Name: Gelişim Süreçleri İzleme ve nicel C. elegans Açık kaynak Araçlarını Kullanma (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-12-16T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 41 s
Description: Öğrenin, C. elegans gelişim süreçlerini açık kaynak IMOD ve NDR araçlarıyla izleme ve nicel analiz yöntemlerini. 3D hücre şekli modelleme ve kortikal akış analizi için uygulanabilir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yok.

C hazırlanması 1. elegans Embriyolar Zaman atlamalı Mikroskopi mikroboncukları kullanılarak <ol><li> M9 tampon bir damla içine bir solucan seçim (platin tel) kullanılarak gebe erişkin solucanlar aktarın ve şiddetle ajitasyon ve daha sonra bir diş çekme / pipet üzerine monte edilmiş bir göz boşluğunu kullanarak M9 bitişik düşüş her solucan aktararak, ilk tarafından bakterileri temizlemek ya da sivri uçlu bir cam kılcal kullanın. </li><li> , HPO 4, 5 g NaCl M9 tamponu (1 L M9 tamponu 3 g KH 2 içeren PO 4, 6 g 2 Na 20 mikron çapında polistiren tanecikler 10 kat ihtiva eden bir dispersiyon ile seyreltilir ve otoklavlama (20 dakika, 120 ° sonra, C)), 1 M MgSO 4 çözeltisi ilave 1 ml. </li><li> İnce cam kapiller her türünden ağız pipet olun (örneğin, nokta kılcal veya kılcal enjeksiyon iğneleri çekmek için kullanılan eritme), kauçuk, silikon veya benzeri malzeme boru (ideal transparan) bir kabaca 0.5 m uzunluğunda bir parça, 200 ulPipet, 200 ul PCR tüp kapağı küçük enjektörler için bir hidrofobik filtre (örn., bir 0,2-0,45 mikron gözenek büyüklüğü ve 15-50 mm çapında bir Naylon, PTFE ya da benzer malzeme filtre) ve 1000 ul pipet . Ağız pipet Bu tür hiçbir biyolojik materyal deneyci ile temasa olanak sağlıyor. </li><li> Tüp içine ilk ucu ile 200 ul pipet takarak pipet birleştirin ve kullanılan kılcal çapı eşleşen bir merkezi perforasyonu olan PCR tüp kapağı takın. Bir çok işaret tığ veya preparat, iğne delikleri oluşturmak için de kullanılabilir. </li><li> Ince kılcal çizin ve perforasyon takın. Hortumun diğer ucunu filtreyi takın ve (Şekil 1) ağız parçası olarak 1000 ul pipet yerleştirin. </li><li> Temiz bir jilet veya neşter ile vulva enine solucanlar keserek gravid yetişkin parçalara ayır. NOT: Genellikle, birçok embriyolar, e olacakkesim sonrası xpulsed. Erken embriyolar gerekli Ancak, bazen bir göz boşluğunu veya sivri iğne kullanılarak karkas serbest gerekir. </li><li> Ağız pipet kullanarak bu damla içine 24x60 mm kapak cam ve transfer embriyolar üzerine seyreltilmiş polistiren boncuk dağılım (~ 4 ul) Pipet bir damla. </li><li> Dikkatle küçük (örneğin, 18x18 veya 20x20 mm) yerleştirmek damla üstündeki cam kapak ve damla tamamen yayılmış olduğundan emin olun. NOT: damla aynı zamanda küçük cam kapak kenarlarına dokunmak yeterli değil küçük olmalıdır. </li><li> Sıvılaştırılmış vazelin ile montaj Seal. 24x60 mm kapak kayma tarafındaki daldırma petrol bir damla ekleyin ve &#39;Time-lapse mikroskopi&#39; bölümüne geçin. </li></ol> Yetişkin C&#39;lik 2. Hazırlık elegans Hayvanlar Time-lapse Mikroskopi Nanobeads kullanarak NOT: Genel olarak, yetişkin hayvanların montaj için protokol ref gelen protokol bir uyarlamasıdır. 18.Bu protokol ile, yetişkin hayvanların uzun vadeli time-lapse konfokal mikroskopi gerçekleştirmek mümkündür. <ol><li> Bir% 1.5 hazırlama M9 tampon agaroz çözeltisi (ağ / hac), kaynatma (1 dakika, su banyosu ya da mikrodalgada 100 ° C). Bu bağırsak ve / veya gonad parçalarının ekstrüzyon yol açabileceği için agaroz yüksek konsantrasyonlarının kullanılması tavsiye edilmez. </li><li> İki mikroskop lamı her üzerine bant 2-3 katmanları aşağı sopa. Bant ile iki slaytlar arasındaki bant olmadan bir slayt yerleştirin. </li><li> Bir pipet kullanın ve orta slayt merkezinde sıcak agaroz çözüm bir damla yerleştirin. Her tarafta teyp katmanları tarafından desteklenen, böylece hızlı bir şekilde damla üzerine başka bir slayt yerleştirin. Bu yaklaşık 10 mm çapında yuvarlak ve düz ağar pad yaratacaktır. </li><li> Ped üzerine (v) a / a (% 2.6 seyreltilmemiş), 100 nm boncuk çözeltisi bir damla koyun. Bir solucan çekme ile damla içine 1-10 temizlenmiş erişkin solucanlar aktarın. Prot açıklandığı gibi 18x18 mm kapak cam ve vazelin ile Sealocol 1. </li></ol> 3. Time-lapse mikroskopi <ol><li> Mikroskop lamı veya kapak cam sandviç üzerine daldırma petrol bir damla koyun. Numuneyi bulmak için düşük büyütme (5x veya 10x lensler) de aydınlık kullanın. NOT: (örn C. elegans embriyolar için özellikle) mümkün olduğunca mavi ışık, maruz kalma sınırlandırın / bulmak numune odak yerine aydınlık kullanmak için epi-floresan mikroskobu kullanmayın. </li><li> Yüksek büyütme (40x veya 60x hedefler) olarak değiştirin, (merkezi düzlemi veya satın alma yazılımına bağlı olarak numunenin üst / alt uçakları ya) odak noktası haline getirmek numune. </li><li> 1 mikron aralıklarla 30 uçakları örnekleme aralıklarını ayarlama her 1dk kaydedildi. Otomatik karboksi- veya xyz aşamalı mevcut durumda, birden fazla noktalar tek oturumda kaydedilebilir. Floresan görüntüleme geçin ve tekrar odağı kontrol ediniz. NOT: biraz daha uzun pozlama süreleri kullanmak yerine, yüksek lazer yetkilerini kullanarak kaçınınÇok düşük yoğunluklarda. Tedbir dinamikleri aralığı bitkiler doygunluk önlemek için görüntü elde etme programında veya ImageJ ya hemen görüntüleri elde ve aynı zamanda aşırı radyasyona maruz demektir. </li><li> Time-lapse serisi kaydetmeye başlayın. NOT: eserler analiz dışlamak örnek taraması arasındaki uzun (3-10 dk) zaman aralıklarında ile başlar ve yavaş yavaş istenilen aralıklarda temporal örnekleme arttırmak. Istatistiksel bir analiz gerçekleştirirken her iki durumda da gelişimsel zamanlaması olarak bitiş noktaları benzer olmalıdır. Ayrıca, fototoksisite ve hayatta kalma oranlarını değerlendirmek genellikle gereklidir. Bu nedenle, uzun vadeli time-lapse mikroskobu sonra montaj gelen numune kurtarmak ve canlı / geliştirmeye devam olmadığını kontrol edin. </li></ol> 4. iMod sahip bir 3D Hücre Şekli modeli Yeniden NOT: http://bio3d.colorado.edu/imod/: iMod yazılım iMod web sayfasından edinilebilir. Yazılımın kurulumu tarif olduğunuOrada d. Windows işletim sistemi kullanırken, bir Unix araç da iMod web sayfasında bir paket olarak bulunabilir, hangi yüklü olması gerekmektedir. Ayrıca, iMod web sayfasında (http://bio3d.colorado.edu/imod/doc/3dmodguide.html) kullanılabilir bir mükemmel derlenmiş 3dmod giriş var. <ol><li> Unix kabuk açın ve &quot;iMod&quot; yazın. IMod penceresi açılacaktır. 3D modelini oluşturmak için hangi ham veri (ideal bir yığılmış tif veya benzeri) ile dosyayı seçin. </li><li> Bilgi penceresini (yukarı ve kaydırma aracı aşağı) kullanarak Zap penceresindeki nesnelerin alt ve üst bulun. </li><li> Hücre özetliyor izleme başlayın. Önemli olarak, her bir hücre, bir amacı olduğundan emin olun. Her hücrenin üst düzlemi ile başlayın ve bilgi penceresini kullanarak ilk orada kontur oluşturmak. Z aşağı kaydırın ve her z-düzlemi için yeni bir kontur oluşturmak. </li><li> 3D modellemek için gerektiği kadar hücreler için de aynı işlemi yapın. Yeni hücre ile başlarken yeni bir nesne oluşturmak için unutmayın. NOT: kontur izleme ve birkaç yararlı eklentileri için birçok farklı yolu vardır. Ayrıntılar için iMod web sayfası ve çevrimiçi öğreticiler ziyaret ediniz. Burada gösterilen durumda, varsayılan ayar olarak kullanılmaktadır. </li><li> Nesneleri ve konturları incelemek için &quot;Model View&quot; penceresini açın. </li><li> &quot;Nesneler&quot; - &quot;Model View&quot; araç çubuğunda &quot;Edit&quot; seçeneğini seçin. İlgili düzenleme penceresi açılacaktır. </li><li> &quot;Veri türü Beraberlik&quot; ve &quot;Çizim stili&quot; olarak &quot;Fill&quot; olarak &quot;Mesh&quot; i seçin, doldurulmuş ve kapatılmış nesneler olarak hücreleri model. Pencerenin sol alt köşesindeki kaydırılabilir seçiminde &quot;mesh başlıklı yazımıza&quot; butonuna tıklayın. Alt sağdaki seçiminde seçenek &quot;Cap&quot; seçeneğini işaretleyin. Gerekli olduğu kadar çok nesne kontrol ve &quot;All Mesh&quot; i tıklayın. Program konturları yığınları katı nesneler üretecektir. Z-örnekleme faktör &quot;Görünüm&quot; penceresinde &quot;Z-ölçek&quot; değiştirilerek ayarlanabilir. </li><li> Taşı / 3D objec döndürmekt (&quot;Edit&quot; - &quot;Görünüm&quot;) ve anlık veya film kaydetmek (&quot;Dosya&quot; - &quot;Yakala Tiff olarak ...&quot; ya da &quot;Film / Montage&quot;). </li></ol> Endrov 5. Takip floresan etiketli Yapılar NOT: Hücre tanımlama (örn H2B, PH-PLC-d1) ve bir hücre bölünmesi kalıntı işaretleyici (örneğin bir nükleer ya da plazma zarı işaretleyici ile bir gerginlik kullanmak, hücre bölünmesi kalıntılarını izlemek için, nmy-2, In ZEN-4 ). Nükleer ya da plazma membranı markör hücre bölünmesi-yapı artık kısmının devraldığı hücre belirlemek önemlidir. <ol><li> Hızlı yükleme ve kullanım kolaylığı için, ham veri (ImageJ, örneğin) bir tiff dosyası dönüştürülecek vardır. Sonra, açık Endrov ve dosyayı yüklemek Dosya menüsünden &quot;Load dosyası&quot; seçeneğini seçerek analiz edilecek. Araç çubuğunda &quot;2B izleyici&quot; ikonuna tıklayın. </li><li> Sağ alt köşede (&quot;Fit aralık&quot; ikonuna mavi simgesine tıklayarak histogram ayarlayınEndrov ekranın). &quot;Filename&quot; - - &quot;ImageSet&quot; - için &quot;Veri&quot; giderek XYZ-çözünürlük ayarlayın &quot;Kanal&quot; - &quot;XYZ-çözünürlüğünü ayarla&quot;. X ve Y, çözünürlüğü 0.2 um ise, örneğin X, Y ve Z, 5, 5, 1 değerlerini yazın ve Z her 1 um örnek </li><li> Çekirdekleri eklenmesi için, ilgi düzlemine taşımak ve &quot;2D görüntüleyici&quot; üzerine tıklayın. Açılan menüden &quot;Lineage&quot; seçin ve &quot;Yeni soy&quot; seçeneğini seçin. </li><li> Tıklayıp çekirdeği üzerinde sürükleyerek, bu işaretlenebilir. Çekirdeği adlandırmak için, sağ tıklayın ve açılan menüden &quot;parçacık yeniden adlandırın&quot; seçeneğini seçin. Artırmak veya çemberin çapını azaltmak için, işaretli daire solunda görünen ok simgesine sürükleyin. Çekirdeğin merkez düzlemi işaretlemek için, sağ ikonuna tıklayın. Plazma zarı işaretleyici kullanırken, büyük bir küre hücrelerinin en kapsayacak çizilebilir. </li><li> Zaman ve düzlemde devam etmek için, &quot;Frame&quot; ve &quot;Z&quot; seçimAlt araç çubuğu seçeneklerini. Bir dahaki sefere noktasına gittikten sonra, buna göre çekirdeği işaret dairenin konumunu ve boyutunu ayarlayın. Paletli Hücre bölünürken kadar bu işlemi tekrarlayın. </li><li> Bir hücre bölünmesi olduğunda, kızı çekirdekleri işaretlemek ve &quot;Lineage izleyicinin&quot; geçin. Bu üst araç çubuğundaki &quot;Windows&quot; ikonuna tıklayarak seçilebilir. Mark aynı anda her üç çekirdek, üst araç çubuğundaki &quot;Lineage&quot; seçeneğine gidin ve &quot;Ortak üst&quot; seçeneğini seçin. </li><li> Hücre izleme bittiğinde, izleme için hücre bölünmesi kalıntısını işaretleme kanala geçin. Kanal değiştirmek için, araç çubuğunun sol alt köşesinde dosya adının üzerine tıklayın. Çekirdek için yukarıda tarif edildiği gibi, hücre bölünmesi, kalan (ya da başka bir yapı) takip edilebilir. </li><li> &quot;Lineage&quot; - - &quot;Düzenle&quot; ve düzenlenebilir olacak soy numarasına tıklayın kapattıktan sonra yazılımı dönen zaman, &quot;2D Viewer&quot; gitmek gerekir. </li&gt; </ol> 6. PIVlab ile Kortikal actomyosin Akış Analizi NOT: PIVlab bir serbestçe kullanılabilir yazılım: http://pivlab.blogspot.de/; o PIVlab_GUI yazarak Matlab komut satırı ortamında çağrılabilir. PIVlab ile çalışırken, bu ayrı bir klasörde görüntü serisini kaydetmek için tavsiye edilir. <ol><li> &quot;Dosya menüsünden&quot; yeni bir oturumu başlatın. &quot;Load görüntüleri&quot; düğmesine tıklayarak görüntü dosyaları yükleyin. </li><li> , Sıralama tarzı 1-2, 2-3, seçin ... ve istenen görüntülerin dizisini içeren dizine gidin. Görüntüleri seçin ve &quot;Ekle&quot; butonuna ve ithalat üzerine tıklayın. </li><li> &quot;Analizler ayarları&quot; gidin ve &quot;Dışta (ROI, Maske)&quot; seçeneğini seçin. Alternatif olarak, basın &quot;Ctrl + E&quot;. Görüntü / s (embriyo dışında yani alan) istenmeyen kısmını inaktive &quot;mevcut çerçeve için maske (ler) çizin&quot; düğmesini kullanın. </li><li> &quot;PIV ayarları&quot; seçeneğini seçin fr&quot;Analizler ayarları&quot; menüsünü om. Alternatif olarak, basın &quot;Ctrl + S&quot;. İstenilen PIV algoritması olarak &quot;FFT penceresi deformasyon&quot; seçiniz. NOT: Hızlı Fourier dönüşümü (FFT) hesaplama maliyetini düşürür ama sinyal iyi gürültü üzerinde çalışılan ve parçacıkların deplasman (6.5 bakınız) analiz yarım geçiş alanını aşmadığı takdirde önerilen tek edilir. </li><li> Sonraki görüntüler arasında yoğunluk çapraz korelasyon sorgulama alanı üç geçer, aşağıdaki değerleri girin: 1 Pass: Sorgulama 64 piksel alanını 32. Geçidi 2 bir adım: Sorgulama 32 piksel alanı 16 bir adım . açılır menüsünden Pencere deformasyon &quot;doğrusal&quot; i seçin. Sub-pixel deplasman tahmininde Gauss 2 * 3 sayılık yöntemini seçin. </li><li> Seç &quot;Analiz&quot; Analiz menü ve düğmesini kullanın bir analiz başlamak için &quot;tüm çerçeveleri analiz&quot;. </li><li> Sonrası işleme için &quot;&quot; Vektör doğrulama &quot;seçin; Post processing &quot;menüsü ve 7 standart sapma (STDEV&#39;leri) filtre eşiğini ayarlamak ve tüm kareleri için geçerlidir. </li><li> &quot;Konu&quot; menüsünden &quot;verileri değiştirmek / parametreleri türevi&quot; seçiniz. Açılan menüden &quot;Vektörler [px / çerçeve]&quot; seçeneğini seçin. Vektörler ve yüksek geçiren filtre düzgünlüğü ayarlayın ve tüm kareleri için geçerlidir. </li><li> Tüm çerçevelerin ortalama vektörleri hesaplamak 1 &quot;Kullanılan kareleri&quot; ayarlamak için: uç ve &quot;ortalama vektörleri Hesapla&quot; butonuna tıklayınız. </li></ol>

<ol><li>Sulston, J. E., Schierenberg, E., White, J. G., Thomson, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+embryonic+cell+lineage+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">The embryonic cell lineage of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Dev. Biol. 100 (1), 64-119 (1983).</li>
<li>Kimmel, C. B., Warga, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue-specific+cell+lineages+originate+in+the+gastrula+of+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Tissue-specific cell lineages originate in the gastrula of the zebrafish.</a> Science. 231 (4736), 365-368 (1986).</li>
<li>Nishida, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+lineage+analysis+in+ascidian+embryos+by+intracellular+injection+of+a+tracer+enzyme.+III.+Up+to+the+tissue+restricted+stage%5BTitle%5D)+AND+%22Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">Cell lineage analysis in ascidian embryos by intracellular injection of a tracer enzyme. III. Up to the tissue restricted stage.</a> Dev. Biol. 121 (2), 526-541 (1987).</li>
<li>Lee, T., Luo, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mosaic+analysis+with+a+repressible+cell+marker+for+studies+of+gene+function+in+neuronal+morphogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Mosaic analysis with a repressible cell marker for studies of gene function in neuronal morphogenesis.</a> Neuron. 22 (3), 451-461 (1999).</li>
<li>Livet, J., Weissman, T. A., Kang, H., Draft, R. W., Lu, J., Bennis, R. A., Sanes, J. R., Lichtman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transgenic+strategies+for+combinatorial+expression+of+fluorescent+proteins+in+the+nervous+system%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Transgenic strategies for combinatorial expression of fluorescent proteins in the nervous system.</a> Nature. 450 (7166), 56-62 (2007).</li>
<li>Fernandez, R., Das, P., Mirabet, V., Moscardi, E., Traas, J., Verdeil, J. L., Malandain, G., Godin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+plant+growth+in+4D%3A+robust+tissue+reconstruction+and+lineaging+at+cell+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Imaging plant growth in 4D: robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.</a> Nat. Methods. 7 (7), 547-553 (2010).</li>
<li>Olivier, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+lineage+reconstruction+of+early+zebrafish+embryos+using+label-free+nonlinear+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Cell lineage reconstruction of early zebrafish embryos using label-free nonlinear microscopy.</a> Science. 329 (5994), 967-971 (2010).</li>
<li>Kitajima, T. S., Ohsugi, M., Ellenberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+kinetochore+tracking+reveals+error-prone+homologous+chromosome+biorientation+in+mammalian+oocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Complete kinetochore tracking reveals error-prone homologous chromosome biorientation in mammalian oocytes.</a> Cell. 146 (4), 568-581 (2011).</li>
<li>Schrödel, T., Prevedel, R., Aumayr, K., Zimmer, M., Vaziri, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brain-wide+3D+imaging+of+neuronal+activity+in+Caenorhabditis+elegans+with+sculpted+light%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Brain-wide 3D imaging of neuronal activity in Caenorhabditis elegans with sculpted light.</a> Nat. Methods. 10 (10), 1013-1020 (2013).</li>
<li>Du, Z., Santella, A., He, F., Tiongson, M., Bao, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De+novo+inference+of+systems-level+mechanistic+models+of+development+from+live-imaging-based+phenotype+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">De novo inference of systems-level mechanistic models of development from live-imaging-based phenotype analysis.</a> Cell. 156 (1-2), 359-372 (2014).</li>
<li>Amat, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast%2C+accurate+reconstruction+of+cell+lineages+from+large-scale+fluorescence+microscopy+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Fast, accurate reconstruction of cell lineages from large-scale fluorescence microscopy data.</a> Nat. Methods. 11 (9), 951-958 (2014).</li>
<li>He, B., Doubrovinski, K., Polyakov, O., Wieschaus, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Apical+constriction+drives+tissue-scale+hydrodynamic+flow+to+mediate+cell+elongation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Apical constriction drives tissue-scale hydrodynamic flow to mediate cell elongation.</a> Nature. 508 (7496), 392-396 (2014).</li>
<li>Singh, D., Pohl, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coupling+of+rotational+cortical+flow%2C+asymmetric+midbody+positioning%2C+and+spindle+rotation+mediates+dorsoventral+axis+formation+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Dev.+Cell%22%5BJournal%5D)">Coupling of rotational cortical flow, asymmetric midbody positioning, and spindle rotation mediates dorsoventral axis formation in C. elegans.</a> Dev. Cell. 28 (3), 253-267 (2014).</li>
<li>Singh, D., Pohl, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+function+for+the+midbody+remnant+in+embryonic+patterning%5BTitle%5D)+AND+%22Commun.+Integr.+Biol%22%5BJournal%5D)">A function for the midbody remnant in embryonic patterning.</a> Commun. Integr. Biol. 7, e28533(2014).</li>
<li>Kremer, J. R., Mastronarde, D. N., McIntosh, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computer+visualization+of+three-dimensional+image+data+using+IMOD%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Struct.+Biol%22%5BJournal%5D)">Computer visualization of three-dimensional image data using IMOD.</a> J. Struct. Biol. 116 (1), 71-76 (1996).</li>
<li>Henriksson, J., Hench, J., Tong, Y. G., Johansson, A., Johansson, D., Bürglin, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Endrov%3A+an+integrated+platform+for+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Endrov: an integrated platform for image analysis.</a> Nat. Methods. 10 (6), 454-456 (2013).</li>
<li>Thielicke, W., Stamhuis, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PIVlab+-+Towards+User-friendly%2C+Affordable+and+Accurate+Digital+Particle+Image+Velocimetry+in+MATLAB%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Open+Research+Software%22%5BJournal%5D)">PIVlab - Towards User-friendly, Affordable and Accurate Digital Particle Image Velocimetry in MATLAB.</a> Journal of Open Research Software. 2 (1), e30(2014).</li>
<li>Kim, E., Sun, L., Gabel, C. V., Fang-Yen, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-term+imaging+of+Caenorhabditis+elegans+using+nanoparticle-mediated+immobilization%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Long-term imaging of Caenorhabditis elegans using nanoparticle-mediated immobilization.</a> PLoS One. 8 (1), e53419(2013).</li>
<li>Dickinson, D. J., Ward, J. D., Reiner, D. J., Goldstein, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+the+Caenorhabditis+elegans+genome+using+Cas9-triggered+homologous+recombination%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Engineering the Caenorhabditis elegans genome using Cas9-triggered homologous recombination.</a> Nat. Methods. 10 (10), 1028-1034 (2013).</li>
<li>Schonegg, S., Constantinescu, A. T., Hoege, C., Hyman, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Rho+GTPase-activating+proteins+RGA-3+and+RGA-4+are+required+to+set+the+initial+size+of+PAR+domains+in+Caenorhabditis+elegans+one-cell+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">The Rho GTPase-activating proteins RGA-3 and RGA-4 are required to set the initial size of PAR domains in Caenorhabditis elegans one-cell embryos.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104 (38), 14976-14981 (2007).</li>
<li>Schmutz, C., Stevens, J., Spang, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functions+of+the+novel+RhoGAP+proteins+RGA-3+and+RGA-4+in+the+germ+line+and+in+the+early+embryo+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Functions of the novel RhoGAP proteins RGA-3 and RGA-4 in the germ line and in the early embryo of C. elegans.</a> Development. 134 (19), 3495-3505 (2007).</li>
<li>Naganathan, S. R., Fürthauer, S., Nishikawa, M., Jülicher, F., Grill, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Active+torque+generation+by+the+actomyosin+cell+cortex+drives+left-right+symmetry+breaking%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Active torque generation by the actomyosin cell cortex drives left-right symmetry breaking.</a> Elife. 3, e04165(2014).</li>
<li>Kaletta, T., Schnabel, H., Schnabel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binary+specification+of+the+embryonic+lineage+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Binary specification of the embryonic lineage in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 390 (6657), 294-298 (1997).</li>
<li>Schnabel, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+cell+sorting+in+the+C.+elegans+embryo+defines+a+new+mechanism+for+pattern+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">Global cell sorting in the C. elegans embryo defines a new mechanism for pattern formation.</a> Dev. Biol. 294 (2), 418-431 (2006).</li>
<li>Murray, J. I., Bao, Z., Boyle, T. J., Waterston, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+lineaging+of+fluorescently-labeled+Caenorhabditis+elegans+embryos+with+StarryNite+and+AceTree%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">The lineaging of fluorescently-labeled Caenorhabditis elegans embryos with StarryNite and AceTree.</a> Nat. Protoc. 1 (3), 1468-1476 (2006).</li>
<li>Giurumescu, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+semi-automated+analysis+of+morphogenesis+with+single-cell+resolution+in+complex+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Quantitative semi-automated analysis of morphogenesis with single-cell resolution in complex embryos.</a> Development. 139 (22), 4271-4279 (2012).</li>
<li>Dejima, K., Kang, S., Mitani, S., Cosman, P. C., Chisholm, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Syndecan+defines+precise+spindle+orientation+by+modulating+Wnt+signaling+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Syndecan defines precise spindle orientation by modulating Wnt signaling in C. elegans.</a> Development. 141 (22), 4354-4365 (2014).</li>
<li>Schnabel, R., Hutter, H., Moerman, D., Schnabel, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+normal+embryogenesis+in+Caenorhabditis+elegans+using+a+4D+microscope%3A+variability+of+development+and+regional+specification%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Assessing normal embryogenesis in Caenorhabditis elegans using a 4D microscope: variability of development and regional specification.</a> Dev Biol. 184 (2), 234-265 (1997).</li>
</ol>

CP laboratuvarındaki araştırmalar Deutsche Forschungsgemeinschaft (EXC 115; 1756 İÇİN) ve LOEWE Araştırma Kümesi Ubiquitin Ağları. CP ayrıca Avrupa Birliği Çerçeve Programı 7 (Marie Curie Eylem Projesi 326632) tarafından da desteklenmektedir.

Geliştirme izleme nesnesi üzerinden, özellikle de nükleer takibi, bu C merkez desenlendirme mekanizmaları aydınlatmak mümkün olmuştur elegans 1,23,24 Embriyogenez. Yüksek verim için bu stratejiyi genişletilmesi, ek desenlendirme kurallarını ortaya çıkarmak için ve desenlendirme anlamak için nasıl bir yöntem de novo 10 kuralları önermek son zamanlarda mümkün olmuştur. Birçok mutantlar için, ancak, kesin desen kusurları hala bilinmemektedir. Burada açıklanan yöntemler kendi...

Floresan proteinleri, genom mühendisliği, ışık mikroskobu ve bilgisayar yumuşak ve donanım sürekli iyileştirmeler ile, benzeri görülmemiş uzay-zamansal çözünürlükte birçok model organizmaların gelişimini kaydetmek artık mümkün. Bu araştırmacılar, daha önce ele olamazdı soru sormak ya da gözden kaçan yönlerini aramak amacıyla bilinen gelişimsel süreçlerini tekrar verir. Bu ilerleme kapsamlı ölçümler ve istatistiksel analizlerle nicel modellere nitel, gayri modelleri dönüştürmeyi amaçlayan niceliksel gelişimsel biyoloji, alanını yol açtı. Takip hücreleri ve hücre içi yapıların embriyonik gelişim, sinir sistemi aktivitesi ya da hücre bölünmesi 1-12 sayısal modeller elde etmek mümkün kıldı. C. erken gelişimi sırasında hücre bölünmesi kalıntılarını takip ederek elegans embriyo, biz onlar stereo takip ettiklerini ortaya geçenlerde olabiliryolunu yazdığınız ve oluşturan önemli polarize 13,14 faktörleri. Burada protokoller nicel gelişim biyolojisi olmayan uzmanlar için erişilebilir yaklaşımlar yapmak sunulmuştur. Odak standart konfokal mikroskopi ve bilgisayarlara erişimi olan herhangi bir laboratuvarda uygulanabilir üç düz ileri, serbestçe kullanılabilir araçlar üzerinde yatıyor. Bunlar 3D cep şekiller oluşturmak için bir protokol, hücre bölünmesi kalıntıları izlemek için bir protokol ve kantitatif kortikal actomyosin dinamiklerini açıklamak için bir protokol bulunmaktadır. Nematod C. elegans örnek teşkil eden bir durum olarak kullanılır, bununla birlikte, burada tartışılan yöntem ve araçlar gibi diğer biyolojik örneğin bir model, kültürlenmiş hücreler, doku eksplantlarında, organoids ya da küresel cisimler, için diğer embriyolar, soru çeşitli uygundur Genel olarak, burada gösterilen analizler bazıları da (http://imagej.nih.gov/ij/docs/index popüler açık kaynak aracı ImageJ ile gerçekleştirilebilir.html; veya FIJI, farklı kantitatif analizler için birçok eklentileri mevcut olduğu ImageJ sürümünü, http://fiji.sc/Fiji) &#39;piller dahil&#39;. Ancak, programları burada tartışılan belirli sorunları çözmek için tasarlanmıştır. İlk olarak, iMod, bir görüntü işleme, modelleme ve görüntü paketi elektron ve ışık mikroskopisi 15 seri bölümlerinin 3 boyutlu rekonstrüksiyon için kullanılabilir. IMod ayrıca herhangi bir yönlendirme 3D veri görüntüleme için araçlar içerir. İkincisi, Endrov, ImageJ eklenti uyumluluğu 16, ağlar ya da uzun bir eklenti mimarisi temelinde (diğerleri) parça görüntü analizi, veri işleme ve açıklama yapmak için tasarlanmış bir Java programı. 140 üzerinde görüntü işleme operasyonları ve model ve ham veriler ayrı ayrı sergilendiği bir uzayabilir kullanıcı arayüzü içerir. Onun kaynak kodu https://github.com/mahogny/Endrov bulunabilir. Üçüncü olarak, PIVlab bir MNitelik ve nicelik parçacık akış alanları 17 analiz için izin verir dijital parçacık görüntü velosimetri için ATLAB aracı. Bu programların kullanımı İşleme Toolbox (http://mathworks.com) Resmi içeren bir MATLAB lisansı gerektirir. PIVlab kantitatif akışını tanımlamak için tasarlanmış bir programdır. Bu görüntü çift veya seri içindeki hız dağılımı, büyüklüğü, girdap, sapma veya kesme hesaplar. Bunun için, en olası partikül deplasman elde etmek için bir görüntü çiftinin (protokol bölümü olarak adlandırılır &#39;geçer&#39;) görüntülerin küçük alanları çapraz korelasyon göstermektedir. Bu çapraz-korelasyon doğrudan çapraz korelasyon sırasında veya bir hızlı Fourier transformasyonunu (FFT), kullanılarak boşluk veya frekans alanında analiz edilebilir bir ilişkiyi gösteren bir tablo ortaya çıkarır. Burada kullanılan ekipman Nipkow (&#39;iplik&#39;) diske, bir EMCCD, 488 ve 561 nm standart katı-donatılmış bir ters mikroskophal lazerleri ve yağ veya su daldırma hedefleri apochromat 20x hava veya 40x veya 60x planı /. Ancak, diğer görüntüleme yöntemleri ile time-lapse görüntüleme gerçekleştirmek mümkündür, örneğin, nokta-, içini kaplamak veya deconvolution veya yapılandırılmış kombine sac tarama lazer tabanlı mikroskopisi, çoklu foton mikroskopi yanı sıra epi-floresan mikroskopi aydınlatma. Bir Nipkow disk sistemin kullanılmasının avantajı bir akış modu (sürekli hareket ve z boyutunda nesnenin tarama) mevcuttur, özellikle son derece hızlı görüntü elde etme olduğunu. Buna ek olarak, çözünürlüğünü artırmak için, EMCCD önünde bir 1.5 kat büyütme genişletici kullanılabilir.

<table><tbody><tr><td>Stereo mikroskop</td><td>Motic/VWR</td><td>OT4005S</td> Poliboncuk Polistiren Mikrokürelerin <td>diseksiyonu ve montajı için stereo mikroskop</td></tr><tr><td>,&nbsp;</td><td>Polysciences</td><td>18329</td><td>Embriyo montajı</td></tr><tr><td>20 & mikro; m</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Poliboncuk Polistiren Mikroküreler,&nbsp;</td><td>Polysciences</td><td>876</td><td>Yetişkin hayvan montajı</td></tr><tr><td>0.1 ve mikro; m</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mikroskop slaytları</td><td>VWR</td><td>631-0902</td><td>Yetişkin hayvan montajı</td></tr><tr><td>Kapak camı 18x18 mm</td><td>VWR</td><td>631-1331</td><td>Embriyo/yetişkin montajı</td></tr><tr><td>Kapak camı 24x60 mm</td><td>VWR</td><td>631-1339</td><td>Embriyo montajı</td></tr><tr><td>Neşter</td><td>VWR</td><td>233-5455</td><td>Embriyo diseksiyonu</td></tr><tr><td>Silikon boru</td><td>VWR</td><td>228-1501</td><td>Ağız pipeti için hortum</td></tr><tr><td>30 mm PTFE membran filtre</td><td>NeoLab</td><td>Jul-01</td><td>Ağız pipeti için filtre</td></tr><tr><td>Kılcal tüpler</td><td>VWR</td><td>621-0003</td><td>Ağız pipeti için pipet ucu</td></tr><tr><td>Vazelin</td><td>Roth</td><td>E746.1</td><td>Embriyo/yetişkin montajı</td></tr><tr><td>Agar</td><td>Roth</td><td>5210.5</td><td>Yetişkin hayvan montajı</td></tr><tr><td>Potasyum-di-hidrojenfosfat</td><td>Roth</td><td>P018.2</td><td>M9 tampon</td></tr><tr><td>Di-sodyum-hidrojenfosfat</td><td>Roth</td><td>P030.2</td><td>M9 tampon</td></tr><tr><td>Sodyum klorür</td><td>Roth</td><td>3957.1</td><td>M9 tampon</td></tr><tr><td>VisiScope İplik Eğirme Diski Konfokal Sistem</td><td>Visitron Systems</td><td>n/a</td><td>Konfokal mikroskopi</td></tr></tbody></table>

gelişim süreçleri İzleme ve nicel<em&gt; c. elegans</em&gt; açık kaynak araçlarını kullanma

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Kantitatif gelişimsel süreçleri yakalayan mutant fenotipleri belirlemek ve tanımlamak için mekanik modelleri ve anahtarı türetmek için çok önemlidir. İşte protokoller embriyo ve yetişkin C hazırlamak için sunulmuştur elegans kısa ve uzun vadeli time-lapse mikroskopi için hayvanlar ve gelişim süreçlerinin takibi ve ölçümü için yöntemler. Sunulan yöntemlerin hepsi C dayanmaktadır kolay kullanılan mikroskop sistemi bağımsız herhangi laboratuvarda uygulanabilir Caenorhabditis Genetik Merkezi&#39;nden edinilebilir ve açık kaynak yazılımına elegans suşları. Modelleme yazılımı iMod kullanarak 3D hücre şekli modeli bir imar,-floresan etiketli hücre içi yapılar çok amaçlı görüntü analiz programı Endrov ve PIVlab kullanarak kortikal kasılma akışının analizi kullanılarak manuel izleme (Time-Çözülmüş Dijital görüntüleme ölçümleri MATLAB Aracı) gösterilmektedir. Bu t bu yöntemler de dağıtılabilir nasıl tartışıldıo kantitatif vezikül akışının izleme izleme farklı modelleri, örneğin, hücre izleme ve soy diğer gelişimsel süreçleri yakalamak.

Protokolleri 2, 3, ve 4, yabani tip C. gonadlar zaman atlamalı görüntüleme kullanılarak elegans yetişkin yapılır (soy OD58 (unc-119 (ED3) III; ltIs38 [pAA1, pasta-1 :: GFP :: PH (PLC1delta1) + unc-119 (+)]), bir tohum çizgisi promotörden bir membran işaretleyici ifade ). Gonad dönüş odaklanarak, germ hücrelerinin bir 3D model mikroskopi verileri (Şekil 2) oluşturulur. Bu model, hücrelerin geçiş proksimal kol distal formu ise hücre boyutu değişiklikleri analiz etmeyi sağlar rachis organ...

Burada C. elegans'ta gelişimsel süreçlerin nasıl izleneceği ve nicelleştirileceği gösterilmektedir. Sunulan yöntemler, kolayca uygulanabilen açık kaynaklı araçlara dayanmaktadır. 3B hücre şekli modellerinin nasıl yeniden yapılandırılacağı, hücre altı yapıların manuel olarak nasıl izleneceği ve kortikal kasılma akışının nasıl analiz edileceği gösterilmiştir.

Gelişim Süreçleri İzleme ve nicel<em&gt; C. elegans</em&gt; Açık kaynak Araçlarını Kullanma

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here ...

Görüntü analiz yazılımı ve gelişimsel biyoloji kullanımının genel amacı, biyolojik süreçlerin mekanistik modelleri için nicel veriler elde etmektir. Bu yöntem, mutant fenotiplerin nicel olarak nasıl analiz edilebileceği gibi gelişimsel biyolojideki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu metodolojinin temel avantajı, araştırmacılara biyolojik süreçlerdeki ve gelişimsel fenomenlerdeki değişiklikleri tarafsız bir şekilde belirleme imkanı sağlamasıdır.Bu yöntem, deniz hıyarı gelişimi ve morfogenezi hakkında bilgi sağlamak için kullanılabileceği gibi, josepha gibi diğer model organizmalara da uygulanabilir. IOD ile hücre şeklinin yeniden yapılandırılmasını laboratuvarımdaki doktora öğrencisi CINA Leman gösterecektir. IM MOD programını kurduktan sonra, eunuch shell'i açın ve IM mod penceresine Im mod yazın. 3D model oluşturmak için uygun ham verilerin bulunduğu dosyayı seçin ve zap penceresindeki nesnelerin alt ve üst kısımlarını belirlemek için bilgi penceresini kullanın.Bilgi penceresinde, her hücrenin üst düzleminde ilk konturu oluşturacak şekilde hücre dış hatlarını tekrar takip edin ve her hücre için yeni bir nesne oluşturmaya dikkat edin. Ardından Z ekseninde aşağı kaydırın ve her Z düzlemi için yeni bir kontur oluşturun ve ardından her hücre için yeni bir nesne oluşturun. Model için uygun sayıda hücrenin ana hattını belirledikten sonra, nesneleri ve konturlarını incelemek için model görünüm penceresini açın.Ardından model görünümü araç çubuğunda, düzenle ve nesneleri seçin. Tüm hücreleri dolu ve kapalı nesneler olarak modellemek için ilgili düzenleme penceresi açılacaktır. Çizim veri türü olarak mesh'i ve çizim stili olarak dolguyu seçin.Meshleme'ye tıklayın ve kapak (cap) seçeneğini işaretleyin. Ardından gerekli olan nesneleri seçin ve meshle'ye tıklayın. Program, kontur yığınlarından katı nesneler oluşturacaktır.Z örnekleme faktörünü gerektiği şekilde ayarlamak için görüntüleme penceresindeki Z ölçeğini değiştirin. Ardından düzenleme menüsü altında, floresan zaman atlamalı kayıtlardaki nesneleri izlemek için uygun şekilde hücrelerin anlık görüntülerini veya videolarını kaydederek 3D nesneleri döndürmek için görüntülemeyi seçin. İlk olarak NDR kullanarak ham verileri TIFF dosyasına dönüştürün.Ardından dosyayı açın. End drop kısmında, 2D görüntüleyici simgesini seçin ve veri menüsü altındaki histogramı ayarlamak için uyum aralığı simgesine tıklayın.Dosyayı, adı, görüntüyü, seti, kanalı seçin ve X, Y, Z çözünürlüğünü ayarlayıp X, Y ve Z değerlerini girin. Çekirdekleri etiketlemek için ilgilenilen düzleme gidin ve tekrar 2D görüntüleyiciyi seçin. Ardından açılır menüden soy ağacını (lineage) seçin ve yeni soy ağacı seçeneğini belirleyin.İşaretlemek istediğiniz çekirdeğin üzerine tıklayıp sürükleyin. Ardından çekirdeğe sağ tıklayın ve "particle" (partikül) yeniden adlandırma seçeneğini belirleyin. Açılır menüden partikül için bir isim girin ve ardından dairenin çapını değiştirmek için ok simgesini sürükleyin.Ardından, çekirdeğin merkezi düzlemini işaretlemek için sağdaki simgeye tıklayın. Daha sonra zaman ve düzlemde ilerlemek için alt araç çubuğundaki kare (frame) ve Z seçeneklerini belirleyin ve takip edilen hücre bölünene kadar çekirdeği işaretleyen dairenin konumunu veya boyutunu buna göre ayarlayın. Bir hücre bölünmesi gözlemlendiğinde, yavru çekirdekleri işaretleyin ve soy ağacına (lineage) geçmek için pencereler simgesine tıklayın.Görüntüleyici üç çekirdeği aynı anda işaretler ve soy hattı seçeneği altından ilgili ebeveyni seçer. Ardından tüm hücreler takip edildiğinde, dosya adına tıklanır ve kanala geçilir. Kortikal akışı parçacık görüntü hızı simetri yazılımı kullanarak nicel olarak analiz etmek için hücre bölünmesi kalıntısı işaretlenir.Yeni görüntü dosyalarını pif lab'a yükleyin ve sekanslama stilini seçin. 1, 2, 2, 3. Ardından, istenen görüntü dizisini içeren dizine gidin.Görüntüleri seçin ve içe aktarmak için ekle düğmesine tıklayın. Ardından analiz ayarları altından hariç tutmaları seçin. ROI maskesini ve kullan düğmesini seçin.Analiz ayarları altında, görüntülerin istenmeyen kısımlarını etkisiz hale getirmek için mevcut kareye maskeler çizin. Tekrar PIF ayarlarını seçin ve istenen PIF algoritması olarak hızlı Fourier dönüşümü pencere deformasyonunu belirleyin. Birinci geçiş için 64 piksel sorgulama alanı değeri, ikinci geçiş için ise 32 piksellik bir adım girin.Sorgulama alanı değerini 32 piksel, adım değerini ise 16 olarak girin. Ardından pencere deformasyonu açılır menüsünden linear seçeneğini belirleyin ve alt piksel yer değiştirme tahmini için Gaussian two by three point yöntemini seçin. Şimdi analiz menüsünden analyze seçeneğini ve ardından analyze all frames post-processing seçeneğini belirleyin; post-processing menüsünden vector validation seçeneğini seçin ve plot menüsünden tüm karelere yedi değerinde bir standart sapma filtresi eşiği uygulayın.Türetilmiş parametreleri seçin. Önce verileri, ardından vektörleri ve kare başına piksel sayısını değiştirin; vektörlerin pürüzsüzlüğünü ve yüksek geçiren filtreyi ayarlayın. Bu düzenlemeleri tüm karelere uyguladıktan sonra, kullanılan kareleri birden sona kadar olarak ayarlayın.Son olarak, az önce gösterildiği gibi görüntülenen vahşi tip C elegance yetişkinlerinin gonad kıvrımına odaklanan tüm karelerin ortalama vektörlerini ölçmek için ortalama vektörleri hesapla butonuna tıklayın. Mikroskopi verilerinden germ hücrelerinin 3D bir modeli oluşturulur; bu da iki renkli zaman ayarlı mikroskopi kullanılarak hücrelerin cus'un distal kolundan proksimal koluna geçişi sırasında meydana gelen hücre boyutu değişikliklerinin analiz edilmesine olanak tanır. Histon füzyon proteinleri ve NDR'deki kas dışı miyozin ile elde edilen modeller, hücre bölünmesi kalıntı kalıtımının stereotipik paternini örneklendirmektedir.Ayrıca, hat verilerinden her bir hücre L ve hücre bölünmesi kalıntısı için izler ve hücre bölünme zamanlamasıyla olan korelasyon bu deneyde elde edilebilir. Kortikal non-kas miyozin iki'nin yüksek zamansal çözünürlüklü kısa süreli zaman ayarlı mikroskopisi, beklendiği üzere vahşi tip ile Rho GTPaz aktive edici protein RGA üç'ü azaltılmış embriyolar arasındaki kortikal polarizasyon akışı dinamiklerindeki farkları değerlendirmek için gerçekleştirilmiştir. Vahşi tip embriyolardaki akış, ağırlıklı olarak embriyonun uzun ekseni boyunca gerçekleşmiştir.PIP analizinden kolayca anlaşıldığı üzere, RGA üç RNA interferans embriyosundaki akış bu eksene dikti. Karmaşık nesnelerin manuel segmentasyonu ve embriyonik gelişim sırasında hücre takibi konusunda uzmanlaşıldığında, hücre ve nesne takibi gerçekleştirilmeye çalışılırken, işlem uygun şekilde yapılırsa bu süreç birkaç saat içinde tamamlanabilir. Burada açıklanan üç aracı kullanırken, analiz sırasında nesneyi kaybetmemek için uygun zamansal çözünürlüğün ayarlandığını hatırlamak önemlidir.Değişkenlik hakkındaki soruları yanıtlamak veya sadece farklı embriyoları karşılaştırmak için istatistiksel analizler de yapılabilir. Kantitatif görüntü analiz yazılımlarının uygulanması, bizim ve bizim gibi diğer gelişim biyologlarının, gelişimin morfogenetik mekanizmalarını daha önce görülmemiş bir ayrıntı düzeyinde keşfetmemize olanak tanır. Bu videoyu izledikten sonra, kantitatif görüntü analizi gerçekleştirmek için çeşitli yazılım araçlarının nasıl kullanılacağı konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.

tracking-quantifying-developmental-processes-c-elegans-using-open

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Görüntüleme C. elegans Embriyolar Epifluorescent Mikroskop ve Açık Kaynak Yazılım

Biz kayıt ve sayısal bir video-hızı izleme mikroskop sistemi...

C. elegans Takip ve Davranış Ölçme

Bu videoda, bir arenada solucan hareketini kaydetmek için video ve izleme yazılımının kullanımı açıklanmaktadır. Örnek protokol, etanol maruziyetinin solucan hareketi üzerindeki etkisini ölçer.

C. elegans Hareket İzleme: Solucanlarda Hareketi Değerlendirmek İçin Bir Yöntem

Içinde isteğe bağlı hareket ikna etmek için bir yarı-otomatik mikro-elektro-akışkan...

On-talep Kantitatif Analiz için mikroakışkan tabanlı Electrotaxis<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; &#39;Locomotion

Protein agregatlarının prion benzeri yayılımı, son zamanlarda birçok nörodejeneratif hastalıkta rol oynadığı ortaya çıkmıştır. Bu protokolün amacı, nematod C. elegans'ın protein yayılımını izlemek ve prion benzeri olayları araştırmak için bir model sistem olarak nasıl kullanılacağını açıklamaktır.

Metazoan Model Organizma kullanma Serim ve toksisitesi prion-benzeri Proteinler incelenmesi<em&gt; ° C. elegans</em

Burada, bir çerçeve geniş menzilli diyet kısıtlaması gen ekspresyonu ve ömrü ile ilgili mevcut. Biz iletişim kuralları bu paradigma altında gen ekspresyonu kantitatif görüntüleme ve geniş menzilli diyet kısıtlaması için açıklar. Daha fazla bilgi işleme özellikleri genetik devrelerin temel gıda algılamalı içinde söz konusu ortaya çıkarmak için hesaplama analizleri anahat.

C. elegans gen ifade seviyeleri sırasında ömrü modülasyon altında geniş menzilli diyet kısıtlama tarafından kodlanmış bilginin bir miktar

Biz yüksek üretilen iş Caenorhabditis elegansbüyük popülasyonlarda fenotipik karakterizasyonu sağlayan geniş görüş alanı nematodunun izleme platformu (WF-NTP) kullanarak iletişim kurallarını açıklar. Bu protokoller mutant suşları veya yüksek ölçeklenebilir bir moda farmakolojik tedaviye yanıt ince davranış değişiklikleri tanımlamak için kullanılabilir.

Otomatik davranış analizi büyük C. elegans nüfus kullanarak bir geniş alan bakış açısı izleme platformu

Burada, nörogelişme sırasında tek hücreli dinamikleri anlamak için C. elegans embriyoları yaşayan yüksek çözünürlüklü mikroskobik, Hesaplamalı araçlar ve tek hücreli etiketleme kullanarak bir Kombinatoryal yaklaşım sunuyoruz.

İzotropik hafif levha mikroskobu ve otomatik hücre Lineage analizleri kataloğa Caenorhabditis elegans Embriyogenesis Subcellular çözünürlük ile

Bu çalışma, embriyogenezin 80-100 C.'de eşzamanlı 3Boyutlu hızlandırılmış görüntülemesine olanak tanıyan yarı-yüksek iş letme protokolünü açıklamaktadır. Ayrıca, veri çözümlemesi kolaylaştırmak için görüntü işleme ve görselleştirme araçları dahildir. Bu yöntemlerin özel muhabir suşları ile birleşimi embriyogenezin ayrıntılı olarak izlenmesini sağlar.

C. elegans Embriyonik Gelişimi Analiz Etmek Için Yarı-yüksek-throughput Görüntüleme Yöntemi ve Veri Görselleştirme Araç Seti

Burada, Caenorhabditis elegans embriyolarının hazırlanması ve monte edilmesi, 4D mikroskop altında gelişimin kaydedilmesi ve hücre soyunun izlenmesi için bir protokol sunuyoruz.

4D Mikroskopi: Nomarski Mikroskobu Kullanarak Caenorhabditis elegans Embriyonik Gelişiminin Çözülmesi

Bu çalışma, C. elegans complex I hastalığı gaz-1(fc21)solucanlarında, yani ZebraLab (orta verimli bir test) ve WormScan'da (yüksek verimli bir test) iki yarı otomatik lokomotor aktivite analizi yaklaşımı için protokoller sunar ve nematod davranışını ve entegre nöromüsküler işlevi ölçmek için çok çeşitli araştırma yöntemleri arasında karşılaştırmalı analiz sağlar.

Caenorhabditis elegans Mitokondriyal Hastalık Modellerinde Hayvan Aktivitesini Ölçmek için Deneysel Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi

Öğrenin, C. elegans gelişim süreçlerini açık kaynak IMOD ve NDR araçlarıyla izleme ve nicel analiz yöntemlerini. 3D hücre şekli modelleme ve kortikal akış analizi için uygulanabilir.

Gelişim Süreçleri İzleme ve nicel

Daha fazla video keşfet