 990 ul transfer edildi ve karıştırıldı. İkinci önemli bir adım jel filtrasyon sonrası glikoz tahlili 1:10 seyreltme için yalnızca 5 ul alikot doğru pipetleme idi. GKD 2 O seyreltme 25 ul oluşturmak için ilk 50 ul-ucu ile transfer edilmiştir, GKD 2 O ve 5 ul jel süzüntünün daha sonra 20 | il bir araya aspire edildi. Bu ucu dışarı 5 ul alikotununLH daha iyi uzaklaştırılmasını sağlar. Her ikisi de seyreltme adımları bir glikoz-tahlil yoluyla çeşitli glukoz standartları ile doğrulandı. İki örnek konsantrasyonları için sonuçları Tablo 6&#39;da verilmiştir: 1. 100 seyreltme glukoz içeriğinin belirlenmesi için ekimi bir CV &amp; # ile hem standartları yüksek hassasiyet gösterdi sonra60,% 1.2. Aynı zamanda, daha yüksek standartta için doğruluk 11.6 (% hatası) kadar oldu. glukoz belirlenmesi kültivasyonu takiben geriye kalan glukoz içeriği temsil eder ve bu nedenle, polimer, algılama için önemli değildir Ancak, bu ihmal edilebilir düzeydedir. Jel süzme sonra kalan glikoz 1:10 seyreltme CV &lt;% 1,4 ve doğrulukla &lt;% 2.1 hatası çok güvenilir sonuçlar göstermiştir. buharlaşma göz önünde: tarama, ilk glukoz-tahlil ilk adım 3.5 saat gerektirir. Bu zaman çerçevesi kapatılmamış MTP depolama etkisinin olup olmadığını öğrenmek için, glukoz-tahlil kalibrasyon standartları 50 ul ve robot atlıkarınca 3,5 saat kapaksız saklandı. kalibrasyon aralığı (45-4,5 mg / L), numune konsantrasyonu hemen hemen artmıştır. Bir artış - buharlaşma nedeniyle -% 2,1 altında ve sadece iki düşük konsantrasyonlarda (1.8 ve 0.9 mg / L)% 12.4 kadar ulaşmıştır (oldu <strong&gt; Tablo 7). Jel filtrasyon: non-metabolize glikoz Yüksek miktarda hidrolize polimerden glikoz kantitatif tespiti rahatsız. Bu nedenle, bir jel filtrasyon aşaması, kültivasyondan sonra, kalan glukoz kaldırmak için gerekli oldu. Buna ek olarak, jel filtrasyon monomer analizinde analiz arka en aza indirmek için, glikoz daha tuzları ve monomerik karbohidrat bileşikler diğerlerinden süpernatan ihtiva eden polimer temizler. Jel filtrasyon adımında filtre 35 ul iyi merkezine yerleştirildi. otomatik sistemi içerisindeki jel-filtrasyon sağlamlığı doğrulama için, 9 g / L glikoz kadar 0.045 sekiz kalibrasyon standartları süzüldü (n = 8). Her konsantrasyon glükoz, her zaman ilk değer (Tablo 8)% 95&#39;den daha fazla azalmıştır. Bu şekilde, jel filtrasyon glikoz çeşitli konsantrasyonlarda çok iyi sonuçlar elde edilmiştir. Buna ek olarak, diğer glukoz jel f sonra, filtrasyon da glukoz-testi ile belirlenmiştir ve hidrolize polimer için glukoz eşdeğeri doğru miktarda almak için fenol-sülfürik asit belirlenmesi çıkarıldı. Piruvat-deney: Her şeyden önce, bu hidroliz aşamasından nötralize edildi ve seyreltildi (1:10), TFA-matris, enzimatik reaksiyonu kesintiye uğrattığı araştırılmıştır. Bu nedenle, tam tahlil ile bir kez ve bir kez matris olmadan, iki kez gerçekleştirilen ve güvenilir sonuçlar gösterdi. Son olarak, 16 ticari olarak temin edilebilen polimerlerin piruvat içeriği başarıyla ölçülmüş ve Şekil 3&#39;te gösterilmektedir. Genel olarak, bu 16 polimerler arasından, sadece süksinoglikan ve ksantan doğal piruvat içeren bilinmektedir. Bizim piruvat-tahlil ile bu polimerlerin iki doğru bir şekilde tespit edilmiştir. skleroglukan olarak, velan sakızı ve ksilan piruvat da önemli miktarda tespit edilmiştir. Genel olarak, yaklaşım yeteneği onaylanmış ve piruvat-tahlil s olduyüksek performans howed. Bu hidroliz sonrası farklı polimerler içinde piruvat tespit etmek mümkün olduğu kanıtlanmıştır. Karbonhidrat parmak izi: Otomatik tarama tüm analitik modülleri gerçekleştirdikten sonra, potansiyel EPS üreticileri karbonhidrat parmak izi analizi için seçildi. Bunun için, çeşitli kriterler uygulanmıştır: viskozite 1) pozitif bir gözlem santrifüj sonra ve / veya süzme sonrasında. 2) Yağış süzme öncesinde ve sonrasında. Gözlenen lifler ve yongalar olumlu olarak değerlendirilmiştir. fenol-sülfürik asit yöntemiyle 3) Glikoz eşdeğer değer. &gt; 700 mg / L değerleri arasında pozitif olarak değerlendirilmiştir ve 300 ve 700 mg / L arasındaki değerler varsayılan EPS üreticileri olarak değerlendirilmiştir. iki ya da üç kriter pozitif olarak değerlendirilmesi durumunda, suşları daha karbohidrat parmak izi analizi için seçildi. Kriterler EPS tarama (örneğin, düşük viskoziteli EPS) bireysel amaca yönelik özelleştirilebilir. Bizim yaklaşım effici bulma amaçlıent üreticileri EPS. Sadece EPS küçük miktarlarda üretmek suşları ararken glikoz eşdeğeri değerlendirme sınırı azaltılmalıdır. Teknik yarar ve gelecek uygulamalar: Bu protokolün ilginç bir özelliği adımlar ve farklı analitik modüllerin modüler karakteridir. Bunlar bireysel gereksinimlere göre ayarlanabilir, farklı şekillerde kombine edilebilir ve yeni modüller kolayca uygulanabilir. Ayrıca, analiz modülü ayrı ayrı kullanılabilir örneğin HT-PMP-türetme modülü ile bir arada hidroliz modülü 96 oyuklu bir formatta, farklı polimer çözeltileri (1 gr / lt) bir monomerik bileşimin analizi gerçekleştirebilir. tam tarama pipetleme şemasında herhangi bir değişiklik olmadan manuel olarak ele alınabilir bir sıvı taşıma sistemine erişimi kalmadan laboratuvarlar için. Ancak, sıvı taşıma sistemi kullanılarak en fazla 768 suşları (yerine Screene eğer 192 suşları verimi artırırgün başına) elle d. Burada açıklanan protokol farklı cins için bir tarama özelliğine sahiptir ve bu nedenle, yeni bir EPS üreticileri belirlemek ve bir yaklaşımı (Şekil 4) da karbohidrat parmak izi analizi büyük Strain collections&#39;da taranması için kullanılabilir. Ayrıca, fukoz gibi nadir şekerler, üronik asitler ya da bilinmeyen bir şeker içeren polisakaridler için hedeflenen bir tarama detaylı bir monosakarit analizi ile yapılabilir. Ayrıca, tanımlanan oranlarda çeşitli şeker kombinasyonları tespit edilebilir. Bu zaten bilinen EPS veya yeni EPS yapısal olarak ilişkili türevleri basit tanımlanmasını sağlar.

Mikrobiyal eksopolisakaridlerin (EPS), çeşitli biyolojik fonksiyonları yerine getirir bir polimer yapısal yüksek gruptur. Genellikle, farklı monomer tipleri (şeker, şeker türevleri, şeker asitleri), bu monomerlerin ve ikameleri arasındaki bağlar ile ayırt edilir kompleksi tekrar birimlerinin, örülmüştür. Mikrobiyal polisakkaritler yapısal çeşitlilik gıda 1 gibi farklı alanlardaki uygulama sağlayan bu molekül sınıfına, kozmetik 2,3, inşaat kimya 4 veya su arıtma 5 üyelerine oldukça farklı özelliklere bahşeder. ayrıca yeni, doğal mikrobik polisakaritler tanımlanması ve yapısal varyantları tekniği umut vadeden yaklaşımlar temsil bu biyolojik bazlı ve sürdürülebilir polimerlerin uygulama alanını genişletmek için. Her iki durumda da, hızlı bir tarama yöntemidir hızla thei için mikrobiyal suşların geniş bir sayıda tarama için gereklidirr polisakkarit oluşumu ve ürünlerini analiz etmek. Bu nedenle, en son monomer bileşimin 6 belirlenmesini içeren, doğal izolatları ya da genetik mühendisliği suşu türevleri mikrobiyal polisakarit üretimi analizi için 96-çukurlu HT-görüntüleme platformunu geliştirdik. ~ 500 doğal izolatların bir ilk tarama turu için bu platformu uygulamak bize EPS üretmek mümkün varlık olarak yalnızca yaklaşık 10 İzole edilen suşların% 20 tespit izin (veriler gösterilmemiştir). Bu analiz suşların% 80-90 uygulanan koşullar altında EPS vermedi ve bu nedenle ayrıntılı bir karbohidrat parmak izi bir başka analizi, gerekli olmadığı anlamına gelmektedir. monomerik kompozisyon bu son derece sofistike kimlik olarak özellikle veri analizi için, hızlı bir ön tarama yöntemi, EPS üretimi olumlu suşları belirlemek için büyük ölçüde verimliliği artıracak, zaman alıcı bir süreçtir. Ayrıca, reaktifler,UHPLC-UV-ESI-MS de sarf malzemeleri ve ölçüm süresi azalacaktır. Bir yandan yöntem son derece güvenilir yaparken Buna ek olarak, farklı analitik modülleri paralel en az iki 96-yuvalı plakalar kılavuzu taşıma komplike Diğer taraftan, ve bu şekilde yöntemin tam potansiyelini sınırlamaktadır. Bu nedenlerden dolayı, biz otomatik tarama platformu geliştirmeye karar verdi. Bu nedenle, absorbans ölçümü dayalı olarak, toplam şeker içeriği tam otomatik hızlı bir algılama yöntemi mevcut karbohidrat parmak tekniğin modüler bir biçimde bir araya. Fenol-sülfürik asit yöntemi hala bakteri ve bitki polisakkaritler 7,8 toplam karbonhidrat içeriğinin hızlı tayini için tercih yöntemi temsil eder. Bu yöntem, ilk 96-yuvalı plakalar 10,11 daha küçük ölçekli, farklı uygulamalar ve örnek boyutları için Dubois ve diğ. 9 ile tarif uyarlanmıştır. phenol-sülfürik asit yöntemi tüm monomerik, oligomerik ve örnekleri polimerik karbonhidrat summating, tek bir değere göre, toplam karbonhidrat içeriği ölçer. dikkate bu yönleri alarak, uygun bir yetiştirme ortamının seçimi, bu yöntemin uygulanması için çok önemlidir. oligomerik veya maya özü gibi polimerik karbohidrat bileşikleri ihtiva eden kompleks ortam değişmiş bir polimer içeriğine yol açabilir ve bu nedenle, kesinlikle kaçınılması gerekmektedir. Bundan başka, şekerler, yüksek miktarlarda soylarının yetiştirilmesi için C-kaynağı olarak kullanılır. yetiştirme sürecinden kalan karbonhidratların yüksek seviyelerde olumsuz EPS içeriği ölçümü etkileyebilir. Bu nedenle, tanımlanmış ve saf şekerler kullanılması tavsiye edilir. Deneylerimizde hücrelerinin kültivasyonu için glükoz kullanılır. yetiştirme sonrası kalan glukoz jel filtrasyon yoluyla indirgendi ve glikoz tahlili ile belirlendi. Son olarak, glukoz eşdeğeripolisakaritlerin s fenol-sülfürik asit yöntem ile tespit edilmiş toplam karbonhidrat içeriği jel filtreleme işleminden sonra kalan glukoz çıkarılarak hesaplanmıştır. fenol-sülfürik asit metodu ile kombinasyon halindeki jel filtre ve glukoz-deney güvenilir sonuçlar sağlar ve ilk, tamamen otomatik kontrol sistemi olma yeteneğine sahiptir. çökeltme ve viskozitedeki bir artış gözlenmesi: İki yeni analitik modül EPS algılama sistemi bilgi miktarını artırmak için otomatik tarama platformu alındı. Birçok farklı EPS - örneğin suksinoglikanlar, ksantan ve kolon asit 12 - şeker pozisyonları C4 ve C6 olmayan bir karbonhidrat piruvat ketal ile modifiye olduğu bildirilmektedir. (Sadece süksinil yarım esterleri ve üronik asitler gibi) bu piruvat ketaller fiziksel prope için, bu nedenle polianyonik doğaya katkıda bulunmak veiki değerlikli katyon köprüleri 13 vasıtasıyla etkileşim polimerin ilgili taraflar. bu özel polimerler belirlemek amacıyla piruvat belirlenmesi ek başka bir analiz modülü olarak kurulmuştur. Bu polisakkarit ikamesi ve potansiyel makroskopik özellikleri hakkında bilgi arttırır. tüm modülleri birleştiren farklı EPS belirlenmesini yanı sıra EPS üreticilerinin hızlı ve etkin belirlenmesini sağlar. Bu yaklaşımla tarama platformu iki ana bölümden (Şekil 1) bölünebilir. Otomatik tarama (Bölüm I) iş akışı tam otomatik oluşur içinde (Tablo 1) hızla üreten suşlar EPS preselect için. karbonhidrat parmak izi analizi (Bölüm II) nicel önceden seçilmiş suşları tarafından üretilen EPS monomer bileşimi belirler. Böylece, veri analizi büyük gerilme koleksiyonları tarama optimize etmek için minimize edilmiştir. Butek otomatik tarama vadede ve günde 768 suşları günde mümkün olan iki çalışan ile 384 suşları analiz imkanı sunuyor. Ayrıca, karbonhidrat parmak izi analizi, tüm belirlenen EPS daha da ayrıntılı bir bakış sunuyor. Bu yönelik analiz ve EPS önce tarif kimyasal yapıları ile karşılaştırıldığında sadece biraz farklı EPS varyantları ya da tamamen yeni olanlar tanımlanmasını sağlar.

<table><tbody><tr><td>96 kuyu derin kuyu plakası 2.0 ml (DWP)</td> <td>Greiner Bio-One</td><td>780271</td><td>Ana kültür (CP 1-1 ila 1-4), jel filtrasyonu için dengeleme plakaları (CP 1-6, 1-7, 2-6 ve 2-7), 990 nbsp içeren glikoz testi (CP 4-1 ila 4-4) için 1:100 seyreltme; &mikro; l ddH2O</td></tr><tr><td>Nefes Alabilir Sızdırmazlık Filmi</td><td>Axygen</td><td>BF-400-S</td><td>Ön ve ana kültür için inkübasyon filmi DWP</td></tr><tr><td>Alüminyum Sızdırmazlık Filmi</td><td>Axygen</td><td>PCR-AS-200-80</td> <td>&deg; Gliserol stok plakaları için C depolama filmi</td></tr><tr><td>MCA96 İç İçe Tek Kullanımlık Uçlar 200 & l</td><td>TECAN</td><td>30038619</td><td>Çalışma masası konumu (WTP 2-1 ila 2-4)</td></tr> <tr><td>A / B cam filtre plakası 1 &nbsp; &mikro; m</td><td>Pall Corporation</td><td>PN 8031</td><td>Kollektör plakasında saklanır (CP 2-1 ila 2-4)</td></tr><tr><td>96 oyuklu mikro titre plakası V-Bottom</td><td>Greiner Bio-One</td><td>651201</td><td>Filtrasyon plakası için kolektör plakası (CP 2-1 ila 2-4)</td></tr><tr><td>96 kuyulu SpinColumn G-25</td><td>Harvard Aparatı</td><td>74-5612</td><td>DWP yıkamada saklanır (CP 1-6, 1-7, 2-6 ve 2-7)</td></tr><tr><td>96 oyuklu mikro titre plakası V-Bottom</td><td>Nunc</td><td>249944</td><td>Jel filtrasyon plakası için kolektör plakası (CP 3-1 ila 3-4)</td></tr><tr><td>İç İçe Tek Kullanımlık Uçlar SBS 50 & mikro; l ipuçları</td><td>TECAN</td><td>30038609</td><td>Atlıkarınca pozisyonu (CP 4-6, 4-7 ve 5-1 ila 5-6)</td></tr> <tr><td>Oluk 250 ml</td><td>Axygen</td><td>Res-SW96-HP</td><td>Su WTP 1-1, Glikoz tahlil reaktifi karışımı WPT 1-2, amonyum-asetat tamponu pH 5.6 (CP 5-7)</td></tr> <tr><td>96 oyuklu mikro titre plakası F-Alt (MTP)</td> <td>Greiner Bio-One</td><td>655101</td><td>yağış 1 (CP 6-1 ila 6-4), pH değeri (CP 7-1 ila 7-4), yağış 2 (CP 8-1 ila 8-4), fenol-sülfürik asit yöntemi (CP 8-5 ila 8-8), glikoz tahlili (CP 9-1 ila 9-9), kukla plakalar (WTP 3-1, 3-2)</td></tr> <tr><td>96 kuyulu silikon kapaklı mat&nbsp;</td><td>Whatmann</td><td>7704-0105</td><td>MTP</td></tr><tr><td>200 ve mikro için örtü paspası; l pipet uçları</td><td>Sarstedt</td><td>70.760.002</td><td></td></tr><tr><td>1.000 & l pipet uçları</td><td>Sarstedt</td><td>70.762</td><td></td></tr><tr><td>96 kuyulu PCR mikro titre plakasını manuel olarak kullanmak için&nbsp;</td><td>Marka</td><td>781350</td><td>Hidroliz, PMP türevlendirme</td></tr><tr><td>TPE (termoplastik elastomer) kapak matı&nbsp;</td><td>Marka</td><td>781405</td><td>Hidroliz, PMP türevlendirme</td></tr><tr><td>Filtre plakası 0.2&nbsp; &mikro; m Supor</td><td>Pall Corporation</td><td>PN 8019</td><td>MTP kolektör plakası ile UHPLC-ESI-MS analizi için numunelerin filtrelenmesi</td></tr><tr><td>Pipet Uçları LHS 5-300&nbsp; &mikro; l</td><td>Marka</td><td>732150</td><td>Marka LHS sistemi</td></tr><tr><td>Glikoz oksidaz & nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G2133</td><td>Glikoz tahlili</td></tr><tr><td>Yaban turpu peroksidaz &nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P6782</td><td>Glikoz tahlili, piruvat tahlili</td></tr><tr><td>DA-64 ( N - (Karboksimetilaminokarbonil) -4.4 '-bis (dimetilamino) -difenilamin sodyum tuzu)</td> <td>Wako Chemicals GmbH</td><td>043-22351</td><td>Piruvat tahlili</td></tr><tr><td>Piruvat oksidaz ve nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P4591</td><td>Pirüvat tahlili</td></tr><tr><td>Potasyum fosfat dibazik</td><td>Carl-Roth</td><td>P749.3</td><td>Pirüvat ve glikoz tahlili</td></tr><tr><td>Potasyum fosfat monobazik</td><td>Carl-Roth</td><td>3904.3</td><td>Pirüvat ve glikoz tahlili</td></tr><tr><td>Tiamin pirofosfat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C8754</td><td>Pirüvat tahlili</td></tr><tr><td>Magnezyum klorür hekzahidrat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>31413</td><td>Piruvat tahlili</td></tr><tr><td>2-Propanol</td><td>VWR</td><td>20922.466</td><td>Yağış</td></tr><tr><td>Fenolü</td><td>VWR</td><td>20599.231</td><td>Fenol-sülfürik asit yöntemi</td></tr><tr><td>Sülfürik asit</td><td>Carl-Roth</td><td>4623.4</td><td>Fenol-sülfürik asit yöntemi</td></tr><tr><td>Trifloroasetik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508</td><td>Hidroliz</td></tr><tr><td>Amonyum çözeltisi</td><td>Carl-Roth</td><td>P093.1</td><td>Hidroliz, PMP-türevlendirme</td></tr><tr><td>Etanol absolut</td><td>VWR</td><td>20821.321</td><td>Hidroliz, PMP-türevlendirme</td></tr><tr><td>Fenol kırmızısı&nbsp;</td><td>Alfa Aesar</td><td>B21710</td><td>Hidroliz, PMP-türevlendirme</td></tr><tr><td>1-Fenil-3-metil-5-pirazolon</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M70800</td><td>PMP-türevlendirme</td></tr><tr><td>Metanol LC-MS</td><td>VWR</td><td>83638.320</td><td>PMP-türevlendirme</td></tr><tr><td>Asetonitril LC-MS</td><td>VWR</td><td>83040.320</td><td>PMP-türevlendirme</td></tr><tr><td>Asetik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>338826</td><td>PMP-türevlendirme</td></tr><tr><td>Etanol absolut</td><td>VWR</td><td>20821.321</td><td>PMP-türevlendirme</td></tr><tr><td>Metil kırmızısı</td><td>Alfa Aesar</td><td>36667</td><td>pH değeri</td></tr><tr><td>Robotik sıvı taşıma sistemi&nbsp;</td><td>Tecan</td><td>Freedom EVO</td><td><güçlü> Çalışma Masası kurulumu Şekil 2</güçlü></td></tr><tr><td>Sıvı işleme istasyonu LHS</td><td>Marka</td><td>709400</td><td>Çalışma Masası kurulumu <güçlü>Şekil 2</güçlü></td></tr><tr><td>Uç Adaptör</td><td>Marka</td><td>709434</td><td>Çalışma Masası kurulumu <güçlü>Şekil 2</güçlü></td></tr><tr><td>Sıvı Uçlar MC 20-300&nbsp; &mikro; l</td><td>Marka</td><td>709416</td><td><güçlü> Çalışma Masası kurulumu Şekil 2< / güçlü ></td></tr> <tr><td>Adaptör 60 mm</td><td>Marka</td><td>709430</td><td><güçlü> Çalışma masası kurulumu Şekil 2< / güçlü></td></tr></tbody></table>

otomatik modüler yüksek verimli ekzopolisakkarit tarama platformu oldukça hassas karbonhidrat parmak İzi analizi ile birleştiğinde

Automated Modular High Throughput Exopolysaccharide Screening Platform Coupled with Highly Sensitive Carbohydrate Fingerprint Analysis

Birçok mikroorganizma üreten ve tıp alanları, gıda uygulamalarında ya petro-bazlı kimyasallar yerine önemli etkileri eksopolisakaridleri (EPS), salgılayan yeteneğine sahiptir. Biz türü ve mikroorganizmalar tarafından üretilen EPS miktarının hızlı ve güvenilir analiz sağlayan bir sıvı taşıma sistemi otomatik hale analitik platformu açıklar. Bu kullanıcı, yeni doğal mikrobiyal ekzopolisakkarit üreticileri tespit etmek ve yüksek verim (HT) bir gün içinde karşılık gelen polimerlerin karbohidrat parmak izi analizi sağlar. Bu platformu kullanarak, mühendislik yaklaşımlarına elde edilebilir gerilme koleksiyonları yanı sıra gerilme varyantları kütüphaneleri taranabilir. Platform iki ana bölüme protokolünün bir ayrılık sağlayan modüler kurulum vardır. İlk olarak, farklı bir polisakarit algılama modülleri birleştiren otomatik bir tarama sistemi vardır: Viscosit bir yarı-kantitatif analizibir santrifüjleme adımı alkol çökeltme yoluyla, polimer oluşumu, bir analiz ve bir fenol-sülfürik asit dönüştürme aracılığıyla toplam karbonhidrat içeriğinin belirlenmesi yoluyla Y oluşumu. Burada, dönemde başına 384 suşları kadar taranması mümkündür. İkinci bölüm, iki temel modülleri birleştirerek ilk bölümünde tanımlanmış tüm seçili EPS üreticileri için ayrıntılı bir monosakarit analizi sağlar: UV ve elektrosprey iyonizasyon iyon tuzağı algılama (birleştiğinde ultra yüksek performanslı sıvı kromatografisi ile tam bir monomer bileşiminin analizi UHPLC UV-ESI-MS) ile bir renk oluşumu ile birleştirilir enzimatik oksidasyon aracılığıyla, bir polimer ikame (piruvat ketal varlığı) ve piruvat belirlenmesi. Bu tarama platformun tüm analitik modüllerinin farklı şekillerde bir araya getirilmiş ve kişisel gereksinimlere göre ayarlanabilir. Buna ek olarak, hepsi elle hareket ettirilmesi veya bir sıvı taşıma sistemi ile gerçekleştirilebilir. Böylece, eleme plaTForm çeşitli EPS tanımlamak için büyük bir esneklik sağlar.

Küçük ölçekte mikrobiyal ekzopolisakkaritlerin tanımlanması ve karakterizasyonu için otomatikleştirilmiş modüler yüksek verimli bir yöntem sunuyoruz. Bu yöntem, yeni izole edilen bakteri suşlarının veya tüm suş koleksiyonlarının hızlı bir şekilde taranmasını sağlamak için salgılanan polisakkaritlerin toplam miktarını ayrıntılı bir karbonhidrat parmak izi ile analiz etmek için hızlı bir ön seçimi birleştirir.

Otomatik Modüler Yüksek Verimli Ekzopolisakkarit Tarama Platformu Oldukça hassas Karbonhidrat Parmak İzi Analizi ile birleştiğinde

Many microorganisms are capable of producing and secreting exopolysaccharides (EPS), which have important implications in medical fields, food ...

Bu yaklaşımın genel amacı, mikrobiyal ekzopolisakkarit üreticileri için hızlı ve güvenilir tarama ve karbonhidrat parmak izlerinin tanımlanmasıdır. Bu, ekzopolisakkaritlerin keşfedilmemiş çeşitliliğini kullanmak için önemli bir adımdır. Yöntemimiz, mikrobiyal ekzopolisakkaritler alanındaki polimer araştırmalarını hızlandırmaya yardımcı olabilir.Belirli uygulamalar için farklı özelliklere sahip yeni polisakkarit varyantlarının hızlı bir şekilde tanımlanmasını sağlar. Bu tekniğin ana avantajı, farklı ekzopolisakkarit algılama sistemlerinin modüler ve tamamen otomatik hale getirilmiş bir tarama konseptinde birleştirilmesidir. Bu, onu son derece hızlı ve güvenilir hale getirir.Bu teknik, otomasyon platformunun bulunmadığı laboratuvarlarda manuel olarak da gerçekleştirilebilir, bu nedenle kullanımı çok esnektir ve farklı tarama ihtiyaçlarına göre ayarlanabilir. Bu ekzopolisakkarit veya EPS tarama platformu, protokolün Otomatik Tarama ve Karbonhidrat Parmak İzi olmak üzere iki ana bölüme ayrılmasına izin veren modüler bir kuruluma sahiptir. İlk görev, tarama için suşları yetiştirmek ve hücreleri santrifüjleme ile çıkarmaktır.Suşlar, 30 santigrat derece ve 1.000 RPM'de mikro titre plaka çalkalayıcı üzerinde nefes alabilen sızdırmazlık filmi ile kaplanmış 96 oyuklu plakalarda karbon kaynağı olarak glikoz üzerinde kültürlenir. Ekranın açılacağı gün, robot çalışma masasını ve saklama karuselini protokol metninde anlatıldığı gibi hazırlayın. Nefes alabilen sızdırmazlık filmini plakalardan çıkarın ve ana kültürleri 1-1 ila 1-4 arasındaki atlıkarınca konumlarına yerleştirin.Otomatik robotik programı başlatın. Yetiştirme işleminden sonra hücreleri çıkarmak için, ana kültür derin kuyu plakalarını atlıkarıncadan santrifüje aktarın ve 30 dakika boyunca 4, 300 x g ve 20 santigrat derecede santrifüjleyin. Filtrasyondan önce çökeltme için, mikro titre plakalarını ve pH indikatör mikro titre plakalarını karuselden çalışma masasına hareket ettirin.Ayrıca tüm bakteri hücrelerinin tamamen uzaklaştırılmasını sağlayan filtrasyon plakalarını, kolektör plakaları ile birlikte çalışma masası konumlarına aktarın. Santrifüjlemeden sonra, ana kültür süpernatanının 180 mikrolitresini filtrasyon plakasına aktarın. Ana kültür süpernatından 150 mikrolitre aspire edin ve filtrasyondan önce çökeltme için mikro titre plakasına 50 mikrolitre ve pH gösterge plakasına 100 mikrolitre dağıtın.EPS üretimini değerlendirmek için süpernatantın 2-propanol ile çökeltilmesi yapılır. Her oyuğa manuel olarak 150 mikrolitre 2-propanol eklemek için 12,5 mililitrelik çok adımlı bir pipet kullanın. Mikro titre plakalarını oda sıcaklığında 900 RPM'de 10 dakika çalkaladıktan sonra, EPS üretimini gösteren lif veya pul oluşumlarını görsel olarak gözlemleyin.Ana kültür plakaları atlıkarıncaya geri depolandıktan sonra, santrifüjlemeden sonra azalmış sedimantasyon göstermesi gereken fermantasyon sularını inceleyin. Viskozitedeki artış, EPS üretiminin bir başka göstergesidir. İkinci görev, 96 oyuklu bir filtrasyon yoluyla viskoz fermantasyon suyundan tam hücre uzaklaştırılmasını sağlamaktır.Filtrasyon plakalarını 3.000 x g ve 20 santigrat derecede 10 dakika santrifüjleyin. Ardından plakaları atlıkarınca ana konumlarına geri getirin ve protokol metninde açıklandığı gibi jel filtrasyonunun dengesini gerçekleştirin. Daha sonra, dengelenmiş jel filtrasyon plakasının ortasına 35 mikrolitre süzüntü ve çökeltme için kullanılan mikro titre plakasına 50 mikrolitre pipetleyin.Jel filtreleme plakalarını santrifüje taşıyın ve diğer tüm plakaları çalışma masasından karuseldeki ana konumlarına geri getirin. Tüm plakaların karuselde tekrar saklanmasından sonra, filtre plakasındaki kalıntılarla gösterildiği gibi yüksek viskoziteli süpernatantlara dikkat edin. Süzüntü eksikliği, aşağıdaki analitik modüllerde yanlış negatif sonuçlara yol açabilir.Otomatik taramadaki üçüncü görev, kalan monomerik şekerlerin 96 oyuklu bir jel filtrasyonu yoluyla büyüme ortamından uzaklaştırılmasıdır. Jel filtrasyon plakalarını 1.000 x g ve 20 santigrat derecede iki dakika santrifüjleyin. Jel filtratları işlemek için çalışma masasını robotik manipülatör aracılığıyla hazırlayın.Jel filtrasyonundan sonra kalan glikozu tespit etmek için, 25 mikrolitre çift damıtılmış suyu taze bir mikro titre plakasına aktarmak için 50 mikrolitrelik uçlar kullanırız. 20 mikrolitre çift damıtılmış su, beş mikrolitre hava ve 5 mikrolitre jel süzüntü aspire edin ve aynı plakaya dağıtın. 200 mikrolitrelik uçlar alın ve ilk testi başlatmak için 50 mikrolitre glikoz tahlili reaktif karışımını çalışma masası konumu 1-2'den aspire edin.Mikro titre plakalarını inkübatöre taşıyın. 30 dakikalık inkübasyondan sonra, plakaları inkübatörden mikro titre okuyucuya taşıyın ve 418 ve 480 nanometrede absorbasyonu kaydedin. Fenol-sülfürik asit yöntemiyle toplam karbonhidrat içeriğini belirlemek için, mikro titre plakalarına 20 mikrolitre jel süzüntü pipetleyin.Plakaları karuselden manuel olarak çıkarın ve sıvı işleme istasyonuna yerleştirin. Kalibrasyon plakasını üç kopyalar halinde 20 mikrolitre farklı glikoz konsantrasyonlarına dahil edin. 1 konumuna bir atık kabı, 2 konumuna 300 mikrolitrelik bir uç kutusu ve 3 konumuna 110 mililitre taze hazırlanmış fenol-sülfürik asit içeren 250 mililitrelik bir oluk yerleştirin.Tüm plakaların her sırasına 180 mikrolitre fenol-sülfürik asit aktarmak için 300 mikrolitre uçlu 8 kanallı bir pipet kullanın. Tüm mikro titre plakalarını kapaklarla kapatın ve oda sıcaklığında 900 RPM'de beş dakika çalkalayarak karıştırın. Renk reaksiyonu için bir fırında 80 derecede 35 dakika inkübe edin.Plakaları bir davlumbaz altında soğuttuktan sonra, 480 nanometrede sönmeyi ölçün. Otomatik taramadan elde edilen suşlar, aşağıdaki üç kriterden en az ikisini karşılıyorlarsa EPS pozitif olarak belirlenir. Viskozite kontrolü, polimerin tespiti ve hesaplanan glikoz eşdeğeri.Glikoz eşdeğeri bu denklem kullanılarak hesaplanır. Tarama platformunun Karbonhidrat Parmak İzi, manuel olarak gerçekleştirilen son üç görevi içerir. İkinci görevdeki pozitif isabetlerin kalan süzüntüsü, beşinci görevdeki jel süzüntü için temel oluşturur.Altıncı görev, jel filtratın 96 oyuklu mikro hidrolizidir. Bunu başarmak için, önce 20 mikrolitre jel filtratı yeni bir PCR plakasına aktarmak için 12 kanallı 50 mikrolitrelik bir pipet kullanın. Ardından, her bir oyuğa 20 mikrolitre dört molar trifloroasetik asit eklemek için 1,25 mililitrelik çok adımlı bir pipet kullanın.PCR plakasını bir termoplastik elastomer kapak matı ile örtün ve PCR plakasını özel bir cl'ye yerleştirin.ampcihaz. Sıkıştırma cihazını 10 kez ters çevirerek çözeltileri karıştırın. PCR plakasını santrifüjledikten ve sıkıştırma cihazına sabitledikten sonra, güvenli sıkıştırma cihazını önceden ısıtılmış bir kum banyosuna yerleştirin ve 121 santigrat derecede 90 dakika inkübe edin.12 kanallı 200 mikrolitrelik bir pipet kullanarak, pH'ı yaklaşık sekize ayarlamak için %3,2'lik bir amonyak çözeltisi ekleyin. PCR plakasını bir termoplastik elastomer kapak matı ile örtün ve cl'yi kullanarak manuel olarak sallayın.ampcihaz. Son görev, Karbonhidrat Parmak İzini yüksek verimli 1-fenil-3-metil-5-pirazolon veya HTPMP yöntemi ile analiz etmektir.Bu prosedüre başlamak için, nötralize hidrolizatın 25 mikrolitresini yeni bir PCR plakasına aktarmak için 12 kanallı 50 mikrolitrelik bir pipet kullanın. 75 mikrolitre türevlendirme reaktifi karışımı ekleyin ve plakayı bir termoplastik elastomer kapak matı ile örtün. PCR plakasını 100 dakika boyunca 70 santigrat derecede bir PCR döngüleyiciye yerleştirin ve ardından 20 santigrat dereceye kadar soğutun.20 mikrolitrelik bir alikotu yeni bir mikro titre plakasına aktarın, ardından her satıra 130 mikrolitre 19.23 milimolar asetik asit eklemek için 12 kanallı 200 mikrolitrelik bir pipet kullanın. En az altı kez aspirasyon ve dağıtım yoluyla doğrudan karıştırın ve tüm sıvıyı bir mikro titre toplayıcı plakaya sahip 0,2 mikrometrelik bir filtre plakasına aktarın. Plakayı beş dakika boyunca 1.000 x g'da santrifüjleyin, filtre plakasını çıkarın ve mikro titre toplayıcı plakayı bir silikon kapak matı ile kapatın.Karbonhidrat Parmak İzi'nin belirlenmesi için mikro titre plakasını UHPLC-UV-ESI-MS'ye yerleştirin. Bu tablo, bu tarama platformuyla başarılı bir şekilde tanımlanan üç örnek yeni suşun sonuçlarını göstermektedir. Tablonun sol kısmı, ayrıntılı Karbonhidrat Parmak İzi analizi için değerlendirme parametreleri olarak kullanılan viskozite oluşumu, polimer üretimi ve toplam hidrolizden elde edilen glikoz eşdeğeri ile ilgili otomatik tarama modüllerinin sonuçlarını göstermektedir.Kalibre edilmiş şekerlerin yanı sıra bilinmeyen şekerler, dimerler ve ikame edicilere dayalı Karbonhidrat Parmak İzi, tablonun sağ tarafında verilmiştir. Bu bilgilerin kullanılmasıyla, monomerik bileşim hesaplanabilir ve halihazırda bilinen polimer yapılarıyla karşılaştırılabilir. Ayrıca, ilginç monomerik bileşimler ve nadir karbonhidratlar için hedefli bir tarama yapılabilir.Bir kez ustalaştıktan sonra, bu teknik sadece beş saat içinde 386 suş için yapılabilir. Bu prosedürü takiben, ekzopolisakkarit beyanı ile ilgili ek soruları yanıtlamak için halihazırda mevcut olan piruvat veya asetatlar için daha ileri testler veya fosfat gibi ek testler dahil edilebilir. Geliştirildikten sonra, bu teknik, yüksek hassasiyetiyle, değiştirilmiş ekzopolisakkarit biyosentetik yolakların kalan kimyasal yapı üzerindeki etkisini araştırmak için genetik mühendisliği, mikrobiyal ekzopolisakkarit üreticileri alanındaki araştırmamızın yolunu açtı.Bu videoyu izledikten sonra, yeni ekzopolisakkarit üreticilerini çok hızlı ve güvenilir bir şekilde nasıl tanımlayacağınızı iyi anlamış olmalısınız.

automated-modular-high-throughput-exopolysaccharide-screening

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bir ekstrasellüler matriks polisakkaritlerin yapısına anlayışlar kazanmak için hızlı bir şekilde açıklanmıştır. Yöntemi dakika miktarda malzeme analiz edilmesi için izin kütle spektrometresi glycosylhydrolases özgüllüğü ve duyarlılığı yararlanır. Bu teknikte doku kendisini doğrudan kullanılmak üzere uyarlanabilir.

Ekstrasellüler polisakkaritler Oligo Kitle Profil (Olimp)

Bitki biyokütle örnekleri çok sayıda saccharification potansiyeli belirlemek için basit ve hızlı bir yöntem açıklanmıştır. Bu analiz için otomatik bir platform 96 kuyucuğu ve yayımlanan şekerler hazırlama, hidroliz ve miktar daha sonraki performans analizi için bitki biyokütle hazırlık içerir.

Lignocellulosic Malzemeler için Yüksek verim Saccharification Testi

Mikroarray&#39;ler kullanarak Bitki Hücre Duvarı Polimerlerin glukanıdır Profilleme

Bu videoda, çözünmeyen kromojenik polimer hidrojel substratları kullanılarak karbonhidrat aktif enzim taraması için yüksek verimli bir test gösteriyoruz. Enzim, bu substratları, ürünün renk yoğunluğunun ölçülmesiyle ölçülebilen çözünür renkli bir ürüne indirger.

Kromojenik Polimer Hidrojel Bazlı Enzim Tarama Testi: Sentetik Substratlar Kullanarak Karbonhidrat Aktif Enzimleri Taramak İçin Yüksek Verimli Bir Yöntem

Bitki hücre duvarı yapısı ve kimyası özellikleri, biyoyakıtlar ve biyo-malzemeler için ideal hammaddeleri belirlemek için değerlendirilir. Standart yöntemlerin büyük veri kümelerine uygulandığında sınırlamaları vardır. Bu yüksek verimli ön arıtma, enzim sakarifikasyonu ve piroliz-moleküler ışın kütle spektrometresi yöntemleri, çok sayıda biyokütle örneğini düşük deney süresi ve maliyeti ile karşılaştırır.

Toplam Lignin, lignin Monomer ve enzimatik Şeker Yayın: Lignocellulosic Biyokütle rekalsitrantların Varyasyonları yüksek verimlilik Taraması

Plazmada kombine proteomik ve glikomik saflaştırma ve LC-MS/MS miktar tayini için yüksek verimli bir protokol geliştirilmiştir. N-bağlı glikozilasyon motiflerinin deamidasyon analizi, deglikosile edilmiş bölgelere özgüydü. N-glikanların doğru kantitasyonu, glikan hidrazid etiketleri stratejisi ile etiketleme yapılırken filtre destekli N-glikan ayrımının bireysellik normalizasyonuna bağlanmasıyla elde edildi.

Nicel Glycomics ve Proteomik Kombine Arıtma Stratejisi

Enzim taraması için yüksek verimli bir test tanımlanmıştır. Bu çoğullanmış kullanıma hazır tahlil kiti, önceden seçilmiş Chrömer, Polymer, Hydrogel (CPH) substratları ve kompleks I, çözünmez Chromojenik Biyokütle (ICB) substratlarından oluşur. Hedef enzimler polisakkarit parçalayıcı endo-enzimler ve proteazlardır.

Yeni çözünmez Kromojenik altyapı deneyiyle kitleri kullanılarak karbonhidrat parçalayıcı Enzimlerin yüksek verimli tarama

Burada yüksek üretilen iş algılama ve fucosylated insan sütü oligosakkaritler (HMOs), tüm hücreli Biyoalgılayıcı kullanarak miktar açıklayın. Biz de burada, bu platform HMO üretim suşları, analizini doğru uyarlaması gürültü oranı sinyal geliştirmeye odaklanan göstermek.

Fucosylated insan süt Trisaccharides genetik olarak kullanarak Biyoteknolojik bağlamda analizini biyosensörler kodlanmış

Mikroarray polimer profilleme (MAPP), biyolojik numunelerdeki glikanların bileşimsel analizi için yüksek verimli bir tekniktir.

Yüksek Verimli Glikan Analizi için Mikroarray Polimer Profilleme (MAPP)

Daha önce glikanların proteinler üzerinde otomatik ve hızlı analizi için bir sistem geliştirilmiştir. Bu makale, biyofarmasötikler ve diğer glikokonjugat malzemelerdeki glikan yapılarını analiz etmekle uğraşanlar gibi geniş bir kullanıcı yelpazesi için optimize edilmiş "gliko-kalitatif analiz" protokolünü sunmaktadır.

Tam Otomatik Bir Sistem Kullanılarak Rekombinant Proteinlerin Hızlı Gliko-Kalitatif Değerlendirmesi

Bu protokol, endüstriyel mikroorganizmalar için standart yüksek verimli tarama iş akışı sunar. ARTP mutagenezi yoluyla mutant bir kütüphane oluşturmayı, otomatik mikrofluidiklerle pozitif damla taraması yapılmasını ve ardından sonuçların doğrulanmasını içerir. İş akışının güvenilirliği, yüksek verimli B. coagulans suşlarının taramasıyla doğrulandı.

L-laktik asit aşırı üreten Bacillus coagulans mutantlarının yüksek verimli taraması otomatik damla mikrofluidik platform kullanılarak

Keşfedin mikrobiyal ekzopolisakkarit üreticileri için otomatik yüksek verimli tarama yöntemini. Bu modüler platform, bakteri suşlarının hızlı taranması ve karbonhidrat parmak izi analizi ile polimer araştırmalarını hızlandırır.

Otomatik Modüler Yüksek Verimli Ekzopolisakkarit Tarama Platformu Oldukça hassas Karbonhidrat Parmak İzi Analizi ile birleştiğinde (Video) | JoVE Journal

Otomatik Modüler Yüksek Verimli Ekzopolisakkarit Tarama Platformu Oldukça hassas Karbonhidrat Parmak İzi Analizi ile birleştiğinde

Daha fazla video keşfet