Name: Et kimlik doğrulaması için peptidler Uygulanan MRM Kütle Spektrometresi kullanarak karışımlar türlerin belirlenmesi ve miktar tayini (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-09-20T08:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 26 s
Description: Öğrenin, MRM kütle spektrometrisi ile çiğ et karışımlarındaki türleri belirlemek ve miktarını tayin etmek için bu yöntemi. Gıda sahtekarlığı tespitinde hızlı ve güvenilir bir araç sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Gıda Araştırma Enstitüsü BBSRC Temel Stratejik Hibe fonlarından, BBSRC Projesi BB/J004545/1'den mali desteği kabul ediyoruz.

1. Proteoliz ve Referans Myoglobins analizi <ol><li> Referans myoglobins Proteoliz <ol><li> (- 25 mM amonyum bikarbonat içinde 0.5 mg / ml aralığı 0,2) 3, saflaştırılmış bir referans myoglobins çözeltilerini hazırlamak. </li><li> Aktarım 1 2 ml santrifüj tüplerine her numunenin ml&#39;lik eş payları. </li><li> Isı 30 dakika boyunca 95 ° C &#39;de sıcak bir blok numune ısıtılmasıyla ekstre proteinleri denatüre. bu sırada oda sıcaklığına ulaşana kadar, yaklaşık 15 dakika boyunca numune soğumaya. daha sonra, sindirimini arttırmak karıştırmak için üre (nihai konsantrasyon 0.5 M) 30 mg ekleyin. </li></ol></li><li> triptik proteoliz <ol><li> 25 mM amonyum bikarbonat içinde tripsin 1 mg / mL çözelti ve gerektiğinde buz üzerinde muhafaza edin. Tripsin yeterli hacim ekleme son enzim aktivitesi 420 BAEE olduğu (N-benzoil-L-arginin, etil ester hidroklorür) birim / ekstre mg protein, daha sonra yumuşak bir vorteks ile karıştırın ve 3 gece boyunca proteolyze izin örneğin7 ° C. </li><li> Proteoliz tamamlanmasını göstermek için sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforez (SDS-PAGE) 17 yapınız. </li></ol></li><li> Post-proteoliz numunenin Tuzdan arındırma <ol><li> 2: v: su ile v örnek 1 seyreltin. </li><li> bir polimerik ters faz etkinleştirir (RP) kartuş metanol 1 ml eklenerek 30 mg RP malzemesi ile doldurulmuş, daha sonra 1 ml% 1 formik asit ilave edilerek kartuşu dengeye. </li><li> yerçekimi altında kartuşun üzerine örnek yükleyin. </li><li> yerçekimi altında% 5 metanol /% 1 formik asit içinde, 1 ml ile yıkayınız. </li><li> yerçekimi altında 5 ul dimetilsülfoksit (DMSO) ile doldurulmuş 2 mL mikrosantrifüj tüpleri içine;: asetonitril / su, 1 ml (% 0.1 formik asit hac 90:10 h) ile peptidlerin elüt edilmesi. </li><li> Daha sonra 250 ul asetonitril / su içinde bir tortu çözülür, 120 dakika süre ile santrifüj buharlaştırıcı kullanılarak 50 ° C&#39;de vakum altında çözücüyü çıkarın (3:97 h: h;% 0.1 formik asit). </li><li> transferdüşük hacimli bir otomobil örnekleyici flakon çözüm. Not: Örnekler sıvı kromatografi kütle spektrometrisi (LC / MS) analizi için hazır olana kadar 4 ° C&#39;de saklanabilir. </li></ol></li><li> MRM geçiş listelerinin oluşturulması <ol><li> UniProt veritabanından farklı etler için miyoglobin dizileri bulun. </li><li> (Örneğin, Skyline) peptid ve geçiş tahmin yazılımı &#39;Hedef&#39; kutu içine miyoglobin dizileri girin. Gerekirse, kendi fragman listesini ortaya çıkarmak için bir peptid üzerinde gezdirin. </li><li> &#39;Ayarlar&#39; tıklayın ve &#39;Peptit Ayarlar&#39; seçeneğini seçin. Girdi sindirim için tercihleri ​​(yani tripsin) ve cevapsız bölünmeler sayısı (0). Özellikle, ek parametreler için gerekli olan seçim butonu, peptid uzunluğu (6-25), N-terminal hariç tutma (0) ve (yok) amino asit modifikasyonları almıştır. </li><li> &#39;Geçiş Ayarları&#39; Ayarlar &#39;tıklayın ve seçin. tercihlerini seçmekLC / MS analizi için kullanılan alet türü. </li><li> &#39;İhracat&#39; tıklayın ve üretilen MRM geçişleri ve parametreleri içeren bir tablo oluşturmak için &#39;Geçiş Listesini&#39; seçeneğini seçin. </li></ol></li><li> LC / MS ile analiz <ol><li> yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC), otomatik örnekleyici, C18 çekirdek-kabuk HPLC sütunu (10 sm x 2.1 mm: İkili gradyan sistemi (h su (A) ve asetonitril (B)% 0.1 formik asit V ile her biri) ayarlama MRM algılama pozitif elektrosprey modunda çalışan bir üçlü dört kutuplu kütle spektrometresi bağlı 2.6 um parçacık büyüklüğü). </li><li> Veri toplama yazılımı (örneğin, Analist) &#39;de,&#39; Dosya &#39;ve&#39; Yeni &#39;seçin ve pop-up kutusu&#39; Edinim Yöntemi &#39;üzerine tıklayın ardından&#39; Tamam &#39;üzerine tıklayın. Not: Bu yeni bir LC / MS yöntemi kurulumu sağlayacak bağlı cihazların bir listesini içeren alet yöntemi düzenleyicisi açar. </li><li> &#39;İkili Pump &quot;ve i tıklayınTemel giriş 5 dakika boyunca 23 dakikada% 100 B&#39;ye artan akış hızı değeri (300 ul / dak) ve 22 dakika boyunca% 30 B% 3 B, bir ikili gradyan profili ayar tablosunda gradyan kez, yıkayın daha 6 dakika başlangıç ​​koşullarına ve yeniden dengeleme dönmeden önce. </li><li> &#39;Otomatik örnekleyici&#39; tıklayın ve enjeksiyon hacmi (5 ul) yerleştirin. &#39;İğne Yıkama Döngüsü&#39; etkinleştirin ve &#39;Yıkama Süresi&#39; (30 sn) girin ve &#39;Flush Bağlantı Noktası&#39; seçiniz. </li><li> &#39;Termostatlı Kolon Kontrolörü&#39; ve &#39;Kolon Fırını Özellikleri&#39; set &#39;Sol Sıcaklık&#39; ve &#39;Sağ Sıcaklık&#39; (40 ° C) tıklayın. </li><li> &#39;Kütle spektrometresi&#39; tıklayın ve ardından kaynak gaz koşullarını girmek için &#39;Edit Parametreleri&#39; tıklayın. &#39;Pozitif&#39; olarak &#39;MRM (MRM)&#39; ve &#39;Polarite&#39; olarak &#39;Tarama Tipi&#39; seçeneğini seçin. LC analizi için, toplam zamanı &#39;Dönem Özeti&#39; gidin ve &#39;Süresini&#39; girinD, dengeleme (35 dakika). </li><li> Tabloda sağ tıklayın ve masaya bu sütunları eklemek için &#39;Declustering Potansiyeli (DP)&#39; ve &#39;Çarpışma Enerjisi (CP)&#39; seçiniz. Geçiş listesi (adım 1.4.5 bakınız) oluşturulan bir tek et türü için, geçişler için tüm Q1, Q3, Zaman (msn), kimliği, DP ve CE değerlerini girin. Not: Saat (msn), bekleme süresi kütle spektrometresi her geçişi tarayarak harcadığı zamanı ifade eder, toplama olan 3 sn geçmemelidir. </li><li> Toplama Yöntemi dosyası (dosya uzantısı .dam) kaydedin. Not: - 1.5.8 Her et türü için tekrar edilmesi gerekir 1.5.2 adımları. Bu, aşağıdaki analiz için hazırlık ekran modunda her et türleri için tek bir yöntem dosyası oluşturur. </li><li> veri toplama yazılımındaki, &#39;Edinme&#39; tıklayın ve &#39;dengeye&#39; seçeneğini seçin. Açılan kutuda, enstrüman dengelenmesini başlamak için gerekli Toplama Yöntemi seçin. </li><li> ar örnek şişeleri koymakoto Örnekleyicide ack. </li><li> &#39;Dosya&#39; tıklayın ve &#39;Yeni&#39; ardından &#39;Edinim Toplu&#39; seçeneğini seçin. &#39;Örnek&#39; sekmesinde &#39;Örnekleri Ekle ardından&#39; Set &#39;seçeneğini seçin. numune sayısı analiz edilecek takın ve &#39;OK&#39; tıklayın. &#39;Edinim&#39; kutusuna açılır menüden analizi için kullanılacak yöntem dosyasını seçin. </li><li> Tabloda, &#39;Plaka Kodu&#39; seçin ve açılır menüden uygun tepsi yapılandırmasını seçin. sonra sağ tıklayın sütun başlığını &#39;Kodu Plaka&#39; ve &#39;Aşağı Doldur&#39; de sol tıklayın. &#39;Flakon Pozisyonu&#39;nda satırların otomatik örnekleyici her numunenin konumunu girin. </li><li> &#39;Veri Dosyası&#39; in edinimi için dosya adını girin, sütun başlığında sonra sol tıklama sağ tıklama ile takip ve &#39;Aşağı Doldur&#39; seçeneğini seçin. &#39;Örnek Adı&#39; numunelerin her kimlik analiz edilecek yerleştirin. Bir satın alma toplu iş dosyası olarak kaydet (dosya, extension .dab). </li><li> LC / MS analiz edilmesi gereken örnekleri vurgulamak &#39;Gönder&#39; sekmesini tıklayın. &#39;Gönder&#39; üzerine tıklayın. analiz başlamak için &#39;örnek başla&#39; Edinme &#39;ve tıklayın. Not: Her satın alma yöntemi tek et türün kromatograf tüm uzunluğu boyunca MRM geçişleri için tarar. Bir MRM edinimi için kütle spektrometresi ayarları enstrüman tipi ve peptit göre değişir. </li><li> veri görüntüleme yazılımı kullanılarak oluşturulan veri dosyaları görüntüleme. XIC (çıkarılan iyonları) ve tek bir öncü (Q1) için tüm parçaları (Q3 değerleri) vurgulamak Açılır listeden tıklayın. Yeni bir bölmesi sadece seçili geçişleri gösteren açılacaktır. </li><li> Bu, tek bir peptide karşılık gelmektedir çünkü aynı anda geçiş grupları için tutma süresi (Rt) kaydedin. </li><li> Her biri için kendi peptidler zirveleri atamak için geçişlerin her set için önceki iki adımı tekrarlayınEt türlerinin. </li><li> Tür tanımlamak temin edilmesi için uygun olan markör peptidleri kaydedin (örneğin, peptit HPGDFGADAQGAMTK, ön-madde: m / z = 752, RT = at için 12.0 dakika) nispi nicelik için müsait çift karşılık gelen oluşturan birlikte tutma süreleri ile, ve dikkat . Not: Örneğin, at işaretleyici peptit (ön-madde, m / z = 752) karşılık gelen bir sığır peptidi HPSDFGADAQAAMSK (ön-madde, m / z = 767, Rt = 13.2 dakika) sahiptir. </li><li> , Sırayla her et türleri için, veri görüntüleme yazılımı, et türlerinin tüm kucaklayan tek bir dinamik yöntem oluşturmak (1.5.8 belirli bir peptid atanan) her habercisi için XIC geçiş verilerini açmak için. </li><li> Sol tıklayarak seçilen tutma anda tepe kümede yakınlaştırmak ve küme altında imleci sürükleyerek. (Pik etikette sağ tıklayarak) en yoğun geçişler belirleyin. </li><li> El ile geçişler kayıtBir e-tabloda ve saklama süreleri. </li><li> LC / MS yazılımına yeni bir dinamik yöntem olarak parametreleri girmek için, &#39;Kütle Spektrometre&#39; tıklayın ve ardından kaynak gaz koşullarını girmek için &quot;Düzenle Parametreleri &#39;üzerine tıklayın. &#39;Pozitif&#39; olarak &#39;MRM (MRM)&#39; ve &#39;Polarite&#39; olarak &#39;Tarama Tipi&#39; seçeneğini seçin. </li><li> &#39;Dönem Özeti&#39; gidin ve (LC analizi ve dengeleme için toplam süre olarak ayarlanır) süreyi girin. Tabloda sağ tıklayın ve masaya bu sütunları eklemek için &#39;Declustering Potansiyeli (DP)&#39; ve &#39;Çarpışma Enerjisi (CP)&#39; seçiniz. Not: &#39;Zaman&#39; sütunu artık her geçiş için beklenen tutma süresi (dk) karşılık gelir. </li><li> LC / MS veri toplama yazılımı &#39;Düzenleme Parametreler&#39; bölümünde, &#39;Programlı MRM&#39; kutusunu işaretleyin. Q1, Q3, Süresi (dak), kimlik, elektronik tablo (1.5.21) &#39;de oluşturulan geçişleri için DP ve CE değerleri ve Devralma Yöntemi kaydetmek (fil girişie uzatma .dam). Not: Bu yöntem genellikle MRM sayısı her peptid için 4 en yoğun için geçişler ve gelişmiş hassasiyet ve veri kalitesini veren, sadece her peptit tepe tutma süresi penceresinde karşısında tarar azaltır. Bir &#39;dinamik&#39; yöntemi &#39;güdümlü tutma süresi pencere&#39; yöntemi, bazen denilen zamanlama olduğunu. </li></ol></li></ol> Kalibrasyon Örneklerinin 2. Hazırlama ve Analizler <ol><li> et karışımlarının ekstraksiyonu <ol><li> Daha önce, sonra bir toz haline dondurulmuş et kullanılarak, 15 ml plastik santrifüj tüplerine et ilgili miktarda (yaklaşık 300 mg toplam kütlesi) tartılarak et karışımlarının bir dizi hazırlar. </li><li> ekstraksiyon tamponu (pH 6.5 + 0.15 M fosfat tamponu, 0.15 M potasyum klorür) 4 ml. 30 saniye vorteksleyin. 250 devir / dakika ile 2 saat boyunca oda sıcaklığında bir laboratuar karıştırıcısı üzerinde ekstrakte edin. Not: devir / dk bir titreşimli hareketine karşılık gelir. </li><li> 2 ml aktarın2 ml mikrosantrifüj tüpü içine ekstrakte edin. 17,000 x g&#39;da 4 ° C&#39;de 5 dakika boyunca santrifüje. </li><li> Aktarım 200 ul 2 mi santrifüj tüplerine süpernatanın alikotlan (protein tahlili için küçük bir miktar saklı 2.2) ve bir santrifüj buharlaştırıcı kullanılarak kuru (önceden belirlenmiş bir program: 50 ° C, havalandırma ve 120 dakika süre ile). </li></ol></li><li> protein deneyi <ol><li> Aktarım, 96 gözlü bir levhanın gözleri içine üç kopya halinde ayrılmış süpernatan 7 ul tam bölünen miktarları (2.1.4). </li><li> Aktarım üç kopya halinde Protein standartlarının bir dizi 7 ul alikotları, aralık 0-1,0 mg / ml sığır serumu albümini (BSA), aynı 96 plaka. </li><li> Her bir oyuğa, Coomassie protein tahlili artı reaktif 200 ul ekle. </li><li> Görme numuneler kalibrasyon standartları aralığında olup olmadığını kontrol etmek için protein standartları ile örnek kuyuların renk karşılaştırın. Gerekirse bu aralıkta olur böylece, seyreltilmiş numune ile tekrarlayın. </li><li> st plaka bırakınve 3 dakika boyunca. </li><li> Bir derialtı iğne ile oluşmuş herhangi bir kabarcıkları patlamaya. </li><li> 595 nm&#39;lik bir dalga boyunda bir standart uç protokolü kullanılarak plaka okuyucusu üzerinde plaka analiz edin. </li><li> Protein standartlarının kalibrasyon verilerini kullanarak örneklerin protein konsantrasyonunu belirleyin. Not: Bu, triptik sindirimi kullanılan tripsin miktarının hesaplanması için gereklidir. </li></ol></li><li> et karışımlarının Proteoliz <ol><li> 25 mM amonyum bikarbonat solüsyonu, 1 ml Aşama 2.1.4 kurutulmuş tortu yeniden çözülmemiştir. Bir rotamixer üzerinde iyice karıştırın. </li><li> 1.3.7 adım 1.1.3 den protokolü uygulayın. </li></ol></li><li> LC / MS ile analiz <ol><li> Daha önce (adım 1.5.1) olarak LC / MS ayarlayın. </li><li> Et türlerinin hepsi birleştiren bir dinamik LC / MS yöntemi kullanır 1.5.24 de adımda oluşturulan satın alma yöntemi seçerek, ve için veri elde - Daha önce belirtildiği gibi, yeni bir satın alma toplu oluşturun (1.5.14 1.5.9 adımlar) Digested et örnekleri. </li><li> veri görüntüleme yazılımı tam kromatogram gösterir. sırayla belirlenen her bir geçiş için Xic görüntüler. Görme her küme böylece seçilen peptid varlığını teyit beklenen tutma anda çan şeklindeki zirvelerinden gerekli sayı içerir onaylayın. </li><li> Navigasyon bar &#39;kantitasyonu Yöntemi kurmak&#39; üzerine çift tıklayarak ilgi geçişleri her biri için pik alanları entegre görüntüleme yazılımı verileri kullanarak kantitatif gerçekleştirin. </li><li> &#39;Select Örnek&#39; bölmesinde &#39;Veri Dosyası&#39; ve &#39;Örnek&#39; seçeneğini bir &#39;analitlerin&#39; tablo oluşturmak için analiz edilecek. </li><li> entegre edilecek geçişler (analitler) ilk görüntülemek için &#39;Bütünleşme&#39; sekmesine tıklayın. </li><li> Geçişlerin listesinde açılan görüntülemek için &#39;analit&#39; kutusuna tıklayın. görüntülemek ve görsel doğru tepe entegrasyonu için seçilmiş onaylamak için sırayla her geçişi seçin. m&#39;yeodify veya entegrasyon, sol tıklama zorlamak ve hedef zirve üzerine imleci (bu yeşil vurgulanır) sürükleyin. &#39;Select Tepe&#39; butonuna tıklayın ve &#39;Uygula&#39; düğmesine tıklayın. </li><li> Bir yöntem dosyası (.qmf) olarak çalışma alanını kaydedin. Not: Bu örnek pik alanlarının izleyen hesaplamada bir kantitasyonu Yöntemi dosyası oluşturur. </li><li> Navigasyon çubuğundaki çift tık &#39;kantitasyonu Sihirbazı&#39;. &#39;Seçkin örnekleri&#39; penceresinde sonra, bir veya daha fazla &#39;Mevcut Örnekler&#39; tek bir &#39;Veri Dosyası&#39; seçerek &#39;kantitasyonu Set&#39; yaratmak. Seç &#39;İleri&#39; &#39;Seç Ayarlar ve Query&#39; kutusunu görüntülemek için. &#39;İleri&#39; &#39;Seç Yöntemi&#39; göstermek için seçin varsayılan ile bırakın. &#39;Yöntem&#39; kutu adımda 2.4.8 oluşturulan &#39;Entegrasyon Yöntem&#39; dosyayı seçin açılan, daha sonra &#39;Finish&#39; seçeneğini seçin. Not: Bu et karışımlarının kaynaklanan geçiş pik alanları da dahil olmak üzere bir &#39;Sonuçlar Tablo&#39; oluşturur. </li> &lt;li&gt; &#39;Sonuçlar Tablo&#39; (dosya uzantısı .rdb), bir metin dosyası olarak ihracat (.txt) kaydedin ve verileri gözden geçirmek için e-tabloda açın. </li><li> , Peptidleri ilgili iki parça içeren durumlarda odaklanan seçilen geçişler için seçilen MRM iki etler ölçülen yüzdesine göre başka bir et (geçiş pik alan ile) yüzde arsa grafikler (a / a) C-terminal ucunda sayılır gibi amino asitlerin aynı sayıda. Not: aynı parçalanma siteleri ile Özdeş parçaları optimum sonuçlar verir. </li><li> Yukarıdaki 2.4.11 gelen araziler inceleyin. Ya görsel veya çizim paketinde bir eğilim satırı aracını kullanarak, doğrusal ve benzeri gradyan hem araziler bir grup tanımlamak. gerçek et örneklerinde kalibrasyon için, bu CPCP ek parçası kombinasyonlardan herhangi birini ya da daha fazlasını kullanarak. Not: sıradışı gradyanı gösteren bir çizim sinyal stre müteakip bir azalma ile peptit veya fragman bastırma ya da gösterebilirngth. Doğrusal Olmayan araziler kötü tepe algılama veya başka sorunlara işaret edebilir. </li></ol></li></ol> 3. Et Örnekleri <ol><li> Hedef et örneklerinden proteinlerin ekstraksiyonu <ol><li> Nerede bir spatula kullanarak örnekten uygulanabilir, tüketim yabancı olmayan et malzeme. Örneğin, bir soğutulmuş lazanya gelen sos ve makarna kazınması. </li><li> bir metal kap içine et 20 g tartılır. </li><li> pH 6.5, 0.15 M potasyum klorür / 0.15 M potasyum monofosfat tamponu 100 ml. </li><li> 1 dakika boyunca yüksek hızlı bir homojenleştiricide et karıştırma proteinleri çıkarın. </li><li> 2.3.2 - Adım 2.1.4 den protokolü uygulayın. </li></ol></li><li> LC / MS vasıtasıyla numunelerin analizi <ol><li> Adımı tekrarlayın 2.4.2 dinamik LC / MS yöntemi kullanılarak veri elde etmek. </li><li> Adım 2.4.3 gerçekleştirilen her et miyoglobinden peptidler belirleyin. </li><li> nicelendirilmesi için, ilgi konusu her bir geçiş için pik alanları birleştiren niceleme yazılım kullanımı,gibi adım 2.4.9 olarak açıklamıştır. </li><li> bir karışım türlerin tanımlanması için, geçişler numaralar için kararlaştırılan kriterleri karşılayan bu işaretleyici peptidler kaydedebilir ve bu geçişler için gürültü sinyal. </li><li> kantitatif için, geçiş pik alanı ile yüzdesini kullanarak, adım 2.4.12 den anlaşmaya varıldığı şekilde entegre geçiş pik alanları kullanmak ve karışım iki türe miyoglobin yüzdesini hesaplar. </li><li> Numunede mevcut iki etler göreceli ağırlık / ağırlık miktarları tahmin etmek etlerde muhtemel miyoglobin düzeyleri Literatürde 18 önceden bilgiyi kullanmak. </li></ol></li></ol>

<ol><li>O'Mahony, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Finding+horse+meat+in+beef+products-a+global+problem%5BTitle%5D)+AND+%22QJM-An+Int.+J.+Med%22%5BJournal%5D)">Finding horse meat in beef products-a global problem.</a> QJM-An Int. J. Med. 106, 595-597 (2013).</li>
<li>Sentandreu, M. A., Sentandreu, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authenticity+of+meat+products%3A+Tools+against+fraud%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Res.+Int%22%5BJournal%5D)">Authenticity of meat products: Tools against fraud.</a> Food Res. Int. 60, 19-29 (2014).</li>
<li>Watson, A. D., Gunning, Y., Rigby, N. M., Philo, M., Kemsley, E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Meat+Authentication+via+Multiple+Reaction+Monitoring+Mass+Spectrometry+of+Myoglobin+Peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Meat Authentication via Multiple Reaction Monitoring Mass Spectrometry of Myoglobin Peptides.</a> Anal. Chem. 87, 10315-10322 (2015).</li>
<li>Food Standards Agency. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Report+of+the+investigation+by+the+Food+Standards+Agency+into+incidents+of+adulteration+of+comminuted+beef+products+with+horse+meat+and+DNA%22">Report of the investigation by the Food Standards Agency into incidents of adulteration of comminuted beef products with horse meat and DNA</a>. , (2013).</li>
<li>Taylor, A. J., Linforth, R., Weir, O., Hutton, T., Green, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potential+of+electrospray+mass-spectrometry+for+meat+pigment+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Meat+Science%22%5BJournal%5D)">Potential of electrospray mass-spectrometry for meat pigment identification.</a> Meat Science. 33, 75-83 (1993).</li>
<li>Ponce-Alquicira, E., Taylor, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+and+ESI-CID-MS%2FMS+analysis+of+myoglobins+from+different+meat+species%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Extraction and ESI-CID-MS/MS analysis of myoglobins from different meat species.</a> Food Chem. 69, 81-86 (2000).</li>
<li>Gallien, S., Duriez, E., Domon, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selected+reaction+monitoring+applied+to+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Selected reaction monitoring applied to proteomics.</a> J. Mass Spectrom. 46, 298-312 (2011).</li>
<li>Orduna, A. R., Husby, E., Yang, C. T., Ghosh, D., Beaudry, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+meat+authenticity+using+bioinformatics%2C+targeted+peptide+biomarkers+and+high-resolution+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Addit.+Contam.+Part+A-Chem%22%5BJournal%5D)">Assessment of meat authenticity using bioinformatics, targeted peptide biomarkers and high-resolution mass spectrometry.</a> Food Addit. Contam. Part A-Chem. 32, 1709-1717 (2015).</li>
<li>Claydon, A. J., Grundy, H. H., Charlton, A. J., Romero, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+peptides+for+horse+meat+speciation+in+highly+processed+foodstuffs%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Addit.+Contam.+Part+A-Chem%22%5BJournal%5D)">Identification of novel peptides for horse meat speciation in highly processed foodstuffs.</a> Food Addit. Contam. Part A-Chem. 32, 1718-1729 (2015).</li>
<li>von Bargen, C., Brockmeyer, J., Humpf, H. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Meat+Authentication%3A+A+New+HPLC-MS%2FMS+Based+Method+for+the+Fast+and+Sensitive+Detection+of+Horse+and+Pork+in+Highly+Processed+Food%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Agric.+Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Meat Authentication: A New HPLC-MS/MS Based Method for the Fast and Sensitive Detection of Horse and Pork in Highly Processed Food.</a> J. Agric. Food Chem. 62, 9428-9435 (2014).</li>
<li>von Bargen, C., Dojahn, J., Waidelich, D., Humpf, H. U., Brockmeyer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+Sensitive+High-Performance+Liquid+Chromatography+Tandem+Mass+Spectrometry+Method+for+the+Detection+of+Horse+and+Pork+in+Halal+Beef%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Agric.+Food+Chem%22%5BJournal%5D)">New Sensitive High-Performance Liquid Chromatography Tandem Mass Spectrometry Method for the Detection of Horse and Pork in Halal Beef.</a> J. Agric. Food Chem. 61, 11986-11994 (2013).</li>
<li>Montowska, M., Alexander, M. R., Tucker, G. A., Barrett, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+processed+meat+products+by+peptidomic+analysis+using+rapid+ambient+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Authentication of processed meat products by peptidomic analysis using rapid ambient mass spectrometry.</a> Food Chem. 187, 297-304 (2015).</li>
<li>Montowska, M., Alexander, M. R., Tucker, G. A., Barrett, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+detection+of+Peptide+markers+for+authentication+purposes+in+raw+and+cooked+meat+using+ambient+liquid+extraction+surface+analysis+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Rapid detection of Peptide markers for authentication purposes in raw and cooked meat using ambient liquid extraction surface analysis mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 86, 10257-10265 (2014).</li>
<li>Sentandreu, M. A., Fraser, P. D., Halket, J., Patel, R., Bramley, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Proteomic-Based+Approach+for+Detection+of+Chicken+in+Meat+Mixes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">A Proteomic-Based Approach for Detection of Chicken in Meat Mixes.</a> J. Proteome Res. 9, 3374-3383 (2010).</li>
<li>Elliott, M. H., Smith, D. S., Parker, C. E., Borchers, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+trends+in+quantitative+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Current trends in quantitative proteomics.</a> J. Mass Spectrom. 44, 1637-1660 (2009).</li>
<li>MacLean, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Skyline%3A+an+open+source+document+editor+for+creating+and+analyzing+targeted+proteomics+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments.</a> Bioinformatics. 26, 966-968 (2010).</li>
<li>JoVE Science Education Database. Separating Protein with SDS-PAGE. Basic Methods in Cellular and Molecular Biology. , JoVE, Cambridge, MA. Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.jove.com/science-education/5058/separating-protein-with-sds-page">http://www.jove.com/science-education/5058/separating-protein-with-sds-page</a> (2016).</li>
<li>Keeton, J. T., Ellerbeck, S. M., Nunez de Gonzalez, M. T. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKeeton%2C+JT+%22Encyclopedia+of+Meat+Sciences%22">Encyclopedia of Meat Sciences</a>. Devine, C., Dikeman, M. 1, Academic Press. 235-243 (2014).</li>
<li>Montowska, M., Alexander, M. R., Tucker, G. A., Barrett, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+Detection+of+Peptide+Markers+for+Authentication+Purposes+in+Raw+and+Cooked+Meat+Using+Ambient+Liquid+Extraction+Surface+Analysis+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Rapid Detection of Peptide Markers for Authentication Purposes in Raw and Cooked Meat Using Ambient Liquid Extraction Surface Analysis Mass Spectrometry.</a> Anal. Chem. 86, 10257-10265 (2014).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Uygun bir hedef proteinin seçimi önemlidir. İyi bir hedef protein ilgi türlerinde gelen formlar, yeterli türe bağımlı dizisi varyasyonu, türlere göre, sahip ve organizmalar içinde erişilebilir miktarlarda bulunması gerekir. işlem görmüş olması karışımları (örneğin, ısı işlemi) belirlenmesi için, bu işlem nispeten bağışıklık bir sekansa sahip bir protein arzu edilir. Miyoglobin pişmiş kırmızı et de dahil olmak üzere kırmızı et, için iyi bir aday olduğunu, ancak tek olasılık değildir. hedef protein karar verildiğinde, protokolün en önemli parçası, protein proteoliz olduğunu. miyoglobin farklı bir protein de alternatif bir proteoliz protokolü talep edebilir. açıklandığı gibi protokol referansı saflaştırılmış protein dayalı bir segment içerir. Bu tutma süresi pencereler ve uygun bir ön-madde ve fragman iyonu bilgiye amaçlamaktadır. Bu segment çok yararlı ama şart değildir. <pilgi iki türden karşılık gelen peptit çiftleri da deney olmaksızın sıralanabilir, ancak sınıfı = &quot;jove_content&quot;&gt;, bazen sekans farkı, sindirim profilinde ciddi sonuçlara yol açar durumdur. Örneğin peptit çifti VLGFHG (sığır) ve ELGFQG (at) (gradyan Şekil 2&#39;de daha az bir sürede tezahür) anormal niceleme sonuç verir. İkinci peptid karışımında at seviyesinin düşük tahmin neden nispeten bastırılmış KE bölünme ortaya olmasıdır. Farklı amino asitler ile başlayan tekabül eden peptidler bu nedenle en iyi kaçınılmalıdır. Genellikle iki karşılık gelen peptidler gelen fragmanlar aynı amino asit dizilerine sahip ve iyi davrandım, ama bu her zaman böyle değildir ve yöntem geliştirme sırasında kontrol edilmelidir. Türler kimlik daha az hassas göreceli kantitatif daha bu konular etmektir. protokol dört kırmızı et için ortaya konmuşturs 3. Çok fazla işaretleyici peptidler eş elute eğer geçiş zirve şeklinin kalitesi etkili bir bekleme süresini azaltmak ve sonuçta göreceli kantitatif tahminleri aşağılayıcı, bozulabilir olsa ek et türleri, dahil edilebilir. zaten mevcut gelişmiş enstrümantasyon, bu artıracaktır. Bununla ilgili bir konu değil, tüm etler farklı myoglobins olması. Örneğin, at, eşek ve zebra myoglobins aynıdır ve bu nedenle kesinlikle yöntemi konuşan sığır atı veya eşek ya da zebra tespit edebilen tek olduğunu. Bazı durumlarda, myoglobins denk olmasa da, bazı önemli peptidler olabilir. Örneğin, bazı kuzu miyoglobin türevli markör peptitler de keçi görünür. Bu ve diğer protein bazlı niceleme yöntemi bakan bir komplikasyonu, protein ya da peptid seviyeleri, bir karışım içinde etler seviyelerine trivially kıyaslamak için ise, protein düzeyi, tüm türler arasında sabit kabul edilebilir olmasıdır. miyoglobin ve dört kırmızı mBu evrensel doğru değildir yiyor. Genel olarak düzeyleri dört düşük seviyede sergileyen domuz bağımlı türler vardır. Buna ek olarak, miyoglobin düzeyi et kesim ve hayvan yaşla birlikte değişir. Geçiş pik alanlarının oranları miyoglobin oranlarına güvenilir bir haritada rağmen Yani, gerçek et oranı haritalama karışımındaki etler muhtemel kaynaklarına ilişkin varsayımlara tahmini resmidir. Bu çalışmada açıklanan yaklaşım, diğer geçme katkılardan bir dizi yolla farklıdır. Daha tipik yol farklı türleri için işaretler birbirine 8-12,14,19 ile özel ilişkisi sahip bu durumda, çeşitli farklı türe bağımlı markör peptitleri tanımlamak için proteomik yöntemlerinin kullanılmasıdır. Buna karşılık, biz türe bağımlı dizisi 3 varyantları kadar ilgi tüm türlerin ortak proteinleri seçtiniz. Apart bizim göreceli kantitatif stratejisine merkezi olmaktan, bu o örnek avantajı vardırPreparasyon stratejileri optimize edilebilir. Buna ek olarak, bu karşılık gelen proteinler çıkarma ya da pişirme ya da konserve olarak örneklerin, ticari işlem, örneğin, benzer şekilde davranır beklenebilir. Türlere tanımlaması normal tipik haliyle bir ya da iki dizi farklılıkları sahip yakından ilişkili peptitlerin algılama ile CPCP yaklaşımı tür tanımlaması ilerler iken, farklı işaret peptitlerinin algılama yoluyla ilerler. Son olarak, protein kantitasyonu geleneksel ayrıca bilinen standartlara 7,14,15 dayalı olarak her bir protein olarak mutlak nicelendirilmesi ile devam edebilecek başka bir tür olan ağırlıkça yüzde tahmin etmek. Ancak kalibrasyon yöntemi için bir ihtiyaç vardır CPCP yöntemi kullanılarak. Bunun yerine, göreceli seviyelerinin tamamen kesin bir ölçüm aşamasını atlayarak iki türden iki karşılık gelen peptitlerin sinyal güçlerini karşılaştırmak suretiyle tahmin edilmiştir. Nihai hedef ano bir türün ağırlık yüzdesi olduğuther, göreceli kantitatif, sonra CPCP hem daha doğrudan ve iki mutlak kantitatif ölçümleri karşılaştırarak daha basittir. Bu özellikler gıda sahtekarlık algılama alanında hızlı bir gözetim aracı olarak teknik kullanışlı hale rafine protokolleri kullanarak yaklaşık iki saat olması beklendiğinden kısa deneysel kez, çevirmek.

2013 Avrupa at eti skandalı, bir dizi süpermarket sığır etiürününde beyan edilmemiş at etinin bulunduğu 1, ette gıda sahtekarlığını tespit edebilen ve ölçebilen test yöntemlerine duyulan ihtiyacı vurgulamaktadır. Enzime bağlı immünosorbent testi (ELISA) ve DNA tabanlı yöntemler başta olmak üzere çeşitli teknolojiler araştırılmıştır2. Kütle spektrometresine dayanan alternatif bir yol, türe özgü proteinlerden ortaya çıkan türe özgü peptitleri hedefler. Burada, bir et karışımındaki tağşiş edici türlerin hem tanımlanmasını hem de nispi niceliğini sunan böyle bir peptit bazlı yaklaşımı özetliyoruz3. 
Protokol, kırmızı etler bağlamında ve ağırlıkça %1 düzeyinde birbirinin varlığını belirleme arzusu çerçevesinde çerçevelenmiştir, bu seviye, bazıları tarafından kontaminasyonun aksine hileli gıda tağşişini temsil ettiği düşünülmektedir4. Yöntem, ilk olarak, tüm hedef etlerde nominal olarak 'aynı' olan bir proteinin tanımlanmasına dayanır. Etin kırmızı renginden sorumlu protein olan miyoglobin, bol miktarda bulunması, nispeten ısıya dayanıklı olması ve suda çözünür olması nedeniyle iyi bir adaydır ve daha önce etin tür tayini için kullanılmıştır5,6. Örneğin, sığır eti (Bos Taurus), domuz eti (Sus scrofa), at (Equus caballus) ve kuzu (Ovis aries)3 için miyoglobinler, gerektiği gibi, nominal olarak aynıdır, ancak dizilimleri aynı değildir. Bu dört miyoglobin gibi bu tür 'benzer ama farklı' protein grupları, uygun bir şekilde 'karşılık gelen proteinler' olarak tanımlanabilir. Bu dört miyoglobindeki dizi farklılıkları türe özgüdür: örneğin, sığır ve at için tam miyoglobin proteinleri, sırasıyla P02192 ve P68082, her biri, ikisi arasında 18 dizi farkı olan 154 amino asit içerir. Tripsin kullanılarak proteolize tabi tutulan bu proteinler, bazıları aynı olan ve bazıları bir veya daha fazla türe özgü amino asit farklılıkları gösteren iki set peptit üretir: bu nedenle karşılık gelen proteinler, karşılık gelen peptitlere yol açar. 
Bu nedenle CPCP yaklaşımı, ilk olarak, bu proteinlerin türe özgü sınırlı dizi varyantları sergilediği iki veya daha fazla türden proteinleri tanımlamayı amaçlar. Bunlar karşılık gelen proteinlerdir. Proteolizi takiben, karşılık gelen proteinler, bazıları aynı şekilde ana proteinden miras alınan türe özgü dizi varyantları gösteren peptitlere yol açar. Bunlar karşılık gelen peptitlerdir. CPCP yaklaşımı, karşılık gelen peptitlerin seviyelerini izleyerek karışık bir tür örneğindeki karşılık gelen iki proteinin seviyelerini karşılaştırmak için kullanılabilir.
Bilinen peptitlerin tespiti için doğal teknoloji, çoklu reaksiyon izleme kütle spektrometresi veya MRM-MS7'dir. Türe özgü peptitler, kütle spektrometresi fragman iyonları ile birlikte, yazılım araçları tarafından önceden kolayca maddelendirilen öncü iyonlar verir. Bu listeler daha sonra kütle spektrometresine geçişler adı verilen yalnızca belirli öncüleri ve parça iyon çiftlerini kaydetmesi talimatını vermek için kullanılır. Bu nedenle, belirli bir hedef peptit, yalnızca kütle spektrometresinden önceki kromatografide tutma süresiyle değil, aynı zamanda ortak bir öncü iyonu paylaşan bir dizi geçişle de tanımlanır. Bu, kütle spektrometresi kaynağını verimli bir şekilde kullanan bilinen peptitleri tespit etmenin oldukça seçici bir yoludur.
Diğer yazarlar, peptit belirteçleri aracılığıyla, ancak farklı proteinler8-14'ten et tağşişini test etmek için kütle spektrometresi kullanmışlardır. Bununla birlikte, karşılık gelen proteinlerin kullanılması, karşılık gelen peptitler (CPCP) şeması, deneysel koşulların optimize edilebileceği anlamına gelir ve karışımdaki türlerin bilinen türe özgü geçişlerden tanımlanmasına yardımcı olur. Ek olarak, karşılık gelen proteinler ve peptitler genellikle ekstraksiyon, proteoliz ve tespit aşamalarında benzer şekilde davranacaktır. Geçiş tepe alanları kantitatif ve tekrarlanabilir olduğundan, farklı türlerden karşılık gelen peptit çiftlerinden kaynaklanan tepe alanlarının oranları, bir karışımdaki iki etin nispi miktarlarının doğrudan bir tahminini sağlar. Buna karşılık, daha geleneksel kantitasyon yolları, mutlak kantitasyon14,15 oluşturmak için referans malzemelere dayalı kalibrasyonlardan yararlanır.
Protokol, miyoglobin ve et bağlamında ana hatlarıyla belirtilmiş olsa da, miyoglobin dışındaki proteinler, potansiyel olarak protokolde değişiklikler olsa da, et karışımlarında CPCP stratejisi aracılığıyla tanımlama ve nispi miktar tayini için kullanılabilir. Ek olarak, strateji, bir veya daha fazla karşılık gelen proteini paylaşan diğer türlerin ikili karışımlarına da uygulanabilir.
Protokolün başlangıç noktası, bazı türler için satın alınabilen, ancak diğerleri için geleneksel boyut dışlama kromatografisi ile hazırlanması gereken saflaştırılmış 'referans' miyoglobindir. Referans miyoglobin hazırlama prosedürü protokole dahil edilmemiştir, ancak başka bir yerde açıklanmıştır3. Yazılım araçları16, ilgilenilen miyoglobitlerden kaynaklanan aday peptitleri ve geçişleri listelemek için kullanılır. Her referans miyoglobin, proteolize tabi tutulur ve elde edilen peptitler, hangi aday öncü iyonların ve geçişlerin en yararlı olduğunu keşfetmek ve eşleşen peptit tutma sürelerini belirlemek için sıvı kromatografi elektrosprey iyonizasyon tandem kütle spektrometresi (LC-ESI-MS/MS) ile analiz edilir. Bu aşamanın sonucu, tür tayini için uygun olan geçişleri ile birlikte gözden geçirilmiş bir hedef peptitler listesi ve nispi kantitasyon için uygun bir CPCP çiftleri listesidir. Gerçek etleri test etmek için, numune ekstraksiyonları hazırlanır ve daha sonra hem miyoglobin hem de diğer yabancı proteinlerden peptitler üretmek için proteolize tabi tutulur. Miyoglobin bazlı peptitler daha sonra listelenen geçişlerine göre LC-ESI-MS/MS tarafından izlenir. Bir karışımda bulunan türler, işaretleyici peptitlerle ilişkili geçiş zirveleri ile tanımlanır. Bir ikili karışımdaki iki etin nispi miktarlarının tahminleri, geçiş tepe alanlarının oranları kullanılarak hesaplanır. Et çiftlerinden oluşan bir dizi test karışımı, belirli bir geçiş çifti için tepe alanlarının oranının gerçek karışımlara göre kontrol edilmesine ve kalibre edilmesine izin verecektir.

<table><tbody><tr><td>Uniprot database</td><td><a href="http://www.uniprot.org/">www.uniprot.org</a></td><td></td><td>Protein dizilerinin serbestçe erişilebilen veritabanı</td></tr><tr><td>Skyline software</td><td><a href="http://www.skyline.gs.washington.edu/">www.skyline.gs.washington.edu</a></td><td></td><td>Proteomik çalışmalar, peptit ve fragman için hedeflenen yöntemlerin oluşturulmasını sağlayan ücretsiz yazılım Tahmin&nbsp;</td></tr><tr><td>Amonyum bikarbonat</td><td>Sigma-Aldrich Co Ltd, Gillingham, İngiltere www.sigmaaldrich.com</td><td>O9830</td><td></td></tr><tr><td>Metanol, HPLC sınıfı</td><td>Fisher Scientific, Loughoborough, İngiltere www. fisher.co.uk</td><td>10674922</td><td></td></tr><tr><td>Asetonitril, HPLC sınıfı</td><td>Fisher Scientific, Loughoborough, İngiltere www. fisher.co.uk</td><td>10010010</td><td></td></tr><tr><td>Urea</td><td>Sigma-Aldrich Co Ltd, Gillingham, Birleşik Krallık www.sigmaaldrich.com</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>Tripsin (TPCK ile tedavi edilen sığır pankreasından)</td> <td>Sigma-Aldrich Co Ltd, Gillingham, İngiltere</td><td>www.sigmaaldrich.com T1426</td><td></td></tr><tr><td>Formik asit ve nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich Co Ltd, Gillingham, Birleşik Krallık www.sigmaaldrich.com</td><td>F0507</td><td></td></tr><tr><td>Coomassie Plus Protein Tahlil Reaktifi</td><td>Thermo Fisher Scientific www.thermofisher.com</td><td>1856210</td><td></td></tr><tr><td>Protein standardı</td><td>Sigma-Aldrich Co Ltd, Gillingham, Birleşik Krallık www.sigmaaldrich.com</td><td>P0914</td><td></td></tr><tr><td>Ultra Turrax homojenizatör T25</td><td>Fisher Scientific, Loughoborough, İngiltere www. fisher.co.uk</td><td>13190693</td><td></td></tr><tr><td>Edmund ve Buhler KS10 laboratuvar çalkalayıcı</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Heraeus Fresco 17 Santrifüj</td><td>Thermo Fisher Scientific www.thermoscientific.com</td><td>75002420</td><td></td></tr><tr><td>Vakumlu santrifüj RC 1022</td><td>Jouan</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Plaka Okuyucu</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Strata-X 33u polimerik ters fazlı kartuşlar 60 mg / 3 ml tüpler</td><td>Phenomenex, Macclesfield, Birleşik Krallık</td><td>8B-S100-UBJ</td><td></td></tr><tr><td>4000 QTrap üçlü dört kutuplu kütle spektrometresi</td><td>AB Sciex, Warrington, İngiltere www.sciex.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1200 hızlı çözünürlüklü LC sistemi</td><td>Agilent, Stockport, İngiltere</td><td></td><td></td></tr><tr><td>XB C18 ters fazlı kılcal kolon (100 mm x 2,1 mm, 2,6 & m parçacık boyutu)</td><td>Phenomenex, Macclesfield, UK www.phenomenex.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Analyst 1.6.2 yazılımı</td><td>AB Sciex, Warrington, UK www.sciex.com</td><td></td><td>QTrap veri toplama ve analizi, tepe alanı entegrasyonu</td></tr><tr><td>dahil Otomatik numune alma şişeleri</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

et kimlik doğrulaması için peptidler uygulanan mrm kütle spektrometresi kullanarak karışımlar türlerin belirlenmesi ve miktar tayini

Species Determination and Quantitation in Mixtures Using MRM Mass Spectrometry of Peptides Applied to Meat Authentication

Bir veya daha fazla benzer proteine sahip türlerin ikili karışımlarındaki iki bileşeni tanımlamak ve ölçmek için basit bir protokol açıklıyoruz. Yöntemin merkezinde, ilgilenilen türdeki 'karşılık gelen proteinlerin', başka bir deyişle, nominal olarak aynı olan ancak türe özgü dizi farklılıklarına sahip proteinlerin tanımlanması yer alır. Proteolize tabi tutulduğunda, karşılık gelen proteinler, aynı şekilde benzer ancak türe özgü varyantları olan bazı peptitlere yol açacaktır. Bunlar 'karşılık gelen peptitler'dir. Türe özgü peptitler, türlerin belirlenmesi için belirteçler olarak kullanılabilirken, karşılık gelen peptit çiftleri, bir karışımdaki iki türün nispi niceliklenmesine izin verir. Peptitler, karmaşık sistemlerde bile peptit bazlı türlerin belirlenmesini sağlayan oldukça spesifik bir teknik olan çoklu reaksiyon izleme (MRM) kütle spektrometresi kullanılarak tespit edilir. Ek olarak, karşılık gelen peptitlerden türetilen MRM tepe alanlarının oranı, nispi kantitasyonu destekler. Karşılık gelen proteinler ve peptitler, esas olarak, hem işlemede hem de deneysel ekstraksiyon ve numune hazırlamada benzer şekilde davranacağından, nispi kantitasyon nispeten sağlam kalmalıdır. Ayrıca bu yaklaşım, mutlak kantitasyon yöntemlerinin gerektirdiği standartlara ve kalibrasyonlara ihtiyaç duymaz. Protokol, kendi miyoglobinleri şeklinde uygun karşılık gelen proteinlere sahip olan kırmızı etler bağlamında açıklanmaktadır. Bu uygulama, gıda sahtekarlığı tespiti ile ilgilidir: yöntem, sığır etindeki at etinin ağırlığı için %1 ağırlığı tespit edebilir. MRM tepe alanı oranları kullanılarak karşılık gelen protein, karşılık gelen peptit (CPCP) nispi kantitasyonu, bir at artı sığır eti karışımının ağırlık bileşimi için ağırlığın iyi tahminlerini verir.

tek bir dinamik mod MRM deneyde her programlanmış geçiş ayrı kaydedilir belirli bir tutma süresi penceresi üzerinde (saniyede dedektör sayısı, cps gibi). Tüm veriler bir deneyde elde gelen bu nedenle, her bir geçiş için pik yoğunluğu ayrı ayrı elde edilebilir. Sonra sadece sonlu sinyal geçiş için belirlenen tutma süresi penceresinde içindir. Pencerenin dışında, sinyal tanımı gereği sıfırdır. Örneğin, herhangi bir geçiş için sinyal, attan 752 → 1269 (kütle 1,501.66 dalton, haberci iyon m / z 751,84 dalton, devlet = 2, fragmanı iyon y 13 şarj Monoizotopik peptid), tipik olarak ölçüm gürültü ve sadece rekabet etmek zorunda belki de diğer türlerden olabilir başka geçiş uç noktalarından korur. çıkışı, bu nedenle, ortak bir ön-madde iyonu paylaşan bu geçişler için ortak bir retansiyon süresinde temiz tepe geçiş başına bir, bir dizi. Şekil 1, ağ / ağ% 1 bir karışımı dört geçişleri 752 → (1269, 706, 248, 1366) grubu çıkışını gösteren sığır atı. Görüntülenen dört geçişler atı ile ilişkili ve saf sığır, kuzu ya da domuz eti örneklerinde bulunmadığına olduğundan, bu zirveleri at varlığının işaretidir. gürültü seviyesi kimlik kurar için sağlamlık kriterlerine, iki veya daha fazla geçişler bir dizi bağlı olarak her bazı belirtilen sinyali aşan. Bu şekil, bu nedenle sığır, at a / a% 1 karışımında at varlığını belirler. Bazen, bir tek izole geçiş tespit edilir. Bu kütle spektrometresi içine sistemden beklenen ve programlı olanlarla, muhtemelen bir yabancı protein, haberci iyonu ve tek parçanın bir şans maçı gösterir. Tekil tepe doğası ve beklenmedik bir alıkonma zamanında Oluşması, Sigöz ardı edilebilir bir kaza geçiş gnature. her bir geçiş tepenin altındaki alan, tek tek hesaplanır. 767 → 1299 (sığır),. Karışımının gerçek etler oranı ile orantılı Şekil 2 bir gösterir, örneğin, → 1269 752 (ATI) için uygun bir fragmanı, sığır geçiş pik alanları at oranına bağlı sığır, at karışımında at ağırlık için yüzde ağırlığına karşı bu iki geçiş için pik alanı ile olan yüzdesinin grafiğidir. Yüzde geçiş pik alanları etin ağırlığı yüzde ağırlığını maç sonra eğim bu parselde eğim bu geçişler ve CPCP çifti için, geçiş pik alanları nispi miktarları güvenilir bir ölçü vermek olduğunu belirten, 1.03 1&#39;dir karışımdaki iki etler. eğimi, diğer faktörler değişmeden ile numunedeki at eti, sonra sığır olarak miyoglobin iki kat zengin olsaydı<html> Satır birden büyük olacaktır. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54420/54420fig1.jpg" /> Şekil sığır at a / a% 1 için saklama zamana karşı 1. MRM geçiş yoğunlukları. Geçişler → (1269, 706, 248, 1366) 752 vardır, turuncu, sırasıyla, siyah, mavi ve yeşil gösterilir. işaretleyici peptit HPGDFGADAQGAMTK olup. Dört geçiş fragmanları Y&#39;nin N peptit C-terminal ucunda N amino asitler sayma belirtir, sırasıyla y 13, y 7, Y2 ve 14 Y, ifade edilebilir. Gürültü sinyal 23 ile dört geçişler üzerinde 53 arasında değişmektedir. Ek bir kırmızı çizgi 0% atı, karşılaştırma için% 100 sığır eti için 752 → 1269 geçişi ifade eder. tutma süresi sadece sıfır olmayan bölgesi gösterilir. Bu rakam, Watson ve ark., 3 modifiye edilmiştir.es / ftp_upload / 54420 / 54420fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız. <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54420/54420fig2.jpg" /> Şekil. Arsa peptidler sığır (767) ve at (752) ve her ikisi için y 13 fragmanı iyon çifti kullanan yüzde geçiş pik alanı olarak sığır atı karşı ağırlık için yüzde ağırlık olarak sığır atı 2. Konu,. Bir pik alanı anlamına gelir, o zaman koordinatı, 100 A, H / (A, H + A B). En uygun hat (R2 = 0.99) eğimi 1.03 olduğunu. Bu rakam Watson ve ark. 3 modifiye edilmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54420/54420fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a>

Benzer proteinlere sahip türlerin karışımlarındaki bileşenlerin tanımlanması ve miktarının belirlenmesi için bir protokol sunuyoruz. Kütle spektrometresi, tanımlama için peptitleri tespit eder ve tepe alanlarının oranlarına göre nispi nicelik verir. Dolandırıcılık tespiti için bir araç gıda olarak, yöntem sığır etinde% 1 at tespit edebilir.

Et kimlik doğrulaması için peptidler Uygulanan MRM Kütle Spektrometresi kullanarak karışımlar türlerin belirlenmesi ve miktar tayini

We describe a simple protocol for identifying and quantifying the two components in binary mixtures of species possessing one or more similar proteins. ...

Bu yöntemin genel amacı, gıda sahteciliğinin tespitinde bir araç olarak kullanılmak üzere, çiğ et karışımlarında bulunan türleri tanımlamak ve niceliklerini belirlemek için çoklu reaksiyon izleme kütle spektrometresini kullanmaktır. Bu yöntem, sosis veya burger gibi ürünlerde bulunan türlerin doğrulanması gibi, gıda bütünlüğü alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Yaklaşımımız, protein bileşeninin kütle spektrometresine dayanmaktadır.Bu tekniğin temel avantajı, hızlı ve kantitatif bir sonuç verebilmesidir. Bu yöntemle ilgili ilk fikri, aynı isimle bilinen ancak farklı türlere ait olan proteinlerin, tür tanımlaması yapılmasına yetecek kadar farklı, ancak kantifikasyona izin verecek kadar benzer olduğunu fark ettiğimizde edindik. Saflaştırılmış referans miyoglobinleri, örneği bir ısıtıcı blokta 95 degrees celsius sıcaklıkta 30 dakika boyunca ısıtarak termal olarak denatüre edin.Numuneyi oda sıcaklığına ulaşana kadar yaklaşık 15 dakika boyunca soğutun. Ardından, sindirimi artırmak için 30 miligram üre ekleyin ve karıştırın. Numuneye, ağırlıkça enzim ile substrat arasında bir ila 30 oranında tripsin çözeltisi ekleyin.Ardından hafifçe vorteksleyerek karıştırın ve 37 °C'de gece boyunca proteolize bırakın. Sonrasında, proteoliz sonrası örneği önce hacimce bire bir oranında su ile seyrelterek tuzdan arındırın. 30 mg ters faz materyali ile doldurulmuş polimerik bir ters faz kartuşunu, 1 mL metanol ekleyerek aktive edin.Ardından, 1 mL %1 formik asit ekleyerek kartuşu dengeleyin. Numuneyi yerçekimi altında kartuşa yükleyin. Şimdi, %1 formik asit içeren 1 mL %5 metanol ile yıkayın.Peptitleri, beş mikrolitre DMSO ile önceden doldurulmuş iki mililitrelik mikrosantrifüj tüplerine bir mililitre asetonitril su ile elüe edin. Ardından, solventi 50 derece santigrat sıcaklıkta bir santrifüj evaporatörü kullanarak 120 dakika boyunca vakum altında uzaklaştırın. Daha sonra kalıntıyı 250 mikrolitre asetonitril suda yeniden çözün.Çözeltiyi düşük hacimli bir otomatik örnekleyici şişesine aktarın. UniProt veri tabanından farklı et türlerine ait miyoglobin dizilerini bulun. Miyoglobin dizilerini, peptit ve geçiş tahmin yazılımının hedef kutusuna girin.Gerektiğinde, fragman listesini görüntülemek için bir peptidin üzerine geliniz. Metin protokolünde açıklandığı şekilde tercihler girildikten sonra, oluşturulan MRM geçişlerini ve parametrelerini içeren bir hesap tablosu oluşturmak için Export seçeneğine tıklayınız ve Transition List öğesini seçiniz. Bir otomatik örnekleyici ve C18 core shell HPLC kolonu içeren, pozitif elektrospray modunda MRM deteksiyonu ile çalışan bir üçlü kuadrupol kütle spektrometresine bağlı, ikili gradyente sahip bir yüksek performanslı sıvı kromatografisi veya HPLC sistemi kurunuz.Sıvı kromatografi kütle spektrometrisi veri toplama yazılımının düzenleme parametreleri bölümünde, tarama türünü MRM ve polariteyi pozitif olarak seçin. Hesap tablosunda oluşturulan geçişler için Q1, Q3, zaman, ID, DP ve CE değerlerini girin ve veri toplama yöntemini kaydedin. Yöntem parametrelerini metin protokolünde açıklandığı şekilde ayarladıktan sonra, veri toplama yazılımına gidin, Acquire'a tıklayın ve Equilibrate'i seçin.Açılan kutuda, cihaz dengelenmesini başlatmak için gerekli ölçüm yöntemini seçin. Ardından, numune tüplerini otomatik örnekleyici içindeki bir raka yerleştirin. Dosya (File) sekmesine tıklayın, Yeni (New) seçeneğini ve ardından Ölçüm Serisi (Acquisition Batch) seçeneğini belirleyin.Örnek adı kısmına, analiz edilecek her bir örneğin kimliğini girin. Edinilen verilerin nasıl görselleştirileceğine dair ayrıntılar için metin protokolüne bakın. Daha önce dondurulmuş ve ardından toz haline getirilmiş bir et kullanın.Kıyma miktarlarını 15 mililitrelik plastik santrifüj tüplerine tartarak bir dizi et karışımı hazırlayın. Et tozuna dört mililitre ekstraksiyon tamponu ekleyin. 30 saniye boyunca vorteksledikten sonra, oda sıcaklığında, dakikada 250 döngü hızında bir laboratuvar çalkalayıcıda iki saat boyunca ekstraksiyon yapın.Ekstraktın iki mililitresini iki mililitrelik bir mikrosantrifüj tüpüne aktarın ve 4 °C'de 17.000 G'de beş dakika boyunca santrifüjleyin. Süpernatantın 200 µL'lik alikotlarını iki mililitrelik santrifüj tüplerine aktarın. Metin protokolünde açıklandığı gibi numunelerin protein konsantrasyonunu belirlemeden önce, numuneleri bir santrifüj evaporatörü kullanarak kurutun. Et karışımlarının proteolizini gerçekleştirmek için, kurutulmuş kalıntıyı bir mililitre 25 mM amonyum bikarbonat çözeltisi içinde yeniden çözün.Vorteksleyerek iyice karıştırın ve daha önce olduğu gibi proteolizi gerçekleştirin. Ardından, zamanlanmış MRM kullanarak LCMS düzeneğini benzer şekilde kurun ve çalıştırın. Veri görüntüleme yazılımında tüm kromatogramı görüntüleyin.Her bir geçiş seti için ayıklanan iyonları sırayla görüntüleyin. Her kümenin, beklenen alıkonma süresinde gerekli sayıda çan şeklinde pik içerdiğini görsel olarak doğrulayın. Böylece seçilen peptidin varlığını onaylayın.Ardından, gezinme çubuğundaki Quantiation Wizard seçeneğine çift tıklayın. Select Samples penceresinde, tek bir veri dosyası seçerek kantifikasyon seti oluşturun. Daha sonra mevcut örneklerden bir veya daha fazlasını seçin.Seçim ayarları ve sorgu kutusunu görüntülemek için Next'i seçin. Varsayılan ayarları bırakın ve Select Method'u görüntülemek için Next'i seçin. Açılır Method kutusundan entegrasyon yöntemi dosyasını seçin ve son olarak Finish'i seçin.Sonuçlar tablosunu kaydedin, bir metin dosyası olarak dışa aktarın ve metin protokolünde açıklandığı şekilde verileri incelemek için bir hesap tablosunda açın. Bu şekil, sığır eti ile ağırlıkça yüzde bir oranında hazırlanan bir karışımdan elde edilen ata ait en yoğun MRM geçişlerini göstermektedir. Buna karşılık kırmızı çizgi, at bulunmadığı durumdaki sığır eti geçişini göstermektedir.Bu grafik, sığır etindeki at eti miktarının hazırlanan miktara karşı ölçülen miktarının oranlar şeklinde ifadesidir. Grafik, yöntemin kantitatif ölçümler yapmak için nasıl kullanılabileceğini açıkça göstermektedir. Yöntem ustalıkla uygulandığında ve toplu işleme (batch processing) kullanıldığında, bu yöntemle işlem kapasitesi 24 saatte 20 örneğe kadar ulaşabilir.Bu prosedürü uygularken, ekstraksiyon analizi için uygun bir protein seçmenin önemli olduğunu unutmayın. Miyoglobin; bol miktarda bulunması, suda çözünür olması ve ısıya dayanıklı olması nedeniyle kırmızı et türlerini incelemek için uygun bir adaydır. Bu prosedür, aynı anda tanımlanacak ve miktarı belirlenecek daha fazla türü kapsayacak şekilde genişletilebilir.Maksimum sayı yalnızca kütle spektrometresi tarama hızıyla sınırlıdır. Bu teknik, araştırmacıların tüketici ve marka koruması gibi alanlarda pepto parmak izini kullanmalarının önünü açmaktadır.

species-determination-quantitation-mixtures-using-mrm-mass

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Kararlı İzotop Standartlar ve Anti-Peptid Antikorlar (SISCAPA) kendi proteinler için vekilleri olarak peptidler kantitatif ölçüm sağlamak için kararlı izotop dilüsyon kütle spektrometresi (MRM-MS) ile peptitler çiftler yakınlık zenginleştirme yakalayın. Burada kısmen otomatik bir biçimde manyetik parçacıklar kullanarak protokol açıklar.

Proteinler Peptid immunoaffiniti Zenginleştirme kullanarak Niceleme Kütle Spektrometresi ile birleştiğinde

, Izole ve en bol bulunan proteinlerin iskelet kası ifade kimliğini belirlemek için yöntemler ileri düz bir set. Yaklaşık 800 noktalar 10 mg kas iki boyutlu bir jel üzerinde ayırt bu cinsiyete özgü protein ifade belirlenmesi için olanak sağlar. Bu yöntemler çoğu dokularda eşdeğer sonuçlar verecektir.

İskelet Kası Cinsiyet Proteomik Dimorfizm

Istihdam Proteaz-ve Asit-katalizli Etiketleme İş Akışları<sup&gt; 18</sup&gt; O-zenginleştirilmiş Su

Bu protokol, seçilen reaksiyon izleme kullanılarak karmaşık biyolojik numuneler içindeki hedef proteinlerin mutlak miktar tayini testlerinin nasıl gerçekleştirileceğini açıklar. Fare makrofaj kemotaksisi sinyal yolunun proteinlerini doğru bir şekilde ölçmek için kullanıldı. Hedef peptit seçimi, tahlil geliştirme ve kalitatif ve kantitatif tahliller ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.

Mutlak Protein Niceleme Kütle Spektrometresi İzleme Seçilen Tepki

sıvı kromatografisi / kütle spektrometresi ile pufferfish türleri genotipleme için geliştirilmiş bir polimeraz zincir reaksiyonu restriksiyon parça uzunluk polimorfizm yöntemi tarif edilmektedir. Ters-faz silis yekpare kolonu sindirilmiş amplıkonları ayırmak için kullanılır. Bu yöntem, baz bileşimi tanımlamak için yararlıdır oligonükleotidlerin Monoizotopik kitleleri aydınlatmak olabilir.

Sıvı Kromatografi / Kütle Spektrometresi zehirlidir pufferfish Geliştirilmiş Polimeraz Zincir Reaksiyonu-kısıtlama Parça Uzunluk Polimorfizmi Genotiplemesi

Burada, yüksek çözünürlüklü (~ 30.000) MS-algılama, peptid parçacıkları Monoklonal antikor çivili peptid standartları miktar için ardından peptid öncüleri iyon hareketlilik ayrılması ile birleştiğinde bir Kromatografik tahlil açıklamak Özet.

Bir HS-MRM tahlil için Protein Biyofarmasötikler sıvı Kromatografi iyon hareketlilik QTOF kütle spektrometresi tarafından Host-hücre proteinleri miktar

Bu iletişim kuralı metabolizma birden çok besin kaynaklarının nicelik ve kapsamlı bir şekilde araştırmak için deneysel bir işlem açıklanır. İzotopik izleyici deneyleri ve analitik bir yordam, bir kombinasyonuna göre bu iş akışı, tüketilen besin kaderi ve molekülleri synthetized metabolik kökenli mikroorganizmalar tarafından belirlenecek sağlar.

Birden çok besin kaynaklarının mikrobiyal metabolizma araştırmaya izotopik izleyici deneyler kombinasyonuna göre iş akışı

Açıklanan protokol, iki yaklaşım kullanarak doku örneklerinin optimize edilmiş bir nicel proteomik analizini sağlar: etiket bazlı ve etiketsiz nicellik. Etiket tabanlı yaklaşımlar proteinlerin daha doğru nicelliği avantajına sahipken, etiketsiz bir yaklaşım daha uygun maliyetlidir ve bir kohorttan yüzlerce örneği analiz etmek için kullanılır.

Doku Örneklerinin Kütle Spektrometresi Bazlı Av Tüfeği Proteomik Kapsamlı İş Akışı

Bu protokol, gelişmiş özellik ekstraksiyonu ve biyoinformatik analiz yazılımı ile birlikte sıvı kromatografi kütle spektrometresi kullanılarak peptidoglikan bileşiminin ayrıntılı bir analizini kapsar.

Peptidoglikanın Sıvı Kromatografisi, Kütle Spektrometrisi ve Biyoinformatik ile Yarı Kantitatif Analizi

Protein Arginin ( R ) -metilasyonu, çoklu biyolojik yolları düzenleyen geniş çaplı bir translasyonel sonrası modifikasyondur. Kütle spektrometresi, modifiye peptid zenginleştirme için biyokimyasal yaklaşımlarla birleştirildiğinde, R-metil-proteomun küresel profilini çıkarmak için en iyi teknolojidir. İnsan hücrelerinde küresel R-metilasyonun yüksek güvenilirlikle tanımlanması için tasarlanan iş akışı burada açıklanmaktadır.

Global ve Yüksek Güvenilirlikli Protein R-Metilasyon Analizi için Kütle Spektrometrisine Dayalı Proteomik Yaklaşım

Bu makalede, ölüm sonrası bozulmayı önleyen endojen peptitleri korumak için ısı inaktivasyonuna dayanan bir örnek hazırlama yöntemi ve ardından izotopik etiketleme artı LC-MS kullanarak göreli nicelik açıklanmaktadır.

Peptidomik Çalışmalar için Aminlerin Indirgeyici Metilasyonunu Kullanarak Numune Hazırlama ve Göreli Nicellik

Öğrenin, MRM kütle spektrometrisi ile çiğ et karışımlarındaki türleri belirlemek ve miktarını tayin etmek için bu yöntemi. Gıda sahtekarlığı tespitinde hızlı ve güvenilir bir araç sunar.

Et kimlik doğrulaması için peptidler Uygulanan MRM Kütle Spektrometresi kullanarak karışımlar türlerin belirlenmesi ve miktar tayini (Video) | JoVE Journal

Et kimlik doğrulaması için peptidler Uygulanan MRM Kütle Spektrometresi kullanarak karışımlar türlerin belirlenmesi ve miktar tayini

Daha fazla video keşfet