Desen tabanlı arama Epigenomic verileri GeNemo kullanarak

Bu videonun genel amacı, epigenetik çalışma alanındaki araştırmacılara, farklı epigenetik işaretler ve farklı hücre tipleri arasında benzerlik bölgeleri elde etmek için GeNemo programını nasıl kullanacaklarını göstermektir. Bu programı oluşturmadaki amacımız, araştırmacıların veri hücresi işlevlerini Encode ve Mousington gibi geniş bilinen halka açık veritabanlarıyla karşılaştırmalarını sağlamaktı. Anahtar kelimeler aracılığıyla tipik araştırma ile bilgilendirici arama.

Eşiğinde hücreleriniz üç K4 primizasyonu veya diğer spesifik eğrilerdir. Bu karışıklıklar yararlı olsa da, GeNemo veri açıklamasındaki benzerlikler yerine gerçek verilerdeki eklentileri de arayabilir. Ne tür epigenetik modifikasyonlar veya hücre sayımları ile ilgili bekledikleri hakkında a priori bilgisi olmayan veya çok az bilgisi olan yeni bir DNA ile savaşan proteininiz olduğunu varsayalım.

GeNemo hala potansiyel hedefleri daraltmaya yardımcı olabilir. GeNemo, matematik ve Yunanca dahil olmak üzere çeşitli formatlardaki dosyaları okuyabilir ve farklı desen eşleştirme yöntemleri kullanır Ayrıca, benzerlik puanlarına göre kapalı bölgeleri çözer ve veri dışa aktarma seçenekleri sunar. Ve şimdi, bir GeNemo aramasının nasıl yapılacağını göstereceğiz.

GeNemo'yu kullanmak için, UCSC genom tarayıcısı gibi yaygın biyoinformatik araçlarla deneysel ham verilerden dönüştürülebilen kendi veri dosyanıza ve BED'nize veya büyük peruk formatına ihtiyacınız olacak. İlk önce GeNemo.org'a gidin. Ana sayfada, özellik seçeneklerini içeren bir arama kutusu göreceksiniz.

Verilerinizi hangi türlerle karşılaştıracağınızı seçin. Bu eğitimde, referans tür olarak homosapiens'i kullanacağız. Ardından, GeNemo'ya yüklemek için kendi dosyanızı seçin.

Bu dosya çevrimiçi olarak veya yerel sürücünüzde barındırılabilir. Verileriniz çevrimiçiyse URL'yi kopyalayıp bu kutuya yapıştırın. Veya yerel bir veri dosyası yüklemek için aşağıdaki düğmeyi tıklayın.

Bu eğitim için örnek bir dosya kullanacağız. Bazen aramaların tamamlanması uzun zaman alabilir. Beklemek istemiyorsanız, bu kutuya e-posta adresinizi verebilirsiniz.

Ve arama bittiğinde sonuçlara bir bağlantı içeren bir e-posta alacaksınız. Kendi verilerinizi BED formatında sağlıyorsanız, yalnızca görüntüleme amacıyla büyük bir peruk dosyası yüklemek için başka bir URL vardır. Bu kutuda bir arama aralığı da belirtebilirsiniz.

Bir arama aralığı belirtmek için, kromozom numarasını ve baz çifti aralığını belirtmeniz gerekir. Aşağıdaki iki giriş aynı şekilde okunacaktır. Kromozom1: 1-1000000. Veya noktalama işaretlerini BED dosya biçimi olan boşluklarla değiştirerek.

Kromozom1 1 1000000. Şimdi, hangi parça türlerinin aranacağını seçmek için veri seçimi düğmesine tıklayın. Arama yapmak için her veri örneğinin yanındaki onay kutularını tıklayabilirsiniz, ancak bir filtre işlevi de vardır.

Filtre işlevi, aynı anda birçok parça seçmek için yararlıdır. Burada, hangi kategoriden filtreleyeceğinizi seçebilir ve sekmenin altındaki düğmeleri kullanabilirsiniz. İlk üç düğme oldukça açıklayıcıdır.

Filtre, seçilen kategorilere ait olmayan tüm parçaların işaretli olmamasına neden olur. Bir nevi ve kapısı gibi. Öte yandan, hariç tutma, seçilen kategorilerin işaretlenmemesine neden olur.

Olmayan bir kapı gibi. Hazır olduğunuzda, aramayı başlatmak için arama düğmesine tıklayın. Çok sayıda parça arıyorsanız veya daha küçük bir arama aralığı belirtmediyseniz, arama biraz zaman alabilir.

Sonuçlar kutusunda, veri dosyanızın ve arama türünüzün belirttiğiniz bir veya daha fazla iz dizisinde benzer olduğu genomun çeşitli bölümlerini göreceksiniz. Eşleşen bölgelerin listesini içeren bir dosyayı indirmek için BED dosyasını indir'e tıklayabilirsiniz. Eşleşen bölümü görselleştirmek için her kutudaki göster düğmesine tıklayın.

Ekran bölümünde, kendi veri dosyalarınızın yanı sıra eşleşen parça veya parçaları göreceksiniz. Baz çifti etiketlerinin bulunduğu üst kısımdaki çubuğu kaydırarak yukarı veya aşağı hareket ettirebilirsiniz. Bu örnekte de görebileceğiniz gibi, buradaki dağ iki iz arasında bir benzerliktir.

Bu videoyu izledikten sonra, GeNemo kullanarak farklı epigenetik belirteçler arasında benzerlik bölgelerinin nasıl elde edileceği konusunda iyi bir fikre sahip olmalısınız. GeNemo araştırmasının sonuçları, ilgilendiğiniz verilere belirli genomik konumlarda benzer desenlere sahip çeşitli doku türlerinde epigenetik belirteçleri, transkripsiyon faktörlerini, bulmayı, DNA metilasyonunu, kromojen erişilebilirliğini veya diğer sinyal türlerini içerecektir. Oradan, bu DNA bağlayıcı proteinin bazı transkripsiyonel faktörlerle, bazı düzenleyici elementlerle etkileşime girip giremeyeceğini veya kromatin yapısıyla bir ilgisi olup olmadığını not edebilirsiniz.

Ayrıca, ilgilendiğiniz proteinin gelişimsel işlevini uygulayabilecek veri setinize en yüksek benzerliğe sahip olan doku türlerini de not edebilirsiniz. Bu tür geniş bir arama yaparak, GeNemo geçici bölgeleri, yapıcıları ve/veya hücre tiplerini nispeten düşük bir sürede geri döndürebilir. Bu sonuçlardan, söz konusu protein için uygun hücre hattını seçmek, spesifik transkripsiyonel faktörlerle etkileşimleri test etmek veya Co IP, 30C, 4C, 5C veya HiC yoluyla epigenetik modifikasyon gibi gelecekteki deneyleri türetmek için potansiyel ilgi alanlarını daraltmak da mümkün olacaktır.

Umarız bu eğitim yardımcı olmuştur ve GeNemo'yu geliştirmek için sürekli çalışıyoruz. Bu amaçla, her türlü geri bildirimi memnuniyetle karşılıyoruz.