Name: Dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon için bir Platform verimli algılama varyasyonları kopya numarası hızlı nötron kaynaklı Medicago truncatula mutantlar içinde (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-11-08T15:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 32 s
Description: Keşfedin dizi tabanlı karşılaştırmalı genomik hibridizasyon yöntemiyle Medicago truncatula mutantlarında kopya sayısı varyasyonlarını hızlıca tespit etme tekniğini. Bu yöntem baklagil biyolojisi ve nodül gelişimi araştırmalarında genetik mekanizmaları anlamaya yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu eser finansman bir grant tarafından kısmen NSF bitki genom araştırmaları (IOS-1127155) sağlanır.

Not: şekil 1 gösterir dizi CGH protokolü için beş adım. Bunlar: 1) hazırlık bitki malzeme; 2) yüksek kalitede DNA örnekleri izole; 3) etiketleme ve DNA örnekleri arıtma; 4) hibridizasyon, yıkama ve tüm genom dizileri tarama; ve 5) CGH veri analizi. M. truncatula tüm genom döşeme dizileri 971,041 benzersiz oligo probları 50.000'den fazla gen veya gen modellerin genom (bkz: tablo malzemelerin) hedefleme toplam içerir. Benzersiz probları aralıklandırılmış yaklaşık olarak her 150 baz çifti (bp) eksonik bölgelerde ve 261 M. truncatula genom intronic bölgelerinde bp.
 1. bitki hazırlık malzemeleri <ol><li>Scarify vahşi türü (WT; M. truncatula cv Jemalong A17) ve FN6191 mutasyona uğramış tohum 8 min için konsantre sülfürik asit ile (bkz. Tablo malzeme). Kaldırmak ve sülfürik asit bir sıvı atık kabına atın.</li>
	<li>Üç kez tohum autoclaved deiyonize suyla durulayın.</li>
	<li>Yüzey sterilize tohumlar 10 dakika süreyle % 20 çamaşır suyu Çözümle</li>
	<li>Üç kez tohum autoclaved deiyonize suyla durulayın.</li>
	<li>3 gün boyunca 4 ° C'de mağaza tohum. Vernalization sonra aktarmak ve bir hafta içinde bir büyüme odası ile 16 h/8 h ışık ışık/karanlık döngüsü ve 150 µE/m 2 /s yoğunluğu için toprakta tohum çimlenme.</li>
	<li>1 galon tencere fidan nakli ve onları bir sera ile 16 h/8 h açık/koyu devir, 150 µE/m 2 /s ışık şiddeti üç ila dört hafta için büyümek. DNA izolasyonu için bitkilerden genç yaprak örnekleri toplamak.</li>
</ol> 2. Yüksek kaliteli DNA örnekleri izolasyon <ol><li>1 g genç yaprak doku tek bir bitki üzerinden alıp hemen sıvı azot dondur.</li>
	<li>Donmuş yaprak doku harcı ve havaneli toz ince ayar yapmak için sıvı azot eziyet.</li>
	<li>İzole genomik DNA ile DNA izolasyon Kiti (Tablo malzemeleri görmek).</li>
	<li>Resuspend saf DNA örneklerinde autoclaved Çift Kişilik deiyonize H 2 O 50 µL (GKD 2 O) veya 1 x TE arabellek (10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 7,0).</li>
	<li>Ölçü DNA konsantrasyonları bir Spektrofotometre ile (bkz. Tablo reçetesi).</li>
	<li>Değerlendirmek 260 nm/280 nm ve 260 nm/230 nm oranları DNA örneklerinin. 
	Not: Yüksek kaliteli DNA örnekleri 260 nm/280 nm oranına sahip olması &#8805; 1.8 ve 260 nm/230 nm oranı &#8805; 2.0.</li>
	<li>Daha fazla % 1'özel jelleri çalıştırarak DNA örnekleri değerlendirmek. 
	Not: Yüksek kaliteli DNA örnekleri yüksek molekül ağırlıklı olmalıdır ve RNA tarafından kontamine değil. DNA örnekleri son konsantrasyonu ~ 150 ng/µL ideali.</li>
</ol> 3. DNA etiketleme ve arıtma <ol><li>seyreltik 1 µg genomik DNA örnekleri GKD 2 O 20 µL 500 µL santrifüj tüpü son hacmiyle birlikte.</li>
	<li>Ekleyin 5 µL rasgele bir astar (Tablo malzemeleri görmek) tüp.</li>
	<li>Girdap kısaca tüp ve kuluçkaya ve 10 dakika süreyle 98 ° C'de DNA tabiatını bir thermocycler içine koydu</li>
	<li>Tüp thermocycler dışarı almak ve hemen buzlu su için 5 dk. sakinleşmesini söyle</li>
	<li>Hazırlama iki etiketleme karışımları Tablo 1 ' de gösterildiği gibi.</li>
	<li>Sırasıyla Ekle 25 µL maddelerinin etiketlenmesi karışımları 1 ve 2 için başvuru DNA ile örnek tüpü.</li>
	<li>Etiketleme mix ve DNA üç kez pipetting tarafından mix ve tüpler kısaca spin.</li>
	<li>Tüpler 37 ° C 2 h için ve daha sonra 65 ° C exo-Klenow enzim devre dışı bırakabilirsiniz için 20 dakika için kuluçkaya için bir thermocycler içine koymak (Tablo malzemeleri görmek).</li>
	<li>430 eklemek µL her tüp TE arabelleğe x 1.</li>
	<li>İçeriği mix ve tüpler kısaca spin.</li>
	<li>2 mL koleksiyonu ile bir arıtma sütununa tüp çözümde tüp (Tablo malzemeleri görmek) transfer.</li>
	<li>Santrifüj arıtma sütun 14.000 x g 10 dakika süreyle</li>
	<li>Çözüm geçisi atın.</li>
	<li>Ekle 480 µL 1 x TE arabellek her sütun için.</li>
	<li>Santrifüj tekrar 10 dakika süreyle 14.000 x g adresindeki sütun</li>
	<li>Doğrudan çözüm atın.</li>
	<li>Yeni bir santrifüj tüpü için sütunun alt kısmında kalır etiketli DNA örneği transfer.</li>
	<li>Bir pipet kullanarak etiketli DNA örneği hacmi ölçmek ve 1 x TE arabellek ile 80 µL son hacim getirmek.</li>
	<li>Bir Spektrofotometre kullanarak etiketli DNA örneği konsantrasyonu ölçmek (Tablo malzemeleri görmek).</li>
	<li>Etiketli örnek DNA eşit miktarda karıştırın ve DNA başvuru ve 1 x TE arabellek ile 160 µL son hacim getirmek.</li>
	<li>2 x hibridizasyon tampon, insan karyolası-1 DNA'ın 50 µL ve 50 µL 10 × aCGH engelleme Aracısı eklemek 256 µL (Tablo malzemeleri görmek) ve onları iyi için üç kez pipetting tarafından mix.</li>
	<li>Kısaca tüpler spin ve 10 dakika süreyle 98 ° C'de kuluçkaya için bir thermocycler içine koydu</li>
	<li>Tüpler 20 dk. 37 ° C'de kuluçkaya</li>
</ol> 4. Hibridizasyon, yıkama ve tarama genom dizileri <ol><li>67 ° C en az 4 h hibridizasyon başlamadan önce hibridizasyon fırın önceden ısıtmak.</li>
	<li>Bir conta slayt hibridizasyon odasının tabanının üzerine yerleştirin.</li>
	<li>Yük 490 µL conta slayt üzerine adım 3.23 üzerinden hibridizasyon çözüm.</li>
	<li>Kapak conta slayt hibridizasyon odası kurmaya Medicago truncatula genom Mikroarray çip ile.</li>
	<li>Hibridizasyon odası kapakları üzerinde koymak ve odası sıkıca kelepçeler ile sıkın.</li>
	<li>Birleştirilmiş hibridizasyon Hibridizasyon fırın odasına koy ve 40-48 h. için 67 ° C'de kuluçkaya</li>
	<li>Bulaşık hazırla üç slayt: 250 mL arabellek yıkama ile iki oda sıcaklığında muhafaza ve arabellek II yıkama ile bir tutulan 37, ° C.</li>
	<li>Hazırlama iki slayt kavanoz yıkama: biri 70 mL Asetonitril ile ve diğeri 70 mL istikrar ve kurutma çözüm; tutun oda sıcaklığında bir duman Hood (Tablo malzemeleri görmek).</li>
	<li>Hibridizasyon odası fırından çıkarın ve odası kelepçeler ve kapak kaldırma.</li>
	<li>Mikroarray chip ve conta ben slayt için slayt çamaşır bulaşık yıkama arabelleği ile ve çip kapak slayttan ayrı hareket.</li>
	<li>Mikroarray chip ikinci slayt çamaşır taşıma bulaşık yıkama arabellek ile ben ve yavaşça dolaşımda bir heyecan bar, oda sıcaklığında 5 dakika süreyle manyetik heyecan tabakta Çözümle</li>
	<li>Mikrodizi Önceden ısıtılmış çamaşır arabelleği II ile bulaşık yıkama üçüncü slayt için chip ve 1 dk. 37 ° C'de bir manyetik heyecan plaka üzerinde bir heyecan çizgiyle nazikçe yıkayın transfer</li>
	<li>İçin 30 yıkayın ve kavanoz Asetonitril duman Hood ile yıkama bir slayt Mikroarray çip transfer s.</li>
	<li>Mikroarray çip kavanoz sabitleme ile yıkama ve kurutma çözüm bir slayt için transfer ve 30 için yıkayın s.</li>
	<li>Çip biraz ağırdan ve 1 dk. kuru</li>
	<li>İnceden inceye gözden geçirmek bir tarayıcı kullanarak Mikroarray çip (Tablo malzemeleri altında 2 bakınız) µm çözünürlük. Birden çok görüntüyü kaydetmek ve inceden inceye gözden geçirmek tüm slayt için parametreleri ayarlayın. Kanal 1 ve 2 kazançları % 100'e ayarlayın ve otomatik kazanç iptal.</li>
</ol> 5. CGH veri analizi <ol><li>özü Cy3 ve Cy5 floresan yoğunluklarda her sonda üzerinde tarama yazılımı kullanarak dizi için (bkz. Tablo reçetesi).</li>
	<li>Kullanım segment analizi kopya numarası varyasyonları (CNVs) örnek DNA ile başvuru arasında algılamak için belgili tanımlık bilgisayar yazılımı. CNVs belirlemek için bir eşik segment ortalama günlük 2 örnek/referans oranı ± 2,5 standart sapmalarının kullanın.</li>
	<li>Bir sinyal haritalama yazılımı kullanarak tüm genomu arasında günlük 2 örnek/başvuru oranları dağıtımını denetlemek (Tablo malzemeleri görmek).</li>
</ol>

<ol><li>Tang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+genome+release+%28version+Mt4.0%29+for+the+model+legume+Medicago+truncatula%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">An improved genome release (version Mt4.0) for the model legume Medicago truncatula.</a> BMC Genomics. 15, 312(2014).</li>
<li>Young, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Medicago+genome+provides+insight+into+the+evolution+of+rhizobial+symbioses%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses.</a> Nature. 480 (7378), 520-524 (2011).</li>
<li>Wang, H., Li, G., Chen, R. Fast neutron bombardment (FNB) induced deletion mutagenesis for forward and reverse genetic studies in plants. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWang%2C+H+%22Floriculture%2C+Ornamental+and+Plant+Biotechnology%3A+Advances+and+Topical+Issues%22">Floriculture, Ornamental and Plant Biotechnology: Advances and Topical Issues</a>. da Silva, J. T. , 1st ed, Global Science Books. Isleworth, UK. 629-639 (2006).</li>
<li>Rogers, C., Wen, J., Chen, R., Oldroyd, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deletion-based+reverse+genetics+in+Medicago+truncatula%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Deletion-based reverse genetics in Medicago truncatula.</a> Plant Physiol. 151 (3), 1077-1086 (2009).</li>
<li>Alonso, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+components+of+the+ethylene-response+pathway+identified+in+a+screen+for+weak+ethylene-insensitive+mutants+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Five components of the ethylene-response pathway identified in a screen for weak ethylene-insensitive mutants in Arabidopsis.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (5), 2992-2997 (2003).</li>
<li>Silverstone, A. L., Ciampaglio, C. N., Sun, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Arabidopsis+RGA+gene+encodes+a+transcriptional+regulator+repressing+the+gibberellin+signal+transduction+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Arabidopsis RGA gene encodes a transcriptional regulator repressing the gibberellin signal transduction pathway.</a> Plant Cell. 10 (2), 155-169 (1998).</li>
<li>Li, X., Lassner, M., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deleteagene%3A+a+fast+neutron+deletion+mutagenesis-based+gene+knockout+system+for+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Funct+Genomics%22%5BJournal%5D)">Deleteagene: a fast neutron deletion mutagenesis-based gene knockout system for plants.</a> Comp Funct Genomics. 3 (2), 158-160 (2002).</li>
<li>Bolon, Y. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phenotypic+and+genomic+analyses+of+a+fast+neutron+mutant+population+resource+in+soybean%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Phenotypic and genomic analyses of a fast neutron mutant population resource in soybean.</a> Plant Physiol. 156 (1), 240-253 (2011).</li>
<li>Men, A. E., et al. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/43443373_Fast_Neutron_Mutagenesis_of_Soybean_Glycine_soja_L_Produces_a_Supernodulating_Mutant_Containing_a_Large_Deletion_in_Linkage_Group_H">Fast Neutron Mutagenesis of Soybean (Glycine soja L.) Produces a Supernodulating Mutant Containing a Large Deletion in Linkage Group H.</a> Genome Letters. 1 (3), 147-155 (2002).</li>
<li>Hoffmann, D., Jiang, Q., Men, A., Kinkema, M., Gresshoff, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nodulation+deficiency+caused+by+fast+neutron+mutagenesis+of+the+model+legume+Lotus+japonicus%5BTitle%5D)+AND+%22J+Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Nodulation deficiency caused by fast neutron mutagenesis of the model legume Lotus japonicus.</a> J Plant Physiol. 164 (4), 460-469 (2007).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+fast+neutron+deletion+mutagenesis-based+reverse+genetics+system+for+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">A fast neutron deletion mutagenesis-based reverse genetics system for plants.</a> Plant J. 27 (3), 235-242 (2001).</li>
<li>Bourcy, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Medicago+truncatula+DNF2+is+a+PI-PLC-XD-containing+protein+required+for+bacteroid+persistence+and+prevention+of+nodule+early+senescence+and+defense-like+reactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+phytol%22%5BJournal%5D)">Medicago truncatula DNF2 is a PI-PLC-XD-containing protein required for bacteroid persistence and prevention of nodule early senescence and defense-like reactions.</a> New phytol. 197 (4), 1250-1261 (2013).</li>
<li>Chen, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+dissected+leaf+morphology+by+a+Cys%282%29His%282%29+zinc+finger+transcription+factor+in+the+model+legume+Medicago+truncatula%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Control of dissected leaf morphology by a Cys(2)His(2) zinc finger transcription factor in the model legume Medicago truncatula.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (23), 10754-10759 (2010).</li>
<li>Ge, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increasing+seed+size+and+quality+by+manipulating+BIG+SEEDS1+in+legume+species%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Increasing seed size and quality by manipulating BIG SEEDS1 in legume species.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 113 (44), 12414-12419 (2016).</li>
<li>Kalo, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nodulation+signaling+in+legumes+requires+NSP2%2C+a+member+of+the+GRAS+family+of+transcriptional+regulators%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Nodulation signaling in legumes requires NSP2, a member of the GRAS family of transcriptional regulators.</a> Science. 308 (5729), 1786-1789 (2005).</li>
<li>Oldroyd, G. E., Long, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterization+of+nodulation-signaling+pathway+2%2C+a+gene+of+Medicago+truncatula+involved+in+Nod+actor+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Identification and characterization of nodulation-signaling pathway 2, a gene of Medicago truncatula involved in Nod actor signaling.</a> Plant Physiol. 131 (3), 1027-1032 (2003).</li>
<li>Peng, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+compound+leaf+development+in+Medicago+truncatula+by+fused+compound+leaf1%2C+a+class+M+KNOX+gene%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Regulation of compound leaf development in Medicago truncatula by fused compound leaf1, a class M KNOX gene.</a> Plant Cell. 23 (11), 3929-3943 (2011).</li>
<li>Tsujimoto, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Arabidopsis+TOBAMOVIRUS+MULTIPLICATION+%28TOM%29+2+locus+encodes+a+transmembrane+protein+that+interacts+with+TOM1%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Arabidopsis TOBAMOVIRUS MULTIPLICATION (TOM) 2 locus encodes a transmembrane protein that interacts with TOM1.</a> EMBO J. 22 (2), 335-343 (2003).</li>
<li>Wang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+nodule-specific+protein+secretory+pathway+required+for+nitrogen-fixing+symbiosis%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A nodule-specific protein secretory pathway required for nitrogen-fixing symbiosis.</a> Science. 327 (5969), 1126-1129 (2010).</li>
<li>Bejjani, B. A., Shaffer, L. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+array-based+comparative+genomic+hybridization+to+clinical+diagnostics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">Application of array-based comparative genomic hybridization to clinical diagnostics.</a> J Mol Diagn. 8 (5), 528-533 (2006).</li>
<li>Emerson, J. J., Cardoso-Moreira, M., Borevitz, J. O., Long, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+selection+shapes+genome-wide+patterns+of+copy-number+polymorphism+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Natural selection shapes genome-wide patterns of copy-number polymorphism in Drosophila melanogaster.</a> Science. 320 (5883), 1629-1631 (2008).</li>
<li>Gong, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microarray-based+rapid+cloning+of+an+ion+accumulation+deletion+mutant+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Microarray-based rapid cloning of an ion accumulation deletion mutant in Arabidopsis thaliana.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (43), 15404-15409 (2004).</li>
<li>Guryev, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distribution+and+functional+impact+of+DNA+copy+number+variation+in+the+rat%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Distribution and functional impact of DNA copy number variation in the rat.</a> Nat Genet. 40 (5), 538-545 (2008).</li>
<li>Haun, W. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+composition+and+origins+of+genomic+variation+among+individuals+of+the+soybean+reference+cultivar+Williams+82%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The composition and origins of genomic variation among individuals of the soybean reference cultivar Williams 82.</a> Plant Physiol. 155 (2), 645-655 (2011).</li>
<li>Infante, J. J., Dombek, K. M., Rebordinos, L., Cantoral, J. M., Young, E. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+amplifications+caused+by+chromosomal+rearrangements+play+a+major+role+in+the+adaptive+evolution+of+natural+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Genome-wide amplifications caused by chromosomal rearrangements play a major role in the adaptive evolution of natural yeast.</a> Genetics. 165 (4), 1745-1759 (2003).</li>
<li>Jones, M. R., Maydan, J. S., Flibotte, S., Moerman, D. G., Baillie, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligonucleotide+Array+Comparative+Genomic+Hybridization+%28oaCGH%29+based+characterization+of+genetic+deficiencies+as+an+aid+to+gene+mapping+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Oligonucleotide Array Comparative Genomic Hybridization (oaCGH) based characterization of genetic deficiencies as an aid to gene mapping in Caenorhabditis elegans.</a> BMC Genomics. 8, 402(2007).</li>
<li>Lakshmi, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mouse+genomic+representational+oligonucleotide+microarray+analysis%3A+detection+of+copy+number+variations+in+normal+and+tumor+specimens%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Mouse genomic representational oligonucleotide microarray analysis: detection of copy number variations in normal and tumor specimens.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 103 (30), 11234-11239 (2006).</li>
<li>Mitra, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Ca2%2B%2Fcalmodulin-dependent+protein+kinase+required+for+symbiotic+nodule+development%3A+Gene+identification+by+transcript-based+cloning%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">A Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase required for symbiotic nodule development: Gene identification by transcript-based cloning.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (13), 4701-4705 (2004).</li>
<li>Rios, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+hemizygous+deletions+in+citrus+using+array-comparative+genomic+hybridization+and+microsynteny+comparisons+with+the+poplar+genome%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Characterization of hemizygous deletions in citrus using array-comparative genomic hybridization and microsynteny comparisons with the poplar genome.</a> BMC Genomics. 9, 381(2008).</li>
<li>Skvortsov, D., Abdueva, D., Stitzer, M. E., Finkel, S. E., Tavare, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+expression+arrays+for+copy+number+detection%3A+an+example+from+E.+coli%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Using expression arrays for copy number detection: an example from E. coli.</a> BMC Bioinformatics. 8, 203(2007).</li>
<li>Werner, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+trait+locus+mapping+and+DNA+array+hybridization+identify+an+FLM+deletion+as+a+cause+for+natural+flowering-time+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Quantitative trait locus mapping and DNA array hybridization identify an FLM deletion as a cause for natural flowering-time variation.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (7), 2460-2465 (2005).</li>
<li>Xi, J., Chen, Y., Nakashima, J., Wang, S. M., Chen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Medicago+truncatula+esn1+defines+a+genetic+locus+involved+in+nodule+senescence+and+symbiotic+nitrogen+fixation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Plant+Microbe+Interact%22%5BJournal%5D)">Medicago truncatula esn1 defines a genetic locus involved in nodule senescence and symbiotic nitrogen fixation.</a> Mol Plant Microbe Interact. 26 (8), 893-902 (2013).</li>
<li>Schnabel, E., Journet, E. P., de Carvalho-Niebel, F., Duc, G., Frugoli, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Medicago+truncatula+SUNN+gene+encodes+a+CLV1-like+leucine-rich+repeat+receptor+kinase+that+regulates+nodule+number+and+root+length%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The Medicago truncatula SUNN gene encodes a CLV1-like leucine-rich repeat receptor kinase that regulates nodule number and root length.</a> Plant Mol Biol. 58 (6), 809-822 (2005).</li>
<li>Horvath, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Loss+of+the+nodule-specific+cysteine+rich+peptide%2C+NCR169%2C+abolishes+symbiotic+nitrogen+fixation+in+the+Medicago+truncatula+dnf7+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Loss of the nodule-specific cysteine rich peptide, NCR169, abolishes symbiotic nitrogen fixation in the Medicago truncatula dnf7 mutant.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 112 (49), 15232-15237 (2015).</li>
<li>Kim, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+antimicrobial+peptide+essential+for+bacterial+survival+in+the+nitrogen-fixing+symbiosis%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">An antimicrobial peptide essential for bacterial survival in the nitrogen-fixing symbiosis.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 112 (49), 15238-15243 (2015).</li>
<li>Noble Research Institute. Medicago truncatula Mutant Database. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://medicago-mutant.noble.org/mutant/FNB.php">https://medicago-mutant.noble.org/mutant/FNB.php</a> (2017).</li>
<li>Burton, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+genotyping+with+the+next+generation+of+CGH+microarray%5BTitle%5D)+AND+%22MLO+Med+Lab+Obs%22%5BJournal%5D)">SNP genotyping with the next generation of CGH microarray.</a> MLO Med Lab Obs. 45 (7), (2013).</li>
</ol>

Yazarlar hiçbir rakip mali çıkarlarının bildirin.

Bir dizi tabanlı CGH platformu algılama ve hızlı nötron bombardımanı (FNB) karakterizasyonu için geliştirdiğimiz- M. truncatula cv. Jemalong A17 mutantlar indüklenen. Dizi içinde gen mutasyonlarının hafiye CGH yöntemi kullanımını göstermek için mutant S. meliloti Sm1021ile aşılanmış zaman vahşi türü bitkiler, aksine bir hiper-nodulation fenotip sergilenen FN6191 aCGH analizi yapılır. Segmentasyon analiz için bir kesimi, günlük2 oranı demek segmentte probları olsaydı o verilen dizi karşılaştır...

Baklagiller (baklagiller) soya (Glycine max) ve yonca (Medicago sativa) gibi pek çok ekonomik açıdan önemli türler ile çiçekli bitkilerin üçüncü büyük aile vardır. Baklagil bitkileri genellikle hangi atmosferik diazot amonyak kullanmak için ana bitki tarafından azalır kök nodüller geliştirmeye Rhizobia adlandırılan toprak bakteriler, azot sabitleme ile etkileşim kurabilir. Bu nedenle, baklagil bitkileri ekimi azot gübreler küçük giriş gerektirir ve böylece sürdürülebilir tarım için katkıda bulunur. Baklagil bitkileri yaprak ve tohum mükemmel yem ve tahıl ürünleri hizmet veren yüksek protein içerikli üretmek. Ancak, ekili baklagil türler genellikle karmaşık genom yapıları, baklagil özgü süreçlerinde hantal kilit rolü oynamak genlerin fonksiyonel çalışmalar yapma var. Öncelikle (1) bu nispeten küçük haploit genom büyüklüğündeki (~ 550 Mbp); ile diploit genom olduğundan Medicago truncatula yaygın bir modeli tür baklagil çalışmaları olarak kabul edilmiştir (2) bitkiler stabil gen fonksiyonel çalışmalar için dönüştürülebilir; ve (3) BT yonca (M. sativa), yemleri kraliçesi ve çevirim çalışmaları için pek çok ekonomik açıdan önemli bitkileri yakından ilgilidir. Son zamanlarda, genom dizisi M. truncatula cv Jemalong A17 yayımlanan1,2oldu. Orada 50.000'den fazla tahmin edilen gen veya gen modellerin genom genom kopyası ek açıklama göstermektedir. M. truncatula genlerinde çoğunun işlevi belirlemek için genom zorlu bir iştir. Genlerin fonksiyonel çalışmaları kolaylaştırmak için hızlı nötron bombardımanı (FNB) mutagenesis M. truncatula cv kullanarak kapsamlı bir koleksiyon 150.000 M1 satır aralığındaki mutantların oluşturuldu Jemalong A173 ,4. Hızlı nötron, yüksek enerji iyonlaşma alkil mutantlar Arabidopsis5,6, pirinç (Oryza sativa)7, domates (Solanum dahil olmak üzere birçok bitki türü oluşturmak için kullanılan lycopersicum), soya (Glycine soya; G. max)8,9, arpa (Hordeum vulgare) ve Lotus japonicus10. FNB mutagenesis türetilmiş mutasyonlar büyük bir bölümünü bu aralığı mega baz çifti9,11birkaç baz çiftinden boyutunda DNA silme nedeniyle vardır. Birçok fenotip ilişkili genlerin başarıyla olmuştur tespit ve4,12,13,14,15,16, ile karakterize 17 , 18 , 19. daha önce FNB mutantlar üzerinden temel genlerin Moleküler klonlama zaman alıcıdır ve moleküler düzeyde karakterize edilebilir mutantlar sayısını sınırlar harita dayalı yaklaşım dayanıyordu. Son zamanlarda, transkript tabanlı yöntemleri de dahil olmak üzere birkaç ücretsiz yaklaşım dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH) DNA kopyalama numara varyasyon algılama ve tüm genom sıralama, fayans genom istihdam kolaylaştırmak için silme mutant hayvanlar ve bitkiler20,21,22,23,24,25de dahil olmak üzere çeşitli organizmalarda karakterizasyonu, 26,27,28,29,30,31.
M. truncatula, bir bütün-genom dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH) FNB mutantlar karakterizasyonu kolaylaştırmak için platform geliştirilen doğrulanmış ve. Hayvan sistemlerinde bildirildiği gibi dizi tabanlı CGH platformu kopya numarası varyasyonları (CNVs) M. truncatula FNB mutantlar tüm genom düzeyindeki algılama sağlar. Ayrıca, lezyonlar PCR tarafından onaylanabilir ve silme sınırları sıralama tarafından belirlenebilir. Genel olarak, dizi CGH platformu M. truncatula FNB mutantlar lezyonlarının belirlenmesinde bir verimli ve etkili bir araçtır. Burada, dizi CGH yordam ve M. truncatula FNB mutant silme sınırların karakterizasyonu PCR gösterilmiştir.
Aşağıdaki iletişim kuralı tüm genom dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH) analizi kopya sayının yerine getirirken ilgilenen araştırmacılar için deneysel adımlar ve reaktifler, ekipman ve çözümleme araçları hakkında bilgi sağlar bitkiler değişimler. Örnek olarak, Medicago truncatula FN6191 mutant silme bölgeler ve aday genleri mutasyona uğramış fenotipleri ile ilişkili tanımlamak için kullanıldı. M. truncatula FN6191 mutant, başlangıçta bir hızlı nötron bombardımanı kaynaklı silme mutant koleksiyonu32 izole (bakınız Tablo malzemeler), sergilenen bir hiper-nodulation fenotip toprak ile aşı sonra bakteri, vahşi türü bitkilerin aksine Sihorhizobium meliloti Sm1021.

<table><tbody><tr><td>Medicago truncatula genom dizisi, 1 x 1 M</td><td>Agilent</td><td>G4123A</td><td></td></tr><tr><td>Medicago truncatula FN6191 (mutant)</td><td>Evde</td><td>FN6191</td><td></td></tr><tr><td>Medicago truncatula Jemalong A17 (referans)</td><td>Kurum</td><td>içi A17</td><td></td></tr><tr><td>Sülfürik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>320501</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy Tesisi Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>69104</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop Spektrofotometre</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000D</td><td></td></tr><tr><td>SureTag DNA Etiketleme Kiti</td><td>Agilent</td><td>5190-3400</td><td></td></tr><tr><td>Rastgele astar</td><td>Agilent</td><td>5190-3399</td><td></td></tr><tr><td>Asetonitril</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>271004-1L</td><td></td></tr><tr><td>Termodöngüleyici</td><td>MJ araştırma</td><td>PTC-200</td><td></td></tr><tr><td>Santrifüj</td><td>Labnet international Inc</td><td>Spectrafuge 24D</td><td></td></tr><tr><td>Stabilizasyon ve Kurutma Çözeltisi</td><td>Agilent</td><td>5185-5979</td><td></td></tr><tr><td>Oligo aCGH/ChIP-çip üzerinde Hibridizasyon Kiti</td><td>Agilent</td><td>5188-5380</td><td></td></tr><tr><td>Hibridizasyon Odası conta kızakları</td><td>Agilent</td><td>G2505</td><td></td></tr><tr><td>İnsan Karyolası-1 DNA</td><td>Agilent</td><td>5190-3393</td><td></td></tr><tr><td>Oligo aCGH/ChIP-on-chip Yıkama Tamponu 1 ve 2</td><td>Agilent</td><td>5188-5221</td><td></td></tr><tr><td>Hibridizasyon Odası, paslanmaz</td><td>Agilent</td><td>G2534A</td><td></td></tr><tr><td>Hibridizasyon fırını</td><td>Agilent</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>Arıtma Kolonları</td><td>Agilent</td><td>5190-3391</td><td></td></tr><tr><td>Lazer tarayıcı</td><td>Roche</td><td>MS200</td><td></td></tr><tr><td>NimbleScan 2.6</td><td>Roche Nimblegen</td><td>5225035001</td><td></td></tr><tr><td>Sinyal Haritası 1.9</td><td>Roche Nimblegen</td><td>Sinyal Haritası1.9</td><td></td></tr></tbody></table>

dizi tabanlı karşılaştırmalı genomik hibridizasyon için bir platform verimli algılama varyasyonları kopya numarası hızlı nötron kaynaklı medicago truncatula mutantlar içinde

An Array-based Comparative Genomic Hybridization Platform for Efficient Detection of Copy Number Variations in Fast Neutron-induced Medicago truncatula Mutants

Mutant gen işlevi çalışmalar için çok değerli genetik kaynaklardır. Mutant koleksiyonları oluşturmak için üç tür mutajen, dahil olmak üzere biyolojik T-DNA veya transposon gibi etil methanesulfonate (EMS) gibi kimyasal ya da fiziksel iyonlaşma radyasyonu gibi yararlı olabilir. Gözlenen mutasyon türü kullanılan alkil bağlı olarak değişir. İyonlaşma radyasyonu indüklenen mutantlar için silme, kopyalama veya yeniden mutasyonlar içerir. T-DNA veya mutagenesis transposon tabanlı dönüştürme için duyarlı türler için sınırlı olmakla birlikte, kimyasal veya fiziksel mutagenesis çok çeşitli türler için uygulanabilir. Ancak, geleneksel olarak kimyasal ve fiziksel mutagenesis türetilmiş mutasyonlar karakterizasyonu emek yoğun ve zaman alıcı olan bir harita tabanlı klonlama yaklaşım, dayanır. İşte, bir yüksek yoğunluklu genom Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (aCGH) dizi tabanlı platform etkili bir şekilde algılamak ve kopya numarası değişimler (CNVs) hızlı nötron bombardımanı (FNB) mutagenesis türetilen mutantlar karakterize uygulanabilir olduğunu göstermektedir Medicago truncatula, baklagil türler. Tüm genom dizi analizi orada 50.000'den fazla gen veya gen modellerin M. truncatulagöstermektedir. M. truncatula mevcut, FNB kaynaklı mutantlar, genom genlerin fonksiyonel çalışmalar için çok değerli genetik kaynakları temsil eden 150.000'den fazla M1 satırları türetilir. Burada açıklanan aCGH platformu FNB kaynaklı mutantlar M. truncatulaolarak karakterize için etkili bir araçtır.

Şekil 2 tüm genom normalleştirilmiş günlük2 oranları mutant WT sinyalleri karşı dağılımını gösterir. CGH veri analizi ortaya bir yaklaşık 22 kb silme tüm SUNN gen33 ve diğer kapsayan kromozom 4 üzerinde açıklamalı genlerinde FN6191 mutant (Şekil 2, şekil 3). Aday silinen bölge 73 ardışık probları dizi üzerinde ortalama normalleştirilmiş günlük2 o...

Bu iletişim kuralı kopya numarası değişimler tüm genom dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH) analizi yürütmektedir ilgilenen araştırmacılar için deneysel adımlar ve reaktifler, ekipman ve çözümleme araçları hakkında bilgi sağlar bitkiler.

Dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon için bir Platform verimli algılama varyasyonları kopya numarası hızlı nötron kaynaklı Medicago truncatula mutantlar içinde

Mutants are invaluable genetic resources for gene function studies. To generate mutant collections, three types of mutagens can be utilized, including ...

Bu dizi tabanlı karşılaştırmalı genomik hibridizasyon protokolünün genel amacı, baklagil bitkisi Medicago truncatula'nın hızlı nötron bombardımanının neden olduğu mutantlarındaki kopya sayısı varyasyonlarını hızlı bir şekilde tanımlamaktır. Bu yöntem, baklagil biyolojisi alanındaki temel soruları cevaplamaya yardımcı olur. Örneğin, baklagillerde nodül gelişiminin düzenlenmesinde rol oynayan düşük bölgedeki empatojenlerin tanımlanmasını kolaylaştırmak.Bu tekniğin temel avantajı, baklagil bitkisi Medicago truncatula'nın nötron bombardıman mutantlarındaki delesyon mutasyonları gibi kopya sayısı varyasyonlarını tespit etmede en yüksek itibara sahip ve hassas olmasıdır. Bu prosedürü gösteren ben ve Genetik Laboratuvarı'ndan Ev Sahibi Doktor Arkadaşları Hongcheng Wang olacak. Tek bitkilerden toplanan bir gram genç yaprak dokusunu sıvı nitrojen içinde hızla dondurun.Daha sonra bir havan ve havaneli kullanın ve donmuş yaprak dokusunu sıvı nitrojen içinde ince toz haline getirin. Bir DNA izolasyon kiti kullanarak vahşi tip ve mutant genomik DNA örneklerini ince tozdan çıkarın. Her vahşi tipten bir mikrogram seyreltmek için 500 mikrolitrelik santrifüj tüpleri ve mutant genomik DNA'ları çift damıtılmış su ile 20 mikrolitrelik bir nihai hacme kadar kullanın.Ardından, santrifüj tüplerine beş mikrolitre rastgele astar ekleyin. Tüpleri hızlı bir şekilde girdaplayın ve hızlı bir şekilde döndürdükten sonra, DNA örneklerini 98 santigrat derecede denatüre etmek için 10 dakika boyunca bir termo döngüleyiciye yerleştirin. 10 dakika sonra tüpleri termocycler'dan çıkarın ve anında beş dakika boyunca buzlu suya koyun.Daha sonra, iki etiketleme karışımı hazırlayın ve 25 mikrolitre etiketleme karışımını sırasıyla vahşi tip ve mutant DNA tüplerine bir ve iki olarak ekleyin. DNA'yı ve etiketleme karışımını üç kez pipetleyin ve ardından tüpleri kısaca döndürün. Eğirme işleminden sonra, tüpleri termosiklerde iki saat boyunca 37 santigrat derecede ve ardından ekzo Klenow enzimini etkisiz hale getirmek için 65 santigrat derecede 20 dakika inkübe edin.Ardından, 430 mikrolitre One X TE Buffer ekleyin ve her bir tüpteki içeriği karıştırın. Daha sonra, tüpleri kısaca döndürün ve tüplerdeki çözeltiyi iki mililitrelik toplama tüpü ile saflaştırma kolonlarına aktarın. Arıtma kolonlarını 10 dakika boyunca 14.000 kez G'de santrifüjleyin ve akışı atın.Her sütuna 480 mikrolitre Bir X TE Tamponu ekleyin ve tekrar 10 dakika boyunca 14.000 kez G'de santrifüjleyin. Akışı atın. Yabani tip ve mutant etiketli DNA'ların her birini sütunun altından yeni santrifüj tüplerine aktarın.Etiketli DNA'ların her birinin hacmini pipetle ölçtükten sonra, son hacmi One X TE Buffer ile 80 mikrolitreye ayarlayın, ardından etiketli DNA'ların konsantrasyonunu bir spektrofotometrede ölçün. Daha sonra, karşılaştırmalı hibridizasyon için bir mikro dizi çipi üzerinde probları hibritleştirmek için eşdeğer hacimlerde mutant ve vahşi tip DNA'ları karıştırın. One X TE Buffer ile son hacmi 160 mikrolitreye getirin.Daha sonra, hibridizasyon çözeltisini hazırlayın ve üç ajanı karışık DNA ile iyice karıştırmak için üç kez pipetleyin. Tüpleri kısa bir süre döndürdükten sonra, 98 santigrat derecede 10 dakika ve 37 derecede 20 dakika boyunca bir termosiklerde inkübe edin. Hibridizasyondan dört saat önce hibridizasyon fırınını önceden ısıtmak için sıcaklığı 67 santigrat dereceye ayarlamayı unutmayın.Ardından, hibridizasyon odasının tabanına bir conta sürgüsü yerleştirin ve termocycler'da 37 santigrat derecede 20 dakikalık inkübasyondan sonra üzerine 490 mikrolitre hibridizasyon çözeltisi yükleyin. Hibridizasyon odasını oluşturmak için conta sürgüsünü Medicago truncatula genom mikro dizi çipi ile kaplayın, ardından hibridizasyon odasını kapatın ve kelepçelerle güvenli bir şekilde sıkın. Monte edilmiş hibridizasyon odasını hibridizasyon fırınında 67 santigrat derecede 40 ila 48 saat inkübe edin.Bu arada, oda sıcaklığında tutulan 250 mililitre Yıkama Tamponu Bir ile iki slayt yıkama kabı hazırlayın. Ardından, 37 santigrat derecede tutulan Yıkama Tamponu İki ile bir slayt yıkama kabı yapın. Ardından, 70 mililitre asetonitril içeren bir slayt yıkama kabı ve 70 mililitre stabilizasyon ve çekme çözeltisi içeren başka bir slayt yıkama kabı hazırlayın.Her iki sürgülü yıkama kavanozunu da oda sıcaklığında bir davlumbaz içine yerleştirin. İnkübasyondan sonra, hibridizasyon odasını hibridizasyon fırınından çıkarın ve kapağı açmak için hazne kelepçelerini gevşetin. Ardından, conta sürgüsündeki mikro dizi çipini çıkarın ve bunları Wash Buffer One ile sürgülü yıkama kabına yerleştirin.Mikro dizi çipini kapak kızağından izole edin. Ardından, mikro dizi çipini Wash Buffer One ile ikinci sürgülü yıkama kabına aktarın. Bir karıştırma çubuğu kullanarak, çözeltiyi oda sıcaklığında manyetik bir karıştırma plakası üzerinde beş dakika boyunca hafifçe karıştırın.Mikro dizi çipini önceden ısıtılmış Yıkama Tamponu İki ile sürgülü yıkama kabına yerleştirin, ardından çözeltiyi 37 santigrat derecede bir dakika yıkamak için karıştırma çubuğu ile karıştırın. Mikro dizi çipini çıkarın ve 30 saniye boyunca yıkamak için çeker ocaktaki asetonitril içeren sürgülü yıkama kavanozuna yerleştirin. Mikro dizi çipini stabilizasyon ve kurutma solüsyonu ile sürgülü yıkama kavanozuna aktarın ve tekrar 30 saniye yıkayın.Çipi dikkatlice çıkarın ve çeker ocak içinde bir dakika kurutun. Mikro dizi çipini iki mikrometre çözünürlüğünde bir tarayıcı kullanarak tarayın. Sekiz kromozom boyunca normalleştirilmiş log iki oranlarında mutant ve vahşi tip sinyallerin dağılımını analiz etmek için bir arayüz olarak bir sinyal haritalama yazılımı kullanıldı.Varsayılan silmeler için, eksi iki nokta beş standart sapmaya eşit veya daha küçük log iki oranının değeri dikkate alınır. Yazılımın segmentasyon analizi, grafikte gösterilen kromozom dört üzerinde tahmini 22 kilobaz delesyon bölgesini göstermektedir. Mikro dizi probları tarafından kuşatılan delesyon sınırlarının analizi, azaltılmış bir ortalama normalleştirilmiş log iki oranı göstermektedir.Grafik ayrıca, silinen bölgeyi kapsayan oğul geni de dahil olmak üzere diğer altı açıklamalı geni göstermektedir. Son geni, Metecago truncatula'da nodülasyonu kontrol etmekten sorumludur. Daha sonra, delesyon sınırlarını doğrulamak için yapılan PCR amplifikasyonu, FN6191 mutantından amplifiye edilmiş, ancak vahşi tipte olmayan, bir nokta beş kilobaz ürünü gösterir.Siyah okla gösterilen FN6191 mutantındaki delesyon bağlantısını göstermek için DNA dizilimi yapıldı. Silme kenarlıklarının konumunu doğrulayan sıralama da yapıldı. Bir kez ustalaştıktan sonra, bu teknik uygun şekilde uygulanırsa 72 saat içinde tamamlanabilir.Yüksek kaliteli veriler elde etmek için, prosedürün gerçekleştirildiği odadaki ozon konsantrasyonunu düşük tutmayı unutmayın. Bu prosedürü takiben, genomdaki boyut ve kopya sayısı varyasyonları gibi ek soruları yanıtlamak için tüm genom dizilemesinin polimeraz zincir reaksiyonları gibi diğer ölçümler gerçekleştirilebilir. Bu tekniğin etkinliği ve doğrulanması, araştırmacıların mutantlara indükledikleri kopya sayısı varyasyonunu ve Garden P gibi eklemesel mutajeneze uygun olmayan bitki türlerindeki doğal varyantları keşfetmelerinin yolunu açmıştır.Göz koruması takmak, ajanlarla doğrudan temastan kaçınmak ve dikkatli çalışmak gibi önlemler kesinlikle gereklidir.

an-array-based-comparative-genomic-hybridization-platform-for

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Bu video için hibridizasyon protokol arşiv formalin sabit malzeme de dahil olmak üzere çeşitli kaynaklardan izole edilebilen DNA sadece 25-100 ng kullanarak tüm insan genom taramaları tüm genom döşeme yol Array CGH, teknik bir gösteri.

Tüm Genom Dizisi Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon Teknik gösteri

Biz gen-ilaç ve gen-çevre etkileşimleri anlamak için kapsamlı, tarafsız genom ekranlar geliştirdik. Bu mutant koleksiyonlarını tarama yöntemleri sunulmaktadır.

Barkodlu Maya Kütüphaneler Rekabet Genomik Ekranlar

Hücre biyolojisinde temel bir arayış ökaryotik hücrelerin yapmak organellerin kimliği altında yatan mekanizmaları belirlemektir. Burada floresan mikroskobu ve yeni nesil dizileme araçlarını kullanarak bitki organel morfolojik ve fonksiyonel bütünlüğü sorumlu genleri tanımlamak için bir yöntem öneriyoruz.

Floresans-mikroskopi Tarama ve nesil Sekanslama: organel Bütünlüğü ile ilgilendim Genlerin belirlenmesi için Faydalı Araçlar

Biz Barkodlanan DNA kütüphaneleri ve büyük ölçüde paralel "yeni nesil" dizisi ile klinik tümör numunelerinde önemli kanserle ilişkili mutasyonların saptanması için olan hibridizasyon-bazlı sonraki ekson yakalama hazırlanmasını tarif etmektedir. Hedefli ekson dizileme nedenle düşük frekanslı mutasyonları tespit etmek için yüksek duyarlılık verimli, yüksek verimlilik, düşük maliyet ve derin dizisi kapsama avantajlar sunmaktadır.

Ekson yakalama ve Devasa Paralel Dizilimine tarafından Tümör Örneklerinin somatik genetik değişiklikler tespit

Bu protokol, ultraviyole (UV) ışınlaması kullanılarak transgenik ekstrakromozomal dizilerin Caenorhabditis elegans genomuna entegrasyonu için hızlı ve düşük malzeme tüketen bir prosedürü tanımlar. Ayrıca, bu protokol özellikle ekstrakromozomal dizileri yüksek oranda ileten transgenik hatlar için çok uygundur.

Yüksek İletim Hızına Sahip Ekstrakromozomal Dizileri C. elegans Genomuna Entegre Etmek İçin Hızlı Bir Protokol

Genomik kopya sayısı varyantları tespiti için Dizi CGH G-bantlı karyotip analizi yerini aldı. Bu kağıt teknolojisi ve teşhis hizmet laboratuvarında uygulanmasını açıklar.

Genomik Kopya Sayısı Variantların Algılama için dizi Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (CGH Array)

Periventriküler Nodüler Heterotopya (PNH) malformasyonu kortikal gelişim (MCD) en sık görülen yetişkinlikte ama genetik temeli en dağınık durumda bilinmeyen kalır. Biz son zamanlarda roman aday genler MCD'ler için tanımlamak için ve doğrudan kendi etken rol içinde vivoonaylamak için bir strateji geliştirdik.

Dizi-CGH, Bütün exome sıralama ve rahim içinde elektroporasyon Rodents beyin malformasyonlar için sorumlu genlerin tanımlamak için birleştirerek yeni bir strateji

Burada, CRISPR-Cas9 ribonucleoproteins ve homoloji bağımlı onarım şablonları kullanarak C. elegans genom mühendisi bir yöntem mevcut.

Bir hızlı ve genomik noktası mutantlar C. elegans kullanarak CRISPR/Cas9 Ribonucleoproteins üreten Facile boru hattı

Bu makalede, Genomlarda Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi (HRM) tabanlı Hedef Kaynaklı Lokal Lezyonlar (TILLING) olarak tanımlanan protokolü satılmaktadır. Bu yöntem, DNA dupleksinin erimesi sırasında floresan değişikliklerini kullanır ve hem ekleme/silme (Indel) hem de tek baz ikamesi (SBS) yüksek işlem li tarama için uygundur.

Pirinç Bir TILLING Popülasyonyüksek Çözünürlükte Erime mutasyonları belirlenmesi

Protokol, yarı iletken tabanlı yeni nesil dizileme platformunda anöploidi için implantasyon öncesi genetik testlerde gerekli olan genel laboratuvar içi prosedürleri sunar. Burada tüm genom amplifikasyonunun, DNA fragmanı seçiminin, kütüphane yapımının, şablon hazırlamanın ve dizileme çalışma akışının ayrıntılı adımlarını temsili sonuçlarla sunuyoruz.

Yarı İletken Tabanlı Yeni Nesil Dizileme Platformunda Anöploidi için İmplantasyon Öncesi Genetik Test

Keşfedin dizi tabanlı karşılaştırmalı genomik hibridizasyon yöntemiyle Medicago truncatula mutantlarında kopya sayısı varyasyonlarını hızlıca tespit etme tekniğini. Bu yöntem baklagil biyolojisi ve nodül gelişimi araştırmalarında genetik mekanizmaları anlamaya yardımcı olur.

Dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon için bir Platform verimli algılama varyasyonları kopya numarası hızlı nötron kaynaklı Medicago truncatula mutantlar içinde (Video) | JoVE Journal

Dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon için bir Platform verimli algılama varyasyonları kopya numarası hızlı nötron kaynaklı Medicago truncatula mutantlar içinde

Daha fazla video keşfet